《佛性論》雖爲不少學人視爲如來藏系之論典(注釋：呂沔、印順心法師都認定《佛性論》爲如來藏思想的典論，可參看呂沔之《印度佛學源流略講》與印順法師之《如來藏之研究》二書。)，但其也結合了般若中觀與唯識學的義理來組織來說，因而此論具有廣泛的兼容性。《佛性論》題爲四卷，從其內涵上來分析，可有叁大部分：一爲緣起。二爲破斥。叁爲實相論。
一、緣起。此通常爲佛家造論的緣由、目的及其宗旨，乃佛學論典的一般通式。《佛性論》在其〈緣起分〉開宗明義就點出此論的目的。是要斷除自卑、高慢、虛妄、誹謗正法和我執五種過失，長養正勤、恭敬、智慧、正行和慈悲五種功德。其宗旨，乃是重新闡釋、說明《大般涅槃經》所提出的「一切衆生悉有佛性」的命題。
二、破斥。世親爲了顯示大乘佛教的究竟深義，往往使用所謂破邪顯正的手法。大體就世親的破斥思想論典而言，除《佛性論》外，尚有《唯識叁十論》、《唯識二十論》、《涅槃經本有今無偈論》、《攝大乘論釋》及《俱舍論》等，其破斥思想，主要是針對小乘八部，與外道數論、勝論、正理叁派。其中，部派的犢子部、正量部、經量部、有部、大衆部，與外道的數論、勝論二派，尤爲世親所特別著力批判的對象。下面就具體落實到《佛性論》中的破斥要義，加以概說。
《佛性論》第二〈破執分〉，就佛性問題，對小乘、外道、大乘所存在的謬執，進行了逐一破斥。其中就小乘之執，舉出分別部與毗昙薩婆多部等之說。分別部認爲一切衆生皆有佛性，佛性之體即是空，萬象皆從空出，「若依分別部說，一切凡聖衆生，並以空爲其本，所以凡聖生者皆從空出。故空是佛性，佛性者即大涅槃。」(注釋：見《佛性論》卷一。)本來，由分別部建立的這種無爲法(空)有作用(出衆生)說，以真如法性爲本體來說明一切現象的存在，頗契如來藏系所主張的真如緣起論，與《佛性論》的宗旨亦無二致，但爲何要予以破斥呢？在世親看來，分別部所說雖不違大乘宗旨，但其過於執持而不能圓通。即其不能會通佛陀說有定無佛性、不定有無兩種衆生存在的方便設教。佛陀說此二種衆生的存在，雖是不究竟之說，但其乃針對不同根器的衆生而因材施教，意在策勵修習正道，速離無明之苦。
毗昙薩婆多部等，則執著於佛陀的方便說法，認爲並非所有衆生都有佛性，而且執持佛性不是衆生本有，而是修得後有的「始有佛性說」。如《佛性論》卷一引其義說：「若依毗昙薩婆多等諸部說者，則一切衆生無有性得佛性，但有修得佛性。」這種執方便之說爲究竟了義的思想，嚴重背離了《佛性論》所要說明的，「一切衆生悉有佛性」的宗旨，自然列於破斥之中。從《佛性論》對小乘偏執的批判來看，即使對於佛陀的經教，也不能拘執不化，而應會通觀照。
自古以來，「諸行無常，諸法無我，涅槃寂靜」稱爲佛法的叁法印。其中「諸法無我」印，或以說爲佛教曆來破除印度各宗教思想的一大利器。佛教對於外道所執之「我」，提出「無我」的主張，此種爭論在世親的進代頗爲激烈。如世親論典中，隨處可以見到其爭論的片鱗半爪。《佛性論》就外道所執，舉衛世師與僧佉二派。此二派觀點各有不同，但對主張諸法有自性之點，都是一致的。《佛性論》卷一引述其義說：
「一切諸法，皆有自性，等有不空，性各異故。若諸法悉空，無自性者，則水火色心，生死涅槃，並無自性。自性既無，應可轉火爲水，轉於涅槃更作生死。……若互可轉，則修道無用。故知諸法各有自性，是故不空。」
對此，《佛性論》從自性與現象的關系，即假有性空的理論，對此二外道之說予以破斥。其分別從一、聲無自性義。二、諸法之因緣生義。叁、能量所量之義。四、色與瓶之相對關系。五、因中有果說之批判。六、現象生起之問題等諸多角度，詳辯諸法無自性之義。
