湖南战场
北伐军告急的文报纷至沓来，天京政府不得不修改其战略构想，而新的计划是先占领湖南，然后攻略广西与广东。他们把1854年2月16日第三次胜利占领汉阳的部队分为两支，如前文所述，较大的一支充当这一计划的先锋军，而较小的部队则留在湖北筹措粮草，并阻截清军从北面和西面的攻势。不幸的是，入湘部队的两位指挥官黄再兴和林绍章都没有什么突出的军事才能，所率部队战斗能力也平庸无奇，这使湖南战场的最终形势令人担忧。但是，这一点直到后来才显现出来，而在1854年2月太平军渡江进攻武昌，完成湖南战略的第一步的时候，这支部队仍然让人满怀期待。
在对鄂府武昌的围攻刚开始的时候，从天京一路来到汉阳的两位将军便决定兵分两路，黄再兴继续包围武昌，林绍章带兵先入湖南。因此，黄再兴带领一小部分人马留在武昌，与崇纶及后来接替他巡抚职务的青麐对峙；林绍章则带领为数不少的包括原石贞祥部在内的约两万人马南下。在2月27日轻易地占领岳州之后，林绍章部沿洞庭湖快速向南移动，先后占领湘阴和靖港两座小城，距离湖南省府长沙不足七十里。
湘抚骆秉章对太平军的动向万分戒备，这时他向正在为更有效地镇压太平军而筹备新军事力量湘军的曾国藩求援。曾立刻响应，参加了保卫自己家乡省府的战斗，就是在这种情况下，太平军第一次与湘军相遇，而终有一天，也正是湘军给了太平天国运动以致命的一击。曾国藩对于太平天国史以及晚清民国史都有着重大的影响，因此我们有必要暂时离开主线，准确而完整地了解曾国藩的生涯和事业，以便掌握太平天国最终失败的真正原因，以及这段历史与其后的近代中国历史之间的关联。
曾国藩的早年生涯
曾国藩（字伯涵，号涤生）这位未来中国的政治家和军事家，早洪秀全两年，于1811年11月26日（嘉庆十六年十月十一）出生于湖南湘乡的一个贫苦家庭。他祖上世代务农，聊有薄田，到了祖父辈上才有余力供养子辈读书识字。曾国藩的父亲曾麟书在三兄弟中最为年长，他潜心读书，屡试不第，直到中年才考取生员（后文详述），平常做私塾先生，养育五子四女。曾国藩是长子，他的四个弟弟分别是曾国潢、曾国华、曾国荃和曾国葆。
曾家的家风和村子里的其他家庭一样，勤俭节约，勤劳质朴，曾国藩一生都珍视并坚守这样的美德。他的祖父与父亲性格严谨固执，对礼义廉耻的基本美德以及忠君爱国的最高品行也是忠守不渝，从祖父和父亲那里传承下来的儒家教养对曾国藩也影响深刻。这些都影响和造就了这位少年的世界观。至于个人的特性，有人曾说曾国藩的清高承于其父，而倔强则承于其母。
与曾国藩的早年生活相比，他将来的对手洪秀全也出身于贫苦家庭，也深习儒家经典，他们的境遇相似。但这种相似却有迷惑性，这两个年轻人在两个重要方面截然不同，也就导致他们必然会在战场上针锋相对。首先，对于洪秀全而言，科举考试中的屡次失败，成了他对清朝政权深仇大恨的源泉；而曾国藩则在科举考试中登科为官，走上了通向荣誉与名望的坦途。第二点不同则在于，洪秀全接触到了基督教。他确信上帝赋予他神圣的使命，让他推翻满人的统治，这与曾国藩忠心坚守的忠君爱国、维护礼教的最高理想大相径庭。将二者进行对比，可以凸显洪秀全革命的真正本质，以及曾国藩内在的保守主义。
曾国藩在父亲的私塾中读书八年，父亲也把自己一直没有实现的考得功名、入朝为官的希望转嫁给他。因此，曾国藩从少年时代起，就一直以这些荣誉和名声为其奋斗的目标。在这位年轻人的意识中，人生的价值就是在官场上发达，光宗耀祖。他二十至二十一岁的时候在外省求学，二十二岁时第一次参加科举，放榜时只入选佾生。但是那天对于他的父亲曾麟书而言，却是个大喜的日子。他也参加了那次考试，当时他已经四十三岁，第十七次参加科考，终于考得了秀才（也称生员）的功名。一年以后，曾国藩也考取秀才，并在1833年冬天结婚，1834年即中举人。此后几年间，曾国藩潜心自学，准备进京会试。
在这些年间曾国藩的个人发展中，有一段在书院借读的时期值得我们注意。那时他接触到了许多“损友”，有了很多风流韵事，而曾国藩本人一生对此都非常后悔。即便是最宽厚的传记作者，都无法否认他这段放浪形骸的岁月。但是，入朝为官给他的人生带来了重大的转折，从那之后他行为自律，作风正直，过着典型的符合宋代理学理想的生活。
