革命军既占领上海，蒋中正即于三月二十六日乘军舰抵上海，先是孙文改组国民党，容许共产党党员加入；［清除共产党与宁汉分立］及孙文病殁，国民党的重要分子，觉得共产党的政策与国民党不能相容，遂有清除国民党内共产分子的计划。蒋中正既到上海，即着手实行清党，同时监察委员吴敬恒亦提出弹劾共产党案，主张用断然手段，清除共产党。但当时由广州移至武汉的中央党部及国民政府各委员，对于清党，大多数不表示赞同。由海外来上海的汪兆铭，与共产党领袖陈独秀公开宣言，继续合作。不久，汪兆铭离上海至武汉，武汉方面反蒋的空气一时十分浓重。蒋中正乃于四月十五日，与一部分中央委员议决以南京为首都，于是国民党遂分为宁、汉两派。
蒋介石像
国民党内部虽分裂，但对于打倒北方奉系军阀的目标是相同的。［宁、汉两方的出兵北伐与冯玉祥等响应］南京政府成立后，即出兵由津浦路北进，驱走孙传芳残部，进占清江浦、海州，前锋直入山东境，又克复蚌埠，占领徐州。武汉政府亦于四月下旬，发兵出武胜关向河南进攻；一方面北方冯玉祥及阎锡山的国民军亦分道出发：冯军由陕西出潼关，阎军由山西出娘子关，与革命军会师。六月，奉军败退，河南收复。于是黄河以南，除山东外，都属于革命军的势力范围。但宁、汉两政府的对立形势依旧未曾消灭。武汉政府于收复河南后，且动员东征。［武汉清党与宁汉合作］蒋中正亦调回进入山东境的北伐部队南下，对长江上游布防。不久，武汉方面因湖南农民运动过分激烈，渐与共产党起了意见的冲突，于七月十五日开始取缔共产党的活动。东征军的一部分，受共产党指使，便于八月一日在南昌暴动。武汉政府遂对共产党取断然处置，并接受冯玉祥的调解，实行宁、汉合作。而蒋中正于宁、汉合作声中，突然宣布下野。于是宁、汉分裂问题虽告解决，而北伐军事停顿，遂使残余的封建军阀又得乘机侵入了。［残余军阀的死灰复燃与孙传芳军队的消灭］当蒋中正由山东抽调部队防御武汉东征时，张宗昌、孙传芳即乘机由津浦路南攻，占徐州、蚌埠，蔓延及于江北各地。蒋中正下野后，孙传芳视为有机可乘，即于八月二十四日起，率其部队，偷渡长江，占领高资、龙潭、栖霞山一带，希图袭取南京，幸革命军奋勇抵抗，经五六日的苦战，才把孙军击溃。从此以后，孙传芳的势力完全消灭了。
北方的阎锡山，在宁、汉纠纷时，已在山西组织北方国民革命军。［山西军的孤军奋斗］徐州、郑州克复后，山西开始悬挂青天白日旗，阎锡山亦正式就北方国民革命军总司令职。九月间，阎锡山分兵三路向奉军进攻：北路出京绥路攻张家口；南路出娘子关攻保定；又命傅作义率特派队攻北京之西。但因南方内部纠纷，不能分兵策应，山西军队孤军奋战，终敌不过奉军，南北两路，退守娘子关与雁门关，而傅作义的特派队占领涿州后，陷于奉军重围之中。同时，冯玉祥的国民联军因受九月间河南靳云鹗的叛变及陕西黄得贵等的扰乱的影响，以致河北豫东被奉军及直鲁军所侵入。十月间，奉军占卫辉，直鲁军进逼归德、兰封，国民联军出死力抵抗，仅能勉强支持。至十一月上旬始突破危境，分兵两路攻曹州、徐州。而南京方面亦因西征军事结束，由何应钦统兵北上，占领蚌埠。十二月，国民联军与革命军占领曹州、徐州，声势大振。那时候蒋中正因国民党第二届中央全体会议议决命其继续执行国民革命军总司令职权，于十七年一月通电复职，即着手整理部队，将何应钦所统的第一路军编为第一集团军，由蒋自兼总司令，国民联军改为第二集团军，由冯玉祥任总司令。［第二期北伐的准备］北方革命军改为第三集团军，由阎锡山为总司令。计划第二期的北伐。五月一日，第一集团军占领济南；三日，日本军忽加袭击，发生“济南惨案”[1]，军事的进行因之被阻。但第三集团军于五月末收复保定及张家口，第二集团军攻下河间，第一集团军攻下沧州，第四集团军亦派兵北上，北京、天津岌岌可危。六月三日，张作霖见形势不利，由京奉铁路出山海关，明日清晨，在皇姑屯遇炸身死。［张作霖出关遇炸与革命军收复北京］六月八日，革命军收复北京。奉军将领因张作霖遇炸出于日本的诡计，深恨日帝国主义的横暴，渐倾向于国民政府。惟张宗昌倔强不服，乃由各集团军派队混合组成的右路军，与奉军联络，前后夹攻，于九月间把直鲁军残部完全解决。［东三省易帜］十二月二十九日，张作霖子张学良等通电服从国民政府，东三省即改换党、国旗。于是南北统一，历年军阀割据的局面为之一变。
国民政府初建立于广州。至民国十六年一月，因军事发展，移至武汉。［国民政府的确立］四月十八日，南京方面的党员因与武汉政见不合，另行成立国民政府。九月间，宁、汉合作成功，武汉政府自动取消。明年十月四日，本“以党治国”的政纲，根据“五权宪法”，改订国民政府组织法，分设五院。继由国民党中央执行委员会选出国民政府国务委员十六人，再由委员中选定主席蒋中正，行政院长谭延闿，立法院长胡汉民，司法院长王宠惠，监察院长蔡元培，考试院长戴传贤。确定南京为首都，改北京为北平。分全国为二十七省。统一政府的规模，到此才确然成立。
民国成立，仍以北京为首都。三年，定地方行政区，各省改用道制，以县隶之，计直隶、山东、河南、江西、浙江、福建、云南、新疆、吉林各四道（后分为六道），奉天、山西、陕西、安徽、湖北、湖南、贵州各三道，江苏、四川、广东、广西各六道，甘肃七道，黑龙江两道（后分为三道），其特别区域，除京兆尹外，热河、绥远、察哈尔各一道，川边二道。凡尹一，道九十五，而内地土司及蒙、藏之因俗为治者尚不在内。国民政府成立，废道制，改直隶省为河北省，奉天省为辽宁省，以旧甘肃、宁夏道及西套蒙二旗为宁夏省，旧甘肃、西宁道及青海地方为青海省，旧热河特别区为热河省，旧绥远特别区及察哈尔之西南部为绥远省，旧察哈尔特别区及直隶之口北道为察哈尔省，旧西康特别区为西康省，统计本部十八省及东三省与新增之宁夏、青海、热河、绥远、察哈尔、西康，共二十七省，蒙古、新疆之因俗为治者尚不在内。
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[1]详第七十七讲。