湖北和江西战场
为了防止太平军对湖南新一轮的攻势，骆秉章和曾国藩制定了由全部新编湘军部队参与的反攻计划。经过重新组织的湘军增添了新的战船和火炮，还增编了三千人，总兵力达到了接近两万人，再加上宝贵的实战经验，曾国藩的这股军事力量变得空前强盛。左宗棠此时也被巡抚骆秉章任命全权负责全省军务，他的意外回归也给曾国藩不少助力。从此之后，曾国藩便得到了湖南省府坚定全面的合作和支持。
曾国藩决定于1854年7月7日正式出击，水师先遣部队经水路直奔岳州，而陆军则向北分三路开拔，林源恩为东路，胡林翼为西路，塔齐布为中路，直赴岳州。东路军受到阻击，行军困难，被迫撤退。但是，塔齐布的部队成功赶上水师，两股部队会同向岳州城发起了正面进攻。而岳州城此时由刚从湘北常德返回的曾天养率领水陆两部紧密防守。曾天养两度败绩，被迫于7月25日弃城撤退，但两日后便率领更多的陆军和水师发起反击。反攻未见成效，曾天养的部队被击败，而此后两日赶来增援的韦俊和林绍章的大股援军也被击退。与此同时，胡林翼趁曾天养不在时，收复了常德附近的桃源和澧州，然后向东增援岳州的塔齐布。
但是，太平军并不打算放弃在这一地区的其他据点。8月9日，曾国藩率领第二股先遣水师到达战区的第二天，陈辉龙和曾天养的水师在洞庭湖中相遇，全军覆没。前往救援的水师总统褚汝航、夏銮以及数百水勇也都战殁，舰船也损失颇多。只有杨载福和彭玉麟两个营的水师安全逃离。
洞庭遭遇战大败之后，曾国藩任命李孟群接任褚汝航为水师总统，而巡抚骆秉章则送来了更多的战舰，迅速地补充了战斗损失。而刚获胜的太平军接下来却厄运连连。两日后，在三千行军的太平军与塔齐布的游击部队的遭遇战中，一位太平军长髯老将突然从乱军中杀出，纵马奔杀，长矛直刺塔齐布，刺伤了他的坐骑。这名老将随即被塔齐布的亲兵击落马下，被周围的湘军斩杀。直到收复武昌后，一些太平军遗留下来的文件证实了这位老将的身份，这时塔齐布才意识到这个袭击他的人究竟是谁。而太平军此时便已知道，在这次绝地冲锋中阵亡的是他们的传奇勇将曾天养。在此后的许多天内，整个太平军都为这样一名猛将的阵亡而悲痛不已；数年后，天王洪秀全追封曾天养为烈王。
太平军部队因曾天养阵亡而群龙无首，震怖错愕，塔齐布轻而易举地就把他们击败了，但是数日之后，韦俊又迫使塔齐布撤退。在那之后的几天之内，韦俊接收了上万人的太平军援军，但是他的对手也得到了增援，罗泽南和李续宾也率精锐部队抵达战场，他们在决定性的战斗中击败了韦俊，迅速扭转了战场的局势。实际上，这场胜利奠定了罗泽南勇猛无畏的声望，使他与塔齐布齐名。湘军现在获取了战场的主动权，并靠着胡林翼的桂勇，在年轻有为的将领朱洪章的率领下，逐渐地将太平军驱逐到了湖北。到8月25日，可以说整个湖南境内已经没有太平军了。
武昌之战
将近8月底的时候，韦俊、石贞祥和石镇仑被召回天京，经过历次战斗已经损耗削弱的武昌防御，交由缺乏经验的石凤魁、黄再兴和陈玉成负责。这等于公开请曾国藩收复武昌，当时曾国藩已经率领全体湘军从水陆两路直奔武昌，而官文率领的荆州军也向西挺进，协同配合，与曾国藩的水师在途中会合。到9月初，他们的联合行动使清军占领了武昌以西以及长江上游区域，为后方的行动部署提供了一个牢固的基地。下一步便是全面推进，为从各个方向发动进攻占据有利地形。战斗进展非常顺利，曾国藩甚至在10月初把大本营移至武昌上游不远处的金口；而当罗泽南和塔齐布的部队推进到武昌城西六十里处的时候，他们在曾国藩的大本营召开了一次作战会议。与会的湘军、水师援军和荆州军的将领们一致同意罗泽南提出的三点战略方针：（一）水师全力肃清江面上的太平军船只，以切断汉阳和武昌之间的联系；（二）塔齐布和罗泽南分两路直扑武昌；（三）荆州军沿长江北岸向东移动，占领汉阳。
10月12日，最终的战斗打响了。太平军无法阻止陆路三路攻势中的任何一路，水师也陷入重围。次日，虽然在北岸的战斗中获得小胜，但是太平军全局溃败。他们在江面上的舰船被彻底消灭，在两座城外布设的壕沟和营寨也全被攻破。10月14日清晨，太平军弃守武昌和汉阳，清军随即占领了这两座城市。在追击太平军的作战中，塔齐布营击杀了千余太平军，更多的人则逃往江中自溺。但是，当数百太平童子军一起大义凛然地投江时，塔齐布见状实在心有不忍，下令救援，他的部队将两百多名童子军拖出急流。虽然从整体而言，太平军此役伤亡相对不大，但其水师全军覆没，损失两千余员，受到了严重的挫败。从此，湘军夺得了长江上游的控制权，为曾国藩的湘军向东进军提供了巨大的便利。
