林则徐和张必禄的意外去世给广西军政指挥造成的不稳定局面，随着1851年1月初新任钦差大臣李星沅抵达桂林而逐渐缓解。李星沅曾出任两江总督，退休后在湖南老家闲居。同时，清政府还启用周天爵为广西巡抚，他是一位德高望重的官吏，素以刚正不阿而闻名。他也在当年3月抵达桂林。向荣则继续担任广西提督，负责军务。
李星沅清楚地认识到广西局势的严重性，在报请朝廷批准后，将治所转移至柳州，并且准备向太平军的大本营江口发动一场大规模的进攻。向荣此时刚刚在广西的西南部地区对当地盗匪取得了军事上的胜利，现在他受命领军北上至浔江南岸，与已经驻扎在那里的来自贵州的周凤岐部、刚刚自云南抵达的李能臣部以及一些地方官吏乡绅指挥的民兵近一万人会合。
清军在2月中旬开始发动进攻。向荣率领部队渡过浔江，分东、西两翼包夹江口。太平军两面迎敌，作战勇猛，以两三百人的代价击杀千余清军。由于损失颇大，向荣便改变策略，固守东线和北线，防止太平军从这两个方向突围。
太平军确实试图从东线突围，但是因为遭到清军火枪的阻击而毫无进展。他们向南突围的道路已被张钊（投降清军的七名水匪头领之一）率领的七百被招安的水匪截断，后者用战船严密地防守着河滩。陷入包围的太平军唯一的选择便是向金田方向撤退，在那里他们也许可以找到一个西线的突破口。于是在3月10日的子夜，全军秘密地从江口撤退，向西行进。向荣直到天亮才察觉到敌人已经撤退，便率军进占江口，并派出另一支部队追击太平军。但是这支部队被殿后的太平军击溃。与此同时，向荣在江口的部队洗劫了城镇，他们放火烧毁了无数建筑，还屠杀了大量的当地民众。那些侥幸活命的百姓都向西逃亡，加入了太平军。
在江口过长时间的驻扎，是太平军犯下的第一个战略错误。当他们经过大约两周时间，补给和休整完毕之后，他们应该立刻出发经平南向北移动。这样一来，他们就可以井然有序地利用陆路或者水路完成战略转移，并且出其不意地袭取省府桂林。若是如此，运动的历史进程就有可能被改写，他们就可能获得完全的胜利。但是，太平军在江口驻扎了一月有余，这给了清军喘息之机，使他们重新组织力量并且从三面包围了江口。但是此役太平军毕竟突围成功，取得了第一次突围战的胜利。
西入武宣
3月15日，太平军得到消息，新任广西巡抚周天爵已于前一日带领大军抵达县所，并且封闭了向北的道路，他们于是决定在东乡建立指挥部。这是他们犯下的又一个错误。如果他们继续前进，就会发现县城只有两千佣兵阻路驻防，而在东乡安营，则给向荣留下了足够的时间，将他的军队和其他民兵部队部署到位。由于已经和太平军正面交锋过，清军开始惧怕和他们进行白刃战，于是便利用周凤岐所谓的“阵地战法”，从各个方向将太平军包围。周凤岐在一封写给朋友的私人信件中，用“猛虎出笼”来形容后来太平军突围时的情势，这证明了他对太平军士兵作战勇猛的敬畏之情。
就在来自清军的威胁越来越大的时候，太平军接到了另一股信徒凌十八兄弟的求援，他们正在武宣以南的玉林县与官军作战。凌十八兄弟自1849年就开始在洪秀全和冯云山的领导下在高州地区活动，在接到起义的总动员令后，他们于1850年秋开始向广西进发，路上接收了一伙盗匪和一队来自博白的信徒，总兵力超过万人。到达玉林后，他们包围了县城以及邻近的博白，但是遭到了大量守军和民兵的抵抗。太平军分出相当的兵力试图帮助凌十八兄弟，但是援军没有能够突破由张钊的水贼在南岸扎营固守的浔江。另一方面，一小部博白的拜上帝会信徒成功地突破包围，加入了太平军，但是凌十八和他的高州信众被迫撤回了广东，再也没有加入过太平军。
这个时候，武宣附近的官兵数量已经超过了一万人，其中大部分是绿营正规军以及来自各省县的雇佣兵，也有零散的一部分是民兵以及被招安的山贼水匪。这是一群纪律散漫、腐败堕落、喧闹不堪并且滋扰乡里的乌合之众，他们的长官也和他们一样腐化不堪。就算是最高级别的长官，也都没有合作御敌的精神意愿。李星沅、周天爵和向荣三位最高长官无法和睦相处，这一点比他们在军事上的无能更加致命。
相较之下，太平军则士气无比高昂，纪律上下严明。另外，太平军从武宣附近的六七十个小村庄处获得了充足的粮草补给，只是因为广西并不产盐，盐的供应变得越发稀少。总之，经过一个月的息战，太平圣兵得到了足够的休息，现在他们只待适当的时机，冲击突破清军的防线。
