1861年9月，陈玉成的士气低落到了极点。他在安庆的肆意任性彻底打乱了太平军的防御战略，成为城池失陷最主要的原因。认识到这一点使陈玉成的内心非常沉重，而这种心情并没有因为他成功解救了自己的家眷而稍有缓解。5月太平军在挂车河决战的失败，也是因为他在允诺作战计划之后又失期未至而造成的。已经堕入消沉和自责的陈玉成，现在还要承受天王因挂车河失利而对他严词斥责之辱。在陈玉成看来，未来之路也是一片黯淡，他的败军现在陷入隔绝，无法与其他太平军建立联系。但是，意志坚定的陈玉成继续在这一地区展开牵制和对抗地方团练以及清军部队的任务。在此期间，他期许最大的一次冒险行动是1861年10月上旬，他试图在三河阻止曾国藩东进的部队，但是湘军在庐江将他阻截并击退，这次尝试以陈玉成灰溜溜地逃走而告终。
就在这时，陈玉成收到两份洪仁玕在8月底咸丰帝驾崩后发出的热情洋溢的诛妖檄文。就像之前外军入京时，洪仁玕敏锐地发现北京发生的骚乱一样，而这一次皇位的传承，他也认为是太平天国的一个机会。因此，在历数了清廷野蛮镇压汉人的罪行之后，洪仁玕号召各地举行武装起义，彻底推翻清政府。这一次起义的号召对陈玉成产生了极大的影响，他抛却了一切顾虑，决定“为国家而战”，发起第二次北伐远征，准备攻占北京。如此不切实际的幻想，加上1855年第一次北伐的惨痛结局，使他手下的将军们都有畏缩之情。但是，对于陈玉成这个真正的革命者而言，他又借此重新找到了目标和方向，因此也就完全顾不上其他了。
先锋军的行动
在这一决定冲动的外表下，陈玉成其实早有准备。他在此前一年，向北方的直隶和山东都派出过密使，四处联络太平天国的支持者。在山东，有两千多人报名加入，而且其中的数百人已经成功地以士兵的身份潜伏到了清军之中。而他们已经将中国的农历新年（同治元年正月初一，1862年1月30日）作为配合陈玉成军队到来而举行大起义的日期。陈玉成此时便迅速展开行动，以配合这一计划。
他的大军共分四路出击。第一路为中路，主将马融和率领一部向皖北之颍上，与张洛行的捻军会师，共同进攻颍州（今阜阳）。第二路扶王陈德才、启王梁成富、遵王赖文光及祜王蓝成春由西路过颍州入河南。第三路为原团练指挥，后入清军又降太平军的奏王苗沛霖受命向北取道寿州往蒙城。第四路为陈玉成本军，计划北上，虽然在最开始的时候，陈和他的叔父导王陈仕荣准备先留在庐州，作为机动支援力量。
在中路，马融和和张洛行依照计划于1862年1月14日包围颍州，而清廷的新任钦差大臣胜保从直隶率兵驰援。太平军包围胜保的军队达月余，但是到了3月底，一支由巡抚胡林翼派来救援的强大的湘军部队到达了战场，改变了战场的形势，迫使马融和和张洛行于4月1日解围而去。他们撤向颍上，转而执行新的计划，即向西入河南，走2月陈德才行军的路线。而陈德才则试图在地方捻军的帮助下占领新蔡，后又向西过确山，于3月10日开始围攻南阳。与此同时，苗沛霖按照陈玉成的计划，带领他的团练部队向北经寿山，到了2月16日，他开始围攻蒙城。但是，他的部队开始采取不合作的态度，一部分士兵还在颍上向胜保投降。在这种情况下，苗沛霖解除了对蒙城的包围，于4月25日带着剩下的部队也投降了胜保。
不幸的是，到此时，陈玉成与三路先锋军的联系因为清军对庐州包围的加强而被彻底切断。如果河南的先锋不知道陈玉成已被困死在庐州，那么陈玉成也不知道他所信任的盟友苗沛霖已经投降了清军，而这对他的影响是致命的。
