江苏省的省府南京是一座坐落在长江东南岸的超大型城市，其城垣高耸，有超过一万五千个城垛，守卫着它的十座城门以及绵延九十六里的城墙。此时南京城的防卫任务由两江总督陆建瀛和江南提督满人福珠洪阿负责，他们总共统领超过三万的正规清军。不过，其中大部分兵力已经被分派外地协防。尤其是在2月上旬，陆建瀛曾率领三千人往长江上游巡弋，却在九江下游溃败覆灭，只有陆建瀛本人及七个亲兵逃亡回来。现在所剩的城防兵力已经锐减到四千八百人。3月，当太平军兵临城下之时，只有一千八百人的正规清军在总兵程三光的指挥下保卫南京。
形势严峻，江宁将军祥厚从驻扎在明故宫，此时尚在城中的八旗兵中抽调四千人，协助全城防务。江宁布政使祁宿藻也迅速整编了一支民兵队伍，他募集了八千名雇佣兵，并委任治所也在南京城内的上元县令刘同缨，召城中生员统领他们。虽然他们招募的雇佣兵人数很多，但是刘同缨很快就意识到，这些人都是一无可取的恶棍无赖，而生员们则毫无军事才干。于是他又遴选征召了五百佣兵，并且释放了一些死囚，要他们在战场上组织领导这些佣兵。这支由刘同缨用非常手段组织起来的队伍英勇奋战，直到最后一人。
防卫力量的不足还不是南京城防最薄弱的环节，最脆弱的环节恰恰是两位负责防务的长官：陆建瀛和福珠洪阿。陆建瀛传统文人出身，为官圆滑取巧，这种官僚在清朝并不鲜见。他之前奉命修复黄河上一处溃损的堤坝，日久不能成功，便找了个塞责跳脱的机会，请命协防以解长沙之围。他这种表面上的爱国情操和无畏精神，给他带来的是钦差大臣和两江总督的头衔。但是，在危难时刻主动请缨如此艰巨的任务，陆建瀛的这个如意算盘很明显地落了空。先前在长江上游的那次溃败带来的冲击，使他不谙军务的弱点暴露无遗，陆建瀛因此羞愤失意，把自己关在衙门中，不见任何人，也不处理任何公务。虽然江宁将军祥厚、布政使祁宿藻以及其他同僚尽力劝慰，他始终拒绝再前往前线。他自然因此遭到了弹劾，但是在调他回京问罪的圣旨到来之前，太平军便开始了对南京的攻略，因此陆建瀛在城池蒙辱沦陷时，仍然主持着南京的防务。
在陆建瀛之下主持防务的是江南提督福珠洪阿，他在军事上和陆建瀛一样无能。当时，福珠洪阿率领五百军纪涣散的鸦片兵，驻扎在城南的雨花台山上，太平军刚一出现，他们就丢弃阵地，望风而逃，撤回城内。而且，福珠洪阿居然置之前运往雨花台山阵地的火炮、军械及弹药于不顾。太平军不久之后就发现了清军给他们留下的意外之喜。
攻城十三日
南京城被一拨拨到来的太平军重重包围，就像浪潮中的一块石头，随时都会倾没。黄生才带领的圣兵在3月4日占领芜湖后，沿长江南岸逐渐逼近，并于3月6日晚首先抵达战场。紧随其后的是无数的太平军兵，几日后，李开芳的部队占领了雨花台山。在南京城南门，还曾发生过一些运米人自发的抵抗活动，当时数千运米人持棍棒器械，防备抢劫，他们中的一些人跑到城墙脚下，疯狂喊叫请求弹药支援。祁宿藻及其部下以及八旗官兵本欲施救，但陆建瀛疑其有诈，反而命令官兵向这些倒霉的求救者开炮，将其驱散。陆建瀛无情又愚蠢的命令，让本就染病的祁宿藻倍感震惊，他愤懑吐血，不久就死去了。
长江南岸的太平军一边等待着水军的到来，一边开始用福珠洪阿丢弃在雨花台山上的大炮和弹药轰炸城墙。另外，太平军还派出许多由二三十人组成的小队，不断骚扰各个城门的守军，与此同时，他们还在各处建设了二十四座供驻扎用的军营。在江北徒步行军的太平军部队，可能于3月12日占领了长江北岸的浦口港；同一日，太平军的水路舰队驶入战区，停泊在城北的江边。当时正在南京城的知名学者汪士铎如此形容太平军的威势：
无邪术，无奇谋，无大方略，只勇而众尔。然其勇尤可，其众难敌也。破江宁日，口称二百万，七八十万人足数也。虽皆乌合，然我无大胜仗不能丧其胆、折其党。故，或登三山门望之，自城外至江东门，一望无际，横广十余里，直望无际，皆红头人。虽知其皆胁从，然以悍贼夹其中，胁制之，使不乱行，故既众且整。吾人望之夺气。
太平军现在已经将全军都部署在南京城郊，于是便开始正式向南京城发起进攻。作为准备工作，他们在顺长江而下的行军途中，让新加入运动的兄弟姊妹削尖竹竿的两头，现在他们把竹竿散布在城门之外。在城内，祥厚紧张地关注着太平军驻扎的情势，并派遣了更多的八旗兵前往外城城墙，以为防备。陆建瀛则疯狂地不断遣使各处，请求救援。但是他们一去便都没了音讯。
攻陷南京