挥剑北望
清政府对广西的指挥做出了新的调整，这给太平军带来了意想不到的好机会。为了加强在广西的军事力量，清政府任命满族将军乌兰泰领一千八旗士兵，带一百门小型加农炮和其他军械支援前线。但是他在5月3日抵达武宣之后的几天内，就和向荣以及其他将军发生口角，这使得他对前线的增援没有产生任何效果。军机大臣赛尚阿被任命为钦差大臣，接替李星沅的职务，他还带来了几位能征善战的将军以及一万五千清军。接着，在5月12日赛尚阿抵达之前，李星沅突然去世，军中无人指挥。两天之后，太平军趁着清军群龙无首的混乱，突破了清军的防线，获得了第二次突围战的胜利，向象州进军。
清军随即追赶太平军，但是和之前一样，未经大战便停止追击，对太平军只采取包围策略。就这样僵持了一个多月，太平军军需逐渐匮乏，决定从象州撤退。北上通往广西省府的路线有重兵把守，于是太平军全军带着一些从未去过金田的象州信众，于7月2日出发南下。太平军沿旧路经武宣撤回，路上没有遇到有效的抵抗，就这样一直到了猪仔峡。但是此时，向荣已经占领了那里。在随即的交战中，向荣率军从崖上冲下，因战马被伤而摔落马下，被一名手下救起。这名手下还把自己的战马让给向荣。虽然此战清军表现勇猛，但太平军还是成功地撤退到他们在桂平金田附近的旧营。这一回，太平军在前线和后翼的所有战略要冲都安排人员严加警戒。这是太平军第三次突破清军的包围。
紫荆山下的战火
太平军突围后，向荣将部队部署在北线，与此同时，乌兰泰带领自己的部队和一些增援的兵力向南移动至江口，试图在接下来的几天之内重新完成对太平军的合围。对太平军而言，还有另外一个坏消息：钦差大臣赛尚阿已经带领着四千五百人于7月2日到达桂林。这个时候，广西巡抚周天爵已经被调回北京，其职务由广西布政使劳崇光代理。赛尚阿抵达后，立刻着手准备在暑热过后展开一场对太平军最大规模的进击清剿，他命令地方上最有实力的几位乡绅组织民兵协助桂林防务，并派遣了三名来自北方的将领，率领规模不小的军队向南移动，支援当地清军。现在除去民兵，已经有三千正规清军先后被部署在金田附近，还有更多的军队正在从外省向那里集结。很显然，太平军在数量、装备和供给上都不及对手。一场生与死的搏斗即将展开。
7月11日，战斗正式打响。太平军的先锋部队试图在清军抵达大湟江南岸前完成渡江，他们遭遇了由桂平县令李孟群以及一名乡绅指挥的防守河滩的民兵和本地佣兵的阻击。第二天，更多的当地官吏带着部队赶来支援，李孟群得以成功渡江，向太平军发起进攻。韦昌辉率领一千多名精锐圣兵在白天避开清军锋芒，并在夜晚展开反击。他们伏击了清军，那位乡绅被乱石砸死，李孟群被迫撤退。
但是就在这时，向荣和乌兰泰已经达成一致意见，准备从北线和南线同时发起进攻，试图一举剿灭太平军。在约定好的7月25日，乌兰泰的军队分成四股向北渡河出击，太平军弹药匮乏，被迫撤退至大宣。同时，向荣的部队开始向南出击，不过他们在猪仔峡遭到了太平军的顽强抵抗，停滞不前。虽然太平军随后在南线和北线都保持了阵线，与清军僵持，但是他们再一次被清军包围的危机仍然没有化解，情况不容乐观。随着时间的流逝，为了保证太平军的士气，杨秀清和萧朝贵不断地扮演着上帝和基督的化身鼓舞太平军士，告诫他们不要放弃希望。
僵持对峙的表面宁静在8月24日被打破。那日，向荣带领一队新到的清军，在几位乡绅的指引下通过一条已废弃的山道占领了猪仔峡，四天后又控制了风门坳，洞开了金田的后门，他们此时离金田仅有十余里。如果乌兰泰在正面战场没有失利，而是按照向荣的计划向太平军的根据地成功推进的话，他们此举就足以给太平军致命的一击。错失这一次绝佳的机会，与其说是因为向荣胆小怯阵，更主要的原因可能是他想独居首功的私心。向荣控制风门坳后的十多天内，没有等到任何南线的回应，虽然日益怨恨乌兰泰动作的迟缓，但是他不敢独自向太平军的腹地发起进攻。当战场形势已经清楚地表明乌兰泰在南线已然撤回大湟江南岸后，向荣也不得不失望地撤出风门坳，在一定安全距离之外安营扎寨。