陈玉成的悲惨结局
在第二次北伐刚刚开始，陈玉成正在准备3月开拔前往庐州时，他于2月16日得到一份密使送来的天王命令，让他与陈德才一起为天京寻找一片新的粮食供给地。为此，他马上秘密联络陈德才，安排于3月中旬在正阳关再度会面，讨论这件事。但是，消息并未传达出去。三天之后，新任的湖北荆州将军多隆阿（接替都兴阿，后者改任金陵将军，准备收复天京的工作）从舒城带来的大批清军抵达战场，清军随即收紧了对庐州的包围。陈意识到自己的处境艰难，便竭尽全力，先后派出三批人马，到中、西两路先锋军中求援，但是这些外出求援的部队也都被半路阻截。
3月2日，钦差大臣袁甲三新派来一支部队，准备从北面发起进攻。巡抚李续宜也将大本营移至安庆，以便坐镇指挥，从南向发起进攻。而这个时候，多隆阿已经占领了庐州周围的几处战略要地。此后的两个月间，陈玉成婴城固守，完全没有意识到自己其实已经陷入绝境。而各路太平军都遇上了强劲的对手，自顾不暇。李秀成正在上海对阵李鸿章和外国军队；李世贤在浙江与左宗棠纠缠；杨辅清和黄文金在皖南承受着鲍超和其他湘军将领的压力；而数支庐州求援的人马试图与之建立联络的陈坤书，正在和成功收复江北地区的李世忠等人周旋。5月上旬，陈玉成在庐州城外两度受挫，城内又粮草殆尽，这种情况终于迫使陈玉成决定弃城逃走。5月13日，陈玉成及其叔父陈仕荣领其大部，向北冲破三处清军大营，多隆阿则率军冲入庐州城，杀死了被困在那里的大约一千名太平军士兵。
也许是命运对他的作弄，陈玉成选择向苗沛霖现在的大本营寿州撤退。苗沛霖许诺对陈玉成提供庇护，虽然陈玉成在庐州的幕僚们很多都对苗的忠诚心怀疑虑，但是已入绝境的陈玉成还是带着他的两位叔叔、妻子、幼子以及四千名老兵出发，前往投靠苗沛霖。苗托辞生病，叫他的侄子、一些官员以及陈玉成的联络官（此时也已投降清军）在城门迎接陈玉成一行入城，当时还按照传统行了跪拜之礼。至此，陈玉成仍然相信苗沛霖，于是带着家人和部分卫兵以及随从二十余名官员入城。然后这些人便被包围、逮捕，并严加看护地扭送到了胜保在颍上的大本营。苗沛霖把随陈玉成来到寿州的四千名士兵，收编到了自己的队伍之中。
马融和与张洛行的队伍此时仍在颍上地区，他们通过某种途径得知陈玉成被捕的消息，于是便率军前来，准备武装解救，但是为时已晚。他们到达时，陈玉成已经在三天之前被转移至颍州。张洛行对失去指挥官感到沮丧绝望，便带着捻军部队回了老家；马融和由于没有根据地，便向西悲愤可怜地继续执行原计划分配的任务。
胜保在刚开始审问这位重要的俘虏时，开出了相当优厚的条件来劝降，而陈玉成则笑面相对，满怀讥讽地历数过去二人阵前相逢时屡次挫败胜保的故事。然后，毫不畏惧的陈玉成开始做他的自叙状，其中详述了他从十四岁开始参加太平天国革命事业的经历，然后总结道：“我受天朝圣恩，不能投降；败军之将，无颜求生。”胜保于是安排将他押解进京。解差一行行至河南延津时收到圣旨，命令将陈玉成就地正法。就这样，1862年6月4日，陈玉成在延津为太平天国革命事业英勇就义，年仅二十六岁。至于在颍上一同被捕的他的亲属，胜保可能是在与陈玉成的妻子几番交涉之后，释放了陈玉成的叔父陈仕荣、他的两个哥哥及幼子，但是把陈的妻子纳为小妾。
