李世贤在江西乐平被左宗棠击败后返回浙江，而他的部队也因吸收了陈荣、周春和谭星的部队而有所加强，这三将本是广东天地会的领袖，现在从石达开的远征军中出走，投靠正规的太平军。李世贤现在显然无法和仍然在湖北按照既定的安庆大战略进军的族兄李秀成取得联系，于是便决定先攻略浙江。1861年5月3日，他攻占常山，5月4日占江山。自江山起，他将部队分为三路，并驾向东。北路先占领了寿昌，同时李世贤率作为中路的主力部队过衢州，并于5月27日攻克汤溪，5月28日留李尚扬守汤溪，自率部队扑向金华府。（天地会随即先后占领了兰溪、武义及其他的附近乡县。）与此同时，黄呈忠和范汝增的南线虽然先后攻占数城，但很快就被清军驱逐。
为了应对太平天国的新攻势，曾国藩任命左宗棠代表他办理浙江军务。7月初，左宗棠赶赴浙江，沿途击溃了刘官方的部下、正在帮助浙江的天地会试图再犯皖南的赖文鸿的部队。此后数月之间，浙江李世贤的部队有过一些小的军事行动，其中包括9月中旬，范汝增和黄呈忠围攻李世贤此前得而复失的严州（今建德）。但是，随着李秀成从江西赶来，浙江的战事重新变得激烈起来，而接下来的几个月，对太平天国而言至关重要。
忠王弃皖
安庆被攻克之后，李秀成手上尚有大量在皖南和皖北地区活动的太平军（他本人指挥的部队就至少有五十万人），他有足够的人力组织一次反击，也可以阻止或者至少拖延湘军向东直至天京郊外收复长江流域的步伐，从而争取宝贵的时间。但不幸的是，李秀成缺乏这样敏锐的战略观察力。他决定放弃安徽，转而攻略浙江以挽回损失的做法，可能是出于他近乎病态地畏惧和湘军交战，正是这支湘军在安庆成功又惨痛地击溃了所有太平军的部队。现在，又有什么可以保证他的部队在与湘军长期的交战中能够取胜呢？他这样的思路和行动倾向遭到了洪仁玕最强烈的反对，洪给他写了一封措辞严厉的信，这样劝说并告诫他：
自古取江山，屡先西北而后东南，盖由上而下，其势顺而易，由下而上，其势逆而难。况江之北、河之南，古称中州鱼米之地。前数年，京内所恃以无恐者，实赖有此地屏藩资益也。今弃而不顾，徒以苏、杭繁华之地，一经挫折，必不能久远。今殿下云有苏、浙，可以高枕无忧，此必有激之谈，谅殿下高才大志，必不出此也。夫长江者，古号为长蛇，湖北为头，安省为中，而江南为尾。今湖北不得，倘安徽有失，则蛇既中折，其尾虽生不久。而殿下之言，非吾所敢共闻也。
但是，固执又任性的李秀成没有听取洪仁玕的建议。他对安庆失守抱有深刻的惋惜之情，但从未承认自己存在错误。而他的族弟李世贤在临死之时回忆道：“上年我军不守安省，而走入浙江，是第一失着。”
两路出击
先前，1861年9月8日，李秀成在鲍超进军之前就忽然解除了对江西抚州的包围，向东朝浙江省界而去。途中，他绕路至湖口，接收一部自广西从石达开的远征军中出走的部队，这支部队由童荣海、黄添理、朱衣点、吉庆元、汪海洋等将军领导，有二十万之众，全部加入了李秀成的部队。这使得他的大军扩充到七十五万人，再加上已经在浙江作战的李世贤部约十万人，对于攻略浙江一省而言，其规模已然足够庞大。
9月22日，在试图攻占广信不果之后，李秀成最终经常山进入浙江。李秀成此后先攻衢州（常山以北）后又解围而去，经汤溪、兰溪（二城均被李世贤攻克）到达了当时仍在太平军围攻之下的严州。在那里，兄弟二人喜又重逢，还商议制定了一个两路出击的战略。按照这一战略，李世贤集中精力攻取严州和南线的其他城市，同时，李秀成由北路最终攻取浙府杭州。李世贤的部队此前刚刚占领了遂昌和松阳，又于10月20日攻取了严州和处州（南线）。北线的李秀成部到10月26日已经先后攻占了新登、临安、余杭，正在围攻杭州。在进攻中，李秀成先后派出三股分别由陆顺德、李容发（次养子）、李容椿（侄子）和吉庆元所领的部队，夺取省府南面诸县，以切断杭州对外联络，阻绝援军。10月27日，陆顺德攻占萧山，然后从那里向北，在诸暨包围了包括饶廷选和林福祥部在内的清军部队，使他们被迫撤回了杭州。到此时为止，李世贤军中的范汝增部已经由严州出发，于10月29日在当地地下武装何文庆一伙的协助下占领了空城诸暨，控制了杭州以南地区。根据可靠的史料，诸暨县此后被纳入太平天国治下，由当地百姓选出的官员管理地方政府，其行政务实高效，百姓安居乐业，共享繁荣。
在杭州附近，素来仁慈爱民的李秀成准备将他在苏州的善政也搬到杭州来，于是便向天王请求，赦免城内所有八旗守军的性命（可与攻占南京后屠杀满族守军相对比），并在计划的10月26日正式攻城之前，用箭支将消息射入城内，允诺不会进行屠杀，而且无论军民志愿加入太平军与否，均不加滋扰，这为和平占领杭州助益不小。但是，城内官员拒绝放弃城池，于是双方开战。而之后几日，浙江提督饶廷选和布政使林福祥从诸暨归来，战事便越发激烈。八旗守军也积极地参与了城防。由于杭州所有的十座城门均已关闭，而且被紧密地封锁，城内与周边诸县的联络尽断，城中存粮日渐稀少。唯一在战区附近救援的张玉良部也被击退。后来，11月1日，陆顺德占领了绍兴府，从而封锁了杭州东向，浙江省府的命运由此已经注定。
至于绍兴的陷落，比起太平军的围攻而言，更多是由于官员、团练、百姓和士兵间爆发的争斗不和而引起的士气瓦解所致。当太平军靠近之时，绍兴城无人防备，而占领城池之后，又有数千团练民兵投降太平军。虽然由于零星的巷战和自杀，有一些人死亡，但是陆顺德在李秀成的养子和侄子的协助下有效地施政，很快就恢复了社会秩序。
下一个目标便是宁波，而早在李秀成围攻杭州之时，李世贤就已经指挥着部下的将军们提前开始行动了。从绍兴来的范汝增与从诸暨来的黄呈忠会师，先后攻克新昌与嵊县，然后又分军，范汝增在南线，黄呈忠在北线，两路出击。11月23日，黄呈忠占领上虞，三天后范汝增占奉化。两天后，黄进兵慈溪，随后至镇海。太平军将宁波彻底包围。与此同时，在浙南，李世贤亲率部队从金华出兵，先后攻克了仙居、台州、黄岩和宁海。
