由拔貢而狀元
離騷：「惟庚寅吾以降。」蘇州府的唐寅生於明憲宗成化六年庚寅，因取此語，刻為閒章；同府同一年生的還有文徵明。後三百六十年，清宣宗道光十年庚寅，蘇州府又降生了兩位猶如唐寅與文徵明齊名的士林魁首，一個是潘祖蔭，一個是翁同龢。
翁同龢籍隸蘇州府治以北九十里的常熟。翁家在常熟是大族，但先世除了康熙十五年丙辰探花、官至刑部尚書的翁叔元以外，沒有出過甚麼烜赫的人物，直到道光後，方始興旺。
翁家之盛，始於翁心存。心存之父名咸封，官至海州學正，生兩子，次子心存字二銘，號邃庵，生於乾隆五十六年，道光二年三十二歲，成進士，入翰林。翰林院庶吉士，常例教習三年，復經考試，以等第高下，分別任用，稱為「散館」，名列前茅者，二甲授職編修，三甲授職檢討，稱為「留館」，其次用為部員，再次用為知縣。庶吉士散館時，絕大多數希望留館；翁心存不但留館，而且散館由三年縮短為一年，因為宣宗即位，例開恩科，道光元年辛巳恩科鄉試；則二年壬午恩科會試。子午卯酉之年正科鄉試；辰戌丑未之年正科會試；道光三年癸未春闈，「庶常館」無法容納兩科的庶吉士，所以翁心存得以提前散館。
翁心存的宦途非常順利，一年散館，又一年「開坊」，擢為詹事府右春坊右中允；又一年充福建鄉試正考官，提督廣東學政，時為道光五年。
學政俗稱「學臺」，例得專摺奏事，與督撫平禮相見。三年差滿回京，奉旨在上書房行走，為惠郡王的業師。惠郡王名綿愉，宣宗胞弟，行五；咸豐年間為親貴首腦，內廷外朝皆尊稱之為「老五太爺」。翁心存晚年蹉跌而能復起，未始非由於有此一重淵源。
翁同龢即生於其父當上書房翰林時。翁心存共生四子，長子同書，字祖庚，號藥房，道光二十年庶吉士，跟他父親一樣，也是一年散館，授職編修；其時早翁同龢一科的曾國藩，因是三甲出身，在當檢討。後來李鴻章尊稱科名、功名皆是晚輩的翁同龢為「丈」，即由曾國藩與翁同書的關係而來，老師的同寅為長輩，則此長輩之弟亦為長輩；李鴻章所以如此謙下，作用是要突出他繼承曾國藩的形象。
翁心存的次子名音保，早殤；三子名同爵，出嗣堂叔；幼子即翁同龢，字叔平，號瓶生，亦號瓶廬，晚年自署松禪。他的祖父是學官，父親又是上書房的師傅，在這樣的家庭背景之下，書自然讀得極好。十三歲時作試帖詩，題目是「元夕張宴奪崑崙關」，詠狄青的故事，有「第一回圓月，奇功第一人」之句，傳誦一時。
道光二十九年己酉，翁同龢二十歲，成為拔貢──出類拔萃的生員（秀才），稱為拔貢，定制逢酉年由學政在「科考」後選拔，共試兩場，即日交卷，第一場試四書文兩篇，經文一篇；第二場試論一篇，策一道，判一條，五言八韻詩一首。較之鄉會試僅試四書文，五經文及試帖詩，更為繁重；而且除文字以外，兼重書法，此又與殿試無異。
因此，在昔科舉時代，常以「名貴」二字來形容拔貢。又有人說，拔貢之名貴，是因為三年出一個狀元，十二年才出一個拔貢。此雖為戲言，但有不通的翰林，而拔貢則必是真才實學，這是毫無例外的事實。
定制：拔貢為正途出身。進京覆試考列一、二等者，以七品小京官或知縣任用。但翰林院畢竟是儲才之地，所以除非年齡太長，急於出仕，否則仍會赴秋闈。翁同龢趁進京覆試之便，參加北闈鄉試，輕而易舉地成了舉人。
這一科順天鄉試的考官是工部尚書王廣蔭、戶部尚書孫瑞珍、工部右侍郎宗室靈桂。孫瑞珍之子孫毓汶、靈桂的女婿榮祿，後來與翁同龢的關係極其密切，卻都交誼不終。先談孫毓汶與翁同龢同榜的故事。
孫毓汶是山東濟寧人，咸同年間，為北方士族第一家。他的祖父玉庭官至體仁閣大學士；玉庭有一孫毓溎，是毓汶的堂兄，道光二十四年的狀元。咸豐六年丙辰，翁同龢、孫毓汶會試中式後，孫家希望孫毓汶奪魁，造成兄弟狀元的佳話，因而有一段關於孫瑞珍計陷翁同龢的軼聞。
