查理五世在1557—1558年冬天的状态。／意大利事务：阿尔瓦公爵的军事胜利；吉斯公爵被亨利二世召回法国；西班牙与教皇缔结和约。／查理五世得知合约条件感觉受辱，对此不满。／玛丽亚公主将到巴达霍斯；两位王后告别皇帝去见公主。／曾被查理五世委派秘密任务去里斯本的弗朗西斯科·波吉亚神父到达尤斯特修道院。／他们的交谈。／夸克斯法官和普拉森西亚市长萨帕塔·奥索里奥之间的司法裁判争端，奥索里奥监禁了皇帝的侍卫，而皇帝使他停职。／查理五世在尤斯特修道院箱子失窃；他拒绝对嫌疑人进行严刑拷打。／皇帝对法兰西战役的见解；他的建议。／吉斯公爵围困并且占领了加莱。／这个消息传到尤斯特修道院，引起皇帝深深的忧伤。／他的痛风发作。／送钱给腓力二世。／查理五世隐退修道院一周年；模拟初修期满立誓仪式。／圣哲罗姆修会主要人物到访；查理五世与他们的谈话和关系。／玛丽亚公主与埃莉诺王后在巴达霍斯相见；她们的分别。／埃莉诺王后的疾病；她的去世。／查理五世哀恸不已；值此之际他悲伤的预言。／匈牙利王后回到尤斯特修道院，查理五世这次让她住在了皇帝住所中。／皇帝想要让匈牙利王后加入西班牙政府，用她的精明老练帮助他儿子腓力。／胡安娜公主拒绝这个提议，并仍然希望由她掌握葡萄牙权力。／法兰克福帝国选举会议：查理五世放弃皇位的请求于2月28日被接受，1558年3月12日费迪南多加冕成为神圣罗马帝国皇帝。／查理五世的话和他成为“平民”之后所下的命令。
相比第一年，在修道院的第二年，查理五世受到了更多疾病的困扰，而且外界事务使他极度地忧郁。冬天给他带来了严重的病痛。大约在1557年11月底，他的左臂痛风强烈发作，接着蔓延到右臂，这使得他在几天内都无法使用其中任何一只胳膊。查理五世从来没有预料到会遭受如此强烈的病痛。11月20日，人们费了好大的力气才给皇帝穿上衣服，并且将他移驾到教堂的一个座位上听弥撒。也正是在这次延续到12月的病痛发作中，他得知了意大利事务了结得有损颜面。
在将法国军队逼退到那不勒斯边境且令吉斯公爵撤围奇维泰拉之后，阿尔瓦公爵带领着优势兵力重新回到了教皇国。他穿过奥尔维耶托（Orvieto）山谷，经过班科（Banco）和索拉（Sora），并且在萨科门附近与马尔坎托尼奥·科隆纳会合，后者夺取了普拉提卡（Pratica）城堡，并且占领了帕莱斯特里纳（Palestrina），在瓦尔蒙托（Valmonte）和帕利亚诺（Paliano）之间击溃了教皇军队，包围并夺取了罗卡·马西莫（Rocca di Massimo），强力进入了塞尼（Segni）。在与科隆纳会合后，他便向罗马进发，计划奇袭罗马。教皇保禄四世此时已是束手无策。吉斯公爵因为卡拉法家族左支右绌地支持而非常恼怒，于是撤兵并且驻扎军队在马切拉塔（Macerata）。教皇保禄四世雇佣的德意志人几乎都是路德派，这些人与其说可以保护教皇的臣民不受敌人的迫害，其实反而妨害了教皇。阿尔瓦公爵正是在这时候，于8月26日夜里到达了罗马城下。此时他可以很容易地进入城内；但是，或许是因为看到城市灯火通明，认为城内已经做好了抵抗的准备而害怕失败；或许是他在又一次可怕的罗马之围面前退缩了，他没有将他的计划执行到底。但是这个威胁仍然在教皇城内引起了惊愕与恐慌，教皇保禄四世也因此充满了怒火与不安。威尼斯大使纳瓦格罗说：“真是一件可怕的事情啊，整整几天，慑于内忧外患，每家每户夜不熄灯。罗马城内怨声载道，有的人希望教皇归天，其他的人则要求阿尔瓦公爵立刻进入罗马城内，罗马人民之间甚至商量着如果公爵来了，他们就去为他打开城门。教皇得知这个消息，痛斥他们玷污了他们古老的血统，自降了罗马人的身价。”
教皇保禄四世将他最后的希望寄托在了法国军队上，法军此时已经从马切拉塔赶来援兵，并已经安营在蒙泰罗通多（Monte-Rotondo）和蒂沃利。但是圣康坦战役失败后，吉斯公爵突然被他的主君、法国国王亨利二世召回，命他去大陆另一端法军失利之地，因为他认为只有这位机智的将领可以阻止所向披靡的敌人。亨利二世写信告诉他所采取的措施以及他已下令招募了大军，并用简洁而高贵的语气说：“怀揣勇气，无所畏惧。”他让吉斯公爵在教皇国、锡耶纳、托斯卡纳几个关键要塞留下重兵把守后，立刻带着最精良部队出发。“我处境窘迫，”他补充说道，“我只知道您应该在路上了。”
吉斯公爵于是离开了意大利，并在离开时说：“我非常热爱天主教会，但是我绝不会做出与一位教士的誓言和信仰相违背的举动。”教皇保禄四世就成了与西班牙人作战的主将，而教皇此时处境困窘，感到很不愉快。一段时间以来，他不再摆出不近人情的态度。腓力二世不停地向他传达谦恭的请求，甚至近乎屈从。他无法忍受与教皇权威为敌对战：因此他命令阿尔瓦公爵，要以不让教皇陛下蒙羞的条件与之议和，因为他更在意对罗马教廷的尊重而不是他本人和他王国的利益。虽为查理五世的儿子，在这一点上，他不怎么像他的父皇，因为他已经准备接受教皇在意大利的律法了，当他处于优势地位，可以将法律强加给教皇的时候，调解变得容易且快速。9月14日，教皇保禄四世和腓力二世之间达成了两个协议：一份公开协议和一份秘密协议。公开协议规定腓力国王归顺教皇，而教皇断绝与法兰西的联盟；教皇收复所有被从其手中夺取的要塞，其中包括将被攻下的堡垒；帕利亚诺（Paliano）作为争议尚存之地，由卡拉法家族的亲戚约翰·贝尔纳丁·卡尔博内（Jean Bernardin Carbone）代管，直到这些地方以其他方式最终决定归属。秘密协议则规定罗萨诺城（Rossano）成为公国，并且由约翰·卡拉法接管；而约翰·卡拉法（Jean Caraffa）将帕利亚诺让与西班牙国王，于是争议结束并且将堡垒夷为平地，西班牙国王可以将此地交给任何国王认为合适的人选，但不得是被教会开除的，和与教皇为敌的人。这就排除了马尔坎托尼奥·科隆纳（Marcanotonio Colonna）拥有此地的可能，因为他曾经作为西班牙人的朋友而被剥夺了这个权力，他还作为他们的同盟参加了最后一场战争，并且被视作教皇的顽敌。协议另外还规定“为求得教皇对于国王冒犯行为的谅解，恳请教皇陛下接受天主教徒国王的全权代表——阿尔瓦公爵的所有必要的谦恭致意。”