由于攻陷南京的主要史实在诸多可靠的文献中均有记载，在这里，相对于历史性的描述，我们就更多地侧重整个事件的故事性。太平军攻略南京的总体方略与他们占领武昌时如出一辙，即通过爆破城墙的方式达到攻占的目的。在湖南加入运动的那些矿工夜以继日地挖掘地道，从南京城的西北郊外，一直挖到了仪凤门附近的西北城墙根。3月18日，负责指挥挖掘任务的林凤祥报告地道竣工。当天夜晚，城墙上的守军便惊讶地发现，有数百太平军骑兵从南面沿西城墙袭来，手持火把，火光冲天。清军涌向西城墙，向他们开火，后来才发现那些中弹坠马的不过是伪装成太平军士兵的纸糊的假人。见到转移清军注意力的计策已奏效，太平军大喜过望，于是在1853年3月19日（咸丰三年二月初十）的拂晓，引爆了城北三处地道中的炸药。
然而，只有仪凤门附近的两处地道中的炸药按时起爆，第三处的爆炸时间因不明原因拖后了，悲惨的是爆炸最终发生的时候，正是第一拨进攻的太平军士兵抵达的时刻。千余名太平军士兵被炸死，后继的士兵不得不爬过他们的尸体冲进城中。不过城墙终究还是被破坏了。清军总兵程三光和沈鼐试图击退从两处缺口涌入的太平军，但是双双战死。许多民众也涌上街道，用自制的简易武器帮助八旗兵反击进攻者。最后，刘同缨带着他的特编部队赶到战场，他们成功地阻止了太平军的进攻，并填塞了城墙上的缺口。
从各个方面而言，太平军的攻势都被挫败了。但是城中却发生了一件事，使得整个战局出乎意料地发生了反转。最先冲入城中的一股太平军遭遇了一辇有许多亲兵护卫的轿子。亲兵和轿夫立刻就四散逃命去了，太平军冲到轿前，见其中坐着一个“妖魔”，就把他给杀死了。他们不知道这个人就是“妖魔头子”陆建瀛，当时他刚刚和驻防的将军们开完紧急会议，正在返回衙门的途中。他的两名侍从，一人与陆建瀛一同被杀，另一人则逃过一劫，之后还埋葬了陆建瀛的尸首。但是让这件事产生实际重大影响的是那些恐慌错乱的亲兵，他们逃到城中各处，不知道太平军已经败退，却四处宣扬总督被杀、城池已经陷落的消息。谣言使得城防陷入了混乱，驻防南门和西门的官兵纷纷离开职守，无一人继续留守。太平军一发现这种情况，便令数千人用云梯登上南城墙，并跑到西面，打开各处城门，放其他的太平军进入南京城。
太平军突如其来的好运，还要得益于此时出现策应的第五股力量，他们是约三千名“和尚”。这些人其实是太平军圣兵伪装而成的和尚与道士，在太平军刚从武昌出发时，就以避难之名逃入南京。进入南京城后，他们两三百人为一伙，分别借居在各大寺院，只待时机成熟，以为内应。在太平军攻城的十三天中，他们趁夜进行了很多秘密的破坏活动，包括骚扰清军士兵，以及在民众中散布谣言等。他们最重要的贡献是在被清军放弃的城门附近点燃民房，这是之前定好的信号，告诉外面的太平军该处无人守备。
在所有被太平军所杀的大小官吏中，刘同缨的英勇就义值得特别地着墨。在外城沦陷后，刘愤懑地杀死了自己的两个小妾，他换上全套的官服，端坐在自己衙门的大堂上，在纸上用红笔写下了这样的话：“示来贼！毋害我百姓，愿以身代。”太平军发现这张纸条被贴在大门上，一致认为不应该伤害这样一位好官。于是，刘同缨被太平军从衙门中押解转移，途中挣脱，投水自尽。刘同缨忠义尽职，深受百姓爱戴，如此壮烈的牺牲是这样一位官吏唯一的选择。
次日，即1853年3月20日清晨，剩下的太平军进驻南京外城，并向仍然为清军所坚守的皇城逼近。驻守在南京外城东门和北门的清军听说西门和南门已然易主，不是自行解散，就是弃械投降。雇佣军也都四散，而八旗兵则退守在紧闭的皇城宫门之后。太平军就这样完全占领了外城。
南京皇城（有时也称满城）本来是之前明朝定都南京时建的内城。此时大约四千八旗军和绿营军以及他们的家眷，在旧宫高耸的城墙与城门之后忐忑不安地等待着，江宁将军祥厚掂量着自己手下的五千残兵，以及在城外不断集结的不计其数而声势正旺的太平军，于是向全军下达了战斗的命令。
战斗开始了，无数的太平军像潮水一样从四面八方冲击皇城的每一座城门，数以百计的太平军倒在城墙之下，后面的人就跨过他们的尸体，前赴后继，不断冲锋，决心不惜一切代价占领皇城。汹涌的潮水最终淹没了清军的守备，太平军攻入了皇城，成为南京城新的主人。祥厚和其他二十余位满族将领战殁于是役（福珠洪阿于前一日战死于外城）。因皇城内秩序混乱，也是出于对之前残酷战斗的报复，太平军在内城开始了血腥的大屠杀，只有数百人侥幸逃到外城，幸免于难。数百满族女人被太平军包围，驱赶至城外，然后在那里被烧死、刺死或淹死。根据曾国藩事后的调查，在这次针对八旗军的屠杀中，至少有三千人被杀，这在太平天国运动史上是绝无仅有的。
对南京的占领
