赣皖鄂战场
1853年5月中旬，就在北伐军从浦口北上之后不到十天，西征军也登船从天京出发，沿长江顺流而上，攻略西部诸省。全军总指挥翼王石达开虽然暂时留在了天京，但是他的副将兼第一集团军指挥官胡以晄率部前往安徽，第二集团军指挥官赖汉英则率部进入江西，第三集团军即后援军由石贞祥（石达开的从兄）和韦俊（北王韦昌辉的胞弟）指挥，他们暂驻天京，以备不时之需。三个集团军的总兵力约五万人，并有舰船千余艘。第一、第二集团军的出发，标志着长江沿岸十年腥风血雨的正式降临。
胡以晄的第一集团军出发后先经太平府，再取长江南岸的芜湖和池州，于6月10日（咸丰三年五月初四）重新夺回安庆。（同年2月下旬，太平军从安庆往攻南京后，清军随即收复当时的皖府安庆。前广西巡抚周天爵本受命来皖，却因要专务帮助吕贤基及安徽乡勇剿除盗匪而辞命未受，安徽巡抚由李嘉端暂代，他在安庆收复后不久，就将治所转移到庐州。）赖汉英的第二集团军继而从安庆西行入赣。
南昌之战
第二集团军在短暂地占领湖口之后，随即从水路向南进入鄱阳湖，6月24日，全军万余人抵达坐落在鄱阳湖南岸、赣江东岸的江西省府南昌。一路上，远近百姓纷纷送来米、酒、鸡、豚、牛、钱和其他很多日用品，以表示他们对太平军到来的喜悦之情，以及他们对反清革命运动的热忱支持。他们的这种热情在之后三个月的战斗中也不曾减弱，太平军的食品和物资补给也因此充足无虞。
负责南昌防务的江西巡抚张芾，很幸运地有江忠源及其所率一千三百名乡勇的协助。此前，江忠源因在长沙保卫战中的军功被封为湖北按察使，并奉命前往南京协助向荣。行到九江时，他遇到了两位信使。第一位给他带来了清廷新的命令，当时太平北伐军正向凤阳逼近，清廷命他北上安徽。另一位使者则带着赣抚张芾紧急求援的消息。南昌事急，已无暇请示朝廷的意见，江忠源决定即便没有朝廷的命令，也要先援赣府。他的乡勇于是四百里急行军，经过三日三夜，终于赶在太平军两天之前到达南昌。
张芾大喜过望，将防务全权交由江忠源处理。江忠源一边把自己的乡勇及约一万人的守军布置就绪，以防卫这座超大型城市，一边不断地向江西内外各地派遣使者，请求救援。守方日夜紧闭城门，等待敌军前来，最后，在太平军逼近时还将城外所有房屋一概烧毁。见到房屋已被焚烧殆尽，太平军的军官们在船上指挥士兵登陆帮助百姓灭火，挽救还没有被烧毁的房屋，并同时沿堤岸建造了一道坚固的工事，为舰队提供防卫。第二天，他们对南昌城发动了进攻，但是很快就被城墙上的炮火逼退。尽管如此，此后的两周时间内，赖汉英仍然采取这样的进攻方式，结果毫无进展。随后太平军改用了其惯用的挖掘地道、爆破城墙的方式。他们进行了两次爆破，均无功而返。
张芾与江忠源始终坚持坚守不出的策略。他们禁止士兵出城应战，只有一名将军违抗了这条命令，他刚一和太平军接战就被杀死了。虽然城防暂且稳固，但是江忠源想要更多的兵力来确保南昌无虞，于是便向时在南京的向荣、驻在长沙的湖南巡抚骆秉章和曾国藩求援。骆、曾迅速派出两股新近团练的乡勇往救，其中一股有一千六百人，由夏廷樾指挥，郭嵩焘、罗泽南从征；另一股由江忠源的弟弟江忠淑指挥。与此同时，让清军更为紧张的是，太平军也有两万人的部队在石贞祥和韦俊的指挥下于8月2日抵达战场。但是太平军接下来的攻势和城墙爆破仍都是无功而返。
在双方陷入僵局的时候，太平军派老将曾天养独自率领一队人马，穿过长江南岸的丰城、瑞州、饶州、乐平、景德镇、浮梁、彭泽、东流，并由建德渡长江至安庆诸城进行游击作战，并搜寻补给。让曾天养喜出望外的是，各地百姓纷纷将补给物资慷慨相赠。8月下旬，他还遭遇了清军的第一拨援军，即江忠淑率领的湖南乡勇，给他们以迎头痛击。紧随其后到达战区的是夏廷樾和罗泽南的援军，但是罗泽南部在与太平军在南昌城外的遭遇战中受到重创，伤亡惨重，他的四名副将也都在此战中阵亡。另一支援军是云南鹤丽镇总兵音德布率领的云南兵，他们本从向荣，现奉向荣之命前来，不料也被太平军大败。
