汉哀帝死后，王莽开始执掌政权，政局上的这一变化对于《尚书》发生了很大的影响。王莽在年轻时代和刘歆是好朋友，他也爱好古文学。当他执政以后，刘歆得到信任，于是把各种古文经一下子都立于学官了。当时在民间传授古文《尚书》的两个学者王璜和涂恽〔yùn〕也都被吸收到朝廷里来做了官。古文《尚书》在政治力量的支持下抬了头，今文家只好敢怒而不敢言。后来，王莽自己做了皇帝，刘歆做了国师，古文学派更是盛极一时。有一些学者如尹敏等人起先学的是今文《尚书》，这时也改学古文《尚书》，这就为后来这两派的沟通开了先声。
王莽失败后，东汉政权建立，在学术上又恢复了西汉时期的旧制度。东汉初年设置博士的时候，仍然取消了古文学派而只承认今文学派，在《尚书》方面只保留欧阳、大夏侯、小夏侯三家的博士名额。但是，自从王莽和刘歆一度大肆提倡古文学派以后，学术界的形势却大为改观了。这时候，古文学派的人数已经很多，足可与今文学派对抗。因此，在东汉光武帝初年，这两个学派发生了一次激烈的争吵，争执的中心是古文经《左传》应不应当立于学官的问题，没有牵涉到《尚书》。实际上，无论在西汉或东汉时期，今、古文两派之争，重点都在《左传》而不在《尚书》。因为《左传》只有古文本，没有今文本，所以今文家根本拒绝承认这部书。至于《尚书》的情形就不同了，不管今文《尚书》家也好，古文《尚书》家也好，他们所研究的是一部共同的书，尽管版本上有所不同，说法上有所分歧，但拿着基本上相同的一部经文，说来讲去，毕竟是同多异少。因此，在今、古文两派的激烈斗争中，《尚书》始终是一个陪衬的题目。
光武帝时候的今、古文之争以古文家陈元的胜利暂时告一结束。朝廷听从陈元的意见把《左传》这门古文学立于学官，置立《左传》博士；但古文《尚书》并没有援例享受同等的待遇。不久以后，今文学派继续攻击《左传》，议论纷纷，结果又把这门官学取消。从此，整个东汉一朝，所有的古文经始终没有正式立于学官，官方学术机构依然像西汉时期一样由今文学派把持。
在东汉的今文学派中，政治上最得意的要算今文《尚书》家了。因为东汉的皇帝们特别重视《尚书》，他们都把它当作自己最主要的政治理论读物。光武帝首先选用了一个讲今文《尚书》的学者担任教太子的职务。这个学者名叫桓荣，是属于欧阳家一派的。后来太子做了皇帝，就是明帝。明帝特别尊重他的老师，使桓荣在政治上享受种种崇高的荣誉。桓荣家中世代传授欧阳《尚书》，一连三代连任五个皇帝的老师，一门煊赫无比。桓家各代所传授的弟子都数以千计，其中有不少的人做到卿相等大官，在政治上真是兴旺非凡。到了东汉后期，从桓氏受业的杨氏又一连几代都位至三公，也世传欧阳《尚书》；杨家的门生故吏也遍于全国。因此，今文《尚书》的欧阳家一派在东汉一朝的政治舞台上是极有势力的，其他各经各派都不能与之相比。至于今文《尚书》中的大、小夏侯两派因为都立于学官，所以也相当兴旺，传习的人很多，其中做到大官的人为数也不少；不过他们比起欧阳家来稍见逊色罢了。
如果单从政治界来看，今文《尚书》家在东汉时期的地位比在西汉时期还要占优势一些。但是，如果从学术界来看，情况就完全不一样了。在西汉时期，今文《尚书》在学术界是风靡一时的，古文《尚书》只是民间私学，势力很小。而到了东汉以后，古文《尚书》虽然一直没有立于学官，却在学术界愈来愈占优势，最后竟至战胜了今文《尚书》。
