一 王守仁的著作
王守仁的著作，经后人编辑为《王文成公全书》，三十八卷。卷一至卷三为王守仁的学生徐爱所编辑的《传习录》，其中一部分是语录，一部分是王守仁的书札。卷四至卷九为王守仁的学生钱德洪所编辑的《文录》。这一部分的文录，称为《正录》，收集“讲学明道”的文章和书札。卷九至卷十八称为《别录》，收集王守仁做官的时候所写的奏疏和各项公文。卷十九至卷二十五称为《外集》，收集王守仁所做的诗赋及应酬文章。卷二十六至卷三十一为《续编》，包括后来陆续发现的王守仁的文章、诗赋和各项公文稿子。卷三十二至卷三十六为附录，包括王守仁的学生给他作的年谱。卷三十七至三十八也是附录，称为《世德记》，记述王守仁的祖先的事迹。
《传习录》是研究王守仁哲学思想的主要史料。《文录》中也有一部分书札可以作为史料。《续编》中的《大学问》（卷二十六）很重要。这是王阳明的主观唯心主义体系的一个简明的叙述。王守仁的学生钱德洪注说：“吾师接初见之士，必借《学》《庸》首章，以指示圣学之全功，使知从入之路。师征思田将发，先授《大学问》，德洪受而录之。”王守仁的《文录》就是钱德洪编辑的。为什么这一篇重要文章不收在《文录》之内，直到编辑《续编》的时候才收进去？钱德洪又说：“《大学问》者，师门之教典也。……是篇邹子谦之尝附刻于《大学古本》，兹收录《续编》之首。”可能是在他编辑《文录》的时候，《大学问》已附刻于《大学古本》，所以没有收入。实际上这一篇应该录于《文录》之首。
所谓《大学古本》是王守仁向朱熹作斗争的一个重要武器。这是主观唯心主义与客观唯心主义的斗争。虽然这是唯心主义内部的斗争，但是相当尖锐。
“四书”是宋明道学的主要经典。道学家们认为，在“四书”中，《大学》尤为重要，因为它具有纲领的性质。道学家们公认《大学》有“三纲领、八条目”。“三纲领”是，“明德、亲民、止至善”。“八条目”是，“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”。朱熹的《大学章句》把《大学》分为经和传两部分。从“大学之道”开始，至“其所厚者薄，而其所薄者厚，未之有也”这一段，朱熹认为是“经”。他说：“右经一章，盖孔子之言而曾子述之。其传十章，则曾子之意而门人记之也。旧本颇有错简，今因程子所定，而更考经文，别为序次如左。”
《小戴礼记》中的《大学》，本来是不分章的。朱熹把它分成十一章，认为第一章是“经”，其余十章是“传”。又认为“经”是曾子记述孔子的话，“传”是曾子的学生记述曾子的意思。这都没有史料的根据，所以戴震在幼年读书的时候，对于这一点，就提出了疑问。朱熹又认为《大学》中有几段“错简”（好像现在的书的页数错乱），他又照自己的意思，重新编排了一下。
更重要的是，朱熹把三纲领中的“亲民”，改为“新民”。他引“程子曰，亲当作新”。他认为经中的“三纲领、八条目”，都有一个相应的传，以解其意。在《大学》原来没有解释致知格物的话。朱熹认为本来应该有致知格物的传，可是遗失了。他自己作了一个“补传”。这篇补传虽然不到一百五十个字，可是实际上包括了朱熹的客观唯心主义的整个体系。
朱熹所注解的《大学》和《中庸》，不称为集注而称为章句，因为分章就代表了他的注解的一部分。在《小戴礼记》中，《中庸》也是不分章的，朱熹把它分为三十三章。
《大学》是朱熹建立他的客观唯心主义的一个主要的经典上的依据。当然“四书”都是他的依据，不过《大学》尤为突出。但是，他所依据的《大学》是经过他改造的。从史料的观点看，这是朱熹的一个弱点。