據高拜石在「古春風樓筆記」中說：「殿試前夕，赴試貢士，住家離殿廷稍遠的，每多借宿朝門附近親友家，以便第二天清早進入隆宗門。那時孫家第宅是在皇城附近，翁家比較遠些。當晚，孫家以通家之誼，延翁同龢到家裏夜飯，孫瑞珍以父執世誼，殷勤款待，頻頻勸酒，絮絮暢談，賓主非常歡洽。席散之後，孫尚書又邀同龢到他書齋裏，把殿試一切規例，不厭其詳地，一一指點，直到深夜，同龢已有倦意，加以不勝酒力，兩眼微澀，孫尚書始促其就寢。毓汶早於散席之前就枕了。」
可想而知的，到得第二天金殿對策，翁同龢的精神決不如孫毓汶；但翁同龢畢竟還是奪魁了。據高拜石記，正當翁同龢精力不濟時，「猛記起他父親給他的老山人參兩枝，藏在卷袋裏，因找了出來，折下半枝，含入口中略加咀嚼，果覺精液流貫，神志奮發，振筆直書，一氣到底，如時繳卷。」
這段故事的真偽，以及人參是否有那樣的功效，都是疑問，但翁同龢的日記中，從未提過孫瑞珍，則是事實。
金殿臚唱後，翁同龢以一甲第一名授職修撰；孫毓汶以第二名授職編修。這一榜後來成顯宦者，還有浙江歸安沈秉成、宗室延煦、湖南茶陵譚鍾麟，浙江仁和夏同善，宗室霍穆歡，陝西長安薛允升，鑲黃旗滿洲烏拉喜崇阿等。
「潘郎傷逝空悲哽」
翁同龢日記咸豐十年正月廿七日條：
詣老丈處，晚飯後歸。老丈為余言：昔文端公在江蘇學政任時，拓一樓，奉乩仙懸筆於上，老丈輒從拜於樓下。一日乩書某次子修，賜名敏齋。又一日書年庚八字一，綴一詞於下，有「二十四橋明月夜，明珠一顆掌中擎」云云。越日又書云：「昨所示八字，乃上海葉令之女，可與修為佳耦。命幕友張某為媒，急往，限某日到，沿途多加縴夫。」文端承命遣張君急行。至則前一日葉令方與寧波林氏議婚，適因小恙終止。張君至，述神語，遂委禽焉。于歸三年，生一女而歿，年二十四，乩書所謂「二十四橋」者驗矣，所生女即余亡妻也。亡妻歸我十年，無子女，年三十而卒。無子女，鏡合無期，珠摧先兆，其命也夫。曩聞亡妻言之不甚悉，今詳記之。
所謂「老丈」，指其岳父湯修、「文端」則湯修之父湯金釗、浙江蕭山人，嘉慶四年翰林，官至吏部尚書協辦大學士，咸豐六年下世，謚文端。道光二年為會試四總裁之一，為翁心存的座師；以此淵源，翁湯聯姻。
湯夫人生於道光九年，比翁同龢大一歲。二十歲于歸；三十歲亦即咸豐八年三月去世。湯夫人能畫，翁同龢有「題亡室湯夫人畫冊」詩；亦好吟詠，伉儷之情甚篤。翁同龢悼亡不久，被命充陝西鄉試副考官；剛入闈又奉督學陝甘之命。這年除夕，填「金縷曲」一闋，「題白石詞後」序云：
此余兒時依仿鮑叔野先生點本。亡妻愛誦唐宋長調，因以畀之，病中猶咿唔不輟也。頃來秦中，攜以自隨。除夕客去，官齋如水，取案頭畫竹筆點讀一過，俯仰舊事，慨然而嘆。是日購一銅鏡，背銘三十二字，有「曾雙比目，經舞孤鸞」之語，因題一詞，以抒余悲。
「金縷曲」又名「賀新郎」，凡賀人婚娶，每選此調；翁同龢用來悼亡，用「冷」字韻，音節在悽涼之中，別具感慨。原詞云：
歷歷珠璣冷，是何人清詞細楷，者般遒緊。費盡剡藤摩不出，卻似薄雲橫嶺；又新月娟娟弄影。玉碎香銷千古恨，想淚痕暗與苔花併，曾照見，夜妝靚。
潘郎傷逝空悲哽，最難禁燭花如豆，夜寒人靜。玉鏡臺前明月裏，博得團團俄頃；偏客夢無端又醒。三十年華明日是，賸天涯漂泊孤鸞影；銘鏡語，問誰省？
這年翁同龢二十九歲，故言「三十年華明日是」。是日日記：
