曾国藩早在1862年春季就谋定的总体战略计划，即先步步为营地夺取太平天国战略基地，最后克复天京，无论是其概念设计还是操作实施，在战争史上都鲜有能与之比肩者。从中国古典军事学的基本原则来看，曾国藩所依靠的是一套经过长期历史验证的准则，即凡是裂土封王的叛乱，必会紧守其“根”，因此要先剪其“枝叶”，再剿其“老巢”，这样才能最终将之肃清。如果面对流窜的盗匪，就必须采取守势，或通过在重点区域将其驱逐，或通过不断地截击和包围，最终将其困死。
1862年3月下旬，当曾国荃动身围攻天京时，曾国藩在剿平太平天国战争中的战略部署大致如下：
南路
左宗棠：由皖南进军浙江。
东路
李鸿章：由苏东入上海。
黄翼升：湘军水师指挥官，顺长江而下，协助李鸿章。
中路
曾国荃：准备从皖北直接进攻天京。
杨载福及彭玉麟：湘军水师指挥官，将周转、通讯及支援部队沿长江而下，送抵天京。
曾贞幹：领一军部署于皖南（占领芜湖后，率军加入曾国荃部，一同进攻天京）。
鲍超：率其霆军，进军皖南之青阳、宁国。
后翼
张运兰、唐义训和朱品隆：各带数营湘军，戒备皖南后方。
北路
多隆阿：率其部及鄂军进攻庐州。
李续宜：驻扎皖北，作为后备力量。
除了这十路由曾国藩直接指挥的部队，还有另外四支部队，其行动调配也出自曾国藩的大本营：
袁甲三：由皖北协助进攻庐州。
李世忠（原捻军及太平军）：驻守长江北岸之江浦。
都兴阿：亦在江北，驻防扬州。
冯子材：驻防长江南岸之镇江。
这一时期，胜保和僧格林沁在河南和山东与捻军交战的部队，其作战指挥则完全与曾国藩无关。但是很明显，清廷剿平太平天国战争的胜败系于曾国藩一人，而现在曾国藩不仅被授予了巨大的军事职权，实际上还拥有从上海（海关）、广东、四川、湖北、湖南及广西而来的取之不尽的粮草、装备、弹药和资金补给。后来，英国和法国的介入更为曾国藩带来了实力强大的外国军队，以及他们的重炮及装甲舰艇。
剿平皖南
即便对太平军已经占有了绝对的优势，曾国藩仍然小心谨慎。在左宗棠进入浙江作战不久之后，李鸿章和曾国荃分别动身赶往上海和天京之前，他就派湘军的步兵及水师，以3月3日芜湖以西的水战为开端，扫荡皖南，剿平那里的太平军，拱卫李、曾二人的后翼。此后，曾贞幹率五千人的部队由安庆渡过长江，一路向东作战，并在水师的帮助下阻截了黄文金的部队，然后继续向西，于4月19日收复繁昌。
与此同时，鲍超（1861年11月自向西与李秀成的战斗中返回）也率部向东，其目标是最终收复宁国。1862年4月14日，在经历一番苦战之后，鲍超占领了青阳，到了月底，他又先后克复石棣和泾县。这一地区的太平军由古隆贤指挥，但是他手下的几名军官已经投降清军。旗开得胜的鲍超随即开始围攻宁国。
5月20日，曾贞幹收复了具有重大战略意义的河港城市芜湖，胜利地结束了他东向的作战任务。此后，他便转向追赶他的哥哥曾国荃，参加向天京最后的进军。多隆阿也于5月13日攻克皖北的庐州，完成了自己的任务。
另一方面，鲍超围攻宁国，迫使杨辅清、童荣海及其他地方的将领于5月初率军从徽州经浙江来援。后来，洪仁玕也与刘官方和魏超成一起抵达宁国，襄助防御。但是，在鲍超于7月4日开始攻城之后，洪仁玕的增援部队（洪仁玕和魏超成此后返回天京）及其他的援军在杨辅清的指挥之下，于7月11日在两场决定性的战斗中战败，被迫撤退。当杨辅清撤退至广德时，鲍超轻松地击溃了城内为数不多的守军，拿下了宁国。
宁国一战的失利，首责当属童容海。他率领六万大军驻扎在附近，只因与杨辅清先有口角而作壁上观。童容海此前自广西从石达开军中叛走，转随李秀成攻占杭州，后来与天王之兄洪仁达合谋，意欲攫夺李秀成军权不成，曾以不忠之罪擅杀部将十余人。眼看自己在太平天国中的地位不保，童容海故意制造自己与杨辅清之间的矛盾，声称要向鲍超投降。但是在投降一事尚未安排妥当之时，杨辅清便被迫放弃宁国。这时，童容海反而率军追赶杨辅清，占领了广德，使得杨辅清不得不向更远的江苏境内撤退。此后，童容海想要献广德城及其全军投降鲍超。但是，他军中的大部分士兵发起了哗变，其中三分之一出走转投杨辅清，另外三分之一重新掌控了广德，效忠太平天国，只有大约一万人追随童容海来到宁国，加入了鲍超军。童容海此后仍统旧部，但是后来，曾国藩削减了他部队的人数，只给他留下了不到一半的部队。
清军方面发生的其他事件还包括，湘军水师统帅杨载福改名为杨岳斌（避新帝载淳讳），以及流行病（可能是疟疾）肆虐行伍，军官士兵均有罹患，使得清军战力受损。而湘军医疗系统尚不健全，无法与太平军相比，情况因此更为严重。张运兰、杨岳斌和李续宜均不幸染病，包括左宗棠军在内的大半湘军均受影响，曾国荃围攻天京的部队中也有超过一万名病号。曾国藩在一封奏折中说，单鲍超一军便有包括鲍超在内的一万人感染发病，每天都有数十人病死。
黄文金抓住这个机会，于10月10日联合杨辅清及其他几名将领，经江苏高淳及东坝，对宁国发动了一次反攻。由于鲍超在芜湖休养，仍未痊愈的张运兰前往宁国主持防御。而黄文金反攻宁国，也是李秀成刚刚付诸实施的全面进攻曾国荃围困天京部队的大战略中的一环。为了切断天京与宁国之间的联络，进而隔绝孤立曾国荃，黄文金等将率军直扑宁国，同时陈坤书的四万部队及水师舰船从常州经太平府向西移动。太平军的动向使曾国藩感到忧虑，他部队中大量的步兵失去战力，只能急调杨岳斌和彭玉麟前往应对陈坤书的威胁。从10月10日开始，陈坤书不断坚持苦战，直到11月20日才被迫承认失败而撤退。
宁国方面，鲍超返回接替生病的张运兰。从11月下旬开始，他指挥进攻泾县及其他城外的乡县，与黄文金与杨辅清率领的太平军对阵。在此期间，鲍超的部队曾三次遭遇挫败，而且还有一次，他对曾国荃的补给路线被太平军切断，但是太平军始终未能占领宁国，此后便转而进攻皖西南地区的乡县去了。而大约在同一时间，即11月26日，李秀成也被迫放弃进攻曾国荃的计划。