在经历三年中的两次失败后，曾国藩于1838年终于通过会试考取进士，入翰林院，时年二十八岁。随后他请假回家，于1840年返京供职。接下来的十二年中，这位年轻的士子潜心修习经典、哲学、文学和政治，并培养自身修为，为将来的仕途打下基础，广受他新结识的“益友”与显贵的尊敬与喜爱。曾国藩可谓官运亨通，八年内七次升官，从翰林院的低阶职位升到侍郎，并在此后的四年中，在六部中的五部均有任职。1850年道光帝驾崩，咸丰帝继位后，曾国藩仍然深受朝廷垂爱。
曾国藩的官运一方面得益于他作为儒士的优秀素养，另一方面多少也与他能够赢取朝中重臣，特别是道光朝最有影响力的军机大臣穆彰阿的赏识有关。穆彰阿是满族出身，却深受汉人教育，十分崇尚宋代理学，也很乐于见到曾国藩这个和他一样崇尚理学的年轻士子。有人说，曾国藩接受理学不过是为了追求官运而故意谋划的举措，这一点是否属实姑且不论，他的仕途毕竟大大地得益于同样是理学家的军机大臣的提携。有一段轶闻说，穆彰阿曾经向道光帝上密折推荐曾国藩，说他“过目不忘”。道光帝很想见见穆彰阿的这位学生，便要他来觐见，但是在约定之日，曾国藩一直等待召见，皇帝却没有出现，曾国藩既失望又费解，就直接去找穆彰阿。他的这位老谋深算的导师猜透了皇帝的心思，行贿收买了宫中的太监，叫他们列出曾国藩等待觐见的那间大殿里所有器物以及墙上的绘画书法的清单，叫曾国藩连夜熟记。不出所料，第二天道光帝出现了，向曾国藩询问了那间大殿内的各种物件。曾国藩老老实实地回答出了所有的东西，让道光帝印象深刻，从此他在朝中深受皇帝的喜爱。
1852年夏天，任礼部侍郎的曾国藩受命兼任江西主考，在履新的路上，他收到了母亲去世的消息。他按照官员遇父母丧便保留职级，回家安葬悼念亡人的习惯，立刻返乡丁忧。当他到达武昌的时候，听说太平军正在包围长沙，因此必须绕道返回家乡湘乡县，最终于10月6日到达。
巩固心脏
要理解日后广负盛名的湘军是如何建立的，首先必须提到的背景就是太平军从湘入鄂让清政府倍感警觉，于是就向各地的退休官员及主要乡绅发布命令，要他们立即组织乡勇武装，协助各省驻防清军。1853年1月21日，湖南巡抚张亮基向曾国藩传达了这一命令，要求曾国藩协助管理湖南乡勇，并搜查土匪。曾国藩本想上奏折，借以丁忧为由推却，但湘抚张亮基与其弟曾国荃极力劝阻，又值武昌新陷，太平军危急本省，曾国藩终于打消念头，接受命令。曾国藩将给皇帝的奏折撕毁，离家前往长沙，于1853年1月29日到达，他的目的简单而纯粹，就是要保卫自己的家乡，恢复当地的和平局势，保护本省百姓不受滋扰。
首先出台的是“巩固心脏”的计划，根据这个计划，官府将在省府长沙集结大量的乡勇，之后再在各县分别组建乡勇。此时湖南的作战力量，除正规清军（绿营）外，还有江忠源指挥的两千乡勇（楚勇），罗泽南和另外两名官吏王鑫和邹寿璋组办的三营湘勇，以及省抚张亮基随后组建的几小股乡勇。这些部队再加上曾国藩亲自动员的四千新兵，都被集结在长沙驻防。
因此，长沙城人马云集。为了强化法规与秩序并且排除可疑人员和犯罪分子，曾国藩施行了一套军事法（保甲制度），设置审案局，对违法者进行审判。此时的曾国藩抛却了他儒家理学的怀仁，一心以残忍与严酷对付不法者。违法的人只要被抓住扭送审案局，通常都会被判死刑，如果被判处了稍轻的刑罚，曾国藩通常也会断然地亲笔将判决改为死刑（据李渔叔说，这样的案件可能有上万宗）。这项政策的结果就是白色恐怖，曾有百天之内两百人被处决的情况。在这种强硬的做法下，盗匪行为也许可以被抑制，社会秩序也许会恢复，但是因为曾国藩这种残忍的行为就像是剃头匠强行按照满人的要求给人剪发一样，所以人们口口相传，暗地里给曾国藩起了“曾剃头”的绰号。省中同僚也因为曾国藩的权力并不包括擅核死刑，而开始议论他超越职责，侵夺权力。至于清廷方面，此事并不在他们道德上的顾虑之中，因此嘉奖曾国藩迅速有效地在长沙建立起防御体系，甚至赞赏他不辞“残忍严酷之名”的精神。
长沙整顿妥善之后，下一步便是周边各县的防卫，曾国藩从长沙向各地派出乡勇，追剿土匪和天地会。1853年上半年，至少有天地会在各县组织的九次起义惨遭镇压。骆秉章复职湘抚后，也同意曾国藩的主张，多练乡勇来弥补江忠源带去湖北（随后转往江西）的部队，以及当年夏天受江请求往援南昌的几营部队（见第十章）离开后所带来的损失，因此曾骆之间建立起了全面而且和谐的合作关系。值得一提的是，曾国藩的新兵在南昌积累了大量的战斗经验。与此同时，留在长沙的乡勇们也继续不断地和土匪作战。
