太平军进入湖南后，试图攻占永州城（今零陵）未果，便于1852年6月12日转向南进，轻而易举地占领了道州（今道县）；并在接下来的一段时间内，以道州为根据地展开活动。这一时期，东王杨秀清和西王萧朝贵急于迅速壮大革命队伍，并争取民众的广泛同情，先后发表了三篇措辞激烈的檄文，宣传革命运动在宗教、民族和政治上的理想，呼吁民众团结起来，一起推翻满族统治。其中第一篇檄文便面向全体汉人，一开始就以一种战斗的语气写道：
予惟天下者，中国之天下，非胡虏之天下也；衣食者，中国之衣食，非胡虏之衣食也；子女民人者，中国之子女民人，非胡虏之子女民人也。
慨自满洲肆毒，混乱中国，而中国以六合之大，九州之众，一任其胡行，而恬不为怪，中国尚得为有人乎？妖胡虐焰燔苍穹，淫毒秽宸极，腥风播于四海，妖气渗于五湖，而中国之人，反低首下心，甘为臣仆，甚矣哉！中国之无人也！
夫中国首也，胡虏足也；中国神州也，胡虏妖人也。中国名为神州者何？天父皇上帝真神也，天地山海，是其造成，故从前以神州名中国也。胡虏目为妖人者何？蛇魔“阎罗妖”邪鬼也，鞑靼妖胡，惟此敬拜，故当今以妖人目胡虏也。奈何足反加首，妖人反盗神州，驱我中国悉变妖魔！
之后则以近乎完美的文体举出了清朝统治者的十大罪状：
一、强令改变了汉人固有的形象（汉人被迫蓄发辫垂在背后，如禽犬之尾）；
二、废除汉人固有的衣冠规制（须着顶戴，前后绣有动物纹饰，穿带马蹄袖的长袍）；
三、淫乱汉人女子，堕败血缘，妄图灭我种族；
四、淫虐侮辱妇女；
五、篡夺改替汉人制度条律，以迫害奴役汉人；
六、更改汉人语音；
七、对水旱等天灾的救济拖延迟缓，以减少汉族人口；
八、放纵贪官污吏榨取民脂民膏；
九、政治腐败，卖官鬻爵，贿赂狱讼，使汉人才子郁愤而死；
十、残酷镇压复国起义，诛杀其首并夷其九族，断绝我民族英雄的族人子嗣。
檄文接下来训诫信众要敬拜上帝，并全身心加入这场要将蛮族妖魔一扫干净、建立和平繁荣的天国的正义运动。另外两篇檄文与这一篇目的相仿，但是宗教意味则更强。
太平天国革命运动的三个特征也在这里明显地体现出来。首先，道州的三篇檄文均是依照天条，以上帝与基督之名颁布的；热切地敦促民众摒弃迷信，信仰基督。第二，三篇檄文均号召推翻剥削、征服、压迫和虐待汉族人民的少数民族满族的统治。第三，彻底捣灭腐败不堪的政府，并以此为基石，进一步实现建立太平天国的政治理想。
在湖南地区，檄文产生的影响是双重的。一方面，乡绅和儒家士人们理所当然地对檄文公然宣扬基督信仰表示震惊，他们对太平军的态度变得更加强硬，认为他们不仅是向自己所效忠的满族统治者们宣战的叛乱者，还是挑战传统儒家文化的不可饶恕的异端。另一方面，广大民众，尤其是诸如贫农、重体力劳工、盗匪、天地会成员、恶棍无赖等社会底层，则被檄文的雄辩以及许诺的美好前景深深打动。两万多“新的兄弟”响应檄文的神圣征召加入队伍，组成了道州军。同时，太平军还搜集铁、铜资源，铸造了三百余门大炮和大量战具。短短的两个月时间，太平军全军完成了重组和整备，并扩展到了约七万人的规模，实力较之前更加强大。
在湖南南部的行动
在此期间，清军大量集结在湖南南部地区，并得到命令，封锁从衡阳通往长沙的主要道路。同时，由提督和春和劳崇光率领的从桂林追来的大约一万五千人的追兵已经跟了上来，并且包围了道州。清军在6月22日和7月4日的两次进攻均告失败，便决定暂缓进攻，并收紧对道州的包围。此后不久，劳崇光返回桂林，履行广西巡抚的职务，把已受招安的匪头张国梁和他带领的三千人留了下来。由于告急的奏折从广西和湖南不断地飞来，清政府在8月进行了另一轮的人事调整，将两广总督徐广缙任命为新的钦差大臣，以代替赛尚阿。