古文《尚书》之所以能在学术界逐渐取得优势，首先当然是由于在王莽时期受到提倡的缘故。经过提倡以后，研究古文《尚书》的学者日益增多，也开始有人对它写著作了。东汉初年，有一个名叫周防的古文《尚书》家曾写过一部《尚书杂记》，共三十二篇，有四十多万字。这是我们所知道的有关古文《尚书》的第一部著作。
对古文《尚书》功绩更大的是当时另一位学者，这人姓杜，名林。杜林的父亲杜邺也是一个通《尚书》的学者，家中藏书很多。杜林从小接受家学，后来又从亲戚家得了许多书。他的学问相当渊博，尤其精通古文《尚书》。在王莽失败后的混战期间，杜林曾一度到陇西去避难。他在陇西偶然得到一卷漆书的古文《尚书》，高兴极了，把它当作极珍贵的宝物，在颠沛流亡的时候，一直随身携带，唯恐遗失。读者不禁要问：既然杜林过去曾经学过古文《尚书》，这一卷漆书古文《尚书》有什么特殊的地方值得他这样珍视呢？看来是这样：杜林原先所学的古文《尚书》是民间古文《尚书》家所传授的本子，也就是经过孔安国用隶书笔法改写过的所谓“隶古定”的本子。我们在前面已经说过，在进行“隶古定”的时候难免不失去古文字体的原貌，甚至还不免有描错的地方。因此，从西汉以来，民间所流传的古文《尚书》实际上已经见不到古文字体的真迹。保留古文字体真迹的古文《尚书》已被孔安国献给皇帝，成为皇家珍藏的中秘书而非一般学者所轻易得见的了。估计杜林所得到的漆书必定是保留古文字体真迹的本子，它也许是中秘书遭丧失而流落在外间的残卷（中秘书可能有摹写的副本），也许是先秦时代另一部古文《尚书》偶尔残余下来的部分。总之，杜林得到了这卷漆书，便可以校对他早先所学的古文《尚书》中的文字，便可以研究古文字体的书法艺术，并且，更可以根据研究的成果将全部古文《尚书》重新用古文字体写出来。譬如今天的一个研究甲骨文的学者，假使他早先只见过用楷书笔法摹写的甲骨文资料，一旦发现了一两片真正的甲骨文，能够不感到如获至宝吗？
关于这一卷漆书古文《尚书》暂且不提，且说杜林自从光武帝建都洛阳以后，就从陇西回到洛阳，在东汉朝廷里做了官。这时，朝廷里恰巧有另一位古文学家，名叫郑兴。郑兴是研究《左传》的，名气很大。他和杜林结成好友，两人共同提倡古文学。古文《尚书》就在杜林的大力宣扬下盛行起来。当时又有另一个研究古文《尚书》的学者卫宏，也和郑兴、杜林等结识。他很佩服杜林，就奉杜林为师，重新学习古文《尚书》。卫宏早先的一个弟子徐巡后来也改拜杜林为师。杜林于是把他所珍藏的一卷漆书拿出来给卫宏、徐巡看，同时勉励他们说：“古文虽不合时务，然愿诸生无悔所学。”“不合时务”就是说不合时代的需要，这可能是指两点来说的。第一点，古文《尚书》没有立于学官，只算私学，学会了古文《尚书》并不能作为进身之阶。第二点，光武帝刘秀在夺取政权的时候，曾利用《纬书》上的预言来作为宣传手段。他做了皇帝以后，特别强调《纬书》的重要性，无论在政治上或学术上都要以《纬书》做根据。当时的今文家大多信从《纬书》，拿《纬书》上的话来牵强附会地解释经书，因此能够迎合统治者的欢心。但古文家却大多不肯相信《纬书》，如郑兴等人都因反对《纬书》而得罪过光武帝，以致终身不得意。这也是古文学派在东汉初年的政治界不能得势的原因之一。
