东汉末年军阀割据的战争使文化教育事业大受摧残，直到三国鼎峙的局面形成以后，各国才分别恢复教育制度和学术活动。当时的文化中心在魏国。魏文帝曹丕时，不仅重新设置五经博士，还修复了洛阳的熹平石经。关于魏国立于学官的《尚书》究竟有哪几家，我们不能具体地知道。但我们可以肯定，这时候与东汉不同，古文《尚书》已经立于学官了。而且我们还知道，在古文《尚书》中，立于学官的肯定有郑玄一家，此外大概还有贾逵、马融等家。至于今文《尚书》是否仍旧立于学官已难断言。不过，不论制度如何，总之这时盛行的只有古文《尚书》，并且只是古文《尚书》中的郑玄一家。郑玄从东汉末年以来已经成为经学界的最高权威，他的弟子人数众多，遍于海内，其中有不少的人在魏朝做了大官。因之，郑玄所著的《尚书注》风靡一时，压倒了其他各个学派，甚至连他的老师马融的《尚书传》也相形失色。
然而，我们也曾说过，郑玄的《尚书注》有许多地方违背贾逵、马融的旧注，而且他的注解中也有一些错误和讲不通的地方。所以，尽管他的学派在政治上和学术界都居于统治地位，仍然有个别的学者对他的说法提出异议。例如，魏国的王粲、吴国的虞翻都曾反驳过郑玄《尚书注》中的意见和纠正了他的错误。稍后，蜀国的李〔zhuàn〕为古文《尚书》另外作注，也依从贾逵、马融的说法而不同意郑玄的《注》。但这些零星的攻击并未能动摇郑玄学派的浩大势力。〔关于王粲，见颜之推《颜氏家训·勉学篇》《隋书·经籍志》和元行冲《释疑》；关于虞翻，见《三国志·虞翻传》裴松之注引《虞翻别传》；关于李，见《三国志》本传。〕
极力反对郑玄学派而曾经一度取得胜利的是魏国后期另一位重要的学者，这人名叫王肃。王肃不仅是一个博学多才的古文学家，而且在政治上也很有势力。他著了许多书，其中也有替古文《尚书》所作的《注》。这个人喜欢争强好胜，他最反对郑玄，在他的著作里，尽量提出与郑玄不同的解释，尽量反驳郑玄的说法。他的《尚书注》也是有意和郑玄的《注》针锋相对，凡是郑《注》不同于贾逵、马融旧说的地方，王肃大多采用贾、马的说法来反驳郑玄，此外还提出了一些自己独创的见解。于是，在古文《尚书》学中除了贾、马、郑三家以外出现了异军突起的王肃一派。
可是，王肃是后起的晚辈，他想和郑玄一派对抗不是很容易的事。郑玄的弟子们在各方面为他们的老师进行辩护。王肃为了争胜，就不择手段而伪造一些古书来证明自己的说法和反证郑玄的错误。这当然不是正当的学术讨论方式而是一种卑劣的手法，但因王肃有一定的才学，他所伪造的书一时没有被人们识破，居然起了相当的作用。对王肃更为有利的是由于他和当时执掌魏国大权的司马氏有着姻亲关系，在这种政治背景下，王肃逐渐成了学术界的权威。他关于各经的注解（包括《尚书注》在内）都立于学官，设有博士。他的弟子也布满于朝廷，和郑玄一派分庭抗礼。
既然古文《尚书》这时已经成为官学，而东汉末年所刻的熹平石经却只有今文《尚书》，因此，魏国于正始年间（240—249）又刻了一次石经。这次所刻的石经不仅采用了古文《尚书》本子，而且还用三种不同的字体将各经重写三遍。这三种字体就是先秦的古文、秦朝的小篆和秦以来通行的隶书。所以这部石经称为“魏石经”，又称为“正始石经”或“三体石经”。三体石经中各经所有的古文字体统统是以古文《尚书》的字体为根据的。前面说过，一般的古文《尚书》家所用的古文《尚书》本都是隶定本，其中并没有古文字体的原貌。