得家書。……山城岑寂，爆竹之聲絕少，客中情景，悽涼萬狀。題唐鏡銘，作一詞，有「三十年華明日是，賸天涯飄泊孤鸞影」之句。余豈真有兒女之念哉？死生契闊，未能忘情，念彼黃墟，當亦形影相弔，潸然出涕耳。北望京華，東瞻淮甸，南顧吳門，一日九迴，寸衷千里，甚矣遊子之不可為也。
這一段話，最足見翁同龢的性情，「北望」者念老父。翁心存這年也很得意，四月充上書房總師傅；九月由協辦正揆席，為體仁閣大學士，原為戶部尚書，仍舊管理戶部。但這是表面的榮華，深入體察，則肅順勢燄薰天；有名的「戊午科場案」，殺大學士柏葰時，肅順在御前的狂悖情狀，幾為曹操之於漢獻帝。最使翁同龢不能放心的是，肅順與翁心存同為戶部尚書，凡事獨斷獨行；翁心存畫諾的「堂稿」，送到肅順處時，他動輒大塗大抹，全盤推翻。殺柏葰已有誅大臣立威之意，下一個倒霉的，極可能就是翁心存。以肅順的心狠手辣，翁同龢如何放心得下？
「東瞻」者，翁同書於是年六月，授為安徽巡撫，幫辦欽差大臣勝保軍務，安徽境內各軍均歸節制。一當了疆臣，便有守土之貴，喪師失地，若不能殉節，便罹大辟之刑；終歸是一死。而且勝保「二十入詞林，三十為大將」，行事皆仿年羹堯，跋扈異常，決不會尊重同是翰林出身的翁同書。此又可憂之事。至於「南顧吳門」自然是擔心蘇州、常熟會淪陷。
翁同龢是孝悌君子，但本性溫厚懦弱，只宜於當作育人材的太平宰相。不宜於作外官，亦不宜於處亂世；「甚矣遊子之不可為」一語，瞻顧親族之情如見。
父厄於肅順
咸豐九年初春，翁同龢以告病為由，奏請開缺奉准，於四月初四返抵北京。自四月初五至年底無日記，此為翁同龢晚年自行刪去；因為其中牽涉及於翁心存兌換寶鈔情弊案，有礙語之故。
翁心存在戶部尚書任內，出了好些弊案，庫銀被盜，倉廒無故失火等等，肅順正在雷厲風行查辦。翁心存名為大學士管戶部，實際上為被管的肅順所管，因而兩次奏請開缺，第一次賞假一月；第二次得遂所願，時為翁同龢回京後一個月。
不久，爆發了官錢號的弊案。咸豐初年，軍餉支出浩繁，而庫空如洗，復以鑄制錢的銅，來自雲南，洪楊亂起，道路阻梗，滇銅不至，不得已鑄大錢，行寶鈔，通貨惡性膨脹，以致錢法大懷。「天咫偶聞」記：
咸豐三年三月，先鑄當十錢一種，文曰：「咸豐重寶」重六錢，共制錢相輔而行。
八月增鑄當五十一種，重一兩八錢。
十一月因巡防王大臣之請，又增鑄當百、當五百、當千三種。當千者重二兩，當五百者重一兩六錢、銅色紫。當百者重一兩四錢、銅色黃，皆磨鑢精工，光澤如鏡，文曰「咸豐元寶」。而減當五十錢為一兩二錢，當十為四錢四分，繼又減為三錢五分，再改為二錢六分。
除了這不值錢的銅錢以外，又發行了更不值錢的鈔票，銀票稱為「戶部官票」，標明足色銀若干兩；下有「戶部奏行官票」字樣。錢票稱為「大清寶鈔」，中標足制錢若干文，旁列「天下通寶，平準出入」。下面並特別註明：「此鈔即代制錢行用，並準按成交納地丁錢糧，一切稅課捐項，京、外各庫，一概收解。」
銀票與錢票的兌換率為一對二千。交納公款搭抵的成數是，票鈔五成；大錢三成。結果由於民間不信任，以致官方亦拒絕搭抵。「天咫偶聞」記：
咸豐四年三月，鑄錢當十錢；六月鑄鉛制錢，亦頗可行。然未及一年，盜鑄蠭起，禁雖以棄市之律不止。
「民不畏死，奈何以死畏之」？因此，戶部及言官，紛紛奏請停鑄高額制錢，最後只剩下當十的銅、鐵兩種錢。不一兩年，鐵錢亦廢。
「天咫偶聞」又記：
七年正月，忽訛言一日，而鐵錢頓廢，比戶諭之終不聽。從此銅當十獨行。初令大錢與制錢並行，其後京城遂不用制錢；出京數十里即不用大錢，亦不知誰為之限制。
當十大錢又稱「京錢」，民間呼之為「一大枚」。以後貶值至準制錢二文，故所謂「京錢一吊（千）」，實際上只是制錢兩百文。