占领南京和占领武昌有很多相仿之处。和占领武昌时一样，东王杨秀清曾颁布告示以安民心，并且还有告示非常详尽地指出：“天王承天父天兄之命，乃理世人，人人要认识天父，归顺天王，同打江山，共享天福。”在各衙门以及官邸外墙上张贴的标语，也都表露着太平军不曾懈怠的宗教热情，这些标语写道“人人拜上帝，个个上天堂，快来快来拜上帝”等。
圣兵们还冲入各衙门释放囚犯，收缴钱财米粮，并焚毁官方档案卷宗。此后，他们还挨家挨户地搜索逃亡的清军士兵，据可靠资料显示，这种搜索基本上是以和平有礼的方式完成的。虽然有些资料否认其中有抢劫的事件发生，但显然确实有新收编的纪律松散的太平军士兵有偷窃的行为。与在武昌时一样，对于“自愿”向圣库捐赠钱财的人，太平军都发予正式的收据；至于食品和其他补给，则完全靠征缴。
所有官方和个人资料都一致认为，太平军在南京仍然保持了他们严苛的道德准则，尤其是在对待通奸和强奸方面。有触犯者即被当场斩首。他们还严格地禁止对一般民众的肆意屠杀，虽然偶有在巷战时期违反军事禁令擅离宅所的民众被误杀的情况，也有女性鲁莽自杀的情况发生。吸食鸦片也是绝对禁止的，实际上，只要是吸食鸦片的人，一旦被发现，都会被处决。
太平军在南京进行了比在武昌时范围更广的征募活动。所有被征募的男兵都配发标识，并按年龄分组，二十岁至五十岁之间的（被称为“牌面”）被编配到各军事作战单位，或者去从事重体力劳动；二十岁以下或五十岁以上者（被称为“牌尾”）则被安排做他们力所能及的稍微轻松一些的工作。那些过于年老或者年幼，难于从事任何劳动的人都被编入“老人馆”加以照料，并安排他们做一些诸如清扫街道、捡拾废纸等次要工作。（后来人们发现，汪士铎、梅曾亮、包世臣、魏源等名士在逃出南京之前，都曾被编入老人馆。）对于有特殊才能或技术知识的人，都在政府或者军队中给他们安排相应的工作，精通读写的人则被分配到各级军官处做文书参谋。太平军官大多目不识丁，迫切需要这些人来帮助自己起草报告、命令以及文书，因此对于这些由士人转化身份而来的书记官们都极为尊重，给予他们特殊待遇，允许他们着民众常服，并免除他们的兵役。这些书记官通常被称作“先生”，与他们帮助的军官同席同食，比起助手或书记而言，更像是贵客甚至是老师。太平军对文士的这种敬重，大致上可以用来解释在旷日持久的内战中知识分子极少蒙难的现象。二十岁以下的征募兵士也被分配到各种岗位上，一些小童被军官选走帮办杂事，传达命令，有些人甚至被收为养子；一些天赋异禀的儿童还被送到了新设的“育才馆”。除此之外，大部分年龄较大的儿童则被编为童子兵，参加作训，时刻准备参与战斗。童子军不久就会成为太平军中作战最为勇猛的部队，也为太平天国运动贡献了大量的将才。
女馆
太平军在武昌时就设想并试验性地设立了一个针对全体女性，而不是像女营那样仅仅针对官兵女眷的机构。在南京，他们设立了“女馆”，这一机构虽然存在的时间相对短暂，却更好地实践了他们的构想。天王任命年届半百的蒙得恩为春官又正丞相，与其他几名男性官员负责女馆事务。其他的职位均依照太平军阶系统设置，并由女性担任。四十八个军各有一名女军帅，每人统领二十五名卒长和两百名两司马，但实际上，女馆中的每一个军只有官兵共两千六百二十五人（规模相当于通常太平军的一个师）。
女馆中的每个人都必须参加劳动。有一些比较幸运的人被选为天王以及其他诸王的宫廷随侍；擅长刺绣或者缝纫者则被转编到绣锦营，负责制作太平军的旗帜；但是绝大多数的女性都从事运送粮煤建材、挖掘沟渠、砍伐树木以及削尖竹竿之类的工作。这些工作对于身型娇小的江苏妇女无疑过于繁重，难以承受，然而那些体魄强健的广西客家女性以及之后招收的汉族女兵，即所谓的“老姐妹”，毫不留情地催促甚至鞭打这些“新姐妹”，强迫她们从事这样的劳动。让那些裹小脚的江苏女人尤其难以接受的是，那些客家女人冷漠无情地要求她们解开裹上的小脚，然后去完成她们的定额工作，虽然这对客家女人来说并不觉得有什么奇怪。
对于“新姐妹”的残酷对待，在女馆内外都给人们带来了相当大的痛苦，但这似乎不足以与实施性别隔离政策所造成的痛苦相比。在新募士兵看来，这一政策罪恶地撕裂了他们的家庭，在他们眼里，这一政策可能带来的任何好处，例如防止女性被骚扰侵害等，都被太平军苛政对他们产生的骚扰所抵消了。太平军规定男性每周只能与女眷相见一次，而这次见面还必须有女官陪同；任何出现在女性集体宿舍那几幢连体大房附近的男性，都会被直接处决。
