明太祖虽驱逐胡元，统一中国，但蒙古族在大漠的势力终未消灭。［元亡后蒙古内部的分裂］蒙古自元亡以后，内部分裂，成为鞑靼、瓦剌对立的形势，而瓦剌势力较盛。瓦剌的酋长脱欢攻破鞑靼，立元裔脱脱不花为鞑靼可汗，自为丞相，居漠北。脱欢死，其子也先继任，自称太师淮王，脱脱不花徒拥虚名，不能相制。［也先的扰边］也先颇勇武，先后攻破哈密，胁服明边朵颜等三卫，时常侵入长城，攻扰大同、宣府。英宗（成祖曾孙朱祁镇）正统十四年[1]，也先纠合部众，分道大举南下，使脱脱不花攻辽东，自己领兵攻大同。又分兵扰宣府、甘州。明朝的边将敌不过蒙古兵，纷纷逃匿，朝廷一天接到数十次的警报。［英宗的亲征］时英宗宠信宦官王振，王振劝他亲征也先，遂亲率大军五十万，出居庸关，向大同前进。也先故意退避，引明兵深入。明兵前锋至大同，为也先所败。英宗闻报，急下诏班师。大同总兵郭登请英宗退入紫荆关，王振因其家在蔚州，想乘便请英宗到他家里，便竭力主张仍由居庸关退回。行至土木堡，被也先兵袭击，明兵大败。［土木之变］英宗被掳，王振死于乱军之中。这一件事历史上称为“土木之变”。
英宗被掳后，也先就挟了他引兵入紫荆关，直逼北京。［景帝即位与英宗复辟］时英宗弟王朱祁钰已奉太后命即位，是为景帝。遥尊英宗为太上皇。兵部尚书于谦，督率总兵石亨等奋力抵抗，也先战败，大掠而退。于谦又派重兵镇守大同、宣府，也先屡派兵来扰，都被击退。也先计无所施，而鞑靼可汗脱脱不花又主张与明朝议和，乃把英宗送还。景帝立七年，有疾，明年，石亨等奉英宗复辟。
景帝初立英宗的儿子朱见深为太子，后来把他废掉，又立自己的儿子朱见济为太子，见济病死，皇储的位置就空悬着。先是英宗被掳，也先兵逼京师，朝臣有主张迁都的，侍讲徐有贞，便是主张迁都最力的一个。英宗回国以后，他心里不免有点惭愧。又战将石亨，守京城有功，也因赏薄怨望。后来景帝有病，徐有贞、石亨等和内监曹吉祥私下定议，以兵闯入宫中，迎接英宗复位。废景帝为王。并诬于谦等以谋迎外藩，入继大统，坐以谋大逆，凌迟处死。[2]这件事历史上称为“夺门之变”。徐有贞不久被石亨所排挤，贬谪而死。石亨、曹吉祥后来都因谋反事泄，处死刑。
也先既与明朝议和，乘其势力方盛，杀其主脱脱不花，自立为田盛可汗。［瓦剌鞑靼势力的消长］不久，也先被其部下阿剌攻杀，于是瓦剌部落分散。鞑靼部长孛来，又攻杀阿剌，立脱脱不花的儿子麻儿可儿，号为小王子。从此瓦剌势衰，鞑靼复兴。［蒙古各部的统一］至宪宗（英宗子朱见深）成化六年[3]，成吉思汗后裔巴图蒙克立，是为鞑靼的达延可汗[4]。达延可汗统一蒙古各部，为蒙古中兴的一大伟人。他使幼子格埒森札赍尔统治漠北，这一支后来就成为喀尔喀部。使三子巴尔苏和长孙卜赤统治漠南，这一支后来就成为插汉尔部。巴尔苏的长子兖必里克图驻扎河套，这一支后来就成为鄂尔多斯部。兖必里克图之弟俺答驻阴山，这一支后来就成为土默特部。兖必里克图早死，其部下为俺答所兼并，于是俺答的势力独盛。
明世宗（英宗曾孙朱厚熜）嘉靖[5]年间，俺答屡次侵扰边境。［俺答侵边与明廷的应付］三边总制曾铣倡议出兵收复河套地方，为权相严嵩所阻。嘉靖二十九年[6]，俺答起兵攻宣府，入古北口，直逼北京。那时候皇帝深居宫中，一切政事都委之严嵩。各路救兵到北京，严嵩怕交战失败，于自己地位不利，令诸将不许轻易出战。俺答的兵在北京城外大掠数日。饱载而去。严嵩归罪于兵部尚书丁汝夔，将他正法，而引用他的党羽仇鸾，使他总督京营戎政。仇鸾和严嵩定计，厚结俺答，使贡马互市。俺答所要的是中国的财帛，自然答应了。明年，遂开马市于大同、宣府，每年春秋两市。从此边兵尽撤，俺答更肆无忌惮，往往用疲惫不堪的马索取重价，不照给，便借端寇掠。甚至一方在大同开马市，而一方在宣府寇掠，或在宣府开马市，而一方在大同寇掠。到后来索性早上开马市，晚上便派兵来把那些马抢夺去了。不久，仇鸾死，遂罢马市。但从此以后，俺答时常南犯，边城都被蹂躏。明朝的兵力既不够防止俺答的侵扰，后来总算用喇嘛教及其他方法去笼络他们，才渐渐的相安无事。
