《佛性論》題爲世親所造，但其論旨與世親其他重要論典不盡相合，故而有學者疑非世親之作。我們認爲，《佛性論》雖然深受唯識學派的影響，但嚴格說，其學說歸宗，乃如來藏系。該論以如來藏思想爲主旨，同時又廣泛會通了印度佛學的各家學說，尤其是唯識學的某些思想，這就使其源流問題變得更爲複雜，可謂衆源異流。爲了厘清《佛性論》的思想源流，我們擬從以下諸方面加以疏說：
一、從如來藏思想源流看《佛性論》。《佛性論》的宗旨是講如來藏思想，這不僅從其廣引《勝鬘經》、《無上依經》等如來藏系經典可以看出，而且其中許多思想，也都可以直接在如來藏的不同典論中找到依據。如來藏、如來性、佛性、佛界等，這一類名詞，在意義上雖各有倚重，但作爲成佛的可能性，衆生與佛的本性不二來說，有著一致的意義。在印度，如來藏學說的興起，約在公元叁世紀，它是不直承「原始佛教」的法流，而是繼承了「初期大乘」佛教思想，並加以獨到闡發而成。在公元四、五世紀中，此說非常流行，有關如來藏說的各種經典，也紛紛流傳出來。在中國譯經史上，從公元叁世紀末起，到七世紀止，所譯出的如來藏系經論也爲數不少。不過，此說在印度後期大乘佛教學說中並未見發揚光大，反倒在中土佛學史上得以盛傳不斷，這主要是由於如來藏學說與中土固有的儒道心性學說頗爲切近的緣故。
現漢藏所存有關如來的主要經典，共有十六種，論有叁種。(注釋：此十六種經分別爲：《如來興顯經》、《大哀經》、《大方等如來藏經》、《大般泥洹經》、《大般涅槃經》、《大雲經》、《大法鼓經》、《央掘魔羅經》、《勝鬘師了吼一乘方便方廣經》、《楞伽阿跋多羅寶經》、《寶積叁昧文殊師利菩薩問法身經》、《如來莊嚴智慧光明入一切佛境界經》、《不增不減經》、《無上依經》、《勝天王般若波羅蜜經》、《大乘密嚴經》。叁論分別爲：《究竟一乘寶性論》、《佛性論》、《大乘法界無差別論》。此外，《楞嚴經》、《大乘起信論》的思想宗致，也是如來藏思想，由於此經論的是非，真僞問題曆來就爭論不休，大多學者疑爲中土爲僞造，故不列入於中。)這些經論，大多早於《佛性論》而譯出，且對《佛性論》思想有許多直接的提示，故可視爲《佛性論》思想的活水源頭。下面分別從幾部與《佛性論》思想密切關聯的經論，來透視《佛性論》思想的形成：
１《大般涅槃經》，共四十卷，從關涼玄始十年(公元四二一年)十月起，昙無谶在姑臧譯出。昙無谶先譯前十卷，與法顯所譯《大般泥洹經》是同本異譯。以下叁十卷，是昙無谶再到西域去，訪求得來而再譯的。(注釋：參見《出叁藏記集》卷十四〈昙無谶傳〉。)
《涅槃經》的中心論題是講「如來常住不變」，涅槃有「常、樂、我、淨」四德，「一切衆生悉有佛性」。其所說的涅槃，也就是「佛性」與「如來藏」。《大般涅槃經》卷七中說：「我者，即是如來藏義；一切衆生悉有佛性，即是我義。」
《涅槃經》講佛性，除了以四德來說，還結合了般若空宗理論加以論究。如其以「佛性者名第一義空」，來解答什麼是佛性的問題。而其思想來源，則無疑受到了龍樹《中論》的影響。《涅槃經》卷二十七中說：
「中道者名爲佛性，……不得第一義空故，不行中道；無中道故，不見佛性。」
「佛性者即第一義空，第一義空名爲中道，中道者即名爲佛，……」
可見，「第一義空」、「中道」與「佛性」原是名異而實同的。
這些看法都影響到《佛性論》。《佛性論》不僅分別從如來藏、涅槃、法身、真實谛等角度來名佛性，而且也同時結合涅槃四德和般若空性之義來講佛性。《佛性論》卷二中就佛性極果之四德而作如是說：