在南线，刘官方、古隆贤和赖文鸿的太平军由石棣进军，于1863年1月23日占领青阳。但是到了2月中旬，他们便又从青阳离开，协同广东天地会蓝仁得的大军进攻泾县。此役中，正当鲍超军及另一营湘军就要将攻方击退时，黄文金和其他的将领率领着十万大军赶来增援。此后，在宁国和芜湖之间还发生了很多次战斗，但是最终，太平军被迫撤出了这一区域。
曾国荃开赴天京
皖南剿平之时，曾国荃的部队已经在水师的支援之下包围天京数月，但是曾从安庆挥师金陵之事也须交代清楚。
1862年春，在分别派遣左宗棠、李鸿章、曾贞幹和鲍超执行收复天京战略中其各自的任务之后，曾国藩终于让他的弟弟曾国荃展开行动（曾国荃此时为江苏布政使），即率军直扑天京，准备最后一举破城。曾国荃远征天京的部队总共约有两万人，其中包括他从湖南新招募的八千湘军，以及一部由朱洪章指挥的贵州雇佣兵。随行的水师由彭玉麟指挥，接替病退的杨岳斌。
3月24日，大军开始经皖北向东进军，前锋营在水师舰船的配合下，先后攻克了一些长江北岸的小城市；曾国荃率全军于5月18日渡江来到南岸，占领了太平府。到了5月30日，大军在天京城外的雨花台山脚下扎营。这次行军直插太平天国的心口要害，风险极大，就连曾国荃都难以相信，他居然仅仅经历了一些小战，在七十天之内就完成了行军。当然，他之所以能有这样好的运气，是因为太平军所有的主力当时都在其他战场苦战，使得天京防备空虚脆弱。
雨花台之战
雨花台山是长江南岸、天京郊外的著名景点，而自曾国荃部队扎营开始，太平军已据守山顶石堡长达一年之久（直至1863年6月13日），但是曾国荃则在山下的广阔地面上设置了大本营，由战壕围绕，固若金汤，以及无数营寨。6月4日，曾国荃对天京发动了一次奇袭，但是被击退，之后一个月左右的时间内，双方并无大战。但是，曾国荃的包围引起了天王洪秀全足够的警觉，他紧急派出信使，甚至一日三次发信给当时正在指挥松江和上海战斗的李秀成，请求他即刻回援。李秀成随即解除对那两座城市的围困，率军赶回苏州，并于6月22日在那里和所有尚无作战任务的将军们召开军事会议。他们确定了作战计划，并且在休会之后，李秀成的弟弟李明成便先行赶往天京，并向雨花台山的清军发动了两次前期攻势。虽然两军不分胜负，但是曾国荃手下最勇猛的战将张胜禄在激战中重伤身亡，湘军因此蒙受了巨大的损失。此后，洪春元由浙江带来的四万援军及洪仁玕、杨辅清从皖南宁国撤退归来的两万部队也相继赶到。他们的进攻都被已挖设深沟战壕的湘军击退。
8月6日，李秀成在苏州召开了第二次军事会议，这次他带来了更多的将军与会。李秀成在会上说，“如欲奋一战而胜万战，先须联万心而作一心”（此句出现在公开的会议报告的开头部分），以此激发了将军们众志成城、大举援救天京的热情。会后，将军们都决定，无论自己被分配在哪里作战，都要完成任务，齐心协力地保卫天京。
李秀成再一次接到洪秀全紧急的催促，这一次他于9月14日返回了深陷重围的天京城，而且还带着全家人（包括他的老母），以表示对太平天国的忠诚。太平天国援军纷纷赶来勤王，而曾国荃的部队则由于之前提到的流行病，战力已经减弱到不足平常的三分之一。这似乎正是对包围的清军全面展开进攻的好时机。
李秀成现在掌握着太平天国十三王的共二十万大军，驻扎在雨花台山南，他决定从东、西两面同时夹击曾国荃的大营。这场战斗从10月13日开始，双方激战了整整一周的时间，天京城内的太平军和水师也都参加了战斗。虽然曾国荃本人在战斗中左颊被榴弹击伤，但是他的大营始终岿然不动。曾国荃取得了辉煌的胜利，他的一万精兵面对的是二十倍于己的太平军，且太平军拥有两万支步枪和许多重炮的装备优势。面对这样的劣势，就连他的哥哥曾国藩也无能为力，当时所有的湘军部队都在皖北或皖南执行作战任务。当程学启（随李鸿章在东线作战）和多隆阿的部队都明显无法前往支援的时候，曾国藩派出的是一支由王可升指挥的两千七百人的部队，并为曾国荃提供了从火炮弹药到粮食钱饷的一整套大量且稳定的必要补给。曾国藩还准备从湖南招募新勇赴前线支援，但得知这需要十个月的时间之后，只得作罢。随着太平军进攻日久，曾国藩越来越担心他的弟弟，在这段晦暗的日子里，曾国藩一度考虑让曾国荃解除对天京的包围，率全军返回。即便是曾国荃的顽强固守已见转机之时，曾国藩还是试图劝说弟弟从天京撤退，帮助刚刚在皖南遭受三连败的鲍超。
10月23日，太平军对曾国荃发动了第二轮进攻。刚刚从浙江率军来增援的李世贤，加入了李秀成的东线作战。这一次，双方鏖战十二天，虽然太平军对清军造成了大量的伤亡，但是雨花台仍然牢牢地掌握在清军手中。11月3日，第三轮进攻打响，太平军用火药炸开了三营湘军的营寨墙壁，分成两股，每股数千人，冲上雨花台山。曾国荃亲自指挥防御，战斗激烈之时，朱洪章甚至点燃整桶火药，将其滚落山下。无数太平军葬身于烈火之中，这次攻势最终再次失败。
在此后的几周内，太平军曾有几次试图挖掘地道进行爆破，或切断清军供给线，但是战场的平衡终于还是扭转过来。11月26日，太平军进攻的第四十六天，太平军各将自领其兵，纷纷退去。太平军这次战斗仅损失约六七千人，可谓相当之少，因此这次失败多少让人费解。李秀成后来将其归咎于粮食匮乏以及冬衣不足。但是，很多当时的史家认为，这次失败是由于太平军品格的堕落，这种堕落虽扩散到了士兵行伍之中，但在高层领导中则更为显著。他们长期待在全国最为富有的地区，这使得他们的革命精神受到了腐化。对革命事业的奉献与牺牲，被互相之间的口角与对自己的放纵所取代，太平军失去了战斗的目标。此战中，太平军的人数是敌人的二十倍之多，而据曾国荃所说，武器装备的优势更是百倍之多。太平军在雨花台的失败，已经预示着太平天国的覆亡。
这场战役还有颇具讽刺意味的另一面。李秀成和李世贤动员了所有的兵力到天京勤王，导致浙江和江苏守备空虚，使得在那里作战的左宗棠和李鸿章占了便宜。正如曾国藩在其家书中所说，在浙江和江苏的作战本来是想牵制太平军，使之无法驰援天京，但是曾国荃在雨花台战胜了大量敌军，反而帮助了左宗棠和李鸿章，而这也是曾国荃的“无形之功”。
忠王新湖北远征军前锋的行动