可是，自从杜林得到漆书古文《尚书》一卷以后，就重新研究起古文《尚书》中的古文字体来了，例如卫宏、许慎等人都在这方面写过著作。东汉末年有一个书法家名叫邯郸淳，他既学过古文《尚书》，又精通古文字体的书法艺术。他曾用古文字体写过一部《尚书》，当时很受人珍视，也为一些书法家所模仿学习。因为这种字体每一笔都是头大尾小，形状有些像科斗（即蝌蚪），所以又被人们称为“科斗文”。当正始年间刻三体石经的时候，其古文字体部分就是以邯郸淳所写的古文《尚书》里那种科斗文作为范本，但写经的人模仿得很坏，失掉了邯郸淳原有的笔法。邯郸淳的写本究竟是否完全符合于孔安国所得的古文《尚书》的原貌，这已经成为问题，而现在的三体石经又失去了邯郸淳写本的原貌，只能算是一种不高明的仿古货，可见古文《尚书》经过多次摹写很难保存本来面目。但是，尽管字形可能走了样，其字句却仍然保持了当时流行的古文《尚书》本，因此，这部三体石经保存至今的残字，仍为研究汉魏时期古文《尚书》的珍贵资料。
古文《尚书》既已立于学官，又刻上了石经，就完全取代了今文《尚书》旧日的地位。这时候，今文《尚书》家寥寥无几，早已不足与古文《尚书》家对抗了。但是，在古文《尚书》家内部又兴起了郑玄、王肃两派之争。随着司马氏政治势力的日益强大，王肃的古文《尚书注》也就日益压倒郑玄的著作。有一个有趣的故事很可以说明当时的政治斗争在《尚书》学界也有所反映。
魏朝晚年的一个皇帝曹髦（历史上称为高贵乡公）是一个有名无实的统治者，这时朝廷的大权完全操纵在司马师兄弟手中，曹家与司马家的矛盾已经十分尖锐。曹髦在宫中请了两位学者教《尚书》，一位是郑玄的孙子郑小同，另一位是大臣中以学问著称的郑冲。曹髦兼学郑、王两家之学，看来给他讲授郑玄《尚书注》的应当是郑小同，而讲授王肃《尚书注》的当然是郑冲了。有一次，曹髦亲临太学，召集了各经的博士讨论学术，当讲到《尚书》的时候，曹髦有意反驳王肃的某些说法，而博士庾峻却坚持王肃的说法是正确的。显然，曹髦正因为王肃是司马氏的亲戚才反驳他；庾峻也正是为了阿附司马氏才拥戴王肃。后来，郑小同被司马昭所杀害，而郑冲、庾峻在司马氏建立晋朝以后都做了大官。这就充分说明，在古文《尚书》学中的郑、王两派之争也暗含了曹氏和司马氏两家政权的斗争。
就在魏末晋初的时候，又发生了一件稀奇的事，这就是所谓孔安国《尚书传》的出现。我们已经说过，孔安国本人并没有写过《尚书传》，班固的《汉书·艺文志》中没有见到孔安国的著作，直到东汉末年也从来没有人提到过孔安国写过什么书籍。可是，在三国时期，首先出现了孔安国所著的《论语注》，当魏国的何晏和郑冲等人编辑《论语集解》的时候就采录了孔安国的注解，这已经是一件可怪的事。接着，到魏国末年，又出现了孔安国的一部《尚书传》。这部书出现的年代，大概在孔安国的《论语注》出现以后，而且还应当在曹髦和庾峻讨论《尚书》的事件以后。它和孔安国的《论语注》一样，肯定是后人伪造的。
这部伪造的《尚书传》是怎样出现的，历史上没有保留任何记载。近代有些学者认为它就是今天我们所见到的伪《孔传古文尚书》（关于后者，留待下面再谈），这种看法似乎很成问题。我们搜集各方面的资料，仔细加以分析，可以证明这部伪书和后出的伪《孔传古文尚书》还不是一回事。为了区别起见，我们不妨暂且名之为“前伪《孔传》”。前伪《孔传》所注释的经文只有三十四篇，和当时流行的贾、马、郑、王四家的经文相同；它并没有伪造经文，只等于在四家旧有的注解以外另写了一部注解而冒充是孔安国所著的罢了。它既没有伪造经文，对于《尚书》的版本并没有发生过影响。也正因为如此，所以它的突然出现在学术界竟没有引起什么怀疑和争论，而且很快地就取得了官方的承认。