在接近7月中旬的时候，太平军派出的分遣队在几次出击行动中获得了胜利，他们占领了附近的两座小城市，并且击退了清军的攻势。尽管如此，整体局势仍令太平军感到失望，有些领导人甚至建议全军撤回广西境内，再做打算。在核心领导层中，只有东王杨秀清拒绝考虑这种可能性，并最终说服了其他的领导人，使他们相信，只有毫不回头地一路前进才是最明智的策略。在当地一伙强盗的建议下，太平军决定从另一条道路前往长沙。于是在8月10日，他们突破道州东侧的清军包围阵地，然后全军北上。之前占领了两座小城的分遣队，也与大部队会合。在经过一些小县之后，太平军在8月17日占领了湖南省东南边界上地理位置十分重要的县城——郴州。郴州是一座繁华的交通枢纽城市，连接了多条主要道路，北通长沙，南连广东。在这里，太平军不仅获得了大量的新补给，还扩充招收了两万多人。其中有一伙千余人的队伍是特地从广东前来投靠的，但大多数新兵都是天地会出身。虽然这使得太平军的人数扩大到了十万有余，但是新兵的整合程度不高，并且缺乏训练，导致全军的士气受到影响。有一伙盗匪因为受到地方官员和乡绅的不公对待而加入运动，但是随后他们便疯狂报复，残杀了迫害过他们的人，并且抢夺其财物。毫无疑问，这样的事件严重损害了太平军的声誉，对全军的士气和纪律造成了恶劣的影响。与此相反，在道州招收的新兵中有上千名当地的矿工，他们都是挖掘地道的行家里手，在不久之后的战斗中承担了爆破城墙的任务，为太平天国运动做出了特有的杰出贡献。
包围长沙
在攻占郴州后不到两周的时间内，太平军便发动突袭，试图占领长沙。西王萧朝贵以及两位能干的副将李开芳和林凤祥率领仅两千名圣兵，在当地盗匪的引导下，经湘东一条偏僻的小道急速进军。在沿途接收了几千士兵后，萧朝贵的部队于9月11日到达长沙南郊，并迅速击退了由陕西而来的一股清军，推进到了长沙城下。这让守备长沙的官吏备感震惊，他们本预计太平军会从衡阳方向沿大路而来，绝没有想到他们这么快就兵临城下。如果不是因为萧朝贵对这座城市并不熟悉，他的这一小股部队本可以趁清军混乱失序的机会攻入长沙城。太平军错把长沙城西南角的天心阁当作主城楼，便开始向它展开炮击，这给了守备官员足够的时间关闭所有城门，并向城墙派遣士兵增强防御。
时任湖南提督的鲍起豹是一个无能又迷信的官僚。他所做出的第一步反应就是把城隍菩萨的塑像搬请到城墙之上，以求菩萨保佑。所幸当时掌管长沙民政军务的是湖南巡抚骆秉章，他是当时的能吏之一，而且巧合的是，骆秉章本人也是广东花县人（与洪秀全是同乡）。骆秉章进士出身，曾在翰林院供职，以忠诚能干、富于谋略闻名。只是因为招待不周，得罪了刚被任命为钦差的赛尚阿，因此以行政不力之名而遭到弹劾。尽管如此，骆秉章在等待继任的张亮基的同时，仍然积极参与长沙防备。如果郴州的太平军提前知晓骆秉章已经施行了包括修补城墙在内的一系列防御准备的话，就不会仅以萧朝贵率轻步兵突袭长沙了。
太平军刚一开始轰炸长沙城，骆秉章就亲自登上城墙指挥防御作战。长沙城此刻的防守力量只有不足六千士兵（半数正规军，半数民兵），加上一些由乡绅率领的临时招募的雇佣兵。告急的文书很快就被发往周边各城市，以召回派遣在外的湖南军队，并向其他地方的清军求援。清军在之前提到过的天心阁上布设的加农炮火力强劲，最终迫使太平军躲进南郊的房屋和商店进行隐蔽，但是太平军的轰炸并未停止，他们整日整夜地从当铺的高塔和其他高层建筑上向长沙城射击。
西王萧朝贵看到战斗毫无进展，便在战斗打响的第二日，身着符合他等级地位的镶龙黄缎长袍，张开大旗，亲临最前线指挥进攻。城墙上的清军很乐于见到这样明显的目标，于是很快一发炮弹贯穿了萧朝贵的左肩。萧朝贵被运往后方救治，对长沙的攻势也暂时停止，副将李开芳和林凤祥迅速地将噩耗报回在郴州的太平军总部。