女馆在两年之后就被迫关闭了，这并不是因为众人的抵触，而是因为粮食的匮乏。1853年，女馆中共收有十四万妇女和五千名女官，她们每个人每日都能分得一定配额的粮食。随着军中的储粮逐渐减少，粮食的配额也相应地不断减少，直到日给不足糊口，于是便被迫释放一些女性出馆。女馆机构于1855年春正式被裁撤，其中的“老姐妹”各自归家，还在馆中的“新姐妹”则被分予有功的军官为妻。有资料显示，虽然女馆在南京失败了，但在随后的几年中，太平天国在治下的其他几座城市也建立了类似的机构。
逃亡通道
民众对于太平军的征募也并不都采取默许的态度，而一些热心又有一定影响力的好心人想尽办法建立了一些途径，帮助民众逃脱军事或者劳动义务。在他们的努力下，越来越多的人从城中逃亡出来。
其中之一便是吴复诚。他是一名汉口丝绸商人，在城陷时被困南京。他和广东人叶秉权设计说服丞相钟芳礼设立织营，生产织物，以此为圣库创收。东王杨秀清对这一计划非常支持，允许他们开设工厂，并招收所需的员工。以五名值得信赖的南京本地人为帮办，由钟芳礼为担保人，他们最终帮助约两千人逃过了兵役和劳役，同时为太平天国制造了许多精美的丝织品。鉴于这第一次的成功经验，吴复诚和钟芳礼还提议建立了其他一些部门，生产香粉、刺绣等小型奢侈品。这些尝试也都很成功，这使他们得到了诸王的信赖和赏识，并且得到特许，可以自由地进出南京城。有很多人扮作他们的随从偷渡出城，而重获自由。他们的第三个计划便是提议建立一个新的部门，负责以小船在乡间水道收集木柴。这个计划也得到了批准，并成为数千妇女儿童的逃亡通道。
在钟芳礼暗地帮助平民逃亡的同时，另一位太平天国的高官巡查周才太也建立了许多机构，缓解了民众的压力。他之所以采取这样的行动，是因为有一次他偶然看见一位老翁弯着腰，做着重体力劳动。而周才太本人原来本是个长沙的讼棍，眼前这位老翁让他猛然想到多年前在一个久拖未决的案件中对他网开一面的知府。为了报答他的恩人以及关照其他老人，周才太设立了“老民馆”。随后，他还建立了“能人馆”、保障各类残疾人生活的“残废馆”、负责将城内的尸体搬运至郊外掩埋的女兵组织“掩埋馆”，还成立了数个由年轻人组成的消防队“水龙馆”。在周才太出于人道精神所做的努力之下，约有超过三千人通过不同的方式得到了帮助。
定都天京
在占领南京两天后，天王洪秀全、东王杨秀清以及其他的高层领导一致决定，将南京定为太平天国的首都，但在这之前，他们不得不对另外一个至关重要的问题做出决定。当时他们原本的计划是直接北上袭取河南，同时派军驻守江南诸省。但是在南京，负责太平舰队的指挥官唐正财亲自向杨秀清表达了自己对河南的看法，他说，河南水道狭窄，食给不足，如果军队在那里被围受困，则很难解救。他还提醒杨秀清，太平军之所以能够占领江南，就是因为他们可以利用长江宽阔的战略性水道，使千万舰艇顺流而下。杨秀清认真听取了他的意见，深为唐正财的口才所打动，觉得南京城墙高耸易于防守，人口稠密又经济富庶。因此他们很快就做出了决定：将南京定为太平天国的首都，称为“天京”。
呤唎对定都天京的决定曾提出尖锐的批评：
到此时为止，占领南京是一个对太平天国命运产生最为致命影响的错误。任何暴动，若要成功，就绝不能放弃它的进攻性。除非暴动拥有一套完美的组织结构，否则一旦它迁顾于防守，它的力量便会开始衰退。革命要取得胜利的最基本条件，便是它令人猝不及防的行动；一旦忘却了这一点，既有组织便可以团结力量，逐渐在对抗中取得优势。
定都南京、开始守成的天王犯下了一个致命的错误，这个错误最终导致了整个帝国的失败。转成防守的举措为他的对手赢得了时间，重整旗鼓，恢复镇定，并重新集结力量。如果不是这样的话，他毫无疑问地可以剑指北京，那里是他这场革命的最终目标。而且他将所向披靡，占领清朝的首都，结束满人的统治，赢取在整个中国的胜利。随后几年的事实也证明，虽然他们在此放弃了原有的优势，但仍然可以防御和化解清军的攻势，而且要不是英国的介入，他们甚至仍然可以彻底将清军击溃。这也证明，如果他们抓紧优势，就会出现大好局面。
呤唎将太平天国运动的最终失败归结于1853年定都南京，只算是说对了一半。其实，太平军之后还错误地估计了北伐的战略重要性，这是一个更为重大的战略错误（详见第八章）。但是，定都南京的重要决定已然做出，诸王便逐个进入南京城，为天王洪秀全入主南京做准备工作。