双方经历苦战，均已疲劳，几月之内，天京战事陷入僵局。在此期间，天王命令李秀成率军经皖北向西远征，最终占领湖北。这次远征的战略目的很可能与1860年时相同，即佯攻汉阳和武昌，迫使曾国藩分军救援，以解天京之围。然而两年之间，时移势易。曾国藩和其他的清军部队早已在其后方驻防，以防备这种情况，因此李秀成的这次远征在刚开始之时就已经注定失败。而在天京城内，没有人真正知道清军集结在什么地方。
在出发之前，李秀成于12月1日派遣林绍璋、洪春元和郜永宽沿长江北岸先行，而令李世贤沿南岸西进。到了1863年1月6日，李世贤领其全军及水师部队开始进攻天京西南的金柱关。他的进攻接连遭到湘军部队及水师的挫败，但还是于3月中旬在皖南对湘军部队赢得了三场胜利，其中便包括曾国荃手下朱洪章的贵州军。4月27日，在完成了自己的任务之后，李世贤返回江苏溧水。
与此同时，林绍璋、洪春元和郜永宽在刚刚渡过长江之后，就与李世忠在浦口的军队相遇。由于林绍璋返回天京，不在军中，洪春元率军规避与李世忠的接触，带领部队过江浦，在1862年年底，先后占领皖北的含山、巢县及和州。这时曾国藩也意识到，太平军正试图骚扰其后方，便急令萧庆衍和彭玉麟率部赶赴战区，阻止太平军西进，同时告诫弟弟曾国荃，要倍加小心谨慎。洪元春和他的部队在无为遭到了阻截。
2月上旬，李秀成完成了他亲自经皖北进行西征的最后准备，并向所有在皖南的太平军将领发令，叫他们向西进军，以牵制南线清军的行动。按照他的命令，三支部队分别出击：第一支由刘官方、蓝仁得诸将率领，从宁国及徽州出发；第二支由杨辅清、古隆贤和赖文鸿率领，从太平县和祁门出发；第三支由黄文金及其诸将率领，从青阳和石棣西进。湘军部队对这三支部队都予以了迎头痛击，到了6月中旬，已彻底将他们以及一些由浙江而来的援军一并击溃。其中一支残部被左宗棠追赶进入江西，在江西境内的饶州、浮梁、都昌、彭泽以及最后至安徽芜湖一带，都奋勇地与左宗棠及省抚沈葆桢召集的部队作战。最后，这支部队于8月底被迫撤回皖南。而在皖南，由于清军的不断骚扰，太平军士气低落。1863年10月31日，古隆贤带领其部分部队献三县而降清军，其余的士兵则倔强不屈地转投广德的太平军。古隆贤投降清军之后，蓝仁得的部将也暗杀了他们不愿屈服的长官，带着他的部队投降了清军。湘军此后在收复余下的乡县时未遇到任何困难，到了12月便将这三支太平军彻底从这一区域肃清。
李秀成西进
直到1863年2月27日，李秀成远征的大军才开始开进皖北。他的这支规模庞大的部队人数超过了三十五万人，其中李秀成本部二十万人，另有陈坤书的部队八万人及吴如孝等部共七万人。为了牵制清军的注意力以掩护主力部队，陈坤书过境江浦，直扑含山及和州，同时吴如孝进攻浦口和江浦，并最终占领了江浦。李秀成则从另一路进军，沿途几乎没有遇到阻碍，甚至还在巢县暂驻，安排购买粮食，赈济了许多濒临饿死的当地饥民。在无为，李秀成与两股清军接战，并将其击退。但是此后的两周之内，他数次尝试攻取石涧，均告失败。李秀成收到消息说，他的劲敌鲍超正率军赶来，便迅速拔营，于5月4日解围西去。
先前抵达庐江的太平军先锋洪元春部苦战两日，毫无战果，太平军于5月8日转攻舒城，又被清军击退。面对前后两路清军部队（鲍超先后收复了无为、巢县、和州、含山以及所有太平军后方的地区），李秀成转而向西，竭尽全力想要完成既定的目标，即与湖北的北伐军陈德才部及诸将会合。5月11日，李秀成返回六安，在那里与马融和及张宗禹的北伐军部队会师。但是他们意识到，他们不可能在这一地区征集到粮食，于是这支规模硕大的太平军部队不得不于5月19日解除对六安的包围，迅速回师寿州。但是在寿州，搜集军粮的条件较周围乡县更差，当地的土地已被之前反叛的苗沛霖毁坏殆尽，所有的稻田都已荒芜不堪。
不幸的事件一桩接着一桩，而李秀成心里最清楚，是时候带着这支大军放弃远征湖北，转而东返了。马融和部队的任务大概是四处收编其他的北伐军部队，并带领他们返回天京，于此转而向北，而李秀成剩下的部队则向偏北的方向迂回快速行军，绕过敌人的驻地。6月2日，这支疲弱不堪的太平军到达天长的时候，已因饥饿、溺水以及敌人不断的炮火而严重减员。而在天长，李秀成收到了天王紧急召他回去的命令。于是，幸存下来的这些士兵又重新打起精神，沿长江北岸艰难地向前进发。太平军在清军枪炮的骚扰之下渡过长江，死伤惨重，而李秀成本人则于6月20日在呤唎的护送下乘坐“太平”号过江。忠王返回时，全军人数不及出发时的一半，这证明了1863年皖北土地已完全荒芜的情况。曾国藩在一封家书中评论道：“由巢县进兵，数千里内，寸草不生。”
收紧对天京的包围
返回天京之后不到一周，李秀成就必须火速赶往苏州，那里在李鸿章及戈登部队的进攻之下已经摇摇欲坠。几乎与此同时，鲍超和萧庆衍的湘军也从现在已经彻底安全无虞的长江北岸渡江到南岸，增援曾国荃围攻天京的部队。但是，在攻占钟山附近的太平军堡垒（被太平天国命名为天保城）之后，鲍超便率军撤退至河边，表面上是希望让仍然饱受疾病困扰的军队再稍加休养，其实是为了避免和对他军纪松散颇有指摘的曾国荃发生冲突。
李秀成于8月中旬由苏州返回，重新亲自指挥天京防务，他率军进攻包围他们的清军（也包括鲍超的部队），但是被清军击退。在此期间还有印子山之战，也使太平军蒙受了重大损失。印子山是天京东南的一处防御据点，8月20日陷落，太平军坚决反攻，试图重新占领那里，最终也遭失败。战斗中，曾随李世贤在浙江征战的练业坤阵亡。到了9月，曾国藩又给他的弟弟派遣了大量的援军，使他的部队增至四万人，于是曾国荃决定尝试进攻天京城。双方就此大战十日，不分胜负。此后一个月内，双方休兵未战（李秀成再次赶往苏州）。10月底，情况开始发生变化。湘军重新采取攻势，这一次他们成功击毁了太平军在天京城外的几处堡垒。10月31日，清军占领城西南的小镇博望。对于太平军而言更具灾难性的是，清军还在博望俘获了太平军的运粮队，五万石大米被截获，还有一千名士兵及约一千匹驴马也被清军俘获。紧接着，印子山一带的太平军也被肃清。就这样，到了11月25日，当曾国荃和萧庆衍将他们的大本营移到孝陵卫之后，天京城东一百五十里内的地区已经被湘军牢牢掌控。曾国荃现在已经完成了对天京彻底的包围，下令沿城东和城南的边缘挖掘一道又深又宽的壕沟。而当四十八个营、共计一万多名湘军士兵进驻这条壕沟之后，天京城的陷落已成定局。