专横高傲的教皇保禄四世力求要在一次公开的宗教仪式上，当众羞辱曾经战胜他的西班牙国王。他坐在教皇宝座上，由枢机主教围绕，在华丽庄重的阵势中接见了阿尔瓦公爵，公爵双膝跪地恳求他赦免，而教皇则因为国王和皇帝使其蒙受战争而对他们的贬责。教皇于是带着主人和上级的傲慢威严与宽宏大量赦免了他们。接着他在枢机主教会议中说：“他给罗马教廷带来了从未有过的优待，并且通过西班牙国王的例子教育未来教皇人选们：要让那些不知道应在所有方面都听从教皇的君主们，都低下高傲的头颅。”保禄四世安排阿尔瓦公爵住在梵蒂冈宫殿中，并且让他与自己同桌进餐，而公爵却更多地感到了自己主君的软弱：“如果我是西班牙国王，”他说，“我会让卡拉法枢机主教去布鲁塞尔，跪在腓力二世的脚下，乞求他的原谅，就像我之前在教皇保禄四世面前做的那样。”
与罗马教廷重修和平让虔诚的西班牙王国欣喜若狂，教皇在西班牙仍保有有力的影响，尤其是在教会中。所有城市中的钟都被敲响了，并且在帝都还有两支谢主恩的仪仗队伍，西班牙女摄政和卡洛斯王子都加入其中。查理五世却一点都无法享受这种喜悦。巴斯克斯给他送来了西贡萨枢机主教的信，信中向他汇报了合约的谈判和阿尔瓦公爵在梵蒂冈宫殿中被接待的情况。西班牙统治者在意大利积怨已深的敌人收复了他们曾经被夺走的领土，而他们的支持者却没有拿回被夺取的土地，甚至奥地利王室的领土也被夺走了，这些在一位有政治头脑且骄傲的皇帝看来，不仅是个错误，更是个耻辱。“尽管他有痛风，”卡斯特鲁11月23日写信给巴斯克斯说，“皇帝昨天让人读完了你们寄来的所有快报……他对这个合约非常气愤，因为他觉得这让他颜面扫地，并且的确，陛下从来没有预料到在这种有利的情形下竟会发生这样的事。”
查理五世无法接受这个消息，甚至一个多月之后，他还带着无法抑制的怒气提到过它。基哈达12月26日写道：“皇帝没有一天不是咬牙切齿地嘀咕着与教皇的和约。”那些保留条款也丝毫没有平息他的怒火，并且他说：“他认为秘密的妥协跟公开合约一样糟糕。”阿尔坎塔拉骑士团长亲眼见证了皇帝的指责和恼怒。他给皇帝带来了阿尔瓦公爵语气非常谦卑的信，信中跟皇帝讲述了他在罗马所做的事情，告诉皇帝他已经登船去伦巴第，并将使那里的事务回归正轨，他希望接着可以向国王请求，念及他25年的奔波劳苦，允许他退休颐养天年，并且允许他去西班牙亲吻皇帝陛下的手。尽管阿尔坎塔拉骑士团长作为信使为公爵多加美言，但是仍不足以让皇帝接受这封信。查理五世未加任何回复，甚至不愿意听到与公爵有关事情的细节。他说他已经听够了。
而在葡萄牙这边，皇帝也并没有得到更多的慰藉。玛丽亚公主最终决定来到西班牙看望她的母亲。这次出行费尽周折才最终以向公主意愿妥协，方才达成。公主并不是永远留在她母亲埃莉诺王后的身边，而只是来见她一面；同时她并没有像最初约定的那样来到哈兰迪利亚，她只走到巴达霍斯（Badajoz），在那里她会见到她的母亲，接受母亲的拥抱和祝福，之后如果她希望，她可以从那里回到里斯本。长达近1年的谋求，只得到这样一个并不理想的结果，却已经令两位王后非常满意，皇帝也只能听之任之。与之前他商定帝国的重大事务相比，他用了更多的时间、更多的谈判代表，来促成一桩母女之间的重逢。参与此事的，不仅有常任大使胡安·德·门多萨和曾经多次被召到尤斯特修道院的特派员唐·桑乔·德·卡多纳，皇帝甚至还派遣了弗朗西斯科·波吉亚神父去里斯本，平衡葡萄牙教会对公主的影响，因为冷漠又固执的玛丽亚公主虽然傲慢，但却对宗教同样虔诚。
从玛丽亚公主确定成行开始，这两位法兰西和匈牙利的寡后便准备动身去迎接她。然而查理五世却不愿意他的两位姐妹在一个高海拔且冬天阴冷潮湿的地方待太长时间。他希望她们从南部经过，并在那里等着自己的女儿、外甥女。两位王后于12月14日来到尤斯特修道院，向皇帝道别。第二天她们离开了哈兰迪利亚，走上了去巴达霍斯的路。她们动身后不到8天时间，弗朗西斯科·波吉亚神父从里斯本来到了皇帝身边，向他汇报在葡萄牙时，皇帝曾托付给他的几项任务。除了关于玛丽亚公主来西班牙的事务商谈和葡萄牙王国摄政问题之外，查理五世还曾经交代他，如果他年幼的外孙塞巴斯蒂昂一世早夭，要周密安排使得他的另一个孙子卡洛斯王子继承葡萄牙王国大统。
他还交给他一封由卡斯特鲁执笔的绝密训令，这表明了他孜孜不倦的抱负野心，若不是为了他自己，至少是为了他的家族。查理五世1558年在尤斯特修道院时，就已经预见了将伊比利亚半岛两个王国合并为一个国家的可能，这个计划由腓力二世于1580年在马德里实现。他在将葡萄牙并入西班牙之前，先是给葡萄牙安排了一位西班牙国王。他建议卡特琳娜王后在塞巴斯蒂昂一世去世的情况下，让葡萄牙承认卡洛斯王子为王国继承人，他将先在里斯本继承葡萄牙大统，之后再一起统治西班牙。这个计划是有伊莎贝拉皇后的继承权作为基础的，但是却与亨利枢机主教的继承权冲突，亨利枢机主教是葡萄牙王室父系王权的代表。查理五世出于跟父辈一样的贪婪，对此并不在意，并且弗朗西斯科·波吉亚作为一名忠心耿耿的西班牙人，已经去葡萄牙，完成这件他曾经的主人交给他的秘密任务了。
从西班牙去葡萄牙的这段路途，他完全是顶着夏日酷暑，拄着拐杖步行完成，弗朗西斯科·波吉亚神父在埃武拉（Evora）曾经一度病危。当他可以重新上路的时候，他一直走到了塔霍河边的拉加耶加村（Aldea Gallega），卡特琳娜王后派了皇家双桅横帆船将他载到现在叫沙布雷加什宫的地方 [1] ，这个宫殿就成为了他在葡萄牙的住所。当卡特琳娜王后得知她哥哥的意图之后，葡萄牙摄政王后惊恐万分。因为非葡萄牙人的身份已经饱受怀疑的她，作为极端民族派，一直支持亨利枢机主教，并且几年之后在主教的动作下不再摄政，她不能参与这个如此危险的计划。于是她对弗朗西斯科神父宣布说，这个计划难以实施；这会让葡萄牙人不满，他们的忠心能看到这个预言中，塞巴斯蒂昂一世这个年轻生命，不久将以死亡结束的厄运；并且为了两个王室的利益，应该放弃这个计划。王后打消了皇帝继续这个计划的念头，同意保守这个秘密，并将这个为时过早的商议永远忘记。