但是，绿营和乡勇之间潜在的紧张关系也在不断地加剧，到了1853年夏天，曾国藩发现自己已经无法指挥全部的部队，处境尴尬。而将同侪之间潜藏的嫉妒转化为公开对抗的一系列事件的导火线，便是曾国藩自认经验不足，委任满人塔齐布指挥一营新勇，并且训练所有新营军事战法。不知什么原因，另一位满族副将清德对塔齐布心生恨意，不断中伤，最后劝说提督鲍起豹命令塔齐布停止一切与曾国藩的计划相关的活动。曾国藩上奏朝廷反击，而当巡抚骆秉章回归之后，更是明显地站在曾国藩一边，结果塔齐布得到晋升，而清德则被解职逮捕。此事使绿营愤恨不平，在鲍起豹的默许之下，他们借一小事公然与乡勇开战。在战斗中，塔齐布的衙门被人纵火，绿营兵还冲进曾国藩的府邸，杀死了他的一名幕僚，曾国藩本人侥幸逃脱。
这次冲突爆发后，骆秉章因担心引起全面兵变而拒绝干预，这让曾国藩感到倍受羞辱。而其他省内同僚也没给他多少安慰，反而一致责怪他强行推进自己的计划。而不将此事上报给皇帝，似乎是明智之举，一是因为那样会引起更多的争端，二是因为那样会让人更加质疑他的整个计划。因此，曾国藩隐忍地将自己的治所向南搬到了衡州（今衡阳）。许多年后曾国藩说，长沙的挑衅事件对他事业的成功助益颇大。
创办湘军
罗泽南的部队从江西返回后，曾国藩手中有大约一万人的兵力，他可以从中抽取一部，作为新军的核心中坚。在9月29日到达衡州之后，他把所有的精力都放在组建这支将来被称为“湘军”的部队上。这支部队在组织结构上与乡勇显著不同的地方首先在于，这支新军其实为“官勇”，饷银和后勤方面与正规部队一样，均由清政府负责。这意味着，这支部队的组织与军规也与由乡县组织、支持并装备的乡勇截然不同。
一开始，曾国藩仅仅想肃清他的家乡湖南一直滋扰百姓的土匪。直到太平军挺进长江流域，曾国藩才意识到清朝正规军在这种危局之下的重要性，并和江忠源一起谋划援助清廷的各种方法。当江忠源获许组建一支三千人的辅助部队参与军事行动后，曾国藩也从湘乡县招募训练民兵，供江忠源指挥，并宣称可以随时为他输送至少六千人。当这一数字接近一万的时候，这些人已经足够独立成军。我们可以相信，以当时的形势以及曾国藩缺乏战地经验的缺陷，他当时并不觊觎能够指挥这支部队。而曾国藩刻意不使用“湘军”，而是用“湘勇”来称呼这支部队，似乎也可以佐证这一点。也许这是为了避免朝廷对他有所怀疑，然而，近代以来的史学家们则非常恰当地使用了“湘军”这个名称。
至于建立水师来运输并支援陆军作战的想法，首先是郭嵩焘向江忠源提议的，他对太平军在南昌之战时利用水军调动部队的效率印象颇为深刻。江忠源也马上意识到水师对东南区域取得作战胜利的重要性，在这一区域，水贼们可以利用大小河道、湖泊甚至是长江，对仅依靠陆路进行转移作战的官军取得优势。江忠源给曾国藩写信阐述了建造数百艘舰船，先控制长江，进而攻击下游城市的总体构想，而曾对此也是热情支持。曾国藩预计招募并训练更多的陆军仍然需要几个月，而这段时间足以用来组建一支辅助性的水师，便把他的魄力和想象力投入到艰难的湘军新军种的创制之中。
建立新军的首要问题就是寻找合适的指挥官，但这个问题迎刃而解，曾国藩在很短的时间内就找到了五位优秀的指挥官。其中两人是曾国藩的幕僚，一人为高级战地指挥官，另外两人都是有名的水师提督，他们在镇压太平天国运动中都发挥了重要的作用。后来成为副将的湖南善化人杨载福，是位军阶低微却颇有志向的年轻军官，他受过较好的军事训练，而且工作作风严谨沉毅，颇受曾国藩的赏识。另一人是湖南衡州人彭玉麟，他以胆色过人、聪颖机智又谨守节行而闻名。二人入营后，立即负责招募水师兵勇。未来的战术指挥家四川人鲍超，随后也被招入湘军，另外还有两位湖南籍的将领黄翼升和李成谋也被纳入营中，将来也都成为水师提督。