占领宁波
宁波位于长江东南岸边，是《南京条约》五口通商后向外国人开埠的城市之一。1861年4月中旬，太平军占领其周边乡县，可以被理解为是对外国利益的威胁，实际上外国人也确实是如此认为的。驻在上海的英国海军少将何伯当时正在日本，他闻讯立刻就把保持中立的伪装抛在一边，下令皇家海军“争胜”号的舰长刁乐克(Roderick Dew)进驻宁波，命他“设置种种障碍，防止太平军拿下该城”。刁乐克在6月16日与道台张景渠举行会议，商定了八个可能的守城计划，然后在城墙上设置了十二门大炮。根据恭亲王1861年8月3日的奏折，宁波当地官员向英国和法国代表支付了白银共五十万两，以换取外国势力协防宁波。
太平军日渐逼近宁波，何伯于10月28日返回上海，并立刻命令皇家海军“苏葛”号前往宁波，部署就位。同一天，一个由英、美、法三国领事，一名英国海军舰长及英国领事馆翻译侯雅芝(A. R. Hewlett)组成的使团，在余姚与太平军指挥官黄呈忠进行会晤，再次确认了诸国的中立立场，并得到了太平军保护外国人定居区内人员和财产安全的保证。黄呈忠立即无条件地允诺，不会对宁波城内外国人的定居区造成任何伤害。12月2日，范汝增也接待了这一使团，同样做出了类似的保证，还进而同意推迟一周占领该城。黄呈忠和范汝增二将此后又分别向与会的使团代表发出了官方照会，确认会谈的内容。整整一周之后的12月9日（咸丰十一年十一月初八），黄、范二人的部队进入宁波城，由于文武官员及军队士兵已经全部逃走，他们花了不到一个小时就占领了宁波。当英国战舰“苏葛”号在当天晚些时候到达港口的时候，太平军已经完全控制了宁波城。
由于太平军对宁波的占领是和平有序的，因此大部分当地居民都欢迎他们的到来（就连外国军队的人员都抢上前去，和这些革命军交易弹药和粮食）。而第二天，外国领事要求所有的清军和太平军均不能进入外国人的定居区，大约有七千名中国难民涌入了定居区请求庇护。但是据许多外国的观察家证实，太平军保持了良好的纪律，没有发生屠杀、劫掠或者破坏财产的事件。在得知宁波失守后，海军少将何伯如此评价防守宁波的清军，借此来发泄怨气：
为了防守那个城镇，除了直接动武交战，我们向清方提供了他们想要的所有可能的帮助。（通过这件事，）他们的统治者也应该能够意识到，正因为有这些胆小又无能的满族人，我们采取的所有手段都变得完全没有效果。
而在同一篇报告中，还有下面的文字：
迄今为止，叛军（指太平军）的表现良好，他们也以实际行动表明了与外国人保持良好关系的强烈愿望。
关于太平军对宁波施加管辖治理，黄呈忠和范汝增在进城之后立刻在该州的五个县设立了县级和地方政府，其组成人员部分由当地百姓选出，部分由当地公开同情支持革命事业的乡绅或名士出任。他们还立即设立战时税所，虽然直到占领宁波三个月之后，他们才正式开始征收进出口税。由于太平天国并没有统一的土地分配制度，也没有统一的人头税征收标准，黄、范二人便和他们在其他地方工作的同侪一样，依照自己的判断，选择施行各项政策的最佳方式。对于宁波而言，这就意味着它需要一套特别的税务制度，将税务负担加在富人头上，而不是向穷人征税。因此，在宁波，虽然土地私有制依然如旧，但是持有可耕种土地少于五亩的人便可以免于交税。人头税也照类似办法办理，穷人的税额要低于富人的税额。当太平天国在这里的治理稳定下来之后，地方商业和对外贸易便恢复如常。
宁波对于太平天国而言，在很多方面都具有极为重要的战略价值。首先，宁波作为海港，为太平军提供了一个长期的提供军事供给的港口，尤其是最为需要的弹药补给，现在他们可以直接从外国商人、走私者以及外国陆海军人员那里直接获得这些补给。第二，战时税所的设立可以带来足够的收入，至少可以用于抵消高价购买走私的外国军火的支出。第三，占领宁波使得太平军建立一支海洋舰队成为可能，这样，他们可以到外海作战，或者更有可能的是在南至广东、北至天津的海岸线上往来巡逻，施行控制。现在的太平军对清军乃至外国军队都形成了潜在的海上威胁，因此反抗太平天国革命运动的活动越发激烈，也就是毫不意外的事了。
攻占杭州
到了1861年秋季，浙江所有地区都已在太平天国的控制之下，唯一主要的例外便是省府杭州。李秀成此时正紧密地包围着那里，11月初，张玉良曾带着援军杀到城郊，但是被李秀成击退。到了11月21日，不知道是偶然还是故意为之，张玉良被城墙上的清军哨兵射杀于自己大营的门口。他的部队此后被一名已经被褫夺了官职的无能之将接收管带。张玉良现在群龙无首的部队很快就丧失了战斗意志，除了一次在一名满将的指挥下试图冲破太平军阵线的努力，杭州城外的战场陷入了僵局。在两个月的围困之后，城内的军民（约六十万居民以及数千派来增援的守军）已经缺乏粮食补给，但是李秀成并未发现这一点，他只注意到太平军的粮食供给也正在减少，而包围已经难以持续下去，于是他决定从杭州撤退，带部队返回苏州，度过太平天国的第十二个新年（1862年2月10日）。这时，他最喜欢也最为得力的干将陈炳文恰好来到他的营中，使他改变了原来的计划。陈从一些杭州城逃出的难民口中得知，城内已有粮食危机，并以此情报为基础，劝说李秀成发动了新的一轮进攻。