3月29日清晨，所有大小官吏以及十万余圣兵集结在江边，迎接天王入城。洪秀全身着绣有九条龙的黄袍，脚踏龙靴，从他的龙船上走下。当他坐上由黄缎覆盖，顶部绣有五鹤朝天这种皇家标志的龙辇的时候，所有人下跪向他们的天王行礼。随后，无数圣兵迈着缓慢而坚定的步伐，作为队伍的前锋，徒步走进南京城。随后是一排排骑在马上的官吏，再之后是另外的三位王，他们各乘着顶部绣有一只白鹤的轿子，在他们之后的是诸王的妻子女眷，各有侍从牵马引导。皇室的轿辇在队伍的中部：先是有数百人的卫队，他们身着华丽的制服，持各色彩旗，然后是锣鼓乐队，其后是骑马的幼天王，相隔不远处是新出生的二皇子，被奶妈怀抱着前行。最后才是天王自己的轿子。他的黄色大轿由十六名身着黄马褂、戴黄帽的轿夫抬着，三十六名女侍从手撑日照伞紧随其后。队伍的最后是无数的圣兵。这一队伍浩浩荡荡，用了几乎一整天的时间才全部进入南京城，而这也宣示着他们成功入主了“小天堂”。
首都的防御计划
为了先一步从东面或北面向清军发起突然袭击，在攻占南京仅仅一周之后，太平军就派出了两支部队，一支向东移动，攻略浙江，另一支则渡过长江，向北占领对岸的一些小城市。东路方面的行动，由新晋升为指挥的罗大纲和广东时期加入运动的将军吴如孝负责。他们统兵约两万，乘数百艘战船到达镇江。镇江应有一千二百名八旗兵和八百名绿营兵防守，但是当太平军不断靠近的时候，满族守将和官吏弃城逃走，八旗军兵也四散逃亡。太平军仅和由上海派来协防的一支小舰队稍做接触，对方即撤退而去。而镇江约九成居民亦逃亡避难。3月31日，罗大纲和吴如孝便率全军进入镇江，毫发无伤地占领了这座城市。
根据在天京制定的计划，这支部队在占领镇江后，应该继续向东取苏州、常州，并最终到达上海，那里的天地会也正在准备起义，将里应外合地帮助太平军占领该城。但是正当罗、吴二人准备离开镇江的时候，他们收到天京来的紧急命令，要求他们的大部队迅速返回天京。因为当时，向荣已经率追兵抵达，威胁天京的城防。东征的计划于是被迫无限期地搁置了，而这一变化也使得上海天地会的起义失败。太平军在镇江留下约三千人防守之后，剩下的部队全部折返。
与此同时，北伐军在丞相李开芳、丞相林凤祥和指挥曾立昌的指挥下，渡江至浦口，占江浦，然后登岸转而向东，占领仪征。至4月1日，太平军与扬州府当地书画商人达成一个奇怪的契约，以和平的方式占领了扬州。
这段奇事大略是这样的。起初，一个出身扬州的李姓太平军间谍进入扬州府城，协商太平军和平进驻该城的事宜。他和江寿民取得了联系，而江寿民是个书画商人和慈善家，在当地官绅中颇有影响。他们于是商定了一项协议，并最终获得当地官僚士绅以及商人的一致同意，扬州与太平军约定：（一）扬州府出四十万两白银犒劳太平军；（二）太平军可过境扬州，不得骚扰城市以及民人；（三）扬州官吏暂避城外，待太平军离开之后方可返回，太平军许可当地官吏事后以溃败匪寇、保卫城池向清廷报功；（四）江寿民留军为质，直到交易完成。这一约定在实际执行上似乎是出乎意料地顺利。官吏依约退出城外，太平军如约进城，江寿民还比约定的数额多为太平军筹集了十万两白银以及大量的粮食补给。江寿民认为万事顺利，不会再有变数，便邀请数千太平军大排筵宴，犒劳他们。
扬州民众也渐觉安全，但是在军中，这种诡异的和平气氛却引发了不安。扬州官府方面，率军驻扎城外的漕运总督杨殿邦见太平军日夜进城，人数有增无减，而且并没有要依约撤退的迹象，便逐渐暗生疑心。太平军方面也开始怀疑，清军不断集结兵力，要围攻扬州城。在这样的氛围下，太平军越来越倾向于相信，这是清军诱他们进城，然后瓮中捉鳖地歼灭他们的诡计。江寿民被鞭打，然后推上城墙，以示太平军已经识破清军的计策。见清军毫无动静，江寿民知道约定的一方或者是双方都出卖了他，于是便自杀了。从那一刻起，清军和城内的百姓就变成了敌人。因为双方已经成了敌人，太平军就关闭了扬州城所有的城门。
除了招募士兵、缴没钱财资重等之前旧有的做法，太平军还在扬州招募了扬州自古闻名的特殊文化从业者——壁画家和书商。他们在太平军中受到了和受招募的士人一样的尊敬，他们对太平天国运动也做出了多种贡献。从此之后，扬州的壁画家为新的宫殿设施绘制水彩画和壁画，其中有些被保存了下来。很多扬州城内颇具名气的艺术品鉴定师，为太平军不断扩充的古艺术品收藏库充当管理人。扬州的书商们本就以刻制木活字而闻名，无数运动宣传单和诸王著作，给他们提供了大量展示卓越技巧的空间。扬州城不仅作为守备要害，战略地位十分突出，还使太平天国运动在文化方面得到提升，而且它附近的区域也为太平军提供了取之不竭的粮食供给，扬州城对运动有着无可比拟的巨大价值。太平天国的首都天京，现在已经处在长江北岸的扬州、仪征、瓜州、浦口和江浦以及南岸的镇江的拱卫之下。
宗教热情