虽然在城外节节胜利，但是太平军的攻城努力却一次又一次地以失败告终。就这样又过了一个月，9月24日，太平军心有不甘地解除了长达九十天的包围，全军乘船向北移动。而江忠源和音德布的乡勇则紧随其后。但在追击途中，江忠源的部下以苦战三月为由要求奖赏，遭到江忠源拒绝之后，所部除数百老弱外全体哗变逃散。而江忠源因保卫南昌有功，得二品封典。
必须一提的是，天地会和其他的一些会党在南昌包围战时期也组织了许多起义，来策应和帮助太平军占领江西全省。而这些起义因为他们本身缺乏领导，又无法和太平军建立联系，最终皆归于失败。最后两股在吉安、安福和太和的起义军也被湖南乡勇剿灭，然后乡勇就返回湖南休整去了。
挥师入鄂
在抵达湖口时，石贞祥和韦俊接到东王杨秀清的命令，要他们全军沿江而上进入湖北。赖汉英因为在南昌包围战中的失败遭到降职，并被调回天京（但是他后来又被复职，并受命率军往援扬州，此事前文已详述）。与此同时，石达开率领五六千太平军到达安庆，准备将来如有需要，随时援救西征军。
9月29日，太平军占领九江，留下了骁勇善战的林启荣驻防，石贞祥和韦俊则继续水陆并进，向西进军。他们于10月15日在田家镇和半壁山击溃了一万余前来阻截的湘兵，刚带着所剩不多的乡勇部队从南昌回来的江忠源也遭惨败，苟且生还。太平军乘胜占领了鄂北的蕲州、漕河和黄州，长驱直入，直奔长江北岸的双子城汉阳和汉口。
清军方面，吴文镕刚刚接替张亮基出任湖广总督，张则改任山东巡抚。吴文镕是江苏人，翰林出身，曾任江西、浙江巡抚，在调任湖广总督之前为云贵总督，政绩突出。他才能俊秀，忠于职守，又为人正直，深受治下百姓的爱戴，在清廷也颇有声望，是不可多得的能吏。因此，他在任上与鄂抚满人崇纶发生口角，就让人颇感意外。崇纶的衙门在省府武昌，他计划率军驻防在城外，但是吴文镕认为他的真实目的是想一见到太平军便立即逃跑，于是就反对他的建议。崇纶坚持己见，吴文镕大怒，拔出佩剑，放在桌上，正声说道：“城存与存，城亡与亡，自司道以下敢言出城者，齿吾刃。”纠纷就这样暂时结束了，但是崇纶却因此怀恨在心，他最终将吴文镕害死。
太平军于10月20日占领汉阳和汉口，而武昌又空虚，几乎没有驻军防守，占领武昌当是易如反掌。但是，太平军想等待更多援军抵达再行渡江。在等待援军时，他们派出了两股各数千人的部队攻略孝感和德安府，以收集粮草。而江忠源和先前被击败的官吏利用此机会，收罗了四千多散兵游勇驻扎在汉阳城北，太平军恐怕有失，便将所有部队撤回黄州。当从安庆来的援军就快要赶到的时候，黄州的太平军却得到命令，调回大部分兵力配合石达开对庐州的新攻势（后文详述），在占领庐州后再举大兵援助汉阳和武昌一线。
江忠源此时也在赶往庐州，途中他还收到一份意外的惊喜：朝廷任命他接替李嘉端，任安徽巡抚。时年仅四十岁的他三年之内官阶一路直升，从知县到知府、按察使，再到巡抚，内心自是对朝廷感恩戴德，现在更是他施展拳脚以表忠心的机会。太平军的锋芒已经转向安徽，湖北暂时安全无虞，江忠源勇敢地承担了保卫庐州的任务。当太平军从安庆出发向庐州进军的时候，江忠源也于11月11日自汉口拔营启程，仅带着千余募兵北上安徽。
安徽之战