「如來法身是常等四波羅蜜：以如來法身一切煩惱習氣皆滅盡故，是名極淨；一切我無我虛妄執滅息故，故名大我；意所生身因果究竟盡故，故名大樂；生死涅槃平等通達故，故名大常。」
此外，《佛性論》還廣引《中論》等中觀學說的「緣起性空」理論，來論說一切法無自性，空爲佛性之義。其卷一中說：
「佛性者，即是人法二空所顯之理。」
「一切法如實無自性，唯真實空是其體性。」
而且，《佛性論》以各種譬喻擬比佛性之相時，也顯然直接吸收了《涅槃經》的說法。如《涅槃經》之《迦葉菩薩品》中對衆生都有佛性，舉「貧家寶藏」爲喻來加以解說：而《佛性論》卷四中對此命題，則以「貧女寶藏」爲譬(注釋：《佛性論》卷四中，有關「貧女寶藏」的譬喻作如是言：「五、爲顯無明住地，故立貧女寶藏譬，譬如貧女宅中地下有金寶，爲地覆故，受貧窮苦。二乘亦爾，爲無明所覆，不見佛果，故受四種生死之苦。」)，其殆同出一轍。
《佛性論》不僅大量吸取《涅槃經》中的「佛性」說，且對《涅槃經》前後有關「佛性」的不同講法加以會通。《涅槃經》 「後續部分」，即後譯叁十卷，對於「初出部分」，即前出十卷中所提出的「一切衆生悉有佛性」的命題，作了重要的修正，明確地指出「一切衆生悉有佛性」，是說衆生將來可以「成佛」，而並非說他們現在的煩惱身中已經有「佛性」的存在。如其卷二十七中說：「佛性者，實非我也；爲衆生故，說名爲我」。這顯然與其「初出部分」所主張的我就是佛性的論旨相反。對於這個問題，《佛性論》中說到菩薩爲利他不舍生死處，以究竟不究竟，即了義不了義說加以融貫。《佛性論》卷二中說：
「會此二說，一了一不了，故不相違。言有性者，是名了說；言無性有，是不了說。故佛說若不信樂大乘名一闡提，欲令舍離一闡提心故，說住闡提時絕無解脫。若有樂生有自性清淨永不得解脫者，無有是處。」
所以，在《佛性論》看來，《涅槃經》的後續部分說有無佛性衆生，只不過是爲了適應具有「我見」的凡夫而作的一種權便的說法，與「一切衆生皆有佛性」的究竟根本論旨並無矛盾。
值得注意的是，《佛性論》中頗有特色的叁佛性說，從學理上看，也很可能是從《涅槃經》中把「佛性」分爲「因性」和「體性」二義中引伸出來。《涅槃經》所謂「佛的因性」，是指成佛的基因，成佛的內在根據，這相當於《佛性論》中的「住自性性」。而《涅槃經》中所謂「佛的體性」，是指佛的「果德」，即就佛果而言，這與《佛性論》中的「至得性」也是同一個意思。不過，《佛性論》還得出一個「引出性」，作爲由「住自性性」證得「至得性」的中間環節，這就使「佛性」的意義更爲圓滿。
2勝鬘經類，《勝鬘經》，二卷，宋元嘉十叁年(公元四叁六年)，求那跋陀羅初譯。唐神龍二年到先于二年間(公元七○六——七一叁年)，菩提流志重譯，編爲《大寶積經》第四十八〈勝鬘夫人會〉。像《勝鬘經》這類說法意義相似的還有《不增不減經》，一卷，元魏孝昌元年(公元五二五年)，菩提流支譯，和《無上依經》，真谛譯(注譯：此經譯時，有不同說法。一種說法認爲其譯於陳永定二年，即公元五五八年。還有一種看法，是認爲譯於梁代。此外，該經分爲六品，其中〈校量功德品〉第一，與失譯的《未曾有經》，唐玄奘譯的《甚希有經》，是同本異譯。)。這幾部經的經文與經義，在《佛性論》中可謂引述得最多，可見其對《佛性論》思想形成影響之大。