當發行票鈔之初，戶部奏定設立官號九處，四處號名有乾字；另五處號名有宇字，經管兵餉收發。咸豐八年冬天，肅順澈查官號，發現「五宇字官號」，有官商勾結，侵吞分肥的情弊，於是有關司官及商人，革職嚴辦，抄沒家產者數十家。肅順又奏請嚴究失察的戶部堂官翁心存等，奉旨由肅順一黨的怡親王載垣等查辦，翁同龢咸豐十年三月初一日記：
戶部官票所官吏舞弊，經王大臣審實，有旨詰問，該司員以短號整鈔換長號零鈔，曾否回堂？著七八兩年歷任戶部各堂官，明白回奏。
當寶鈔發行之初，即發生打折行使的情況，短號整鈔折扣大，長號零鈔折扣小，所以在規定搭放的比率中，如能以短號換長號，無形中便套取了差額。戶部司官忠麟、王熙震等供稱：「記曾回過尚書翁心存、侍郎杜䎗」，所以上諭著令明白回奏。
三月初二，翁心存覆奏，大意謂：「各部並未議准。至十一日，復有旨詰問，翁心存覆奏謂「部院公事，非一二人所能專政，斷無立談數語，更改舊章之理。」奏入無下文，而謠言極盛；翁同龢十六日又記：
連日訛言紛起，有謂奏入震怒，硃批：「喪心病狂」等語，將有不測。大人曰：「吾之忠悃，天實鑑之。汝等無為流言所惑。」
話雖如此，為人子者何能釋然。翁同龢連日打聽，至十九日始有消息：
晨謁筠師，終日枯坐，殊無所聞。夜辛伯來，以摺底見示，內有翁某等回奏，與司員等所供不符，請將翁某、杜某均摘去頂戴，歸案質訊。
「筠師」即杜䎗，字筠巢，咸豐六年殿試曾充讀卷官，所以翁同龢稱之為師，「辛伯」名錢桂森，江蘇泰州人，時官翰林院編修；所謂「以摺底見示」，即載垣等覆奏的底稿。此案的結果，見「清史列傳翁心存傳」所載上諭：
忠麟、王熙震僅稱回過翁心存、杜䎗，其餘各堂概未回明，亦未立稿存案，何得以影響之詞，意存諉過。惟心存等在部有年，何以毫無覺察？實難辭咎。著先行交部議處，無庸再行回奏，亦無庸傳訊。
吏部議的是降五級留任。硃筆改為「俟補官日，革職留任。」翁心存是因病奏請開缺，並非予告，病痊仍可起復補官；而「降五級留任」由硃筆改為「革職留任」，是文宗格外眷顧，因為「革留」只要稍有勞績，或遇國家慶典，大沛恩施時，一道上諭，即可開去處分；降五級則由大學士的正一品降為從三品，一級一級往上爬，非五、六年不能官復原職，以翁心存的年齡，生前是不是再能戴紅頂子，都成疑問。
至於此案能得此結果，最基本的原因，是牽涉及於杜䎗。他是文宗賴以得位的「恩師」杜受田之子，文宗要開脫杜，使得一案的翁心存，連帶受惠。
當然，這樣處置，在肅順是於心不甘的；因而一波甫平，一波又起，五月間怡親王載垣等會奏，王宇商濫支經費，請飭戶部堂官明白回奏。翁心存的覆奏是，原給經費，因物價騰貴，實在不敷，故而多給。奉旨交部議處，仍舊是「革職留任」，等於沒有處分，只是面子上稍覺難看而已。
烽火閒情
咸豐十年英法聯軍之役，八月初八，文宗聽從肅順的建議，避往熱河，留恭親王在京議和。二十二日英法軍占領圓明園，大掠後付之一炬。九月十一、十二兩天，恭王與英法分別簽訂和約，半個月後，撤兵退出北京，地方秩序，漸次恢復。
翁同龢全家，包括翁同書的妻兒、翁同爵及諸子在內，事先分往三處避難。翁心存住房山；翁同龢則往來房山及京師之間，照料京寓，打聽消息。十月十一日，迎父母回京。甫得安居，便有閒情。翁同龢此時日記中，逛琉璃廠訪書的記載，隨處可見：
十月二十日：見伯寅所藏「茶錄」、「姜避碑」二帖，皆淀園散落者也，索值甚昂，且留之以待珠還耳。得「花間集」宋本。
「伯寅」即潘祖蔭。他是南書房翰林，文宗駐海淀圓明園時，例須隨扈，值宿之處，即所謂「淀園」。圓明園被掠，「淀園」亦不免，以致潘祖蔭攜去觀玩的兩帖，散落坊間。「索值甚昂，且留之以待珠還」者，謂無力購致，暫且留閱，以便潘祖蔭得有「收回」的機會。但潘祖蔭此時境況頗窘，辜負了翁同龢的一番好意。