弗朗西斯科·波吉亚神父从里斯本回来之后，他将皇帝关心的所有关于葡萄牙宫廷的事情都告诉了他，他们还谈及了两人以不同形式展开的宗教生活。弗朗西斯科神父已经到达了真正基督教徒的遗世忘俗，他已经超脱了所有的俗世利益和人间情愫。他已经对他子孙的利益，甚至他们的生活都不再过问，仅仅珍视他们的灵魂，只为他们的灵魂得救祈祷。他说自从上帝保佑了他的心灵之后，他就将上帝作为他的主人，不论活人死人都不能使其心绪不宁。而皇帝却正相反，他却是一个红尘未断的基督教徒，一个饱含父爱的修士。同时他还关心自己的荣耀，他仍然对他的儿子和孙子充满了深情厚意与野心勃勃的期待。因此他对他这位虔诚又超凡脱俗的朋友惊叹不已。
在向弗朗西斯科神父询问了他孩子们的情况之后，他对神父说阿拉贡海军上将唐·桑乔·德·卡多纳向他控诉了唐·卡洛斯·德·波吉亚公爵（duc don Carlos de Borja），前者指控后者非法占有了属于自己的皇家村庄。向波吉亚神父询问此事之后，查理五世希望知道神父是如何看待自己儿子的权力以及他应该做何决定。“陛下，”弗朗西斯科神父回答说，“我不知道是哪一方的权力。但是我请求陛下您不仅要还上将一个公道，更要给他所有符合公道的恩赐。”“为什么？”皇帝又问道，“您不管您的儿子们了？难道公爵不值得被特赦此事吗？”“陛下”，弗朗西斯科神父回答道，“阿拉贡海军上将似乎比公爵更需要这片领土，应该优先照顾最需要的人。”
皇帝并不喜欢放弃亲情、过于禁欲派的耶稣会，他感觉无法如此苦修。他对和衣睡在板床上的弗朗西斯科神父说：“对我来说，因为我一直以来的残疾，我不能以我所希望的方式苦行赎罪。尤其我不可能和衣而眠。”——“陛下，”弗朗西斯科神父回答说，“您不能和衣而眠，是因为您曾经好几晚穿着战袍而卧。让我们感谢上帝，您曾经多次征战沙场，当您为了捍卫上帝的信仰和宗教，全副武装整夜警戒时，很多的教士们却正在他们的房间里盖着他们的粗毛衬衣睡觉。”查理五世让他住在修道院里离他不远的地方，并且每天给他送去自己桌上的一道菜肴，神父在修道院待了2天之后，向皇帝行了吻手礼，并告辞去了锡曼卡斯为耶稣会建立的初学修士所。
查理五世不仅遭受严重病痛折磨，遇到了非常令他气恼的事情，他还碰到了不少小麻烦。他曾经在夸克斯建立了一个特别法庭，并委任了一位名叫穆尔加的有学士学位的法官。由于夸克斯穷山恶水出刁民，虽然这位住在附近的修士（指查理五世）有权有势，而且他还每月都给拉韦拉贫穷的居民分发很多的施舍，村民也没有对他表现得非常尊重，因此这个法庭显得更加必要。他们与查理五世的侍从们争吵；如果侍从们的奶牛进入了森林里村民们的草地上，村民就将它们据为己有；村民们还捕捞在山中水域里为皇帝养殖的鳟鱼。这个新法庭却令普拉森西亚的市长，唐·佩德罗·萨帕塔·奥索里奥（Pedro Zapata Osorio）心生不悦，他将其视为对他权力的侵犯。一天，被嫉妒权威的情绪冲昏了头脑，他派人去夸克斯执行他的命令，却遭到了穆尔加的警官的阻止，于是他带着他的副官、书记官、两名警官和两位普拉森西亚的议员亲自来到了夸克斯，监禁了冒犯他权威和拒不执行他命令的警官。查理五世被如此僭越的放肆行径激怒，他让他的女儿暂停了唐·佩德罗·萨帕塔·奥索里奥的职务，国会将他召回帝都；这位伟大君主的敌人中不仅有弗朗索瓦一世、教皇克莱芒七世和苏莱曼二世，还多了一位埃斯特雷马杜拉的小市长。
有人胆大包天竟然偷盗了皇帝箱子中的物品，穆尔加法官被召到尤斯特修道院去追查这个案子：800杜卡托要用来施舍的金子被偷走了。只有皇帝的仆役们才知道地点和放置了钱的事，也只有他们才有可能将其拿走。在徒劳无益的搜查之后，穆尔加向皇帝请求允许他用酷刑审问所有偷盗嫌疑人，皇帝却不想这样：“这里有些事，还是不知道最好。”这种人道的宽容在他身上并不常见：他曾经在一些事情上表现得冷酷强硬；如他敕令与法律中的严苛条款；他那言辞凶残的信，这些信是写给他女儿西班牙摄政官和他儿子腓力国王的，信中劝说他们要打击西班牙出现的新教教徒。
在他的姐妹们离开普拉森西亚的拉韦拉之后，弗朗西斯科神父来尤斯特修道院看望他不久前，查理五世曾经经受了痛风的第一次发作，并于12月12日基本康复。1558年1月4日，痛风再次发作，并且更加严重，从手臂蔓延到了膝盖，并引起了腹部的剧痛，使他不得不一直卧床到1月20日。在痛风这两次发作之间，甚至在疼痛发作不太严重的时候，他都积极操心着儿子的利益，并且将他的远见卓识集中在法兰西事务上，因为所有努力的成败在此一举，所有重大事件将在此落幕。他让唐·胡安·德·阿库纳（don Juan deAcuna）来到尤斯特修道院，此人从尼德兰来，并亲眼见证了最近一次战役，他对巴斯克斯说：“因为我希望从他口中听到一些关于佛兰德地区的事情，并且您最好也告诉我所有您经历的事情。”
12月14日他接到了女儿写给他的信，信中表达了她迫切想要放下权力重担的愿望，她要求哥哥腓力二世国王回到西班牙，自己承担管理责任并且加冕成为阿拉贡国王。胡安娜公主另外给她的父皇呈交了国会决议，其中通报了王国的财政枯竭，因继续战争而不断增加的困难，以及应当利用取得胜利的机会，以有利条件议和。12月26日皇帝回复她，驳斥了她这样的想法：“诚然，”他对她说，“一直以来和平总是最好的，也是人人向往的。但过去经验表明法兰西是靠不住的，而我从来不曾将法兰西的躁动不安作为战争的借口，让基督教频遭巨大苦难，因为法国人总是尽一切可能地在过去，甚至现在违背他们的诺言。另外，我还没有想到在一切事情尽在国王掌握的情况下，国王可以用何种合适的方式自己来提出议和。尽管我知道国王回到西班牙跟您所说的一样必要，然而他并不合适远离佛兰德，尤其是在目前的情形下。”