這類經的主要內容都是講「佛性」，特別以「如來藏」爲主題，說法基本上與《涅槃經》的後出部分相一致，但著重結合心性來講。這是《勝鬘經》等的一個大發展，把佛性擴展到心性，實際上是佛學的人性說，表達了他們對於人性的理解以及人生根據的說明。在《勝鬘經》等認爲，心的法性，即心的本質，是以「清淨」爲本的，由此本質來說心，就是「自性清淨心」。這一重要說法在《佛性論》中也多次出現。《佛性論》在講「佛性」之「自體相」時，就說到佛性無論在染、出染都是「清淨」爲本的，其卷二中說「自性清淨是其通相義」。《勝鬘經》又提到如來藏，也把它限定在這個清淨的範圍，這即構成其特定的如來藏五名：「如來蒇者，是法界藏，法身藏、出世間上上藏、自性清淨藏。」(注釋：見《勝鬘經》)如來藏的這五種特殊含義，全都爲《佛性論》所采用。《佛性論》卷二講佛性「自體相」中，明確提到有五種如來藏，其分別爲「如來藏」、「正法藏」、「法身藏」、「出世藏」、「自性清淨藏」。
《勝鬘經》等還結合心性與客塵的關系來講如來藏。一方面如來藏是「心性本淨，客塵所染」(注釋：見《勝鬘經》)，即一切衆生本有之清淨之心，因煩惱障蔽，現時不能覺察。另一方面，「淨心」與「客塵」雖是同時並存的，但兩者性質不同，又是分離的，即所謂在染不染，「與客塵俱，而性相離」(注釋：見《勝鬘經》)。要了知這種相離，就必須借助空性智的理解，「由智而見其不實」(注釋：見《勝鬘經》)，了解到染妄無實，從而把客塵斷掉。《佛性論》也講佛性爲「煩惱客塵」所染，但其同時又是「兩法」而可相離。其卷叁中說：「是心有自性清淨及有煩惱惑障，如此兩法無流界中，善心、惡心獨自行故。」「無流界」，即是通過修習「如理智」，窮源達性，了解到一切法「本來妙極寂靜爲性」(注釋：見《佛性論》卷叁。)，沒有生滅的境界。
如來藏自性清淨而又在染不染，一切煩惱客塵本來空寂，沒有自體，這其中蘊涵了生涵與寂靜，心與法性本來平等不二的深義。《不增不減經》、《無上依經》就充分表達了「生死即涅槃」、「煩惱即菩提」的「佛性」論。如其經雲：「甚深義者，即是第一義谛；第一義谛者，即衆生界；衆生界，即是如來藏。……」(注釋：見《不增不減經》)《佛性論》也反複引伸其義，認爲「佛性」平等遍滿一切衆生界，無有差別，從而把「真」與「俗」，「生滅」與「不滅」統一起來。這只是從下面引文中就可以得到理解：
《佛性論》卷叁中說：
「遍滿者，凡夫、聖人及諸如來，無分別性次第叁位中。……此叁處平等通達，相並隨道理遍滿期故。譬如土、銀、金等器中，虛空遍滿，平等無差別。如來法界遍滿叁位亦複如是，是故從位次第，說此遍滿。如《無上依經》說：阿難，是如來界於叁位中一切處等，悉無罣礙，本來寂靜。」
其卷叁又說：
「如如者，俗如即真如，真如即俗如。真俗二如無別異故。」
「……非爲滅除一法故名爲滅，以本來不生故名爲滅。如《無上依經》中說：阿難，於無生無滅法中，心意及識決定不生故。」
３《楞伽經》，共有叁個漢文譯本，宋元嘉二十年(公元四四叁年)，求那跋陀羅初譯，名爲《楞伽阿跋多羅寶經》，四卷，異譯有二本：一爲元魏菩提流支在延昌二年(公元五一叁年)譯，名《入楞伽經》，十卷。二爲唐實叉難陀在長安四年(公元七○四年)譯，名《大乘入楞伽經》，七卷。
