1861年9月5日，清军收复安庆。五天后，曾国藩便将他的大本营移到那里，开始集中全力为进攻天京进行谋划部署。这是他平定太平天国大战略的第四步，也是最后一步。他已经决定由他的弟弟曾国荃负责直接进攻天京，但是为了防止太平军的援军大部队靠近，就必须另外进行一场平定浙江的战役。曾国藩很清楚，顺利进行这样一场战役的关键便是，他能否找到一名大将坐镇指挥，能否部署相应的作战力量和优秀的将官，以及能否为其筹措足够的军饷。
对于第一个问题，曾国藩心中早有人选。当曾致信问询，而左宗棠干脆利落地回答可以时，总指挥的问题便迎刃而解。在一份11月中旬曾国藩起草的奏折中，他正式建议将收复浙江的任务交给左宗棠处理。随即，左便接到清廷的命令，要他全权处理浙江军务。至于浙江之战的作战部队，除了左宗棠自己的九千人，以邻近的皖南地区为大本营的湘军张运兰部、一支有小型舰队支援作战的赣军部队、广西臬司蒋益澧所辖的六千湘军、由湖南而来的刘培元的新募湘军以及已在浙江部署的李元度及李定太两部各八千人，均被选编入作战计划之中。因此，左宗棠所指挥的浙江之战的部队具有相当的规模，而唯一所剩的问题便是筹措足够的军饷。为此，曾国藩上折清帝，请求从广东税收月调白银十三万两，外加赣东税收及朝廷分配给湘军之厘金，配给左宗棠的部队。虽然曾国藩此前出于谦逊而婉拒了清廷让他管理浙江军务的命令，其职权也仅限于江苏、安徽和江西，但是随着天京战略计划的实施变得越来越现实，曾国藩出于情况之必要而施行的实际职权也相应地变得更大了。
1861年12月29日太平军攻陷扬州之后，浙抚王有龄的去世更使左宗棠声名鹊起，平步青云。1862年1月底，清廷依照曾国藩的举荐，任命左宗棠为浙江巡抚。而曾的另一名大将蒋益澧，也随之被任命为浙江布政使，这件事也更能证明这些任命的背后都有曾国藩的助力。由此，由曾国荃和左宗棠从两面夹攻天京的计划最终确定了下来，而曾国藩又在关键时刻派李鸿章到上海，于苏东再注入一股力量，以便从第三个方向进攻天京。现在，粉碎太平天国的战略已定，只待实战的最终检验。
左宗棠入浙
当1862年2月13日，左宗棠就任浙江巡抚，并率其全军从皖南经开化进入浙江时，该省几乎所有的地区都在太平天国的控制之下：浙南由李世贤坐镇，而浙北归正在进行上海之战的李秀成管辖。在半路击溃了杨辅清的一部分部队之后，左宗棠直接前往清军仍在坚守的衢州。对此，到了3月上旬，李世贤才开始做出反应，他率军直奔开化，迫使左宗棠迅速回援他的这个后方基地。左不仅在开化大胜太平军，而且在返回衢州之前顺便收复了遂安。李世贤试图阻截左宗棠继续前进收复遂安的努力也宣告失败。此后，从4月1日至4月23日，双方在江山附近大战，李世贤的部队（还有一部分原来广东天地会的会众）逐渐失利。唯一的例外便是李世贤在从北面前来增援的洪春元的配合之下，击败了左宗棠军左翼的刘典部。但是，李世贤与洪春元不合，洪随后便撤军返回了天京。到此时，左宗棠已经选定了两个城市作为浙江作战牢固的基地，两城此前都一直由清军驻守，不曾陷落，即李定太驻守的衢州和李元度驻守的江山。
在浙江的其他地区，还有三支不受左宗棠节制的部队各自独立地与太平军作战。一些浙东南的乡县由仙居、台州、黄岩和天台的地方官员及乡绅组织的民兵收复，这些民兵名义上接受闽浙总督庆端的指挥。而庆端也亲自率一部闽兵，收复了浙江南部的温州和处州两府，并成功地防御了太平军对其他一些城市的进攻。第三支部队也是实力最强的一支，其中大多为外国人，他们不久便将太平军从宁波击退。
