止观方法，以超脱生死为最后目的，其功用原不在治病，治病乃其余事也。吾人安心修持，病患自然减少。然或因身体本有旧病，偶然重发，或因不能善调身心息三者，致生病患，皆是恒有之事，故宜了知治病方法，方法不出二种。
一、察知病源。凡病自肢体发者为外病，自脏腑发者为内病。然无论外病内病，皆由血脉不调而起。治病之法，首在使血脉调和，又吾人之心力，影响于身体极大，故病患虽现于身体，实际皆由心生。故察知病源所在，仍从内心治之，其收效乃较药石为灵。又病之发生，必有潜伏期，常人当自觉有病时，其病之潜伏于体内者，为时已久，苦于不能觉察耳。若能治心者，则察知病源，必较常人为早，故可治病于未发之时。
二、对治疾病。静坐中内心治病法亦有多种，然仍不出止观二者，先言用止治病法。其最普通者，即将心意凝集于脐下小腹，止心于此，牢守勿失，经时既久，百病可治。其理即是心意凝集于此处，血液即随之凝集于此处，凝集之力愈充，则运行之力愈强；运行力强，血液之阻滞可祛。血液无阻滞，则百病之根本拔除矣。其余方法尚多，如察知病在何处，即将心意凝集于病处，止而勿失，默想病患必除，亦能治病。又如常常凝集心意，止于足底，不论行住坐卧，皆作此想，即能治病。此其理由乃系一切病患，皆由气血上逆所致，今止心足底，则气血下降，身心自然调和而病瘳矣。
又如了知世间一切皆空，毫无所有，即种种病患，亦是虛诳现象。心不取著，寂然止住，亦能治百病，此为最上乘之用止治病法。《维摩经》云：“何为病？所谓攀缘。云何断攀缘？谓心无所得。”此之谓也。
次言用观治病法，其最普通者，为观想运心，以六种气治病是也。云何六种气？一吹、二呼、三嘻、四呵、五嘘、六呬。假如肾脏有病，则于静坐开始，观想肾脏，口中微念“吹”字以治之，每次或七遍，或十遍，或数十遍，均随各人之便。如脾胃有病，则观想脾胃，口中微念“呼”字以治之。如脏腑有壅滞之病，则观想脏腑，口中微念“嘻”字以治之。如心脏有病，则观想心脏，口中微念“呵”字以治之。如肝脏有病，则观想肝脏，口中微念“嘘”字以治之。如肺脏有病，则观想肺脏，口中微念“呬”以治之。此六种气治病，或因病择用其一，或无病者兼用其六，均无不可。余则每于入坐时，每字备念七遍。如念“呵”字时，确与心脏有感觉，念“呼”字时，确与脾胃有感觉，余字亦然。学者试行之便知。
又有于呼吸出入时，心中观想，运作十二种息以治众病者，此则纯属心理治病之法。何谓十二息？一、上息；二、下息；三、满息；四、焦息；五、增长息；六、灭坏息；七、暖息；八、冷息；九、冲息；十、持息，十一、和息；十二、补息。此十二息皆从观想心生。如身体患滞重之病；则呼吸时心想此息，轻而上升，是为上息；如身体患虚弱之病，则呼吸时心想此息，深而下降，是为下息；如身体患枯瘠之病，则呼吸时心想此息充满全身，是为满息；如身体患臃肿之病，则呼吸时心想此息，焦灼其体，是为焦息；如身体患羸损者，则呼吸时心想此息，可以增长气血，是为增长息；如身体患肥满者，则呼吸时心想此息，可以灭坏机体，是为灭坏息；如身体患冷，则心想此息出入时，身中火炽，是为暖息；如身体患热，则心想此息出入时，身中冰冷，是为冷息；如内脏有壅塞不通时，则心想此息之力能冲过之，是为冲息；如肢体有战栗不宁时，则心想此息之力能镇定之，是为持息；如身心不调和时，则心想此息，出入绵绵可以调和之，是为和息；如气血衰败时，则心想此息，善于摄养，可以滋补之，是为补息。
以上十二息治病，盖利用一种假想观念，以心意之力渐渐影响于身体，久久行之，自然有效耳。至于最上乘用观治病法，但须返观吾身吾心，本来是虚妄不实，求身求心，既不可得，更何有于病。故疾病为虚诳中之虚诳现象，如此观察，众病自瘳矣。