1852年9月末，萧朝贵伤重不治，他的部队后来分归杨秀清统领。他的遗孀（天王的妹妹）继续留在太平军中；他的儿子萧有和继承了他的王位，为幼西王。但是同冯云山一样，萧朝贵在太平天国运动中的地位是无法取代的。他的死打破了高层领导之间微妙的权力平衡：失去了冯云山和萧朝贵衷心支持的天王，现在不得不看杨秀清的脸色行事，而杨秀清握有的巨大权力最终会动摇太平天国的命运。当然，萧朝贵作为这场重要战役的最高指挥官，不应该把自己如此明显地暴露在前线，史家对他的批评也认为，他的战殁并非英雄主义的作为，而只是“愚忠愚勇”的另一个例证。他死后很长时间，他的名字仍然和杨秀清一起，出现在天国宣传单页和官方文件上——太平天国以其特殊的方式纪念这位特殊的英雄。
与此同时，响应骆秉章的求援呼声，清军一拨一拨地驰援长沙。首先到来的是邓绍良率领的九百湘军，之后是江忠源的部队（约两千人），以及和春和张国梁等人的部队。之前因在广西战事不利而被流放新疆的向荣，现在也随新任钦差大臣徐广缙于10月2日抵达长沙，并受命节制各路援军。新任湖南巡抚张亮基也于10月7日率领由正规军和雇佣兵组成的五千人的队伍到达长沙，他随即接管了全城防务，骆秉章则作为他的助手留了下来。张亮基的随行官员中另外一个值得一提的是左宗棠。左宗棠是湖南湘阴人，举人出身，他很快就会成长为镇压太平天国运动的中坚力量。于是，一众久经战阵的老将在张亮基和骆秉章这样的能臣带领之下团结起来，此时的长沙城军给充足，集结了超过五万的士兵、民兵和雇佣军，这大大超过了包围长沙的太平军轻步兵力量。长沙城足以确保无虞。
地图2 湖南之战
但是进攻方并未退却。在萧朝贵战殁悲剧发生后的休整期中，南郊的太平军接受了新近招募的那些煤矿劳工的建议，在李开芳和林凤祥的指挥下，开始在城墙下面挖掘地道，希望能够通过引爆火药炸毁城墙。在此期间，他们与清军的接触仅限于一些小规模遭遇战。10月13日，天王洪秀全和东王杨秀清率领大部队从郴州赶来，剩下的部队则交由北王韦昌辉和翼王石达开带领。全军由西面而来，现在已经驻扎在城西湘江两岸。这股部队在之后的两日内，在与清军巡逻队伍的接触中有两次小挫，不过之后的几天便以两场胜利还以颜色。双方的战场也逐渐由城南转向西郊的湘江沿岸，石达开的部队正严密控制着湘江西岸，以及湘江防御的要冲——河中狭长的沙洲水陆洲（现称橘子洲）。清军不惜一切代价要夺回这片沙洲，向荣派遣了三千河南兵，却只有指挥官王锦绣只身而还。向荣立刻亲率三千嫡系部队展开了第二波攻势，但是他的部队因受伏击，遭遇了同样的惨败而溃散，向荣自己则满带羞愧地只身游回了东岸。
10月30日，隧道终于完工。从10月底至11月底，太平军先后进行了五次爆破，但是每一次冲入城中的太平军都最终被击退。在第五次爆破城墙如前几次一样宣告失败之后，太平军领袖们决定解除对长沙的包围，转而北上。1852年11月30日夜，太平军在雨水和夜色的掩护下开始沿湘江西岸移动，向荣则率领大量清军随后追击。
钦差大臣兼湖广总督徐广缙直到太平军撤离十二天后才进入长沙，由于救援失期，他和他的前任赛尚阿一样被削除公职，判以斩监候。
占领岳州
在转移途中，太平军后翼与向荣的先遣队只有过一次接触，向荣的部队大败。除此之外，太平军一路平安无事地到达了益阳。在那里，太平军征募了数千舟楫，此后大部太平军改从水路，顺流而下直奔湘阴。途中他们遇到并击破了湖北官军设置的防止他们进入洞庭湖的阻障，于12月13日进入岳州（今岳阳）地界。在上游，向荣的部队因为无法征集到足够的船只而耽搁了行军。