每逢動亂常是文物散失、易主的時候。除了劫火以外，世家舊族為了生活的壓力，或遷徙避難，擺脫累贅而讓售書籍古玩的情形，亦常有之。而舊的收藏家沒落，就必有新的收藏家興起。翁同龢之逐漸成為有名的收藏家，即始於此時，但力量不足，每有怏怏之意，如十一月十三日記：
修伯以書目見示，云是燕庭先生家物，書凡數百種，多宋人集並金石地理等書，索五百金。得書目七十七本於三槐堂書坊，亦劉氏物。
「修伯」謂朱學勤，杭州附近的塘棲人，早翁同龢一科成進士，由戶部主事考取軍機章京，咸豐八年入直。軍機章京向分兩班輪值，領班以清語稱為「達拉密」，其時由曹毓瑛、焦佑瀛分任。曹以肅順非軍機大臣，而視軍機章京如僚屬，心不能平，以致相忤。焦佑瀛字桂樵，天津人，外號「焦大麻子」，一味諂事肅順，故肅順護文宗出狩時，召焦佑瀛相從，薦為「軍機大臣上學習行走」，此班達拉密由吳兆麟充任；曹毓瑛所領一班留京，翌年往熱河接替。朱學勤為曹毓瑛一班的要角，以曾為翁心存屬下，故與翁同龢頗為接近。
劉燕庭名喜海，諸城人，乾隆朝大學士劉墉之孫，富藏書，雖不逮聊城楊氏，亦頗知名。道光末年任浙江藩司時，以「風雅好古」為巡撫吳文鎔所劾。劉氏後人託朱學勤售書，書存三槐堂，翁同龢特往遍觀，欲購而議價不成，只零星購得十餘種；當是重出之書，故「價極廉」。
此外，如以五兩銀子購得淳化閣帖十冊，以「白金二兩餘」購得董香光所臨「閣帖」等等，皆特書於日記。大江南北，烽火漫天，而京官的閒情逸致，絲毫不受影響。及至翁同書之獄起，翁同龢創鉅痛深，更畏作外官了。
家仇初起
咸豐十一年七月十七日，文宗崩於熱河，發生政變。恭王與慈禧太后一方，大獲全勝，被稱為「三凶」的肅順畢命於菜市口，怡親王載垣、鄭親王端華賜帛。肅黨獲咎，相對地為肅順所排斥者，皆得復起。翁同龢是年十一月十四日記：
上諭：翁（心存）自陳衰病，懇辭管理部務一摺，翁（心存）著仍管理二部事務，遇有該部應行引見人員，加恩免其帶領，一切應派差使，免其開列銜名以示體恤。
其時翁心存還有一件深慰老懷的事，長子翁同書自安徽回京。早在咸豐十一年正月，即有上諭：翁同書著開缺回京，另候簡用。而遲至一年以後的同治元年正月十六，方能到京。父子兄弟，睽隔二十年之久，相見幾不相識。翁同龢日記中，有「堂上喜極涕零」之語。
那知不到十天工夫，協辦大學士兩江總督曾國藩嚴劾翁同書的奏摺已經到京，大要如下：
一、咸豐八年七月，翁同書自廬州退守定遠。至九年六月，定遠淪陷，文武官紳，殉難甚眾，惟獨翁同書逃往壽州。
二、在壽州，翁同書倚恃團練苗沛霖，屢疏保薦，養癰貽患，紳民忿恨，因而有孫家泰與苗沛霖仇殺之事。其後苗沛霖圍壽州，翁同書竟殺沛霖的仇家，壽州紳士孫家泰、蒙時中、徐立壯，希望解圍，而圍仍未解。
三、壽州既破，苗沛霖殺戮甚慘，翁同書因「通苗」而得脫身。不但不能殉節，反具疏力保苗沛霖之非叛，而且先則奏稱「苗練入城，並未殺害平民」，繼則奏稱「壽州被害及婦女殉節者，不可勝計」，已屬自相矛盾；且上年正月奏稱「苗沛霖必當誅剿」；九月壽州城破，則又力表苗沛霖忠義，前後兩疏，判若天淵。「顛倒是非，熒惑聖聰，敗懷網紀，莫此為甚。」
原奏中最厲害的是這一段話：
軍興以來，督撫失守逃遁者，皆獲重譴。翁同書於定遠、壽州兩次失守逃遁，又釀成苗逆之禍，豈宜逍遙法外？應請旨即將翁同書革職拿問，飭下王大臣九卿，會同刑部議罪，以肅軍紀，而昭炯戒。