天京对走私贸易的禁绝
曾国藩攻克天京策略的核心要点，从一开始便是将天京彻底包围，并切断其供给线，然后再展开最后的进攻。他的弟弟曾国荃也一直坚持这个策略，而且获得了值得嘉许的成果。但是，正如曾国藩在1863年6月29日的一封家书中所抱怨的，外国走私者一直在长江之上往来，将食品和弹药运送到天京对岸的九洑州，“接济不断，不能克金陵”。数日之后，收复九洑州为断绝走私一事带来了转机。7月12日，曾国藩向清帝上折陈述军情，同时请求联络在京之英、法公使，限制天京地区的外国贸易，直至将其收复。在经过一个月的协商之后，总理衙门于8月17日上奏皇帝，称外国公使已经同意命令其商人停止向天京供应一切补给；8月26日，李鸿章授命就此事之实施，与在上海的英、法、美三国领事进行磋商。这次禁运切断了天京的粮食供给，天京自此只能通过驴车，从江苏的几处地方偷运少许粮食而已。在此事上，曾国藩又一次在关键的节点上仰赖了外国势力的帮助。
天京城困苦绝望的最后岁月
曾国荃的部队现在已经足够接近天京的城墙，能够挖掘地道，埋设炸药。12月15日的第一次爆破，就把城墙炸开了一道缺口，但是太平军迅速对缺口进行防御，杀死了三百名湘军士兵。这次失败令曾国荃灰心丧气，两个月之内都没有新的举动。与此同时，李秀成在苏州和无锡大败之后，于12月20日经由丹阳回到天京，他认定保住天京已然无望，而且太平天国的朝廷已经必须随全军转移到更有利于防守的地方去了。天王坚决反对这个提议，而且抗议说，李秀成这种对“妖”的恐惧，让他这个受上帝与基督圣命成为人间唯一真主的天王感到意外，还藐视和羞辱李秀成说：“尔怕死，便是会死。”第二天，天王彻底意识到自己对这位忠诚追随者的傲慢无礼，便赠一身龙袍来宽慰和安抚李秀成。李秀成接着又劝说天王，至少把幼天王送出城外，交由陈德才及其北伐军保护。但是，这个提议也被拒绝了。太平天国的朝廷此后一直都留在被围困的天京城中，一个值得注意的例外便是洪仁玕。用他自己的话说，他是以集结援军为名被“推出”城外的，此后便再也没能够进城。
1864年1月初，李秀成为挽救天京周边的乡县做出了最后一次努力。他曾离开至常州一个月，但此后便专注于天京城的防务。粮食问题成为天京城的当务之急，于是李秀成在李世贤的帮助之下，制定了一个兵出四路、至江西收集粮草的大型计划（后文详述）。而近期，则只能靠偶然而来的粮草护送队来供给所需。2月27日，便有这样一支护送队到达郊外，这是李荣发及其手下的数千太平军，他们从仅剩的陆路可达的丹阳和句容带来三千石米。但是，在粮食未及趁夜色偷运入城之时，朱洪章得到当地人的线报，派出部队截获了所有的粮食及运输用的骡马。朱洪章前后数次截获想要偷运进入天京的粮食，一共约有四万石之多。为了缓解饥荒，太平军还在天京城内割划小块土地种植稻米，这也是他们在这种紧迫局势下无可奈何的权宜之计。
2月28日，李秀成由钟山南麓（天保城）发起了一次冲锋，也告失败。此后，湘军部队占领了整个钟山，其战略价值便是清军自此可由钟山之上从东侧观察城内全貌。3月14日，曾国荃试图通过云梯登城未果，尽管当时及之后数月中，他心中盘算的是等待援军到来再一锤定音。而这些援军也正依照曾国藩的命令陆续到达，共有湘军二十四个营，共一万两千人，这将使曾国荃部的总人数达到五万人。5月，太平军又进行了一次突袭，这也导致湘军攻占了紫荆山上的堡垒，而随着丹阳、句容、溧水、金坛、常州及太平天国在江苏的其他领土先后被清军收复，天京已然陷入完全的孤绝无助之中。被日益险恶的情势变化逼入绝境的李秀成，向在湖州的他的血亲李世贤和黄文金写信，请求他们即刻增援。他得到的回信是三个月之内会派出援兵，但是湖州的部队根本无法凑齐足够的粮草来支持这样的远征。
在曾国荃包围天京的两年中，清廷一直耐心等待，且越来越急迫地想得到天京克复的消息。随着1864年夏天的临近，清廷决定加速获取这一胜利，于是在曾国荃认为自己的五万人已经足够的情况下，仍然命令李鸿章从其凯旋之师中分出一部，调往天京支援。李鸿章意识到，自己参战可能会抢夺曾国荃克复天京的独功，也认为这是一次向曾国藩答谢知遇之恩的好时机，遂借口其部队征战两年，急需休养方能再战，连续五次拒绝了清廷的命令。而这种情况也促使曾国荃再一次对天京城墙进行爆破。于是在此后的两个月之内，他的部队又挖掘了十多条地道，但是所有的地道都被太平军从城内破坏，这也使湘军折损了将近四千名士兵。
另一方面，随着那些自私又腐败的贵族因洪仁玕不在而变得畏缩怯战（洪仁玕在浙江的征粮之战不久就彻底失败），天京城内的情况迅速恶化。天王整日不理朝政，继续将自己关在宫殿里，向上帝祷告，求他拯救自己的王国。而到这个时候，太平天国最有实力和影响力的领袖李秀成已经放弃外围城市的防守，而改为专务天京城本身的城防。政府也陷入了混乱之中。民众忍受饥荒，李秀成便向百姓放粮，而由于圣库已经枯竭，李秀成便从自己的配给中调拨发放，直到自己的配给也全部用完。最后，李秀成恳求天王放百姓离开天京城，而得到的回应却是一道严令，要求所有的官员和百姓食用“甜露”（草团）为生。显然，太平天国的臣民们被命令效法《旧约》中的以色列人，在穿越沙漠时靠天赐甘露而活。虽然李秀成本人以及宫内的所有人都曾食用“甜露”度日，但是这道命令给民众带来了非人道的负担，因此，李秀成对他们的逃亡离开也采取了默许的态度。大约有十三万居民逃离了天京城，此后城内陷入混乱，军民各为生存而互相争斗，劫夺流血事件不断。