这场胜利是自太平天国运动爆发以来，清军获得的最为重大的胜利，具有标志性的意义。清廷得到捷报后，朝廷上下欢呼雀跃，咸丰帝激动地对群臣说：“不想曾国藩一书生，竟能建此奇功！”皇帝正要破格提拔曾国藩负责战区的军政事务，军机大臣祁隽藻却中伤说：“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居闾里，一呼，蹶起从之者万余人，恐非国家福也。”对曾国藩不断增长的势力的这种冷酷解读，让咸丰帝沉默良久，最终撤销了对曾国藩的晋升嘉奖。
显然，曾国藩的“政治好运”不复存在。塔齐布被赐黄马褂，赏骑都尉世职，并受命东进收复南京。当初武昌陷落，台涌被褫夺官职时暂代湖广总督的杨霈被赏实授总督之职。而曾国藩却只是恢复了侍郎旧职，并被任命为湖北巡抚，曾国藩以为母丁忧未满三年为由，坚决不受封赏。清廷意识到曾国藩即将挥师东下，无法留任巡抚一类的职务，也就依从其意，改授兵部侍郎，此官有名无实，甚至连官印都没有。此后的六年之中，曾国藩仅仅以“客将”的身份，独自肩负与太平军作战之使命，他的身份、官级不足以调度行动中所需的外援，而他也只能仰仗地方官员的个人态度来获得支持。
其他掌权的汉人官员也不断地提醒满族统治者，应保持对曾国藩的警惕，其中就包括军机大臣翁心存。有史料记载，他对皇帝说，给曾国藩过大的权力就会“尾大不掉”。然而，清朝政权受到起义军的威胁，不得不冒风险，允许这个愿意去镇压起义、绞杀汉人以维护清王朝的汉人自由行动。而讽刺的是，这种放任的结果便是，曾国藩在未来的几年中得到了许多满族和蒙古族军机大臣的鼎力支持。
根据曾国藩的建议，清廷任命胡林翼为湖北按察使。与此同时，胡林翼仍领一军受曾国藩指挥，这表明曾把胡看作值得信赖的下属和湘军副总指挥的最佳人选。作为收复武昌之后紧接着的下一步行动，曾国藩向皇帝上奏了一道措辞沉重的奏折，为他的恩师吴文镕正名。吴文镕于前一年受崇伦欺诈唆使，过早卷入战斗，在黄州败亡。曾国藩用他从未使用过的严厉措辞，批评了前任巡抚崇伦，清廷降旨，以弃守武昌之罪逮捕惩戒崇伦。但是，清廷随即接到他在西安病亡的消息，此案也就不了了之了。
攻防计划
现在，武昌和长江上游地区均已安然无虞，可作为后方的基地。曾国藩和胡林翼为剿平太平天国运动所规划的大战略中的下一步骤便是向东进军，逐渐收复城池，最终目标便是收复南京——用成语来说就是“高屋建瓴”。依照这一战略，九江便是下一个进攻的目标，他们决定分三路进军九江：总督杨霈率领湖北军沿长江北岸行进，塔齐布和罗泽南各带一路湘军步兵及一些湖北的部队，沿长江南岸行进，而水师则分前后两批顺流而下，前队由杨载福和彭玉麟指挥，后队由曾国藩亲自坐镇，李孟群为副将。三股军力计划在田家镇会师。水师于10月28日出发，而陆军在数日之后开拔。
在安庆的石达开，也怀着悲痛的心情制定了防卫计划。由于北线的庐州仍然处在包围之中，安庆方面能够做到的，也就只有命令胡以晄和罗大纲从皖南及江西向湖北前线供给粮草和军械弹药。前线则由秦日纲指挥，他率领大量步兵和战船，从天京往援武昌，在抵达九江时就得到了湖北前线意外失利的战报。东王杨秀清随即命令秦日纲驻防田家镇，并节制所有从湖北撤回的将领。为了显示不惜一切代价守住防线的决心，杨秀清还召回了武昌陷落时指挥战斗的石凤魁（石达开族兄）和黄再兴，并将他们枭首问斩。城陷之前被召回天京的韦俊和石镇仑，此时被派往田家镇协防。前线官兵则严肃军纪，重新焕发了誓死一战、不怕牺牲的作战意愿。这一点最好地说明了他们在和清军的下一场交锋中表现出来的勇猛无畏的状态。
半壁山之战
曾国藩和他的湖北盟军在向田家镇的三路出击中，收复了沿途所有的湖北市镇。太平军小将陈玉成的水师受挫，不得不向东撤退以修补战舰，而他仍然坚守上游不远处的蕲州城。此时，占领半壁山这座在田家镇江畔南岸群山中的最高峰，便意味着控制了长江上游河道的战略要冲，长江在此处变窄，急流汹涌，转而向南。太平军以半壁山为据点，用六条铁链和七条竹缆连接两岸，紧密地封锁了河道，还用水簰水城进一步阻绝江面。这些水城由竹筏支撑，竹筏上建木城高塔，由士兵持火器防守。
残酷的半壁山之战于11月20日打响。罗泽南和李续宾的部队首先击溃了太平军林绍章部，三日后，他们又大败了秦日纲亲率来战的两万太平军。秦日纲部在损失数千人后，军心混乱，撤退到了田家镇，而罗泽南则抓住机会，切断了长江水道中的铁链和竹缆。与此同时，在半壁山脚下的行动中，塔齐布也战胜了一小队太平军。然而，同一天，韦俊和石镇仑率大量援军抵达战场。次日，即11月24日晨，田家镇方面的太平军发动了新的进攻，韦、石二将率部由上路山间出击，而秦日纲则率部由下路山脚进攻。残酷的战斗持续了整整一天，石镇仑和其他很多将领阵亡，两千多名士兵或溺死或被杀，多达八九成士兵负伤，秦日纲和韦俊不得不承认失败，带着余部撤回田家镇。但是太平军并没有放弃战斗，第二天清军就发现，长江水道再次被铁链和竹缆封锁起来。