1853年9月25日，石达开率领五六千新兵开进安庆。从此时开始，安庆便作为西征军行动的基地，而总指挥石达开也将大本营设置于此，管理长江沿岸地区所有太平军占领地的军事行动和民政活动。虽然只有二十三岁，但是石达开已经因为在民政和军政方面的卓越才能而广为人知，而且他在行政中的宽和与仁义，使他得到了所有治下民众的拥护。他在辖区内的太平天国占领城市建立地方政府，其官吏由选举产生，如果条件不允许的话，就从愿意与太平政府同仇敌忾的人中选择——这些都是依照《天朝田亩制度》中所规划的行政制度而施行的。外国观察家们的资料证明，石达开尊重并保持了以私有制为基础的旧有土地制度，以及以产出为标准制定的土地税制，但太平天国的税率比清朝的税率低一些，也没有勒索强征之事。石达开治下的地区经济繁荣，社会安定，商人在各地均可进行贸易。除了民政管理方面的才能，他的军事才能也无人能比，历史学家们把石达开列为太平天国革命运动中最为杰出的军事领袖，这一点并不令人感到意外。而此时石达开判断，太平军轻而易举地攻占了汉阳，这是可以开始攻略皖北地区的好兆头。
在实际的军事调度上，他以曾天养从江西带回来的部队为主，组织了一支相当规模的部队，交给胡以晄指挥。胡率军于11月14日攻克桐城，留下梁立泰和一小部分守军之后，转而向北于11月29日占领舒城。而舒城败将、清军皖北乡勇的总指挥吕贤基投水自溺而亡。现在所有的障碍均已扫除，太平军于是挥师前往当时的皖府庐州，于12月12日抵达庐州城下。
对于太平军而言，庐州不仅是进军河南的必经之路，也是一处可以与战事吃紧的北伐军交通消息，乃至派遣援军的战略所在。但是在这之前，太平军必须击溃决心守住城池的清军驻防部队。新任安徽巡抚江忠源在因病于六安耽搁了两周之后，早于太平军两日带领一千五百人的部队（其中五百人为自率的乡勇，其余为霍邱乡勇）抵达庐州。入城后，他还接管了已在城中的大约三千兵勇以及驻扎在城外的一千乡勇，并立即布防。虽然庐州在城市规模和重要性方面都不及南昌，但是如有必要，他准备像在南昌时那样做长期防御。庐州的城墙相当坚厚，因此江忠源认为最上之策莫过于婴城固守，以待援军。12月12日，太平军正式开始围攻，江忠源尚未痊愈，却还是登上遭到敌人最猛烈炮击的一段城墙，亲自指挥防守。他的忠勇感动了庐州百姓，有上万人志愿协助清军作战，他们有的身披战甲防御城墙，有的为守城将士递送餐饭，还有的人（尤其是富户和商贾）慷慨解囊，为部队提供大量的资金和必需品。
几日后，援军陆续到达，但太平军人数仍然有守军十倍之多，而且在军事领导、部队装备和作战策略上，太平军也仍然占尽优势。后来，城外的清军援军逐渐集结起来，规模有两万余人，其中有陕甘总督舒兴阿部一万五千余人，向荣从江南大营派往徐州的江南提督和春部，以及刘长佑、江忠濬（江忠源之弟）新募得的楚勇一千五百人。但是，援军的赶到并未从根本上改变防守的局势，在城外的两场接战之后，甘陕部队开始怯战，其他援军部队也都无力独自战胜规模巨大的敌军。而且，太平军还成功地截断了清军援军与城内守军之间的联系。
就这样过了一个月，城内弹药和粮草已然所剩无多。城内兵勇士气低落，乡勇因为不满禁止抢劫的命令而拒绝作战，并威胁要哗变解散。江忠源最终彻底放弃了守城的希望，宣誓要玉碎殉难，还在向城隍的叩拜中倾诉了自己的绝望。
但是到这时为止，太平军仍然未能攻破城池，于是又搬出了他们爆破城墙的老办法。他们三次挖掘隧道并填满炸药，但是江忠源化解了每一次爆破，要么是迅速地填补了破口，还有一次是他在爆破前就发觉了隧道，采取了措施。太平军于是在城南门处采用新的方法挖掘隧道，这次隧道为上下两层，均可填充炸药。1854年1月15日（咸丰三年腊月十七）拂晓之前，第四次爆破的巨响震彻天空，江忠源全力指挥防御行动，却没有注意到太平军并未发起冲锋。当城墙被填补上之后，他便回到城墙上的营帐中休息。他刚刚坐下，第二声爆炸便响起。与此同时，与太平军秘密私通的一些乡勇从城墙上扔下绳索，并且和许多百姓一起降落地面，转投太平军。一些太平军士兵则顺着绳索爬上城墙，并向城脚下的同伴发出信号，后者紧随其后爬上城墙。与此同时，万余太平军也从第二次爆破的缺口中涌入城中。在击溃剩下的守军后，太平军顺利地进入了庐州城。