此时杭州城内已然陷入一片混乱，士兵与百姓之间互相抢夺散碎粮食，打成一团，或者到处游荡，寻找树叶和皮革充饥，甚至发生了吃人的现象。巡抚王有龄毫无选择，只能坐视清军一股股地投降，首先是驻扎在城外的一部清军向太平军投降，接着在12月28日，一些饥饿难耐的士兵攀爬翻越城墙，这带动了大量的士兵离开杭州城。到了第二天（咸丰十一年十一月二十八）的清晨，整个杭州城几乎已经没有守城清军和乡勇士兵了。当天早晨，一些太平军士兵攀爬上已经无人防守的城墙，穿过了城市的街道（在一些居民的帮助之下，据沈梓日记记载，他们对士兵和官员产生了对立的情绪），打开了四座城门，放其余的太平军入城，终于占领了杭州外城（汉人聚居区）。
李秀成敬佩王有龄爱民如子，以及他坚守城池的刚毅勇敢，因此城门一开，李秀成便独自一人骑着一匹黑马，赶往王有龄的衙门。但是，王有龄已经在衙门后花园上吊殉城。李秀成见王有龄的尸首身着全套官服，不禁为这位英勇的巡抚悲伤感怀，便按照满人传统将他收敛入棺。至于城内的其他文武官员，有些在入城的混乱中被杀，有些则被抓为俘虏。而仍然坚守的士兵和民众也有一定的死伤。但是居民总体上没有受到伤害，正如沈梓的日记所记载：
因忠王有令不许伤百姓一人，故百姓并不加兵。然百姓之自尽者亦多，而所存者，皆鹄免骨立，数日不食者，长毛亦不忍杀之矣。故百姓皆不苦长毛，反以官兵为病。
因在城外仍然和清军的零散部队尚有战斗，李秀成暂时推迟了对内城（满城）的进攻，期望能够等到天王赦免内城满人的命令。与此同时，在给内城驻防将军瑞昌的信中，李秀成要求满人从内城中和平离开，而他保证他们将通过船只从水路到达镇江（当时由清军控制），而且太平军负责他们的路费，保证内城所有人以及他们的金银细软等私人财产的安全无虞。此后不久，天王赦令到来，其赦免内城满人的内容也被转达给了瑞昌。但是这位固执的满将显然意欲坚守直至最后，因此三日之后，李秀成命令发动总攻。1861年12月31日下午，在经历了惨烈的战斗，牺牲了千余人之后，内城也终于被攻克。
瑞昌和他的部将以及万余名满族男女自杀而亡。破城之时，内城其他满人也都深感恐惧，看到李秀成的部队遵守他严格的禁止杀伤的命令，和平地俘虏幸存的满族士兵，并对满族居民的去留不加干涉之后，他们的恐惧感才逐渐减轻。驻防的武将文员也被允许带着他们的私人物品离开杭州，太平军还负责支付盘缠。李秀成对亡者也表达了同样的关怀，他购置了万余口棺材，用于埋葬敌方阵亡的兵将。至于王有龄的尸首，李秀成赠银三千两、船十五艘，遣五百名亲兵护送这位巡抚的棺椁返回他的老家。
据估计，在这场战斗中，杭州原有的六十万人口中约有半数被饿死，而现在城内迫切地需要粮食补给。李秀成从嘉兴调拨了一万担米（一担约合60.4千克）分发给城内百姓，还打开了周围两县的谷仓，向需要种子的乡民开放，以供他们进行春耕。与粮食一起，李秀成还从嘉兴调来了大量的银钱，无息借贷给那些需要资金的商人，供他们开设买卖。太平天国对杭州和周边乡县的行政治理与在其他地方相似，但是他们还在这里依照早年天京的模式设立了女馆，李秀成这样做的目的，可能是为了给阵亡满族士兵的女眷提供住房和照料。李秀成以及在他离开之后接替他的将军花了两个月的时间，在杭州采取亲善的恢复工作，直到杭州恢复了往日的状况。
现在，浙江和江西的大部都已经在太平军的手中（清军在杭州陷落几日后又丢了海宁，这使得浙江省内只有湖州仍然他们的掌握之中），而太平军也就因此控制了整个帝国最为富庶，人口也最为密集的地区。这一情况使得曾国藩着重强调地宣称，较之湘军，太平军“财力五倍，人数十倍”。曾国藩还说，太平军通过占据宁波，获得了得到外国武器和汽船的新通道，这意味着他们可能在技术上占据了新的优势，从而抵消了湘军计划中的顺长江而下的战略优势。曾国藩只将国内的军事形势纳入他的计算，因此对他来说最终太平军取胜也是有可能的，而占领浙江的重大胜利，毫无疑问地把太平天国的气数又延长了三年半。但是，内战的局势将会因为外国势力的干预而产生变化，而太平军已然错失了他们最初赢得外国信任和支持的机会。不幸的是，另一场外交挫败也即将到来。就在完全占领杭州刚刚一周之后，李秀成将浙江东南的治权交给他的族弟李世贤，并安排了一些将军防守和管理杭州附近的区域，然后就率领部队的主力北上松江，准备第二次进攻上海。
对外关系与革命事业
无论从外交层面还是从军事层面上说，第二次进攻上海都是太平天国的重大决策失误。从我们现在的角度转回头看，也许是因为经验不足以及与大世界的隔绝，使得李秀成以及其他的太平天国领袖误判了英国、法国和美国对进攻上海这座外国商业利益核心城市的反应。1853年，英国和法国先后表明了在中国内战中的中立立场。美国则一直保持着事实上的中立。而太平军没有意识到的一点是，中立只是西方国家临时的权宜政策，决定其真正的总体政策的因素则仅仅是保护并扩展其商业特权。
当时英国驻华公使卜鲁斯爵士在一篇文章中，用简洁明了的方式表达了英方的立场：“我们永恒的利益在于贸易利益，而贸易利益的繁荣则与秩序和安定息息相关。”英国的政策一直是法国和美国的样板，而英国一直不断地向清政府施压，通过1842年的《南京条约》、1858年的《天津条约》以及1860年的《北京条约》，从清政府那里榨取更多的特权。因此，清朝政权的持续存在对英国和其他西方列强有着显而易见的好处。
但是，无论他们如何希望中国国内恢复和平，驻在上海的外国政府代表们出于各种各样的原因，都不可能直接主动地干预中国的内战。尽管确实有一些零星的证据表明，他们曾与清廷暗通款曲，答应为其对付太平军提供军事协助。事实上，一开始外国人普遍对太平天国的基督信仰和革命热情持有同情的态度，丁韪良记录的这样一件怪事便是一个例证：
有一段时间，额尔金伯爵非常厌恶清政府的行径，提议和南京的朝廷建立关系。法国公使则表示拒绝合作，部分原因是叛军们尚没有对罗马天主教堂中使用的形象和其他异教庙宇使用的形象加以仔细的区分。而更主要的原因是他们反对新教影响力的崛起，也害怕失去从罗马天主教团的摄政官那里得来的权力。