从曹髦讨论《尚书》到晋朝的建立，不过短短的十年，前伪《孔传》应当就产生在这十年当中。当晋朝初年开始建立博士的时候，已经把这部伪书立于学官，这更是一件可怪的事。当时设立的博士员额共十九人，《尚书》这一门占了五人，其中贾逵、马融、郑玄、王肃四个学派各占一人，还有一个博士就是讲授这部所谓《孔氏传》的。前伪《孔传》的内容，我们不大清楚，但从点滴的资料来看，其中某些说法是和王肃的注解相呼应的。再从它之很快地立于学官而没有遭到任何学者的反对来看，我们很有理由怀疑这部伪书是司马氏授意某个（或某些）学者造出来的。伪造这部《孔传》的目的可能是为了进一步打击郑玄一派而替王肃一派声援，也还可能是为司马氏篡位制造某些有利的理论证据。差不多与此同时，又出现了另一部伪书，叫作《孔丛子》。《孔丛子》里面有好多地方是专门为前伪《孔传》做宣传的，还有好多地方是专门替篡位问题做宣传的。看来，这两部伪书有着密切的关系，同时都是为司马氏夺取政权服务。
前伪《孔传》就这样糊糊涂涂地登上了学术之坛，但在晋朝初年的学术界毕竟不大流行。当时在《尚书》学界最占势力的是王肃一派，其次仍是郑玄一派。至于今文《尚书》这时几乎无人过问了。
晋朝建立不久，中原就发生了各族军阀的大混战。永嘉五年（311），匈奴族军阀刘聪攻进晋朝的首都洛阳，活捉了晋怀帝，这就是历史上所谓“永嘉之乱”。在这次变乱中，晋朝中央从汉、魏以来接收的中秘书又遭到一次严重的损害。欧阳、大小夏侯三家的今文《尚书》全部丧失，当时民间也没有人研究今文《尚书》，于是，从西汉初年伏生流传下来的今文《尚书》学派经过四百多年的发展演变终于彻底失传了。同时，汉朝中秘书里的古文《尚书》本子经过董卓之乱可能已经受到部分损失，再遇到这次战祸，也完全被毁了。从此以后，人们再也见不到古文《尚书》中那些“逸篇”的内容。唯一剩下的《尚书》就是晋朝立于学官的古文《尚书》，也就是汉朝古文《尚书》家所传下的那三十四篇。永嘉之乱对于《尚书》这一门学问的影响是极其严重的。
永嘉之乱以后，中原一带进入长期混战的局面，晋朝统治集团就在金陵（南京）建立了偏安江左的东晋政权。东晋初年没有力量恢复以前的全部学术机构，在精简的条件下，将原先的十九名博士员额裁减为九名，其中《尚书》仅占两名：一名是郑玄学派，一名是前伪《孔传》。从这里也可以看出一个显著的变化，那就是到了东晋初年，不仅贾逵、马融两派趋于衰微，就连王肃一派也不行时了。始终没有动摇的仍是郑玄的《尚书注》。至于前伪《孔传》之所以能够保留，并不见得是由于它很流行，恐怕还是因为它打着孔安国的招牌。事实上，郑玄的《尚书注》虽经王肃一派的打击，这时又恢复了它的权威地位。像东晋末年研究《尚书》并写过一些著作的重要学者范宁就非常推崇郑玄。范宁对于传授《尚书》起过很重要的作用，而他讲授《尚书》完全依从郑玄的说法。前伪《孔传》虽然也偶然被人们引用，但究竟不如郑注的重要。到了南齐时候，前伪《孔传》又失传而只有郑注单独流行。这说的是东晋和南朝前期的发展情况，至于北朝则始终只通行郑玄的《尚书注》，完全不提所谓孔安国的《尚书传》，就连贾、马、王各派也都无人理会。