4月上旬，天王罹患疾病，且可能由于营养不良，病情愈重。他虽然已经虚弱得二十天无法离开床榻，但是拒绝服用任何药物，完全信赖上帝能治好他的疾病。他的病情也曾有短暂的好转，但是5月30日，他还是降下最后一道旨意，宣布现在正是天王前往天堂向天父和天兄祈求，保佑天京不被攻陷的时候。1864年6月1日（同治三年四月二十七，太平天国十四年四月十九），太平天国革命运动的开创者洪秀全，在建国登基十三年半之后终于病故，时年五十一岁（虚岁五十二）。虽然洪秀全发动的革命最终失败了，但是他无疑是中国历史上伟大的爱国英雄。他的儿子幼主天贵福于1864年6月6日继位登基。
天京陷落
6月18日，李秀成指挥了一场对曾国荃围攻部队的猛烈进攻，曾几乎已经败退，但最终还是坚持了下来。两周之后的7月3日，湘军占领龙脖子山（太平军改称地保城）。现在，曾国荃以掌握龙脖子山和钟山（太平军改称天保城）这两处天京城太平门之外关键的优势位置，便可以进一步逼近城墙。但是，他发起的新一轮意图最终夺取城池的进攻再次被击退，且湘军伤亡惨重，尽管在此后的7月8日，曾的部队又痛击了李秀成的部队。曾国荃现在已经非常清楚，天京城不可能仅靠进攻便能拿下，便重新开始进行爆破城墙的尝试。朱洪章和李臣典负责重新挖通一条之前已被太平军破坏的大型地道，他们令工人日夜赶工，还派部队驻防，以防被太平军偷袭。7月18日，当李秀成在黎明之前袭来时，地道才刚刚竣工。如果不是朱洪章及时地对李发动伏击，新竣工的地道又将不保。当天夜里，曾国荃在朱洪章的大营召开会议，商定爆破城墙及早已做过诸多准备的全面进攻的操作细节。诸事均已商定，唯有讨论到谁将领军率先冲入城墙缺口的关键问题时，与会诸将陷入了尴尬的沉默，就连衔级最高的萧孚泗和李臣典也都默不作声。最后，朱洪章与刘连捷自告奋勇，分别带领第一波及第二波冲锋。
次日，即1864年7月19日（同治三年六月十六）的中午，巨大的爆炸声响起，靠近太平门约六十米处的城墙轰然倒塌。李秀成亲率太平军，拼命抵挡涌入城来的朱洪章的士兵。朱洪章率领冲锋的一千人中有四百人当场阵亡，而紧跟在后面的是刘连捷的士兵。太平军被彻底击溃，开始混乱无序地撤退逃亡，而其他的湘军部队则用云梯登上城墙，锁定胜局。城外的太平军士兵见到天京城已然陷落，或是投降湘军，或是四散逃亡。随后，曾国荃进入天京城，简要地巡视了一番，然后就回到了他的大本营，派遣使者将捷报送至北京的朝廷及在安庆的兄长曾国藩处。
天京城的每条路上都堵满了涌进城来肆意放火的湘军士兵。朱洪章直接来到了天王府，那里仍然完好，但已经空无一人。朱便派一队士兵驻防保卫，等待曾国荃亲自详细检查。但是，太平天国的其他宫殿和大堂都被放火焚烧，大火烧了整整一夜。大约有三分之一的官员府邸是由太平天国官员自行焚毁的，他们自己也在火海中殉国自尽，而其他的府邸在被劫掠一空之后，也都被湘军烧毁。天王宫也只是侥幸多保存了一晚而已，第二天中午也陷入火海，据说是萧孚泗在仔细搜查贵重物品之后放火将其烧毁的。而对天王府的搜刮与焚毁，是出于曾国荃的授意，这一点几乎可以确定，因为只有曾国荃才有可能命令朱洪章留下保卫王府的部队撤离。而且，战后曾国荃与其大将们的巨额财富，其来源除此之外别无他解。仅就土地而论，战后曾国荃的财富便足以购置十万亩，而他手下上百员将官每人新入的财富都有十万元之多。
至于占领天京的其他细节，湘军在全城的肆意屠杀持续了整整三天。根据曾国藩的奏折，超过十万“叛匪”被杀死，当然这个数字必然有夸张的成分。而可靠的数据认为，天京陷落之前城内人口最多约三万，其中大约半数为士兵，再减去战死者、随幼天王或以其他方式逃亡者（关于幼天王逃亡事，后文详述）、自杀者以及被俘者（均为年轻女子），被湘军杀死的“叛匪”总数不超过一万。赵烈文的日记中的描述则更为可信：
计城破后，精壮长毛除抵抗时被阵杀外，其余死者寥寥……城上四面坠下老广贼匪不知若干。沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二三岁者，亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无。
湘军对妇女的诱拐不仅限于太平军，就连在郊外居住的民家妇女也遭到毒手，大多数被诱拐的妇女随后都被送到了湖南。其中一个被拐走的便是天王长兄洪仁发的妻子，许多年后，她讲述了自己及其幼子的悲惨故事。
天王的两个哥哥都被抓捕（次兄洪仁达被朱洪章所擒）。据曾国藩说，8月5日他们被处决行刑之时，仍在向上帝祷告。
幼天王逃亡及李秀成被捕
幼天王从天王府的一处高楼内观察城墙上的战斗，他知道一切都结束了，于是立刻带着他的两个弟弟光王和明王，从天王府大门逃出。他们在那里遇到了李秀成，李即刻护送这几位沦为难民的皇室贵胄来到自己的府邸，把自己的好马与幼天王的马匹交换骑乘。当晚，李秀成带领约一千名忠诚的士兵，试图从某座城门杀出一条血路，却发现所有的城门都被湘军紧密地把守着。最后，李秀成、幼天王和其他一行人（很可能包括光王、明王及李秀成的家眷）乔装打扮成清军模样，穿过太平门附近被炸开的城墙废墟，逃出城外。时间已过子夜，却没有哪条路对他们来说是安全的。不知为何，也许是他们的马匹忽然受到惊吓而狂奔，一行人等忽然陷入混乱之中，向淳化而去，而骑着幼天王的劣等马的李秀成落在了后面。一发现他们逃亡，曾国荃便派一队骑兵追击，而这队骑兵在淳化追上并杀死了一些逃亡的太平天国贵族，但是幼天王及先锋军的数百亲兵侥幸逃脱，跑到了相对较为安全的皖南广德。
到了拂晓时分，李秀成的马已经疲惫不堪，他便徒步爬上方山，在一座破庙中躲藏。一些当地的乡民困住了这个陌生人，并因分配忠王身上的珠宝和黄金而发生争执，最后失败的一方为了得到补偿，便将忠王扭送到萧孚泗的大营，换取奖赏。让村民们失望的是，萧孚泗不仅没有给予奖赏，还把他们抓捕，派士兵把他们的家人也抓来，并搜查所有从被俘的李秀成那里夺来的财宝。实际上，在给曾国荃的报告中，萧说自己派兵抓住了李秀成，独占了功劳。