比起寻觅指挥官，更为现实的困难是制造军舰，这给曾国藩和他的指挥官们带来了更大的挑战，因为他们既没有任何人见过军舰，也找不到任何可以参考的模型，而这一困难最终得到顺利解决，确实出乎所有人的意料。问题如山，曾国藩虚心求教。他找来广东所有的水师军官，以及本地所有经验丰富的船夫和水手，向他们详细地询问造船的方法。就这样一点一滴地收集信息，他的脑中逐渐形成了一幅合理可靠的水师军舰建造技术蓝图。他向清廷请援，清廷就让广西巡抚劳崇光从其水勇炮舰上调褚汝航和夏銮来帮助他。水师军官广东人成名标也从岳州来援。最后，一些经验丰富的水勇还把一些作为模型的船只驶入衡州。到了1853年12月，曾国藩终于有信心在衡州开设一家大型造船所，由成名标负责建造战舰；不久之后，他又在湘潭设立了另外一家，由褚汝航负责管理。
整个1853年冬天，曾国藩在财务上也遇到了极大的困难，但这一次他还是以智慧和胆量再一次化解了危机。虽然骆秉章许诺倾全力襄助曾国藩，但问题是整个湖南府库都不足以支持新军的组建。曾国藩因此被迫寻找别的办法。此时，桂抚劳崇光正令人向湖北运送两百门大炮支援前线，却不知道田家镇的防御已然溃败，一行人途经衡州，便被曾国藩收用，护卫的官兵也被留下来指导造船。还有一笔从广东往援向荣江南大营的四万两白银，也被曾国藩截留自用。尽管如此，资金仍然匮乏，他便命人到周围乡县卖官创收，他售卖的是六品至九品军功，捐官者都有相应的执照，上面还盖有巡抚的印鉴。
湘军的编制与军纪
1854年1月2日，罗泽南率部向南追剿土匪，来到衡州，曾国藩请求他帮忙为新筹建的军队规划形制与军纪。罗泽南是湘乡人，和曾国藩一样，是一位深受宋明理学影响的儒士，曾在湘乡私塾教书，年过四十方才中举，随后在乡组织团练。他把他的学生安排在部队中担任指挥官，这样上下级之间既有师生关系，又有共同的为宋明理学家所强调的儒家伦理观念，这使他的部队官兵关系一向团结和谐。曾国藩在湘军中也积极采用这种组织模式。但这只是曾、罗二人为因应湘军的特别需求而长期思忖谋划的开端。当这套复杂的组织结构最终一切就绪的时候，罗泽南因为自己的胆识、严谨以及对长官和事业的忠诚，使每个人都印象深刻，他和塔齐布一起成为曾国藩最为信任的幕僚。
湘军的系统结构可以加以如下简要概括。湘军每一营有五百名正勇（士兵）和一百八十名勤务人员（运送军需等），是湘军最基本的作战单元，由营官负责指挥，并对总指挥官（大帅）直接负责。每营有四哨，每哨一百零七名正勇（勤务人员不计在内），由哨官指挥，哨官之下有哨长一名，负责指挥战斗，另有五名护勇（保镖）和一名伙勇（厨师）。每一哨又分为八小队，每队十至十二名正勇和一名伙勇，由什长统一指挥。除此之外，每营还另有一亲兵哨，此哨七十二人，编成六队，不设哨官而由营官直辖指挥。这一特别的哨是湘军独特的创新，它既是营官的私人亲兵卫队，在战场上也作为纪检力量加强军纪，防阻逃兵。除此之外，同样对湘军不同寻常的作战效率大有助益的，是湘军创新地把勤务人员也加入编制，这使得战斗人员可以专务作战，同时不法分子会依军法被判劳役，因而最大程度上减少了与地方百姓的摩擦冲突。
在其他很多方面，湘军的组织形式都和一般清军贯彻的传统模式大不相同。首先就是饷银更多。湘军官勇的收入，除日常开支外所剩余额足以支持家中生活，这种状况帮助湘军募集了大量专业而负责的士兵。什长之上的指挥官在一般的收入之外，还有不少额外按月支付的奖励性津贴，这使他们在从军几年退伍返乡之后，可以富足惬意地生活。
湘军的第二条显著特征是由第一条而来，即有一套选择性的募兵体系。军官选拔的初试注重四个主要指标：（一）有能力管理百姓和兵勇；（二）不怕死；（三）不计较个人名利；（四）吃苦耐劳。经初选后，善于发现人才的曾国藩再根据候选军官性格诚恳朴实与否，做出最终的决定，剔除那些官僚作风或者爱讲空话的人。一位理想的军官除了具有诚恳朴实的作风，还必须是一名儒家士人，因为曾国藩对和他一样共同尊崇儒家伦理观念的人最为信赖。因此，湘军的大部分军官在理念上都与曾国藩非常接近。为了更好地建立一支能够镇压起义的军队，曾国藩还努力在副将之间以及副将与他自己之间建立一种以忠诚为核心的家庭式的团结关系。这种兄弟情谊在战场上尤其重要，一营部队要随时准备去援救受难的他营官兵。在此后长达十年的对抗革命运动的战争中，湘军没有任何一名军官背叛曾国藩或者向太平军投降，这也许是湘军军官都具有极高作战品德的最好证明。