王守仁抓住了这个弱点，他要恢复古本《大学》。所谓古本是对于朱熹的今本而言。他恢复古本的意图，主要有两点。第一点是，他坚持“亲民”不可以改为“新民”，在这个“亲”字上王守仁大做文章，发挥他的主观唯心主义思想。另一点是，他否认朱熹所补的《格物传》，因此就否认了朱熹的“即物穷理”的方法，也就是否认了朱熹的“理在心外”的客观唯心主义思想。这些在《大学问》中都有明确的说明。
王守仁作有《大学古本序》（《全书》卷七）。序中说：“去分章而复旧本，旁为之释，以引其义。”他的旁释，《全书》中没有收入。明朝的王完所刻的《百陵学山》中有《大学古本》，其中包括有王守仁的序、《大学问》和《大学古本旁释》。不过他所刻的《大学问》后面多了一段。明朝人刻书，喜欢改动原文。他所增刻的旁释是否真是王守仁的原来样子，就无可考了。
王守仁虽然反对朱熹，但是他也企图利用朱熹的权威以宣传他自己的哲学思想。他从《朱子文集》中搜集了一些和自己意见相类似的书札，把这些书札集在一起，称为《朱子晚年定论》。王守仁自己作了一篇序，序中说：朱熹在晚年“大悟旧说之非”，“世之所传《集注》、《或问》之类，乃其中年未定之说；而其诸语类之属，又其门人挟胜心以附己见，固于朱子平日之说，犹有大相缪戾者”。朱熹和王守仁的哲学思想，虽然有所不同，但都是唯心主义体系，其中当然有许多相同之处。而从史料的观点看，王守仁所收集的那些朱熹的书札，有些并不是出于晚年，王守仁不过利用这些史料，作为思想斗争的工具。
二 王廷相的著作
王廷相的著作经编辑为《王氏家藏集》和《内台集》。此外还有《丧礼备纂》二卷。《家藏集》卷一至卷二十为诗，卷二十一至卷三十三为杂文，卷三十四至卷四十一为杂著，卷四十一至卷五十四为《慎言》，卷五十五至卷五十六为《雅述》。《内台集》卷一至卷三为诗，卷四为杂著，卷五至卷七为杂文。
另外一个本子题名为《王浚川所著书》。这个本子也包括有《慎言》和《雅述》。此外还有《浚川内台集》三卷，《续集》七卷，《浚川奏议集》十卷，《浚川公移集》三卷，《浚川驳汇集》二卷。
这两个本子，编排不同，哪一本子比较早，尚待考证。
王廷相的唯物主义哲学思想主要表现在《慎言》和《雅述》之中，《慎言》分为十三卷，每卷又分章。实际上一条就是一章。王廷相在《慎言》序中说：“仲尼没而微言绝，异端起而正义凿，斯道以之芜杂，其所由来渐矣。非异端能杂之，诸儒自杂之也。”这里所说的“异端”指佛教和道教，所说的“诸儒”指道学。王廷相继《慎言》之后，又作《雅述》上下两篇。自序中说：“名曰《雅述》，谓述其中正经常，足以治世者云尔。”
上面所说的王廷相著作的两个本子，都只有明刻本，王廷相是道学的批评者。他的哲学思想，在明朝是道学的对立面。他的著作在封建社会中是受压制的，所以流传不广。最近出版的有侯外庐等编辑的《王廷相哲学选集》（科学出版社版）。其中包括有《慎言》和《雅述》，以及从《家藏集》和《内台集》中选出来的有关哲学的著作。这工作做得很好，只是这个选集中的《慎言》和《雅述》并非全文，也是一种选辑。这样就不能作为原始史料使用，如果做研究工作，还需查原书。
三 何心隐的著作
《爨桐集》是何心隐遗留下来的唯一著作，分四卷。据传说，蔡邕有一次遇见一个人家正在用旧木料烧火做饭。蔡邕听见这块木料在燃烧中所发出的声音很好听，赶紧把它抢救出来，原来是一块桐木。后来他用这块桐木做成一张很好的琴。何心隐受到封建统治的迫害，终于被杀。他的这些著作，都是从患难中抢救出来的，犹如灶下之桐，所以称为《爨桐集》。原刻本是明天启五年（1625年）张宿刻印的，流传甚少。现经容肇祖校订，又收集了一些有关何心隐的材料，汇编成为附录，总称《何心隐集》，已由中华书局出版。
四 李贽的著作