正如前文所说，很多时候，英国人与太平天国之间互换信件，还派遣使团来获取关于太平天国组织形式及革命运动未来潜能的第一手资料。这些直接的接触显然影响了额尔金伯爵和他的继任者卜鲁斯，使他们认为这些起义军很难推翻清朝政权，获得胜利。而事实证明，太平天国之所以最终失去了赢得外国支持的机会，正是由于后来英国对于革命运动态度的微妙转变。
另外一个其重要性被许多历史学家否认或者低估的因素，便是太平天国从最开始就一直坚持的一个核心原则——禁止吸食鸦片。虽然众所周知，这一禁令在太平天国治理的地区并未获得有效的执行。《天津条约》将鸦片贸易合法化是英国的重大胜利，而当时英国人从上海购买丝绸和茶叶的资金，越来越多地依靠从印度走私鸦片而来。我们有理由相信，英国人害怕太平天国将好不容易通过武力以及外交交涉得来的与清廷关于鸦片贸易的协定作废。鸦片贸易在决定西方当时在华行动立场，疏离太平天国与驻上海各国势力方面发挥的决定性作用，以及鸦片贸易对太平天国最终覆亡的影响，关于这些问题的全面研究不在本书的研究范畴之内，不过，欢迎读者参阅笔者对此问题的详尽研究。我完全可以说，我同意卡希尔(Holger Cahill)的评论：“1858年满族人接受鸦片贸易，这意味着太平天国末日的到来。”
但是，太平天国丝毫没有察觉到在中国北方发生的，外国势力与清廷之间的一系列外交动作。如果他们对大战略环境中所发生的这些事件能有更好的认识，便不可能认为外国势力会允许他们第二次进攻上海，而实际上，太平天国的领袖们确实就是这样认为的。他们仍然沉浸在这种幻想之中，这可以从他们对1861年英国措辞严厉的照会所做的狂慢回应中得到证明。1861年3月28日，英国海军司令何伯爵士向太平天国发出了一份照会，警告英国绝不会允许在距离上海或吴淞两日行程的距离（约一百里）之内出现任何太平军的部队。天王先是气愤地拒收这份照会，但是经过几番思量之后，最终决定接受关于太平天国和外国势力保持和平的共同协议。他在给上海附近的太平军的命令中提到，“占领吴淞和上海不在本年的作战计划之内”，暗示该协议的有效期为一年。
英国放弃中立政策早有很多征兆，其中之一便是派出刁乐克舰长的部队协防宁波。在太平军占领那里之后，12月27日，何伯向太平天国发出照会，要求对所有在太平天国控制区内被夺取和毁坏的英国财产进行赔偿，表明中国籍船只悬挂英国国旗即为英国船只，希望太平军严格遵守距离上海不少于一百里的协议，并将双方的和平协定适用范围扩展至九江、汉口以及银岛（英国驻镇江领事官邸）。太平天国认为前两项要求是完全无理和傲慢的，未予理睬，就第四项要求，他们对为什么太平军不能受到与上海协议类似的束缚做出了解释：
的确，在今年春季，我们达成了类似的协议。但是，如果我们以严格的原则标准进行审视的话，那么普天之下，没有哪处地方不是上帝所造，而我们所肩负的使命，便是以我们的力量为上帝收复整个中国的领土，而在领土的问题上，我们也实难做出任何的让步，我们寸土不让。我们此前之所以达成那样的协议，是考虑到贵国与我国同出一源之故……但是，我们的圣兵有义务诛杀妖孽，无论他们出现在哪里，我们的天兵怎么可以被禁止完成这项使命呢？如果上海和吴淞没有那些妖魔的势力，忠王（李秀成）和侍王（李世贤）自然不会派出部队占领那里。如果贵国愿意驱逐那些妖兵，那么我圣朝就将派出官员安抚当地，不仅会保护民众，而且也同样会保护贵国的贸易。
太平天国的回函继续说道，基于同样的原则，他们排除了将和平协定用于其他城市的可能，也不能向英方真正保证在发动进攻前通知他们：
我国不会拒绝在发动进攻之前向贵国提前告知，但是我国担心我们之间的通信可能受到妖兵大营的阻碍，而当我国将它们扫除干净，届时将没有足够的时间完成告知的工作。而这种疏漏将会制造很多麻烦。
这一回函于1862年1月1日（咸丰十一年腊月初二、太平天国十一年十一月二十二）送达英方，太平天国和英国之间的外交交流就此终止。三天之前，李秀成已经在杭州开始集结兵力，准备第二次进攻上海。
对忠王计划的内部讨论
除了在青浦、金山、松江、宝山和远至镇江及扬州的一些地方发生过零星的遭遇战，太平军可以说忠实地履行了1861年为期一年的和平协定所规定的义务（尤其是在靠近上海一百里的区域内）。李秀成认为协定即将到期，考虑到清军士兵（王韬给太平军的信中说只有八千人）和外国士兵人数都非常少，重新展开攻略上海计划的时机到来了。
显然，在天京有很多颇具影响力的官员都支持李秀成的计划（对何伯的回函以及对王韬来信的批注均可证明这一点），但是也绝非只有洪仁玕一个人反对这次的行动。陈玉成和他的部将们可能表明了反对的态度，数年之后作为陈玉成亲信的赖文光在自述状中强烈地谴责了李秀成，说他错误地进攻上海，招致了外国势力的对抗，还将太平天国的覆亡也归咎于此。当然，洪仁玕此前也写信给李秀成（见前文），向他建议首要的任务是收复安徽，而并非攻略江苏或浙江。而在给何伯的回函中，洪仁玕的名字也被刻意地隐去（可能也有洪仁玕因安庆失守而被降职的原因）。洪仁玕一改第一次进攻上海时全力支持的态度，也反映出他认识到了局势的转变，外国势力的坚固防守使情况完全不同于前次。李秀成没有看清这种转变的真正意义，一是因为他执迷于恢复在上海施行真正的华人统治的革命目标，二是他坚信与外国势力之间达成的和解和协定。