战场暂归平静，直到12月2日，杨载福和彭玉麟率领的湘军水师前队在赶走蕲州的陈玉成之后赶到前线，并开始清理水道中的铁链、竹缆。完成之后，湘军水师便顺流追击太平军舰队直至武穴，并在那里烧毁了四千余艘太平军的船只。同一天，陈玉成又返回蕲州，并在那里击败了一营湘军，但是这样的小胜不足以挽回整个局面。12月3日清晨，秦日纲和韦俊烧毁了田家镇的营盘，向皖北地区的西南部撤退。陈玉成在最后战胜一股荆州军之后也从蕲州撤退，转向广济。
九江之战
半壁山一战结束之后，再也没有什么能够阻挡湘军水陆两路前进的步伐，彭玉麟的水师（杨载福抱病休养）于12月8日驶入九江地区，紧随其后的是经田家镇沿长江北岸而来的塔齐布营。太平军方面，距离九江最近的部队是正在江西饶州收集粮草补给的罗大纲部。听闻九江就要遭到清军的进攻，罗大纲立刻率领万余人赶来，并且渡过长江，在小池口设立了前哨营地，数日之后，在安庆援军的及时援助下，对刚到达战区的清军李孟群部取得了几场小胜。在此后很短的时间内，湖北的陈玉成、韦俊的部队以及皖北秦日纲的部队等各路太平军，均到小池口与罗大纲会合。在整体的战略部署上，罗、秦、韦三将分别防御九江城北和城西地区，陈玉成则作为机动储备力量。城防则仍由忠贞侯林启荣的驻防部队负责。
自12月20日起，太平军在北岸的防御作战中屡屡受挫。最终，秦日纲、韦俊和陈玉成不得不撤出九江，退守位置在湘军背后的皖北的西南区域，而罗大纲则渡河向东退至湖口。紧接着，1855年1月2日，双方的总指挥非常巧合地同时抵达战场。曾国藩乘着他的旗舰到达九江，而石达开在胡以晄的陪同下也到达湖口。此后的一周，曾国藩的舰队成功地控制了长江至湖口段，即鄱阳湖入口水域。而清军陆路方面，则随着塔齐布、胡林翼、罗泽南、李续宾和云南出身的将军王国才等部队的抵达而势力增强，一场惨烈的大战即将爆发。但是，林启荣和他的驻防部队一次又一次地击退了湘军对九江发起的进攻，湘军开始意识到，占领九江实非易事。曾国藩开始紧张且失去耐心，期待战局有所突破，便开始采取“舍坚攻瑕”的战略。根据这一战略，塔齐布部奉命继续围攻九江，与此同时，曾国藩亲自率军会同胡林翼、罗泽南和其他诸营，在李孟群水师的配合之下进攻湖口。
但是诸事进展得均不顺利。在湖口，湘军水师遇到了石达开和罗大纲在鄱阳湖入口另一侧布设的封锁。从1月15日至17日，水陆两路上大大小小的战事接连不断，而太平军逐渐占据上风。到1月29日，情势又有足以影响此后两年战况的重大发展。当胡林翼和罗泽南的步兵会同李孟群和彭玉麟的水师共同向湖口西侧发起攻势的时候，曾国藩麾下的水师指挥官萧捷三以一百二十艇轻舟及两千精锐水勇突破了湖口的封锁，穿插深入到了鄱阳湖内。石达开和罗大纲瞅准机会，随机应变，迅速恢复封锁，将敌军船只包围在湖内。石、罗已经将曾国藩强大的水师切分为两股，当天夜里，他们便派出一众小船驶入江中，偷袭李孟群和彭玉麟的水师，是役共焚毁李、彭部大船九艘，小船三十有余。短短一天之内，曾国藩自满不已的舰队就锐减至李、彭部从九江挽救回上游的少数几艘战船而已，已经无法发挥任何实战作用。
没有了水师的支援，九江方面的湘军步兵也与敌人陷入了胶着，而杨载福（病愈回归）的部队抵达战场，对局势也影响甚微。塔齐布方面遇到的困境，使得曾国藩于2月11日由湖口返回，而这一决定给湘军水师带来了更大的灾难。当夜，罗大纲率百余艘轻舟从小池口渡江，第二次突袭了曾国藩的舰队，这一次他摧毁了一百余艘战舰，还俘获了曾国藩的旗舰。曾国藩侥幸逃脱，被人用小船护送到罗泽南的营地，但是其他几乎所有军官都战殁于是役。有几艘未沉的小船被迅速地转移至上游，许多水勇逃亡，还有人抢劫了营地的钱财。
这是由曾国藩的愚勇无谋造成的湘军第二场大败。和在湘潭之战中任性地攻击靖港一样，在占领九江之前分兵湖口，使得前后两线的行动都缺乏足够的后备兵力，使防御方的太平军在战术上有机可乘。曾国藩为他拙劣的指挥，以及湘军水师的分割覆灭感到羞愤。曾国藩准备冲入太平军的前线甘为玉碎，罗泽南和帐下的士兵及时阻止了他。
重夺汉阳、武昌
为了抓紧取得大胜的时机，尽快展开新的进攻，罗大纲在战斗的次日分出一部分部队向西，协助秦日纲对武昌和汉阳发动反击，同时自己留守九江，防止曾国藩向后方派出任何湘军部队。事实上，曾国藩确实试图派李续宾、塔齐布和罗泽南往援，但是三路人马均受罗大纲的截击而被迫返回，其中塔齐布还险些被罗大纲生擒。