《佛性論》批判外道主張一切法皆有自性的偏執，主要是依據大乘中觀空宗理論的緣起性空說。其認爲，外道之所以講一切現象是有，乃因其把現象的存在「假有」，誤看成有自性的「真有」，因而産生種種執著。以中觀理論說，一切現象都由不同因緣、條件和合而成，如果實有待於種子、土壤、氣候等多種因素的和合調治，才能形成。因此，一切現象的存在，不是獨立而成，而是有待因緣和合，若因緣散滅，則現象之存在亦歸於無。從這層意義上說，一切存在是有條件的、相對的，這就是所謂「假有」。「假有」的現象是沒有獨立自性的，故又謂之「性空」。所以，《佛性論》在破斥外道過程中，反複加以申述的主旨，就在於說明「一切法如實無自性，唯其實空是其體性」(注釋：見《佛性論》卷一。)的命題。
如果我們真能窺破世間生活的這層假相，就不會對於人生中的各種成敗得失，斤斤計較，作刻意的追求，而是戲劇人生，生於世間而同時了悟世間的假有不真，隨遇而安，自在快樂。
《佛性論》破斥外道所使用的方法，通常是因明邏輯的方法，其大量運用證量、比量與聖言量來破邪顯正。如其在說明一切色法自性是空時，就是采取這一方法。《佛性論》卷一中雲：
「又如自性離色等諸塵不可得比，瓶亦如是。若汝雲先須證見，後則比知，如先曾證見火與煙相應，有火比煙。後時見煙，雖不見火，而由於前曾見火故，比度前時，知有火者，是義不然。何以故？汝謂由色等塵能比知自性，先來未見，雲何由色等而得比知？……是則由證量故有比量，此義不成，證既不成，比譬聖言等量皆失。」
印度的這種因明邏輯，很早在佛學以外的學派中就有了組織，特別是正理派，即以邏輯思想做爲他們學說的中心。後來佛教也廣泛采用這種方法。初期大乘如龍樹、提婆在方法上就多少運用了因明方法，不過反對外道過分重視其中「量」的作用。到了無著、世親的時代，則不僅廣泛應用因明方法，且對此有詳細的說明與發展。尤其在世親的著作中，以此駁斥異見，溝通疑惑等等，已成爲他學說中的一大特點，《佛性論》只是一個例證而已。運用因明方法，往複辯難，以充足的理由來證明真理，這本來有助於人們的理性思惟，可惜這一方法在中國佛教的傳承中，除了玄奘一系的唯識理論有所介紹外，殆成絕響。這也就難怪《佛性論》不爲中土佛學所垂重了。
破除了外道偏有的執著，達到「二空所顯」之佛性，但這尚不是究竟了義的佛性說，還必須進一步揚棄空觀佛性，會通空有，既不偏執有，同時也不偏執空，這才是究竟的佛性。爲此，《佛性論》對大乘空宗所執，也進行了破斥。即對其所謂「一切有皆由俗谛，一切無皆由真谛」(注釋：見《佛性論》卷一。)的二谛說進行批判。
在《佛性論》作者看來，二谛之說的謬執，就在於它把「有」、「無」截然分開，使「無」變成空無所有。實際上，所謂的「真空」，是非有非無，是有與無的完美統一，所以不論談「真」或說「俗」，都不可以把「有」與「無」割裂開來。《佛性論》卷一中雲：
「二谛中不可說有，不可說無，非有非無故。真谛不可說有，不可說無者：無人法故，不可說有；顯二空故，不可說無。俗谛亦爾。」
「人、法」的實體是不存在的，所以不可說有，此是破外道之執。但「人、法」實體不存在之「理」則是存在的，所以又不可說空，此乃破大乘空宗之執。只有雙遣空有，而又空有兩分，方是「佛性」至理。《佛性論》的斥空之說，還有著更深一層的義涵，即弘闡大乘攝世，自覺覺他的情懷。其要破除虛空叁昧，乃意在以「空」來容納「妙有」，證入絕對真空的境界之後，還要慈航返駕，回到現實的世間，去攝化衆生。這一思想在《佛性論》中，反複出現，所以《起信論》在《佛性論》以體、相兩方面來講佛性的基礎上，更進一層提出「用」。來講「法性無住」，「起於大悲」的菩薩情懷，也就理有所本了。
值得注意的是《佛性論》在破斥大乘所執的同時，結合了唯識學的叁性說。如其說俗谛非有非無，就分別依他與分別二性加以诠釋：「俗谛亦爾，分別性故，不可說有；依他性故，不可說無。」(注釋：見《佛性論》卷一。)