现在仍然在名义上采取中立的开埠通商国家不太可能主动进攻，但是，如果李秀成能够理解他们在与清廷的军事和外交战中作为胜利者的心情，他便完全可以预测到这些国家会奋力保卫上海。如果说从太平天国的角度而言，保持既有状态是最明智之举，那么能够说服李秀成，避免第二次进攻上海的最有力论据便是，在占领宁波之后，占领上海的战略紧迫性已经没有那么强了。外国的军事补给可以在任何一个开埠城市买到，而且走私者们愿意将大量的弹药从香港甚至是新加坡运到宁波来，卖给太平军。但是李秀成心意已决，而且无论别人的劝说多么有理，他都绝不会放弃自己的计划。
第二次上海之战
李秀成的计划是避免直接进攻，而是从各个方向包围上海，直到“内中自变，方可乘机计取”。为此，他调各路太平军前来上海会师，并且亲率自己的部队分五路从杭州返回。李秀成还期望得到城内支持者（可能又是小刀会）在恰当时候的响应。但是，当太平军开始包围上海的时候，外国居民尤其警觉，他们迅速在城内官员的协助下组织起防御。1862年1月7日，李秀成在城外张贴了一份公告。五天之后，两名之前被抓获的英国水手得到释放，被送回城内，并随致太平天国公函一封，通知英国主将太平军将要对上海展开进攻，这也是遵守了之前在进攻前通知外国当局的承诺。英国和法国的主将何伯少将和卜罗德(Auguste Léopold Protet)少将在与英、法领事协商之后复函，其函最后声明：“倘林、何二人（太平军将领）及其同党胆敢进犯该地（上海周边，包括吴淞），将自蹈险境。”而此时上海城内只有九百名英国士兵和水兵，以及不到一千法军，于是他们决定：将所有的士兵都部署在外国人居住区及这座中国城市的城墙之上；委任志愿者帮助警察，保证城内秩序；将舰队布置在吴淞；最后将城市其他部分的防御交给清廷的官员道台吴煦。
接着，在将近1月中旬时，李秀成返回苏州度过太平历新年，把战事指挥权交给慕王谭绍光之后，情况发生了转变。到这个时候，太平军已经击败或击溃了驻在战区的四五万清军中的绝大部分，而且正在切断上海城与外国人定居区以及周边县镇的联络，从而制造了城内的粮食危机。英国和法国当局鉴于这种严峻的局势，准备重新审视他们被动防御的政策，而这时他们恰好又接到了清廷新的请求。为了不惜一切代价保住城市，清廷官员协同乡绅一起接触外国代表，请求军事援助。而允许进行相关交涉的谕饬以及相关指导原则，也于1862年1月26日发到了总理衙门。此前巡抚薛焕上奏称，江苏及浙江乡绅请许“借”英、法军队包围上海，而作为回应，谕饬命恭亲王与英、法公使协商该事，同时令薛焕领导乡绅为军事合作安排部署。就这样，外国势力开始与清廷合作，共同镇压太平天国革命运动。
外国人的军事准备
当外国势力与清廷达成协定的时候，英国与法国需要比驻扎在城内的部队更多的人手来防御上海，但是随着英国陆军司令迈克尔(John Michel)带着他之前占领了天津和北京的部队由中国北方赶来，所有类似的焦虑都烟消云散了。而第二天，何伯又带着华飞烈去会见了卜罗德，卜罗德同意将华飞烈的部队也加入到外国军事防御的序列中来，这确保了守方获得足够的力量。
华飞烈在法国治好了伤，于1861年春天再次出现在上海，现在他率领着一支经过重新整编，由外国军官领导中国雇佣兵，并配有外国装备的部队。在和吴煦和杨坊重新确认了他们之间的协定之后，1861年5月19日，华飞烈来找何伯，以寻求英国的支持。但是，他立刻被何伯逮捕，并被扭送到美国领事馆，接受违背其国家中立政策而行事的惩罚（何伯对英军士兵逃散加入他的非正规部队一事感到愤怒）。但是，当华飞烈向美国领事馆表明自己已归化入中国国籍之后，美国领事馆不得不将他释放。何伯立即又命令将他重新逮捕，但是华飞烈机智地逃离了他的旗舰，返回了松江的大本营。当英国的立场由防御转向进攻后，他最终得到了何伯的注意和支持。在接受了诸如禁止招收英军逃兵等条件的前提下，华飞烈的部队正式被认可成为外国势力的盟友，并获得他们在军备上的支持（他甚至得到了从香港军火库运来的弹药）。在与卜罗德会面时，华飞烈的部队有超过一千名中国士兵、一些外籍军官、一伙菲律宾保镖以及一艘适合在湖面和河道中作战的全副武装的蒸汽船。
当外国势力正在集结部队时，太平军则两次试图夺回镇江。第一次进攻发生在2月上旬，由天王的两位兄长指挥；第二次是在2月15日，由护王陈坤书带着常州的部队发起进攻。从这两次进攻动用的兵力来看，其目的是将清军的注意力从李秀成在上海的行动上转移开。与此同时，谭绍光指挥部队向上海郊外的宝山、浦东、吴淞、闸北和高桥大规模开进，最终于2月14日在浦东击败了上海县令刘郇膏率领的清军和民兵部队。第二天（何伯、卜罗德和华飞烈会晤一天之后），太平军再次给刘以痛击，取得了第二场胜利，使得上海从此暴露在太平军的直接攻击之下。
五天之后，外军展开反击。三百五十名英国水兵、一百六十名法军步兵、六百名华飞烈的雇佣兵以及一些清军部队，在何伯的指挥下向高桥进兵。但是谭绍光驻防的约一万太平军大多数是未经训练且只配备了竹矛的新兵，因此，三天之后的2月24日，谭绍光撤退至萧塘。2月27日，在萧塘，谭绍光指挥六千名老兵轻松地击溃了何伯和华飞烈率领的一百人的侦察队，但是他们立刻分别向上海和松江请求支援。他们的求援招来了两百四十九名英国水兵、一百名法军步兵以及三十余名炮兵，次日又有七百六十名华飞烈的士兵赶到。3月1日清晨，何伯和华飞烈发起猛烈的进攻，一小时后就大胜装备落后的太平军。外国军队共造成太平军死亡千余人，并俘虏了三百多人。但是在高桥，外国军队在获胜后开始大肆屠杀，并破坏财产，恶行包括破坏稻田以及烧毁房屋。清廷满怀感激地晋升华飞烈为参将，他的部队从此被称为“常胜军”。对于英方的行为，至少倾向于政府的《上海时报》是这样进行抗议的：
我们认为海军司令何伯，是本世纪第一位采用不宣而战这种不合战场礼节之行为的英国军官。既然已然承认太平军是一个交战实体，根据文明国家的固有做法，他应该给予他们在撤退、投降和尽遭屠戮之间进行选择的机会，然后再执行最后的选项。他并没有这样做——如果荣誉的典章未曾改变，那么最近两次对太平天国的进攻便是对它重大的违背。