曾国藩的部队被有效地围困在九江城外，湖北的防务遂全部落在总督杨霈的身上，而不谙军务的杨霈此时手上只有约一万人的兵力。这股兵力与罗大纲、韦俊和陈玉成率领的太平军无法相提并论，他们在皖北的西南部重新集结，准备对湖北发动新的攻势，并于1855年1月付诸行动。1855年2月16日，杨霈全军在广济战败撤退，杨霈本人侥幸逃往鄂北。此后太平军向西进军再无险阻，接连攻克城市。石达开和罗大纲从九江派来的援军与前线部队会合之后，全军又分为两股，秦日纲和陈玉成指挥下的北路军于2月23日第四次占领了汉阳，韦俊率领的南路军也连克小城，并接近武昌，这样便完成了南北两路对武昌的合围。
曾国藩对武昌的命运感到焦急而无助，他能做的也就只是令胡林翼率三千陆军以及李孟群率三营水师往援。但他们再逢厄运，一场大风使水师损失了二十二艘战船，并使余下船只中的二十一艘严重受损。为了防止太平军全歼九江战区剩余的七十余艘战船，彭玉麟受命率这些战舰回湖北修整。当时，曾国藩仍然竭尽全力地挽救武昌，此后不久，他便令王国才率三千士兵回援，这使得曾国藩自己及一小股部队孤困在九江，与后方隔绝，无法沟通消息和进行补给。林启荣和罗大纲得到石达开的命令，不惜一切代价坚守九江，并保证曾国藩无法行动。这段时期对这位湘军大帅而言，是他人生中最闷闷不乐的岁月。他沿鄱阳湖西岸南下视察被困的水师舰船，此行之中在九江等地备受江西官员的奚落与嘲笑。他能从这段黑暗困苦、为人诟病的岁月中复起，也显示了其坚定不移的意志和强烈的求胜欲望。
在武昌的对岸，秦日纲派遣一股部队向西截击一股靠近战区的清军，此后又派陈玉成向北阻截杨霈的部队。与此同时，汉阳的驻军击退了从九江来援的胡林翼和李孟群的部队。此时，又一阵大风摧毁了八十余艘李孟群的水师舰船，使他们被迫撤回上游的金口，李孟群和刚被提升为湖北布政使的胡林翼便在金口等待增援。杨霈因在广济的惨败被褫夺了官职，但仍留任总督，此时他率在东线战败，借道鄂北返乡的荆州军重返战区。这支武昌援军中的最后一股被陈玉成成功阻击。此时鄂府已陷入孤立绝望的境地，在秦日纲和韦俊的猛攻之下，于4月3日落入太平军手中。这是太平军第三次，也是最后一次占领武昌。至此，太平军西征的最终目标得以实现。
武昌战事
包括湖北巡抚以及代理按察使在内的湖北官员，都在武昌一战中身殁殉国，胡林翼此时受命暂代巡抚，李孟群则为湖北按察使。他们重新审视了麾下的部队，彭玉麟手下的水营已经重整，再加上一些步兵，他们认为展开反击已经准备就绪。李孟群也在此时被调离水师，亲自率领一股大约三千人的步兵部队。王国才率领的滇军也从九江而来，成为胡林翼麾下最为强大的部队。杨载福也带领着一队修复完毕的水师舰船，前来协助这次行动。
图4 西征示意图
从5月1日到9月14日的四个多月的时间内，清军一直试图重新夺回武昌城未果，后来李孟群的部队又遭遇惨败，胡林翼不得不向西撤退。四天之后，太平军兵分八路，从汉阳对胡林翼和王国才部展开进攻，而此时胡林翼部的士兵忽然要求偿还欠饷，拒绝战斗。但是，他们在自己的要求得到满足之前便被命令进入战场，于是便自行逃散。胡林翼愤懑难当，策马冲向敌阵，欲求一死，被其亲兵阻截，将奔马引向河边。此时鲍超的战船正驻锚岸边，是他拦截了惊马，救下了这位代理巡抚。此时胡林翼更加愤懑，他的官印在狂奔中遗失（意味着他无法再行使自己的职权）。
胡林翼对这位好心的鲍超的沉着镇定印象深刻，认为他是一位有潜力的将才，随即把鲍超调离水师，叫他去湖南招募三千新勇，另立一新军（这标志着鲍超新的军事生涯的开始，他的部队此后在曾国藩的指挥下不断成长，功勋卓著）。武昌方面，胡林翼率领王国才和李孟群的残部撤离至一偏险所在，并在那里重新整备部队，因此战事稍歇。太平军没有抓住这一机会彻底消灭胡林翼部，使之迅速变得更加强大，这可以说是他们的另一个战略失误。
曾国藩的失意岁月
太平军占据武昌，意味着曾国藩驻扎在江西的小股部队与湖北、湖南二省间的联系被彻底切断，这股部队仅有塔齐布和罗泽南的一些步兵，以及萧捷三率领的驻在鄱阳湖中的一股士气低落的小型舰队。幸运的是，在4月中旬，有数千人的新募兵勇从湖南来援，这些人名义上由曾国藩的副官李元度指挥，除了已溃败而毫无斗志的水师，这是曾国藩唯一可以亲自控制的部队。曾国藩的军事实力跌入低谷，在省级官员中的威望也破碎不堪（江西巡抚陈之迈拒绝通过任何方式与曾合作）。曾国藩在这段日子里闲散无事，备受挫折，偶尔去南昌视察他受困的舰队，鼓励水师的军官水勇尽全力修整舰船。
虽然在1855年2月的两场遭遇战之后，九江地区四个月内再无战事，但江西境内的其他地方仍然兵火不断。4月上旬，罗泽南受命向东至饶州，将一支由范汝杰指挥的太平军从南昌驱赶至浙江境内。范汝杰的部队此时刚刚进入皖南，接收了罗大纲前往安庆时留下来的部队（见第十章）。从6月开始的一个月内，鄱阳湖也发生了一系列战斗，结果清军成功地抵御了太平军驻湖口的将军黄文金（外号“黄老虎”，因作战勇猛而闻名）的进攻。与此同时，丞相钟廷生率领的太平军由湖北来犯，给南昌带来了新的威胁，清军不得不召回罗泽南，而罗在此前的8月20日，正在和西线的来犯之敌作战，并成功地将其驱离。