曾国藩也不断努力地培养低阶军官（由其长官选用）和普通士兵对湘军高阶精英团队的个人认同与信赖。而高额的薪饷可以吸引更多的应募者，这样就可以用较高的标准进行选拔，湘勇因此必须体格健壮有力，人品单纯善良（多为农家男子，少有城市居民），并且要签立契约。这份契约就像那种乡勇也须签订的不会逃亡或投降的承诺，契约上有签约人全家的姓名，而这些人也就成了确保士兵忠勇尽职的人质保障。实际的招募工作由长官直接通过个人招募，这样可以使官兵通过恩义与忠诚联系起来。而最终官兵之间的关系，在很多方面都类似同时期理想的主仆关系。
通过把全军的组织结构以紧密的个人忠诚为纽带联系起来，曾国藩成功地建立了一支模范战斗部队，但是这种组织结构也会带来一些新的问题。这种组织结构内在的缺点在于，当指挥官阵亡或被解职，其所领部队也必然相应解体，这样接任的指挥官才能够重新根据个人的要求直接招募新员，而新的军官通常会保留原来部队的老兵，但是老兵与新将之间的个人联系还需要通过招募这一行为来重新确立。另一个他们起初并未意识到的更大的问题是，这种非常规的战斗部队不断发展，成为晚清军阀私人部队的原型，正是后者扫清藩篱，为民国的建立奠定了基础。但是，前述的任何缺点都并不影响湘军以快速有效的方式镇压了太平天国运动。
曾国藩在湘军的训练中所强调的道德伦理，与太平军的宗教倾向也颇有几分相似。湘军军规规定，禁止官兵吸食鸦片、赌博、通奸强奸、喧哗吵闹、加入秘密组织、散播谣言或者穿着奇装异服等。另外，就像儒家家庭中父亲教训孩子一样，一些“家规”也被扩展到湘军对新兵的道德宣教中，强调不断地培养每个人对儒家道德观念的认同。遵从命令、尊敬长官与军事技巧一起成为新兵的训练内容，而且训练还主张关爱和尊重百姓，尽管湘军后来的行径与这些培训所主张的内容大相径庭。
此外还有三点值得注意。首先，一般的湘军士兵仅仅装备最基本的剑和长矛，而另一半人也仅配备老式小型火器，射速极慢。第二，湘军医疗仅为最低配置，这最终导致伤员无人护理，流行疾病肆虐行伍，严重地削弱了他们的战斗力。第三，因为紧守官兵之间紧密联系的组织结构，曾国藩并未有规制地把太平军的降兵吸纳到湘军的队伍中来，而这些投降而来的太平军不是就地被解散，就是被全体屠杀。就算破例收纳，那些原来的太平军也或多或少地独立成队。从韦俊和童容海所部投降而来的太平军，或被整个改编成水师，或被分配加入与湘军组织特性不同的鲍超的部队。当然，这一政策也随着时间有所改变，几年之后，即便是湘军之中，也出现了原太平军士兵战斗的身影。
水师的组织结构
考虑到农民对战船毫不熟悉，水师官兵的招募工作就必须在河流和湖泊水域周边的民众中展开。当1853年年底衡州和湘潭的船厂完成计划任务一半的时候，从广西来的水勇正在训练大量新招收的水兵，教他们如何操作战船以及如何开炮。在和褚汝航和夏銮商议之后，曾国藩为水师制定了一套不同的军法，尽管这套军法在诸如募兵制度、饷银、军风建设和以营为基础的建制等主要方面与陆军大致相同。水军的营与陆军的营有所不同。水军营官在一种名为“快蟹”的较大船只上，指挥他的小舰队作战。水师一营有十哨，每哨有长龙一艘、舢板一条，由一哨长指挥。因此，一营总共有大小舰船二十一艘，官兵四百四十七人。湘军水师的总指挥为总统，而首任总统为诸如航。这支水军从无到有的创制是曾国藩的一大功绩，他现在可以以湘军大帅的身份坐在特别装备的拖罟（旗舰）上，满怀骄傲地出航了。
曾国藩从来没有想过要做大帅，但受时机所迫不得不出任。直到1854年春，曾国藩屡次拒绝清廷要他去皖北及湖北各地增援清军的要求，理由是他的水师尚未成形。就连总督吴文镕求他去前线救援也没有成功，事后，在知道自己的恩师1854年在黄州遭遇惨败而殉国时，曾国藩异常后悔未能出兵相救。他本希望江忠源出任湘军大帅，但是吴文镕败亡后不久，江忠源在庐州战死，让曾国藩终于下定了决心。由于找不到其他合适的人选，曾国藩迟疑再三，终于不情愿地出任了湘军的大帅。
十年战争的序幕
太平军于1854年2月16日从被其占领的汉阳蜂拥渡过长江，并于次日包围武昌之后，长沙的官员风声鹤唳。太平军很快就要侵扰湖南，因此绝对有必要动员包括湘军在内的一切力量。幸好，曾国藩的最后一艘战船在2月23日安装上了大炮并配齐了水手，当时步兵诸营也已准备就绪。2月25日，曾国藩率领着风貌整齐的湘军从衡州出发，开始执行它的第一个任务——保卫长沙。