李秀成被送到了曾国荃的面前。曾国荃面对这个对手，愤怒难以自制，用尖锐的锥子不断戳刺李秀成，如果不是幕僚赵烈文阻拦，他恨不得一直刺下去，直到把李秀成戳得稀碎方肯罢休。李秀成随后被投入大牢，等候曾国藩的审问。7月28日，曾国藩抵达天京。两日后，他派两名幕僚会审李秀成，并编成了一份供状。李秀成花了八天半的时间写完了他的自叙状，这是一部长达三万六千一百字的关于整个革命运动的总史。8月7日，忠王被处决。曾国藩在朝廷要求尽快将这位太平天国领袖押解进京受审的情况下，下令迅速将他处决，原因之一毫无疑问是害怕李秀成在北京揭露湘军（尤其是曾国荃）在天京中饱私囊的情况。为了进一步掩饰弟弟的罪行，曾国藩还毫不掩饰地扯谎说，天京城在收复之时已经是一片废墟，而叛匪已然将全城财物洗劫一空，只留下金印一枚和玉玺两方。这话说来令人难以置信，却又无证据足以反驳，清廷只能听任曾国藩所说。
天京大捷的参与者们都得到了清廷丰厚的奖赏：赐封曾国藩一等侯爵，其弟曾国荃一等伯爵，李臣典一等子爵，萧孚泗一等男爵。但是，最应当受到特别嘉奖的将军朱洪章，因为并非湘军嫡系，不得不让位，居于李臣典与萧孚泗之后，被晋升为提督。其他远近各处官员也次第受封，庆祝扫平太平天国革命，主要有湖广总督官文、李鸿章及克复浙江之后才受赏的左宗棠，三人都被晋封为伯爵。
即便是曾国荃在北京作为英雄受到欢迎的时候，当地的百姓及很多与曾国荃共事的同僚之间就开始流传他在天京大肆搜刮的传闻。多隆阿、鲍超、杨岳斌和彭玉麟都公开与曾国荃划清界限，而其他的将军们也都如此效仿。唯一仍然支持曾的便是李鸿章，虽然他心中究竟做何判断，我们无从知晓，但他仍然把曾国藩对自己的恩情放在首位。而曾国藩也感到风头不好，便劝他的弟弟以生病为由立即离开天京。此后，曾国藩上奏清廷，请求遣散两万五千名湘军士兵，并多次做出这样的姿态，以示对朝廷的忠诚，直到曾国荃引起的公愤逐渐缓解。
天京百姓所遭受的苦难，可以由湖南出身的著名学者及改革家谭嗣同的感想中一窥究竟，他在收复天京三十二年之后来到这里，并这样写道：
顷来金陵，见满地荒凉气象。本地人言发匪据城时并未焚杀，百姓安堵如故……不料湘军一破城，见人即杀，见屋即烧，子女玉帛，扫数入于湘军，而金陵遂永穷矣。至今父老言之，犹深愤恨。
幼天王与洪仁玕的命运
从天京逃亡的幼天王一行人在被湘军骑兵追上之后，当场被杀的有林绍璋、萧朝贵子、冯云山子、洪仁发幼子及洪仁达幼子，而人数不断减少的幼天王一行继续前行，经溧水最终到达了东坝。洪仁玕及一支部队在那里出现，并把筋疲力竭的幼天王一行人等于7月24日护送回了皖南的广德。此后的两个月内，洪仁玕保护着幼天王四处往返，寻找其他的太平军部队，他们的行程大致如下：
7月29日 由广德到浙江湖州
8月4日 由湖州回广德
8月29日 至皖南宁国（与两日前弃守湖州的黄文金一道）
9月2日 至浙江昌化（一路遭到清军追击）
9月20日 至浙西开化（在黄文金死后）
9月21日 至江西省界附近之常山
9月22日 至江西玉山
9月24日 至江西广丰
9月25日 至江西铅山
9月29日 至江西泸西（自此黄文英率部别走福建）
10月4日 至浙江新城（与黄文英部重逢）
进入江西后，洪仁玕的计划是去抚州找李世贤和汪海洋，然后合军向西北入湖北，再与陈德才和石达开会师（显然洪仁玕还不知道石达开部已经败亡），接着再以陕西西安为基地占领西北地区，重新扭转天国的颓势。令他倍感失望的是，李世贤和汪海洋都在向南方败退，这使得洪仁玕和他大约一万人的部队别无选择，也只能跟着向南撤退。他们在各处均遭到江西按察使席宝田湘军部队的围困，干王这支毫无士气的军队由新城跑到了石城，在那里遭到清军夜袭，彻底溃散。在各自逃命时，洪仁玕也与幼天王失散，于10月9日与洪仁政和黄文英一起被捕，并被解送南昌。
幼天王在一众亲兵的保护下暂时免于遭到逮捕的厄运，但是最终沦落到独自一人在石城附近的山谷一带躲藏，最终被席宝田手下的士兵抓获。在南昌经过省抚沈葆桢的审问之后，十六岁的幼天王于1864年11月18日被处决。
对洪仁玕的审问更为繁复，他因而留下了数份供状。在审问结束之后，洪仁玕也于1864年11月23日与和他同时被抓的洪仁政及黄文英一起被处刑，时年四十三岁。在临刑之前，洪仁玕想到了南宋文天祥的民族主义情怀，赋绝命诗一首，表达自己对太平大国事业至死不渝的忠诚信念：
临刑复一语，
快然诉心声。
我国祚虽斩，
有日必复生。
确实，洪仁玕的一生经历、他的成就以及他的英勇就义，在很多方面都可以与文天祥和史可法相比。那两位英勇不屈的宰相都以他们对中华的强烈热爱与忠诚，为南宋与南明的故事增添了壮丽的色彩。洪仁玕同时也是具有预见性的，因为太平天国革命精神不久就在孙中山发动的革命中涅槃重生。
江西征粮军的溃散
在收复天京之后，清军又花了一年半的时间，才扫清李秀成和李世贤于1864年2月向江西派出的为被困的天京征收粮食的四支大军，而直至战争最后平息，双方的战事都异常激烈，甚至还波及了福建和广东。江西相较于周边的省份，受战争之苦并不算严重，因此当天京因粮草匮乏陷入饥荒的时候，李秀成便认为如果太平军想要做长久的坚持，入赣征粮势在必行。根据他与李世贤制定的计划，大军将在江西寻找稻谷直至9月，然后转回天京，如有可能，再沿途额外收集皖南和苏南的粮食补给。
第一支征粮军由谭星、林正扬（原捻军）及李世贤的两位族人指挥，由浙江出发，发现至江西的各处道路已被清军席宝田和刘于浔的部队（府军或湘军）封堵，于是便短暂地转入福建行军，至5月中旬，从南丰、石城一带转回入赣。第二支征粮军是陈炳文和汪海洋在1864年3月31日杭州陷落之后从那里撤退的队伍。当时，他们先败退到了德清，然后又转入皖南。5月初，这支部队进入了赣东地区，并在贵溪和抚州初战告捷。第三支征粮军实为李世贤、陆顺德和黄呈忠的合军，他们从浙江进入江西，与第一支征粮军在南丰会师，此后遭到赣军阻截，转攻抚州，亦不成功，到5月初及此后不久，攻占了宜黄及崇仁。第四支征粮军由李秀成最为信赖的干将刘肇均指挥，共约三万人，由江苏丹阳出发入赣。他们路经皖南，不断与湘军遭遇且一路败退，但刘肇均终究还是带着他的部队于6月1日抵达江西弋阳，并在那里与李世贤的部队会师。在此后的行军中，他们的联军又在崇仁附近三尝败绩。
