前文已述，《申子》在《旧唐书·经籍志》与《新唐书·艺文志》中均有列明。之后，官方史书不再列《申子》为存书，而我们无法确定那时辑录引文的学者是否看到原书本身，还是从其他书中转引。但在1616年，我们发现《申子》又被列于私人藏书目录中，这是最后一次。
清代学者以热衷于文献学研究而闻名于世。其中一方面，就是他们致力辑佚，复原散佚之书。在19世纪，有三位学者力图（在可掌握材料范围内）复原《申子》。其中两项流传至今，另一项则失传。
众所周知，首位担负《申子》辑佚工作的便是严可均（1762—1843）。有如其他一些著述极富的学者，严可均生活俭朴，穷其一生闭门著书。有别于前面提到的那些类书撰者，严可均的这种辑佚工作并无朝廷支持，乃其主动编辑卷帙浩繁之佚书，更可谓功绩斐然。他为这本书的题名气势磅礴，名曰《全上古三代秦汉三国六朝文》。为此，严可均之辑佚工作广及“金石铭文、他书（其实就是严氏所能看到的一切经史子集）所见亡佚之书引文”。始于1808年，严可均历经27年完成辑佚工作，而直到1893年才付印。
作为首次尝试，严可均对《申子》佚文的辑佚工作颇为完整。他辑录了我定名为《申子》1至13的内容，也辑录《申子》20。于是， 除了《申子》14与15（存疑的二则），严可均已辑录我所认为一切出自《申子》的引文。他也辑录出自《史记》的《申子》20，该段以申子曰开头，既可以意为“申子曰”，也可以表示“《申子》曰”。
这一辑佚也并非无误。严可均的每一则都与我的有别，或者是他改字（可能于此认为文本错讹）而未给出任何证据。 有些出处也有误，只是胪列于此也无意义。不过，最主要的错误在于，当严可均以《战国策》作为《申子》11其中一部分的出处时，其实《战国策》的原文与其辑录相当不同。那里并未提到申不害，且那段存在问题的表述亦出自公元前332至前314年在位的齐宣王。
严可均对《申子》4与5的整合，改变了这二则佚文的原有形态，却未给出所引的其他出处。 他窜改《申子》1，在1（2）后插入《申子》10，再接上《申子》1（3）。 我找不到这么剪裁的依据。他以《君臣》篇命名4与5的整合，却未予说明，所引的文本也未证成如此命名。 对所辑佚的四部分的前三部分，严可均于注释谓“已上《申子》原次如此”，又未提供证据，而从他所引的类书中，我也无法看到严氏知道原本次序如此的可能性。
第二次《申子》辑佚工作由严可均同时代而 年轻不少的学者马国翰（1794—1857）完成。马国翰亦不富裕，为官短暂，致力研学。1815年，马国翰开始辑佚，最终撰成《玉函山房辑佚书》。百濑弘称，这“或许是学者一己之力完成的最为宏富之辑佚”。 对研究早期文本的任何学者而言，这项辑佚可谓极富价值，尽管诸如这类辑佚都还应再予严密考证。
在马国翰的《申子》辑佚中，并不总是很容易确定其辑佚标准。既然其著作题为“书”，那么看来他认为每一则引文均出自《申子》一书。而正如前文所述，并不是很容易区分其书引文与其人言论。然而，马国翰所辑佚有《吕氏春秋》一段，即涵盖我所谓《申子》17（2—4），而不管其中仅一小段为申不害原话。 或许马氏认为，该事的整一记述以及长段评论曾经是《申子》一书的内容。但是《吕氏春秋》中并无这一线索，马国翰也未就这一突兀的辑录方式给出证据。
马国翰的辑佚如此宽泛，按照我的佚文全集，要列出他未加辑录的也不难。他缺了1（1）一部分，1（2—6）所有、1（7）一部分、1（8—9）所有。然后，他完整辑录2—16，而17只有17（2—4）部分。他辑录18、19，缺20，辑录21、22，缺23的一部分，无24—27。
有些忽略是显而易见的。《申子》1只有《群书治要》完整辑录，而显然马国翰不知《群书治要》，或至少在这一例上如此。 《申子》1（1）至1（7）引自《意林》，但1（1）没有《长短经》那么完整，而马国翰未引《长短经》。《申子》 20引自《史记》，《申子》24、25、26引自《战国策》。综观所引其他材料，还可以看到涵盖文本如下。《申子》23引自《韩非子》，但只引其中一部分，难以理解何以忽略其余。 《申子》5则脱漏最后十四字，而所引《太平御览》卷三九零明明有这部分。
在辑佚来源，以及提供不同来源的字词差别上，马国翰优于严可均，且未随意处理文本。但马国翰的不足在于很多征引出处有误，且文字讹、脱亦不少。 当然，可能马国翰也受制于抄写传抄之误。
第三项申不害佚文的辑录由黄以周（1828—1899）完成，但从未刊印。 我们只能看到叙言。其中说到严可均所辑《申子》佚文“遗漏颇多”，马国翰辑本“又未尽善”。
从严可均与马国翰辑佚中发现缺陷并不困难，尤其我们现在能够掌握所有资料来源。然而，即便今日，人们是否会谨慎地复制前人辑佚成果，颇成疑问。当然，对于18世纪于中国乡村毕生辑佚的一名谦逊学者所受之艰辛，亦难以想象。
幸运的是，严可均与马国翰的辑本（虽然他们没有详细说明引书版本，而让 我们无从确定现在是否有他们所用版本）仍流传于今。尽管他们引书版本偶有错讹，仍有可能花些时间查证其所引原文。如若没有他们的贡献，我自己的申不害佚文全集肯定不够完整，谨此向他们致敬。