岳州城坐落在洞庭湖东岸的北端，扼守长江河口，是整个湖北省的后门，战略位置非常重要。湖北提督满人博勒恭武亲自驻防岳州，他手下有八百士兵、一些文职和军事人员，但是并没有任何守备计划。据当时的史家张曜孙的评价，博勒恭武“轻佻不谙军务，标兵又孱弱”。他接到向荣急书，许诺他们坚守三日，定来解围。然而岳州文武一见太平军的船只便四散而逃，唯有满族参将阿尔东阿忠于守备，城破身死。
中午时分，太平军便在当地盗匪的带领下兵不血刃地占据了岳州城，而这座富庶的商贸中心城市为太平军带来了大量的弹药、火炮，以及其他的军事补给（均为两百年前吴三桂在三藩之乱时所留下），还有五千余艘船只，这使得太平军的舰船总量增加了一倍。此外，太平军还招纳了唐正财这个能干的船主，当时他正巧在岳州行商。太平军领导层还为他设立了“典水匠”这个新官职，授将军职衔，令他管理所有船只。进城四日之后，太平军大部登船，沿长江北上进入湖北，其余的部队则沿长江东岸徒步行军。
最终，清政府下令严惩所有岳州官吏，首当其冲的就是博勒恭武。岳州失守一年后，他被发现隐居在京城，随即被抓捕斩首。
占领汉阳、汉口
徒步行进的太平军途经蒲圻、咸宁二县，并未遇到实质性的抵抗；他们在咸宁还缴获了五千余艘船，舰队规模也随之扩大到了一万六千余艘。这一部太平军也于12月22日首先抵达湖北省府武昌城外。与武昌城隔江相望，坐落在长江西岸的是汉阳县城，北面则是汉口港。这三座城市一同组成了有效沟通整个帝国交通运输的重要枢纽，也成为当时数一数二的商业中心。汉口尤其如此，商品货物都在那里进行交易，数以千计的大型货船往来进出。但是，居然没有人考虑到要增派部队守卫这个如此重要的集散中心，结果太平军于12月23日轻松击败了驻防汉阳的仅有的三百清军，并在六天后占领了汉口。汉口港码头上停泊的可能超过一万艘船，都成了太平军此役的战利品。
不久，天王洪秀全和东王杨秀清赶到，他们以汉阳为太平军的临时指挥所，并确定了袭取长江对岸的武昌城的作战计划。那年冬天适逢长江水位低潮，这使得太平军可以把船只连结起来，架设了两条可供士兵随意移动的浮桥，并由此过江攻略武昌。
汉阳和汉口沦陷的消息引起了朝廷的警觉，使之迅速做出了新的部署：任命两江总督陆建瀛和署河南巡抚满人琦善为钦差大臣，分别从东面和北面逼近太平军。已退行伍的老将、直隶提督陈金绶受命襄助琦善。因急需将才，在长沙军中被免职的向荣也被重新提举，节制武昌、汉阳军务。朝廷还调八旗骑兵入关至河南，以备不测。
汉阳插曲：创制龙印
在汉阳期间，天王洪秀全依照中国帝王及官僚均请人雕玉石为印玺以显示个人和公职身份的传统，令人刻制了一枚带有龙首的印玺，为了彰显特别，洪秀全要求这枚印玺要以纯金打造。而实际上，太平天国的第一枚玉玺是在长沙时为天王刻制的，那枚玉玺所采用的玉石精致硕大，据说是出自一枚上古时期流传下来的玉玺。经过精雕细琢，当这第一枚彰显着洪秀全以及新王国无上荣耀的印玺雕刻完成的时候，太平军万众沸腾，山呼万岁。
太平天国似乎对印玺特别地钟情。无疑，这既是出于对传统的尊重，也有一部分原因是出于对个人虚荣心和印玺象征的权力的追求（许多迷信的民众仍然相信，印玺本身具有斩妖除魔的神力）。太平军攻占南京后，曾经大肆刻制并分配印章，就连最低级的官吏都配发印章以证明文件；天王每每印发文件，均在首页加印带有“敕训”字样的签章。现在，我们也许有必要总结一下太平天国印玺的一些特点，它们在很多地方都别有创新：
一、印玺有两种形状：天王和幼天王用正方形，其他人员用长方形，其长宽比为二比一；
二、印章文字采用宋体，与清廷所采用的篆书不同；
三、除了一些最低阶的官吏，所有官员的职称、姓名均采用全称；
四、印章四边采用不同的设计，通常的图案是两条龙穿过云端；