尽管古文《尚书》“不合时务”，可是，杜林、卫宏等人仍大力提倡。卫宏曾就杜林所得的漆书研究古文《尚书》上的古文字书法，从而写下了专门的著作。古文《尚书》毕竟在学术界流行起来，它的第一个功臣就是杜林。关于杜林所传授的古文《尚书》，后代学者却有一些混淆不明的说法，这是有关《尚书》历史的重要问题，我们需要在这里澄清一下。有人认为杜林所传授的古文《尚书》就是他所得的那一卷漆书；从而，又有人认为东汉时期盛行的古文《尚书》是杜林所传出来的本子，已经不是西汉时期孔安国所传下来的本子了。这一系列的看法都是不正确的。杜林早在他得到漆书以前已经从他父亲那里学过古文《尚书》，而那部古文《尚书》只可能是孔安国所传下的本子。杜林所得到的漆书只有一卷，其内容当然很少，绝不能包括古文《尚书》的全部篇章。再者，孔安国的古文《尚书》在西汉时期已经流传，经刘歆、王莽的提倡后更为盛行，也绝不会无缘无故地突然失传而由杜林用他的一卷漆书来取代。东汉一朝的古文《尚书》家全都认为他们所学的就是孔安国所传下的本子，从来没有人说他们所用的本子是杜林的漆书。他们的时代和杜林很接近，有些人差不多与杜林同时，对于这一点是不会弄错的。所以，我们必须交代清楚：杜林得到漆书是一回事，杜林传授古文《尚书》是另一回事。他所传授的古文《尚书》仍然是西汉以来古文《尚书》家一脉相传的本子，也就是孔安国的本子。不过，我们可以设想，杜林或许根据他所得的漆书对这个本子进行了字体上的校订。因此，我们也可以说，东汉时期的古文《尚书》本可能是经过杜林、卫宏等人校订过的本子。此外，杜林、卫宏等人还就漆书研究了古文《尚书》中的古文字学问题，这与古文《尚书》的内容无关，属于另一门学问。
继杜林之后，对于提倡古文《尚书》有过极大贡献的是贾逵。贾逵的父亲贾徽是一个博学的古文学家，曾经从涂恽学过古文《尚书》。贾逵全部接受了他父亲的学问，自己又兼通今文学家各派的学问，成为一个打破今、古文学派界限和贯通各经的大学者。他起初传授今文《尚书》，用大夏侯家的本子。后来他又着重研究古文《尚书》，根据杜林所订正的古文《尚书》本作了一部《训》（即“注解”）。贾逵既然没有今文家和古文家的门户之见，他所作的《训》当然也就不完全遵守孔安国所传下来的旧说法，而掺杂了各家的说法和自己独创的见解，同时还采取了一些《纬书》里的内容。自从贾逵的《训》出来以后，为古文《尚书》家开辟了一条新的研究途径。此后东汉的古文《尚书》家都遵循这条途径，即尽管使用古文《尚书》的本子，但不一定遵守古文《尚书》家的“师法”（由每一代老师传下来的固定说法），而可以旁采各家的解释，发挥己见，自成一说。
东汉明帝时候，又进行了一次整理中秘书的工作，贾逵和《汉书》的作者班固等人是这次工作的主要负责人。整理完毕以后，班固根据刘歆的《七略》，再参以这次整理的结果，写成了《汉书》中的《艺文志》，其中列有中秘书里今、古文各家《尚书》的篇数和卷数。贾逵也仿照刘向的例子，写了一部简单介绍各书内容的《别录》向皇帝汇报，其中列有中秘书里的古文《尚书》的详细篇名目次。
