光绪元年正月，英翻译官马嘉理被杀于云南。初，印度遣副将柏郎等来华，英翻译马嘉理领总理衙门护照，赴缅甸迎之，既相遇，折归滇，行至腾越厅属蛮允地面，为野人所戕。英人以为署滇督岑毓英实主使之，严责言。廷议以英人涎滇通商久，欲借此开衅，为要挟计；命滇督刘嶽昭回本任，会毓英议办，并派兵防边。英使威妥玛持之急，总署力拒之。威妥玛下国旗出都。时中外汹汹，谓将兴战事。威妥玛出京时，俄使就商英兵入滇，俄亦进兵伊犁，以图占地。英兵五千，自缅甸蓝贡海口进屯滇界。廷谕滇督备兵，谕称滇省野人，虽居铁壁关外，其地尚属中国，不得谓非中国管理。设马嘉理非野人所戕，而读之野人，或实系野人所戕，而谓野人非王法所能及，势必如上年台湾番社之事，彼族即可派兵自办，遂其奸计。大局所关，实非浅鲜，著刘嶽昭、岑毓英恪遵前旨，迅将此案确切情形，据实奏闻，并一切持平妥办。复命湖广总督李瀚章赴滇查办。瀚章奏滇地通商不便，谕相机办理。继命前侍郎薛焕入滇会同查办。瀚章、焕、毓英会奏言：查马嘉理前赴滇缅，持总理衙门护照，沿途护送无误。嗣马嘉理等由缅回滇，中隔野人土司地界，该处向多匪徒，与野人勾结，劫掠行旅。其时腾越绅民纷纷传播，谓洋人等带有洋兵多名，将入关内。该绅民素未识洋兵举动，恐其入境欺辱，是以集团自卫身家。而不法匪徒，乃与野人伺隙乘机击杀，酿成事端。虽该洋人自缅境折回，未先知会地方官，派人护送。而腾越厅同知吴启亮，于绅民聚团时，未能关导弹压，预防其渐，及至中途失事。迨经臣毓英严檄勒拿数月之久，始行获犯。缉捕迟延，致外国有所藉口，实属办理不善。署腾越镇总兵蒋宗汉，于专辖地方，出此巨案，毫无觉察，亦有应得之咎。应请旨将吴启亮、蒋宗汉撤任，暂行革职，归案审讯。如查有调兵阻止，及指吏戕害情事，再行严究。
先是，威妥玛出都，北洋大臣李鸿章虑即致失和，自天津乘兵舰追至烟台遮留之，以交涉自任。威妥玛感其意，留居烟台。六月，命李鸿章为全权大臣，赴烟台议约。七月，鸿章议成《烟台条约》三端：第一端，昭雪滇案，威妥玛自拟滇案奏稿底本，与鸿章商定，交总署或鸿章列名具奏。俟奉旨后，通行各省，祥列告示张贴。，并照会英使，英使于两年内派员至各省查核被害家属，及因滇案用费，共赔二十万两。朝廷惋惜滇案玺书，特派使臣克日赴英。国书底稿，使臣及随员衔名，先期送英使阅视。第二端，上年所定中外大臣往来相待，及两国审办案件，交涉事宜。第三端，上年八月议定，整顿通商事宜，添开湖北之宜昌、安徽之芜湖、浙江之温州、广东之北海四处口岸，设领事。又四川重庆，可由英派员驻寓。查看英商事宜，沿江安徽之大通、安庆，江西之湖口，湖广之武穴、陆溪口、沙市六处，均属内地，得暂停起载货物。另专条，英国派员由京师至甘肃、青海入藏，至印度，护照由总署给发，知会地方官妥为办给。其由印度与西藏交界地方派员赴华，由驻藏大臣派员照料，并给发护照。议既定，鸿章奏言：前奉谕旨，派为全权大臣，驰赴烟台，与威妥玛会商一切。六月二十九日，行抵烟台。七月初三日，会晤议商云南戕害马嘉理一案。该使坚求将全案人证提京覆讯，若不允行，他事无可商办。其注意尤重在岑毓英主使。请观审之格维讷，由滇回缅，沿途查访，情节更真。彼已令格维讷于闰五月秒回英面陈，又将全案文卷证据，赍送该国查核。约一月内，该国必有办法回信。此时即与议商，仍须咨请本国作主等语。臣与反复驳辩，以滇案业经钦派大员往查，讯取供证确凿，断无再行提京复讯之理。若必欲提质，须将所得岑毓英指使文札信据，交出查验，当据以请旨定夺。若听信传闻之言，并无确证，遽将督抚大员提审，中外各国，皆无此办法。该使允将格维讷所记簿据译送，日久总未送交。初五初八等日，威妥玛、梅辉立来晤。十一日，臣又赴威妥玛处会商，仍执前词以相抵拒。