五、除玉玺外，印章文字并列一排，如职衔字数过多，则从中间开始分为两行；
六、印章长短标识官阶高低，东、西、南、北四王之印长6.6寸，以下逐级缩短0.2寸；
七、早期的印章用金（天王龙尾玺）、银（诸王象尾印）以及木（其他官员印）刻制，后期印章均为木制；
八、太平天国玉玺签印于文件首页右上角处，与历朝印于文后的习惯不同。洪秀全及天国的玉玺占据了文件的顶端，他便要求其他签印依旧例印于文件底部；
九、印章文字常含有措辞虔敬的训导词，语句如楹联一般对称，还有常用的吉祥话，甚至是押韵的诗句。这些虽然都给中国传统的印章增加了一股古怪奇异的风格，但是清朝印玺将满汉文并列的做法同样异于传统。
第一次占领武昌
武昌方面并没有对即将到来的太平军攻势做出部署，当时城内大约有三千正规军和一千民兵，但是湖北提督博勒恭武仍在岳州没有回来。湖北巡抚常大淳恳请当时恰巧在武昌城中的江南提督满人双福留守协防，但是太平军的逼近使二人恐慌怯战，双福采取的防守方针仅仅是烧毁城外店铺房宅，并且紧闭城门。在城外驻防的军兵也被召回城内，在他们的坚持下，清廷援军的先锋部队也进入了城内。就这样，双福把武昌城闭锁得严严实实，就连几天后向荣的大部援军抵达时，都无法与城内取得联络。
对武昌城的攻略于12月23日正式打响，到25日，由罗大纲率领的太平军不断地发起一波又一波的攻势。由岳州退守而来的清军先锋常禄和王锦绣部每次都对攻城的太平军造成重大损失，并将其击退，但是巡抚常大淳拒绝他们出城追击败军的请求。太平军方面意识到直接攻城伤损巨大，便决定尝试爆破城墙。令他们倍感意外的是，武昌城郊的居民积极主动地向挖掘地道的太平军介绍城防规划，还指导他们挖掘。这是因为他们对常大淳和双福之前烧毁了他们的店铺房屋感到愤怒不满。
向荣带领援军主力于12月24日抵达武昌城外，但是除了张国梁的部队与太平军的几场小规模接触战，他的部队并没有参加武昌保卫战。向荣一次次地冲到可与城墙相望相闻的地方，试图与城中的清军取得联系，但是风声鹤唳的常大淳与双福都对他们置若罔闻，不予回应。即便是在这样的情况下，仍然有大量清军赶来援救。随着清军人数的增加，太平军将几乎所有驻扎在汉阳的部队都调入战场，决心在天王洪秀全四十岁生日之前攻克武昌。
战斗的转机出现在1853年1月12日（咸丰二年腊月初四），太平军的掘道爆破使得文昌门附近的城墙坍塌，出现了长约九十米的破口。五十名太平军童子兵高举起义旗帜，率先从破口涌入，紧随其后的是翼王石达开的部队。其他的太平军则以云梯登城。太平军涌入城中，高喊“杀妖”口号，守军则慌忙撤退。东王杨秀清告诫全军，“官兵勿留，百姓勿伤”，因此太平军扫荡街道，杀死每一个被发现的清军士兵，也有一些贸然离家的市民被误认作清军而被杀。太平军还占领了衙门，杀尽所有官吏，释放了所有在押囚犯。夜幕降临之时，太平军在将近二十天的攻势之后终于完全占领了武昌城。向荣率领的援军一直驻扎在城郊，从未参与战斗。
常大淳和双福均身殁是役，所有文武职役也全部殉难。前来支援的清军士兵和雇佣军有近九成被击杀，本地兵丁则大多投降。至于民众，据资料记载，约有八千人被杀，十万人自杀。（城破之后居民大量自杀，尤其是妇女因畏惧被匪徒欺侮而自杀守节的现象，在中国战争史上屡见不鲜。许多史家将自杀和被屠杀的受难者笼统合并，记为民众伤亡。这种错误的计算方法可以解释太平军占领一些城市后民众伤亡数字奇高的现象。）
次日（咸丰二年腊月初五、太平天国二年腊月初十），太平军全军隆重庆贺三喜临门：天王洪秀全的四十岁生日，金田起义两周年，以及他们首次取得具有标志性意义的重大胜利——占领省府城市。在之后的岁月里，每年庆祝金田起义和天王寿辰，成为相当于太平天国国庆的重要节日。