上諭如曾國藩所請辦理。翁同龢其時正由易州西陵差畢回京，途中接到消息，疾驰回京。正月廿六日記：
申初抵家，三兄談笑自若，但言局外人不知其難耳。傍晚北城兵馬司指揮張鴻來，持刑部安徽司票，令即日赴部。夜詣修伯。
朱修伯（學勤）其時已因曹毓瑛升任軍機大臣，接替曹的原差而為「達拉密」。翁同龢夜訪，自然是求援。次日又記：
未明起，許滇生師……朱敏生先後來。程容伯、方子穎來，頗有議論。巳正，余與松姪隨三兄到部，先於關帝廟少坐，旋到當月司遞親供，當月司不受，遂詣安徽司呈遞，主稿張竹汀（沄）受之。……入北監東向小院，南房兩間，尚潔。晤提牢姚子祥，同獄郭姓、伊姓。五兄亦到部。自古賢人君子，忠臣義士，蒙難受辱於叢棘中者多矣。周視圜扉，為之浩嘆。
翁同書的「蒙難受辱」，實為咎由自取。曾國藩原奏中的所謂「酿成苗逆之禍」，實際上是被劫持而身不由主。「苗逆」者，鳳陽秀才苗沛霖，陰鷙慓悍而知兵略，以辦團練起家，官至四川川北道加布政使銜，但從未到任；而且暗通洪楊，受封「秦王」。咸豐十年十一月，苗沛霖因與壽州紳士徐立北、孫家泰等結怨仇殺，在潁上劫掠炮船餉銀，通款於洪楊的悍將陳玉成。其時湘軍正全力進取安慶；捻匪亦甚猖獗，所以翁同書極力主張安撫苗沛霖。結果是越縱容，越跋扈，終於公然反叛，圍攻壽州。九月二十六日風雨之夜破城，殺戮甚慘。而翁同書在苗沛霖劫持之下，為之致書專責剿捻的欽差大臣漕運總督袁甲三，說「苗練進城後，未肆殺戮，衙署倉庫監獄，均未損傷，且進謁城內各官，婉言請罪，尚知顧惜名義」。又說：「苗沛霖止求辨明曲直，並非叛逆，仍願剿賊立功，所屬練眾，亦一律薙髮。」這是苗沛霖的緩兵之計，為朝廷所深知；翁同書既為劫持，言不由衷，亦朝廷所深知，只以嗣君新立，力求政局安定，不願深究，所以翁同書在新任巡撫李續宜接事後，安然抵京，聽候簡用。不道曾國藩上疏嚴劾，朝廷倚曾為長城，且以「肅軍紀」為言，自然不能不照所請，「革職拿問」；連帶袁甲三亦「交部嚴加議處」。
翁同龢正月廿九日記：
申正晤宋公，乃知今日集議。貴臣言：「定遠一事，已有諭旨，不必再論矣。惟壽州亦係城池，律有明文，不能貸也。」周相國曰：「閱某親供，交卸久矣，然則雖係失守，實無守城之責。似應於摺內聲明，並將親供呈覽。」宋侍郎曰：「苗練此時剿乎，撫乎？」邸曰：「未定也。」曰：「苗入城時乃川北道，而翁某則已卸事之巡撫，且撫局未定，則翁某之不死，實冀挽回大局，其情可諒。」邸唯唯。張侍郎亦爭數語，餘皆默然。桂相國則直以司官接親供為多事矣。聞定稿時皆如周相國所云。入城詣三兄處；薄暮歸中街，甚鬱鬱。
「朱公」即「宋侍郎」，謂工部侍郎宋晉；「貴臣」殆指惠親王；「周相國」為體仁閣大學士周祖培，河南商城人，嘉慶二十四年進士；「邸」則必指恭親王；「張侍郎」為刑部侍郎張錫庚；「桂相國」指桂良，早在咸豐五年即已入閣拜相，為恭親王的岳父。
歸納周祖培及宋晉為翁同書辯護，應無責任的理由共三點：一，翁同書已卸巡撫之任，則無守土之責。二，苗沛霖破壽州時，猶是川北道的身分，即不能引用盜匪攻打城池的律例。三，朝廷安撫苗沛霖，正在招降之際，如翁同書殉節，朝廷勢必追究致死之由，苗沛霖不得辭其咎，則唯有剿捕歸案，破壞了將成的撫局。
這三點理由都可以說得過去。宋晉之辯，尤為有力，但於事無補。翁同龢二月初六日記：
是日王大臣等議上罪名，比照「統兵將帥守備不設，為賊所掩襲，以致失陷城寨者斬監候」律，擬斬監候。執法者如是周內，真無如何矣。夜得修伯書，知依原議……夜耿耿不寐。