国会建议，如果战争继续，派一支由西班牙城市和贵族提供的步兵、骑兵，以及从前军队中的4 000名德意志人和2 000名西班牙人组成的军队，从比利牛斯山边境进攻法国，他补充道：“我承认我们可以这样有效的牵制敌方兵力，但是这在我看来却困难重重，因为我认为这个行动无法获得我们所期望的胜利。通过纳瓦拉进入法国，但没有舰队和旺多姆的粮草支援（纳瓦拉国王），我不知道当军队前进时可以如何为它们提供补给……因此我认为最好先将此次远征的粮草支援落实好，明年再全力进攻皮卡第和诺曼底，因为我望主保守，法兰西国王的事业至此终结，我们如果一直这样压制他，他将在很长一段时间内无法抬头。他永远不会有，或者需要等待很多年才能获得一个让他翻身的机会。”
但是腓力二世并不像他的父皇查理五世；他仅仅从大好形势中获得了蝇头小利。夺取了圣康坦、哈姆、勒卡特莱、努瓦永后，他巩固了前两个城市的防御，却将后两个的城墙炸毁。他还遣散了他的军队，因为维持军队花费颇多，仅仅保留了守卫最前面和最重要要塞必需的驻军。他还给亨利二世留出了充足的重整军力、亡羊补牢的时间。亨利二世向他的人民和贵族中的爱国分子乞求了支援，已经获得了大笔款项，并在他的身边集合了所有军队，还花钱雇用了1.2万名瑞士人和6 000名德意志步兵，召集了所有听命于他的骑士团中最英勇的骑士，任命勇敢的吉斯公爵作为全军将领，吉斯公爵带着他队伍中的精锐和良将刚刚从意大利回来。他计划趁着西班牙人解除武装的时候，在一次冬季战役中，一雪夏季之战中的耻辱。
查理五世早先就已经预料到了这个计划并对此忧心忡忡。他曾经在11月15日写信给他的女儿：“法兰西国王好像已经在怒发冲冠地备战了，他很可能在今年冬天发动战役，以试图能收复他失掉的几个要塞，或者一举将其他的也奇袭拿下。”他建议由士瓦本（Souabe）军队的首领博尔维莱尔男爵 [2] （le baron de Polviller）领导，此人曾经遵照皇帝和腓力二世的命令，集合了一支有1万步兵和1 200～1 500名骑兵组成的小军队，去击退亨利二世可能发动的进攻，这支军队进入拉布雷斯（la Bresse）和萨伏伊地区，并且在那里，以支持被剥夺了权力的埃曼努埃莱·菲利贝托为名，煽动起义。他说：“如果国王力不从心，他可以命令博尔维莱尔去加入他的阵营……并且，有这支军队在身边，他就可以更加从容地面对敌人，破坏敌人的企图并且阻止敌人获得胜利的尝试……他处境有利且更有益，他可以更加容易地支援友军，在进攻敌人时也可处于上风，因为我曾经在瓦伦谢讷（Valenciennes）、那慕尔（Namur）、朗蒂都这样做过。”这个谨慎的建议并没有被贯彻到底。博尔维莱尔（Polviller）的远征队伍在拉布雷斯遭遇了失败，德意志长官在那里意外遇到了吉斯公爵从意大利返回的法国军队，这支军队由吉斯公爵从马赛带回，也曾追随奥马勒公爵（le duc d'Aumale）穿过阿尔卑斯山。这一小支军队被打得全军溃逃，腓力二世得知后万分意外，而自己却遭遇了更巨大的失败。
吉斯公爵被作为救命恩人一样地迎接回朝，而他也没有辜负国王和整个王国寄予他的殷切期望。他策划了一次非凡卓越的举动，并且足以挽回圣康坦的失败和沦陷的损失。英国人曾经长期占领了几乎所有法国西海岸，尽管法国国王菲利普·奥古斯特（Philippe-Auguste）从他们手中夺取了诺曼底，查理七世（Charles VII）夺回吉耶纳，英国人仍然在欧洲大陆上拥有一块落脚之处，他们并没有被完全驱逐出去。英国国王爱德华三世（Édouard III）在1347年夺取加莱，作为那里的主人，他们从200多年前开始驻扎此处并修筑堡垒，还将伦敦的平民和根特公国的农民带到这里。那时加莱作为英国在大陆上的延伸部分俨然是一个英国殖民地；这是英国与低地国家羊毛贸易的中继站，也是远征法国的出发点。它位于远离海岸的一边，被大西洋和沼泽地包围，拥有一座内部堡垒，两侧有4个防御堡垒，围绕着满是阿姆河、吉讷河、马克河河水的宽阔深沟，并且由两座名为尼约拉莱（Nieulay）和里索邦（Risban） [3] 的堡垒守卫，其中第一座俯瞰并且控制着唯一一条通往城里的陆路，而第二座则护卫着港口并且从海岸一侧阻挡入口，因此加莱城堡被认为是牢不可破。但是确信安全往往会致其失守。英国人对这两个城门有如此狂妄自信的描述：“当铅弹像野兔一样会在水中游泳的时候，法国人就能攻下加莱了。”因此他们甚至没有对堡垒进行足够的维护。他们习惯于在冬天减少驻军，因为今年法国在皮卡第和意大利遭遇的挫折使得围城更加不可能。于是根据他们历年的习惯，不顾指挥官温特沃思伯爵（lord Wenworth）的抗议，他们召了一部分驻留在加莱地区的军队回到英国。
吉斯公爵利用了英国人的自负，通过一次出其不意且猛烈的进攻夺取了这个要塞。首先他先秘密地传播他打算夺回圣康坦的消息，并通过巧妙的手段骗西班牙人和英国人相信了此事。他巡视了所有法国边境要塞，从香槟大区到布洛涅地区（le Boulonnais），就像在防范入侵一样。秘密做好了所有围城的准备工作，还下令让停靠在加斯科涅、圣通日（Saintonge）、布列塔尼（Bretagne）、诺曼底和皮卡第的船只驶向英吉利海峡，之后，他便向目标城市靠近，没有引起任何怀疑，1558年1月1日夜里，他突然来到加莱城下。他一包围加莱便开始了围城战。
他拼尽全力进攻了尼约拉莱和里索邦两个堡垒，并且在1月3日将其一举拿下。他成为加莱主人之后，便将炮火转移到河边城门，推倒了那里的防御城墙；接着击溃了中心堡垒并打开了缺口。6日，他用武力屠杀了所有守城人，然后进入内城。尽管吉斯公爵占据了及其有利的位置，从南到北全城都在他的统治之下，却无法长期守住加莱。英国人也试图孤注一掷重新夺回加莱；但是他们并没有成功，于是他们投降求和。1月8日，投降条约签订；1月9日，吉斯公爵扣留了温特沃思伯爵和50名驻军军官作为战俘，其余的人都被用帆船送回了英国。法国占领了加莱地区，这个曾经花费了爱德华三世11个月时间围困才拿下的地方，法国夺回它却只用了几天。吉斯公爵不仅有守护梅斯城的卫国荣光，还有重夺加莱的赫赫战功。