太平军捣毁偶像的活动一直以来未曾停歇，这更加明确地证明了太平天国革命运动与生俱来的宗教特性。太平军所到之处，庙宇道观或被焚毁，或遭拆除；只有汉阳的两座寺院，因被天王和东王当作临时行宫而幸免于难。庙中的造像、贡案等也都被捣毁。江南百姓素来笃信佛祖及诸多神明，当他们看到太平军从南京到镇江，一路铲平所有佛寺、道观和孔庙，其中还包括很多江南古刹，无不恐慌惊诧。建于明初的举世闻名的南京大报恩寺塔，就被太平军放火焚烧（彻底毁坏则是在数年之后）。虽然这些行动主要是出于宗教目的，但是也为他们带来了不小的经济和军事方面的好处。那些庙宇道观的建筑材料都被妥善地拆除下来，其中常有稀缺珍贵的材料，它们都被用于建造新的宫殿。铜铁铸制的造像也都被熔化，重新铸成大炮和钱币。
大多数情况下，佛道僧众（包括尼姑）一听说太平军至，便各自逃命，如果不能逃亡，则伪装成普通百姓以蒙蔽掩藏。还有很多僧侣自愿地参加了太平军。在这种情况下，我们很难像当时一些私家文献那样，将对佛道僧众的肆意残杀和迫害归咎于太平军，尤其是这些文献的作者本身就持有非常偏颇的立场。实际上，在进攻南京之前，太平军的圣兵是通过化妆成逃亡的僧众，才混入南京城作为内应的。
太平军与西方来华的基督徒之间，可以说有一种兄弟情谊，虽然实际上，太平军与他们，尤其是刚刚现身港口城市传教的新教徒们，彼此实质上的联系甚少。天主教徒的组织更为严格，其影响也早就从他们在上海的立足点扩散开来，开始在内陆的主要城市设立教堂。1853年，法国公使蒲步龙(Alphonse de Bourboulon)及一名牧师访问天京，调查有关太平军迫害天主教徒的传闻，这算是太平天国与天主教廷一次早期的正式接触。事实证明，传闻毫无事实根据，但是在离开的时候，蒲步龙一行意识到，太平天国所信仰的基督教属于一种带有非正统元素和军事性的新教分支。虽然信仰不尽相同，但是他们之间真正的摩擦要再过些年才会爆发。
太平天国运动对儒家的反应是双重的，既有抑制镇压的一面，也有认可赞赏的一面。从太平天国运动一开始，太平军就因为四处捣毁孔子牌位和孔庙而广被恶名，而且在他们入驻南京后的第一年中，所有的儒家经典都被彻底查禁。太平军对待儒家的这种无情的态度，主要是由于儒家的祖先和精神崇拜与太平军谨守的一神论之间无法调和的矛盾。但是，出于对世俗宗教的广泛认可，儒家不反对至高帝君的无上性。这就成了二者间的第一个共同点，因为太平军认为基督教的天父便是中国上古的神，甚至为他取了一个儒家的名字“上帝”（或“皇上帝”，实际上是取自郭士立的圣经译本）。另一个非常契合的部分就是儒家的礼法，这套道德系统永恒的价值核心，早就通过梁发的宣传册感染并影响了太平军。
正因为对儒家抱有这种区别性的看法，太平天国设立了删书衙，用他们掌握的最优秀的文士，删去所有儒家经典中有关偶像崇拜、封建迷信的部分，并在所有“上帝”之前添加“皇”字。这是一次试图沟通儒家与基督教教义的具有标志性意义的努力，对所有经典（除《易经》外）花费了很长时间做修改准备。在此期间，依照太平律法第六十二条：“任何敢阅读、学习或者教授妖书（如儒家经典等）的人都要砍头。百姓须耐心等待这些书籍修订、印刷和发行，到那时便可以自由阅读学习。”
天京城内
将南京真正变成太平天国首都的过程历时多年，太平天国也做了多方面的努力。最为显而易见的变化之一就是新皇城的建造。天王洪秀全选择将两江总督府衙门作为他的皇城，命令以府衙为基础，向南扩展并加高围墙。工程持续了多年，建造了很多宏伟辉煌的建筑，其中最为壮丽的就是“荣光大殿”，它的位置在皇城正中，具有天国国家级别的宗教和国务双重职能。后花园的主要景观是汉白玉石舫一座，是南京现存的唯一一处太平天国遗迹。为了彰显国家职能和皇室尊荣，所有的大殿均以黄、红为色，殿内以壁画、水墨画以及其他珍宝为饰，富丽堂皇。
皇城的南端有一座宽阔的广场，可以从“圣天门”经过横跨护城河的三座精美的石桥，或者从北面、西面或东面的三座拱门到达。圣天门内的影壁墙上，精细地雕琢着颜色各不相同的双龙双凤。天王的命令和决断都张贴在这面墙上。广场正中央设有高大宽阔的天台，用于祭拜上帝。天王常在幼天王的陪同下从皇城中出来，在这里敬拜上帝。每逢特殊节礼，天台下面就会站满贵族与臣僚。
与天王一样，其他诸王也都各自占据府衙或大户私宅，进行改造、扩建和重新装修，让这些建筑也都充满宫殿的气息。负责太平天国宫殿营造的巧匠宾福寿本是一名木匠，早在广西时就是拜上帝会的信徒。他用在南京和扬州征募的男女工人作为主要劳力，并从南京及各地遴选技工来完成建造任务。低阶的官吏各自选占合适的民房商铺，圣兵们则在长官官邸附近择余房入住；由于大多数房屋早已清空，所以这些房屋多为官兵随意选择，未经正式征缴调用。