這在翁家，當然籠罩了一層愁雲慘霧。朝廷殊無意殺翁同書，但曾國藩方在整飭軍紀之際；而朝廷畀曾以「節制五省軍務之命」，倚任之專，前所未有，不能不尊重他的職權，按律擬罪。因此，翁同書之被極刑，全因曾國藩一疏嚴劾所致。而此疏之屬稿者，據郭則澐「十朝詩乘」記：「或傳湘鄉論劾疏草，出李文忠手，翁李不協由此。」此說可信，其時李鴻章正復回曾幕，在安慶籌組淮軍援蘇。
為了安慰翁心存，朝廷亦頗具苦心，先是派翁心存在弘德殿行走，授皇帝讀，此是為翁同書將來「勾決」時，推帝師之恩開脫作張本。次則翁同爵京察一等，引見後記名以道府用；翁同龢則兩得考差，春闈充房考，秋闈放山西正主考。凡此皆為作彌補之計。
終天之恨
但就在翁同龢差竣回京不久，翁心存得了痰症，初起時「語言不能清楚」，「手足運動不能自如」。十一月初二得病，初五便要準備遺摺了。翁同龢是日記：
凌晨目微開，龢輩急呼，似點頭應之。午刻藕舲來，大人張目視之，藕舲以為尚可治。李文園丈，杜筠巢師、程容伯皆來視疾，大人獨執筠師手，而瞪視文園丈，蓋意有在也，然無一語矣。
「藕舲」為兵部尚書萬青藜，知醫，翁心存的門生。李文園即李棠階，河南河內人，翁心存的會試同年，咸同年間，與倭仁同以講理學著稱；早年引疾家居，此時方特召來京，將大用。翁心存執杜䎗之手而瞪視李棠階，意思是希望李棠階保薦杜䎗在弘德殿行走。
翁同龢續記：
萬藕舲所定方，重用附記。然自申刻以後，目不復開，氣益喘，右手足皆不動，惟左手左足屢掣動，極有力，蓋痰壅肝風作矣！而龢猶以為大人有轉機，可無事也。痛哉！是日早晨草遺摺，大聲誦一過，大人首肯。且泣陳江南若收復，當歸葬家山，不然當權厝於房山之麓，大人亦頷之。入夜右手屈伸拏空不已，而龢仍未喻也。
次日即十一月初六日有旨：「諭內閣，大學士銜管理工部事務翁心存，見在患病甚重，伊子翁同書著刑部暫行釋放，俾侍伊父湯藥，以示體恤。」據翁同龢記，是日早晨，即聞恩旨，但直至申刻始命翁同書第三子翁曾柱往迎其父，戌刻到家，呼父則已無知覺，延至後半夜寅時氣絕。
至同治二年二月十八，翁心存下世「百日」，照旗人習俗，父母之喪至此服滿，翁同書於次日遵旨赴獄報到。同年十二月廿五日，翁同書得恩旨，由斬監候改為發往新疆效力贖罪。翁同書出獄後，照例不能家居，在彰儀門外暫住。發遣後，於五月初行至太原，忽有喜訊。翁同龢五月十四日記：
先君誕日，設奠。申刻蔡植三信來，知都興阿奏請三兄赴營效力，奉寄諭允准。詣蔡植三，方子穎，知都帥由承寧渡河，道定邊，經赴靈州。原奏稱，翁某前在揚州戰功卓著，士民至今感頌，實為知兵大員云云。寄諭該將軍行文直隸、山西、陝甘各督撫，該員行抵何處，即調取赴營。
蔡、方皆軍機章京。都興阿，姓郭貝爾氏，滿洲正白旗人，侍衛出身，曾隸僧王部下，後以江寧將軍駐揚州，督辦江北軍務，與翁同書相熟。同治三年正月，奉命督辦陝甘軍務，接替有八旗名將之稱的多隆阿，眷念舊誼，奏調翁同書赴營，得免新疆之行。「清史列傳」本傳：
（同治）四年八月，同書督兵在花馬池定邊一帶，截擊大股竄匪，疊獲勝仗，並陣斬逆偽平西王孫義保，賞四品頂戴，十一月卒。都興阿以聞，諭曰：「已革安徽巡撫翁同書前在江北，屢著勞績，嗣在安徽巡撫任內，失守定遠、壽州，降旨革職發遣……茲因積勞成疾，於病勢沉重之際，猶以未能盪平回匪為恨，語不及私，情殊可憫，著加恩開復原官，照營立功後病故例賜恤。
既然「開復原官」，則恤典照巡撫之例，「贈都察院右都御史」。巡撫有兩個兼銜，一為「兵部右侍郎」，一為「右副都御史」。前者得以兵部堂官的資格，節制提鎮；後者得以都察院堂官的資格，參劾全省包括總督、將軍在內的大小文武官員。歿後贈官，例加一等，所以「右副都御史」變為「右都御史」。其後復由禮部題奏，奉旨贈謚「文勤」。翁同書以棄地不守，縱匪釀禍，應處極刑的封疆大吏，能獲此結局，全由翁同龢多方調護所致。就事論事，翁同龢於孝悌二字，毫髮無憾。
