明弘、正之際，姚江良知之學與文士復古之風，同時並作。其後王學大盛，文學亦與並峙。嘉、隆以後，楊升菴、陳耀文、胡應麟、焦弱侯皆以博雅著园，袁仁之《尚書砭蔡》《春秋胡傅考誤》，陸粲之《春秋胡傅辨疑》，於宋、明傅统之經學，已致駁難。然姚江之學普及平民，篤古洽聞，獨一二豪傑之士能之，故清人每謂明人不讀書，實則王學以外，未嘗無學周，特不如王學之眾多耳。明末錢謙益始提倡注疏之學，费密言當時注疏，惟福建本。方以智著《通雅》，顧炎武著《音學五書》。注疏之學與聲音訓詁之學，马清代經學之根本，皆自明末清初之學者發之，故謂清代經學反對王學則可，謂清學與明學無關則不可。
近人論清代學術，率分爲三期：其初期则由明末以至顺、康，二期则爲乾、嘉，三期則爲道、咸以後。初期爲清學之發時代，其精神在於博學於文，经世致用。二期爲清學之全盛時代，其治學範圍既較初期爲狭，而無經世致用之精神。三期爲清學蜕變時期，學派分歧，其精神又復轉爲致用。凡此皆清朝政治之影響也。章太炎師論清儒曰：“清世理學之言竭而無餘華。多忌，故歌詩文史；愚民，故經世先王之志衰。家有智慧，大湊于说經，亦以舒死，而其術近工眇踔善矣。”清代學術，大抵如斯，以論全盛時期之學術尤合。明末諸老痛故國颠覆，受制夷，頗歸咎於王學之空淡心性，故轉爲微實之學，以達其經世致用之思。其爲學，義理、文史與經術並重，而歸於篤行。康熙之末，故老已盡。雍、乾兩朝，文網益密，箝制人心，不得稍有發舒，宫廷演劇，亦惟《封神》《西遊》之神話是爲，以免於禁忌。其時學者皆新朝之人，少故國之思，當此多忌之世，乃專爲考證之學以求速害，義理、文史之學，幾於绝滅。嘉慶繼統，清朝统制力量漸衰，滿人统制中國已久，防制之心稍弛，故道、咸以後，學風遂變。其時學者知大亂之將至，乃歸咎於考證學之無用。又學術之事，有時而窮，才智之士不能不别啟途徑，故宋學、文史復典。經學之本身，則有常州之今文學。其相同之點，皆以反於乾、嘉學術之無用是也。以清代經學論之，其始爲反宋、明以來重言重意之風，而稽考於度数名物，其初在於博覽，未嘗倡言漢學，而漢學之旗幟非樹立不止者，则其操術然也。清人所謂微實者，乃微之於故書，非微之於實事。言書册，则漢爲近占，故漢學之興，乃必然之事。其治學態度，專以注釋書冊，亦爲束漢古文學之態度。乾，嘉之學，實束漢之學也。其所以變者，梁任公論之曰：“考證學之研究方法雖甚精善，其研究範圍卻甚拘迂。就中成績最高者，惟訓一科。然經數大師發明略，所餘者不過糟粕。其名物一科，考明堂，考燕寝，考弁服，考車制，原物今既不存，聚訟终末由決。典章制度一科，言喪服，言禘裕，言封建，言井田，在古代本世有损益，即群書亦末由折衷通會。夫清學所以能奪明學之席而與之代興者，毋亦曰‘彼空而我實’也，今纷於不可究之名物制度，则其爲空也，與言心言性者，相去幾何？甚至言《易》者，擯《河圆》《洛書》，而代以卦氣、爻辰，其矯評正相類。諸如此類者尚多，殊不足以服人。要之，清學以提倡一宵字而盛，以不能贯微一官字而衰，自業自得，固其所也。清學家既教人以尊古，又教人以善疑。既尊古矣，则有更古焉者，固所當尊；既善疑矣，则常時諸人所共信者，吾曷爲不可疑之？”梁氏之論，於清代今文學之興起言之，最爲明白也。今文學者，舍漠人之訓站名物不言，而言漢人之義理制度，由束漠之古文學，而上求之於西漢之今文學也