太平军治下的武昌
占领武昌后，太平军恢复了城市秩序，并清扫了街道上的尸骸之后，天王率领其他诸王于1月17日将指挥所从汉阳搬来武昌，诸王各自占据一个衙门办公。他们发布布告，敦促民众信拜上帝，还在街道上建立圣库，收受民人钱财贡物。许多私人史料都一致地记载，这一时期的太平军和起义之初一样，纪律严明。通奸和强奸更是被明令禁止，违反者将被斩首。但是也有一些无赖盗匪趁火打劫，他们趁城防刚破那几日的混乱时机，假扮太平军在全城范围内肆意劫掠、强夺，无恶不作。当地百姓都叫他们“土皇上”。
太平军最重要的任务自然是收集物资。据史料记载，太平军从对全城搜查以及民众的捐献中收获白银数百万锭，仅从各衙门收缴的白银就有一百六十万锭。所有款项均被收入圣库。除此之外，他们还派出了分遣队，前往附近的两处地方征收军粮。这一时期，太平军中原来依圣经对偷窃行为做出的严格定义被放宽，将为革命运动按令收缴的行为排除在外。
随着占领全国的最高使命逐步变得现实而可行，太平军对另一项政策进行了微调，即引入了募兵制。据资料显示，太平军的总兵力此时约为十万余人，但是这一数字中包括女性（具体而言，其中包括至少两万名两广男兵，一万广西女员，两湖地区男女兵丁共四万人，还有一万水军男兵）。显然，太平军需要更多的部队，于是他们在武昌征募了几乎所有没有逃亡的民众，男人被分配了不同的职阶，妇女则被编入女营。太平军用孟子“溥天之下，莫非王土，率土之滨，莫非王臣”之言，为自己的募兵正名。这一小步的调整使得太平军逐渐开始转向主张，所有被他们占领的城市或地区的土地、民众、钱财以及物资全部归属于天上天父与地上天王的王国。无论对错与否，太平军确实认为有必要实行这些政策，只有这样才能完成他们为中国带来和平繁荣的伟大目标，也只有到那个时候，才有可能取消这些战时的临时政策。
太平军对未来的构想，现在已经缓慢地开始成形。例证之一就是他们在武昌建立了很多影响深远的新型社会组织，其中包括“能人馆”（协助并医治病患）、残疾人保障机构、“妇女馆”（安置女营中的非战斗人员）、“老人馆”（照料年老者）、“文学馆”（安置学子）以及“童子馆”（收录男童，后编成童子兵）。自此之后，太平军在所到之处均会建立这些组织，安置兵丁以及民众。
太平军与之前一样，在武昌也举行了全军规模的宗教训导活动。他们在一处广场建立了巨大的平台，用于对全体民众宣传教义。但是，这种面对大众的福音传导，并不仅仅局限于对太平军宗教信仰的宣传，还包括对政治革命基本原则的阐释，这些都被太平军称作“讲道理”。
武昌城外，新被任命为湖北提督的向荣虽然对掉队的太平军接连取得了军事上的小胜，但是自己一方也有两百雇佣兵投降“匪逆”：他们在行军至武昌的途中恶行累累，便以这样的方式逃避向荣可能对他们采取的惩罚措施。这些人中最为凶恶的，便是张国梁手下的旧匪，以及从广东潮州来的雇佣兵。对于后者，曾国藩在他的观察中还特别提到过，说他们大肆烧杀劫掠，奸侮民人，使湖南无辜百姓之间广有流言，说官军行军不像太平军一样对百姓秋毫无犯。
东进的决定
太平军在武昌度过了太平天国的第三个春节（1853年2月3日，咸丰二年腊月二十六），次日，他们用与清军的两场遭遇战中的胜利完成了庆祝活动。虽然有人曾经提出以武昌作为革命根据地以及将来太平天国的首都，但是随着越来越多的清军不断地向这一区域集结，像永安州时那样的围攻形势风雨欲来，太平军的领袖们心有不甘地意识到，他们必须放弃武昌城。于是，他们一边派兵不断干扰和牵制清军部署，一边用大量部队将战具和补给装运到停泊在江边的船只上，只待万事俱备，拔营出发。但是此时，他们还必须决定，究竟是向北还是向东转移，这是一个已经困扰了他们很久的问题。