这件事给了太平天国革命运动沉重的打击，因为陈玉成和李秀成当时已经成为在长江南北两岸保卫天京安全的两根架海金梁。陈玉成被捕就义之后，天京城一夜之间失去了北方的屏障，而随着此后湘军的乘虚而入，又失去了最主要的粮食供给来源。没有人比洪仁玕更了解这件事与太平天国最终覆亡之间悲剧又必然的联系：
如若英王不死，天京之围必大不同。因为若彼能在江北活动，令我等常得交通之利便，可获得仙女庙及其附近之源源接济也。英王一去，军势军威，同时堕落，全部瓦解，因此清军便容易战胜。
在被捕之后，陈玉成也知道他本人对太平天国的重要性，正如他在自叙状中所说：“太平天国去我一人，江山也算去了一半。”
苗沛霖和胜保的末日
剿灭了陈玉成之后，太平天国对皖北的威胁骤减，这是因为忠王原有的部队都已四散分离：马融和的部队去往了河南，张洛行的捻军暂时蛰伏安静了下来，而苗沛霖的团练民兵已经投诚清军。唯一造成麻烦的是一支陈玉成的残部窜入陕西，但是1862年6月上旬，多隆阿因与曾国荃有个人恩怨，拒绝参加围攻天京的战斗。因此，清廷便命令他留五千士兵在庐州驻防，然后率余下的部队驰援陕西。
此后不久，苗沛霖与李续宜（及其继任者唐训方）手下的湘军诸营失和，而当张洛行和他的捻军再次与清军开战的时候，大家都开始怀疑胜保对这个贰臣贼子可靠程度的判断。面对这种新的局势，清廷任命科尔沁郡王僧格林沁为钦差大臣，主理山东、河南及皖北军务，负责镇压捻军，同时调胜保入陕西，负责应对那里的陕甘回民起义。看到保护伞胜保被调走，苗沛霖开始讨好僧王，此间还引发了与曾国藩的矛盾，导致曾率湘军从寿州附近撤走，避免进一步发生摩擦。之后，1863年1月3日，清廷降旨褫夺了胜保的一切职衔，并将其逮捕，等候对其欺君索贿以及行为有伤风化等罪的审判。多隆阿则被任命为钦差大臣，接管他负责的陕西事务。
而此时的苗沛霖正掌管着数县境内的团练民兵（据称有五十万人之多），忙着以抄收税据等腐败堕行中饱私囊。而李世忠也在自己的地盘干着类似的勾当。1963年3月中旬，两伙人因盐税问题终至火并。由于李世忠是正规军人，且为一方提督，军衔较高，苗沛霖害怕若因骚乱而被处罚，恐怕李会在审问时得到偏袒，因此善变的苗沛霖随即再次反水，举事暴动。
图9 二次北伐示意图
此时，皖北其他地区的捻军均已被僧王击溃。一些捻首认为可以立功受赏，便于5月23日抓住了张洛行和他的儿子，秘密地把他们交给了僧格林沁。僧王不仅立即将张洛行和他的儿子处死，还同时将抓他们而来的人以及所有投诚清军的捻首一并处死。张洛行的侄子张宗禹带着剩下的捻军逃亡河南，而完成任务的僧格林沁凯旋北上。苗沛霖此时在皖北孤身一人，没有友军，自己还成了太平军、湘军和李世忠共同的敌人，也无法指望在押之中的胜保的庇护。而他刚因为捻首被杀一事深感震怖而再行叛乱，也就更不能指望着僧王来保护他。
苗沛霖只能自己把握自己的命运。4月上旬，他开始进攻寿州，虽然有巡抚唐训方派来的皖军、湘军一部及一千僧王的军队前来救援，但他还是于1863年7月19日攻占了该城。曾国藩对苗的实力大为吃惊，赶忙命李世忠和都兴阿从扬州调兵往援。当苗沛霖接下来又围攻蒙城的时候，当时身在山东的僧格林沁派原太平军将领陈国瑞领三千精兵驰援，并且他本人也于12月上旬赶来，以蒙城为大本营，亲自指挥作战。面对这种绝无胜算的状况，苗沛霖部队的士气终于崩溃。在一场惨败之后，在陈玉成被这个叛徒诱捕杀害后，被收编入其部队的四千旧部中的一人，终于得到了为陈玉成报仇的机会。到了12月中旬，寿州和周边的地区均被清军收复。