以上这些情况都是就《尚书》学本身来谈的。如果从整个学术界的状况来看，那么，整个东晋、南朝都是玄学清谈流行的时代，人们重视的只是《周易》《老子》《庄子》等书，像《尚书》这种朴素的经学是不合当时人胃口的。当时太学和博士等制度都时断时续，没有正常化。北朝所盛行的是崇拜佛教，经学也不占十分重要的地位，而《尚书》又是经学中不受重视的一门。因此，无论南朝或北朝，《尚书》学远远不如汉、魏时期那样发达，研究《尚书》的人越来越少，人们对于《尚书》的版本流派等问题越来越生疏，这就为后来伪《孔传古文尚书》的出现准备了条件。
这种不重视经学的情况到了南朝梁武帝时代有了转变。梁武帝萧衍本人原先是一个通经学的学者，他做了皇帝以后，曾一度大力恢复学术事业，重兴太学，重建五经博士，从此以后，南朝的经学又复兴起来。就在这时候，在《尚书》学界忽然出现了一部标榜为孔安国真本的古文《尚书》，并且很快地流行起来。
这部所谓《孔传古文尚书》不仅与当时流行的郑玄注本大不相同，而且与魏末晋初出现的前伪《孔传》也不一样。这部《尚书》的经文共有五十八篇，其中三十四篇的篇名完全与郑注本相同，其余多出的二十四篇篇名是：
舜典（一） 大禹谟（二） 益稷（三） 五子之歌（四） 胤征（五） 仲虺〔huǐ〕 之诰（六） 汤诰（七） 伊训（八） 太甲上（九） 太甲中（十） 太甲下（十一） 咸有一德（十二） 说〔yuè〕 命上（十三） 说命中（十四） 说命下（十五） 武成（十六） 旅獒（十七） 微子之命（十八） 蔡仲之命（十九） 周官（二十） 君陈（二十一） 毕命（二十二） 君牙（二十三） 冏命（二 十四）
值得注意的是：在那与郑注本相同的三十四篇中，《泰誓》三篇的篇名虽然相同，内容却完全不同。而在这多出的二十四篇中，《舜典篇》实际上就是郑注本《尧典篇》的后半，《益稷篇》实际上就是郑注本《皋陶谟》的后半，这两篇只是分篇题名有所不同，实际内容并非新添。因此，从实际内容来说，这部《孔传古文尚书》中有三十三篇是郑注本原有的，另外比郑注本多出的只有二十二篇，加上改换的《泰誓》三篇（郑注本原有的《泰誓》三篇被它抛弃了），共有二十五篇不同。这是这个新本最大的突出之点。此外，这部《尚书》除了《舜典》一篇以外，其余五十七篇全有注解，都作为是孔安国所写的。前面已经说过，前伪《孔传》为三十四篇作注，其中也有《泰誓》三篇，这时出现的伪《孔传》大概除了《泰誓》以外，把其余三十一篇前伪《孔传》基本上都照抄了，但把《皋陶谟》的前伪《孔传》拆分为二篇（《皋陶谟》和《益稷》），变成三十二篇，另外又伪造了其余二十五篇的《孔传》，凑成了五十七篇注释。这就是后人被欺骗而误认以为真本的《孔安国尚书传》（简称《孔传》）。书前还有一篇自称孔安国所写的《序》，《序》中叙述他得到这部古文《尚书》以及替它作《传》的经过。还有一点不同之处：过去各种本子的《尚书》都把《书序》综合在一起放在全书的后面；而这个本子却把各篇的《书序》分别列在各篇的前面，把没有篇文只保留篇名的《书序》也按排列次序分别插在书中各处，同时，所有篇目次序也与贾逵《别录》所排列的次序有些不同。这样一部《尚书》真是从西汉以来从未听说过的奇书。如果你相信它的《序》，那么你就会认为这才是孔安国所得到的古文《尚书》真本，而西汉以来古文《尚书》家所流传的本子，杜林、贾逵、马融、郑玄、王肃等学者所传授的本子根本不是孔安国的真传了。可是，现在我们已经知道，事实并非如此。这部奇书所有不同于郑注本的二十五篇经文全是伪造的，那五十七篇的注解全是假冒孔安国所作的，其《序》也是伪作更不在话下。所以，我们现在称这个本子为“伪《孔传古文尚书》”。