此时看到了机会的太平军，于9月11日夜秘密地离开金田基地，向北移动，然后转向东，沿着荆棘崎岖的山路最终到达平南县的思旺。这是太平军第四次突破清军的包围网。
他们的这次战略转移一切都依照着天王的命令，进行得有条不紊。作为此次转移中一个非常重要的预防性安排，太平军的老弱伤病以及妇女儿童都被安排在队伍的中间，与洪秀全和杨秀清在一起，前锋和后队则各有各自的领导。这样的安排可以为太平军的中枢领导和军队家属提供足够的保护。太平军的圣兵们则被告知，这支中间队伍里走失任何一个人，都会令天父和天兄蒙羞。
从思旺到永安州
乌兰泰对叛军的逃脱备感失望，便率军渡江占领金田，然后向北追击太平军。和在江口一样，清军洗劫了金田。由于大部分清军只顾着劫掠，而忘记了作战，乌兰泰只带了一部分精兵追赶太平军，却发现他们随行破坏或者设障，阻碍了本就崎岖难行的山道，追击变得十分困难。在乌兰泰从后面追赶的同时，向荣也从北面渡河南下，然后向东迂回，向平南靠近，以图阻止太平军继续向东移动。在向荣的部队刚刚接近思旺东南的商镇官村的时候，萧朝贵和冯云山带领的士兵突然杀出，朝向荣发起了猛烈进攻。向荣部队因为潮湿的雨天而无法正常使用火枪，此时便丢盔弃甲，一触即溃。至于向荣本人，这一次的溃败加上之前的失利以及金田战役计划的破产，给他造成了严重的打击。在极度压抑和悲观的情绪下，向荣带领着他的残兵败将到达平南后，放弃军务，拒绝执行任何行动指令，不久便向钦差大臣赛尚阿告病请辞。
除去一些实力弱小的民兵，太平军前途无阻，向北移动变成了很自然的选择。因此，太平军水陆两路沿蒙江北上至永安州（今蒙山），路上还接收了一伙来自藤县的信徒，另外他们还遇到了李秀成（后来被封为忠王）一家。这次转移，只有乌兰泰手下的一部分清军偶有骚扰。
1851年9月25日，罗大纲率领的先锋军抵达永安州，驻守的只有几百民兵，罗大纲当夜便占领了该城。他袭取城池的手法在整个战争史上都可谓绝无仅有。永安州城小，人口少，城墙不高也不厚实，只有一名满族官吏率少数部队驻防。在靠近城南门之后，罗大纲和太平圣兵先买断了当地店家所有的爆竹，等待着夜色降临。战斗开始时，圣兵按照罗大纲的信号点燃爆竹，齐射城墙。随后城内声闹纷乱，满是火光与浓烟。嘈杂声同样吸引了驻防的民兵，借着嘈乱，太平圣兵爬上城墙，易如反掌地占领了城市。此战防守方损失了几百人，永安州令和另外一两名低阶官吏也在此战中身亡。
长期占领的开始
永安州是太平军正式占领的第一座修有城墙的城市，刚占领该城的前几天，太平军尝试在该城的所有方向上均驻军防守。但是由于对永安州唯一的直接威胁来自在南面城镇扎营的乌兰泰的小股部队，太平军便命令秦日纲率领一部精锐，驻防在城东南约十里外的水秀。双方经过一系列小规模的遭遇战之后，永安州南线的基本形势逐渐稳定下来。
为了庆祝攻克永安州，天王把他的四位结拜兄弟都封为军师：杨秀清为正军师，萧朝贵为又正军师，冯云山为副军师，韦昌辉为又副军师。这些头衔均兼加在他们本来的军事指挥权之上。而这种正式的军事指挥衔级，是贯穿太平天国运动始终的独有特点。这次庆功，所有的低阶军官都获得了小幅的晋升，只有石达开的军衔没有变化，仍为主将。
太平军还利用战斗的空闲补充新兵和供给，他们招收了大量的当地居民，并且很高兴地见到不断地有一些平南的山民、许多贵县的矿工以及几伙盗匪前来投靠。这些新兵都不是拜上帝会的信徒，因此必须在接受高强度的宗教指导和军事训练之后，才能正式地被编入军队。太平军的总体规模已经扩展到将近四万人，其中一半是战斗人员。至于物资补给，永安州有很多得天独厚的资源。首先，虽然有一部分是山区，但这一地区盛产大米，常年产出多余的大米可供外销。太平军很容易能就在这一地区购买足够的大米。第二，永安州的一些大地主因为各种各样的原因对满族统治不满，他们为太平军提供了大量的谷物。第三，当地许多居民冒着生命危险，从清军的包围中为太平军偷运各种物资。虽然太平军公平交易的原则以及在包围圈中高于市场价的收购价也是鼓动他们走私的原因之一，但是这种危险的交易能够盛行的主要原因，是当地民众对太平军和他们对抗满人的战斗深感同情。第四，太平军发现只要他们派出一些代理人，就可以在不远处的城镇购买到所有本地没有的物资。最后，太平军通过贿赂腐败的政府官员，尤其是那些佣兵和像张钊这样投降官府的水匪，从他们那里以极高的价格买入了许多清军的装备。与占领永安州之前相比，太平军在兵力和物资装备上变得越来越强大。