叁、實相論。超越虛妄的迷執，便可以見到最高、最真實世界的存在，這即是所謂佛性實相。當然，若從究竟層面來說，實相本來是只可冥契，而不可施以直說的。但爲了救度迷情的衆生，佛、菩薩又以「因指見月」的種種方便；施以「巧說」，這樣才有所謂經、律、論叁藏。《佛性論》所敘述的，正是開顯此宇宙的神秘，可以說是世親實相論的一部代表作。
《佛性論》對於佛性實相的說明，是分別從佛性之「體」與「相」兩個方面出發的。
《佛性論》在其〈顯體分〉中，從叁個方面闡述佛性之「體」。
１從「叁因」上講「叁種佛性」。所謂「叁因」，即指「應得因」、「加行因」與「圓滿因」。其中，「就得因」以無爲爲體，是一切衆生能證成菩提，成就佛道的內在根據。其又分別包含了叁層含義，即「住自性性」、「引出性」與「至得性」。「住自性性」乃一切衆生本有之佛性，爲常住不變者，無論善惡衆生，都同等具有此有此性。「至得性」即通達修因滿足，使本有之佛性了了顯現，這也即是所謂證得之佛性。「加行因」指衆生依據本有佛性，如理修行的一切宗教實踐活動，包括叁十七道品、十地、十波羅蜜等一切修習法門。「圓滿因」指衆生的「加行」，即勤奮修道，以助成達到最後圓滿的原因。「加行」與「圓滿」二因，均以了達「應得」之本有佛性之理爲目的，故以有爲爲體。此「叁因」佛性之說，巧妙地把衆生成佛的依據與修行實踐結合起來，理行兼濟，形成較圓滿的宗教體系，顯示了《佛性論》作者的運思之精。
２從「叁性」上講真谛佛性。結合「叁性」等唯識之義來解說佛性，是《佛性論》的一大特點，表明世親之學不守一宗，而是廣泛會通如來藏等佛性實相之論。《佛性論》認爲，唯識學的「叁性」不僅可以解釋「唯識無塵」的現象世界，還可以說明作爲本體的佛佛之理，「此叁性攝如來性盡，何以故？以此叁性通爲體故。」(注釋：見《佛性論》卷二。)「由此叁性，通能成就一切諸馀真谛，……諸真谛不出叁性。」(注釋：見《佛性論》卷二。)
「叁性」分別指「無相性」、「無生性」、「無真性」的「叁無性」，和「分別性」、「依他性」、「真實性」的「叁自性」，是印度佛教唯識學派用以組織學說體系的兩大支柱之一，《攝大乘論》和《叁無性論》對此有更詳盡的闡述。在這裏主要用以說明對世界的認識程度。一切凡夫，由於不出人、法二種偏執。故其所認識的世界，只是一種假象，並執著這些假象而認其爲真實的客觀存在，這就叫做「分別性」。此種「分別性」是由於不同的名言概念所幻現出來的，並沒有實際的體相，如《佛性論》卷二中所說「隨名言假說故立分別性」，又說「但名言所顯，自性無相貌故」，所以又叫其爲「無相性」。若從聖人的眼光看世界，則世界的一切現象都是沒有自性，虛幻無實的，因此聖人所觀之世界就叫「無真性」。能窺破世界虛幻無真的本身，即是了達了一種真實的存在，這種存在，就叫「真實性」。作爲聖凡「俗智」的共同認識對象名爲「依他性」，具體說，「依他性」是說世間一切現象的存在都是假借因緣而有。既然一切現象爲因緣而生，這就表明其既不是「自生」，也不是「他生」，而是各種條件和合而有，所以名之爲「無生性」。這種「依他」又分爲兩種，一指「染濁依他」，即形成作爲凡夫認識之境的「分別性」；一指「清淨依他」，即形成作爲聖人認識之境的「真實性」。所以「依他」既是世間知識的基礎，也是出世間聖智的依據。因此，在叁性說的中心就是「依他性」，它作爲其他二性的依持和樞紐。「依他起」就是指一切法，樹立了「依他起」便把一切法都系歸於一心。所謂「他」，無非是說一切法都依心識而存在，《佛性論》卷二上說「有似塵識」，「譬如幻化」，也就是把一切法(似塵)看作了(識)所變現的境相。如果把「似塵」的虛假存在執爲實有「自性」，即謂之「分別性」或「無相性」；認爲「似塵」中，人、法二空，因緣假有，實無「自性」，此即謂之「真實性」或「不真實性」。所以一切法存在於認識中，佛性與魔性，永恒與生滅，快樂與痛苦，都操之於我們心中，只在於我們一念之差，所謂一念向善即是佛土，一念向惡便成地獄。一切修持，必須從自心開始，唯有體認自心之實境，才能找到生命的源頭。
