李如松收复平壤后，乘胜长驱向南进军，2月10日收复开城，准备进而光复首都汉城。这时汉城有倭军几万人据守。李如松带领少数骑兵前往离汉城三十里的碧蹄馆，亲自侦查道路地形，同时派查大受、祖承训等领精骑三千，会合朝鲜的防御使高彦伯所率军队进击敌军。他们在迎曙驿与倭军相遇，查大受和高彦伯纵兵急击，斩杀六百余敌军，获得胜利。倭军听说前锋被打败，于是调遣大军前来迎战。查大受见倭兵人数众多，退屯碧蹄馆。倭军满山遍野，四面合围逼近。李如松正在途中，听到报告，急忙赶到碧蹄馆，路上坠马受伤。这时浙兵炮手尚未开到，李如松手下只有精骑一千多人，当即指挥已经到达的兵士摆开阵势，与倭军对战。战斗之初，倭军稍稍后退，后来看见明军人少，于是重新冲击。这时明军没有配备大炮，甲胄也不全，只能徒手搏战。李如松和部下勇将几十人驰马射箭，但寡不敌众，渐渐不支，不得不指挥军队撤退。李如松亲自殿后，倭军三千多人逼近，他边射边退，明军伤亡几百人，数名将领战死。李如松身陷重围之中，部下赶来救援，李如梅（李如松弟）把倭将射下马，杨元也领兵杀入重围，李如松等才得脱身。倭军追击一阵，望见大队明军，不敢再追，退回汉城。
碧蹄馆一役以后，明军没有再向南进攻。明军不再向南进攻的主要原因，不是由于这一次交战失利，而是另有缘故。首先是明军将帅之间、南北军之间的不和。李如松率领的四万多人中南兵约占一万人。南兵主要来自浙江一带，因为浙江屡次遭受倭寇的侵扰，兵士习于战斗，又经戚继光①用新法训练，所以纪律严明，勇敢善战。南兵长期在江浙地区抵御倭寇，受到的训练恰恰适用于在水道纵横的朝鲜作战，平壤大捷主要是南兵的功劳。李如松部下北兵约三万多人，久在北部和西北作战，善于马上驰骋，但在朝鲜战场上不如南兵勇捷。李如松是北兵的领袖，对于立功的南兵将领不加礼待，叙功时也不公平，因此引起南兵的不满，也影响了士气。经略宋应昌是文官，又是南方人，为南兵所拥护。南北两军的将领之间有矛盾，宋、李两人又由于文、武官互相不服而不团结。碧蹄馆之战以后，宋、李两人矛盾加深，都不愿继续在朝鲜作战了。宋应昌力主讲和，不愿再进击敌人。李如松表面上虽仍然主战，但是内心里也想回国。同时，开春后天气渐暖，江河解冻，下雨也渐多。汉城附近山林丛密，平地又都是稻田，作战困难较大。宋应昌给明朝的报告里屡次提到春雨连绵，道路泥泞，水深的地方没过马腹，车马都难行走。这些情况也促使李如松接受宋应昌的主张，不再进兵。
早在1592年8月史儒渡鸭绿江遭受失败时，明朝政府里与日本议和的主张便已抬头。兵部尚书②石星派沈惟敬到平壤和小西行长谈判休战。沈惟敬本是市井无赖③，想借此邀功，找一个晋升的机会，对小西行长卑躬屈膝，企图使日本接受和议。小西行长想阻止明朝出兵，就欺骗沈惟敬说：“只要明朝按兵不动，我不久也要回国。日本和朝鲜当以大同江为界，平壤以西尽归朝鲜。”沈惟敬把小西行长的话报告了明朝政府，明朝政府对于这样牺牲朝鲜的议和条件不能同意，催促宋应昌等进军，终于在平壤一战大大挫败了倭军的侵略气焰。