在兵力更新和扩张的同时，洪秀全并没有放松对太平军在精神和道德方面的要求。在起义第一年的许多重要时刻，洪秀全都发出训诫，告诫全军要更加勇猛地作战，对于太平天条要忠诚、谨守、力行，对于上帝和耶稣要时刻信赖。在永安州，他也发布了类似的传达精神的训诫，其中值得注意的一条是重申必须上交全部财产到圣库，另一条则是重申要谨守道德规范。全军仍然保持着早先拜上帝会信众时期的宗教习惯，每日早晚聚会敬拜上帝，餐前做祷告，周日聚会聆听布道，并且在每次战斗之前跪地祈祷等。这种虔敬是太平军战斗力的来源，清军明知如此，却觉得这是巫术而对之置若罔闻。
永安建制
在这三个月的时间里，双方都没有发生任何战斗，这为太平军提供了绝佳的机会，来完善他们的组织体系，而从金田起义开始到现在，他们的组织体系仅仅体现在军事层面上。的确，天王已经宣布建立了一个新的国家——太平天国，但是实际上这个国家还没有一个正式的政府组织结构。因此，这一次他们设立了一个中央政府，并且按照古代周朝的模式，设立威仪庄重的内廷，同时颁布了一系列朝廷礼节和政府规程。许多新的政府职位和机构都是在这个时候设立的。（太平天国中央政府详细的组织结构，以及占领南京后省县地方的管理结构，将在第八章做全面介绍。）
作为建立朝廷的标志，天王将五位太平军高级领导分封为王：杨秀清为东王，萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王。这五位王同时是军中的五位主将，他们在获得最高荣誉封赏的同时，仍然保有他们的军衔，履行他们的军务。但是，在革命运动的早期就做出这种安排，在政治上是不适当的。这些人已经获得了最高的荣誉封赏（除天王的头衔外），若将来因战功而再行封赏，就只能赐予更花哨的荣誉名衔。而比这个严重得多的另一个错误是，天王强行做出了“其他诸王均受东王节制”的训令，这样的训令又一次悄然地把权力交给了一个醉心权欲、最终败坏了革命事业的人。
太平历法
早在冯云山遭受牢狱之灾、身陷囹圄的时候，颁行一套新的太阳历法便成了他许多雄心勃勃的设想之一。太平天国起事第一年，所有紧要的军事安排都使用清帝咸丰的年号，于是此时，天王委任冯云山带人创立一套可以付诸应用且属于自己的历法。
这套新历法的设计概念相当简单。它将一年定为三百六十六天，分成十二个月，其中双数月三十天，单数月三十一天。虽然这表面上很像中国传统的农历，但是它所划分的十二个月代表着一年中的二十四个节气，每月两个，第一个在每月初一，第二个根据月数的双单，出现在每月的第十六或第十七日。除了以太阳为基准以及避免了闰月的麻烦，太平历还从基督教历法中借用了七天一周的概念。但是为了和中国的传统相结合，周内七天均以相应数字与六十为周期的天干地支相结合。
这套具有革命性的历法，在很多方面标志着太平天国在文化上取得的显著成就，但是有两个失算之处。第一是太平历的设定比中国农历和西方历法均早一天，例如太平历的周日其实按西方历法应为周六。这一处始终都没有修正。第二处失算或者说失察之处，是太阳年的三百六十五又四分之一天和太平历的三百六十六天之间的差别。太平历每年多出来的四分之三天没有被规划进去，这一差别逐渐积累，导致太平历新年每四十年就会比实际太阳新年晚三十天。为了纠正这种周期性的错误，洪仁玕执掌天京（南京）时下令修正：每四十年有一小年，该年每月为二十八天。
太平历还扫除了在旧历法中扎根千年的迷信元素，这再次反映出太平军的革命热情。那些关于诸如婚娶、破土、出行等的宜忌吉凶，被修改为“信奉上帝就能有美好幸运的一天”这类简简单单的话语。对于农民而言，依照按固定日期开始计算的太阳轮转而分年划月的太平历，更适合他们安排自己的农务活动。
冯云山和其他四位王将这套历法呈给天王，请求批准。新的历法印发之后，从太平天国的第二年起开始施行。施行的当日是公历1852年2月3日，咸丰元年腊月十四。
被困永安州