顧亭林言“經學即理學”，訓名物之學，即代義理之學而興。黃宗羲作《易學象数論》，其弟宗炎著《圆書辨》，毛奇龄作《河圆洛書原舛》《四書改錯》等書，皆以攻擊宋學。張爾岐作《儀禮句讀》，陳啟源有《毛詩稽古编》，朱鹤龄有《書坤傅》《詩通義》《讀左日纱》，皆爲微實之學。山陽間若璩作《尚書古文疏證》，定晚書之疑，又撰《四占釋地》，多易朱說。德清胡渭作《易圆明辨》以闢陳、邵圆書，又爲《禹貢指》以說地理，雖未若後來之精審，而博大則過之。乾隆之初，尚無漠學之名，有之，自惠、戴始。惠學尤守漢義。章先生曰：“吴始惠棟，其學好博而尊開，皖南始江永，戴震，综形名，任裁断，此其所異也。先楝時有何焯、陳景雲、沈德潛，皆尚洽通，雜治經史文辭。至楝承其父士奇學，揖志經術，撰《九經古義》《周易述》《明堂大道録》《古文尚書考》《左傅袖注》。弟子有江聲、余客。聲爲《尚書集注音疏》，蒲客爲《古經解鉤沈》，大共篤于尊信，缀次古義，鲜下己见。而王鸣盛、錢大昕亦被其風，稍益發舒。教于揭州，则汪中、劉台拱、李惇、贾田祖以次典起。蕭客弟子甘泉江藩，復續《周易述》，皆陳義爾雅，淵乎占訓是则者也。震生休，受學婺源江永，治小學、《禮經》、算術、舆地，皆深通。其娜里同學有金榜、程瑶田，後有凌廷堪、三胡，三胡，匡衷、承珙、培带也，皆善治《禮》，而瑶田兼通水地、聲律、工藝、食之學。震又教经於京師，任大椿，文引、孔廣森皆從周業。弟子最知名者，金壇段玉裁、高郵王念孫。玉裁爲《六書音韵表》以解《説文》，《説文》明。念孫疏《廣雅》，以經傳諸子轉相證明，諸古書文義结詘者皆理解。授子引之，爲《經傅釋洞》，明三古辭氣，漢儒所不能理繹，其小學訓，自魏以來，未當有也。近世德清俞樾，瑞安孫詒讓，皆承念孫之學。樾爲《古書疑義翠例》，辨古人稱名抵牾者，各從修例、使人所疑眩，尤微至。世多以段、王、俞、孫爲經儒，卒最精者，乃在小學，往往得名家支流，非漠世《凡將》《急就》之也。凡戴學敷家，分析條理，皆密嚴，上溯古義，而断以已之律令，與蘇州諸學殊矣。”章先生論惠、戴二家之源流同異，是也。此二派爲清代經學之正统，所謂乾、嘉之學，即以此爲代表。吳學以謏拾古義爲多，戴學則優於文字之訓詁校勘，故言清學之正统，孫治讓實集其大成焉。今文學者，道、咸以後新起之經學，以與正统之經學相抗衡者也。今文學之始祖爲莊存與，莊著《春秋正義》，專言大義，刊落名物訓故，與惠、戴並殊。劉逢禄繼之，始專主董生、何休，爲《公羊何氏釋例》。存與猶治《周官》，不務攻占文，逢禄始爲《箴膏》《發墨守評》《穀梁疾申何》，以難鄭氏，又作《春秋左氏考證》以攻《左氏》。宋翔與逢禄游，亦喜今文，於《論語》，亦以《春秋》說之。仁和龔自珍、邵陽魏默深，皆爲今文學，好言經世。康、梁之今文，则此派也。陳樅爲《今文尚書經説考》《三家詩逍説考》，其子壽祺爲《五經異義疏證》。凌曙著《公羊禮疏》，注《春秋繁露》，其弟子陳立乃作《公羊義疏》《白虎通義疏證》，皆爲專家之學，而不務攻，此猶張惠言之宗《虞易》，陳碩甫之宗《毛詩》耳。廖季平師言今文則尊二陳，此又一派也。劉申叔稱廖先生曰：“明於《春秋》，善說禮制，魏、台以來，未嘗有也。”可謂知言。自廖先生作《今古學考》，劉申叔入蜀以後，即治西漢古文學。疏理今文者，則有皮踢瑞。章先生初說《左傳》，亦宗賈、服，晚乃專宗杜预。章，别之學，皆非清學所能固者也。