太平军的胜利部分归功于那些变节的乡勇，而出人意料的是，幕后策划行动的也许正是庐州府知府和一些乡绅。知府胡元炜力邀在六安卧床养病的江忠源来庐州，还告诉他庐州兵强马壮且数量可观，弹药与资金也充足无虞。江忠源到来后发现这些都是赤裸裸的谎言，对他大发雷霆，此后也曾多次严词责让这个卑劣的知府。但是无论他的指责如何合理，作为上级官吏，江忠源带有个人针对性的辱骂和刻薄讽刺已经超过了可以令人接受的程度。在一次次地责备胡元炜之后，江忠源还嘲笑他说：“尔既如此多虑，何以仍长此一身的肉？”胡显然觉得这样的人身攻击不可忍受，终于因与江忠源的私怨变节投敌。一些因为团练不力被江忠源判罪斩首，只因藩台求情才免于一死的士绅也和知府串通一气，卖城投降。因为帮助太平军占领庐州，胡元炜后来被送往天京，得赠高官。
至于江忠源方面，一些忠诚不渝的士兵和他自己所带的乡勇与胜利者展开了惨烈的巷战，直至破晓之后不久，身战力竭的江忠源受伤倒地。他的亲兵恳请他逃往安全地带，江忠源不听，提剑想要自刎殉国，但是被亲兵阻止，并强行把他担在一个身强力壮的亲兵肩上运往城外。江忠源咬那人的脖子，用自己最后的力量挣脱，投入附近的水塘，壮烈牺牲。许多文武官员也都在庐州保卫战中牺牲。清廷追赠江忠源总督衔。战时在城外扎营观望的舒兴阿被降职处分，其军划归和春，和春随即对庐州展开了旷日持久的反攻。
占领庐州后，城内的一切与他城无异。许多人死于巷战或自杀（尤其是妇女），也有许多人（仅限男子）被强制入伍，所有的物资都被收缴军用。大获全胜的指挥官胡以晄努力地安抚人心，他发布了严格的命令：“士农工商，各有生业，愿拜降就拜降，愿回家就回家。”这一段并非空话，有周邦福的可靠记录确以为证，他就是被释放后，在太平军的护送下回家的。因此总体而言，胡以晄和他的部下们采取了较为宽厚仁慈的方式对待城中百姓。
杀回湖北
在攻占庐州府继而占领庐江县之后，太平军在皖北的战略胜利完成，他们也有能力转向重新攻略湖北。一时间，从天京和安徽而来的大规模援军以及北路曾天养的精锐部队云集加入，石贞祥和韦俊指挥的在黄州的太平军超过了四万人，可以开始向西攻略汉阳。但是在大军动身之前，清军就已率先攻来。
为了组织这次对太平军发起的总攻，湖广总督吴文镕一开始就小心谨慎地为自己的部队寻求支援，要贵东道胡林翼的七百乡勇、贵州提督满将布克慎，以及自己的学生曾国藩率其新组的湘军来援。吴原计划等待援军齐至，届时兵员人数过万，再与敌军接战，但是湖北巡抚满人崇纶从中作梗，迫使吴文镕提前行军。督抚二人之间早有怨恨，而崇纶伺机报复，悄悄上奏清廷说吴文镕畏敌怯战，闭城自守，如中国古寓言中守株待兔之农夫。清廷不知战场详情，常闻守将闭门自固之事，又急切地想迅速镇压太平军，于是在不做详查的情况下就听信了崇纶对情势的评估。结果，清廷命令吴文镕立即出击，崇纶留守，后者乐见于此，不断督促进攻太平军，直到吴义愤填膺，未等到曾国藩援军到来，就率领原计划中七千人的部队愤然出城。
吴文镕有两员满将德亮和布克慎与己同行，又令先前田家镇的败将唐树义率炮艇在后翼扼守长江。农历新年时（1854年1月29日），清军在距离黄州二十里的堵城扎营。当时天降大雪，而后方又拖欠饷银（可能与崇纶有关），兵士饥寒交迫。而在二十里外的黄州，太平军正在欢天喜地地庆祝新年。2月7日，吴文镕决定进攻，便对兵士许诺可以轻而易举地战胜那些乌合之众，还亲自率军冲入了敌人的防线。当他发现周围的山岭树丛间早有埋伏时，早就为时已晚。清军既已深陷圈套，太平军主力于2月12日从黄州出击，正面进攻，而之前埋伏的部队则从四面八方涌出合围。清军大营遭到火攻，士兵彻底陷入包围，或被杀死，或自行逃散。湖广总督吴文镕战殁是役，德亮亦战死，布克慎则侥幸逃生。太平军乘胜分两路西进，一路于2月16日第三次占领汉阳和汉口，另一路顺流直上消灭清军舰队，清将唐树义溺亡。至此，战场上的清军全军覆没。