吉斯公爵乘胜追击，1月13日来到了从1351年起就被英国人占领的吉耶纳，并在13日当天占领了这座被英国人放弃的城市，21日迫使躲藏在城中的英国人投降。他轻而易举地就夺取了阿姆城堡，这是英国人在奥耶公国（le comté d'Oye）最后一个驻地，他们早已撤离，这样吉斯公爵就使得奥耶公国全境都回到法兰西的治下。吉斯公爵通过结束英法之间，持续几个世纪的领土争端而备受尊重：他使得法国重新获得了海岸边境地区并且将英国人赶回了他们的本岛，借此对英国掺和到与它无关亦无益的战争中的行为进行了惩罚。在修复了加莱的防御工事后，吉斯公爵将加莱领导权交给了英勇且身经百战的保罗·德·泰尔姆（Paul de Thermes），由他负责防守重新夺回的海岸地区。之后，公爵便立刻去低地国家，在那里讷韦尔公爵攻占了荷贝蒙特（Herbemont）城堡、雅穆瓦涅（Jamoigne）城堡、希尼（Chigny）城堡、罗西尼奥勒城堡（Rossignol）和维尔蒙（Villemont）城堡，以及需要吉斯公爵亲自坐镇围困的军事重镇蒂永维尔。
法国人攻克加莱使得佛兰德海滨地区唇亡齿寒，加之围困蒂永维尔威胁卢森堡公国。腓力二世国王只能转为防守，他自己在1557年底，1558年初曾经让法兰西国王亨利二世身处同样的险境之中。加莱被攻克的消息通过巴斯克斯，于1558年1月31日从帝都巴利亚多利德送到了尤斯特修道院。这个消息使皇帝痛心不已。两个半月以来他一直深受几乎从未中断的病痛折磨。2月2日的圣母取洁瞻礼日，他希望能在教堂中聆听大弥撒，于是他被用椅子抬到了教堂并且在那里领了圣餐。尽管被羽毛枕头围满，他仍然感到痛入骨髓。当2月4日基哈达告诉他加莱失守的消息时，他对政治的焦虑、对于病痛来说更是雪上加霜，其实基哈达前一天夜里就已经收到了这个消息，为了不在深夜惊扰皇帝，他故意隐瞒到2月4日才告诉他。他说：“他的一生中还从未经受过如此大的痛苦。旗开得胜的法国人向格拉沃利讷进发，皇帝担心将无法阻止法军了，因为这时的法军士气高昂，处于胜利鼓舞之下。“我的女儿，”他2月4日写信给西班牙女摄政，“我已感觉到加莱失守能造成何种程度的后果了。我越想越能了解他们的动机，越能发觉更多的危险，而加莱失守已经是我能接受的最坏消息了，既是因为加莱地理位置对于目前手无军队，更无银饷的腓力国王的重要性，也是因为失守将会带来的后果。尽管我试图能找到立刻需要给国王提供的东西，可是我发现目前在等待国王的指令和计划之前，只需要做一件事，那就是立刻派出运送银饷的舰队，以供国王有钱可使用。因此立刻下令给统领舰队的佩德罗·梅嫩德斯（Pedro Menendez），命他一刻都不要耽误，立刻起航。”另外，他还要求摄政官遵照腓力二世的命令，将塞维利亚的金锭银锭取出，以便准备将它们立即运往低地国家。他补充说：“尽管我确定我的女儿在得知国王处于如此混乱窘迫的情形之后，理所应当会给他提供帮助，可是我还是希望能告诉您这些，因为我已经感到事情已到了非常严重的程度，这也会带来严重的后果，对此我不禁惴惴不安，直到局势得到扭转，损失得到弥补，我才能放下心来。
与此同时，来自非洲的信函也给他带来了令人不安的消息：奥兰即将被进攻，此地是由阿尔考德特伯爵守卫的。在皇帝看来，法国人在进攻布鲁塞尔的路上，只有根特这个驻有防御工事的障碍了；而另一边柏柏尔人将可以攻取已经被西班牙人占领了近半个世纪的奥兰，并且通过占领此城，柏柏尔人可以遏制住曾经的征服者。更令查理五世苦恼的是，与之前在位时相比，他从来没有在如此偏僻之处、信息闭塞的地方待过，因此他命人要认真地告知他，所有法国边境和非洲海岸发生的事情。他给巴斯克斯传达了最急迫的命令，催促他将准备好的钱送给腓力二世。然而恶劣的天气却迫使舰队回港。他命人马上派出了一艘轻型船，载着给腓力二世的第一笔钱出发了。剩下的银饷将会立刻通过其它大船和结实的帆船送到低地国家，这些船只可以不受冬季限制，自由出入拉雷多港。巴斯克斯同时在坎波城附近的市场，将14万杜卡托金子转换为汇票，汇给多里亚亲王（prince Doria），以便他可以在地中海为西班牙舰队集合双桅战船，并且保护伊比利亚半岛的海岸不受进攻的土耳其海军的侵扰。
这些非常费心劳神的思虑影响了皇帝的健康。他的痛风又一次发作：这已经是这个冬天的第3次了，然而这次并不严重也没有持续很久。2月8日，他稍有了食欲，他吃了新鲜的生蚝并且要求把西印度交易所送来西印度群岛的香料和菝葜制成药剂喝下，对此基哈达说：“国王们大概都觉得他们的肠胃和体质非同寻常吧。”然而被如此惨痛频繁的危机折磨的恶劣情绪却都从外部发作了出来，并且侵袭了他羸弱的四肢，使他整夜腿上都不能盖任何东西。
正值2月初，他归隐修道院的周年纪念日，皇帝却满腹忧愁地被困于他的房间里。根据圣哲罗姆派修士的记载，查理五世被认为在这个房间里进行了类似修士初修期满后的立誓。初学修士的导师会见了莫龙骑士、皇帝的衣帽男仆，并且笑着对他说：“莫龙先生，陛下在这里已经快一年了。他的初学期就要结束了。陛下认为修道院是否合意，他需要在年末之前说，他是否想要做修满立誓。因为立誓之后，如果他想要在以后离我们而去，我们就不能放任他离开。我对此进行提醒，以防当为时已晚时，我再受人埋怨。”莫龙大笑起来，并将这些话带给皇帝，逗他开心。查理五世也被逗乐了，尽管他仍然身受痛风的折磨，他对莫龙说：“去跟初学修士导师说，让他放心，如果修道院对我满意，并且愿意接纳我待在他们的教会里，因为我满意他们所有人，所以我非常高兴借此机会立誓修行。”初学修士导师并没有料到莫龙将他的话告诉给了皇帝。在得到了这个令他心花怒放的回答之后，他补充说：“莫龙先生，如果我们连这样一位初学修士都不接受，那我们也未免太难缠了，因为这位初学修士堪为楷模。如果陛下立誓修行，我们本院所有人都将是他的仆人和神父。”