仲夏时节，一场对九江的作战正式展开。此时，九江的太平军守将林启荣一直占据优势。8月中旬，满人文俊受命接替陈之迈，担任江西巡抚。这对于曾国藩而言是一场政治上的胜利，因为他此前不断上奏清帝，强烈地谴责这位采取不合作态度的前任巡抚。但是，曾国藩在政治上的得意却无法补偿随之而来的损失，他失去了自己信赖有加的两名得力干将。第一个是湖南提督、九江攻略战总指挥塔齐布。8月30日清晨，就在对九江新一轮的进攻就要开始时，他忽然于营中去世，年仅三十九岁。作为清军最为勇猛的战将，塔齐布深受士兵的爱戴，从湘军成立伊始便深得曾国藩的信赖。他的满族出身，帮助曾国藩削弱了清廷对他不断扩大的力量和影响的戒备和疑虑。曾国藩闻讯感到悲痛不已，从南昌亲赴九江，为全军重新任命总指挥。在需要一位更加有能力的官员之时，曾国藩任命周凤山为总指挥，而周缺乏能力，在不久的将来就把全军带向了覆亡的边缘。周凤山接过指挥权时，湘军全军共有他亲自率领的五千兵勇及罗泽南部约三千人。另有李元度部三千人以及两营水师部队，包括杨载福部十营中的一营，以及彭玉麟部八营中的一营，而杨、彭二人仍在湖北。其中并不包括被困在鄱阳湖内的舰队。
曾国藩亲眼目睹了周凤山在第一次战斗中就败给了林启荣在九江的守军，此时又传来噩耗，他在鄱阳湖内的舰队指挥官萧捷三被杀。曾国藩立即赶往南昌料理舰队事务，也得知了这次行动的细节。9月4日，萧捷三和李元度巧妙配合，对太平军在湖口的黄文金部发动进攻并取得成功，随即开始直接夺取湖口的作战。李元度部突破城防，并放火烧毁了军械库、火器营（负责制造火炮的场所）以及粮仓，水师同时待命支援，并摧毁了二十五艘太平军战船。就在战斗正激烈的时刻，萧捷三被炮弹击中，当场毙命。水师瞬间陷入混乱，而由于缺乏水师的支援，李元度也不得不撤退。
曾国藩派人急调彭玉麟归来，彭返回之前，水师指挥由副将刘于浔暂为代理。曾国藩还将罗泽南从西线调回南昌，共同谋划下一步的战略。曾国藩预备派罗泽南去帮助胡林翼收复武昌，但是罗成功地说服了他，建议他首先收复湖口，以切断天京和上游诸城间的联系。于是9月18日，在李元度的步兵和鄱阳湖内水军的协助下，罗泽南对湖口的进攻依计展开。此时已经返回安庆，试图包围庐州的石达开，为黄文金的守军调配了一千人的援军，太平军因此击退了清军连续三天的攻势。罗泽南意识到，占领湖口绝非易事，便撤回南昌再做谋划。随后他带着五千人进入鄂南，准备依照曾国藩原本的计划，在保持对九江的包围的同时收复武昌。曾国藩则留守在江西，比之前更为孤单脆弱。
鄂南战事
1855年10月，双方都在集结人马，为鄂南即将重燃的战火做着准备。太平军的总指挥石达开与胡以晄一起带领两万人马以及大规模的水师舰队入鄂督战，至于庐州则任由其自生自灭。这一战略改变的部分原因可以归结为秦日纲被召回天京主持挽救浙江的军事行动（他同时带走了年轻的英雄人物陈玉成，详见第十三章）。清军方面，罗泽南的到来，使得从9月自武昌惨败撤军后都没有采取任何军事行动的胡林翼倍感振奋。胡林翼派了三千人的部队以及数艘炮舰，试图与罗泽南会合，准备从两面对太平军发动攻势。
到10月底，罗泽南成功地推进并且收复了崇阳，但是李续宾部在羊楼峒战败，而胡林翼部被武昌来的韦俊部击败，使得两路部队始终无法会合。石达开试图收复崇阳，便派遣部队随即对该城展开反击，罗泽南损失了数位帐下将军，被迫撤退至羊楼峒。在重新整编了剩余的兵勇之后，罗泽南开始在蒲圻附近寻找并联络胡林翼和他的部队，却遭遇并且战胜了韦俊全军超过一万人的部队。石达开镇定自若，再派两股数千人的援军增援，继续执行既定的计划，令韦俊向西南的岳州进发，而自己则向东南经通城和平江，准备延长攻势，夺取湖南。如果成功的话，这对太平军而言将是一个完美的战略，太平军将占领湘军的老巢，武昌的安全也随之确保无虞。但是，就在捷报不断传来，占领湖南看起来越来越有希望的时候，石达开却感到不得不放弃这次攻势，转而进军江西（详见后文），这使得韦俊不得不单独面对罗泽南和胡林翼的联合进攻（石达开和韦俊从此再未见面）。这一行动是太平军犯下的另一个战略失误，他们错失了占领湖南并彻底消灭胡林翼与罗泽南部的绝佳时机。韦俊的部队战斗经验严重不足，无法独立抓住这一机遇。
石达开离开后不久，胡林翼和罗泽南会合，并对太平军展开了联合行动。首先，他们从韦俊手上夺回了蒲圻，韦俊则撤回武昌，留天王堂兄洪仁政守咸宁。而罗泽南在李续宾的帮助下，很快又收复了该城。到1855年年底，太平军被迫撤回武昌城内，而武昌城也陷入了罗泽南和胡林翼联军的包围之中。