此次耻辱性的惨败之后，清政府任命荆州将军满将台涌为湖广总督，任命另一名满将官文继任荆州将军。台涌将大本营设在德安，负责北线的防御，而官文则守备西线。崇纶因为母丁忧离职返乡，青麐继任为湖北巡抚。
太平军将部队重新分为两军，一军继续在北线行动，另一军准备攻占长江对岸的鄂府武昌，之后再进军湖南（第十一章详述）。北线由将军陈玉成指挥，他出身于广西藤县，当时仍然十分年轻，他双眼周围均有圆疤，从远处看去像是多出两只眼睛，因此也有“四眼狗”的诨名。他的主要任务是为在鄂作战的部队以及天京征集粮草。
陈玉成遇到的第一个挑战是北面和西面的清军，他们威胁到太平军一支顺流而下携有粮草的舰队。陈玉成制定的防御计划有三个方面：陈本人时刻注意北方台涌的动向，曾天养率部由德安和宜昌往占荆州，另派一部由一白姓将军指挥向西，阻止官文的部队。但是就在此时，一位勇猛非常的军官王国才率一千两百云南精兵来投官文。官文考虑到曾天养的行动，立即派王国才率其滇兵及五百乡勇阻其南向一路，自率部队阻其另一路。曾天养最终被迫放弃荆州，悄悄地率军入洞庭湖向南，与在湖南遭到败绩的太平军会合。曾天养的部队退出战场后，官文将全部的精力转移到对付太平军白某的部队上。虽然地方帮会盗匪响应起事，四处骚扰清军来帮助白某的部队，但在数月的战斗后，这支部队还是被彻底地剿灭。从1854年4月到8月，鄂北的零星战事又持续了足足五个月之久。
皖南地区的军事斗争
江西的战事暂告一段落，皖北、湖北和后来的湖南就成了太平西征军的主要战场，而在皖南地区则只有零星的战火。在接下来的几年中，这一地区军事斗争的主要目的有三个：其一，征集并转运补给物资；其二，保障过境部队，尤其是前往湖北前线的部队的安全；其三，保障天京与各战地指挥官之间的信息沟通。而在所有天京以西的太平天国控制区域，民政和军事均由驻在安庆的石达开直接管辖。清廷在军事方面与他对应的角色是向荣，他现在负责清军在安徽和江西的行动。
当西征开始时，太平军接连攻陷长江沿岸的城市，包括安徽南部的芜湖、池州以及江西的彭泽、湖口和九江，他们便依托这些城市之间的主要道路，建立了一套网罗紧密的邮驿系统，以便快速传递军政要讯。每隔三四十里就设有一处驿站，由一员军官与二三十名士兵守卫。驿使或经陆路，或从水路，每到一处驿站，驿站的军官便在邮件背面的表格上签画时间。急件和要件上盖有飞马青云纹样的圆戳，称作“云马文书”，这种文书有专人运送，递送所用马匹也要求每小时至少能跑五十里。若驿站间有清军驻扎活动，则换用剃发驿使。整个邮驿系统由设在天京的疏附衙管理，此衙还设有天象台，记录每日气象，来查验驿件的递送，对不同条件下每日驿件递送里程也都有详细的要求。
庐州和汉阳已然稳稳地掌握在太平军的手中，石达开现在开始图谋向南进军。他给刚刚来到安庆向他报到的秦日纲一支人数不少的军队，让他于1854年2月下旬与石达英和韦得珍一起渡长江至芜湖，并向西南进军。他们先后攻占了祁门和黟县，但清军随即猛烈反攻，迫使他们又退回芜湖，并从那里向东攻略。4月上旬，石达开被调回天京，秦日纲独自回到安庆，在石达开不在的时候代为指挥军政事务，留下石达英和韦得珍负责指挥南线的部队。次月，石达开返回，秦日纲则被调回天京，获封燕王，同时胡以晄也被封为豫王。