皇帝希望将此事进行到底。他召来他的忏悔神父胡安·雷格拉并且向他请教了，这个教派如何接纳一位修士。神父告诉他需要检验其是否出身名门、血统高贵，并且没有混入摩尔人或犹太人血统，接着通过庄严立誓来接纳新的修士，还要通过讲道来向他解释宗教义务，最后，这一天将由一餐丰盛的饭菜和田野散步而划上句号，他命人就按照上面的步骤为他来准备他的立誓仪式。2月3日，没有进行先前的血统认证，便开始了弥撒、讲道、立誓和赞美颂。弗朗西斯科·比利亚尔瓦神父布讲了基督教徒放弃广阔的土地，抛弃一切来侍奉基督所能统治的帝国，要比领导世界上最广阔领土更加广大。夸克斯的弗拉芒人这一天穿上他们节日盛装，来到了尤斯特修道院，并且从普拉森西亚给皇帝送来了松鸡、山羊羔和野味，他用其中一些款待了修士们，剩下的放养在森林中，它们可以沐浴着和煦的阳光在林中自由地奔跑，修士们从回廊的尽头可以看到它们。为了彰显他们教派这个高贵却并不严肃的组织的荣耀，尤斯特修道院的圣哲罗姆派教士从此用上了一本新的立誓修道登记簿，并且在其扉页上，头一句写道：“为了永远记住显赫的君主、伟大的国王，也为了能让未来的修士看到他们的名字和立誓出现在这位光荣的君王之后，而引以为荣。”
不久之后，在圣哲罗姆派修道院3年一次的视察时，教派主视察者尼古拉·德·塞古拉修士（fray Nicolas de Segura）和胡安·德·埃雷拉修士（fray Juan de Herrera）来到了尤斯特修道院，对皇帝行吻手礼，并且向他请求，允许他们完成他们的职责。查理五世回答说非常欢迎他们，并且他在修道院不应该以任何方式妨碍既定惯例的遵守。他们于是恳求他告诉他们，在尤斯特修道院中是否发生过任何忤逆君意的事情，以便他们可以竭尽全力地弥补。皇帝回答说，除了一件事，其他一切都好。他说：“在修道院门口来了很多乞领施舍的年轻女子，而修士们争相与她们攀谈；这令我的仆人们很反感。”于是主巡视官下令，从此在尤斯特修道院不再分发成斗（蒲式耳）的谷物，今后都将它们带到拉韦拉的村子里分发，并且分发时由治安法官们将修士与贫民分开。而皇帝为此改革下达的刑罚，更是体现了他从未有过的严酷。他命人在临近的地方吹起号角宣布，任何女人必须保持在修道院两支弩箭的距离之外，否则将处以100鞭刑。
当巡视官们向皇帝告辞时，他们其中最年长的一位神情庄重地对他说：“如果陛下您允许，我们想向您发个牢骚。”“请讲，神父，”皇帝稍显吃惊地回答。“陛下，这些并不是要您做什么，更恰当地说是哀求您不要让下列事情发生：首先，我们乞求陛下您不要再给这个住所里面的修士分发额外的食物”。“只有一次，”皇帝回答说，“我只送给过他们一点东西，使他们开心。”这位巡视官补充道：“教派已经给了足够让他们精力充沛又心怀喜悦地侍奉上帝的食物。如果他们从陛下您这位伟大的君主这里获得了充足的食物，便不再向上帝祈祷、潜心冥想、完成圣职，而只是满足于陛下您给予他们的食物，他们就会开始打盹、闲聊、浪费时间，上帝保佑他们没有做更恶劣的事！”“您说的对，”皇帝说，“我会改正。请继续。”“第二件事，我们请求陛下不要给任何教士可以自由使用的金钱。所有在陛下身边的教士都会得到来自教派的，足够他们出行、居住和返程的钱。陛下像君主一样随心所欲地赏赐钱财，就给了他们接触财富的机会，而这是上帝所不喜悦的。教士会认为这笔钱可以随心所欲地花掉，但是他被禁止这样做，因为教士只要身在修道院就必须身无分文。”“我不会这样做了，”皇帝说，“您还有什么要补充的吗？”“我们恳求您的第三点是，您不要保护，也不要请求您尊贵的女儿保护，任何来向皇帝您乞求支持的教士，无论是教会下令施行苦鞭、体罚或者任何惩罚，因为出于对皇室的尊重，这会造成极大的不便。”“我一直注意此事，”皇帝说，“并且我更是这么做的；还有其他的事吗？”“最后一个请求就是如果陛下需要任何教士，甚至是总会长，您尽管召唤。无论是谁都会放下一切来完成陛下的心愿。但是请陛下不要给予修会任何荣誉、职位或者头衔，来记住这个完成此事的人。如果修会得到了陛下赐予的这样的回报，它也就失去了所有它曾经服务陛下的功勋了。”
尽管皇帝对着严格的巡视官允下了这些诺言，但是他并没有全部遵守。皇帝的立誓修行虽然被修士们记入了他们的登记簿，不久他就以一种高高在上的无所谓态度和并不怎么像修道士的方式来对待此事了。在修道院院长去世，院长位置空置了一些时间之后，修士们请他写信给圣哲罗姆会总会，以便可以允许他们重新选举另外新的院长。查理五世却明确地拒绝了他们，并且对他们说：“他不希望通过任何方式掺和到这种事情中去，也不想掺和到他们教派中去。”
大约2月底，他经历了家庭变故的悲痛。法兰西寡后和匈牙利寡后来到巴达霍斯，玛丽亚公主于1月27日来到这里见她的母亲埃莉诺王后。胡安娜公主派安东尼奥·德·卡雷尼奥港先生（don Antonio de Puertocarrero）问候公主并向她行吻手礼。皇帝也交给这位使者几封给他的姐妹和他外甥女的饱含深情的问候信函，但是由于痛风，他无法在上面签名，因此他在上面盖上了用于这种情况的绝密印章。同时与西班牙女摄政和皇帝的使者来到巴达霍斯的，是陪伴公主的唐·曼努埃尔·德·梅洛先生（don Manuel de Melo），他们声势浩大地向尤斯特修道院前进。两位王后给这位公主倍加宠爱并赠予了大量礼物，但是公主却并没有去拜访她的舅舅、查理五世皇帝，并且她拒绝在母亲的陪伴下住在西班牙。公主在她母亲身边待了大约15天的时间之后，这个高傲薄情的女孩启程返回里斯本；尽管两位王后忧郁凄凉地走着返回，计划去瓜达卢佩圣母修道院朝圣。但是她们并没有实现这个计划；在到达塔拉韦鲁埃拉（Talaveruela）之后，埃莉诺王后就一病不起。就像她弟弟一样，她深受哮喘折磨，而因为危险的高烧，病情更加恶化，从生病初期，她的医生科内利斯就对她的康复没抱任何希望。