在南京和之后占领的城市中，太平军始终坚持军民之间彻底的区分隔离——百姓住在城郊，而士兵则住在城内。此举的目的在于避免与当地民众产生冲突，并预防间谍渗透。随这种制度而来的，就是城区根本没有任何店铺。但是这至少没有给官吏们带来多少麻烦，他们可以随时前往在城门外特设的“商业街”上选购商品。邻近地区未被征募的百姓大多都是农民，他们把农产品带到市场上，太平军则与他们公平交易。这些市场很快就成了繁荣的商业中心。
比起经济措施，太平天国运动的军事措施更能引起当时外国观察家的注意，他们记录道，所有被太平军占领的城市都变成了城墙高耸的兵营堡垒。太平天国的首都天京更是如此，城内城外都建有绝无仅有的超大规模的防御工事。在城南的雨花台山和钟山，以及东面的龙脖子都布防有大量的部队；城墙里外两面都挖有又宽又深的壕沟，并安插了削尖的竹竿以防止敌人翻越，而太平军则通过吊桥往来上下。数千士兵日夜轮替，在城墙上站岗警戒；城墙上每隔三米就设有草席凉棚，哨兵持鼓而立，随时敲响报警。由装着石块的袋子和提篮堆成的小山，在城墙上到处可见，随时可以砸向袭击城墙的敌人。在城墙内侧的许多地方也设有土堤，上有木制的围栏，下有壕沟，用来防止城墙上的卫兵偷懒怠工或者擅离职守。十座城门各设有两名卫兵，里面还布置了两门大炮。
东王杨秀清作为全军的统帅，全权负责天京的卫戍任务，而北王韦昌辉则实际指挥包括天京、镇江和扬州在内的中央地区的军事行动。韦昌辉将指挥所设置在自己王府对面的一座大宅中，并在其中搭建了一座高达二十一米的瞭望塔，从那里日夜监视城乡。一旦发现清军进攻，瞭望塔就会鸣响号角，警示城墙上的卫兵，然后卫兵再继续敲鼓报警。所有的指挥官则即刻到韦昌辉的指挥所集合待命。韦昌辉通过在瞭望塔上挥舞彩旗来指挥战斗：绿色代表东面，红色代表南面，白色代表西面，黑色代表北面，其他颜色的旗子则代表要采取的不同的行动（例如，黄色旗子代表需要增援，所以依次舞动绿色、黄色、红色旗子的意思就是：东门遭到袭击，派南门的部队前去增援）。
后来，由于外派远征军的增加，天京城防的士兵数量逐渐减少，要应对这种情况，就需要一套更为复杂的卫戍预警系统，即所谓的“九通鼓”。韦昌辉的指挥所敲响第一通鼓时，要全军警戒，准备作战；第二通鼓时，指挥官和战斗部队到指挥所听候命令；第三通鼓时，各部分赴阵地杀敌；第四通鼓时，包括各馆“牌尾”以及文书在内的所有男子都必须前往指挥所报到，准备应战。这第四通鼓表示外城的战斗进展得并不顺利，需要全员参与战斗。第五、第六通鼓敲响的时候，先前来报到的老幼文书等人员也要紧急增援前方战场。第七通鼓响时，战斗情况已经非常危急，所有女人也需要准备应战。第八、第九通鼓响时，妇女也要加入战斗。
这套防御系统行之有效，在此后的十一年中，天京曾三次经历围剿，却固若金汤，直到太平天国溃败的前夕。
江南大营
在太平军离开武昌当日（1853年2月9日）受封钦差大臣的向荣，首先率军出现在天京城外。当时，为了阻滞太平军的东进，向荣迅速地集结了大规模的部队，派遣其中一支小部队驻防武昌，并命令邓绍良前往湖南募集船只，然后带领几位将领，率约两千四百名精兵步行出发，急行军追击太平军。他们的前锋确实在九江追上了太平军，但只能眼睁睁地看着太平军乘船逃走。向荣不得不留在九江等待湖南船只的到来，同时他与江西巡抚张芾商议军粮补给以及多备一千艘船的问题。在此期间，武昌的大部队也已赶到。这支部队是一帮无组织纪律的无赖，向荣费尽辛苦做了筛选，将其中六成就地解散，只剩下一万三千人。
最后，从湖南募集的船只也赶来了，追击的部队迅速地于3月11日继续出发。由于风向不利，船只行进异常缓慢，于是在击败留守的太平军并收复芜湖后，全军登岸步行前往南京。向荣于南京陷落的八天之后，即4月7日到达南京南郊，随即在城南靠近明太祖孝陵的孝陵卫建立了一座防卫坚固的营地，称为“江南大营”。