李贽的主要著作是《藏书》、《续藏书》、《焚书》和《续焚书》四种。《藏书》是一部纪传体的史学著作，包括了从战国到元朝八百多个历史人物的传记。《续藏书》全部是明朝人的传记。传文本身大都是从各种史书中抄来的，但李贽加上一些案语，从这些案语中，可以看出李贽对许多历史人物和事件的看法与传统的看法以及当时道学家流行的看法都有所不同。书名的意义就是表示这部书“是非颇谬于圣人”，不会为当世人所了解，要“藏之名山，以待后世”。
《焚书》的书名表示这部书必然要触犯时忌，遭到焚毁的命运。《焚书》分为六卷。卷一至卷二包括李贽给别人的书札，称为《书答》。卷三至卷四包括李贽所作的一些论文，称为《杂述》。卷五包括李贽评论历史人物的文章，称为《读史》。卷六包括李贽所做的诗。《续焚书》分为五卷，是李贽死后他的学生汪本钶编辑的，体例大致和《焚书》相同。其中卷一《书汇》部分有十篇已见《焚书》，收入时文字上有所删节。卷二《开国小叙》、《史阁叙述》和卷三《续史汇》各篇（附《阅古事》除外）都是从《续藏书》摘录出来的。
有一部书名叫《疑耀》，在有的本子上题为李贽著，其实这是张萱的著作。莫友芝的《郘亭知见传本书目》卷十子部杂家著录有：“《疑耀》七卷，明张萱撰，万历中萱自刊行。”又广东伍氏粤雅堂校刊本《岭南遣书》二集中有《疑耀》七卷，题“博罗张萱孟奇撰”。可见这部书是张萱所撰的。在明朝末年李贽的著作很流行。刻书的商人们取别人的著作，改头换面，写上李贽的名字，借以牟利。于是《疑耀》这部书就冒充为李贽的著作。
《藏书》、《续藏书》、《焚书》和《续焚书》都有中华书局新印本。
五 方以智、唐甄、熊伯龙的著作
方以智的哲学和自然科学著作很多。现在已知的有：《通雅》、《物理小识》、《东西均》、《易余》、《药地炮庄》、《性故》（即《会宜编》）、《一贯问答》。
方以智一生著作很多，但大部分从未刊印。有刊本的只有《通雅》和《物理小识》两种流传较广；文集《浮山前集》在清代列为禁书；注释《庄子》的《药地炮庄》的刊本更为罕见，成都美学林排印本则不全，缺去了最重要的《总炮》部分。
中国科学院历史研究所已在收集资料，编辑《方以智全集》。
唐甄的主要著作是《潜书》，有新印本。
熊伯龙的主要著作是《无何集》。在这部书里，他把《论衡》破除迷信的辩论，重新加以组织、分类编排，又附以《论衡》以后出现的破除迷信的无神论的辩论，加上他自己的对于宗教迷信的批判。在中国哲学史中，他是第一个有系统的公开宣扬，并进一步发挥王充的无神论和唯物主义的思想家。他的《无何集》可以说是中国古代无神论的汇编。
《荀子·天论篇》中有这样一段话：“雩而雨，何也？曰，无何也，犹不雩而雨也。”在这里提出的问题是：为什么行了祈雨的祭祀就会下雨？回答是，没有什么，没有祈雨的祭祀也会下雨。这是荀子在当时破除迷信的辩论。熊伯龙根据荀子这段话，把自己的著作取名为《无何集》。他的战斗的无神论精神，是经过王充而上接荀子的。
六 黄宗羲的著作
黄宗羲是一个史学家和哲学家。他的著作很多，约有四十种，其中重要的有《明儒学案》、《宋元学案》和《明夷待访录》。
《明儒学案》是中国第一部有系统的成为整部书的哲学史著作。在此以前，例如《庄子·天下篇》也是一篇哲学史性质的著作，但只是一篇论文，不是一部书。朱熹所作的《伊洛渊源录》以及明末清初孙奇逢所作的《理学宗传》也是有哲学史性质的书，但是他们所记录的主要的是道学家们的行动，而不是他们的思想。黄宗羲的《明儒学案》，叙录明朝的哲学家，为每人都立一个学案，共六十二个学案。每个学案中，选录这个哲学家本人的著作，并在一定程度上加以分析和估价。这样，《明儒学案》就初步具有了哲学史的雏形。黄宗羲对于哲学家的著作的选录、分析和估价，当然是以他的哲学观点为标准的。在这里黄宗羲也表现了他自己的哲学思想。
