如果这本《方法论》一次读完显得过于冗长的话，可以将其分为六部分。第一部分讲对科学的种种考察；第二部分谈作者所寻求方法的主要规则；第三部分说的是作者从这一方法引出的几条道德准则；第四部分讨论作者借以证明上帝存在、人的心灵存在的根据，要知道，上帝存在、人的心灵存在，正是其全部形而上学的基础；第五部分展示作者探寻物理问题的次序，尤其是对心灵运动的解释，以及对属于医学的另外几个难题的解释，然后是我们的心灵与动物心灵之间的不同；最后一部分交代一下，是什么东西让作者觉得是必须的，以使作者能够在其对自然的研究中，获得他未曾有过的更大进展，以及是哪些原因促使作者写下本书的。