伪《孔传古文尚书》虽然从梁朝以后才开始流行，但据说早在梁朝以前即已出现。关于这部伪书的出现也有一大段离奇的传说，我们现在就把这个传说复述一下：
据说，在东晋元帝（元帝是东晋第一代皇帝）时候，有一个官居豫章内史的人，名叫梅赜。梅赜向元帝献上了这部《孔传古文尚书》，当他献书的时候，经文虽有五十八篇而注解只有五十七篇，其中《舜典》一篇有经无《传》。根据梅赜本人所说，他这部书最初是从魏末晋初的那位名学者郑冲传出来的。郑冲传给了扶风人苏愉，苏愉传给了天水人梁柳，梁柳传给了城阳人臧曹，臧曹就传给了梅赜。又据说晋朝初年的一位名气很大的学者皇甫谧〔mì〕就是梁柳的表兄，他也曾从梁柳那里见过这部《尚书》，还曾在他所著的《帝王世纪》中引用过它的内容。至于郑冲又是从什么地方得到这部书的，这部书为什么会缺少《舜典》一篇的《传》，梅赜对这些问题都没有交代。
后来，据说东晋末年的学者范宁曾替这部《孔传古文尚书》作过注解，但当时仍找不到《舜典》一篇的《传》。直到南齐建武四年（497），有一个吴兴人叫姚方兴的忽然在大航头发现了一篇有孔安国注解的《舜典》，就立刻献给朝廷。原先梅赜所献的《孔传古文尚书》中的《舜典》篇经文相当于郑注本的《尧典篇》的后半，它的第一句就是“慎徽五典”。可是，姚方兴所献的《舜典》经文在开端的“慎徽五典”前面多出了“曰若稽古帝舜，曰重华，协于帝”这十二个字。南齐朝廷对姚方兴所献的《舜典》进行审查，当时梁武帝正充任博士，他提出理由予以反驳。不久，姚方兴又犯罪被杀，这篇《舜典》及其《孔传》就没有人理会了。因此，直到这部《孔传古文尚书》在梁朝流行的时候，《舜典》一篇依然没有孔安国的注解，人们就采用王肃对《尧典篇》后半所作的注解以及范宁替《舜典》所作的注解来弥补这个缺陷。
以上都是有关这部伪书的传统说法。
关于伪《孔传古文尚书》的出现和发展的传说，我们暂且说到这里。以前所有讨论《尚书》版本的学者，无论相信这部《孔传古文尚书》的也好，无论揭发它是伪书的也好，基本上都相信以上这些传说。因此，某些揭发伪书的学者简直就把这部伪书称为“梅氏古文《尚书》”。很少有人对这些传说的本身进行过考察。我经过仔细的研究，发现这些传说本身有许多值得怀疑的地方，其中一部分问题是在逻辑上自相矛盾和在情理上说不通，另一部分问题是与历史实况不相符合。我们撇开许多烦琐的细节不说，在这里只提出五点就够了。
第一，如果说这部《尚书》是从郑冲传出来的，为什么他当时不把它公开传播而只私下传给苏愉？如果说它是郑冲伪造的，那么他更应当公开拿出来，否则便不能达到他作伪的目的；因为郑冲绝不能有先见之明，预料到他所伪造的书在身后会流行起来。再有，如果皇甫谧已经在他的著作里引用过这部《尚书》的内容，那就等于说它在西晋时期已经公开，何以与皇甫谧同时代以及比他更晚的晋朝学者从无一人引用过它？而且，何以又要等到东晋初年才由梅赜献出来呢？
第二，我们细考晋朝的历史，便知道东晋时期只有豫章太守而没有豫章内史这个官职；东晋时候做过豫章太守的是梅赜的弟弟梅陶而不是梅赜本人；梅陶做豫章太守是在成帝时候而不是在元帝时候。由此可见，传说中的重要人物梅赜的事迹便大成问题。