这时，包括塔齐布的先锋营和留守衡州镇压土匪的罗泽南和李续宾的两个营在内，湘军共有十五个营，共五千余名步兵。水师方面，则由曾国藩的旗舰、四十艘快蟹、五十艘长龙、一百五十条舢板、许多其他各式征用改造的战船，以及一百二十艘雇来运送重型器械和行李的船组成。每艘船都配有火器或者大炮，并装饰有各色旗帜。水师总计有大小船只四百七十艘（其中战船二百四十艘），水勇五千名。此时编排的十个营中，有一营由褚汝航直接指挥，而褚汝航此时也兼任水师总统。
湘军的大本营主要由营务处和粮台两个部门分别执掌其职能。粮台下又分八个小部门：（一）文案所，撰写通信与文案；（二）内银钱所；（三）外银钱所；（四）军械所；（五）火器所；（六）侦探所；（七）发审所；（八）采编所（主要负责对情报信息分类编译）。在这两个大部门之外，湘军还专门设立捐局，主要负责贩卖官级，以充军饷，状如前述。
从长沙出发后，湘军就正式加入清朝的武装力量，参与抵抗太平军。虽然在名义上，湘军只是清军的一支部队，但是曾国藩的这支新军从组织、装备到军纪等很多方面都与清军其他部队大不相同，更不用说其半独立性质及其拥有的大量水师，湘军在整个清帝国可谓独树一帜。当时，湘军上下总共有一万七千人之多。当曾国藩的奏折送抵京师，清政府对湘军强大的战斗力顿感震怖，马上就派了两位高阶满族官员到曾国藩军中，名为襄助，实为监视。但是，面对湖南和湖北不断加剧的危急局势，清政府毫无选择的余地，只能放任曾国藩自行其是。
《讨粤匪檄》
作为出征太平军的正式开端，曾国藩发表了一篇名为《讨粤匪檄》的檄文，谴责太平军的罪恶行径，昭示自己镇压革命起义的正当性，并号召全国百姓支持自己的战斗。如果仔细分析这篇重要文献的四个部分，我们就可以发现曾国藩在檄文中混淆视听、造谣污蔑并且夸大其词蛊惑民众，使他们（尤其是士绅阶层）对革命运动充满愤恨。
例如，檄文第一部分强调太平军穷凶极恶，控诉他们在湖南、湖北、江西、安徽和江苏都犯下言辞难以形容的暴行。檄文接着说，太平军这帮土匪对待俘获的民众不如猪狗，而自己贪图富贵享乐。
第二部分批评太平军败坏古代圣贤所传名教，使自古传续下来的社会秩序动荡混乱。尤其对士绅阶层而言，这是对太平军最为重要和有效的控诉，我们有必要来阅读以下这部分原文：
自唐虞三代以来，历世圣人，扶持名教，敦叙人伦；君臣父子、上下尊卑，秩然如冠履之不可倒置。粤匪窃外夷之绪，崇天主之教，自其伪君伪相，下逮兵卒贱役，皆以兄弟称之，谓惟天可称父。此外，凡民之父皆兄弟也，凡民之母皆姊妹也。农不能自耕以纳赋，而谓田皆天王之田。商不能自贾以取息，而谓货皆天王之货。士不能诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、新约之书。举中国数千年礼义、人伦、诗书、典则，一旦扫地荡尽，此岂独我大清之变？乃开辟以来名教之奇变。我孔子孟子之所痛哭于九泉，凡读书识字者，又乌可袖手安坐不思一为之所也？
檄文的第三部分从宗教方面指责太平天国捣毁神像，包括孔子和其他先贤的寺庙和牌位在内，“无庙不焚，无像不灭”。这些行径使鬼神共愤，曾国藩将亲自报复这些不可饶恕的捣毁神像的渎神者。
檄文的第四部分（也是最后一部分）郑重地宣布，曾国藩受皇帝钦命，驭水陆两万兵勇，要铲除邪恶的叛乱者。檄文还有力地号召各界民众，尽其所能支援作战，并许诺太平军士只要投降，则或做高官，或自由归乡。檄文的最后还赞美了皇帝的优秀人格和有道明德，曾国藩还宣誓，他的所有军事行动都以对皇帝的忠诚和信仰为出发点。
这篇檄文最明显的目的就是使百姓相信，镇压革命就意味着镇压暴虐和蛮夷，消除对传统伦理和文化的致命威胁，打击异教徒破坏偶像的恶行。曾国藩试图煽动百姓，尤其是士绅阶层的愤怒情绪，为此不惜违背良心地搬弄是非，造谣中伤。如果对檄文第一部分的指控细加审查，我们就会发现，除两点外全都是在不断重复毫无证据的谣言。当然，那些指责中也有少量的事实，太平军确实有将私人船只征作军用的情况，妇女也确实被征集去做建造和制造军备等重体力劳动（如前文所说的天京女馆）。但是，檄文中说“农不能自耕以纳赋”，“商不能自贾以取息”，因为所有的东西都归天王所有，曾国藩通过这些暗示太平军没收私人的土地。这些内容曾国藩可能是从太平天国的《天朝田亩制度》中节录的，但是如果曾国藩能有机会更多地进行了解的话，便会知道这些论述是配合太平天国治下土地的重新平均分配而实行的（见第八章）。