正当太平军在静静的前线后方忙于建制改革的时候，清军也在永安州附近调度部署。此间，向荣余部经昭平到达平南，被太平守军在永安州以东约二十里外的古苏冲阻击，但是现在已转移至永安州西北二十里外的新圩驻扎。在之后的两个月中，钦差大臣赛尚阿指派来自北京的将领巴清徳来帮助向荣，巴清德实际统领北线军务。1851年10月底，向荣称病，未经请示擅自前往桂林，但是在赛尚阿的压力下，被迫于同年12月返回新圩。如果算上在永安州城西北十余里外的支援力量，清军在北线共有一万兵力。
南线方面最开始有乌兰泰率领的六千清军，而现在钦差大臣已经下令调兵支援他们。在增援的官吏中最值得一提的就是江忠源。他是湖南人，有贡生的功名，曾在老家新宁组织并领导民兵（湖南地区最早的民兵），帮助镇压过两次起义，因功授浙江秀水知县。1852年年初，赛尚阿命令正在为亡父丁忧的江忠源率领民兵前往武宣。乌兰泰对他的才干和学识赞赏有加，很快江忠源就成了他的幕僚长，由他的弟弟江忠濬统领五百湖南民兵（楚勇）。他们从象州不断作战推进至永安州，这支湖南的部队是南线最为精锐的力量。
但是，江忠源并没有在永安州久留，主要是因为他同时从各个方向向太平军发动进攻的计划被向荣否决（向荣非常谨慎地坚持主张，要预留一个可以突破的缺口，用于追击敌军）。还有一部分原因是他对向荣在讨论作战计划时公开羞辱乌兰泰一事感到愤慨。江忠源于是带着他的民兵部队撤回了湖南。
江忠源撤离一事很典型地体现了清军将领之间的不和。清军的士兵和将军都同样腐败堕落，目无军法。广西按察使赞理军务的姚莹就曾经间接地将太平军与清军做对比：
人心齐，地利熟，胆气壮，此三者贼之所长而我之所短也。火器精，粮饷足，兵勇众，此三者我之所长而贼之所短也。
1851年11月底至12月初，钦差大臣赛尚阿亲自坐镇设立在阳朔的指挥部，指导对太平军的作战。到了晚冬时节，集结在永安州区域的清军已经超过三万人，指挥部也被前移到了北线距离永安州仅约三里的地点。1852年1月下旬的某天，指挥部下达了进军命令，但是清军只遇到了零星的抵抗，部分原因是此时这一地区正蔓延着疟疾，使很多太平军士丧失了战斗力。由于清军已经三个月没有和太平军交战并骚扰他们的阵地，赛尚阿决定包围太平军，于是他下令建造一道墙，围住整个永安州城。他的策略奏效了。不久之后，太平军就开始出现食品、盐和弹药的紧缺现象，但此时，他们突围的计划已然酝酿成熟。
再次突围
1852年4月5日子夜，太平军从清军防守最为薄弱的东面悄悄地出城。原本驻守南线的秦日纲的部队，也于次日在古苏冲击溃一小股守备的清军后与大部队会合。在缴获了清军遗弃的大量火药之后，太平军先锋继续向前挺进不到十里，到达龙寮岭下，爬上陡峭的山崖，进入了大洞山区。
但是太平军的后翼就没有这么幸运了。乌兰泰对太平军已顺利转移的消息备感愤怒，并率军追击，于4月7日在古苏冲追上了一队落伍的太平军。乌兰泰现在指挥的部队是他所有部属中最为精锐的。这支部队向太平军的后翼发起了突袭，很快就屠杀了两千余革命者，他们中的大部分是落在大队后面的妇女、儿童以及老病伤员等非战斗人员。这场战斗是太平军起义以来所遭受的最惨烈的失败。
在当日的这场战斗中，还发生了一件之后一直存有争议的事件，即洪大全被捕事件。洪大全自称“天德王”，这使得乌兰泰和赛尚阿相信他们抓到的是一个重要的匪首。虽然这位被俘的“领袖”按律被押解上京，并作为战果游街示众，之后被处以极刑，对于清政府的官员以及后世的学者而言，他的身份始终是个不解之谜。最新的研究成果确认了以下事实：他的本名叫作焦亮，湖南兴宁人，年轻时中过秀才，做过一小段时间的和尚，还在湖南南部地区组织过天地会。太平军蜂起之后，他化名洪大全，前往投靠。
因为焦亮在天地会中的地位以及他在湖南潜在的实力，太平军的领袖们给予了这位陌生的投靠者相应的礼遇，称他为“洪先生”，但是天王并未给他加封王爵。不知出于什么原因，在永安州时，焦亮与太平军领袖们的关系突然恶化，这个所谓的洪大全还被他们戴上了镣铐。在清政府的严刑逼供之下，他最终坦白，他的真实姓名并非洪大全。至于他的真实身份，直到他被处刑后，他的遗孀和兄弟因在湖南煽动起义被官府审讯时，才在他们的供认状中才得以澄清。