蒙古人迷信喇嘛教，在前面已经讲起过。但到了明朝，喇嘛教又另开一新派。原来喇嘛教本盛行于西藏，从蒙古征服西藏以来，极其崇信僧侣，喇嘛的势力极盛。当时西藏的政权，从部酋而移入于喇嘛之手，成为政教合一的局面。明初，喇嘛僧宗喀巴倡言改革，别立宗派，喇嘛教遂分为红、黄两派。旧派喇嘛许置家室，专究幻术。因为服色用红，所以称为红教。新派喇嘛禁止娶妻，排斥幻术，注重修行。因为服色用黄，所以称为黄教。黄教教主的继任法，由大弟子达赖、二弟子班禅转生承袭，称为“呼毕尔罕”[7]。宗喀巴于明宪宗成化十五年示寂。[8]三传至锁南坚错，始得蒙古诸部的尊信。明神宗万历七年[9]，俺答和他的孙子黄台吉入藏，迎接锁南坚错到青海、漠南一带去传教。锁南坚错劝俺答不要专事用兵杀戮。这时候俺答已受明朝顺义王的封号[10]，加以锁南坚错的感化，就从此不再侵犯明朝的边境。
俺答死后，三传至卜失兔，国势大衰，而东方的插汉儿部转盛，遂与新兴的满洲发生交涉。
统观明朝一代，蒙古族与中国始终取抗争的局势。［明廷应付蒙古的失策］造成这种局势自然有许多原因，但明廷的应付失当和明中叶以后政治的腐败，可说是造成这种局势的大原因。当明朝初年，兀良哈部内附，太祖就其地分设泰宁、朵颜、福余三卫。成祖夺取皇位，曾借用三卫的兵力，结果把大宁卫[11]北部近三卫的地方让给他们，作为酬报。于是三卫势力渐盛，渐渐向大宁旧属侵略。三卫的地方既放弃，明初在元上都所建立的开平卫，地势上便成孤立，到宣宗时（成祖孙朱瞻基），不得不把卫治移至独石，而中国遂无力控制漠南和辽西。这是明朝对于国防方面的大失策，又当成祖时，蒙古内部分裂，大可乘此时机，经略北边，但成祖急于同室操戈，竟把国防要地，任意让给外族，后来虽曾亲征瓦剌，但不曾给以重大的惩创。其后宦官权臣，相继专权，政治弄得十分腐败，更没有能力去应付强悍的外族了。
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[1]公元一四四九年。
[2]这是一种最惨酷的刑罚。先把犯人的肢体断绝。然后割断他的喉管。唐朝以前还没有这种惨酷的刑罚，虽谋反大逆，亦止杀头而已。五代时才于法外置凌迟一条，宋以后，凡犯大逆与逆伦重犯，都用这惨酷的刑罚。
[3]公元一四七〇年。
[4]明译为大元大可汗，即《明史》正嘉以后所称“小王子”者，为元太祖十五世孙。
[5]公元一五二二至一五六六年。
[6]公元一五五〇年。
[7]黄教既禁止娶妻，不能不别立继承法。宗喀巴死时，遗嘱大弟子达赖喇嘛、二弟子班禅额尔德尼世世以化身转世。当他们将死时，预示自己托生的处所。由门徒访寻迎奉，称为“呼华尔罕”，意思就是“转世”。
[8]成化十五年，当公元一四七九年。佛徒死叫做“示寂”。
[9]公元一五七九年。
[10]俺答的孙子把汉那吉娶妻美，被俺答所夺，把汉那吉就投降明朝。把汉那吉本来是俺答的妻抚养长大的，她怕明朝把把汉那吉杀掉，日夜向俺答哭泣，因此俺答向明朝求和，受明朝的封号，事在穆宗隆庆四年（公元一五七〇年）。
[11]明改元大宁路为大宁卫。