如來藏說，到「《勝鬘》等經」的出現，開始與「心性本淨」——「自性清淨心」合流。「《勝鬘》等經」在講清淨如來藏與生滅現象界的關系時，說到如來藏是生滅法的依持，但自身又不是生滅法。如《勝鬘經》上說「生死者依如來藏」，又說「非如來藏有生有死，如來藏離有爲相，如來藏常住不變」。那麼不變無爲的「如來藏」究竟怎樣「緣起」生滅的現象？即是說「自性清淨」之心，怎樣流轉出有生有滅的現象世界？這一點，單以「煩惱客塵」所染來講，就顯得過於簡單。所以才有《楞伽經》等結合唯識學的八識之說來加以說明。在「《勝鬘》等經」中，只講心性，並沒有提到阿賴耶識，而《楞伽經》恰恰是以阿賴耶識來會通如來藏說，形成著名的「如來藏與藏識」理論。如來藏爲依止，阿賴耶識爲依止，本爲不同的二種思想體系。無著、世樣論著中，雖以真如解說如來藏，也沒有與阿賴耶識結合起來，而《楞伽經》把如來藏與阿賴耶合爲第八識，則是依於「心性本淨，客塵煩惱」而來。這一思想明顯影響到《佛性論》。《佛性論》一方面講「淨、不淨品，皆以如爲本故」(注釋：見《佛性論》。)的如來藏義，同時又結合八識來解說無分別的如來藏佛性。其卷叁在解說不生不滅的佛性義時說：
「釋曰：心者，即六識心；意者，阿陀那識；識者，阿梨耶識。於此叁中不得生故。此中若無叁識，則無分別；分別既無，亦無不正思惟等。既無叁識，則不得起無明，是以如來法身離不正思惟故，則不起無明。」
當然，則於《楞伽經》中所謂「如來藏藏識」這一概念的含義與解說，本身就極爲複雜而隱晦(注釋：《楞伽經》義，隱晦難明，如歐陽竟無先生在《楞伽疏決·序論》中說：「名相代有不同，與慣見異，則異生誤，難一。句法顛倒，虛字全無，文既改觀，義無從得，難二。句義略極，文少義者，隱晦澀艱，思索不得，難叁。」)，《佛性論》對此也沒有作明晰深入的闡釋，直到《大乘起信論》講「一心二門」，並創造性地把阿賴耶識規定爲染、淨「和合」，才基本上把這個問題作了圓滿的解決。
阿賴耶識雖然依「如來藏」而有，但《楞伽經》所說阿賴耶識，是不清淨的雜染根本。所以要實現「轉依」，就必須轉舍阿賴耶識，才能獲得離垢清淨的如來藏。這在叁種譯本的《楞伽經》中都可以找到印證。
如宋譯本卷四中說：
「欲求勝進者，當淨如來藏及識藏名。若無識藏名如來藏者，則無生滅。」
唐譯本卷五也說：
「欲得勝法，應淨如來藏藏識名。」
魏譯本卷七也說：
「離阿賴耶識，無生無滅。」
《佛性論》在阿賴耶識的性質問題上，顯然也是主張以阿賴耶爲無明妄識，正如上引「論」文所說「既無叁識，則不得起無明」。其卷叁又雲：「阿黎耶者，依隱爲義，是生死本，……」所以《佛性論》講離染成淨的「轉依」，即在「拔除阿黎耶」(注釋：見《佛性論》卷叁。)，把雜染的第八識徹底斷除。這些思想源流都可以上溯到《楞伽經》。
４《究竟一乘寶性論》，四卷，元魏正始五年(公元五○八年)，由勒那摩提所譯。這部論有本頌和解釋，但沒有標明造論者的名字。漢譯以外，現存有梵本與藏譯本。古來傳說此論爲堅慧菩薩造，但西藏譯本又說它是彌勒的著作，無著所造的釋論，並尊爲彌勒五論之一。對於本論的作者，近代有不同的看法。不過一般學者都認定本論是世親之前的堅慧所造，關於堅慧的生平，還有待進一步考證。