另一方面，石达英和韦得珍所率的约两万人的部队攻克太平府，此地因与天国同名，太平军此前都不曾进攻过这个城市。但是此处为交通重驿，现在实有占据的必要。石、韦二人自将数千人驻防，遣其余部队继续西进，与在湖南和湖北的部队会师。但是，向荣派傅振邦和张国良率部在一些地方官吏的配合下，于9月6日重新夺回了太平府，太平军伤亡惨重，还损失了大量船只。石达英和其他一些军官丧生，而韦得珍战时恰巧在金柱关驻防，因而得以侥幸带领他的一小股驻防部队撤回皖北。向荣之后又把傅振邦和张国良召回江南大营，并任命邓绍良为皖南战事的总指挥（为复职，详见第十三章），大本营就设在太平府。
邓绍良于10月3日收复芜湖后返回太平府稍事休整，不久就率军向东而去，而芜湖只留有少量乡勇防御。不到两周之后，韦得珍就率领一起从太平府撤退回来的小股部队重新占领了该城，恢复了除太平府外长江南岸的所有交通线。此时，向荣在其西南线和毗邻浙江的地区都感受到了新的威胁，便调当时在皖南与江西交界处的高淳驻扎的邓绍良部前往黄池。邓绍良于1855年2月在黄池附近取得了两场对太平军的军事胜利。
先前，当1854年3月秦日纲的部队从祁门撤军之后，安徽西南部的建德、青阳、石棣及周边几个县内烽火暂歇。太平军将该地区交给了当地百姓，依照太平天国民政管理体系设立的地方政府进行管理，而清廷则忙于他务，无暇顾及这些地区。是年晚春，当庐州围攻激战正欢时，新任安徽巡抚福济上奏清廷，说安徽情势危急，应将安徽长江以南地区的防务交由浙江巡抚临时节制。清廷批准了他的建议，同时调兵员道徐荣带领一小股部队防守祁门。徐荣则率部驻扎在祁门附近，并在10月中旬收复了周边的一些区县，但其中的东流和建德两县，此后又被率军经此地前往湖北的罗大纲部攻陷。建德此后牢牢地被太平军掌握在手中，成为太平军交通网络中的一个重要战略节点。
1855年3月，这一地区战事再起。范汝杰率领的数万太平军联合当地盗匪，多次击溃徐荣和另外两名清将周天受和江长贵的部队（徐荣战死）。范汝杰继而先后攻克休宁、徽州和歙县，但随后被从浙江率新军而来的金华知府石景芬逼退至婺源。邓绍良部也受向荣命令，由黄州赶来驰援，当是太平军已在撤退，他们便与石景芬一起追击。范汝杰军向广信府，想趁罗大纲的一部分部队还在战区，一同占领那里。清军将领邓绍良紧随其后，收复婺源，并因此功复职为提督。
此后不久，范汝杰部又返回婺源，击败石景芬部，继而重新占领祁门、黟县和休宁。清军邓绍良部也随即杀回，并最终击败了范汝杰，后者率所部败走大通，然后从那里北渡长江，于1855年7月初回报石达开。清廷重新控制了安徽西南地区，邓绍良驻防此地，以备不测。此时，安徽巡抚福济正忙于围攻庐州的作战，为了加强对这一地区的掌控，清廷以长江为界新设了皖北和皖南两道。皖南民政由刚在战事中脱颖而出的兵员道石景芬管理，军政则由满族副将豫祺处理。这两位新晋官员都出自浙江，也暂时仍归浙江巡抚管理，后者也负责他们的物资支援。
西南战事稍息，被太平军占领半年毫无战事的芜湖地区就又爆发了新的大战。1855年夏天，清军曾短暂地收复了那里，当时，向荣命令清军在天京战场大显身手的战舰顺流而上，支援明安泰和德安指挥的陆军所进行的攻势。另一部分支援来自西南的邓绍良，他当时也率军就位，并接手指挥作战。这时清军军力已经占有绝对优势，从1853年3月到1855年8月1日，芜湖曾八度易手。
石达开现在的情况是进退维谷。在北线，清军正在围攻庐州。在西线，曾国藩和他的新军正在猛攻九江。而南线太平军刚刚丢掉了在芜湖的基地。向三个战场同时派出援军绝非易事，但是石达开确确实实地做到了这一点（后文详述），这体现了他卓越的军事指挥才能。
从安庆派出的援军帮助太平军一度占领了芜湖西面的铜陵和南面的繁昌，但是10月9日，太平军在清军水陆两路的猛攻下，不得不放弃芜湖外围的几座大营。大约一周之后，石达开和胡以晄率新军顺流而上，亲自指挥湖北方面的作战，韦昌辉和罗大纲则受命从天京出发，夺回芜湖。10月17日，反攻开始。但是直至10月31日，太平军在军事上不断受挫，不过更为致命的打击是在更早些时候（可能是10月17日），罗大纲被炮弹击中，身负重伤。这位太平军中的猛将被送回天京，不治身亡。后来，天王洪秀全追封罗大纲为奋王。