《明儒学案》在清朝初年有两个刻本。一个是贾若水和他的儿子贾醇庵所刻的，称为贾刻本。另一个是南方郑性的刻本，称为郑刻本。这两个本子稍有不同。贾刻本以薛瑄《何东学案》为第一个学案，郑刻本以吴与弼《康斋学案》为第一个学案。这个不同包含着地方偏见的矛盾。薛瑄是北方人，吴与弼是南方人。黄宗羲的原稿究竟以哪个学案为首，现在已无可考了。
黄宗羲完成了《明儒学案》以后，又编辑《宋元学案》，还没有完成，他就死了。他的儿子黄百家继续编辑，也没有完成。后来全祖望继续这个工作，才完成大体的规模，定全书为一百卷，并作出每一卷的叙录。最后又经过王梓材和冯云濠的补充，才成为定本。冯云濠刻成木版，还没有正式印刷，就遇到了鸦片战争。英国的侵略军侵入浙江，把冯云濠的住宅烧了，《宋元学案》木版也烧了。冯云濠和王梓材又在北京再次编辑，由何绍基再刻木版。这副木版印刷不多，不久又被烧了。现在通行的木版《宋元学案》是龙汝霖用何绍基的刻木翻刻的。石印本和铅印本，都以何绍基的刻本为根据。内容是将宋、元两代哲学思想，按不同派别加以系统的整理。每个学案先列一表，列举师友、弟子，以明学术渊源；其次叙述哲学家的生平、著作、思想，末附逸事及后人评论。这是研究宋、元哲学思想的重要资料。
《明夷待访录》是黄宗羲的政治思想的代表作。其中表现了他对于封建专制主义的批判，和对于社会改革的理想。《周易》明夷卦的卦辞说：“明夷，利艰贞。”明夷的卦象是，像日在地中。《彖辞》说：“利艰贞，晦其明也。内难而能正其志，箕子以之。”箕子是殷朝的贵族，被周朝俘虏的。黄宗羲是明朝的遗民，自比于箕子，所以称他的这部著作为《明夷待访录》。现有中华书局新印本。
王梓材和冯云濠在编辑《宋元学案》的过程中，又收集了很多的材料编成《宋元学案补遗》一百卷。此书以前未有刻本。近来始有木刻本，收在《四明丛书》内。
七 王夫之的著作
王夫之是中国哲学家中著书最多的一个，在反抗清朝的政治活动失败以后，他逃到湘西山里面，在极艰难的条件下从事著作，写书一百多种，现在著录的有八十八种。
王夫之的著作经后人汇总为《船山遗书》。其中属于哲学史史料范围之内的，有《周易外传》七卷，《尚书引义》六卷，《诗广传》五卷，《续四书大全说》十卷，《老子衍》一卷，《庄子解》三十三卷，《庄子通》一卷，《张子正蒙注》九卷，《思问录》内外各一卷，《俟解》一卷，《噩梦》一卷，《黄书》一卷。其中尤其重要的是《周易外传》、《尚书引义》、《诗广传》、《续四书大全说》和《张子正蒙注》。此外还有《春秋世论》五卷，《读通鉴论》三十卷，《宋论》十五卷，在其中表现了王夫之的历史观。
王夫之关于《周易》的著作，共有五种，除《周易外传》外，还有《周易稗疏》四卷，《周易考异》一卷，《周易大象解》一卷，《周易内传》六卷。
《周易稗疏》是王夫之在读《周易》的时候所作的札记，其中有些零碎的考订和注解。《周易考异》是他对于《周易》所作的文字方面的考订。《周易内传》是关于《周易》本文所作的注解。《周易大象解》是他所作的对于《易经》中象辞的注解。《周易外传》是王夫之以《周易》为基础发挥他自己的哲学思想的作品。由这些著作可以看出，王夫之对于《周易》所下的研究工夫是很大的。
王夫之对于别的“经”的研究也下同样的工夫。在《书经》方面，《书经稗疏》是他研究《书经》时候所作的札记。还有《尚书考异》，这部书未见，大概是考订文字的。在这些研究的基础上，他撰《尚书引义》，根据《书经》中某些字句，发挥他自己的哲学思想。