宁波失守
从开埠通商诸国的角度来看1861年12月太平军占领宁波一事，无论他们的占领如何平稳，无论他们的管理如何有序，都是其扩大在华贸易的阻碍。在这种背景之下，1862年4月22日，在太平军欢迎刚在天京晋封为首王的副守将范汝增回城的盛大仪式上，因火枪走火，子弹落入外国租界，打死了一名或两名中国人，英海军司令何伯立即命令刁乐克船长带领“争胜”号前往宁波。但是，在刁乐克于4月26日到达宁波之前，他和英、法两国的领事都收到了太平天国发出的信件，其中一封对此事件进行了解释，另一封是驻防将军黄呈忠发出的正式的道歉信。显然是出于尽快化解矛盾的目的，次日，刁乐克便复信太平军称：
我们对贵方发来的解释和道歉的函件深表满意，并对贵方与我国及法国保持友善关系的意愿印象深刻。请允许我向贵方表明，我方此时并不坚持要求贵方撤除炮阵，但我们仍然坚持要求贵方撤去其中火炮……我方再次向贵方申明，我方官长诚挚地希望保持中立，并在宁波与贵方和平相处。直至上次事件发生之前，他们对贵方的行为均表示满意，请放心，我方不会破坏我们之间的友好关系。
但是，就在刚刚发完了这封表示和解的信之后，刁乐克又于4月28日发出了最后通牒，其部分内容如下：
我率领大军前来，要求贵方（对前日之事）表示严正的道歉……我已经认定你们正在城墙之外建造一个大型炮阵，而它已经严重地威胁到外国人定居区的安全……因此，我要求贵方立刻停止建设该阵地，并将所有城墙上指向我们的定居区的火炮全部拆除。
刁乐克接着说，如果火炮和驻军不能在二十四小时内撤除，英国和法国的部队将摧毁该阵地，并占领宁波城。
对于“洋弟兄”突然而来的敌意，太平军感到措手不及，守将黄呈忠和范汝增在一封签署日期为29日的信中诚心诚意地解释说，火炮和阵地是保护守军免受攻击的必要预防措施，不会从任何层面上对双方之间的信赖关系和友谊产生任何影响：
我们并没有任何进行威胁的想法，我们也不可能忍受背弃自己所立下的和平之宣言。我们不能够撤除阵地或其中之火炮，如果贵方坚持之前的态度和要求，便说明贵方意图挑起与我方之矛盾。如果您愿意，自可领兵攻城；如果您愿意，可以向我方发起进攻；我们将默默地进行防御。
刁乐克对太平军的解释并不满意，也未因他们表示的善意友好而稍做缓和，于5月2日再次提出了要求：（一）严正道歉（尽管之前已经收到了道歉信）；（二）从炮阵中撤除所有火炮；（三）所有人员撤离城墙和炮阵。在次日的回信中，黄、范二人为表明对外国人的和平立场，做出了新的让步，允诺“将所有面向江北岸（外国人定居区）的火炮堵塞炮口……撤除所有火炮和枪械的弹药，并以此来表达我们愿意继续维持长久的友善关系”。对于第三点要求，太平军已然按照刁乐克的要求，严禁任何人登上城墙。
这些新的允诺是否使局势缓和，我们无从知晓，希克斯(W. H. Sykes)不无讽刺地评论说：“就算这两位将军把火枪都扔到水里，他们也还是会接到别的要求。”而且此时，原宁波道台张景渠和一支原来广东的水贼船队进攻宁波，这使得局势忽然发生了变化。5月5日，张景渠通知英国领事夏福礼(Frederick E. B. Harvey)说自己准备攻城，并请求英、法两军之援助。根据呤唎所说，当天晚上，刁乐克找到了张景渠，两人便开始密谋计划。到了5月9日，张景渠和他的舰队到达了外国人定居区和英国舰队驻锚人员登陆地点之间的某个地方，如果太平军向清军舰船开火，便会有击中英舰的风险。而前一天，刁乐克还向太平军发出了一封措辞严厉的照会，声明任何从邻近外国人定居区的炮阵射向清军的炮弹，都会对定居区内的人员生命安全构成威胁，因此将遭到英舰对宁波城的回击。数小时之后，黄、范二人就以长信回复刁乐克，言明他们将遵守约定，将面向外国人定居区的火炮堵塞炮口。但是他们坚持说，防御清军的进攻意味着会向任何敌人攻来的方向进行射击，宁波不可能让与清军，外国势力应当通过阻止清军进攻的方式来保护自己的利益。