1855年11月中旬，庐州终于还是落入了清军的手中（后文详述）。不过，安庆也终于有能力向芜湖方面派出更多的援军了，但因受制于清军水师，芜湖方面的行动也接连受挫。双方相持不下之时，向荣不得不于1856年年初急调邓绍良及其部下往天京协防浙江，抵御秦日纲率领的大量太平军对那里的进攻。在这种情况下，芜湖的战事稍停。
庐州之战
在太平军于1854年1月15日第一次占领庐州之后，和春便受命统率包括舒兴安部在内的所有集结在城外的清军，而舒兴安因防御不力，被免除了总督的职务。和春及安徽巡抚福济现在共同负责发动反击，而清廷以收复庐州为当务之急，从各路派来援军。曾国藩数次接到命令，但坚称自己的水师尚不能应战，且拖延时日，不参加作战。琦善和向荣的回应则积极很多，他们都派遣了大量部队往援。就这样，在1854年3月1日第一次进攻开始的时候，庐州城外共集结清军正规军及乡勇约三万人。
到4月中旬，清军虽然有两次小胜，但整个攻势被打退，于是便制定了一个两阶段作战的战略计划：第一阶段，将庐州的附属小城消灭，并切断太平军的交通补给线，以孤立庐州城；第二阶段即决战阶段，再进攻城防。换言之，这个简单有效的策略就是“欲伐树木，先削其枝叶”。5月初，福济派出的乡勇收复了城东的含山。新任福建提督秦定三被派往收复舒城，而舒城是庐州向南通往安庆途中的重要城镇。事实证明，这一行动非常明智，舒城收复后，就切断了安庆往援庐州的路线。6月初，地方官吏和士绅团练的乡勇收复了六安。刚刚平定捻军的袁甲三也受清廷命令，参加对庐州的围攻，率军到达城东并部署就位，于是清军对庐州的包围圈渐渐成形。此后，清军逐步缩紧包围，到7月中旬，清军已然兵临城下。
就在这个时候，对庐州的战事倍感失望，同时又想尽力挽救北伐军的东王杨秀清定下了一个计划（相关内容亦见于第九章），即令秦日纲和罗大纲率大军奔赴庐州解围，待与在山东遭遇围攻的黄生才部取得联系后，向北救援北伐军。因此，1854年8月5日，秦罗大军在舒城的惨败也就对革命运动造成了难以估量的损失。
庐州仍在太平军手中，但局势困顿。时间临近9月末，周胜坤和陈宗胜终于率一小股部队由江北抵达庐州。此后大约两个月内，虽然太平军仍然有效地抵御着清军的攻势，但是胡以晄被褫夺了王位，降级为护天豫，这是一级新的爵位，低于王爵但高于侯爵。同时，胡以晄还被召回石达开的大本营，另有任用。周、陈二将则负责庐州防务。
1855年从春到秋，太平军的援军多则万余，少则数千，一次次地试图冲破清军防线，但是每一次都遭遇苦战，虽然偶有小胜，但最终都被击退。最终，庐州之战胜利的天平倒向了攻方。入秋时节，和春和福济采用了新策略，即和春率部分兵力专事抵御从各个方向而来的太平援军，而福济负责指挥剩下的部队进行攻城作战。这一策略行之有效。从9月底到11月底，对庐州的孤立包围一直密不透风，就连从安庆亲率大军前来救援的石达开也无能为力，怏怏而归。在成功地化解了所有城外太平军的骚扰之后，和春与福济再次协同作战，准备向庐州发起最后的冲击。
而庐州城中还有一些乡绅，以及假意投降太平军却暗通清军欲为内应献城的人，若无他们的帮助，庐州可能仍然在太平军的手上。1855年11月10日子夜，和春和他的部队悄悄地来到城墙之下，等待城内的信号。11月11日破晓之前，内应终于放出信号，并四处放火，同时清军爬上城墙，占领全城。由于事发突然，许多太平军官兵在指挥官周胜坤还没来得及组织残部撤回天京时，就已经被杀死了。至此，庐州在太平天国治下共二十二个月。
全线溃败