３從「如來藏」上講「佛性」。「如來藏」原是《勝鬘經》從「四聖谛」中提鏈出來作爲衆生「生死涅槃」依據的概念。《佛性論》則用以說明佛性與人、法的關系。具體而言，「如來藏」有以下叁義：首先是「所攝義」，以所攝，即一切衆生名「如來藏」，這是約一切衆生住自性如如，即修道前之凡夫位佛性而言，其義指一切衆生雖爲迷妄所覆，不能見自本性，但其無論賢愚，本性都同是真如。《佛性論》對「如來藏」作了明確規定，所謂如有「如如智」與「如如境」二義。因其沒有妄想，沒有顛倒，故名爲如如。所謂來，約從自性來，至來至得。因此，「如來」有從衆生本有佛性到覺證常住的意味。本來，如來性雖然有在因位名「應得」，在果位名「至得」之說，但二者之體不二，唯有清濁之異。在因位修道前，與人、法二空相違，故起無明，而爲煩惱所雜，所以名爲染濁。佛性雖然不能即顯，但將來必定顯現，所以名爲應得。若至果位時，與人、法二空相合，不爲惑累，煩惱不染，說名爲清淨。果已顯現，故名至得。此修道後之二佛性，是同一真如而非異體。所謂藏，指一切衆生悉在如來智內，均爲如來之所攝持，稱此如來所藏之衆生爲「如來藏」。此外，「藏」有叁種，即正境、正行、正果。這叁種都爲其他現象所無法比類的，能攝藏一切衆生，故名之爲「如來藏」。
其次爲「隱覆義」，指如來之性在衆生修道之前爲煩惱所隱覆，衆生不能證見而言。
再次爲「能攝義」，即指如來性雖在修道前的因位爲煩惱所覆，但其已經攝盡本有果地一切過恒河沙數功德。
此外，從真谛譯《佛性論》中「如來藏」的特殊意義來看，似乎已暗涵了指《涅槃經》中佛性本、始二有說的進一步解釋。《大般涅槃經》傳入中土後，佛教學人一般都信奉「一切衆生皆有佛性」的說法，但衆生是本來就有佛性，還是將來當有，《涅槃經》並無明確說法，致使佛性本有、始有的爭論(或謂「佛性當現」之爭)綿延不絕，一直到隋唐也沒有定論。《佛性論》講如來之性的「應得」(即本有)與「至得」(即始有)二者之體不二，唯有清濁、覺迷之異，是對這一問題作折衷圓融的解決，本是很重要的意義，可惜並未引起學人的充分注意。
關於佛性之「相」，《佛性論》分別從佛性之自體相、因相、果相、事能相、總攝相、分別相、階位相、遍滿相、無變異相、無差別相等十個方面，加以詳細分疏。但其要義不外乎從境、行、果叁大來組織顯現佛性之相，正如《佛性論》卷四所說：「此自性等十相爲顯叁義：一顯本有不可思議境界。二顯依道理修行可得。叁顯得已能令無量功德圓滿究竟，故造斯論。」
《佛性論》在闡釋佛性十種相的過程中，有以下幾個問題，頗有特色，值得我們注意：
１自覺利他的大乘情懷。《佛性論》在佛性十相之「因相」品中，提到四種修習證道的方法，此四法既有所立，也有所破。其中「信樂大乘」，旨在破除一闡提、凡夫樂著世間生死現象。「無分別般若」，是通過修習般若空觀，破除外道說一切法有自性的謬執。「破虛空叁昧」與「菩薩大悲」，乃是進一步揚棄對「空觀」的執持而升入到「妙有」的境地。即是說，通過般若空觀的修習而達到自覺、自悟之後，還要廣行攝世化他的大乘情懷。
《佛性論》在多處破斥了聲聞、緣覺等小乘行法只有自利、自覺、自度，而無平等度人的偏執：
「一聲聞人自利修行，但爲自度，不爲利他。二獨覺人於利他心無樂、無事，但起舍心。無樂者，不樂利他。無事者，了無度人之事，唯爲自覺自利故。但起舍心者，舍是平等之住心，不願利人，亦無所損，獨自覺悟，故言獨覺。」(注釋：見《佛性論》卷二。)