双方的通信到此为止。1862年5月10日，张景渠的舰队自由地在英、法舰船的驻泊地周边进行布置，并且开始向宁波城开火。一开始，太平军只以火枪回射，直到四艘英舰及两艘法舰开始轰炸城市之后，才以炮火还击。有人说，外国人还击是对两枚太平军的子弹击中英舰“茶隼”号船尾的报复；但中国也有一种传言说，这是英领事馆通事、曾受英国人之命招募绿头军的郑同春（化名阿福），与清军这支原水贼舰队的指挥张景渠勾结密谋，让张在战时悄悄地向英国舰船打了几枪。
无论如何，英军获得了交战借口，于是他们毫不松懈地对宁波进行了长达五个小时的轰炸，直至所有太平军的火炮和防御工事都被彻底摧毁。黄呈忠和范汝增此后率军迎战，英勇地与借助云梯攀爬城墙的绿头军以及张景渠指挥的原水贼展开肉搏。战斗中，数百太平军战死，其中上百人横尸城头，黄和范也都身负重伤，最后太平军被迫放弃，撤出城外。外军有三人死亡，二十六人受伤，其中包括两名英军船长，而法军船长耿尼(Kenny)上尉在随攻城士兵冲锋登城之时受伤身亡。
宁波城后来被转交给原道台张景渠，而他手下的原水贼和绿头军则肆意地在街巷之上抢劫和杀戮。由松江被派来支援宁波的华飞烈的五百常胜军，直到5月11日才赶来，比进攻宁波城晚了一天。但是这启发了刁乐克，他为郑同春招募了一千人的新军，由英国军官训练，并配备英式武器，以备将来在浙江的作战。
虽然英军在收复宁波这座开埠城市时所扮演的角色，在一定程度上受到了欢迎，但是也有很多外国的观察家对这样专横的行动进行了尖锐的批评。《中国内陆贸易报告》如此评论道：
无论是用光明正大的手段还是邪恶肮脏的伎俩，何伯司令是决心收复这个地方的。而完成这个计划所采取的模式，成为大英帝国的荣耀之上无法洗刷的耻辱。
《香港每日快报》的一篇长文是如此开篇的：
没有比同盟国从太平军手中夺取宁波更加错误、更加无理或者更为不合道理的事情了。公平地讲，这应该是皇家海军“争胜”号的刁乐克船长永远的耻辱。
浙东的其他战事
在追击太平军的过程中，左宗棠于1862年5月31日将大本营从江山移至衢州，并在那里与刘培元三千二百人的新募湘军部队合兵一处，分别在6月8日及11日取得了对战区内太平军的两场胜利，迫使李世贤退回金华。由于此时李世贤接到命令，让他迅速救援被围攻的天京，这更让他迫切地想要在离开之前先使左宗棠这支规模较小的部队丧失战斗能力。李世贤首先计划骚扰左宗棠在衢州或遂安的补给线，但是在苦战一月毫无建树之后，他只能于7月18日再次撤回金华附近，并开始从周围乡县集结兵力，据守金华，确保自己离开之后，左宗棠也无法向东移动。
而后来被文士学者们反复谈论描写的发生在诸暨包村的奇怪事件，大约就是在这个时候发生的。1861年10月29日太平军占领诸暨的时候，该村的百姓拒绝接受新政权的管理，于是便以本村年轻农民包立身为首，拥兵自卫。而村民都认为包立身具有神力，于是数千人从附近的乡县赶来这个戒备森严的村落，很快便组织起一支强大的团练民兵力量。1862年5月底，梯王练业坤及来王陆顺德包围了村庄，但是他们数次进攻，均被包立身指挥的大约一万民兵击退，损失惨重。1862年7月27日，该村地下发生了巨大的火药爆炸，沉寂的村庄瞬间火光冲天，炸死了二十九岁的包立身及一万四千名村民，将在太平军面前坚守九个月之久的村庄夷为平地。