这个时候，胜保已经死去。1863年8月31日，就在曾受他庇护的苗沛霖暴乱士气正旺的时候，震怒的清廷降旨要求胜保在北京的监狱中自裁，他的罪名是荒淫、贪污、骄纵、欺罔（关于军务的奏折）、奢侈以及私纳敌妇（陈玉成妻）。他是清军将领中晚境最为凄惨的一个。
转战四省
当然，从某个层面来讲，陈玉成被处决标志着第二次北伐的失败，但是忠王部下的将领们仍然不断克服困难，向北开进。他们时而合成一股共同作战，时而分散入皖北、河南、陕西及湖北分别行动。在本书这样一部太平天国的简史中详细追踪每一路部队直至覆亡的情况，会显得过于任性，本节后文将简要勾画诸路部队各自行动的大概情况。
西路的四王（陈德才、梁成富、赖文光和蓝成春）于1862年4月9日进攻豫西南的南阳不果，而他们当时并不知道陈玉成在庐州被困，因此便转而向西，两天之后，经内乡进入陕西境内。在陕西，他们与自称文王的蓝二顺指挥的，从云南长途辗转前来投靠太平军的回族革命军会合之后，于4月22日攻占山阳，然后又与蓝军分开，继续向西去占领镇安及孝义。5月11日在孝义，张宗禹率领的捻军溃散逃兵赶了上来，随后他们便一起于5月17日向省府西安发起了进攻。他们的进攻被西安守将托明阿击退，此后四王及张宗禹又向西至华州和华阴，5月28日过潼关入河南，然后向西南，6月18日军过宜阳时，庐州危急的消息终于传来。
中路的马融和在率领其部队及其他捻军部队营救陈玉成失败之后，便离开颍上，继续按照原计划先向西移动，后转而向北。6月20日，他的部队到达河南项城，然后又向西及西南方向行军，之后便遇到了从潼关而来的另一路陈德才指挥的太平军。两路太平军共同行至河南省界上的小城桐柏时，又先后遇见并接受了从鄂北而来的蓝二顺的回族起义军及陈大喜指挥的捻军败兵，从而迅速地壮大了队伍。但是，这并不是一支正常的军队，它缺乏统一的指挥，7月27日进攻南阳及9月2日围攻淅川均无成果。一周之后，张宗禹的捻军脱离，向南进入湖北，而太平军则向北攻占紫荆关。清军多隆阿先前经紫荆关入陕，而此关正是他补给线上的要害关节，因此多隆阿迅速回援，从太平军手中收复了紫荆关，而太平军则分两路逃往湖北。
9月30日陈德才和马融和（由枣阳而来）攻占随州之后，与张宗禹的捻军部队合成一股，并同意一同经德安回援天京。他们决定将部队分为两股，陈为东路，马、张为西路，向东开进。两路部队都遭到了清军的阻截，捻军在受挫之后返回皖北，马融和返回了湖北，而陈德才转而去与梁成富合军。他们的联军后来由另一路进入湖北，向西到达樊城和襄阳一带。奉旨在湖北展开反击作战的多隆阿在鄂军的配合下，于11月30日将他们击败，陈德才及其他三王穿越省界，逃入河南。四王仍然一路同行，又从郧阳重新入鄂。但是，当他们围攻郧阳的部队被一部鄂军击溃后，他们的部队被切成了两股，一股由陈德才、赖文光和蓝成春指挥，向西逃往陕西，另一股由梁成富等指挥，逃至湖北均州。
1863年1月9日，陈德才的一股太平军占领了陕西兴安府的两座城池，而到了2月底，梁成富一股也从湖北绕回来，军至紫阳及汉阴，在那里又与陈德才一股会师，合力围攻具有一定规模和重要性的汉中府城。围攻开始的时候，太平军还意外地得到了蓝大顺（自称端王）和蓝二顺（文王）指挥的回民起义军的增援。
