反正军消灭了，继之而起支持桂王政府至13年之久的，是张献忠的残部孙可望、李定国等，所以桂王政府最后的一幕，是张献忠残部的斗争。
当桂王政府成立之时，张献忠的残部已经由孙可望等率领，撤退黔、滇。当桂王退守南宁时，孙可望等鉴于形势的危亡，曾遣使向桂王表示，愿意拥护政府，共抗清兵，因此有请求封王之事。请求封王者，即要求承认其合法地位。
当时政府中对孙可望请封王事，有两种主张，寒士出身的程源、万翱等则以“可望举全滇土地、十万甲兵以归我，功在可王”。［1］而况当时的孙可望，“封之王，不封亦王”，与其自王，不如封之。士大夫的领袖严起恒、金堡等，则谓：“江粤之土，我已失之土也，滇未失之土也，金声桓、李成栋举已失之土而效顺，且不敢邀王封，而廷议亦唯祖制是守；今乃举而授之可望，则何以谢声桓、成栋于地下，而激励其部曲乎？”［2］因议论不一，终罢王封。
平心而论，金、李虽系举已失之土而效顺，但赣、粤之失，金、李实为清兵先锋。孙可望虽旧为“流寇”，但并未投降清朝，背叛民族。彼既自求归附，似不应加以拒绝。而况当时桂王政府只有两条路可走，不是偃旗息鼓，宣布灭亡；便是撤退云、贵，以孙可望等的力量为基础，展开最后的斗争。但是当时桂王政府中的士大夫，似乎宁愿逃亡海外，不肯撤退云、贵。《明纪》云：
时大清兵南征，势日迫，王召诸臣议，有请走海滨就李元胤者，有议入安南避难者，有议泛海抵闽依郑成功者。惟马吉翔、庞天寿结可望，坚主赴黔。［3］
等到南宁沦陷，百官溃散，这时桂王才接受孙可望的拥戴。当时孙可望遣兵迎王入贵州之安隆所，改为安龙府，奉王居之。但当时的士大夫，却一则曰：“孙可望谋劫王以自重。”再则曰：“王寄虚名于群盗之中。”
平心而论，当时孙可望雄据滇、黔，遥控川、湘，地方数千里，甲兵数十万，他继续做“盗贼”也可以，自己称王称帝也可以。再不然，举滇、黔土地而投降清朝，又何尝不可以。他又何必“邀封”才能自尊，“劫王”才能自重？而况欲自尊，则降清以后，“尔公尔侯，有平西王吴三桂之典例在”；欲自重，则与其“凭借桂王”，又何如追随南明士大夫之后，“凭借大国”，岂不更能“狐假虎威”，以鞭笞自己的同胞吗？退一步说，即使孙可望是“劫王自重”，但当时士大夫何以并“劫王自重”者亦无一人呢？是知当时的桂王，即使劫到手里，亦不能自重，不能自重而“劫”之，这是士大夫之所不为。士大夫所不为者而孙可望为之，这就证明了不是为了自重，而是为了要继承这一个没有希望了的民族斗争。
具体的史实指示出来，当桂王入黔以后，孙可望等立刻发动了一个大规模的出击，以迎接这个抗敌的政府。《明纪》云：
（永历六年二月）孙可望使李定国、冯双礼由黎平出靖州，马进忠由镇远出沅州，会于武冈，以图桂林。刘文秀、张先壁由永宁出叙州，白文选由遵义出重庆，会于嘉定，以图成都。［4］
这一次的大出击，是两路并进。一路东征湘桂，一路北伐四川，两路都获得了胜利；而尤以东路的胜利，在桂王政府的斗争中，是空前绝后的。《永历实录》云：
定国自贵州出黎、靖，马进忠、冯双礼副之……合兵十万，战象五十。四月，驰攻黎平，克之。五月，至靖州……两日夕，驰下武冈。清肃顺公弃宝庆走，定国收宝庆。遂自东安南攻孔有德于桂林……肉搏登城，王允成开门纳兵入，有德自焚死。执（叛将）陈邦傅，数其矫诏怀奸、叛王迎降之罪，并其子磔杀之。七月，收平乐梧州，马雄、缐安国走广东，遂复柳州、南宁。
八月，举兵出楚，复永州，遂下衡州。出马宝军于连阳，收曹志建故部于贺县。遣马进忠、冯双礼北取长汉。召张光翠出宁乡，进复常德。十月，进忠略地岳州，所至披靡。别遣军攻永新、安福，下之，遂围吉安。兵出凡七月，复郡十六，州二，辟地将三千里，军声大振。
当东路军攻复南宁时，“刘文秀出川北，亦复潼川，攻进保宁，吴三桂驰救之，迎战大败，退师川南。”［5］《明纪》谓刘文秀曾一度进据成都，清兵为之震动。［6］
像这样一个惊人的胜利，就证明了中原人民并不是没有抵抗清兵的力量。以前的失败只是因为没有把这一部分力量运用起来。自从李定国把抗清的旗帜举起来以后，清统治者也就惊惶失措了。
但是不幸桂王及其从官，因为不满意孙可望的待遇，硬要分裂孙、李的团结。他们一方面说孙可望虐待桂王，企图篡窃；另一方面又说李定国恃功骄横，准备独立。并且一次两次的“密敕”、“血诏”，召李定国还师勤王。在这样挑拨离间之中，孙、李的感情，自然恶化了。
平心而论，像孙可望那样从农民出身的人，他当然不知道侍候皇帝的规矩，趋朝拜舞，呼万岁，不大熟习，因而失礼之处，也许有之，但说他篡位，就未免神经过敏。例如当时御史李如月指出孙可望篡位的证据，是说“可望擅杀勋镇，罪同操、莽”。但他所谓“勋镇”，是替清军当向导进攻南宁的陈邦傅。如果这样的“勋镇”亦不可杀，杀了就罪同操、莽，那就真是不能理解了。
谣言终于分裂了孙、李的关系，不久孙可望遂自贵阳帅兵出湖南，欲夺李定国兵柄。当时正值清敬谨王率三贝勒、八固山兵向湖南，李定国屯衡州，马进忠、冯双礼屯长沙，前军下岳阳。在湖南，正在酝酿大战。正当此时，孙可望密令冯双礼、马进忠从长沙撤退，于是李定国遂由衡阳败退宝庆。定国正拟死守宝庆，而可望驰召定国返武冈会议，三昼夜，书七至。定国不得已弃宝庆，西趋武冈。途中知可望有加害之意，遂折而南走，由永明趋平乐，下梧州，进围肇庆，欲东入粤，与郑成功连兵攻江、浙。遂南入钦、雷、廉诸府，克高明，陷新会。不幸为清兵所败，复由新会退南宁，更由南宁入滇，迎桂王入昆明。
同时，孙可望亦被清兵大败，精锐挫衄殆尽，扫兴而归。以前李定国收复之地，至是又完全丧失了。
胜利变成了失败，一个统一的力量，分化为两个对立的力量了。继之而来的便是孙、李的火并。在火并战争中，孙可望被迫投降了清朝。孙可望离开了民族斗争的战线，这是失败主义者的胜利。同时，亦即清朝统治者的胜利。
注释：
［1］王夫之：《永历实录》卷二十一，第3页。
［2］王夫之：《永历实录》卷二十一，第3页。
［3］《明纪》，第26页。
［4］《明纪》，第28页。
［5］以上均见王夫之：《永历实录》卷十四，第3页。
［6］《明纪》，第29页。