1862年8月2日，另一队华飞烈的常胜军到达宁波，由英军指挥官马惇(Morton)带领。到达后，他立刻与掌管宁波税所的法国人日意格(Prosper M. Giquel)组建、训练并指挥的四百人的部队联合，向黄呈忠和范汝增撤退的目的地余姚发动进攻。黄与范坚守一天，直至第二日，联军方面有莫得理(Tardiff de Moidery)属下之中法混编联合炮队，在与张景渠及法国指挥官勒伯勒东(A. É. Le Brethon de Caligny)一同而来的刁乐克船长的亲自指挥下前来增援，迫使黄、范从余姚出逃。
太平军也曾经两次试图重新夺回宁波，而规模庞大的敌军势力只是最终使他们退却的原因之一。在宁波被占一月后又从余姚被赶出来的黄呈忠和范汝增，在张景渠原水贼船队的叛将的帮助下，于9月18日占领慈溪，并反攻宁波。但是，与此同时，华飞烈也从上海来到了宁波，还带了一千新兵，与城内华尔思德早先带来的两千人合军。（华飞烈与华尔思德均受李鸿章之指派，而李鸿章因为左宗棠不在而正代理浙东军务，并开始战略性地扩展其在上海的军事行动。）21日，华飞烈率兵进攻慈溪，在英国皇家海军“哈代”号的船长波格勒(Bogle)的助阵之下，占领了慈溪，但是华飞烈阵亡于是役。三十七岁的华飞烈先是因重伤被抬出战场，于次日拂晓之前在“哈代”号上死去。另一方面，太平军于9月20日占领奉化，然后在9月24日，练业坤率军进兵宁波，也被清洋联军击败，撤回奉化。他在奉化坚守了一段时间，甚至在10月9日还取得了一场胜利，但是最终于10日撤出了该城。
奉化一战之后，华飞烈的部队被召回上海。几周之后，在与法国公使协商之后，清廷任命法国指挥官勒伯勒东以总兵衔代理驻防宁波将军。勒伯勒东此后又联合了一千五百人的部队及日意格的炮队立即进军，于11月18日收复了余姚（黄、范逃亡之所），并协助张景渠于22日收复了上虞。
左宗棠在浙西
浙东激战正酣的时候，左宗棠也向太平军在浙西的据点发起了攻势。但是太平军在这里经营已有七个月之久，又有人数上的优势，他们将左宗棠的部队限制在其衢州大本营附近。1862年9月26日，蒋益澧率领八千人的新募湘军从广西而来，扭转了整个局面。左宗棠安排蒋益澧的部队作为自己的左翼，于一周之后重新开始发动进攻。这一次他收复了寿昌，并击垮了太平军在汤溪以西的一处辅助据点。而此时一直想迅速战胜左宗棠的李世贤也认识到，回援天京一事再也没有拖延下去的正当理由了。因此，在命令各处防将不惜一切代价坚守四十天（他认为回援天京的任务可能需要如此长的时间）之后，李世贤带着自己的大部队向北而去。事实证明，此后他再也没有返回浙江。李世贤离开浙江固然是由于他须遵从天王命令，但是如此做法在军事层面上的后果是十分严重的，而且不久就已经显现出来。缺少了李世贤的领导，留守该省的十万太平军无法抵挡左宗棠充满战意、跃跃欲试的新军。李世贤长期缺阵，使得其军心全面涣散，随之而来的便是逃亡、反叛和太平天国领土的逐渐失陷。