到了7月，天京陷落，入赣征粮的任务已不复存在，这几支太平军的基本部署安排仍然大体不变。曾国藩迅速调兵遣将，准备压制并最终消灭这些大批的太平军残部，委任杨岳斌（已被任命为陕甘总督，尚未履职）负责江西与皖南的全部军务。杨岳斌调鲍超的部队，于7月27日开始向抚州陈炳文的部队发动猛攻。太平军不敌鲍超，在抚州附近节节败退，到了8月13日，陈炳文及其大部分部队（超过六万人并配备七千支步枪）向鲍超投降，其余的部队在汪海洋的带领下逃跑。与此同时，席宝田的赣军配合左宗棠军中的刘典一部，集中进攻李世贤的部队，李被迫于8月14日由宜黄跑到南丰，然后在9月又从南丰撤入广东。到此为止，只有汪海洋带领一众残部留在江西境内。
福建战事
转入福建作战的四股太平军中的第一股，便是李世贤和陆顺德带入该省的部队。他们在江西战败之后，于1864年9月17日进入粤北地区，经嘉应、平远及镇平，最终到达大埔。10月9日，陆顺德跨过省界占永定，又于15日占领龙岩。李世贤率领第二股太平军于10月14日大胜清军，攻克漳州。李世贤由此志气稍涨，便致信英国、法国及美国领事，表达了对太平天国革命终将胜利的信心，并请求他们的援助。但是他的信并未得到回复。
进入福建的第三股太平军是原天地会的丁太阳部。9月，他于李世贤败退广东之前，在江西与其分军。在那之后，丁率部从雩都至瑞金，并在那里与林正扬合军。10月11日，丁、林联军击败了曾国藩旧湘军的老将、江西按察使张运兰，占领武平，张被俘获，三日后被处决。此后，方耀率粤军把丁、林从武平赶出，迫使他们越过省界，撤至永定。第四股，也是最后一股入闽作战的太平军，是汪海洋、谭体元及其他将军在江西各处收编的太平军残部，他们并未投降清军，而是继续作战，在宁都败于鲍超之后，曾短暂地占领瑞金，最终于10月15日由汀州进入福建。
关于在福建的太平军兵力，目前并无确切的数据，但是估计至少有三十万人，甚至更多。其中包括李世贤本部十万人，汪海洋等人的部队约九万人，以及陆顺德、丁太阳和林正扬部各数万人。即便如此，清军还是很快就占据了上风，而太平军缺乏统一的指挥，诸路部队各自为战，随着处境越发困难，有时甚至互相开战，因而战斗效能大受损失。
左宗棠入闽作战
由于太平军的残部被各路围堵逼入福建，因此剿灭他们的任务自然落在了闽浙总督左宗棠的肩上。1864年11月26日，他亲率本部大军从杭州出发，经浦城开赴福建。他的策略是将其部队分为三路：西路为刘典的新军八千人，外加将由江西入汀州的王德榜部两千五百人；中路为黄少春部四千人，由浦城向南入闽；东路为高连升率其部由宁波经海路至福州，再从那里转道兴全。为左宗棠的部队提供增援的是西路康国器的粤军（康是广东人，当时在福建任道台），他的任务是在龙岩切断太平军互相交通的中枢。而其他粤军也不时加入战斗，提供援助。
双方于11月30日正式接战，陆顺德的太平军部队在龙岩被康国器击败，而同日，李世贤在漳州大胜福建提督林文察，林阵亡，双方因此不分胜负。数日之后，李世贤再次成功地击退了高连升发起的第二轮进攻。12月中旬，太平军又获得了另外一场胜利，丁太阳和汪海洋接连数次击败刘典的新军，并一直追杀败退的清军至连城。左宗棠对接连失利感到不满，便于12月25日将大本营从浦城向前移动至延平（今南平），并在那里得到了浙江巡抚蒋益澧为他准备好的三千人的援军。
从1865年2月开始，战场的形势开始转而对太平军不利。2月19日，康国器终于收复了龙岩府，陆顺德及守军逃往漳州，从而切断了李世贤与汪海洋之间的联系。从此以后，西路的清军便迫使陷入孤立的丁太阳与汪海洋的部队经汀州、连城及龙岩，一路且战且退。李世贤方面，除了在2月25日与闽军交战得胜，也不得不在高连升接二连三的胜利面前采取守势。
值得一提的是，在这一时期，李世贤还招募了十六名外国人为其提供服务，其中包括一个爱尔兰人，在漳州的兵工厂中为他制造火枪。（同样，黄呈忠在占领漳浦时，也有外国人积极地为他提供弹药。）1865年1月29日，原常胜军指挥官白齐文从日本来投靠李世贤，他此后一直留在漳州，直到5月13日被湘军中的英国官员逮捕。（至于白齐文此后在被押解返沪途中于浙西兰溪坠河溺亡一事，至今尚无令人满意的解释。）
福建的战事使得左宗棠感觉人手不足，而为了加快推进福建的战事，清廷于4月命李鸿章派郭松林所领的七营湘军及杨鼎勋的六营淮军前往助阵。这些部队共有八千人，全部装备了步枪，经海路入闽，随时准备攻取漳州。另外，福州税务司法国人美里登(Baron de Meritens)也携重炮前来襄助。如此配置的部队轻而易举地就在4月11日击溃了李世贤在漳州的外层防御，杀死了三千名太平军士兵。5月15日，他们发动了第二轮进攻，迫使李世贤带着他未被屠戮的部队向西南逃亡。第二天，陆顺德和林正扬也把南靖让给刘典，去与李世贤再次会合。
在收复漳州的同时，刘典与康国器于5月6日展开的联合行动也颇见成效，成功逼迫汪海洋跨过广东省界，逃至大埔。但是，5月15日，汪又在方耀粤军的追击下重新进入福建，开始围攻永定。5月19日，汪海洋和他的部将们率七万人大举进攻康国器的部队，但是被击退。两天之后，康发动了猛烈的反击，杀死太平军超过六千人，解除了永定之围，使汪海洋率军向西北逃走。另一股由林正扬指挥的太平军于数日后抵达，襄助汪海洋，但也被击退。康国器此役以八千人的部队击溃十倍于己的太平军，因此深得左宗棠的赞许，左举荐康国器为福建布政使。汪海洋的部队于6月14日逃至广东省界，然后继续向镇平逃窜。林正扬则与陆顺德合军。
左宗棠此时又把大本营移至漳州，着力清缴福建境内残余的几股太平军。5月21日，郭松林收复漳浦，太平军守将刘肇均因不愿投降而自杀（黄呈忠可能也是如此，在漳浦城破之后，再也没有关于他的记录）。同一天，李世贤的败军及忠王之弟李明成的部队遭到了高连升和黄少群的攻击，逃亡到了永定。陆顺德及其残部的境遇更糟，他们先被左宗棠的部队赶到广东大埔，然后又逃到永定，与李世贤合军。双方最后的决战于5月26日展开，刘典和康国器的部队在永定的塔下村包围了李世贤全军，一场恶战之后，太平军有一万人或阵毙或溺亡，其余的士兵当场投降清军。李世贤抛弃家眷资财，仅以身免。陆顺德和林正扬也率残部侥幸逃脱，于6月2日占领镇平。