在《佛性論》看來，真正的大乘行法，應是既破凡夫對世間的貪著(俗、有)，又破二乘之人對世間的逃遁(真、無)，「真俗變觀」，實現自常與利他的統一。所謂既不同凡「樂生死有」，又不墮二乘，不樂大悲，而是「具行生死、涅槃平等之道，住無住處。雖行生死而不染，雖行涅槃亦非淨。但爲大悲故，不舍生死；爲般若故，不舍涅槃。」(注釋：見《佛性論》卷二。)這才是自在通融，無礙無著的大乘極境，此說與中土儒家所追求的「極高明而道中庸」的玄旨，殊無二致。
２轉依之法與境。轉依，指轉舍煩惱無明而得真智涅槃。「轉依」爲唯識學講修習成道的重要概念，《佛性論》以此來講證得佛性，顯然是采用了唯識學的方法來講如來藏的學說，就如同上文所說以「叁性」來講佛性一樣，表明了《佛性論》義理上的包容性。
《佛性論》所說轉依，可從「法」與「境」二方面來看。其講轉依之法，不離「如理智」與「如量智」二修。所謂「如理智」，指不壞人、法，而契合人、法的本來妙理，即認識到人、法本來妙極而以寂靜爲性，一切現象從本性層面來觀照，都是清淨無染，離有離無的。這樣就能於現象中體悟真常，不爲現象的生與滅所擾惑，當下即是解脫，世間中就能證至涅槃，不執著於境遇的優劣與變遷。「如量智」，又名「後得智」，爲順應諸法事相之俗谛智，其能究竟窮知一切境界。初地菩薩得此二智，能通達遍法界之理，能俱知生死、涅槃二法。
轉依之「依」，通指第八阿賴耶識，問題在於這個阿賴耶識是一切雜染的根本，還是雜染與清淨的混合識，曆來就有不同說法，真谛譯本對這一問題的解釋也頗不一致，以致後世學者爲此産生許多爭議，形成不同的宗說。從《佛性論》的思想來分析，所講的阿賴耶識還是雜染根本，爲一切無明煩惱所依，其卷叁中說：「阿黎耶者，依隱爲義，是生死本，能生四種末故。」所說「四種末」，即分別指無明、貪愛、業和果報。所以《佛性論》要舍淨除的是整個第八識，所謂「拔除阿黎耶」(注釋：見《佛性論》卷叁。)從這點看，《佛性論》維持了虛妄阿賴耶識的立場，此較合於印度唯識學的原義。
至於轉依之境，也即是證契如來法身。這個法身，《佛性論》分爲「有相」與「無相」兩種，認爲「有相」是方便說法，不是了義說，唯有「無相」是其根本。不過，「無相」又不是凡夫所執的虛無，而是指法身之相虛無，而是指法身之相微細難知，非凡夫所見，唯「無分別聖智」才能契悟。可見，《佛性論》對於各種經說，是有所會通的。
３叁種自性概念。《佛性論》詳細討論了叁種自性的概念。所謂叁種自性，分別從不同角度豐富了佛性的內涵。「叁種自性者：一者法身，二如如，叁佛性。」(注釋：見《佛性論》卷四。)「法身」又分爲「正得」與「正說」兩種。「正得」法身，是無分別智才能證契的佛性本體，此極境乃言語道斷，行思路絕，只可證會，不可言表。「正說」法身，與「正得」法身雖無二體，卻是從第二義層面，即世俗的，可以言诠的智識層面加以規定的。具體就表現爲佛陀所說二乘十二部等種種經典。此經典中，爲小乘所說者，其義「粗淺」：爲大乘所說者，其義「深妙」。這些經典，我們不可執爲法身之本體，卻可借此而了達法身真義。佛陀所謂「因指見月」，其「月」爲法身之極境，「指」乃言诠之經典。我們切不可「因指見指」，抱著經典而忘了自性反觀。
「如如」有叁義，即性無變異、功德無窮和清淨無二，其旨在說明自性之體的勝妙。尤其值得注意的，是《佛性論》對「佛性」與叁身佛關系的诠解，由「佛性」而引出叁身佛，可謂此論的一大特點。該論認爲，「佛性」可分爲「住自性性」和「引出性」兩種。由「住自性性」而說有「法身」的存在；由「引出性」而說「應身」和「化身」的存在。
《佛性論》以「佛性」爲主體而廣泛論議，幾乎同時囊括了印度所傳大乘佛教各宗精義，並加以富有新義的組織與闡釋，自成系統。可惜由於各種原因，此論在中國佛學史上沒有得到應有的垂注。這種曆史的遺憾，既爲我們當今學人對其理解造成不少困難，同時也爲我們破除門戶之見，不以前人之新意害已意，進行新的诠釋與覺解，留下了廣闊的空間。