《药师如来本愿经》者，致福消灾之要法也。
曼殊以慈悲之力，请说尊号。如来以利物之心，盛陈功业。十二大愿，彰因行之弘远；七宝庄严，显果德之纯净。忆念称名，则众苦咸脱；祈请供养，则诸愿皆满。至于病士求救，应死更生；王者攘灾，转祸为福。信是消百怪之神符，除九横之妙术矣。
昔宋孝武之世，鹿野寺沙门慧简已曾译出，在世流行。但以梵宋不融，文辞杂糅，致令转读之辈，多生疑惑。矩早学梵书，恒披叶典，思遇此经，验其纰谬。开皇十七年，初获一本，犹恐脱误，未敢即翻。至大业十一年，复得二本，更相仇比，方为揩定。遂与三藏法师达磨笈多并大隋翻经沙门法行、明则、长顺、海驭等，于东都洛水南上林园翻经馆重译此本。深鉴前非，方惩后失。故一言出口，必三覆乃书，传度幽旨，差无大过。其年十二月八日，翻勘方了，仍为一卷。
所愿此经深义，人人共解；彼佛名号，处处遍闻。十二夜叉，念佛恩而护国；七千眷属，承经力以利民。帝祚遐永，群生安乐。
式贻来世。序云尔。
翻经沙门释行矩 制
新翻《药师经》。大业十二年十二月八日，沙门慧矩等六人于东都洛水南上林园译出。此本最定，诸读诵者愿莫更疑，得罪不轻。