3月14日，华飞烈在英国战舰的协助下，于上海西南某镇再一次击败谭绍光，并因此被清廷正式晋升为副将。太平军方面，3月14日，陈炳文的部队占领了金山卫，将那里纳入太平军治下，然后进兵松江。而李秀成此时也从苏州归来，并亲自指挥所有战区的太平军，兵分四路，向上海发动总攻。
李秀成似乎完全没有意识到，外国势力的战略已经发生了致命的转变。2月22日，何伯已然向卜鲁斯提交了一份剿清上海周边一百里内所有市镇之太平军的作战计划，卜鲁斯在3月19日由清廷复件认可，并于同日向罗素勋爵递交关于其行动的报告。（罗素勋爵于6月2日回复认可，使这一任意的行为获得了英国的正式认可。这份回复直到9月才被送抵中国，但是我们可以把英国与清廷正式结为联盟，共同镇压太平天国的时间认定在3月19日。在这一天，恭亲王向卜鲁斯发函，对英国及法国在上海方面的协助表示感谢。两周后的3月31日，外军获得正式授权，可以在开埠港口周边及长江上游地区采取军事行动。）
四度出击
依照卜鲁斯的命令，英将士迪佛立(Charles W. D. Staveley)率领驻天津的英军分遣队——年轻又有志向的少校戈登(Charles Gordon)恰在军中——来到上海，帮助何伯针对战区内太平军据点的军事行动。他们的第一次进攻在1862年4月3日发动，共有两千零二十七名外籍及清军士兵、十三门大炮参加了行动。部队直接开赴距离上海三十余里，有大约七千名太平军士兵驻防的罗家港。在紧邻当地的王家沙驻防的一支规模较小的太平军，在第二天遭到炮击之后，撤退至七宝。但是罗家港的太平军也装备有外国火炮，他们坚守不退，以惨痛的代价连续三次击退了华飞烈和何伯的进攻，直到何伯亲临前线，命令撤军。虽然何伯一条腿负伤，但是次日早晨，在带着法国水兵和更多大炮赶来助战的卜罗德的协助下，他又发起了新的攻势。到夜幕降临之时，太平军的营垒被彻底夷平，守军败退。
在4月17日，士迪佛立带着由两千四百二十人及十四门大炮组成的部队从上海出发后，七宝成了他的第二个目标。而他的部队依靠火力优势，很快就取得了战斗的胜利，驻防的八千太平军中死亡六百人，被俘三百人，余下的大部分逃往川沙。战胜之后，清军开始屠戮无助的太平军战俘，而外籍士兵则在七宝大肆劫掠，争先恐后地抢夺战利品。他们抢夺战利品过于激烈，以至于士迪佛立、何伯及卜罗德在4月22日的战略会议上不得不特别讨论这个问题，此后他们还就这一问题毫无廉耻地发表了这样的声明：
在从叛军手中攻克嘉定及其他城镇之前，须合理安排收集所有高价财产的工作，以确保公平地分配给各部队。在行动开始之前，此项工作须报知各部。
由于何伯的伤势尚未恢复，士迪佛立负责指挥第三次出击。这一次他总共带了三千八百八十四人及三十门大炮，于4月27日开赴嘉定。为外军提供支援的，仍然是清军李恒嵩五千人的部队。4月29日，战斗正式打响。两天后，他们将三十门大炮部署在三座城门外，并开始炮击，留下第四座城北门则不予攻击，意图使太平军下意识地从此门沿路向北逃窜，再由埋伏在那里的清军进行伏击。城中大约有五六千太平军，仅靠自制武器和弹药来对付敌人的大炮，实力被碾压的守方决定撤退。他们留下一百三十名太平军（大部分是衣着尚好的年轻男子），继续用当地自制的火炮还击，其余的人由北门冲出，正中清军下怀。在这条出城向北的道路上，有超过两千名太平军士兵被清军屠杀，另有一千人被俘（后亦被杀），约有五百人在守城时殒命城中。外军并无伤亡，他们冲入嘉定，劫掠了价值二十万元的战利品，这一行为也遭到了《德臣西报》的恶评：
试问，在人类的整个战争史上，是否还记有另一场和现在这场何伯将军正在参与的战斗相同的，抛却了，彻底抛却了所有应有的礼节，尽情搜刮战利品的战斗吗？……除非中国的事务依照前文所述之指导而行，我们有完全的理由相信，英国的骑士精神在中国将不会为人所知。
5月6日，外军又一次从上海出击，这一次的矛头指向青浦。12日，随着四十门大炮的轰炸响动划破了当日清晨的宁静，两千六百一十三名英法士兵、一千八百名华飞烈的士兵，以及数千李恒嵩指挥的清军共同发起了进攻。防守的太平军约有四千人，除了五百名老兵，其余均是缺乏战斗经验的新兵，他们英勇奋战了将近一个小时，直到城墙被轰出破口。在随后的败退中，有超过两千名太平军被俘（抓至上海后被清军屠杀），其余的太平军逃散，另外在守城时还有千余人阵亡。在被外军和清军洗劫一空之后，青浦成了华飞烈新的大本营。
李鸿章的崛起
就是在这一时期，将来在镇压太平天国运动中发挥领导作用的李鸿章，奉曾国藩之命带着一支新军来到了上海。至于曾国藩为什么想要建立这样一支新的军队，李鸿章又是如何获得了这样的任命，了解这些事情的缘由，能够帮助我们认识到清廷对曾国藩以及外国军队的依赖。1861年秋季，湘军刚刚顺利地完成了收复安庆的任务，而就在这时，上海的官员和乡绅的代表来到了曾国藩的大本营，他们带来了巡抚薛焕和其他官员的信件，言辞悲痛地请求湘军救助，抵御李秀成即将展开的进攻。曾国藩看了这封信，还听取了代表们对在严重局势下清军脆弱无能这一情况的介绍，最终同意提供帮助。然而，此时他意识到，向上海派遣部队本来并不在他围攻天京的战略计划之内。而在天京的东侧再增加一支军队，配合正在向浙江移动并部署就绪的曾国藩本人率领的军队，以及曾国荃奉命回湖南组建的新军，就可以从三面包围天京。