而查理五世派到特鲁希略（Trujillo）看望他的姐妹们的秘书卡斯特鲁，得知埃莉诺王后在塔拉韦鲁埃拉病倒的消息后，就一直追到这里。2月18日是埃莉诺王后生命中的最后一天，卡斯特鲁见到了坐在椅子上被严重高烧折磨的王后，她还因为哮喘而被压迫得一口紧接一口地喘着气；但是她仍然神志清醒，意志坚定，她命卡斯特鲁向他汇报了事务情况并且向他讲述了她与她女儿玛丽亚公主的会面。当他晚上大约6点钟再次见到她时，她已处于弥留之际了，普拉森西亚主教给她做了临终涂油礼。她一直说着话，充满了无穷的温柔与安详地说着世界上最动人的话。她要求简朴地葬在梅里达（Mérida），并且希望将用于她葬礼的金钱分发给穷人。她最后的话语是留给她的女儿玛丽亚公主和她的弟弟皇帝陛下的：她充满慈爱地将女儿托付给她的弟弟，并且她并没有等到她女儿回来之前就断了气。
他姐姐去世的消息使得查理五世陷入了深深的悲伤之中。他的第4次痛风，在他正为得知埃莉诺王后的疾病而担心的时候发作了。他立刻派基哈达在卡斯特鲁之后去看望他的姐姐。留在他身边的医生马特仕于2月18日写信给帝都巴利亚多利德说，皇帝情绪悲伤且身体不适。他在20日的信中补充道，皇帝因为忧虑而疾病加重：“右臂的疼痛加剧了，陛下只能用左手吃饭并且吃得很少。晚上他发烧又焦虑，手臂的疼痛更加严重。夜里他睡得也不好。昨天他的右腿膝盖也开始疼痛，陛下的双臂痛风都开始发作并且一动不能动。因为卡斯特鲁回来之后说，埃莉诺王后疾病恶化且回天乏术，您可以想象陛下是多么的伤心。”当查理五世知道他一直深爱的姐姐去世了，他泪如泉涌。埃莉诺王后比他大15个月；他感觉她只是比他先走一步，他也将不久于人世：“15个月后，我大概也要去陪伴她了。”而仅仅过了这个期限的一半时间，他便和两位姐妹在地下安息之所团聚了。
匈牙利王后绝望了。尽管她的体力足够她掌控情绪，但是她却不能克制她的痛苦；当她谈及她的姐姐，她就泣不成声。她去她的哥哥那里寻求相互慰藉。皇帝已经命人去帝都火速送来他和他姐妹随从的丧衣，希望能在他妹妹匈牙利王后到达之前将一切准备好，并且这次他让妹妹住在了他的住所里。为此他下令在一层为她准备好了套房。在此期间，皇帝深受痛风折磨，此时痛风已经侵袭了他的左腿膝盖和胯骨，嘴唇发炎，舌头浮肿，所有饮食缩减为只能吃一些小杏仁饼和蜂蜡糕的点心。2月24日，他痛苦地在他的房间里度过了他的生日，而去年的生日他还是在喜悦和感激中，心满意足地度过的。4天之后，阿尔坎塔拉骑士团团长来到了尤斯特修道院吊唁，并与皇帝聊天解闷令他愉快，他发现皇帝有了巨大改变。“我安慰了他，”他写信给巴斯克斯说，“在失去了他的姐姐法兰西王后还有加莱和吉斯地区之后，陛下好像已经死了（心如死灰）。这种忧愁、他姐姐的去世还有这个冬天的严寒已经将他彻底击垮”。
匈牙利王后3月3日夜里到达尤斯特。皇帝希望但又害怕她的到来。他曾经多次对基哈达说：“我一直觉得，非常虔诚的基督徒王后（埃莉诺）没有死，除非看到匈牙利王后自己一人进来，不然我不会相信。”她一个人进来了，皇帝看到她，尽管他试图克制自己的情绪，但仍非常悲悯。王后再也无法克制她自己同样悲伤的感情。她在哥哥身边停留了12天，皇帝的身体慢慢地有了起色，但仍然非常虚弱。他只能吃一些刺激性的菜肴，一些鲱鱼、咸鱼和大蒜，并且他无法也没有力气去做一些对他身体有益的锻炼。马特仕对此非常遗憾，并且写信给腓力二世：“陛下的身体机能在这种牢笼般的生活中几乎已经废掉了。这令我非常忧虑，我对他可以活动身体不抱任何希望了。皇帝每天勉强能走15或者20步；剩下的时间，都是坐在行军床上移动，他自己甚至很少走路。的确最近几天，因为腿部发疹而造成了小的伤口，他无法下地用双脚走路。既然脚长在他身上，就不是毫无用处的，但是就算他的脚可以活用的时候，他也从来不用它们。
3月16日匈牙利王后离开了尤斯特修道院，打算去锡加莱斯（Cigales）的住所，并在那里定居。在她离开之前，皇帝与她进行了长时间秘密的会谈。他的妹妹在20年统治国家的过程中，表现出了高超的技巧和能力，皇帝想要她在西班牙王室处于严重危机时，到他女儿的身边（辅佐她），他女儿好像对如此沉重的负担已经厌烦了，因为她不久前曾经表达过想要将重担卸下并转交给她哥哥、腓力二世的意愿。于是他力劝匈牙利王后不要拒绝辅佐西班牙女摄政，并且命基哈达陪伴她去，因为基哈达要去将他妻子玛格达莱娜·德·乌路亚和年轻的唐胡安从韦拉-加西亚带到最靠近尤斯特的夸克斯，让他们在那里住下。基哈达遵令要经过帝都巴利亚多利德；他必须要以她父亲的名义说服女摄政官，在重大事务上要请教匈牙利王后，尤其关于低地国家的事务。基哈达执行了他的任务，但是却没有成功说服公主。胡安娜公主对这个要求很气愤。她回复说匈牙利王后的性格并不是愿意给予建议，而是更想要指挥别人；统治权已经交给她，就不能再经受新的变化了；另外，此中会生出不断的麻烦，这些麻烦不仅会影响决策的保密性，还会影响决策的一致性，她表示更希望引退并且放弃领导权。她写给皇帝的信的意思就是如此。同时她还拒绝所有分享西班牙权力的要求，她一直力图获得葡萄牙由她的姑姑和婆母卡特琳娜王后掌控的统治权。弗朗西斯科·波吉亚神父曾经在他上次去里斯本的会谈中谈到过这个话题。胡安娜公主再一次要求皇帝的协助并且对他说：“陛下可以给这位王后（卡特琳娜）写信，以便葡萄牙的国事诏书可以尽快生效。您可以建议这位王后，当她归天之后，她可以在遗嘱中写明，将国王的监护权和王国的统治权留给我，尽管陛下您比我计划得更好，但是我觉得您的计划可能还是会带来损失。葡萄牙王国中有几位要员并不喜欢王后，并且我知道其中大部分的人都更愿意我在那里。很明显除了王后，只有国王的母亲才能成为国王的监护人；但也许如果王后将监护权传给我，那些反对她的人会对此不满。托上帝鸿福愿她身体康健，如果陛下赞成此事，我将在那里安插几个眼线，来向我通报那里发生的所有事情和每个人的意愿。如此一来，陛下也能了解情况，以便更好地决定所有事情。弗朗西斯科神父在这里；陛下如果能将此事告诉他，当他去到葡萄牙那边的时候，他便可以稍微留意此事了。请陛下告诉我，您希望我们做什么。”