《寶性論》、《佛性論》以及《大乘無差別論》的思想非常接近，一般認爲是公元四世紀末，論師們將當時流行的如來藏經典加以貫攝而成的論集，如來藏是這一學系的主題。《寶性論》提出「一切衆生皆有如來藏」這一命題。成立這一命題的依據，就是認爲一切衆生皆有法界，並把「法界」具體規定爲佛的功德法，因此，所謂一切衆生皆有法界，皆有如來藏，即無異於說一切衆生皆有佛性。如《寶性論》卷叁說：「法身遍、無差，皆實有佛性，是故說衆生，常有如來藏。」講衆生皆有佛性，並結合如來藏加以融通，顯然也是《佛性論》的一大主旨。
《寶性論》約「法身遍在義」、「真如無差別義」、「佛種性義」叁個方面來解說如來藏，其卷叁中說：
「有叁種義，是故如來說一切時，一切衆生有如來藏。何等爲叁？一者，如來法身遍在一切諸衆生身，偈言法身遍故。二者，真如之體，一切衆生無差別，偈言無差故。叁者，一切衆生皆悉實有真如佛性，偈言皆實有佛性故」。
這叁種含義與《佛性論》所說如來藏，有「所攝」、「隱覆」、「能攝」叁義，殆爲相近。所攝藏，是指「佛果能攝藏一切衆生」，「一切衆生悉在如來智內」，即衆生皆爲如來所攝藏，這相當於《寶性論》所說的「法身遍在」義。能攝藏，是說如來應得性，約沒有發心修道以前的衆生說。指在衆生位，已經攝盡了「果地一切過恒沙數功德」，這相當於《寶性論》所謂的「佛種性」義。
雖然《佛性論》中也提到與《寶性論》之「真如無差別」義相當的真俗無礙說，這點上文已有引述。但其如來藏之「隱覆藏」義，則是另有所承，明顯是受到唯識學派，尤其是無著《攝大乘論》的影響。《攝大乘論》以「能藏」、「所藏」、「執藏」叁義規定阿賴耶識，《佛性論》以叁藏解釋如來藏，也是比合賴耶叁藏的。尤其是「隱覆藏」與「執藏」是有著共同性的。從這裏可以看出，《佛性論》深受《寶性論》的影響，但也還是自己抉擇的宗義與發展的。
這一點從《佛性論》與《寶性論》在轉依理論上的異同，也可以體會出來。「轉依」是唯識學派所講，《寶性論》說「轉依」，雖然依止如來藏，講「從生死而轉爲涅槃」，但其「轉依」，其實就是「淨化」如來藏，而並沒有結合第八阿賴耶識來說。《寶性論》卷四中說：「如來藏不離煩惱藏所纏，以遠離諸煩惱，轉身得清淨，是名爲實體。」《佛性論》所講「轉依」之境，與「寶性論」相同，都以涅槃爲境，即所謂「由佛性故，起厭惡生死，樂求涅槃事用得成」(注釋：見《佛性論》卷叁。)。但《佛性論》並非依止如來藏講轉依之法，而是以雜染的阿賴耶識來講轉舍，這顯然是站在了唯識學的立場，而與《寶性論》有所異趣。爲此，要講清《佛性論》的思想源流，就不能忽視唯識學的重要影響。
(二)唯識學對《佛性論》的影響。《佛性論》是如來藏系的典論，但明顯結合了唯識學的話多內容來講「如來藏」、「佛性」。盡管有學人疑此論非世親所造，不過其中也滲透了大量無著、世親思想的影子，這一點是不容懷疑的。唯識學對《佛性論》的影響，主要表現爲以下幾個方面：
１以「叁性」解說「佛性」。「分別」(或譯遍計)、「依他」、「真實」(或譯圓成實)叁性與「無相」(或譯空相)、「無生」、「無真」叁無性，是唯識學理論的重要支柱之一。與如來藏經典大約同時流行一類新大乘經，對唯識理論的形成起了重要作用，也直接或間接影響到《佛性論》。