第三，如果梅赜在东晋初年便献出了这部《孔传古文尚书》，应当从东晋以后就会有些学者见过它。何以东晋和南朝前期的人从来没有引用过这部书里伪造的经文？这期间，虽然偶尔有个别学者提到《孔传》，其内容却与这部伪《孔传》有所不同，那显然指的是前伪《孔传》，前伪《孔传》在西晋时已经立于学官，与梅赜在东晋初献书的事又不相符合。
第四，范宁的孙子范晔〔yè〕就是《后汉书》的作者，他曾经特别提到他的祖父讲授一切经学都极端崇拜郑玄，完全依照郑玄的注解。这部《孔传古文尚书》无论在版本上或在注释上都与郑注本大不相同，何以范宁竟会替它去作注？而且，如果范宁的确替它作过注，何以范晔在《后汉书》中所有谈到《尚书》的地方从来没有提过这部书，竟好像他根本不知道这回事一样？
第五，梁武帝在做皇帝以前虽然曾以学者的姿态出现过，但却从来没有在南齐朝廷里担任过博士之职。所以，传说中所谓梁武帝驳斥姚方兴所献的《舜典孔传》一事也是值得怀疑的。况且，如果梁武帝在南齐时期已经驳斥过这部书，何以会在自己做了皇帝以后反而任其流行？
我们列举上面五点，目的在于说明，这部伪《孔传古文尚书》出现的时代和经过迄今还是一个谜，旧有的传说破绽很多，未必可信。要弄清楚这个问题，还有待于今后的深入研究。以前所有的学者在这方面没有进行过缜密的考察，因此，他们追究这部伪书作者时所提出的种种假定都有不能自圆其说的地方。
不管这部伪书是怎么出现的，总之，它在梁朝开始取得学术界的信任而公开流行起来了。当时研究《尚书》的蔡大宝、巢猗〔yī〕、费甝〔hán〕等人都替这部伪书作过《疏》。于是，伪《孔传古文尚书》不仅在短期内取得了和郑注本并行的地位，而且越来越在学术界占优势，使郑玄一派大受打击。那时的学者由于不明了《尚书》版本上的根底，竟为这部伪书所迷惑，甚至怀疑郑玄所注的《尚书》根本不是古文《尚书》而是今文《尚书》（因为今文《尚书》久已失传，人们对今、古文的问题已经不大清楚）。从此以后，郑玄所注的《尚书》不再称为古文《尚书》，只有伪《孔传古文尚书》才专称为古文《尚书》；而学郑注本的人也就一天比一天少了。
至于姚方兴所献的那篇《舜典孔传》虽没有被收进伪《孔传古文尚书》之内，依然单独存在。这篇《舜典》经文原来多出十二个字，到梁朝时候，忽然在这十二个字之后又多出十六个字，那就是：“濬哲文明，温恭允塞，玄德升闻，乃命以位。”总共多出二十八个字。梁朝人阮孝绪已经见到这种《舜典》，在他所著的《七录》中提到后出的这十六个字来历不明，或以为也是姚方兴献书时所加的。这就是所谓姚本《舜典》。
到了陈朝，有一位学者名叫陆德明，他著了一部《经典释文》，这部书在学术史上有很重要的地位。《经典释文》的主要内容是为各种经书及其他几种古书里的某些单字和词汇注音，偶尔也附注字义。陆德明对各书都采用某一家的注解本作为定本，他不仅为各书的正文标注音义，并且也为注文标注音义。这时候，郑注《尚书》既已不如伪《孔传古文尚书》之流行，陆氏便也采用后者作为注音的对象，这对于伪书日后之成为官定本具有一定的影响。不过，他所用的《舜典篇》仍是伪《孔传古文尚书》中原来的本子，经文既不多出二十八个字，也没有《孔传》。所以，对于这篇书，陆氏采用的注解是王肃的旧注而不是姚方兴所献的《孔传》。由此可见，姚本《舜典》在南朝始终没有取得学术界的公认。