在这个紧要的关口，能够襄助曾国藩的就是李鸿章。他此前于1860年秋天在祁门时曾经离开过曾国藩的幕府，但是他在江西赋闲了九个月之后，又重新回来做曾的幕僚。李鸿章此时认识到，成就个人事业功名的绝佳机会终于到来，便自告奋勇地要求指挥这支新军，并且如愿以偿。当天冬天，李鸿章在他的老家皖北淮河流域招募组建新军，曾国藩则在一份奏折中推荐李鸿章担任江苏巡抚，另荐左宗棠为浙江巡抚。至于新军，曾国藩调拨了四个营的湘军（其中两营为曾国藩自己指挥的部队，另两营为新近从太平军倒戈而来的程学启的部队），以及四个刚从湖南招募的新兵营给李鸿章，让他以此为基础，根据湘军的组织形式和规约条律，组建起归他本人指挥的新军。与此同时，李鸿章也在皖北淮河流域动员了原来便有相识的五个营的兵力，其中大部分为民兵。到了1862年年初，他已经组建了十三个营规模的远征部队（确切地说应该叫“湘淮军”），准备从安庆出发。此后曾国藩的幕僚郭松林、杨鼎勋以及另外两名鲍超的部下也加入了李鸿章部，另外，他还吸收了在上海招收组建的几营新兵。4月8日至5月2日，依照上海官员与英国海军司令何伯的协商安排，六千五百名李鸿章的士兵分三批，由七艘持英国执照的蒸汽船，在英国海军战舰的护送下被运往上海。李鸿章本人于4月8日跟随第一批士兵到达上海，5月13日正式接任江苏巡抚，而薛焕则改任办理五口通商事宜。
新一轮攻势
5月中旬，何伯、卜罗德和华飞烈又率领约四千六百人的部队及三十余门火炮，进攻上海以南的奉贤，李鸿章的几营士兵也在附近部署，等待从北面予以配合。在途中，外军进攻了仅有千余名装备极差的太平军驻守，但是防御工事完备的南桥。5月17日，在将近两个小时的猛烈轰炸之后，部分城墙倒塌而守军则毫无动静。但是，当外军士兵准备从缺口涌入的时候，太平军士兵突然从隐蔽处冲出，用自制的武器与外军展开肉搏战，当场击杀卜罗德少将，打伤英、法士兵十六名。由于被意外击退，外军重新开始报复性炮击，直到大量太平军被炸死为止。紧接着，他们“组成了掠夺队，法军抢夺了（南桥）一半的财产，英国人夺走了另一半”。
代理海军司令格尔森(de Kersauson)接替了阵亡的卜罗德，并参加了于5月19日展开的对柘林的作战。当地驻防的少量太平军坚守了两天，英勇奋战直至最后一人。此后，在因卜罗德阵亡而被激怒的法军士兵的带领下，外军对当地平民展开了屠杀，用最凶暴的手段劫掠财物，然后放火烧毁了整个城市。太平军对外军的凶残暴虐开始感到恐惧，5月21日，奉贤的太平军选择逃跑，而就在同一天，李鸿章的部队在周浦附近也击败了另一支太平军部队。如果不是士迪佛立接到情报说，李秀成率大军扑向嘉定，须全军立刻回防上海，他们对上海外围太平军据点的清扫活动恐怕还将持续下去。
再攻上海
自1月中旬开始，李秀成就一直留在天京，而他此时却接到了前线嘉定及青浦先后失守的战报。1862年5月12日，他率领一万人的部队抵达苏州（其中包括黄文金部），并开始亲自指挥反击。但是，他的策略并不是直接正面进攻，而是夸示其军队的实力，以吓退外军。第一步便是散布谣言，说他的大军已部署就位，准备直接进攻上海。紧接着，他派遣一定规模的部队佯攻嘉定、南翔以及其他外军驻防的地方，在各处都多立大旗，装作人数众多，虚张声势，取得了一定的效果。
5月14日，李秀成从太仓派听王陈炳文向南进攻青浦，自己亲率部队前往嘉定，途中遭遇李庆琛率领的数千清军，由嘉定附近而来，准备进攻太仓。5月15日至17日的三日间，太平军数次击败清军，直到将其击溃，李庆琛及数百士兵逃亡，其余清军战死。太平军一直追杀清军败兵至吴淞，而在吴淞，英军战舰已然部署就位，准备为驻防的清军提供掩护。太平军怏怏而归，但在撤退途中遇到一支英军供给部队，劫夺了一些弹药，失落之情才稍感慰藉。
与此同时，李秀成继续进军，到5月18日，他的部队包围了嘉定，而此时嘉定仅有戴洛(Taylor)上校及四百名外军士兵以及一些清军部队，防备并不严密。围攻开始四天后，士迪佛立从柘林返回上海，亲自指挥嘉定解围之战，并于5月24日领一千士兵及十三门火炮开赴战场。次日，他们与人数众多的太平军在南翔相遇，而顾虑到干预中国内战的限度问题（青浦与松江仍然被围困），士迪佛立和法军指挥官格尔森决定保持克制。因此，5月26日，他们分给施丹理(Stanley)五百人及四门火炮，命他前往嘉定救援戴洛。施丹理完成了任务，外军在嘉定放火，然后与其余的部队一起撤退至上海，太平军则重新占领了该城。
在李秀成率领两万五千大军从嘉定赶来，继续向上海进军之前，陈炳文在青浦于8月15日和22日两次战胜了李恒嵩的清军部队。但是当大军占领泗泾，逐渐逼近港城上海时，南汇（黄浦江对岸、上海以东的浦东城市）太平军守将因与李秀成的继子李容发发生口角，于5月28日带领部下一万太平军举城投降清军。（这支部队中大部分都为安徽人士，而安徽正是李鸿章的老家。）几日之后，李鸿章的淮军攻克川沙，完全收复了浦东地区。
5月29日，李秀成在青浦击退了华飞烈的进攻，此后太平军便集中精力进攻华飞烈以及英国特遣队的大本营松江。5月30日，太平军冒险试图翻越城墙，行动中，一名法国军官被杀，李秀成的继子李容发受伤。次日，黄文金指挥了新一轮的进攻，而6月2日，李秀成本人抵达战区，并在广富林击溃英军蒙甘茂(Montgomerie)部，缴获四百支步枪及三十六箱火药。对青浦的围攻仍在持续，而6月3日，李秀成又重新占领了奉贤。但是，此时的太平军受到清军程学启和李鸿章部的骚扰，向上海的进军陷入停滞。