《大乘阿毗達磨經》就是唯識學的重要經典，可惜原本已失，只能從《攝大乘論》和唐窺基的《成唯識論》中探得此經的消息。此經所涉及的內容十分重要，從《攝大乘論》有關部分看，它是以「十殊勝語」(即十法句)概括大乘所有的方面。此經除了在「所知依」，即說一切法的總依據時，首先提到阿賴耶識外，還在「所知相」裏，指出一切法或真理的自相有叁種，這也就是所謂「遍計」、「依他」、「圓成實」，「叁自性」理論。其認爲遍計執是染性的，圓成實是淨性的，依他起本身既不是染也不是淨，同時又可以是染或是淨，這要看它與誰結合。如果認爲因緣生法是實在的，這便與「離計執」結合，這不是真實的認識，是染位的階段。如果認爲因緣生法只不過是唯識所顯，這便是與「圓成實」結合，達到了對真實的認識，是淨位階段。這些提法，都是其他經內沒有的新內容。
與《大乘阿毗達磨經》具有同樣性質的《解深密經》，以抉擇的形成對大乘經的奧秘義理，加以解釋決定。此經對阿賴耶識作了更切實的補充，主要提出了第七阿陀那識的概念。《佛性論》在講心、意、識的作用時，也明確把「意」規定爲阿陀那識。這一點，上文已引，不煩贅述。關於叁性，《解深密經》不僅講遍計、依他、圓成叁自性，而且結合「叁無性」來說。其認爲叁自性是了義說，叁無性是不了義說，並以此叁性理論來進行判教。根據這種說法，釋迦一代說法有叁個層次：先講四聖谛，是對小乘、聲聞人說的，這是偏於「有」的方面。其次，講無相、無性等法門，是對大乘小說偏「空」的方面。最後，講叁自性法門，是向一乘人說的究竟之法。
無著、世親對於叁性說的應用又有進一層的發展。無著以「叁自性」來通攝「叁無性」。尤爲值得注意的，是世親結合「叁性」說來講佛性實相，這一思想可視爲《佛性論·叁性品》的直接源頭。如世親在《辨中邊論》中以叁自性來解說非有非空之中道萬有實相：
「頌曰：唯所執依他，及圓及實性，境故分別故，及二空故說。
「論曰：依止虛妄分別境故，說有遍計所執自性；依止虛妄分別性故，說有依他起自性；依止所取能取空故，說有圓成實自性。」
世親的《唯識叁十論》則不僅舉「叁自性」來說諸法實相，更配對以「叁無性」加以闡釋。此論先建立「遍計」、「依他起」、「圓成實」叁自性來說明萬有的體相。依世親的看法，宇宙萬有可分爲「體」與「相」二種，其體爲「圓成實性」，其相爲「遍計」、「依他起」二性。《唯識叁十論》說：
「由彼彼遍計，遍計種種物，此遍計所執，自性無所有。依他起自性，分別緣所生，圓成實於彼，常遠離前性。故此與依他，非異非不異，如無常等性，非不見此彼。」
爲了顯示「叁自性」的主張不偏於「有」的一邊，而是契於究竟中道，世親又舉「叁無性」來表明其實相學說不偏空有，是最巧妙的實相論。《唯識叁十論 》中說：
「即依此叁性，立彼叁無性，故佛密意說：一切法無性。初即相無性，次無自然性，後由遠離前，所執我法性。」
《佛性論》卷二中的〈叁性品〉，就明確以「叁自性」、「叁無性」相結合，詳細解說「佛性」實相。其卷二中說：
「叁性所攝者，所謂叁無性及叁自性。」
又認爲叁性學說可以概盡一切實相真義：
「此叁性攝如來性。何以故？經此叁性通爲體故。」
「由此叁性，通能成就一切諸馀真谛，或二叁四七谛等法故。諸真谛不出叁性，是以叁性爲諸真谛通體。」
《佛性論》發揮了唯識學所謂「依他起性」非染非淨，同時又染又淨的思想，把「依他起性」分爲「染濁依他」與「清淨依他」二種。認爲「依他」若結合「分別」則成染濁；若結合「真實」則成清淨。如其卷二中說：「染濁依他，緣分別得成；清淨依他，緣如如得成。」這些都可在唯識學論典中找到依據。