清军组织过一次对天京城松散的包围攻势，也发起过几次小规模的突袭，而且即便是援军陆续赶到，清军也从没有过足够的人手，能够对守备森严的天京城发动一次总攻。这主要应归咎于向荣的身份，他身为钦差大臣，肩负江西、安徽、浙江及江苏四省军务，需要在如此大面积的战区中根据实际情况的需要部署军队。例如，他曾派邓绍良率近六千人去收复镇江，从军队的规模来看，这是个无法完成的任务。向荣的大营很少有超过一万人的时候，有的时候人数甚至更少。这些士兵的素养又是另外一个问题。大营中最优质的部队是张国梁和他率领的那些投诚的盗匪，他们的确作战勇敢，军阵前也偶有小胜，但是和其他官兵一样，他们大部分时间都在抽鸦片烟、内讧斗殴、赌博、纵欲堕落、敲诈和虐待百姓，可谓无恶不作，更有甚者，还贩卖弹药给敌军。除此之外，这支部队所有的补给都需要从很远的地方运来，有时无法按时运抵。皇帝曾多次下诏申斥向荣不能收复南京，但向荣受到各种掣肘，在今后的几年中，他能够做到的仅仅是保住江南大营，遏制太平天国的发展而已。
江北大营
在向荣到达南京不到十日后的4月16日，钦差大臣琦善、他的代表陈金绶、满族官员胜保和其他一些将领率军抵达了扬州城外，并在那里建立了江北大营，与江南大营遥相呼应。大营最初有北方来的士兵约一万八千人，其中包括四千满族和蒙古骑兵。此后，江北大营不断增加军力，驻留高阶军官，但是很多年间，该营都不曾对天京的太平军造成任何实质的影响。一方面，江北大营的满族指挥官中并没有能干的军事人才，琦善、陈金绶以及他们的参谋绝大部分时候都互相猜忌，彼此诋毁。另外，北方官兵不能适应南方的气候。尤其是骑兵，河流纵横交错的南方地形成为他们施展威力的障碍。最后，他们曾经尝试招募本地兵勇，但这些本地兵勇的素质更差。太平军轻而易举地就击退了江北大营发起的进攻，而当后来骑兵部队追击向北京推进的太平军时，江北大营的攻势便停止了一段时间。
控制长江
此时的太平军拥有船只两万余艘，而清军则无船可用。向荣把清军从九江到芜湖搭乘的船都丢弃了。直到后来，向荣的儿子才在芜湖又组织了一支炮艇舰队，还租到了大约同样数量的小船以及三百名雇佣水手。清廷也最终为琦善支援了七十艘航海用的大船，这些船均在广东制造，装配大炮和枪械后再运来。在和太平军舰船偶尔发生的交锋中，这些巨舰因为装备较为优良，通常可以在交火的时候占据上风，却不像太平军小船那样灵活。实际上，它们唯一的用途就是在要害地方阻塞河流。至于人事方面，负责操控战船的清军自上至下，其腐败与混乱的程度比陆地上的清军部队有过之而无不及。
钱江的传说
钱江是太平天国史上最具争议的人物之一。很多人，尤其是中国南方人认为，从太平军刚刚占领武昌到他因为与其他天国领导人之间政治或个人的分歧离开天京，钱江一直都是太平天国的高层领导人之一。故事的起因是钱江向天王提交了一份非常有见地的报告，天王晋升他为军师，后来还封他为王。虽然在当时天地会内部传阅的名单上，他确实拥有那些头衔，但其他私人或官方的记录却一致认为，他不曾参与太平天国运动，反而是加入了清廷一方，而且是为政府创收获益的厘金制度的创始者。经过对这些资料的仔细研究，笔者在这个问题上的见解如下。
钱江是浙江人，有解元的功名。他因在鸦片战争中在广东领导反英斗争，撰有抗英檄文而被世人知晓。战后，钱江继续鼓动民众反对政府软弱的对外政策，并因此被捕，功名也被剥夺，还被流放到了新疆。后来他遇赦前往北京，因煽动百姓，在京城官场民间都有恶名。有证据表明，在太平军占领汉阳、汉口时，钱江身在北方，这从根本上证明他无法在武昌参加太平天国运动，也基本排除了他向天王提交报告的可能性。
在扬州附近的江北大营设立后，钱江自愿南下，成为江北大营帮办军务大臣雷以诚的幕僚，并马上向他提出三项建议：（一）招募本地百姓，建立独立的军事力量；（二）向本地商贾富家征求军资；（三）制定厘金制度，确保军队的稳定收入。雷以诚接受了他的建议，组织了自己的部队，并委任钱江为使，在扬州附近募集资金。百姓不堪盘剥之苦，雷以诚也很快以图谋不轨之罪将钱江问斩。而实际上，雷以诚只是借机铲除了钱江，动机则是他因酒后的一件小事对钱江产生的难以消解的仇恨。斩首之日是1853年6月下旬的某天，当时钱江成为雷以诚的幕僚仅仅二十余日。
此后又过了一段时间（约一至四个月），雷以诚在扬州及其附近地区颁行厘金制度，所有进出限定区域的货品，均依市价抽取一厘税金，并通过这种方式获得了大量的利润。向荣（以及后来的曾国藩）也迅速采用这种新的方法募集资金，维持自己的部队。第二年，清廷批准了雷以诚的奏折，全面允许地方官员通过厘金制度集敛军资，这成为这种著名恶税漫长历史的开端。具有讽刺意味的是，雷以诚剽窃了钱江的想法而颁行的这种厘金制，钱江本人也是剽窃而来的。实际上，这本是在扬州的湖南人为同乡会募集资金的方式，钱江只不过是将这种方式运用于政府层面，从而形成了厘金的构想，并正式地向雷以诚提出了建议。