根据《汉书·艺文志》的记载，我们知道东汉前期的今文《尚书》无论欧阳家或大、小夏侯家的本子都保持刘歆时的原状，没有变动。但古文《尚书》的篇数和卷数却都略有变动，篇数由那时的五十八篇减为五十七篇，少了一篇，据说是因为在光武帝建武年间遗失了“逸篇”中的《武成篇》的缘故。卷数却由那时的四十五卷增为四十六卷，多出了一卷。为什么篇数减少卷数反而增多呢？据推测可能是这样：《武成篇》大概原先没有占一整卷，所以该篇虽然遗失，而卷数仍为四十五卷，此外再将《书序》算成一卷，所以增为四十六卷了。（《书序》不计在篇数之内，所以篇数不加。）我们又从贾逵的《别录》得知，这时古文《尚书》的《书序》已经包括了一百篇，其中只有五十七篇有篇文，其余的四十二篇只有篇名和序而根本没有篇文，还有一篇就是原有篇文而现在也只剩下空名的《武成篇》。以上所说的古文《尚书》是中秘书里的古文《尚书》，不是外间所传授的古文《尚书》。据各方面的材料来看，东汉时期外间传授的古文《尚书》实只有三十四篇；至于那无人讲授的二十三篇“逸书”似乎只有见到中秘书的人才偶尔引用过。
由此我们猜想，贾逵不仅为古文《尚书》写过注解，还可能对它的篇目次序进行过整理。到章帝时期，贾逵又一再向章帝推荐古文《尚书》，说它比今文《尚书》好，于是章帝就命令他撰写一部《欧阳、大小夏侯尚书、古文同异》，将今文《尚书》三家和古文《尚书》做了一番比较研究，这是沟通今、古文《尚书》的第一部著作。章帝又于建初四年（79）召集了许多学者在白虎观开了一次学术讨论大会。参加这次大会的有今文学家，有古文学家，也有像贾逵这样兼通今、古文学说的学者。白虎观的学术讨论会在形式上好像是展开各家学派的争论，实质上却促进了各家学派的交流。无论今文学家或古文学家在这次会上都是进行友好的辩论，再不像西汉末年或东汉初年那样互相攻击了。
一方面，在学术界，今、古文学派的界限逐渐打破；另一方面，东汉王朝为了争取更多的知识分子为它的政权服务，便对今、古文两派采取了兼容并收的政策。建初八年（83），章帝在贾逵的劝导下，指令各个学者选派一些高才生学习古文《尚书》和《左传》等古文经，又把官职授给贾逵的弟子门生。这样一来，古文《尚书》家虽没有正式立于学官，但在政治上也取得了与今文《尚书》家几乎同等的地位。这与贾逵的极力倡导是分不开的。
从此以后，今、古文《尚书》两派的争吵逐渐走向低潮，而对今、古文《尚书》进行综合研究的人却越来越多。东汉后期，有一个研究《尚书》的学者名叫刘陶，他曾把今文《尚书》家三个支派的本子和古文《尚书》本子合起来校对，按照自己的意见订正三百多处文字，得出一个折中的新本子，称之为《中文尚书》。这个本子虽没有广泛流行，但却有代表性地说明了当时综合研究的风气。
古文《尚书》到了东汉后期更由于另一位大学者马融的进一步研究而在学术界占了绝对优势。马融和贾逵一样，兼通各经各派的学问，名气很大，弟子很多。他对许多古书都作了注解，其中包括替古文《尚书》所作的《传》。他所注的仍只是古文《尚书》家一贯流传的三十四篇（实即相当于今文《尚书》的二十九篇），对于有篇文而“绝无师说”的二十三篇（原称“逸十六篇”，后分为二十四篇，这时又丧失《武成篇》，实只二十三篇）也没有作注。他的注解大体上与贾逵最为接近。马融在《书序》的百篇篇名下，除了他作注的三十四篇外，对其他各篇分别注上“逸”字或“亡”字。“逸”是指有篇文而无注解的“逸篇”来说的，“亡”是指根本没有篇文的篇名来说的。他将“逸篇”和“亡篇”区别清楚，对于后人研究东汉时期古文《尚书》的版本有很大的帮助。