这个时候，张宗禹（现已自称梁王）及其他捻首已从安徽行军至湖北，并且在1862年秋天受其叔父张洛行之命，去河南援救捻首陈大喜而与马融和分军之后，再一次与他取得了联系。1863年3月23日张洛行被杀之后，陈大喜便与张宗禹一起返回湖北，准备和马融和再次会师。于是，太平军和捻军的联军于5月上旬过桐城，一路向东行进。而这时他们得到消息说，李秀成的部队正在六安，于是便前往那里与李相会。李秀成本想亲自带着马融和和其他诸王回援被围困的天京，但是他们在六安吃了败仗。在估量了一下在安徽确保足够粮食补给的困难之后，他们决定两军应当分军而行，李秀成直接返回天京，而马融和则先绕道去河南（见第二十三章）。
梁成富的太平军和回族革命军盟友围攻汉中长达半年之久，到了1863年10月2日（同治二年八月二十），太平军终于取得胜利。汉中成为四王临时的大本营，蓝大顺此后则带着回族革命军向北占领了盩厔（今周至），同时派他的弟弟蓝二顺入豫，与马融和和张宗禹会师。次年春天，钦差大臣多隆阿率军从西安发兵进攻盩厔。3月30日，多隆阿在战斗中面部受伤，最终于1864年5月18日不治身亡。他在四十八岁时不幸去世，意味着清军失去了一位与太平军作战十年、久经战阵的将军，也意味着曾国藩失去了继1855年战死的塔齐布之后最为得力的干将。多隆阿的负伤激起了其部队的报复情绪，当日下午他们就攻入县城，只有少数守军免遭屠戮，逃亡者中便包括蓝大顺，尽管后来这位逃亡的回民起义领袖还是被清军抓到，并于4月11日在陕西安康被处决。
马融和和张宗禹想要冲过清军防线进入陕西，与那里的部队会师。为此，他们从1863年7月底开始直至年尾都不断地尝试经湖南入陕，但是无论他们走到哪里，都会遇到清军的阻截。最终，捻军彻底放弃，只剩下太平军经潼关入陕，因此便从豫西的战事中消失了一段时间。
东归受挫
马融和和他的部队最终确实进入了陕西，并且和在汉中的其他四王建立了联系，发现那里的太平军部队正准备全军长途跋涉赶回天京。梁成富和其他三王此间招收了大量的新兵，并收集了足够的军需补给，他们刚从密使那里接到李秀成叫他们尽快回援的命令。而出于对革命事业的忠诚，执行这道命令自然优先于其他任何可能选项。1864年2月，这支革命大军从汉中开拔，分三路东归：北路为陈德才、赖文光和蓝成春；中路为梁成富和回民起义领袖蓝二顺（在他的哥哥于盩厔战败被杀之后，他便与太平军结盟）；南路则是马融和的部队。他们的计划是分三路行进，最终在豫南再合成一军，共同跨过省界进入湖北。
2月16日，北路军到达宁陕，在那里遇到了郑永和指挥的翼王远征军残部，并按照计划，于3月26日与南路马融和部在内乡会师。而1863年春季从河南返回的陈大喜指挥的捻军，不久也来到了内乡，然后全军向湖北枣阳进发。他们半路被鄂军阻截击退，便转向随州，而当时张宗禹在河南与僧格林沁数次交锋，最终不敌，也撤退到了那里。
张宗禹的捻军和梁成富的部队此前在中路相遇，然后便一同进军，但是在被僧格林沁击败之后，他们又被打散。梁成富首先和原马融和军中邱远才的部队一起撤至湖北最北端的郧西，然后接着向西，重新逃入了陕西。在那里，他们与蔡昌荣（自称昭武王）领导的回民革命军残部相遇。此后，梁成富继续向西撤退，进入甘肃，最终丢下了殿后的淮王邱远才，邱则率军进入了河南（见后文）。
1864年夏天，湖北境内的其余太平军也都被赶到河南，而陈德才、赖文光、蓝成春、张宗禹和马融和指挥的所有部队也都在信阳集结。他们仍然寄希望于能够经湖北返回天京，于是便分三批，先后从信阳开拔：第一批是蓝成春和陈大喜；第二批是赖文光和张宗禹；第三批是陈德才和马融和。到了5月下旬，联军开始向东艰难地前行，并在各处均被鄂军击败。有一小段时间，联军将麻城作为大本营，向周围的地区四处出击，但是最终又从那里被驱逐，分为两股，各自行军（见后文）。