不過，《佛性論》講叁性說也有自己抉擇與發展的宗旨，它並不是一味因循傳統唯識學說，而是借唯識之義來闡發自己的主題。如其對「叁自性」中之「真實性」一義，就別有一番新解。其認爲「真實性」也可分爲「淨」與「不淨」兩義，並主張這兩義最終是以如來藏、佛性爲根本的，這顯然又回到如來藏學說的基點而有別於唯識之學。《佛性論》卷二說：
「(真實性)不可得說定淨不淨。……若定淨者，則無凡夫法。若定不淨者，則無聖人法。何以故？淨、不淨品，皆以如爲本故。若其定淨，不即無明。若其不淨，不即般若。此兩處如性不異故，此真如非淨非不淨。」
２「假說自性」與「離言自性」。傳說彌勒所造之《瑜伽師地論·本地分》十七地之一的〈菩薩地·真實義品〉(注釋：《瑜伽師地論》一百卷，唐玄奘譯，此論西藏分爲八種，題爲無著造論。漢土則題爲彌勒菩薩說，此論在漢譯中，複有別行本之異譯，茲不贅述。)，在講到真實的內容究竟如何的問題時，認爲一切事物、現象都有兩種性質：一爲「假說自性」，即指人們對於事物、現象藉助名言來了解。二爲「離言自性」，即指離開名言的事物自身。其目的在於說明，一方面必須看到名言假說的不真實性，自性是超言絕慮，不可言诠的。但同時也應了解，真實又必須假借言說來表現，不能把言說施設徹底否定，而要把二者統一起來，這就叫「無二」。如果執著於「假說自性」爲實，是名有見；執著於「離言自性」，又墮無見；此二均是邊見，不是「無二」的中道。這實際是對龍樹等中觀學說的一種發展。後來《解深密經》也發揮此義，在「勝義谛」裏，提出真理標准，也是在「離言自性」的基礎上安立言說，主張只有把二者結合起來，才能認識真理。這種思想在《佛性論》中得到明確的反映。《佛性論》把「法身」(即真理)分爲二種：一種名爲「正得法身」，此即相當於「離言自性」，非名言可诠表。如《佛性論》卷四中說：
「言正得法身者，是清淨法界，是無分別智境，諸佛當體是自所得法。」
「正得法身者，體是真如，世間無物可爲譬者。」
另一種名爲「正說法身」，此即相當於「假說自性」，可以安立各種言說，「因指見月」，方便衆生見性。如《佛性論》卷四說：
「二正說法身者，爲得此法身清淨，法界正流從如所化衆生識生，名爲正說法身。……約真俗二谛，安立二乘十二部等種種法藏。」
「正說」雖是方便的設教，但也不可廢棄，而應和「正得」的證契了悟相結合，這樣才是圓滿無二的。
《大乘阿毗達磨經》曾用〈菩薩地·真實品〉所講「假說」、「離言」二性對照來說叁自性中的二自性，其中「遍計執」相當於「假說自性」，「圓成實」相當於「離言自性」。《佛性論》借用「假說」與「離言」的意思來說叁性，不過其說更有發展。《佛性論》不僅認爲「遍計執」(即分別性)是假說的「不了義」，縱使「依他」與「真實」二性，也不過是方便的權宜之說，而並非「離言」的究竟實義。只有真正了達一切法的無言、無相的本性，才能稱爲「離言自性」。《佛性論》卷二中說：
「諸佛說法有二種：一了義經，二不了義經。不了義經者，由此叁性是故，佛說不了義經。如緣有燈故，如物在暗中，後時因燈能照了現暗中之物。如來亦爾，由有著叁性有，故說不了義經。達叁性者，自然顯了，名了義經。」
３因明方法的使用。佛家的邏輯方法通稱「因明」，它是從印度一般邏輯學說的「正理」說發展出來的。「正理」學說的形成很晚，約在公元二世紀起頓然開展，並有了專門的著作和「十六谛」嚴整組織的學說。佛家大乘空宗理論，對於此種邏輯方法，基本上是采取批判的態度，如龍樹的五部主要著述裏，就有兩部是專破正理的。(注釋：這兩部指《回诤論》和《廣破論》，後一部只有藏譯本。)但在後來大乘佛教唯識學的代興，彌勒、無著、世親等則認爲「正理」學說與晚出的許多唯識經典並不相違，所以對之廣泛攝用，並改名爲「因明」。