此外，马融对于三十四篇中的《泰誓》三篇表示了极大的怀疑。前面已经说过，这三篇《泰誓》在今文《尚书》中原是一篇，而这一篇《泰誓》本来不在伏生所传的二十八篇之内，是后来发现的。孔安国得到的古文《尚书》中也竟然有与此相同的一篇《泰誓》，似乎证明它的确是一篇真实可靠的文献。可是，马融发现先秦人在其他各书中所引用的《泰誓篇》的文句，不仅没有一处见于汉朝的这篇《泰誓》中，而且文体也大不相同。因此，他提出了五点论据，怀疑这篇《泰誓》是不可靠的伪书。马融可算是第一个从版本学上对《尚书》进行审查的人，他的考察方法无疑对于后代学者有过很大的启发作用。
除了马融以外，当时还有许多著名学者也都从事古文《尚书》的研究工作。例如，有一位博通五经而专门研究古文字学的学者许慎，就从贾逵那里学过古文《尚书》，并对该书中的古文字进行过研究。他在自己所著的《说文解字》一书中引用古文《尚书》的字句共一百五十九处，没有一处是在三十四篇或《书序》之外的，由此可以从旁证明东汉时期古文《尚书》家所传授的本子只有三十四篇和《书序》，而不包括那“逸书”二十三篇在内。许慎在《说文解字·序》中说明他所引的《尚书》是“孔氏”本，由此也可以证明贾逵所传授的古文《尚书》的确是从孔安国传下来的本子而绝不是什么杜林的另一种漆书本。《说文解字》对于我们研究东汉时期的古文《尚书》版本是一部很重要的参考书。
古文《尚书》到了东汉末年在学术界取得了最后的胜利，这应当归功于当时另一位在我国学术史上占有非常重要地位的学者。这位学者姓郑，名玄，字康成，山东高密人。他也是一位兼通今、古文各经的人，学问极为渊博。他早年跟从东郡的张恭祖学过古文《尚书》等古文经。后来慕马融的名而西入关中，又拜在马融的门下，最后成为马融所有的弟子中最著名的一位。他著的书极多，差不多对各经都有注解，对古文《尚书》自不例外。他的古文《尚书注》有许多地方不同于贾逵、马融的说法。从此，在古文《尚书》家中，又形成了贾、马、郑三个派别，这三个派别同时并行。郑玄所有的注解大多兼采今、古文两派的说法，并且将各经串通起来，还喜欢采用《纬书》的内容。他替两汉以来许多经学家的学说做了一番集大成的综合工作，所以，自从他的各种注解流行以后，其他各家的解说都逐渐不大行时，以致一一相继失传。郑玄在经学界占有权威地位达千余年之久。不过，我们要知道，他把许多不应当掺杂在一起的东西统统加以融合，这种做法也有相当大的缺点。他所注解的《尚书》虽是古文《尚书》本，但他的说法以及研究方法却与东汉初期的古文《尚书》家距离很远了。
郑玄曾有机会见到中秘书中的古文《尚书》，所以他也就见到了一般古文《尚书》家所不容易见到的“逸篇”。在他的《注》中曾零星地引用过那些“逸篇”的文字；但他没有替“逸篇”作注，也没有把“逸篇”推广流行。
古文《尚书》经过杜林、贾逵、马融、郑玄等人相继的倡导，一帆风顺地盛行起来。而今文《尚书》无论欧阳家或大、小夏侯家在学术界却都相对地日益显得暗淡无光。推其原因，大约有下面几点。第一，提倡古文《尚书》的人大多是一些博学之士，在学术界的名望很高，势力很大。而讲今文《尚书》的人则大多是一些达官贵人，在政治界虽占有地位，在学术上却没有什么成就。第二，研究古文《尚书》的学者在研究工作上都不墨守“师法”，而各自发挥自己的意见。他们的著作着重解释《尚书》的词义和文义以及它的历史内容，所以学术价值较高。