庐州失手，太平军在皖北的势力随之变得岌岌可危，他们占领的城市一个接一个地都被清军收复。和春和福济率两路人马分兵南下，和春准备首先收复三河，而福济则准备收复舒城及东线诸城。
秦定三及其所部数千人现在已经在舒城以南驻扎一年有余，但其所能做的仅仅是阻截秦日纲和石达开的援军，使他们不能进入舒城而已。庐州收复后，有一些乡绅带领着数千乡勇前来增援，福济也派来一部清军协同进攻舒城。舒城的太平守军察觉到清军不断集结，认为固守下去毫无意义。因此在1856年2月20日上元节的子夜，太平军假意在城墙之上庆祝节日，以分散敌军注意力，全军趁着黎明前的夜色弃城出逃。秦定三等随即于清晨收复了这座空城。秦部在舒城附近劫掠城镇，滥杀无辜，虽然其行径并不比其他地方的清军更恶劣，但也可算是恶行累累。
另一方面，和春亲自率部进攻三河。三河镇在庐州城南九十里处，巢湖西岸，守将为蓝成春，其所部之半数已和所有尚有余力的部队一样，被调往天京支援即将展开的对浙江的作战（见第十三章）。从1856年2月19日开始，清军发起了一波又一波的进攻，但是蓝成春和手下的少量太平军英勇奋战，接连挫败了清军的攻势。有两股太平军的援军曾经靠近战场，但最终被击退。不过，蓝成春的部队仍然坚守城池，因此和春改变策略，紧紧包围了城镇，待城中粮草耗尽。这一计策终于奏效，经过数月僵持，9月16日，清军最终收复了三河镇。驻防的太平军在最后时刻得以撤退，蓝成春自己到了天京，而其部队则前往庐江。
清军也追至庐江，9月18日，在当地乡勇的配合下轻易地占领了那里。和春在短暂地返回三河镇后，于10月4日以钦差大臣的身份前往江苏履新（接替去世的向荣，见第十三章），临走前将皖北军务交由巡抚福济以及新任提督郑魁士处理。
在攻克庐州、舒城、三河、庐江四城之后，福济与郑魁士转而专心东向，在1856年10月26日至30日间次第收复和州、巢县、无为州三城。年轻有为的官吏李鸿章对巢县的收复出力颇多。
李鸿章的崛起
李鸿章是清廷平定太平天国战争后期的领军人物，他的戎马生涯便始于庐州之战。我们也许应当先简要地介绍一下他早年的生平，以便能够更好地理解他将来的成就。
李鸿章（号少荃）1823年生于庐州府合肥县，在家里四兄弟中排行第二。他年少时便以文章才华闻名乡里，在当地税局供一小职。1844年中举后，年轻的李鸿章前往北京投奔其父，在清廷任职的李文安。其父与曾国藩是同科进士，现在又成功地劝说曾收他的儿子为徒。李鸿章本人于1847年得中进士，三年后入翰林，当时年仅二十七岁。也是那一年，太平天国运动在广西爆发，三年后，战区已经扩展到了他皖北的老家，李鸿章便随吕贤基回乡组织团练，抵御太平军。1853年，江忠源做了安徽巡抚，李鸿章经曾国藩举荐，受命参与和州之战，并在那里打了自己的第一场胜仗。李鸿章的夫人和儿子也都在这一时期去世，后来他又续弦再娶。1854年，这位在事业上冉冉上升的年轻官员奉新任巡抚福济之命，随军参加了东线诸城的攻略。李鸿章在含山也曾惨败，遭遇重创，和春还因此讥笑他懦弱怯战，但是他之后能征善战的军事表现，以及收复庐州、巢县诸城的战果，还是为他赢得了福建延邵建道的官职。但是，李鸿章一直留在安徽，直到1858年，他因与福济政见不合才离开安徽，转投曾国藩，成为其幕府中的幕僚。
安徽最后的据点
到1856年秋，除安庆以北的桐城外，太平天国在皖北的所有城市皆已落入清军之手。而太平军从1853年冬天开始，就一直控制着这个城市，虽然其间清军曾数次与地方乡勇联合企图夺回该城，但最后也都是损兵折将，徒手而归。1856年9月，在收复三河和庐江之后，福济命令秦定三前往桐城。后者又一次开始了长期的包围作战，而此时桐城守将正是李秀成，太平天国革命运动中首屈一指的大将。而桐城之战也是整个皖北战事的转折点（后文详述）。