有人主张向北急行军，经河南和直隶，沿途收纳忠勇，太平军便有机会直捣黄龙，占领京师，迫使满人逃往内蒙古。而且只要在汉阳和汉口布置较强的守备力量，就可以防止向荣渡过长江，追击北伐的部队。但同时，他们得到情报，大量清军集结在河南境内，阻断了北伐的道路。而太平军的领袖们对新近收编的“兄弟”们的可靠性，以及其他兵士从广西一路战斗至今所剩的战斗力都心存疑惑，因此不愿冒巨大的风险进行北伐。
另一个选择则更为可行。湖北东面便是江南地区，那里人口繁盛，生活富足，以那里为基地，太平军可以轻易地扩大队伍，增强实力，继而占领全国。另外，太平军曾经公开声称，南京（即“小天堂”）即是他们的最终目标。于是，他们下定决心，向东进军。
这一决定可以说是太平天国运动史上最为重大的战略失误。首先，虽然琦善和陈金绶刚被任命为钦差大臣，负责河南防务，但是当时河南全省只有一万多清军，且军纪涣散，不足防备。而那些将来驻防京师的强大的蒙古和满族骑兵，则尚未集结。而这一时刻，像曾国藩的湘军这样由忠于朝廷的乡绅组织的战斗力强大的民兵部队也还未成形，太平军北伐途中不会和他们相遇。其次，太平军士兵多数出身于南方落后地区，单纯不谙世事，富庶的江南地区的声色物欲对他们有着无法抗拒的吸引力。太平军由此产生的士气和军纪上的堕落，最终直接导致了内讧的发生，为太平天国敲响了丧钟。
向东进军
1853年2月8日，太平军的后翼部队在武昌城西郊阻击了向荣的进攻，与此同时，城中的主力部队开始渡江至汉阳，随军带走了所有的食品和军需补给。在所有之前被征募的兵员中，只有九成的男性和一到两成的女性能够随军开拔。这使得很多不幸的太平女兵丢掉了性命，其中有些人甚至宁可溺毙江中，也不愿留在武昌。（在之后的行动中，太平军也抛弃了数量巨大的男女兵丁，清军为他们提供了安全的路线，让他们返回武昌。）次日，天王和其他诸王也在剩余部队的护送下从容不迫地依序渡江。最后，尾队的士兵在撤退完毕后，放火烧毁了渡江的浮桥。
子夜，大股野蛮的清军冲入空城，劫夺奸侮民人，放火烧毁房屋。从各种意义上讲，他们对百姓造成的苦难和伤害都远远超过太平军。向荣花了相当长的时间，才重新集结起部队，并开始追击敌军。
与此同时，现在规模已经超过五十万人的太平军全军，通过水陆两路，悄然镇静地向南京进发。胡以晄、李开芳和林凤祥的部队沿长江北岸前进，分配给他们的任务，可能是防止清军从陆上对太平水军发起进攻。其余的部队则分别乘两万余艘船艇顺流而下，天王的船船艏装饰着龙头，船尾装饰着龙尾，气势不凡。船上除了天王洪秀全本人，还有其他诸王、他们的家眷以及像秦日纲和罗大纲这样的重要将领。
他们与清军唯一一次较为激烈的对抗，是在出发五日后的子夜，地点是在靠近湖北边界的一处叫作老鼠峡的战略要冲。此前一个月，钦差大臣、两江总督陆建瀛在这里派驻了一队清军，以防备太平军。此时，翼王石达开指挥的先锋部队来到这里，他们趁这三千清军熟睡而没有防备时，将其全部歼灭。负责指挥的寿春总兵满人恩长虽独身幸免，但随后也蒙羞自沉。战报传来之时，陆建瀛正带领着两千士兵沿江而上，赶往老鼠峡。他的士兵听到这个消息后，马上恐慌溃散，陆建瀛本人此时见到太平军的舰队，以及船上数以千计遮天蔽日的各色旗帜，也立刻放弃了自己的旗舰，乘小船与随从数人逃命去了。
翼王石达开的部队于2月18日清晨逐渐逼近江西省九江县，本来驻防在这里的八百清军以及城中百姓已经闻讯溃散逃亡。石达开仅派了五名童子兵上岸，便占领了这座空城。在接下来的两天内，太平军在城内搜集财物细软以及货物补给，之后离开九江，继续行军。