此后，李秀成的一名部将主动请缨，要指挥对上海发起最后的冲击，战事也因此发生了新的转变。当时，谭绍光在围攻湖州五个月之后，终于占领了浙北最后一座未被攻克的城市。（负责城防已有数年之久的赵景贤被俘，此后在苏州被处死。在围攻之时，城内大量百姓或被饿死，或是在太平军进城之前自杀而亡。）李秀成本已决定派谭绍光回防正在被曾国荃围攻的天京，但是在同意了他的部将指挥最后一次进攻以后，他便改派谭绍光出击，帮助陈炳文进攻青浦。虽然在最后一刻，华飞烈和英军军官率部从松江紧急驰援，进行最后的努力，但是6月2日，青浦还是被攻克。但是，驻防的包括英国士兵及华飞烈的部队在内的六百名守军，在城内放火之后被顺利营救出来。（就在这时，常胜军副都统华尔思德重新进入青浦，想要拿回一些被丢弃的战利品，但是被谭绍光抓住。华尔思德被关押在浙江乍浦，后来华飞烈用大量的鸦片和弹药把他交换出来。）
受到占领青浦的鼓励，李秀成于6月17日解除了对松江的包围，加入陈炳文和谭绍光的行动，准备第三次进攻上海。他亲率五六万大军，分十二路逼近上海郊外及外国人定居区。6月19日，在那里，他们与李鸿章的部队展开了一场决定性的战斗，结果太平军损失三千余人，落荒而逃。心境烦躁的李秀成将这次失败归咎于天王接连不断地召他速速回援陷入包围的天京，因而分散了他的精力。李秀成确实在安排好嘉定、青浦、太仓以及上海周边其他城市的防务之后，于6月22日返回苏州。然后，他立即召集所有待命的将领召开了军事会议，商议如何解除天京的包围。
谭绍光指挥的第四次进攻
7月7日，李鸿章的湘淮军收复奉贤，17日，又在华飞烈的协助下收复金山卫。他们的联军继而转向青浦，并最终在8月10日，以华飞烈部阵亡两百六十人（约占其兵力的十分之一）以及数目不详的清军士兵的代价，最终收复了那里。谭绍光闻讯立即于8月15日发动反击，但是又被击败，而这一次打败他的是刚刚率一支小规模的舰队到来，帮助李鸿章的曾国藩水师指挥官黄翼升。此后，谭绍光返回上海，到达了距离法国租界仅十几里的地方。此时太平军在另外两个方向上也在集结，而上海的驻防清军仅有约三千人，谭绍光的逼近引起了清军足够的警觉。李鸿章火速从其部队中调兵回援，并请求常胜军和外国军队的协助。英军海军及陆军官员波勒斯(Borlase)及戈登参与了上海的防卫。面对这样的阵势，谭绍光取胜的机会很小，在8月27日及29日连续两次失败后，他被迫撤退至嘉定。谭绍光之后一直驻扎在那里，直到10月26日，数量庞大的外军与清军联合向他发起了进攻。这支联军共有两千二百名英军及法军士兵，并配有十六门大炮，他们接受士迪佛立将军、海军司令固伯（Augustus L. Kuper，何伯的继任者）及法军司令伏恭(Faucon)的指挥，另外还有白齐文（华飞烈在浙江战死后继任指挥权，见第二十一章）指挥下的一千五百名常胜军，以及一部分湘淮军。太平军坚守两天，最终于10月24日投降。此后英军与法军撤回上海，此后未再主动地参与对太平军的战争。
图8 上海与苏福省战场
中央区军政
从1861年10月上旬开始，太平军便为在长江北岸那块1860年被他们划作天浦省的地方争取一块立足之地而进行战斗，但是进展并不顺利。先是对王洪春元（洪秀全的侄子）、天王兄长信王洪仁发及勇王洪仁达出师镇江不果。此后不久，又有一支太平军的部队进攻那里，也没有取得成功。12月下旬，三王又卷土重来，包围了镇江，但是在清军守将冯子材面前只取得了几场小胜，最终在1862年2月上旬又被击退。除了这些失利，使天京情势更加危急的是江北三城先后向实力更为强大的清军（李世忠部）投降：六合于1月21日，天长于1月24日，江浦于2月2日投降。而唯一的援军，即陈坤书受李秀成之命，从其驻防地常州带来的部队，也在镇江附近遭到阻截并被击溃。
一心想重新占领天浦省的洪仁玕，立即安排数千士兵乔装成清兵模样，潜伏渗透到那里，为太平军的归来做内应，而天王已经下令从江苏和浙江调来部队，准备反攻。由于李秀成转于上海之战无法分军，而陈玉成在庐州也麻烦不断（他向陈坤书请求了援助），因此唯一响应的便是陈坤书和三王的部队，他们于3月27日兵分三路，分别进攻浦口、六合和扬州。而太平军的反攻被清军李世忠和多隆阿的部队击退，从此之后，江北地区被清军牢牢地掌控。此役之后，陈坤书返回了他的驻防地常州。
从政治层面而言，1861年也许是波澜不惊的一年，但是标志着太平天国进入最后时光的管理乱象已经明显地显现出来。其中之一便是突然且毫无意义的滥封王爵的现象，而前些年这还只是加给为数不多的功臣的殊荣（也有因父辈的功勋而承袭为幼王者，如杨秀清、萧朝贵、冯云山及胡以晄之子等）。打破太平天国这个传统的第一例是1862年年初，陈坤书成功贿赂腐败的天京贵族，最终加封“护王”。他的成功有一部分原因是出于“政治嫉妒”（陈坤书的目的是通过和李秀成同级，从而不用因自己在苏福省施行的极其恶劣的暴政而向李秀成负责，另有其他一些嫉妒李秀成的官吏，也希望借这个机会削弱其权威），但是如此便为后来者立下了不好的先例。到1862年年底，太平天国诸王便已超过百人，而且王爵很快被随意加封，完全丧失了其真正的价值。
滥封王爵的先例一开，便有人要求在下层也设立更多的特别爵位，而天王也同意并设置了一套新的爵位体系，它在王爵之下，又在1856年设计施行的六爵（天义、天安、天福等，见第十四章）之上。这些爵位包括天将、朝将、主将（旧有的太平军衔现在升级为爵位）、神将以及神使。随着中央政府随意增设的高级官署，旧有的层级体系已经变得几无价值。
如果说这些初期的管理混乱预示了太平天国革命运动的衰落和最终覆亡，另一个征兆便是罗孝全在热情推进了太平天国事业十五个月之后，终于在1862年1月20日愤然离开天京。出于某些原因，罗孝全和洪仁玕之间产生了矛盾，而矛盾最终演变为一场口角，当时罗孝全指责洪仁玕将一名仆役打死，而洪仁玕大概是掌掴了罗孝全。罗孝全回到上海之后，在《北华捷报》上发表了两篇文辞尖刻的稿件，成为反对太平天国的声浪中强有力的新声。