乌兰泰因为上一场胜利而备受鼓舞，正准备率军挺进山区，追击太平军。这时，向荣从北方前线赶来。向荣对这样的情势再熟悉不过了，他诚实地忠告乌兰泰，叫他对诡计多端的太平军不要跟得太紧，尤其是在这种崎岖不平的山路上。但是乌兰泰对这个忠告充耳不闻，认为向荣有这样的建议只能说明他懦弱胆小、嫉贤妒能罢了。于是，4月8日清晨，乌兰泰带着他的部队进入了山区。在这个时候，太平军主力已经抵达了昭平县内的仙回岭，但是他们这回吸取了在古苏冲的惨痛教训，在大洞山区埋伏了大量的兵力，以备追兵。是日阴雨，群山都笼罩在浓雾之中，乌兰泰和他的军队踏上泥泞的山路追击太平军，部队很快就变得人马相拥，前后阻滞。在这种拥塞的情况下，士兵既不能够机动，也无法用长枪或者火器作战。另外，这些从北方来的士兵到现在仍然穿着长袍和靴子，这严重地妨碍了他们在这种地形下的机动性。太平军见到敌人已经陷入了这个致命陷阱，便从四面发起伏击，从山坡上抛下滚石，并向清军射击。瞬间，大量的清军或受伤或毙命，尸体堆满了山路。这时，赤膊裸脚的太平军士兵从前后逼近，与清军展开了惨烈的肉搏战。许多清军虽然躲开了太平军士兵的攻击，却不慎掉落崖洞。在这场战斗中，清军中全部四位从北方调来的总兵及多名下级军官阵亡，乌兰泰跌入一处陡峭的山崖，落入泥流侥得偷生，仅以身免。
向荣很不情愿地跟在乌兰泰部的后面，因为与乌兰泰保持了一定的距离，所以他的部队在这一战中虽有伤亡，却没有遭受乌兰泰那样的惨败。此战清军共损失约两千人，与两日前太平军在古苏冲的损失大约相当。获得了胜利的太平军收缴了被清军遗弃的旗帜、文件、军服、武器、弹药等，以备后用。然后全军向北翻越另一片山区，这一次，剑锋直指省府桂林。这是太平军起义以来第五次突破清军的包围。
永安州突围的后续，又重现了历次突围战的旧景。清军冲入城池，仅仅发现了一些盲瞽病弱的太平军士兵，却肆意逞凶，屠杀百姓，劫掠放火。当时的文人和诗人龙启瑞这样写道：“数千平民惨遭屠戮，街道上血流成河。”至此，持续了七个半月的永安州战役终于落下帷幕。
赛尚阿在上呈的战报中试图掩饰清军在大洞山区的败绩，强调清军活捉洪大全以及光复失守城池的战果。然而朝廷并未受骗，以纵匪流窜他地的罪名将赛尚阿连降四级，同时训斥了乌兰泰和向荣。
包围桂林
作为广西提督，向荣对桂林这座省府城市的防卫有着不可推卸的责任；在得知太平军向桂林移动之后，他就立刻采取了行动。他急令手下的将官向桂林集结，自己则和几个得力助手快马加鞭地往回赶。路上他遇到了一大股非常可疑的向北而行的队伍，他们身着清军军服，手持清军旗帜。向荣猜测这些是伪装行进的太平军，便加速疾驰，选择了一条罕有人迹的捷径跑了两天两夜，才在4月17日拂晓时分抵达桂林。时间紧迫，向荣几乎没有时间部署城内总共约两千多人的正规军和民兵，因为当天夜里，就有一支数百人的队伍手持向荣部下的公文印信，来到了桂林城的南门。向荣登上城楼，对着那些等待城门打开的假部下破口大骂。见到身份已经暴露，罗大纲便带着这队太平军的先锋折返，与主力部队会合。这个时候，太平军主力已经抵达了桂林西南的近郊。
桂林城被漓江西岸与一股支流的北岸环绕，城墙高耸，厚重坚固，是一座相当大的城市。在西部和北部的近郊分布着一些湖泊，在西部山区的山麓地带，城南门与小河之间有一座山，名为象鼻山。此前一天，一股在南方十里外的据点被击退的清军逃来通报敌情，于是南郊的商铺和房屋都被烧毁，以防被太平军利用。太平军现在规模已经扩大到逾六万人，正驻扎在桂林城的西南和正西方向，而象鼻山俯视桂林城，为太平军的火炮提供了绝佳的阵地。
在南线，不屈不挠的乌兰泰在大洞山的惨败后又重新集结了兵力，为了再次鼓舞士气，他和兵士举行了庄严的仪式，歃血起誓，向太平军寻仇。这一富有英雄主义色彩的举动展现了他们的勇气和决心，重新唤醒了清军的忠烈气节，于是乌兰泰亲率七百人的敢死队向桂林快速行军，并于4月19日抵达城南三里外的小河。他们发现河上的桥梁被太平军严密把守，由于这是通往桂林的必经之路，乌兰泰决定用几队骑兵向桥梁发起冲锋，试图突破敌军的防守。太平军开火还击，一发流弹贯穿了乌兰泰的膝盖，使其受了重伤。乌兰泰被送往后方，不久后身亡。清军为他们最为优秀和勇敢的将军的去世而悲痛，乌兰泰的指挥权交给了来自贵州的将军秦定三。咸丰帝也对这位大将在关键时刻的英勇阵亡深感悲恸。不过有些军事专家在悲痛的同时，也批评他作为高阶将官以自己的性命为代价博取小利的愚忠与鲁莽。