在《诗经》方面，他也撰有《诗经稗疏》、《诗经考异》。在这些研究的基础上，他撰作《诗广传》，根据《诗经》中的某些字句，发挥他自己的哲学思想。
王夫之对于“四书”也是如此。他撰有《四书稗疏》、《四书考异》。在这些研究的基础上他撰《续四书大全说》，发挥他自己的哲学思想。
王夫之的唯物主义哲学思想，主要的是从他的丰富的生活斗争中得来。但是在封建社会中，一个哲学家的思想总是要依傍“经典”的。王夫之在依傍“经典”的时候，确是对于“经典”从各方面作了认真的研究。在这研究的基础上发挥他自己的哲学思想。这是他的研究学问实事求是的精神的表现。
王夫之的著作，经他的儿子王敔刻印十几种，这是《船山遗书》的初刻本。1842年，王夫之的七世孙王世全刻了十八种，称为湘潭王氏守遗经书屋刻本，也称为旧刻本。后来，曾国藩和曾国荃补刻《船山遗书》，共收六十三种，这称为曾刻本。1930年，上海太平洋书店用铅字排印的《船山遗书》，比曾刻本又多七种。现在通行的《船山遗书》是曾刻本和排印本。
记述王夫之的事迹的，有刘毓崧《王船山先生年谱》，王之春《王船山公年谱》，罗正均《船山师友记》，张西堂《王船山学谱》内的《师友记》，都可以参考。
八 颜元、李塨的著作
颜元和他的学生李塨的学说，后来统称为颜李学派。他们的著作，收在《畿辅丛书》内，汇集起来称为《颜李丛书》。其中包括有他们的主要著作和文集，以及他们的学生给他们作的年谱。
颜元的主要哲学著作是《四存编》，所谓“四存”是“存治”、“存学”、“存人”、“存性”。
在《存治编》里，颜元讲述他的社会理想。在《存学编》里，颜元提出了他对于道学家的批判。他指出，宋明以来的道学，跟孔子原来的思想，有根本的不同。道学家们自命为继承孔子，实际上是宣传佛老。在《存人编》里，颜元展开了反对佛教和道教的斗争。他用通俗的白话文写成《唤迷途》，企图把和尚、道士以及迷信佛道的人从宗教迷信中唤醒过来。在《存学编》里，颜元批判了朱熹的关于性的学说，实际上是从唯物主义的观点批判朱熹的客观唯心主义。
李塨的主要著作有《拟太平策》和《平书订》。在这两个著作里，他以《周礼》为依据，提出了他的社会理想。《平书》是李塨的朋友王源所作的。李塨以这部书为基础，加上他自己的见解，所以称为《平书订》。李塨还作有《大学辩业》。在这个著作里，李塨不同意朱熹对于《大学》的修改，认为《大学》的原文本来没有错误。
九 戴震的哲学著作
戴震是一个大学者，他的著作很多，大部分是关于经学和文字学、音韵学的。他的哲学著作有《原善》、《孟子字义疏证》和《绪言》。《原善》是戴震计划作的《七经小记》之一。他说：“余始为《原善》之书三章，惧学者蔽以异趣也，复援据经言，疏通证明之；而以三章者分为建首，次成上中下卷，比类合义，灿然端委毕著矣。天人之道，经之大训萃焉。”所谓“天人之道”、“经之大训”，就是他所认为是儒家的经典中的主要哲学思想。
《孟子字义疏证》也分为三卷。在这部著作里，戴震提出了孟子哲学中的九个概念加以分析。实际上他是借这九个概念发挥他自己的唯物主义的哲学思想。
《绪言》的内容和《孟子字义疏证》基本相同，有些地方有文字上的差异。它似乎是《孟子字义疏证》的初稿，可以和《孟子字义疏证》参看，以见戴震思想的发展的过程。
当时的一个陆王派的道学家彭绍升，看见了《原善》和《孟子字义疏证》，给戴震一封信，从道学家的观点提出反驳。戴震回了一封信，予以回击，这封信也附在《孟子字义疏证》内。
戴震的这三部著作，《孟子字义疏证》和《原善》均在《戴氏遗书》（微波榭刻本）内，《原善》收在《粤雅堂丛书》内。也有单行本。现有中华书局重印的《孟子字义疏证》，附有《原善》、《绪言》、《孟子私淑录》和其他哲学著作数篇，很有用。