英王旧部之覆亡
继李开芳和林凤祥的北伐以及石达开的西征之后，陈玉成的北伐是太平天国第三个大胆的，却又最终归于全军覆灭之悲剧结果的战略构想。三次失败都使太平天国折损了卓越将才，远征军都经历了漫长而痛苦的最后征程，每一次也都有大量的士兵不幸牺牲。虽然在陈玉成就义之后，李秀成接替他指挥了第二次北伐的战斗，但他为这支四处亡命的军队提供的指挥和救援，也就仅限于让在汉中的陈德才东归而已。李秀成留给这支部队两年的时间，用于补充新兵、收集补给及从陕西赶回江苏，而就在这两年的期限将至的时候——几乎就是在约定的那一天，即1864年7月19日，天京陷落。而仍在不断奋战以求生存的英王旧部从此之后，重新把他们的使命定为“复国”（赖文光状语），而这种英勇无畏的精神，为整个太平天国革命运动史增添了一抹光辉的色彩。这些部队究竟是如何度过他们最后的岁月的，这个问题必然成为太平天国运动史不容或缺的注脚。
梁成富、郑中和以及回民革命领袖蓝二顺及蔡昌荣一起从鄂北启程，于1864年6月1日（天王死去的日子）到达陕西西安，但是在那里军前受挫。此后的几个月间，他们四处遭遇清军，而且接连惨败。郑中和陷入绝望，最终投降清军；梁成富和在蓝二顺死后接替领导回族革命军的蔡昌荣手下的将军们，也有一些选择了投降。余下的部队继续向前推进到甘肃，并在9月18日占领了阶州。此后，清军屡次发动进攻，意图收复该城，均告失败。1865年2月13日，钦差大臣萧庆高到达战场指挥作战，此后，清廷又派四川提督胡中和负责指挥。（胡中和本在湘军萧启江营中，萧后来与骆秉章一起入川与石达开会战，死于途中。）太平军婴城固守，直到1865年6月6日，蔡昌荣战死营中，梁成富及其他太平军的将军同时被捕。他们在被处决和放弃效忠太平天国之间，都选择了前者。
1864年8月，湖北蒙城的太平军也开始败退。其中一路由陈德才、蓝成春和马融和指挥，在鄂军的追赶之下跑到了皖北，另一路由赖文光和捻首张宗禹指挥逃往河南，僧格林沁在后紧追不舍。有一段时间，陈、蓝、马的部队基本抵挡住了鄂军的攻势，而赖文光一路也在豫南击败过僧格林沁，甚至还返回湖北与另一路太平军会师。但是，当10月5日他们再一次大胜鄂军部队时，太平军发现僧王已然带着他最为精锐的部队返回，而他们已无获胜的希望。他们在蕲水被迫再度分军，以便更为迅速地逃亡：陈德才和张宗禹向北逃往皖北颍上，赖文光也逃至皖北，带着他的士兵及一些捻军部队到了太湖。这两支太平军此后便再也没有相遇。
僧王追击陈德才一路，于11月5日在皖北府军的协助下，在霍山赢得了对这路太平军决战的胜利。这场战斗中，除了邱远才向北跑到麻埠，与刚在那里建立大本营的张宗禹及其捻军会合（邱、张二人随后北上河南，此后再未分军），其余的太平军因军情之绝望及粮草之匮乏，而开始分崩瓦解。11月7日，马融和率七万余人投降，可能是想借此挽救其忠诚的部下，使其免遭无情的杀戮，他自己则被僧格林沁斩首。其他的将军也照马融和的做法，带领着十一万四千余名士兵来到清军大营请降。但是，陈德才拒绝投降，而是通过自杀的方式英勇就义。蓝成春被俘获，并于11月8日被他之前手下的一名将官押解到僧王的面前，随后被处死。就这样，除了一小部分零散的士兵逃走，最终找到了北面的赖文光，太平天国全军二十五万人全部覆没。