石达开与广东天地会
石达开之所以突然转向江西，是因他认为有希望在那里吸纳数以万计的广东天地会众加入其部队。前一年夏天，广东全面爆发了天地会的起义。为了响应天京太平天国运动的号召，名伶李文茂领导十万余天地会众包围广州，陈开率领另外十万余会众占领了邻近的富庶重镇佛山，其他地方的天地会伙众也控制了许多乡县。经过五个月的漫长包围，广州终于在总督叶名琛（在高州战胜拜上帝会后由巡抚晋升为总督）及英国人的协助下解了围。英国人为了保护自己的商业利益，为清军提供军火、粮草以及运输支援，并且派炮舰驻扎干预，防止天地会经珠江靠近广州城。天地会最终在广东清军的压力下被迫向西撤退。占领佛山的天地会众也是如此，而此时，李文茂和陈开及他们领导的会众合成一股，继续前往广西各地进行活动。随着清军官军和乡勇在广东不断收复失地，分散四处的天地会伙众开始向广东北部的韶州府（今韶关）附近集结。在三次试图攻占韶州未果之后，这股天地会众也分散离开了广东。其中一股由何禄率领进入湘南，后被击败溃散。另一股由陈金刚率领，先入湖南，后又经广西艰苦地撤回韶州，他们也遭遇了同样的命运。剩下的几股在葛耀明、周春等人的领导下，向北进入广西，并占领了一些城市。但是，他们真正的生存希望在于加入石达开的部队，得到大量军队的保护，而石达开同样迫切地需要将他们众多的兵众吸纳于麾下，以增强太平军的实力。
石达开由通城率大军入赣（虽然实际人数比清廷官报中说的三万人要少），在于1855年12月9日占领新昌（今宜丰）后，接纳了几股正在当地活动的天地会众，此时太平军总人数达到了将近七万人。虽然名义上和招募其他士兵相同，但实际上天地会众是成组加入，保持着半独立的状态，并且保持着他们自己的组织系统以及各色旗帜——这便是他们被称作“花旗”的原因。此外，新加入的天地会众受普通太平军士兵的宗教洗染不深，军纪涣散，战力不佳。
有了数量庞大的部队，石达开展开了在江西境内的作战，新的作战目标是包围南昌并消灭曾国藩余部。太平军连克城池，迅速地攻占临江，并从那里出发，进攻紧邻南昌城南的樟树镇，这彻底引起了曾国藩的警觉。他的第一个应对措施是调周凤山结束对九江的包围，迅速率部赶往南线，支援与太平军前锋周旋的刘于浔及其鄱阳湖内的部分水师。在这个关键的时刻，经验丰富的水师指挥官彭玉麟乔装成乞食士子，行经数百里，成功穿过太平军哨岗而未被认出，最终到达南昌。曾国藩见到彭玉麟大喜过望，立刻将鄱阳湖内水师的指挥权交给了他，彭则率领余下的水师舰船向南，前往遭受围攻的樟树镇。太平军占领了南昌东、西、南面的城市，并扼守南昌北面的长江河口，彻底包围了南昌城，而此时城内却一艘曾国藩水师的舰船都没有。
1856年3月中旬，石达开从新近占领的江西南部的吉安府抵达临江，亲自指挥对樟树镇的总攻。曾国藩深知樟树镇一旦失陷对南昌安危的影响之大，遂以全部兵力应战。3月20日，太平军蜂拥渡过赣江，战斗打响。大战持续了五天，周凤山的溃败在所难免，他的部队失去指挥，崩溃瓦解，死伤千余人。周凤山本人得到一位年轻勇猛的滇将毕金科的帮助，侥幸得以逃脱，毕金科部（包括贵州小将朱洪章）是唯一生还的部队。水师也不得不撤回鄱阳湖内。
前线的溃败使南昌城陷入恐慌，而零零散散地逃亡回来的幸存者更加剧了这种局势。为了巩固城防，曾国藩迅速整编溃散的湘军，由他临时指挥。这一举动虽然与他之前所坚持不渝的战斗逃兵永不再行收编的原则相违背，而在此时却是绝对必要的。但这是曾国藩仅有的兵力，而且又有消息说，江西东部的城市乐安和抚州（今临川）也已落入太平军之手。曾国藩现在身陷危难，四面被围，有城无防，孤立无援。如果石达开乘胜追击，继续向北，拿下南昌可谓易如反掌，生擒曾国藩也如瓮中捉鳖。但是就在最后的关头，石达开得到天京来的命令，命他向东进军，配合全军对向荣的江南大营发动总攻。曾国藩又一次侥幸得以化险为夷。虽然消灭向荣的部队对于太平天国而言也攸关存亡，但无论天京的安全如何重要，天京的总指挥部再一次犯下了致命的战略失误，严令石达开即刻返回天京。如果命令稍有容让，石达开便有可能占领南昌，消灭曾国藩，然后再转道向东。若果真如此，整个太平天国革命的形势也将为之一变。
石达开离开后，江西的军政事务交由他的岳父卫天侯黄玉昆负责。接下来的作战中，太平军将八座府城及五十余座县城纳入治下，仅剩省府南昌和四座府城（东边的广信和饶州，以及南面的赣州和南安）尚在清军手中。在此后的几个月中，太平军与清军的战斗仅限于与彭玉麟的水师和曾国藩的步兵在鄱阳湖畔的小规模战斗，击退曾国藩的一次反攻以及对抚州和建昌（今南城）的一次袭击而已。对这两座位于南昌南部的府城的进攻由李元度领导，他集结的部队与太平守军展开了拉锯战，直到黄玉昆率援军抵达，才被迫撤退。此后直至7月初，北王韦昌辉在对向荣的江南大营的军事行动中取得胜利后，受命负责江西军政事务。截至此时，江西的局势一直十分稳定，没有发生任何变化。