此外，曾国藩指责太平军是破坏儒家传统、搅乱社会秩序的罪魁祸首，这项控诉也掺杂着煽动和误解。所有熟悉太平天国的社会政治目标的人都会意识到，他们非常依赖儒家的伦理系统，他们的整体改革也严重依赖周代的古制。洪秀全在砸毁了孔子的灵位，表达自己对科举制度的愤怒之后，最终又回归了孔孟之道，他与传统唯一的显著不同，便是他接受了基督教的单一神论。讽刺的是，太平天国将外国宗教元素引入这一点，恰恰给了曾国藩煽动作为既得利益者的乡绅和害怕众神报复的迷信群众最为有力的口实。
除了搬弄是非和饱含偏见，曾国藩还狡猾地规避了太平天国革命运动的一个重要方面。曾国藩在檄文中从未提过太平天国推翻清朝统治的主要目标。他对皇帝的溢美敬称，彻底忽视了其血统，片面地强调治世明君应该得到所有子民的效忠这一点，以符合古代圣贤的伦理教诲。通过将檄文受众的注意力从异教的理念转向对儒家秩序的威胁，曾国藩非常成功地将立志推翻清朝统治的太平天国革命运动刻画成一场儒家与基督教异端的战争。他取得了巨大成功，以至于百余年之后的今天，许多儒家学者仍然以曾国藩的视角看待这场战争。
在评价曾国藩在中国历史上的影响时，我们须知他是宋代理学的代表人物，而宋代理学则强调权威。卫德明(Hellmut Wilhelm)这样评价《讨粤匪檄》的第二部分：
首先，檄文显示了他（曾国藩）的认识囿于宋代理学的极端集权主义教条，认为君臣上下的关系是文明的主要内容。他热忱奋发却一叶障目，他甚至不断一字一字地重复《论语》中最著名的一段“四海之内，皆兄弟也”，来指责太平天国理想的卑劣。
曾国藩是一个极端的集权主义者，他认为礼治是规范人类行为的最高准则。他的最高目标就是保守传统的文化和社会组织，消灭威胁文化永续传承的太平天国，即便这意味着要残忍无情地杀害无数自己的同胞。为了贯彻这个最主要原则，对儒家经典中所教诲的爱国与仁义，都必须视而不见。就这样，曾国藩的思想从空洞的形式主义，一步步地转化成变味的伪善与残暴，从此对人间的疾苦和生命的价值变得麻木不仁。这与满人宣称的“民为贵，社稷次之，君为轻”的格言相去甚远。
曾国藩与很多伟大的人物一样，也都为“好名”所驱使。在他从1842年三十二岁开始与太平军战斗的约十年，再到1872年六十二岁他去世的前一年为止所记录的日记中，“好名”一词出现了十次。这很可能可以体现他在不断地对自己做道德上的反省，以宋代理学的传统为最高要求，试图从其事业中根除自私的动机。但是，清廷屡次降旨训诫他要约束“好名”之心，无疑最好地证明了他在这场斗争中的失败。
烽火湖南
1854年3月初，当湘军到达长沙时，林绍章和石贞祥所率的太平军已经占领湘府长沙北面的岳州、湘阴和靖港，正要攻取西面的宁乡。面对可能被包围的威胁，曾国藩和骆秉章立刻兵分三路，进行反击。首先，在湖北本要援助武昌，却因总督吴文镕的求救而失期的胡林翼及其所率六百黔勇受命向南移动，在从长沙而来的塔齐布部队的协助下进攻岳州。第二，王鑫率领一部三千人在北线攻略（此部出发时尚为湘军的一部分，但1853年冬，该部独立出来，被称为“老湘营”，由省府直接指挥）。第三，储玫躬为一路，率兵从长沙出发，受命夺取靖港。在前往靖港的路上，储玫躬听说宁乡已于3月11日陷落，他经验不足却大胆冲动，决定改道救援宁乡，最终孤军深入城中，结果身死军没。
但是，太平军并没有久驻宁乡，他们在靖港和其他地方和新湘军交手屡次落败，这迫使林绍章和石贞祥决定暂时撤出湖南。湘军陆勇和水师分两路追击往湖北撤退的太平军，于3月23日收复岳州。一周之后，曾国藩亲自来到岳州视察，评估形势，命令全军追入湖北。
正当曾国藩的部队各路出击的时候，林绍章和石贞祥带着增援的部队卷土重来，于4月7日从王鑫和湘军守军的手中夺回了岳州。于是，长沙再一次暴露在敌人面前，曾国藩不得不召回除东路军外所有出击的部队。太平军无情地发起新的攻势，夺回了靖港，由石贞祥驻守，而林绍章则率一路部队向南，绕过长沙直取湘潭。这个计策获得了成功。4月24日，林绍章击溃了沿途遇到的三支小规模的湘军队伍，并控制了湘潭，掌握了长沙南线。