随着战斗在桥头的爆发，太平军正式向桂林城发起了攻击，他们动用了云梯、攻城车、从象鼻山上发射的火箭和火枪等一切手段。此役也是太平女兵（客家人）首次和她们的男性战友一起全面地参加战斗，巾帼不让须眉，她们表现出了与男人一样的勇气。但是城市没有被攻陷。清军与太平军在城墙外部有过几次交手，都被打败，精明谨慎的向荣意识到，最好的策略就是保持收缩，固守紧闭的城门。由于大多数装备都在围困永安州的时候分配给了部队，清守军的火炮现在已经严重缺乏。这时有人提出，把三百年前明代埋藏起来还能使用的二十几门火炮也挖出来，补足军需。新调任的巡抚邹鸣鹤全力支持向荣的策略，与此同时，赛尚阿从他设在阳朔以南的新指挥总部运筹调度，清军的正规军、民兵和雇佣军不断地从没有被包围的北城门进入桂林城，直到城内外的清军总数达到两万人。除此之外，还有由当地乡绅组织的一万民兵，他们日夜轮替，代替清军警备城墙。
桂林城内的民兵都是从最无耻的无赖和恶棍之中招募而来，他们对城内的居民无恶不作。但是即便如此，就军事上而言，桂林在太平军重围之下也应当可以保全无虞。包围桂林三十三天后，太平军也认识到了这一点，于是决定放弃围城，于5月19日趁着夜色，全军拔寨，分水陆两路向北转移。
包围刚一解除，桂林城内的官僚与乡绅就开始为保全桂林的战果邀功争吵。解围六天后，赛尚阿来到桂林，马上就此与邹鸣鹤和向荣发生了口角。没有人想到要派兵去追击敌军。直到最后，赛尚阿才着手组织追兵。他任命满族将军和春为提督，领向荣部（向荣本人称病不出）追击，还费力地说服了余万清和刘长清带领七千人去守备全州。恰在此时，广西布政使劳崇光在南部剿匪得胜归来，随军还带回了被招安的匪头张国梁及其手下贼匪三千余人。劳崇光马上被任命为提督，领张国梁旧部向北追击太平军。
清政府注意到了广西方面在应对起义军一事上的无能，在桂林解围后不久便采取了行动。赛尚阿刚刚因又和向荣产生了纠纷，而任命刘长清为代理广西提督，就被朝廷削去了一切头衔和职务，被判斩监候。劳崇光代替邹鸣鹤，被任命为广西巡抚。
全州惨剧
太平军从桂林向北行军，一路平安无事地到达了兴安县，当地官吏望风而逃，于是太平军便在兴安过夜休整，并未打扰当地百姓。兴安有两条非常重要的河流的起始点，其中一条是漓江，它一路向南流经桂林，与浔江汇合；另一条是湘江，它向北流，经湖南注入洞庭湖。在兴安县内，有一条秦代（前221—前207）修建的古运河灵渠，沟通两江可供舟楫来往的河段，从汉口和武昌经洞庭湖而来的船只可以经水路直达广东。太平军现在就是沿着这条中国内陆交通运输的主干道，水陆并进向前行军的。
他们到达的下一座城市是全州。全州在桂林东北约两百五十里外，是一座有数万人口的城市。与兴安县不同，全州知州曹燮培决心要保卫城池。曹燮培发现，他只有参将杨映河领管的五百清军可以调度防备，便动员城内男女数千人，志愿协助城防。除此之外，另外一位率领四百清军士兵前往桂林，恰巧途经全州的军官也被说服，留下来帮助守城。
但是太平军并未打算攻占全州。5月24日，太平军水陆并进经过城外，向西而行。就在全军经过全州城时，在城墙上驻防观察的清军士兵发现有一些太平军士一起抬着一乘由黄缎子装饰的大轿子。士兵认为轿上之人一定是重要的匪首之一，便点燃附近一门火炮射击。炮弹命中轿辇，重伤轿中之人。正如这名士兵所预料的，此人就是太平天国的南王、副军师、后军主将冯云山。
冯云山受伤的消息迅速传遍太平军，他们在盛怒之下掉头攻城，以回应全州城的暴行。太平军的攻势日日不断，但是全州防守牢固，而他们的伤亡则不断增加，士气不断下降。此时，余万清和刘长清率领的清军也抵达了全州南郊，曹燮培多次向他们血书求救，但二人对此置若罔闻。若非如此，形势对太平军就会更加不利。不过最终，在1852年6月3日（咸丰二年四月十六），太平军通过地道在城墙一角埋设并引爆炸药，士兵从崩坏的城墙缺口涌入城中大开杀戒，为前线负伤的冯云山以及在攻城的持久战中牺牲的战友们复仇。两日之后，太平军继续向北行军，全州数千人惨遭屠戮，其中包括留守城中的军兵百姓以及三十多名官僚乡绅。如果不是曹燮培在城破之时打开北门，使百姓可以从此逃往城外农村，死伤人数还将增加很多。