石达开在皖赣的执政
同一时期中国士人、外国居民甚至是太平军的敌人留下的诸多资料都毫无例外地表明，石达开在安徽和江西的执政是值得肯定的。前面已经指出，石达开具有杰出的军事指挥才能，他与生俱来的对治下民众的仁慈与宽厚也同样突出，在各个地方，石达开都赢得了民众的支持和爱戴。占领府县之后的第一步，便是建立地方政府，其下设有乡县政府，官员由当地民众根据《天朝田亩制度》自行推选。此后，地方事务均由政府解决，而不再是军务。地方民众对石达开的爱戴与支持，通常体现为热情地支援他的部队。在瑞州，民众自发自愿地为驻军贡献粮草食物，使驻军得以在相当长的时间内抵御各种进攻，守卫该城。
石达开麾下的将军们也效仿他的做法，在江西留下了良好的口碑。美国传教士丁韪良(William A. P. Martin)根据一位书商对其家乡抚州情况的描述所写成的报告便是一个例证，值得我们引述于此：
（抚州）府城原有三千官兵驻守，一遇险象发生，即弃城而遁，留下大炮，甚至其他军械，尽资敌人。太平军到，屯东城下，居民开城迎之。乃遣八人骑马先入，巡行各街道，安抚百姓。大队乃继之进城。其后派队四出，在各村镇募兵，持有“奉命招兵”大旗，迅即招得志愿兵几至万人，除食物衣装外，每人每日亦得钱一百。各府县均设民政官员。本地绅士被邀合作，有被任重职者，而一般士人则被雇用为书手先生。他还提到，有一少年曾在江西太平军服务多时，得抚州后，欲还原籍省视孀母。太平军长官准其荣归，赠其“老太太”以银两丝绸。此事表现他们敬老崇孝，予人至好印象，使人感服……太平军减税至半额，禁止部下屠宰耕牛。凡有暴行祸民者，严刑惩罚，以故深得民心。而清军则尽反其道，肆行强暴，屠宰农民耕牛，强掳人民妻女，勒索人家财物。太平军政治严明而有力。而其官方宣言，于1853年初起时尚为华饰，而今再看则文体完备，融润心怀，颇有江南学士之风。饮酒限每次一杯，鸦片则绝对禁止，虽然私下吸食实难杜绝。
另一位史料提供者（化名为T）也写过一份类似的报告，用很长的篇幅记述了一名陶器商人向他介绍那些“‘长毛’对他们很好”，又说“（江西的）人们虽然才被纳入叛军治下，却各自安生如常”。这位陶器商人接着说：“江西省周边各县的人民也未被滋扰，在新统治者（指太平军）的治下仍然继续劳作。”至于同在石达开管理下的安徽，这位陶器商人与之前提到的那位书商所观察到的如出一辙：“安徽的起义军所设之税关，比清朝的普遍课税要低许多。”
浸信会教士花雅各(J. L. Holmes)在亲自前往天京考察之后，曾经强力地谴责太平天国的基督信仰。但他也对石达开卓越的人格魅力深感叹服，他写道：“他被说成一个从不杀人的好人，而且想尽办法怀柔人民，深受士兵和民众的爱戴，人们争相传颂说他是好人，行好事。”
我们之前也提到过，就连曾国藩也暗自承认，石达开“挟诡诈以驭众，假仁义以要民”。曾的副将李元度更是公开地从对手的角度赞扬石达开，说他“有可为善之资”，还说他“性慈不好屠戮”。清朝官方记录剿灭太平天国战事的史家杜文澜，则说石达开“外假宽恕”。
上面引述的这些评价表明，与石达开同时代的人，无论敌友中外，一致对他肯定赞许，从而使得这位太平天国革命运动中的伟大领袖在历史上占有一席之地。
鄂北战事
在攻占武昌前后，陈玉成一直忙于干扰在德安府的湖广总督杨霈向南进军，最终他成功占领了德安，并且把杨霈赶到了随州。1855年5月中旬，杨霈败退随州的数日后，西安将军满将札拉芬率军抵达。札拉芬在此后与陈玉成的战斗中阵亡，陈就势占领了随州。杨霈在战场上弃札拉芬的性命于不顾，自己逃到了襄阳，并因此被褫夺了官职。荆州将军官文被任命为湖广总督，代替杨霈。与此同时，对太平北伐军取得胜利的西凌阿受命为钦差大臣，主理湖北军务。到了7月中旬，鄂北大部分地区仍然控制在陈玉成的手中，而他已经返回德安。襄阳方面的清军计划对德安发动总攻，但是官文带领荆州军和一些湖北的部队却按兵不动，等待西凌阿的到来。南线在这两个月间也表面上风平浪静，太平军与围攻他们所占领的武昌和汉阳的胡林翼部僵持不下。
1855年8月初，西凌阿终于抵达随州，还带来了五千北方步兵及三千太平军北伐后期的降兵。再加上受他指挥的超过万人的地方乡勇，西凌阿便率领着这支数量庞大的军队开赴德安。但是，1855年8月13日，他的北线部队被陈玉成大败，这一败绩还使两千多太平降兵在之后的几天内又转投了太平军一方。陈玉成于8月17日展开全面反击，清军遭受重创，即便是撤回随州后，仍然遭遇了三场败绩。因这次惨败，清廷裁撤了西凌阿的官职，并任命总督官文兼任钦差大臣。