该使又提及去秋在总理衙门议定办理滇案，优待驻京大臣，整顿通商事宜三大端，须一并议办，乃能结案。其欲甚奢，而所言甚肆。适俄德美法日奥六国驻京大臣，及英德两国水师提督，均会集烟台。臣故示整暇，往来谈议，并诣其铁甲大兵船，阅看操练。该兵官等迎送礼仪恭谨。臣于十二日万寿圣节，邀请各国公使提督至公所燕饮庆贺。自威妥玛以次，各举觞起立称颂，情谊颇为联络，于是各国使臣公论，亦谓无确实凭据，擅请提京为非。十三日，威妥玛始允另议办法，谓前在京拟有八条，英国臣民，皆不满意。现格维讷到后，朝议尚未知如何。若另想办法，必得比八条所索更多更重，方可服国人之心。所拟条款，须全允许，即转本国结案，不必再说提京等语。十五日，该使先送来一函，坚明要约，以条款常通盘合并酌议。如不允行，决然停议；如可允行，彼此画押为凭，臣即覆函。以如于彼此有益无损，各省地方均能照办，自可酌允。倘有中国体制所未协，及力量办不到者，亦未便勉强允行。俟定议后，再据情具奏，请旨定夺各等语。十七日，该使来寓，先译述英文大略。十八日，将译汉条款，送交臣逐加查核。其昭雪滇案六条，皆总理衙门已经应允，惟偿款银数未定。其优待往来三条：一京外两国官员会晤礼节，似因今春部院大臣往来，多未拜会，各省督抚接见外国官员，仪制互有歧异，欲商订以免争论。一通商各口会审案件。一中外办案观审两件，可合并参看。查近来各口关道与领事，虽照约有会审之名，仍归承审者定断，会办亦属虚文。若照所拟分别妥议定章，或稍经久，观审一节，亦经总理衙门于八条内行矣。
至通商事务，原拟七条：一通商各口，请定不应抽收洋货厘金之界。并欲在沿海沿江沿湖地面，添设口岸。该使以道光二十二年江宁和约第十款，英国货物在海关纳税后，准中国商人遍运天下，经过内地税关，照旧轻纳，不得加增等语，厥后因此议改子口税为他口，毫不另征之据。是第一子口，似应在内地旧设常关处所，遂谓必须离海口数十里，或百余里，定为子口界址。其界内免再收洋货厘捐，名为照约，似亦近情。臣查各省厘捐，多在通商口岸，百货鳞集之处。若准定子口界，所失过多，断不可行。一请添口.岸，分作三项：以重庆、宜昌、温州、芜湖、北海五处，为领事官驻扎；湖口、沙市、水东三处，为税务司分驻；安庆、大通、武穴、陆溪口、岳州、码斯六处，为轮船上下客商货物。长江一带，竟欲一网打尽，用意极为贪狡。以上二条，系该国注意多年，所必欲得者。叠与总理衙门议论未就。本年德国修约，又嗾令合力要求，几有不允不休之势。一洋药准在新关并纳税厘。一洋货半税单，请定画一款式。华洋商人，均准领单。洋商运土货出口，商定防弊章程。一洋货运回外国，订明存票年限。一香港会定巡船收税章程。一各口未定租界，请再议定。以上五条，如洋药厘捐，由新关并征，既免偷漏，亦可随时加增土货，报单严定章程，冀免影射冒骗诸弊。香港妥议收税办法，均尚与中国课饷有益。其馀亦与条约不背。该使又拟明年派员赴西藏探路，请给护照。因不便附入滇案优待通商三端之内，故列为专条。臣缘该使先既约定各条，须通盘合并酌议。有允有不允，则即停议，恐又事败垂成。因就其稍可通融者，酌量允行，改添字句，免滋弊混。而全力专注免定口界，添设口岸两事。与之反复争论，该使忽允忽翻。自十九日起，逐日会议。至二十四日，彼乃肯确允免定口界，仅于租界免抽洋货厘金。臣查洋人租界，为地无几，各通商口惟上海租界，有抽厘局卡。他处厘局，皆在租界之外。且指明洋货，则土货仍可抽收。将来洋药加征，稍资拨补，似于大局无甚妨碍。至添口岸一节，总理衙门已允宜昌、温州、北海三处。赫德续请添芜湖口，亦经臣奏准在案，今仍坚持前议。准添四口，作为领事官驻扎处所。其重庆派英员驻寓，总理衙门已于八条内议准，未便即作口岸。臣知川江峡滩险阻，轮船万不能行，姑声明俟轮船能上驶时，再行议办。