汪海洋在广东
6月15日，汪海洋占领了四天前被陆顺德和林正扬转奔平远前弃守的粤北镇平，随他而来的还有一些愿意一直奋战到最后一刻的将领。他手下其他的将领见到局势急转直下，一个个地都投降了清军，尚未投降的也有很多只是在等待机会而已。让这些坚守的将领感到喜出望外的是，有十八个营的鲍超军中的原太平军士兵来镇平投靠他们。这些部队因反对镇压陕甘回民起义的命令而叛走，并在欧阳辉的带领下长途跋涉，经湖南来到广东，来投靠正在苦战的太平军余部。清廷对如此大规模的叛逃感到震惊，立刻降旨命令正在四川家中养病的鲍超即刻南下。
而卓兴所领的粤军整个6月都保持着对汪海洋、陆顺德和林正扬的军事压力，诱使越来越多的太平军将领放弃抵抗而投降。但是汪仍然固守镇平。8月19日，李世贤带着一众永定之战中幸存的太平军艰苦跋涉，来到了汪的大本营。汪海洋热情地招待了李世贤，但是数日之后，就开始对李世贤的存在感到不悦，害怕级别和声望都比他高的李世贤会夺取自己的指挥权。为了根除这种可能性，8月23日，汪派刺客将李世贤及其所有随行人员全部暗杀。8月29日，林正扬和陆顺德占领长乐，但是到9月20日，林正扬便献城向清军投降，同时还抓捕了陆顺德及许多他手下的将官。
此时，鲍超已经赶到广东，并与康国器一起展开对汪海洋的作战。9月3日，康大胜汪海洋，杀死数千太平军士兵，汪海洋也在战斗中左臂负伤。而左宗棠的本部部队也在高连升和黄少春的指挥下迅速不断地展开攻势，使越来越多的太平军投降。最后，9月28日，汪海洋被迫下令向西北方向的平远撤退。
最后一战
到了1865年10月，战火已经蔓延至沿江西省界一带。10月3日，汪海洋在兴宁突袭高连升和康国器的部队。此役中，高损失了数千人马及大量弹药。而康国器的部队早已因瘟疫减员至半数，而此次又损失数百人，被迫暂时从与太平军的作战中撤出，招募新员。汪海洋则带着他获胜的部队跨过省界，进入江西，但是又于11月底折回广东，占领和平。此后，1865年12月8日，汪攻占嘉应，而嘉应也成了最后一个被太平军占领的城市。
大量清军随即出现在附近地区，各做部署，准备进行长期的围攻。首先到达的是鲍超的部队，他在左宗棠的指挥下在城北部署。1866年1月15日，左宗棠将大本营移至大埔，为这场战斗的最后一个阶段做准备，他的策略是按照康国器的建议，将城市彻底包围，瓮中捉鳖。这个策略要求鲍超由城北，康国器和高连升由城南，刘典由城东，左宗棠亲率黄少春及王德榜部由城西南，配合助阵的粤军由城西及城南，同时发起冲锋。正当1月底整个战略部署刚刚完成的时候，汪海洋于1月28日向城东发起突袭，小胜刘典和王德榜的部队。受到这场战斗挫败的刺激，高连升、黄少春、康国器及其他的将领一怒之下发动了攻击，从各个方向全面打击汪海洋的太平军。
汪海洋的末日不久就降临了。他的习惯是在身着特制的五彩制服的一万精英部队的护卫之下，亲自冲入战场，在最近的优势位置设立指挥点。这一战中，汪海洋也像平常一样，在许多大旗之间指挥战斗。新近叛逃至清军的丁太阳立即向王德榜指认了他之前的上级指挥官，王立即命令向汪海洋所在的位置射击。汪海洋随即中枪倒地。2月1日，皖北全椒出身的汪海洋伤重不治，时年三十五岁（一说三十六岁），他勇猛无畏的战斗为倾颓覆亡之中的太平天国革命运动增添了壮丽的光辉。汪海洋历尽磨难的部队，被太平天国最后一位英勇不屈的偕王谭体元接管。
1866年2月4日，对嘉应的总攻开始。随着清军从七个方向同时扑来，谭体元意识到如果不想坐等被歼灭，只能赶紧逃跑。他迅速反应，趁着清军未及完全将城市封锁，于2月5日命令一部忠诚的太平军士兵牵制鲍超军，自己率领嘉应城内剩下的部队由西南城门溜出城区，直奔黄沙嶂，准备由此最终逃往湖南丰顺。太平军的撤退并未引起清军的注意，在为其他部队的撤退提供掩护长达一天一夜之后，受命牵制鲍超军的部队也撤退逃往黄沙嶂。2月7日早晨，清军收复了一座空城，鲍超和其他的将领这才开始全力追击逃亡的太平军。
黄沙嶂是一条崎岖狭窄、穿过陡峭群山的通道，而此时，这里很快就挤满了太平军，他们艰难地向前，试图逃避后面数以万计的追兵。太平军逃入山林后，清军也四散搜寻，绝大部分太平军士兵被当场杀死（仅2月8日及9日两天，就有约一万太平军被杀），还有很多人被俘，其中就包括带人从鲍超军叛逃的起事者。也有大量的太平军向清军投降，约有四万人向王德榜投降，另有一万人向康国器投降。但是谭体元并未怯懦，也没有放弃，他将追来的清兵一个个地杀死，直到体力不支，滑落山崖，不省人事。谭体元后来被黄少春找到，恢复了意识，但是因重伤无法动弹，终于被俘。他随后被清军处决，也成为为太平天国牺牲的最后一位王。太平天国被镇压之日，几乎正是他们以热诚的革命激情在金田发动起义的整整十五年之后（1851年1月至1866年2月，道光三十年腊月至同治四年腊月）。
天国的遗产
太平天国这场满怀革命热情的大起义，在其施政的岁月里播下了新一轮反清运动的种子。具有讽刺意味的是，就在清朝政权将这场大起义镇压下去的同一年，后来的革命领袖孙中山于1866年12月诞生。太平天国为推翻清朝统治而进行的英勇无畏又艰苦卓绝的斗争，唤醒了国人的反清意识，使他们不再沉沦于老辈安分守己的成规，毅然扛起那些阵亡的英雄们的大旗。爱国者不断地涌现出来，呼吁国人重新夺回自己的国家。正如历史所记载的那样，他们不懈的奋斗终于迎来了1911年10月10日武昌起义的决定性胜利。我们扩展性地掌握了太平天国革命运动的志向和成就，从而能更深刻地理解它与辛亥革命之间的革命性关系，并因此明白了二者之间的直接历史渊源。也许这种延续性最好的体现，就是1912年1月1日结束了长达两百七十六年之久的清朝统治的清帝逊位一事。中华民国临时大总统孙中山接受了溥仪（宣统帝）的逊位，而孙中山幼时最喜欢自称“洪秀全第二”。