血雨腥风的蓑衣渡伏击战
全州一战后，太平军面对的是他们始料未及的又一个致命悲剧。此前，江忠源已经秘密地从永安州返回了他在湖南南部的老家，但是听闻太平军正在气势汹汹地北上桂林，他便赶紧重新自费组织起民兵，还雇了一千名佣兵，同时还拉他的好友刘长佑做他的副将，准备驰援。在江忠源和他的新军抵达的时候，桂林已经被重重包围。他们在桂林城东北漓江中的一座小岛上短暂地驻扎了一段时日，便决定向北移动，赶在敌军前面到达全州。江忠源认为，一旦数量庞大的太平军穿过湘桂两省的边界到达衡阳，摆在他们面前的就是直通省府长沙的大道，那时自己微小的力量将无法阻止他们继续进军。唯一可行的方案就是在战略要冲蓑衣渡伏击太平军。江忠源立刻派人面见带领向荣部队的和春，请求他在湘江东岸设伏，江忠源则封锁水路，在西岸埋伏。
蓑衣渡在全州以北约十里处，此处河宽不到百米，砍伐东岸树枝灌木，很快就可以封锁河道。首先到达这里的是一队太平军步兵先锋，他们在西岸遭遇了奇袭，伤亡惨重，很快就撤退了。太平军在水路的状况更糟糕，他们大大小小无数的船只因为河道被封锁而阻滞不前，在湍急的河水中互相拥塞，难以调度。埋伏的民兵点燃了太平军的船只，并向被困住的太平军开火。无助的太平军士兵被烧死或溺亡，只有一少部分靠近东岸的船只能够靠上河滩。受伤的冯云山恰巧在这些靠岸的船上，他虽然被抬到安全地点，但仍然没有挺过这一劫。太平军陆路的大部分士兵得以从这场战斗中生还，这主要是因为江忠源的部队力量太小，无法赢得决定性的战果。剩余的太平军在天王、其他诸王以及无数低阶军官的组织下，最终成功地在湘江东岸完成集结。和春不知为何，没有能够在那里按江忠源的计划伏击太平军，对此毫无所知的太平军奇迹般地侥幸避开了彻底覆亡的命运。
江忠源的部队人数太少，无法渡河追击太平军，这给了已经苦战两天的太平军喘息的机会，可以清点损失，重组部队。他们忽然发现自己距离湘桂省界仅有数里之遥，便小心地通过山口向东跋涉，进入了湖南。
现在我们可以暂时放下太平军的行动，来评估一下蓑衣渡的这场战斗，并总结它对未来革命活动的影响。首先，这一战伤亡惨重，超过一万人牺牲，约为太平军总人数的五分之一。祸不单行，此役中阵亡的士兵大多是最早的信徒，他们都是高度忠诚和勇敢的士兵，道德高尚，纪律严明，必将成为革命运动中流砥柱的军官。为了尽快恢复战斗力，太平军不得不开始接收那些本来不符合他们要求的士兵，这些士兵缺少教义培训，也没有早期信徒那样高的道德水准。就是从这个时候开始，太平军高标准的道德要求开始受到侵蚀腐化，他们给广西各处民众留下的印象也最终受到了影响，那里的民众会永远记住曾经那支真正“亲切正直”的军队，那支勇于战斗却不扰平民的队伍。
如果说在这一战中牺牲的太平军士兵还可以弥补的话，冯云山之死则无法挽回。他的意外阵亡使太平天国运动在关键时刻失去了一位精神导师，一位实际上为革命政府谋定了所有组织结构和行动计划的主要领袖。同时，革命运动还损失了能够调和杨秀清、萧朝贵集团与韦昌辉、石达开集团之间激烈矛盾的力量。天王现在失去了他忠实睿智、无可替代的心腹知己，失去了和他一起建立并指导了革命运动的好兄弟，此后逐渐沦为疯狂觊觎权力的杨秀清篡权阴谋的牺牲品。冯云山在很多方面厥功至伟，可以很公正地说，他是太平天国中最为杰出的人物。
从军事方面而言，太平军不得不放弃他们原有的径直北上、直取湖南省府长沙的战略规划。他们在湖南南部滞留的三个月，给了当地官员足够的时间修补城墙，陈兵备战。如果太平军能够早些时日攻取长沙，他们就可能有机会占领湖南全省（后来曾国藩便是在这里组织起了最终消灭太平军的湘军），这将彻底改写清代的历史。很多与江忠源同时代的官僚学者，都将湖南的保全归功于他机敏而大胆的出击干预；咸丰帝也给这位湖南的英雄优遇，破例在短短两年内就把他从秀水知县提升为安徽巡抚。但更重要的是，清政府从蓑衣渡的胜利中认识到，组织有序的民兵在扑灭起义烽火中能发挥巨大的作用。