皇帝放弃了将他的妹妹加入她女儿领导的西班牙政府的打算，但是他想要将匈牙利王后的丰富经验和她具备的政治才能，通过另一种方式来为他的儿子所用。步步为营的或者说野心勃勃的西班牙女摄政官维护着自己在西班牙唯一的权力支配权，却没有能在掌握葡萄牙权力的计划上再前进一步。出乎她的预料，不久之后在葡萄牙，当塞巴斯蒂昂一世国王仍然未成年时，枢机主教亨利亲王接替了卡特琳娜王后的位置。卡特琳娜王后派她最亲信的仆人之一，唐·阿隆索·德·祖尼加（Alonzo de Zuniga）到尤斯特拜访皇帝、她的哥哥，并且给他带来了几个礼物，这些礼物可以供他使用或者解闷。皇帝在隐修院里，一直关心着家族事务，并且也没有忘记给生者谋利、为逝者增荣。3月23日，他命人将他母后的遗体运送到格拉纳达的皇家教堂，并且指派塞维利亚大主教和科马雷斯侯爵（le marquis de Comarès）护送。没过多久，按照惯例，他在5月1日他妻子皇后祭日这天，虔诚且深情地参加了为她的灵魂安息而举行的盛大宗教仪式。第二天，他非常满意地得知，他不得已保留的最后一顶王冠——帝国皇帝皇冠，已经转交到他弟弟费迪南的头上。
就像他已经期待了多年的那样，用他自己的说法，他终于放下了所有。这并不容易：他在放弃最高统治权的过程中，遇到了几乎与获得这个权力时一样多的阻碍。他的儿子恳求他仍做帝国皇帝；他的弟弟斐迪南也并不急于获得皇位，并且请求他至少推迟放弃皇位。当鲁伊·戈麦斯来到尤斯特修道院，向皇帝转达腓力二世关于此事的愿望时，斐迪南曾经写信给后者说：“上帝知道，如果陛下能够听从殿下对他新的恳求，决意保留皇帝头衔，我将会有多么欣喜若狂。这是我一直以来的心愿，并且我仍然怀揣着这个希望。”
尽管查理五世对他的儿子满怀舐犊之情，并维护他在事务中的利益，但是对于此事并没有回转心意。心意已决的皇帝并没有听进鲁伊·戈麦斯巧妙的恳求和基哈达大胆的陈情，尽管基哈达认为，放弃帝国皇位，就相当于将意大利和低地国家毫无保护地暴露于危险中。就像他之前做的那样，他仅仅是等待帝国会议的结果，这次帝国会议并没有在海布召开，3位教会选帝侯和德意志有王权的伯爵，在这个西法战争要蔓延到德意志边境的时刻，都不敢离开他们的封地。在腓力二世的请求下，斐迪南尽他最大努力推迟选帝侯会议，再说他也很难能让他们达成集合的时间和地点。3位北方选帝侯想要在雷根斯堡，而4位南方选帝侯则希望在莱茵河畔的乌尔姆或者法兰克福。斐迪南一世先是确定，在1558年1月6日将他们召集到乌尔姆，这一天也正是三王朝圣节，但萨克森和勃兰登堡选帝侯不能出席，并且要求稍晚一些时候在另外一个城市召开会议。后来，斐迪南一世确定，在德意志中心城市法兰克福，于2月20日召开帝国会议，这是这位新皇帝经过艰苦努力之后，给出的最后期限了。教皇保禄四世却想给这事设置绊脚石，重拾长期以来被遗忘的中世纪教皇权威。他宣布，帝国皇帝退位必须要经过教皇，作为封建君主，查理五世仍然是帝国皇帝。另外，他反对萨克森公爵、勃兰登堡边伯和德意志王权伯爵的选举权，因为他们信奉异端宗教而被剥夺了权力；他还反对“罗马人民的国王”的被选举权，因为其接受宗教和平也有宗教异端的嫌疑。尽管他无礼反对，美因兹、科隆和特里尔大主教，波西米亚国王，勃兰登堡边伯，萨克森公爵，莱茵王权伯爵（le comte Palatin du Rhin）在2月28日承认了查理五世皇帝退位之后，3月12日，他们一致同意让斐迪南一世作为皇位继承人。
一个半月以后查理五世才得知，他终于如愿以偿地退下了帝国皇帝宝座。这个消息在查理五世详细了解情况之前，已经隐约传到了尤斯特修道院；最终，4月27日，巴斯克斯给他转达了帝国会议选举决议。查理五世立刻放弃了所有仍在使用的头衔。他不再称呼巴斯克斯为他的秘书和顾问，他回复他并且在信封地址处写道：致胡安·巴斯克斯·德·莫利纳，国王——我的儿子的秘书和顾问。他对巴斯克斯说：“我已经收到了您4月27日的信，我非常高兴地得知了，关于我退下帝国皇位的确切消息；此事处理得当，尽管跟几天前说的有所出入……我已经命令卡斯特鲁给您写信，告诉您需要制作2枚印章，印章的大小和形式他会告知您。您马上让人着手制作它们，并且将它们送来。”卡斯特鲁在同一天写信给巴斯克斯：“陛下要求我告诉您，他退下皇位的请求已经被采纳，他从此不能再在他的信中使用皇帝或者类似的称呼。陛下还希望，您能给他制作两枚没有皇冠、鹰饰、金羊毛标志和任何纹章的印章，他希望这些印章可以在完成后，以最快的速度交给他。”这些毫无装饰、完全本色的印章，直到西班牙军队被勃艮第军队打得落花流水之后才送到。
查理五世终于完全交出了所有伟大的头衔，这件事他已经等待了很久。他命人取下了他套房中的徽章，还要求在教堂祷告和弥撒祭祀中去掉他的名字，取而代之的应是他弟弟斐迪南一世的名字。他对他的忏悔神父胡安·雷格拉说：“对我来说，叫我查理就够了，因为我什么都不是了。”这番漂亮简单的话，他又在感动的仆人面前重复了一遍。但是，尽管皇冠已经在他套房中没有了踪迹，虽然他的名讳已经不再被公开祷告提及，但他在所有人心里，仍然是原来那个他。从帝都到布鲁塞尔，人们不停地给他写信：“致皇帝，我们的王”，同时当人们提到他时，总是称呼他“皇帝”。
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[1] Xabregas，以前叫Enxobregas或者Emxobregas。——译注
[2] 此处Polviller疑似德语转译过程中的错译．即Bollweiller，现法国上莱茵省的一个市镇。——译注
[3] 此处疑似原文拼写错误。nieullay疑为Nieulay，Risbank疑为Risban。——译注