《经典释文》虽然以伪《孔传古文尚书》五十八篇为主，但对其中的三十三篇却都附注上马融、郑玄、王肃三家本子不同的文字作为对照。幸亏有了他这部书，我们今天才能对马、郑、王三家所注的古文《尚书》原本有所了解。陆德明在这方面的功绩是很大的。但《经典释文》也有一些错误，例如，它的《序录》中把汉末的熹平一体石经误认作三体石经；又认为马、郑等人所注的《尚书》是伏生所传的今文《尚书》等等。这些颠倒错乱的记载使后人对《尚书》的版本历史弄得糊糊涂涂，使伪《孔传古文尚书》得以公行无阻，其不良影响也是很大的。
南朝后期的学者逐渐排斥了郑注古文《尚书》而代之以伪《孔传古文尚书》，这对于北朝后期的经学也产生了重大的影响。前面说过，北朝的经学家一直是尊崇郑玄的，起先从不提所谓前伪《孔传》，后来也不知道所谓伪《孔传古文尚书》。可是，后来南朝和北朝之间在经学方面的交流逐渐密切，而南朝的经学逐渐占了优势。于是北朝的经学家纷纷舍旧从新，改用南朝所盛行的各种经文本子和各家注解了。伪《孔传古文尚书》就在北齐末年传到了北方。北朝的学者接受了这部伪书，并有不少人替它作《疏》，其中影响最大的是刘炫和刘焯〔zhuó〕。刘炫和《尚书》的关系尤为重要，我们需要提出来单独谈一谈。
刘炫是北齐和隋朝时期的学者，他的学问渊博，名气大，弟子多。但这人品质很坏，学术态度不老实、不严肃。隋朝初年，曾下令购求遗书，凡献书者有赏。刘炫就伪造了各种古书一百多卷献给朝廷，骗取了一大笔赏。后来有人告发这件事，刘炫受到严重处分，他所献的伪书也统统作废了。隋朝就在这次购书时收进了南朝的姚本《舜典》。姚本《舜典》在南朝虽不流行，到了北朝却被视为真正的古本。后来刘炫在隋朝做学士，他就采用姚本《舜典》，将它收进伪《孔传古文尚书》之内，并替这部拼凑起来的伪书写了一部“疏”，即《尚书述议》。刘炫在当时学术界有相当的势力，他的著作流行很广。所以，伪《孔传古文尚书》中的《舜典篇》正式以多出二十八个字的姚本作为定本，并且抛弃南朝人所用的王肃等人的旧注而代之以姚方兴所献的《孔传》，这都是从刘炫开端的。当隋朝统一全国以后，这部伪《孔传古文尚书》本也就在全国通行起来了。
不久，到了唐朝初年，唐太宗为了尽量笼络知识分子，就大规模地整理经籍。他于贞观四年（630）命学者颜师古考订五经，纠正文字上的错误，定为标准的读本，这就是所谓“新定五经”。新定五经于贞观七年（633）开始颁布，全国的读书人都要以这部标准读本作为依据。其中《尚书》所采用的定本就是刘炫所编定的伪《孔传古文尚书》。后来，唐太宗又感到经学界各个学派的说法太繁杂，分章断句不一律，不便于学习，就命孔颖达与其他许多学者共同撰集《五经义疏》，每经都选定某一家的注解做标准注本，然后再替这家注本作疏。《五经义疏》撰成于贞观十六年（642），共一百八十卷。其中的《尚书义疏》当然也以伪《孔传》作为标准注本，具体执笔作疏的是王德韶、李子云。它的内容大体上甄录南北朝后期以来各家旧有的疏，如费甝、刘炫、刘焯等人的著作，加以综合发挥，对于二刘的旧疏采用得最多。《五经义疏》写成以后，遭到当时某些学者的批评，屡经讨论修改，直到高宗永徽四年（653）才正式公布，定名为《五经正义》。从此以后，经学界通行的经文只有统一规定的新定五经，通行的学说只有统一规定的《五经正义》。由于当时已经建立了科举取士的制度，参加科举考试中的“明经科”必须遵照新定五经和《五经正义》，因此，其他各种不同版本的经文、各种不同学派的说法便统统不再流行了。伪《孔传古文尚书》竟侥幸在这个斗争中取得了最后的胜利，而孔安国所传下的古文《尚书》原本从此也和今文《尚书》同样地失传了。