晚出的唯識學經典都談到「正理」方面的學說。如《瑜伽師地論》中說〈菩薩地〉，就把世間各方面學問，像「聲論」、「因論」(即因明學)、「醫方論」、「工巧論」等都包括在菩薩所學的範圍，再加上本宗的學說，構成所謂「五明」。《解深密經》最後一品講所作事問題，即對別人的言教問題，其中就講到四種道理，其一即「證成道理」，說要用種種量能來證明道理，這顯然是因明一類的方法。
世親對「因明」方法作了許多發展和應用。傳說世親所造的因明著有就有叁部(注釋：這叁部分別指《論軌》、《論式》、《論心》，此叁部書梵本不存，漢譯亦無，只能從其他書的引用中略窺一二。)，他認爲應該用「因相」來表示充分理由的性質，並且又補充了「叁相」之說來發展因明方法。另外，世親晚年著作，如《二十唯識論》中，建立唯識學說，駁斥異見和構通疑惑等，都應用了因明這一工具，可見，在方法論上使用因明，是唯識學說的一大特點。
《佛性論》中也大量使用因明方法，破邪顯正，尤其是在破斥外道學說過程中，因明方法的運用殆臻精熟，這一點顯然是受到唯識學風的熏染。《佛性論》提出，對一切現象、事物的分析研究，必須以因明中的證、比二量爲依據，所謂「物若是有，不離二量所得」(注釋：見《佛性論》卷二。)。因明方法的證、比、聖言叁量，在《佛性論》中都有應用與說明。關於證量，《佛性論》卷一中說：
「今我立證量，顯了二空。諸法空故，自性不可得。……由證量故，不無。……以證量故，假有不失。」
關於比量，《佛性論》卷一亦雲：
「若汝說若無可比，比量亦得成。如比有四句：一有比無。二無比有。叁有比有。四無比無者。」
關於聖言量，同是卷一中雲：
「汝謂無物先自性者，是義不然，自性無住處故。若無處所，則違汝聖言故。」
如此等等因明方法的應用，在《佛性論》中還可以找到很多，茲不具引。
從上文的分析，我們大抵可以得出這樣的結論：《佛性論》是以如來藏佛性思想爲主體，同時又廣泛吸收了其他大乘佛教，尤其是唯識學的許多思想、方法，揚榷百家，融貫而成。此論題爲世親造，但在佛教唯識學的傳承中並未得到十分的重視。其雖爲真谛所譯，但在中土佛發展史上，也不及《攝大乘論》、《俱舍論》那樣影響之廣。盡管如此，《佛性論》在佛學發展史，特別是如來藏思想發展史上的作用是不容忽視的。從學理上來看，它至少直接提示了像《大乘起信論》這樣影響深遠的論典(注釋：關於《大乘起信論》的真僞，曆來頗有爭議，我們仍認它爲出現於中土陳、隋之際著作，故可謂其受《佛性論》之影響。此種觀點，可參照拙作《大乘起信論與佛學中國化》一書，該書將由臺灣文津出版社，大陸地區博士論文叢刊推出出版。)，如其結合八識來講佛性、如來藏；以體、相二大來組織佛性實相論；以「應得」和「至得」不二來調和折中「佛性當現」之爭，如此等等思想創意，都在《大乘起信論》中得以更完全的發揮(注釋：如《大乘起信論》以「本覺」與「始覺」不二來調和「佛性當現」之爭，以體、相、用叁大來組織佛性學說，以阿賴耶識的「和合」性來會通染淨、佛性與生滅現象的關系。這些都可在《佛性論》思想中找到端倪。)，從而爲中國佛學開辟了一個新的境地。爲此，充分開顯《佛性論》思想及源流，重新評定它在佛學史上的地位，就已經勢在必行了。