碧蹄馆之战后，宋应昌又派沈惟敬到汉城和倭军议和。倭军挫败之余，不得不退兵，争取喘息的时间，于是同意撤出汉城，归还被俘的两个朝鲜王子，但仍赖在釜山不走。倭军一面议和，一面又进犯咸安、晋州，逼近全罗道，声称要以汉城和汉江为界，霸占汉江以南。李如松命诸将分守要害，打击倭军。石星等以明朝大军在外已久，竭力主张撤兵议和。宋应昌认为倭军尚留在釜山，明军如果全部撤回，一旦倭军卷土重来，朝鲜抵挡不住，就要前功尽弃，因而主张明军必须等倭军全部撤退后再撤兵。兵部主事④曾伟芳也说：“现在冬天寒冷，风又不顺，所以不论议和与否，倭军都要退去。倭军一面与沈惟敬讲和，一面还攻陷咸安、晋州。由此可见不管议和不议和，明年倭军一定还要再来侵犯的，应当加意防备。”明朝政府里的一些有远见的官吏，也都反对轻易和日本议和并恢复贸易。朝鲜国王和文武大臣也都反对和议。但明朝政府最后还是决定只留刘率领四川兵协助朝鲜防守，大部分军队撤回。
1594年（万历二十二年）年底，日本议和的使臣来到北京。明朝提出三个条件，即日本军队全部回国，从此永不再侵略朝鲜；中国册封丰臣秀吉为王；允许恢复入贡（所谓入贡就是明朝允许日本的官船运载货物到中国来进行贸易，后来因为倭寇侵略中国东南沿海，贸易关系中断）。第二、三两条在历史上称为“封贡”，就是指议和。1595年（万历二十三年）8月，明朝使臣杨方亨、沈惟敬到日本，希望用册封丰臣秀吉为日本国王的办法，换得日本最后撤兵讲和。满怀侵略野心的丰臣秀吉却另有打算，提出了非常狂妄无理的要求。他要霸占朝鲜八道中的四道，只许朝鲜保有四道和汉城；要朝鲜送王子和大臣到日本做人质；还要朝鲜大臣向日本送交永不背叛日本的誓约。他要求明朝把公主嫁给天皇，恢复官船和商船的贸易来往，两国大臣交换誓约等。两国所提出的议和条件相差很远。丰臣秀吉实际上已经是日本的国王，明朝封他为日本王，对他没有什么好处，更何况他的野心远远不是封王所能满足的。所以当他听到明朝的条件时，公然表示不接受，并声称要再度侵略朝鲜。沈惟敬等欺骗明朝政府，说丰臣秀吉满足于封王，同意明朝的条件。同行到日本的朝鲜使臣把丰臣秀吉狂妄无礼的情况报告给国王，国王转达给明朝政府。明神宗得知后大怒，命令逮捕石星和沈惟敬，并决定停止拖延了三年多的和议。日本侵略者在这期间不但未从釜山撤兵，而且利用时机在海岸一带构筑要塞，做好了卷土重来再度大举侵略朝鲜的准备。
议和期间李舜臣没有放松警惕，他不断努力扩大和加强朝鲜水军。这时朝鲜设置了全罗、庆尚、忠清三道水军统制使，以统一指挥三道的水军。李舜臣被任命为第一任统制使，大本营设在闲山岛，守卫着西南海岸的大门，扼住通往全罗道的要道。李舜臣积极组织人民屯田，储备军粮，选择适当岛屿设牧场养马，武器方面也做了改进，水军的战斗力大大提高了。他还优待日本俘虏中的铁匠，让他们制造日本鸟铳和日本刀⑤，并且让他们向朝鲜工匠传授制造方法。他还把日本鸟铳改造成为更加有威力的“正铁铳”，叫朝鲜士兵向投降的倭兵学习发射鸟铳和使用日本刀的技术。李舜臣任水军统制使后，在营内设科考试，选拔人才；组织情报侦察；建造船只，三年里水军的战船数量增加了两倍。这一系列的积极措施都是为了准备迎接新的战斗。
注释
① 戚继光是明朝嘉靖年间抗击东南沿海倭寇的名将。
② 兵部是古代掌管全国军务的官署，长官为兵部尚书。
③ 在城市之中行为不端、逐财牟利的人称为市井无赖。
④ 明代兵部下设司，每司各有称为“主事”的官，以主管日常具体工作。
⑤ 日本刀当时称倭刀，以锋利出名。