赖文光和捻军
到此时为止，原来的北伐军中唯一幸存下来的便是赖文光、邱远才的太平军以及张宗禹的捻军。在与驻扎在麻埠的张宗禹（麻埠是其在湖北的大本营）商议之后，邱远才动身去寻找赖文光。此后他一路冲杀，终于在1864年11月25日与太平军在德安会师。此后，两股太平军共同扑向枣阳。12月初，他们在随州接收了从河南溃散逃亡而来的太平军之后，大军掉头，出其不意地给追击的僧格林沁一记痛击，大大鼓舞了士气，使很多僧王部队中原来的太平军士兵又重新转投革命军一方。但是赖文光清醒地意识到，他们是不可能再获得同样的大胜的。于是他决定离开湖北，进入河南，加入正在那里集结的捻军张宗禹和陈大喜的部队。
这场胜利使得赖文光队伍的规模变得相当强大，但是艰难的处境使他们的目标已经从发动革命战争，转变为在绝境中求生存。1864年12月初，清军正从四面八方袭来，这支前途惨淡的队伍只能向北流窜至豫西南省界之上的邓州，一个月之后又过境省府开封，并从那里曲折向东北行军，于4月初由曹县进入山东。僧格林沁则由湖北步步紧逼，一路追来，直至江苏海州，迫使太平军不停地行军转移。（清廷心怀忧虑地建议僧王暂停追击，让疲惫不堪的部队得到休整，并令曾国藩和李鸿章各从所部派发新军，来支援僧王。）他们从曹县出走之后，先向东北至邹县，再南入江苏，后来又返回山东，5月中旬在曹县时，一些逃亡的太平军也找到并加入了他们。这些逃亡的太平军由首王范汝增和奏王赖世就指挥，他们是此前在左宗棠收复浙江一战中败退逃走的。除此之外，还有一伙宋景诗领导的白莲教会众赶来投奔赖文光。
5月18日，实力大大扩充的太平军又一次大胜僧格林沁，而且这一次，他们把这位科尔沁博多勒噶台亲王围困在曹州附近的一座堡垒里。是夜，僧王率众冒险试图突围逃亡，却被手下一个名叫桂锡桢的与赖文光早有密谋的原太平军士兵刺死。在乱军之中，僧王的一些将官也被杀死，其手下干将陈国瑞受重伤（侥幸逃脱）。而僧王所剩的骑兵也被赖文光收编。战后，张宗禹短暂地离开了赖文光的队伍，返回皖北老家，招收更多的捻军士兵。
1866年10月，张宗禹带着相当规模的援军归来，还带来了已经就义的捻首张洛行的幼子张禹爵。张宗禹和赖文光决定，将他们的大军分为两路，分别行进。根据这个安排，赖文光、范汝增及赖世就率领余下的太平军及一部捻军为东路，而其余的捻军在张宗禹、张禹爵和邱远才（出身于太平军）的带领下为西路，两路大军各称“东捻”与“西捻”，从组织和行动上都无法再说是太平军的部队了（最后一支太平军的部队于1866年2月在广东被击溃）。而这两路大军自此分开之后，再也没有相见。
他们此后的战斗与太平天国所发动或参与的战争已不再相关，因此本书也不再过多介绍，但是出于完整性的考虑，对在太平天国史上影响重大的将军的战死，尚应做一介绍。赖文光此后屡战屡败，最终不得不在战死和投降之间做出选择，而他最终选择向他最为敬重的清军将领投降。他的这次投降发生在1868年1月5日的江苏扬州。在写完了自己的自叙状，并在结尾强烈地要求赴死，以无愧于其革命意愿之后，遵王赖文光英勇就义，时年四十一岁，他也是最后一位为太平天国的荣誉英勇牺牲的太平诸王。邱远才最终也向清军投降。而捻首张宗禹在决战失利之后，于1868年8月16日在山东自溺而死。