《五经正义》的缺点很多，其中最大的错误就是不应当采用伪《孔传古文尚书》。当时，马融、郑玄、王肃等人的注本都还存在，他们所用的经文虽然略有出入，基本上是从西汉一脉相传下来的古文《尚书》。而孔颖达等人竟完全相信伪《孔传·序》中的谎言，把伪品当成了真货，反将马、郑、王等人的注本一律抛弃，加以排斥，使它们全部失传，这真是一个不可饶恕的错误。
特别需要提出的是，孔颖达的《尚书正义》中有不少的地方叙述了《尚书》版本的历史和讨论了《尚书》分篇的演变情况。这些记载和说法错误极多，前后自相矛盾，而且文字叙述也极端紊乱，令人读去如堕五里雾中。例如，其中最荒谬的是把郑玄所注的三十四篇说成是今文《尚书》，而把原本古文《尚书》中的“逸书”二十四篇说成是东莱张霸伪造的书，又把西汉时期的张霸说成是比东汉末年的郑玄时代更晚的人。只要稍微了解《尚书》历史的人就能看出《尚书正义》这些显著的错误。为什么孔颖达等人会写出如此错误的著作来呢？推其原因，主要在于他们首先肯定了伪《孔传古文尚书》是可靠的古文《尚书》，而想极力贬低郑玄注本的价值。从这样一个前提出发，对于《尚书》的历史自然会做出歪曲的叙述，以致陷入不能自圆其说的境地。《尚书正义》成为《尚书》学界的正统读本以后，使人们对于《尚书》各种版本的真正面目认识不清，其错误所产生的影响是很大的。当然，《五经正义》的一切错误不能完全归咎于孔颖达，孔颖达只是以他的声望充当了领衔的负责人，实际负责的人很多；而且这部书又经过修改，已经不是初写时的原貌了。总之，自从陆德明以来，一大批隋朝和唐初的学者都迷信伪《孔传古文尚书》，终于把它抬上了《尚书》学界唯我独尊的宝座，这实在不能不令人感到遗憾。
当然，伪《孔传古文尚书》中还是保存了一部分真的古文《尚书》，那就是它从郑注本抄来的三十一篇（在伪书中分成了三十三篇）。而且，它既然要冒充是孔安国的本子，就必须保存隶古定的字体。因此，伪《孔传古文尚书》全部五十八篇都是用隶书写的，其中有许多字还保留了古文字体的结构。但是，到了唐朝以后，隶书又早已不流行了，代之而起的通用字体就是我们今天所用的楷书。唐朝人对于隶书已不习用，对于隶古定的字体更不容易辨认。古文和今文这两个名词本是相对的：汉朝人把先秦文字称为古文，把隶书称为今文；对唐朝人来说，隶书成了古文，而楷书才算今文了。为了使一般的读书人方便起见，唐玄宗于天宝三年（744）又命一个学者卫包把伪《孔传古文尚书》全部改为楷书。从此以后，《尚书》便变成了我们今天所见到的这个样子。后来，唐朝又于开成二年（837）刻了一次石经，这就是所谓“开成石经”。“开成石经”完全是用楷书写刻的，其中的《尚书》就遵照卫包改写的本子。到五代时期，我国发明了印刷术，开始用刻板印行五经，又以“开成石经”作为根据。由于有了印刷术，书籍的版本比较固定，不再容易有错乱改变，于是，卫包改用楷书所写的伪《孔传古文尚书》便一直保存到今天。《尚书》版本的演变到此才告一结束。
我们总结以上三章所叙述的事实，可以看出《尚书》本身的历史经历了几个最大的变化：自从秦始皇焚书以后，先秦的《尚书》原本被毁，这是第一个大变化；自从西晋末年永嘉之乱以后，西汉初年所出现的今文《尚书》全部丧失，这是第二个大变化；自从唐朝初年颁布“新定五经”和《五经正义》以后，西汉中期所出现的古文《尚书》又逐渐失传，这是第三个大变化；最后只剩下了东晋、南朝之间出现的伪《孔传古文尚书》，然而，这部《尚书》经过姚方兴等人添入了二十八个字，又经过卫包的改写，也失去它的原貌了。