虽然在10月20日，太平军确实曾在汤溪和龙游击退过清军的进攻，但是不久之后，天地会出身的严州守将就向左宗棠一部投降。另一个重大的挫折发生在1863年1月，蒋益澧在汤溪和龙游击溃了由东面而来的黄呈忠、范汝增及练业坤率领的太平军援军。此后的2月27日，汤溪守军中一名年轻将官背叛了守将李尚扬，他关押了李和其他七位将官，然后带着这些囚徒，举城向蒋益澧投降。这使得太平军的西线防御被打开缺口，导致太平军全线后撤，先后弃守金华、龙游和大部分李世贤此前控制的城市。黄、范、练三人带领着剩下的太平军继续向东，经富阳撤往杭州。同时，左宗棠将其大本营前移至严州，并命蒋益澧先行出兵，攻打省府杭州城。
绍兴失守
绍兴位于杭州以东不远处，那里的太平军成功地抵御了1862年12月28日由法将勒伯勒东指挥的清洋联军从上海发起的攻势，而勒伯勒东也在战斗中身负重伤。1863年2月，莫得理接替勒伯勒东，率领联军重新对绍兴展开进攻。2月11日，刁乐克及负责指挥一门大炮和绿头军的定龄(Tinling)也前来助阵。联军发起了猛烈的进攻，莫得理和定龄双双阵亡，但是最终在3月14日，太平军被彻底击溃。太平军此后撤退至萧山，浙东地区又重归清军手中，而外军撤回宁波休整，并由德克碑(Paul d’Aiguebelle)接替莫得理，负责指挥工作。
杭州之战
左宗棠在浙江经过一整年的战斗所迎来的胜利，仍然仅仅局限于李世贤所控制的区域。而对杭州的进攻，将是对李秀成所管辖区域的第一次作战，而这一役，左宗棠在克服了诸多使人灰心丧气的内部困难之后，最终取得了胜利。从1862年夏天开始的六个月间，他的部队受到了流行病的困扰（可能是疟疾），军中有四千人死亡，而且数倍于此的人丧失了战斗能力。除此之外让士兵们更加痛苦的是，在连续七八个月没有如常得到足够的军饷之后，他们被迫暂时施行减薪。但是到了1863年3月，随着蒋益澧在前为先锋，刘典在后殿后，左宗棠的部队终于又恢复如常，于是他开始谋划攻克扬州的战略。
距离杭州约一百里的富阳县，是他的第一个目标。蒋益澧已经率他的部队及其他一众步兵赶往那里，参与杨政谟的水师对那里已经展开的攻势。杨政谟此前受曾国藩之命率军进入浙江，而且在到达之后还建造了一些舰船，编入了自己的队伍。而负责防守富阳的是原来石达开的部下、有勇有谋的汪海洋，他已经固守城池一月有余，终于等来了听王陈炳文和归王邓光明从北线前来助阵的援军。由于左宗棠进军杭州对整个地区都构成了极大的威胁，甚至每年为太平天国提供数百万元厘金税入的嘉定也受到威胁，因此陈与邓这次所带来的部队数量也极为庞大。从5月18日开始，陈炳文的部队和现在已经在人数上失去优势的左宗棠部在富阳和新城一带展开激战，双方互有胜负，直到5月24日清军直接从水路进攻杭州城，迫使陈炳文抽身援救省府。随后对富阳的围攻整整持续了整个夏天，而且令左宗棠倍感挫折。他刚刚被任命为闽浙总督，并代理浙江巡抚（代曾国荃职），急于建立功勋，以匹配自己新的职权。为此，1863年9月8日，左宗棠在富阳向法国人德克碑（现为浙江某总兵衔）请求协助，而德克碑便带着他装备有火炮的一千五百人的中法混编军赶赴富阳。外军的火炮很快就摧毁了太平军于城外设置的堡垒，到了9月20日，驻防将军汪海洋率军撤退至余杭。获胜的蒋益澧（左宗棠前锋）命魏喻义与湘军水师一起追击败退的太平军，而自己和中法混编军则直接挥师杭州城。
9月24日，余杭的苦战开始，但是到了1864年1月，汪海洋在陈炳文和邓光明（受伤致残）部队的帮助下，与追军陷入暂时的僵持状态。而1864年1月24日驻守海宁的守将会王蔡元隆，则向蒋益澧投降（同时改名为蔡元吉）。另外，左宗棠在2月下旬还以弱胜强，把前来进攻其大后方供给基地遂州的李世贤的两位族人谭星及林正扬的部队，从浙江驱赶到了江西。（这支军队是李秀成派入江西寻粮的四支部队之一，详见第二十三章。）