长沙城内，曾国藩和他的副将们紧急召开了作战会议，一致同意彭玉麟提出的首先全力夺回湘潭的作战策略。湘潭陷落次日，塔齐布就指挥部队进行反攻，王鑫部和其他的步兵部队也随即加入。为了增强兵力，褚汝航还从长沙率半部水师（五个营兵力）先期抵达，曾国藩也预备率另外一半随后赶来。但出发当日夜晚，靖港乡勇遣使前来求援，他们得到错误的情报，说靖港只有数百太平军，毫无战备，而且地方乡勇已经搭建了一座浮桥，可供军队渡河。使节向曾国藩保证，夺回靖港易如反掌，只要派遣援军鼓舞士气，就可马到成功。
这看起来确实是不容错过的最佳时机，曾国藩手下的将军们也无一人反对，既然湘潭很快就可以收复，那么同时对靖港发起攻击，便可以一举扫清北线敌军。就这样，曾国藩犯下了他军事生涯中的第一个重大失误。他亲自率领四十艘战船和八百多水勇来到靖港，于4月28日发起攻击，然而他遭遇了两百余艘太平军小船的压倒性打击。湘军和地方乡勇死伤无数，战船也损失惨重，如此惨败让曾国藩羞愧万分，后悔莫及，这位悲愤异常的大帅三次跳入水中试图轻生，三次都被他的幕僚救起。
回到长沙，曾国藩成了各种讥讽、鄙视和嘲笑的众矢之的。甚至有些官员敦促巡抚骆秉章解散那些无用的湘军。曾国藩再一次想要结束自己羞耻的一生，他起草了一份长长的遗嘱，还叫弟弟去为自己置办棺材。就在那日夜幕降临之前，湘潭方面传来捷报，4月26日和30日一系列的陆路和水陆行动都大获全胜。来使接着说，林绍章的残部已经向两个方向逃窜，一部向北直接逃往靖港，另一部经江西向西逃窜，其余死伤万余人，另有万余人逃散，整个千余艘船只的舰队也都已溃败。曾国藩闻讯当然喜出望外。好事成双，几日之后，又有信使来报说，石贞祥已于5月4日率全部部队从靖港撤回岳州。这意味着不仅湖南安全无虞，广西、广东也都已平安无事。
当详细的战报到达北京，清廷大喜过望，将所有相关的官员都晋升官级，湘潭战斗的首功塔齐布被越级择拔为湖南提督，接替鲍起豹的职务。曾国藩虽然因为在靖港的失败，象征性地丢了礼部侍郎的官，但是他受朝廷喜爱信赖的地位，却因为湘潭的胜利而更加巩固。朝廷的反应令巡抚骆秉章和其他的湖南官吏都大为振奋，他们立刻变成了重建湘军的积极合作者。数月之内，他们就招募了数千新勇，湘军陆军战力得到恢复，他们还建造了比被毁船只更好、更强的战船，并建立了第三座船厂，专门用于维修战舰。湘军同时还得到了更多的支持。太平起义时期的桂平县令李孟群从广西带来一千水勇。高阶水师军官陈辉龙也从广东转调到曾国藩帐下，并且带来四百名水兵和一百门大炮。曾国藩还令罗泽南和李续宾率部从衡州来长沙，编入战斗序列，筹备未来的行动。
第二次占领武昌
在进攻湖南失败之后，太平军的指挥官们担心强大的湘军进而会进入湖北，于是决心采取一切手段重新占领武昌，作为太平天国在湖北控制区域的大本营。为了把湘军拒于武昌之外，他们从岳州派出了两股部队：一股经桐城向东，另一股由刚吃了败仗的林绍章率领，向西移动。作为对太平军新举动的回应，湖南方面的清军向北派出了三支部队，他们与太平军之间均有零星摩擦。6月11日，林绍章和半路加入的名将曾天养占领了澧州以及常德府，随即率军前往龙阳，并在那里击败了胡林翼率领的三股湘军部队。（太平军受到了当地群众的热烈欢迎，因为胡林翼是个腐败堕落的官员。）石贞祥在东线也成功地牵制了湘军部队，在这种情况下，太平军命令在鄂北的诸路部队开始集结，准备对武昌发动总攻。
韦俊仍然包围着武昌城，虽然并不严密，但是足以满足战术需求。新获任命的湖北巡抚满人青麐仅有千余清军可供调遣防御，这些人甚至站不满城墙的雉堞，而附近几乎所有的清军部队都在与太平军的缠斗之中无法抽身。太平军加强了对武昌的包围，切断了城市的食物供给，并于1854年6月26日（咸丰四年六月初二）第二次占领武昌。许多城内官员被杀，但是青麐和他的幕僚与前任巡抚崇纶一起突围而出，经湖南逃往荆州。（青麐随后因私弃守城，越境他省逃亡，罪无可赦，被清廷斩首。）武昌胜利的首功当属少年将军陈玉成。他从鄂北受命来援，担任了武昌作战的急先锋，率先登上城墙。作为奖励，他被择拔为检点，他当时年仅十八，仍然富于春秋。