今文《尚书》家则比较保守，大多遵守“师法”，缺少创见。他们仍然喜欢搞那套烦琐的“章句之学”，例如，东汉初年传授今文《尚书》的一位名家牟长写了一部《尚书章句》，又名《牟氏章句》，有四十五万多字，废话很多，后来被人删成九万字就够了。前面我们所提到的今文《尚书》家桓荣父子也曾先后删除他们原先所学的《章句》。由此可见，今文《尚书》家的著作大多是一些烦琐的讲章，其学术价值不能跟贾逵、马融、郑玄对古文《尚书》所写的注解相比。第三，如前所述，自从东汉中期以来，今、古文《尚书》之间的派系斗争已逐渐消除，许多研究今文《尚书》的人和研究古文《尚书》的人有着亲密的师友关系。今文《尚书》家不再排斥古文《尚书》，所以古文《尚书》能在自由讨论的学术空气中盛行起来。
今文《尚书》家既有上面所说的那些缺点，发展到了东汉末年，愈来愈有不振之势。我们知道，今文《尚书》是立于学官的，研究《尚书》这一门的博士、博士弟子和太学生都必须通今文《尚书》；通了今文《尚书》就有进身做官的机会，所以，学今文学的人往往只顾争权夺势而根本不重视学术，终于使今文学派日趋没落。当时，朝廷对各种今文经都有一部标准读本，是用漆写的，藏在兰台，称为“兰台漆书”。当时的儒生应博士试，可以做官。竞争相当激烈。而他们手头所用的经文在文字上有些出入差误，往往发生争执。为了在应试中有利于自己，便有人向兰台掌管漆书的官吏送贿赂，请他们私自改动漆书上的文字，使与自己的本子符合，用来打击竞争者。这种作弊的风气曾一度流行，使今文学派的经文发生混乱，弄得学者简直不知道究竟该依从哪一种本子。到了灵帝时候，有一位学者蔡邕向朝廷建议把经文的标准读本刻在石碑上，以免人们任意作弊涂改。朝廷同意照办，就命蔡邕负责主持，另外还集合一些学者共同校正经文，由他们亲自分别抄写，一律用隶书写成经书七种，每一种经书中对当时立于学官的今文学派各家的本子都一并采纳，以其中一家的本子为主，而将其他各家本子上不同的字附注在书后，作为校记。其中《尚书》一经采用了欧阳、大夏侯、小夏侯三家的本子，以欧阳《尚书》本为主，而校以大、小夏侯本。蔡邕等人将各经抄完后，于熹平四年（175）开始动工刻石，分刻在六十四块石碑上，每块石碑两面刻字，每面三十五行，每行约七十字至七十八字不等，而《尚书》一经共有一万八千六百五十字。刻成以后，于光和六年（183）立碑于洛阳城南开阳门外太学的讲堂前。当时朝廷里的士大夫和许多儒生纷纷前来转抄，车马塞途，络绎不绝。这就是所谓“汉石经”，又称“熹平石经”或“一体石经”（因为只用隶书一种字体写的，所以名为“一体石经”）。
熹平石经中所刻的今文《尚书》是经蔡邕等人校订过的本子，它可以代表东汉末年今文《尚书》三家的定本。但是，近代许多学者认为熹平石经中的《尚书》就是西汉初期伏生所传的《尚书》原本，这种提法是不大准确的。因为今文《尚书》从伏生传到东汉末年早已经过不少演变，它的原貌多少有些改观了，否则就不会出现三家不同的本子。
熹平石经建碑后不到十年，就发生了董卓迁都之乱。在这个大动乱的过程中，东汉皇室所收藏的中秘书丧失了十之八九，其中的古文《尚书》很可能遭到部分损失；同时，熹平石经也在这次变乱中遭到损坏。直到曹魏政权建立后，才逐渐恢复文化事业。但东汉末年的混乱局面对于今文《尚书》和古文《尚书》的前途都产生了极大的影响。