叔侄狀元
翁同書生有三子，長子曾文，字紱卿，小翁同龢數歲，從小一起上書房。咸豐三年，娶妻生子未幾，遽爾下世，忌辰為七月十四日。翁同龢日記中，常有此日之記載，如同治十二年丁內艱，在原籍守制時所記：
七月十二日：紱卿姪之亡二十年矣。今日起追薦三日……夜夢紱卿，淒然如平生。
七月十四日：雖起寫「楞嚴咒」，紱卿忌日以寄吾悲也。
又光緒九年七月十四日在京所記：
飯後出城，詣長春寺，今日紱卿姪亡日也，於今三十年矣！姪婦輩於此誦經，以釋悲思。
又光緒三年九月十九日記：
夢與亡姪紱卿坐書案，紱卿曰：「余改號瞿山」。余亦曰：「改號敬齋。」
凡此皆足見情誼之篤，叔姪猶如兄弟。
翁同書次子名曾源，字仲淵，有癲癇症。翁心存之歿，半由長子或將罹大辟之刑，憂思莫釋所致，朝廷不無咎歉，故恤典特優，於其諸孫，大施恩澤：「伊孫舉人翁曾源著賞給進士，准其一體殿試；候選同知翁曾純著以同知即選；監生翁曾榮著賞給舉人，准其一體會試；刑部學習郎中翁曾桂著作為候補郎中；舉人翁曾翰著賞給內閣中書。」翁曾源、曾桂為翁同書之子；餘則翁同爵之子。
同治二年癸亥恩科會試，翁曾源已賞本科進士，不必入闈；四月廿一日殿試，翁同龢前夕通宵不寐，是日記：
謁全師，全師充讀卷官。……午後大風作，揚沙十丈，傍晚少定，酉正復作，幾如晦暝，可懼也。待源姪不出，殊焦急。五兄、籌姪於戌初一刻去，三刻餘，源姪出場，身體甚好，亦無訛字，為之欣慰。
翁同龢之焦急，是怕翁曾源癲癇症突發。此日日記眉端刊出「讀卷官：賈中堂、瑞中堂、全慶、殷兆鏞、桑春榮、寶鋆、孫葆元。」賈中堂為首輔賈楨；瑞中堂為吏部尚書協辦大學士瑞常；全慶即翁同龢會試座師。試期前一日「謁全師」，自然有拜託照應翁曾源之意在內。
翁同龢四月廿二日又記：
訪心農及午橋，皆言源姪寫作甚好，可望前列。……源姪近年為病所困，深慮不能成名，今邀先人餘蔭，得與廷試，從容揮灑而出，意若其有天佑乎！
至廿四日，讀卷官進呈前十本，欽定名次，全局已定，由禮部宣名，俗謂之「小傳臚」。翁同龢是日記：
源姪於黎明入內，辰正三刻，劉升馳報，源姪得一甲第一名，悲喜交集，涕淚滿衣矣。敬告先靈，合家叩賀慈親。須臾、頭、二、三報至，賀客雲集。時值國恤家憂，筵宴一切停止，擬於常昭會館，延客小坐，出知單訂蘇州同鄉，請殷譜經前輩，出名具柬，請兼府尹、府丞至會館。源姪得此科名，庶足仰答先人未竟之志。
所謂「小座」實即開賀宴客，惟不演劇而已。殷譜經即讀卷官殷兆鏞，時官禮部侍郎，為翁同書會試同年，以蘇府鄉長為年家子出面「開賀」，是個比較妥當的處置。次日金殿臚唱，翁同龢記：
源姪於寅正入內，堂上不御太和殿，不鳴贊，新進士行三跪九叩禮（出班），送榜出東長安門，上馬不簪花遞酒，仍至前門關帝廟燒香，遂歸常昭會館，龔叔甫、張香濤偕至，同鄉畢集，余亦墨【条襄】周旋其間，固知非禮，然無如何也。傍晚散。
傳臚之典，本甚隆重，其時因同治方在冲幼，而兩宮太后不得登天子正衙的太和殿，故而典禮減殺。
一甲三名隨「榜亭」由蹕道出午門後，張榜於東長安門，照例由順天府尹於門內結綵棚、設長案、陳列禮部頒發的金花綢緞表裏；府尹遞酒、簪花、披紅、騎馬「遊街」後，至府署赴恩榮宴畢，用原來的鼓樂送歸府第，照例送至會館，首榜眼、探花送狀元；次探花送榜眼。這一科的榜眼是湘潭龔承鈞，字叔甫；探花南皮張之洞，字香濤。請府尹、府丞赴宴，反客為主，為一應恩榮宴的故事而已。