对杭州城最后的进攻于1864年3月的第一天打响，德克碑的部队在3月3日至20日之间先后四次轰炸了杭州城。经历了六个月的包围之后，城内补给殆尽，军兵士气低落。28日的第五轮炮击，击毁了一部分城墙以及郊外的一些碉堡。三天之后（同治三年二月二十三），蒋益澧和德克碑的大部队开始冲击城门，最终击破了太平军的防线。当清军和外军的士兵在城内肆意劫夺时，陈炳文则率军向西北撤退至德清，而恰好在同一天，汪海洋（新近晋封为康王）也从余杭败退到那里。
4月7日，左宗棠本人来到了被损毁得面目全非的杭州城（历经两年战事之后，城中人口仅剩十分之一，约八万人），他试图阻止其部队肆意破坏劫掠的行为，但并不成功。不过，在这里必须提到的是，与曾国藩兄弟或李鸿章相比，左宗棠很少有屠杀太平军降兵的行径。克复杭州的功绩使左宗棠和他的属下都获得了晋升。德克碑也被赏授头等功牌及白银一万两，此后他还经左宗棠举荐，被加赏提督衔。左宗棠此次的功勋和江苏的李鸿章以及安庆的曾氏兄弟一样，都大大仰赖外国盟友的助力。
湖州失守
杭州被攻取后的数日之内，太平军又弃守了武康和石门两城（石门由邓光明降清而失，他先前在余杭的战斗中受伤致残），而城中的太平军则向德清转移，与正在那里集结的太平军各路败军会合。此时在德清，除了陈炳文和汪海洋，还有李世贤（由江西转战归来）、杨辅清、陆顺德、范汝增和黄呈忠等久经战阵的老将。但是，所有这些太平军部队在1864年4月10日左宗棠追兵逼近之前，都已撤退逃亡。
1864年1月至3月，李鸿章的部队收复了嘉善、宜兴和嘉兴。于是，湖州就成了太平军在浙江境内唯一的根据地。有趣的是，太平军据守这里的时长竟然超过天京。4月中旬，左宗棠在中外混编军及一艘铁甲蒸汽船的支援之下，开始猛攻湖州，而守将黄文金也在杨辅清及其他刚刚从德清撤来的将领的协助下，奇迹般地守住了城池。此后，越来越多四散逃亡的太平军士兵来到湖州，请求庇护（其中包括刘官方），每个人都为城防做出了自己的绵薄贡献，因此即便是天京于7月19日陷落之时，清军仍未能克复这座城市。（正是由于这个原因，左宗棠在攻克天京后的一轮封赏中推辞了对自己的嘉奖。）
6月1日天王去世，7月29日幼天王被从天京偷送出来，到达湖州。随着包括德克碑的部队及李鸿章的湘淮军在内的清军援军不断到来，战事越发激烈，8月4日，黄文金安排将幼天王及李秀成幼子护送至皖南的广德，还选了昭王黄文英、首王范汝增、养王吉庆元及李秀成的哥哥扬王李明成这样绝对可靠的人选保驾。此后，黄文金在此时才来到湖州的洪仁玕的帮助下，专务对付清军于8月8日发动的新一轮更为猛烈的攻势。但是到了8月28日，黄、洪二人终于绝望，率军撤退至广德。当其他的太平军退向广德的时候，杨辅清只身乔装前往上海，并成功逃脱了清军的抓捕，直到1874年在台湾被发现。另一个在此时侥幸逃脱的是范汝增，据说他此后投靠了北方赖文光的捻军。
黄文金和洪仁玕的部队在广德又遭到了李鸿章部队的进攻，他们首先把幼天王护送至宁国，然后成功转移到浙江淳安及昌化，而勇将“黄老虎”也在昌化受伤战死。洪仁玕继续带着幼天王逃入江西，而这次漫长的旅程也在10月底宣告结束，他们一行人在石城被捕（见第二十三章）。其他太平军余部也不断地被左宗棠和李鸿章部（包括外国军队）追击，直到浙江全省彻底回归清廷统辖。这时，左宗棠才最终接受清廷给他的一等伯爵的封赏。