从九江离开时，太平军不仅在长江北岸分有兵力，在南岸也部署部队同时推进，因此在防备从江岸发动的突袭上更加严密，但与此同时，他们的后方却缺乏相应的防卫。未在九江留守一支时刻观察向荣动向的后翼机动部队，是他们犯下的又一个重大战略失误，这使向荣有机会能够紧紧地跟在他们后面，在他们抵达南京之前不断地进行骚扰。
从九江出发三天后，太平军的先锋到达小孤山，而小孤山是安徽省府安庆的门户所在。而驻防的安徽按察使张熙宇及其清军小队望风而逃，石达开便留下一股太平军占领并防卫小孤山，自己率军继续向安庆进军。安庆坐落在长江的北岸，就一省之都而言，城池略小，城墙也显得低矮单薄。通常驻扎在这里的隶属于安徽省的部队，是一支约一万人的正规军，现在则因为紧急派遣协防他省，驻军只剩下两千人，统率他们的两位将领也懦弱无能。不久前，清廷也曾调令附近省府兵力驰援安庆，但援军迁延不至，进士出身的安徽巡抚蒋文庆只能孤军面对不断逼近的太平军。而辖制安徽的钦差大臣陆建瀛的抵达，为蒋文庆带来了些许希望，他拼命地向陆建瀛求援，而后者却说“贼势浩大，万不可敌”，然后继续向南京方向撤退。
可怜的老巡抚无助地看着大批百姓前往乡下逃难，而自己与这座孤城的命运却风雨飘摇。就连布政使李本仁也借护送粮饷军械之故，转移至北面的庐州（今合肥），迅速撤离了安庆。李本仁在途中遭遇了前往安庆的一队太平军步兵，他随即悉数放弃物资，径自逃命去了。
2月24日上午，几艘船载着百余人的太平军先锋队，出现在远方的江面上。当时，蒋文庆正在城墙上观察情况。他忽然意识到城池已经无兵可守，便踱着悲怆的步伐，慢慢地走回自己的衙门，等待城池的陷落。是日午夜之前，城墙的西南角受炮击而崩毁。蒋文庆做出了他最后的英勇反击。他召集亲兵出署，前往西辕门，在那里被涌入安庆的太平军击杀。同时，城内府县衙役均四散逃逸，只有十四名低阶小吏英勇殉亡。
安庆是太平军攻陷的第二座省府城市，从安庆各府衙中，太平军共收缴了白银三十万两、大炮百余门、军粮补给无数。清缴之后，太平军留下了数百人的守备力量，其余兵力在四日后乘船向南京开进。
此时乡间盛传太平军所向披靡、无往不利的流言。所以，当太平军在安徽境内行军之际，各地百姓乃至一些乡绅都前来劳军，他们为太平军提供了人口户籍资料、大量粮饷军资以及其他能为太平军提供帮助的物资。他们的动机可能既有爱国主义，也有机会主义的因素，但是无论如何，太平军在安徽时力量再度壮大，当时已经有了约七十五万的总兵力。
翼王石达开的部队刚过芜湖，就在东梁山取得了一场军事上的胜利。驻扎在东梁山的有当地原有的一些舰船，和一支由福山镇总兵陈胜元统领的六百人的部队，这些兵力都是钦差陆建瀛在撤退回南京后派来驻防的。当太平军接近时，驻防部队均望风而逃，撤回南京，只有陈胜元以及一小股士兵坚守阵地。太平军发现清军缺少弹药，因此出奇策：用空船载满泥土杂物，令其顺水驶过清军阵地，而清军便向这些行动缓慢的目标疯狂射击。当清军弹药殆尽时，石达开才命令战船拔锚，顺流而下。此时见太平军声势浩大，清军纷纷逃亡，只留下陈胜元孤军奋战，最终中炮落水。
此后直至兵临南京城下，太平军都没有受到任何清军的骚扰，他们于3月6日至9日一拨拨地涌入南京西南城郊。在经过历时两年、长达四千余里的长途跋涉之后，金田镇的拜上帝会教徒们终于抵达了他们的“小天堂”。
关于这次向南京的战略转移，还有两件事值得提及。其一，有一座县城，太平军路过时发现其并无城防，也并未骚扰此城，反而对其多有照顾。这座县城的名字就是“太平”（今安徽当涂）。另一件事便是天地会在长江流域为响应太平军而发动的起义。他们对太平天国革命运动的贡献，似乎可以归结为他们在关键节点上为太平军提供了额外的战斗力；但是，他们的很多檄文却与太平军的檄文布告混淆在一起，被误认为是他们对太平天国运动做出的贡献。