至沿江不通商口岸，上下客商货物一节，自长江开码头后，轮船随处停泊，载人运物。因未明定章程，碍难禁阻，该使既必欲议准，似不在停泊处所之多寡，要在口岸内地之分明。臣今与订上下货物，皆用民船起卸，仍照内地定章。除洋货税单查验免厘，有报单之土货，只准上船，不准缺卖，其馀应完税厘，由地方官一律妥办等语，是与民船载货查收厘金者一律。旋与赫德密商。据称如此办理，该总税司敢保洋税毫无偷漏，厘课并无耗损，只须各地方关卡员役查察严密耳。该使先请湖口等九处，臣与厘定广东之水东，系沿海地方，不准骤开此禁。岳州距江稍远，不准绕越行走，姑允沿江之大通、安庆、湖口、武穴、陆溪口、沙市六处，轮船可暂停泊，悉照内地抽征章程。臣与德国使臣巴兰德议及该国修约添口，即照英国定议办理，亦一举两得之计也。威妥玛谆请半年后开办口岸，俾英人知滇案有此补贴，早沾利益。租界免洋货厘金，洋药并纳厘税，须与各国会商，再行开办，因准另为一条。倘以后各国不允，亦于我无损。至派员赴西藏探路一节，将来恐有棘手。而条约应准游历，亦无阻止之议。臣于原议内，添由总理衙门驻藏大臣查度情形字样，并与言明如有阻滞，切勿勉强，致有后悔，该使颇以为然。届时应由总理衙门妥慎筹酌，纵难阻其勿往，但为沿途加意护送，自无他虞。其餘节目，关系尚轻，兹为迅速结案起见，未便过于拘执，致因小故，或生他变。迨至诸议就绪，商及滇案偿款一节，该使谓不敢自专，须请本国定数。惟去冬专为此事，调来飞游帮大兵船四只，保卫商民，计船费已近百万，难保不向中国讨取等语，意极闪烁。臣谓两国并未失和，无认偿兵费之例。谆属其定数，乃可结案，庶几一了百了。该使谓吴淞铁路，正滋口舌，如臣能调停主持，彼即担代，仍照原议二十万。臣思铁路一事，洋商既经购地兴筑，岂肯中废。若久搁置，亦属可虞，当允派员往商，该使遂欣然定议矣。因订于二十六日，率同中外在事各员，齐集公所，将缮就会议条款华英文各四份，校对无讹，彼此画押盖印互换。该使复具结案照会，由臣转咨总理衙门照办，照录恭呈御览，仰慰兹崖。报闻。约既议定画押。是为《中英烟台条约》。
鸿章复将办结滇案始末上奏：查同治十三年六月间，经英国驻京大臣，以印度派来官员由缅入滇，并派翻译官马嘉理前往迎接，商请总理衙门照案发给盖印护照，并咨沿途各省及云南督抚，一体知照。旋经英国声明翻译官马嘉理，已于是年十二月，由滇安抵缅甸新街地方，迎接印度派来副将柏郎等，折回滇境。迨光绪元年正月十七日，马翻译行至腾越厅属之蛮允地面，遽遭戕害，十八日，柏副将被人持械击阻等因。五月间，钦派湖广总督臣李瀚章前往查办，并派前侍郎臣薛焕会同办理。一面由英国驻京大臣选派参赞格维讷等往滇观审。二年三月，李瀚章等查明覆奏。据称英国翻译官被戕，系因野匪索取过山礼不遂，致被杀害，其同行各员被阻，系由已革南甸都司李珍国主谋。案关中外交涉，未便遽拟罪名，请饬下总理衙门会同刑部议覆。奉旨允准，由总理衙门恭录照会英国大臣，并将李瀚章等原摺，及供招信函件一并钞送知照。查该革员李珍国，及各犯等各有供证可凭，自应酌照中国定例，分别科罪。惟据英国大臣开送节略，内称参赞格维讷等所报情形，逐层核对。查湖广总督臣李瀚章等原讯供证，指出李珍国等为案内要犯，虽按中国律例，可作为定罪之据，若按英国例法评议，仍似难称信谳。如将前项人犯治罪，英国未能视为允协，转恐更滋疑虑。此案被戕被阻，皆系英员，因思西国理教所重，倘仅责其既往，莫若保其将来。窃请将现在带案候办之人，毋致惩办等语。臣钦奉谕旨，驰赴烟台，与英国大臣会商。中西律例既殊，办法亦异，似应据情权宜拟结。除署腾越镇总兵蒋宗汉、腾越厅同知吴启亮，业经革职，毋庸议外，其已革都司李珍国，3及匪犯而通凹、腊都等十一名，可否仰恳天恩，特施法外之仁。俯如英国大臣所请，酌予宽免罪名，伏候圣裁。