陈玉成乘胜带领大部队前往武昌，增强那里的防卫力量，随后与秦日纲一起返回天京，参与发动消除浙江威胁、消灭向荣部队的作战。官文察觉到德安防备空虚，便开始发动进攻，但是由于驻防的太平军已于11月13日弃城而出，转向汉阳，官文不战而胜，收复了这座空城。这位钦差大臣轻松地获得了自己的首场军事胜利。此后，官文率全军南下，与胡林翼和罗泽南联合进攻汉阳，胡、罗二人进而准备包围武昌。
武昌、汉阳之战
从武昌、汉阳二城的战略价值进行衡量，即将爆发的战斗在太平天国军事斗争史上可说是至关重要的事件。以1856年1月3日胡林翼、罗泽南联军重新包围武昌为开端，双方使尽浑身解数，抢夺河流交汇口的控制权。紧接着抵达战场的，是杨载福率领的经过整编、士气一新的湘军水师。此前，他们还在长江上取得了一些胜利。（杨载福新近被任命为湖北提督，两年内晋升高位，实为破纪录的升迁。）官文也率北线的军队从德安赶来，与李孟群部合力包围汉阳。
从1月13日至27日，武昌城外不断发生战斗，清军的进攻一次次地被韦俊和陈玉成击退。清军仅在水战方面能有一些战果，杨载福的水师不断地摧毁太平军更多的船只。此后又过了二十天，清军再次发动了一系列进攻，武昌城外的战斗进行了两周有余，与此同时，北线的清军也对汉阳发动了几次袭扰。在战场重归平静的时候，罗泽南收到了曾国藩在樟树镇战败后从南昌发来的求救信。但是，胡林翼和罗泽南认定不久即可攻破武昌，于是他们决定罗泽南部暂缓前往南昌救援，全力以赴在十天之内迅速占领武昌城。
为了应对清军新一轮的攻势，韦俊于1856年4月6日展开了一场全线反击作战，以武昌守军和新近从九江及其他地区赶来增援的太平军兵分两路，冲击清军阵线。罗泽南亲率部队对阵守军，三次被击退，又三次杀回城墙之下，勇敢无畏，甘冒风险地试图冲破城门。最后，就在城门之下，罗泽南左额中弹，他的部队陷入混乱，随即败退。五日之后，罗泽南在其营中去世，享年五十七岁。这是湘军阵亡的第三位大将，是对湘军的重大打击。罗泽南的部队只剩下千余人，由他的学生和副官李续宾接管，清廷此后追赠罗泽南总督衔。
胡林翼此后率所部继续包围武昌，但是在再一次败绩之后，他不得不承认收复武昌非一日之功，而且直接进攻武昌已经浪费了大量的人力资源。他的新策略便是徐而图之，耐心等待更为有利的条件和机会，同时想尽一切办法救援南昌的曾国藩。
就在此时，曾国藩的弟弟曾国华受老父之命，从湖南来为其兄长乞援。胡林翼和李续宾即刻为曾国华组织了一支四千一百人的独立部队，并从湖南征兵中为他预留两千人。曾国华不得不一边与一股江西来的太平军战斗，一边向东挺进，最终他成功地将这股太平军赶向南方，自己则进入了江西境内。
武昌城外，锲而不舍的胡林翼再次改变策略，他现在决定要一个个地占领周围的县城，孤立武昌，切断武昌下游的补给线。除了胡林翼手下不断收编新兵、号称有五千人的部队，还有李续宾部一千人、李孟群部六千人以及杨载福十个新编营的水师部队。杨载福的水师横扫长江江面，消灭了从武昌到九江河道内的所有太平军船只，因此有效地阻止了太平军向武昌和汉阳的增援与补给。1856年夏天，一支由古隆贤率领的万余人的太平军救援部队勇敢地试图从九江沿陆路进入湖北。他们被杨载福的部队阻截，而韦俊从守城部队中抽调出来的接应部队也被截击。尽管如此，韦俊仍然固守武昌，直到1856年8月，石达开在天京击破向荣的江南大营之后亲率三万大军赶来救援。
太平军治下的湖北
不幸的是，记录有太平天国在湖北境内活动的相关史料，除了战事记录，总共就只有一些零碎的布告和一卷史料，关于太平天国在这一广大区域的执政举措，我们只能了解大略。
首先，史料证明，太平军治下的湖北各县均成立了地方政府，如黄冈、蕲州、兴国、黄州、罗田和广济。但是，由于许多府县太平军仅为短暂占领，或双方交替占领，太平天国施政的细节大部分并无记录。
其次，有零散的证据表明，地方政府由文人施政这一点在太平军治下得到了落实。例如，石达开命令秦日纲保留兴国州的育才官，而蕲州和黄州通过科考的翰林们，可以留在各自的城市负责民政，待东王杨秀清最终裁夺任命。
第三，秦日纲的太平军部队始终保持着严格的军纪。
第四，负责武昌防卫的将军韦俊和石凤魁保持了太平军原有的高尚道德标准，这一点可从他们联名发布的措辞简明的文告中得以印证。他们规定，通奸、卖淫（娼妇及嫖客）、吸烟（烟草和鸦片）等行为均处死刑。这份文告面向湖北所有民众及太平军各级官兵，开篇宣称其目的为“革污俗以归正道”，这与基于基督教教义的太平天国基本理念相符。