第念翻译官马嘉理，系我和好之国所派职员，复经发有护照，遭此戕害，其同行之员，并被击阻，未免有伤两国睦谊。朝廷笃念邦交，自必深加惋惜，拟请旨宣示中外，俾释群疑。况中国与各国，早经立有条约，彼此均当恪守。上年九月间，总理衙门具奏申明条约，将各国人民请照游历保护之条，通行各省，务须细核条约本意，分别办理。应请旨饬下各省督抚臣，懔遵上年九月十一日谕旨，再行严饬所属，仰体国家敦睦友邦之意。嗣后遇各国执有护照之人，往来内地，于条约应得事宜，务必照约相待，妥为保护。若不认真设法，致有侵陵伤害重情，即惟该省官吏是问。并于各府厅州县张贴告示，使之家喻户晓，洞悉中外交际情形，以后衅端，自可不作。如蒙谕允，即由总理衙门拟定告示，咨行各省照办。又奏：此次办理滇案年馀之久，英国使臣威妥玛反复要挟，忽请提京，忽请免罪，且牵涉通商多增口岸。臣虽权宜拟结，实属愤恨填膺。若使此案未出之先，该省督抚详慎开谕地方官绅，何敢如此横肆；迨案出后，即为办获正凶，何至该使得以藉口。乃前云南巡抚兼署云贵督臣岑毓英，始则漫不经心，延不奏报，迨经寄谕饬查，总理衙门叠函咨询。又未能据实奏办，以致外国疑为指使，议论繁多，几开兵衅，是该抚原有应得之咎。惟既经权宜办结，该使于李珍国，及腊都等犯，尚为请免罪名，此时复将该抚请予处分，恐又启该使之疑，应否加恩免议之处，臣未便擅拟。惟查各口通商以来，各省口岸及内地，遍设教堂，均有洋人杂处，且时有执持护照，外国官员人等，游历往来，愚氓无知，岂能尽谙法纪。或缘细故而启忿争，或因传讹而致滋闹人民案件，本难保其必无。窃维朝廷丕冒之仁，中外既无歧视，情法自应持平。自来地方命案，办理速，则怨忿易消；办理迟，则讹言易起。况洋人性多贪急，尤宜杜其借端。臣闻上年日本有戕杀德国领事官之事，该国君臣，立即抚慰德国驻日公使，数日内办获正凶，其案遂结。今年土耳国属地，同时戕杀法德两国领事，亦不过数月之间，已获犯偿款完案。况中国素为万国所尊仰，若我滇案办理迅速，自不致波澜叠起，上烦圣魔。各省地方官吏，于洋务隔膜既多，当此时势艰难，又罕能为国家分忧远虑，倘均如岑毓英之任性贻误，诚恐后患方长。应请旨严饬各直省督抚督饬所属地方官，讲求条约，先事防维。倘遇有外国官民被戕之事，迅即饬属查明严缉真正凶犯，勒限办结。倘有任意迁延虚饰等弊，致开边衅，立予重惩，庶期消患未萌，免蹈前辙。又奏：拟结滇案摺稿，按照威妥玛所拟节略，大致叙入，先与阅看，会商妥当。本年五月间，总理衙门业经允行，该使任意挑剔，以为声叙未协，此即出京罢议之一端。此次会议，该使复申前请，送来节略，与在京面递者，大意无殊，而词气稍顺。臣既查照妥晰声叙，仍略参以己见，期于中国体制稍合。该使索阅后，字字推敲，往复数日而后定。成议之难，实非局外人所得知。此案刑部尚未覆奏，该官犯罪名出入，本与内地寻常办法有别。臣初拟将李珍国及而通凹等请旨酌予减等发落。威妥玛执意不肯，必欲改为宽免罪名。询其何故，则以此事实系腾越官绅，唆怂·李珍国为之。而官绅又系禀承岑毓英意旨。今既不惩办岑毓英与腾越官绅，断不可专办李珍国与野匪。谈次并谓李珍国家属，现为缅境新街英领事留养，难保非其家属藉词狡赖，图为李珍国乞恩。而该使遂深信不疑。惟李珍国从前守腾越城，久著劳绩，兹因一时冒昧，遽罹法网，其情亦有可矜。野匪而通凹等，化外愚顽，更无足论。可否恳恩即如该使所请，慨从宽宥，免致饶舌。至滇边通商一节，据该使面称英国拟暂缓开办，但虑中国将来失信，求于结案谕旨之末，带叙一层，则因办通商而免罪，较为有词。该使奉到后，即译出英文寄呈本国，以为光荣，并乞俯准施行。诸奏并报可，三年八月，谕马嘉理一案，现已办结，云南边界通商事宜，俟英国派员到时，即著云贵总督、云南巡抚，选派妥干大员，前往该省边界，查看情形，商订章程，随时奏明办理。