随着罗马中央集权的衰落，西罗马帝国陷入了一个野蛮时期。在这一时期，欧洲出现了普遍的文化沉沦。所谓的“黑暗时代”，大概是指公元600年到1000年。当然，任何把历史划分成若干个整齐区段的做法都是很勉强的，我们不要指望从这种划分中有多少收获，它最多只能提示一下该时期的某些综合特征。所以，我们绝不要以为，公元7世纪刚一来临，欧洲就突然一片漆黑，直到四个世纪后，它才重新浮现出来。
首先，古典传统依然在某种程度上存在着，尽管它们的持续性影响不够稳定，而且受到了限制。在修道院，尤其是在爱尔兰这样的偏僻角落，一些学问得到了鼓励和扶植。但是，称这些世纪为“黑暗时代”也没有什么不妥，尤其是与它们之前和之后的时代相比较的时候。同时，我们必须牢记，用同等的标准来看，东罗马帝国并没有遭遇如此普遍的衰败。拜占廷仍然保持着帝国的控制力，并由此使得学问更加世俗化。而西方要达到这一步则需要花费许多个世纪的时间。同样，当西方文化日渐衰弱时，年轻而充满活力的伊斯兰文明（包括印度、中东、北非和西班牙大部分地区）却达到了最伟大的巅峰。在更远的中国，唐朝开创了其文明史上最重要的文学纪元。
要理解为什么哲学会与教会如此紧密地结合在一起，我们必须描绘出这一时期教皇统治与世俗势力发展的主要脉络。教皇们之所以能在西方巩固其主导地位，主要是因为罗马皇权消失后留下了政治上的真空。而东方（东罗马帝国）的大主教们除了更多地为皇权所限制以外，他们对罗马主教们的傲慢也从未有过好感，最终，他们的东正教教会与罗马分道扬镳了。而且，在入侵部族的野蛮影响下，西方的识字水平大为降低，而在罗马时代，识字却在整个帝国都得到了普及。那些保留了残存学问的教士们，逐渐形成了一个会读写的特权集团。当几个世纪的冲突结束后，欧洲进入了较为稳定的时期，正是这些教士创办了各种学校。在文艺复兴之前，经院哲学一直都是至高无上的。
在七八世纪的西欧，教皇统治夹在拜占廷皇帝与蛮族君主两个敌对势力中间，在一条危险的航道上行进。从某个角度看，与希腊交往总比依附蛮族更可取，至少皇帝的权威建立在正当法律基础之上，而征服部族的统治者靠的是武力夺权。另外，东罗马帝国保持着罗马鼎盛时代的文明尺度，因而也就保持这某种活跃的世界观，这种世界观与蛮族的狭隘民族主义是截然不同的。况且，哥特人和伦巴底人在不久前都信奉阿利乌斯教，而拜占廷至少还有点正统因素，尽管它不肯屈服于罗马的教会势力。
但是，东罗马帝国的实力已经不足以在西方维持其权威了。公元739年，伦巴底人企图攻占罗马，但未能得逞。为了与伦巴底人的威胁抗衡，教皇格里高利三世试图谋求法兰克人的帮助。当时，克洛维斯的继承人，墨洛温王朝的君主们在法兰克王国已经丧失了全部实权，真正的统治者是大总监。8世纪初担任这一官职的是查理·马特尔，他在公元732年的图尔战役中阻止了伊斯兰教的扩张。查理和格里高利都死于公元741年，他们的继承人丕平和教皇斯蒂芬三世达成了一项协议：大总监要教皇正式承认其国王身份，以便取代墨洛温王朝；作为回报，丕平将公元751年伦巴底人曾占领过的拉温那镇以及东罗马帝国总督管辖的其他领地送给了教皇。这就导致了他与拜占廷的决裂。
没有了中央政权的约束，教皇在自己的领域里就比东正教更有势力。当然，拉温那的赠与绝不是一桩合法交易。为了使这一交易貌似合法，教士们伪造了一份文件，这就是有名的“君士坦丁馈赠”。该文件自称是君士坦丁的一份政令，根据这一政令，原属西罗马帝国的全部领土都将移交给罗马教皇。通过这种伎俩，教皇建立了自己的世俗权力，并且在整个中世纪都得以维持。直到15世纪前，这桩文件伪造案都没有被揭露。
伦巴底人试图抵抗法兰克的武力干涉，公元774年，丕平的儿子查理曼翻越阿尔卑斯山，给了伦巴底军队致命一击。查理曼夺取了伦巴底国王的头衔向罗马挺进。在罗马，他兑现了其父公元754年的许诺。教廷对他表示支持，他则为基督教在萨克逊疆域内的传播不遗余力，尽管他改变异教徒的信仰不是靠说服，而是武力。在东部边界，他征服了大部分日耳曼领土，但在南部的西班牙，他试图逼退阿拉伯人，却不大成功。公元778年，他的后卫部队战败了，著名的罗兰传奇就因此而产生。
查理曼的目标并不仅仅是巩固边疆，他自视为西罗马帝国的合法继承人。公元800年圣诞节，教皇在罗马为他举行了皇帝加冕仪式，这标志着日耳曼民族的神圣罗马帝国开始了。与拜占廷的决裂起初是由丕平的馈赠引起的，但最终完成却是因为西罗马产生了一位新皇帝。查理曼为自己的做法所找的理由是站不住脚的，因为当时伊琳女皇还占据着拜占廷的宝座。查理曼辩解说，这是不符合皇室惯例的，因而王位仍然空着。而他认为自己获得教皇的加冕后，可以作为凯撒的合法继承人行使权力。同时，教廷也通过这事件与帝国势力联合了起来。尽管后来一些独断的皇帝为了达到自己的目的而废黜或拥立教皇，但他们仍然需要得到教皇的加冕来确认其皇帝身份。这样一来，世俗势力与宗教势力便谁也离不开谁了。当然，分歧是不可避免的，教皇和皇帝为了各自的目的，一直在进行激烈的“拔河”赛。产生冲突的一个主要原因就是主教的任命问题（下文将详细介绍）。
到了13世纪，冲突双方已经没有妥协的余地了。在随后的斗争中，教廷占了上风。但是在文艺复兴初期，教皇们日益沦丧的道德水准却使得他们失去了来之不易的优势。与此同时，民族君主制在英格兰、法兰西和西班牙的兴起，导致了新的势力产生，从而破坏了在教会精神领导下的团结局面。帝国摇摇欲坠地维持着，直到拿破仑征服欧洲。教廷则幸存至今，尽管它至高无上的地位已经在宗教改革中不复存在。
查理曼在世的时候，为教皇们提供了深受欢迎的保护；作为回报，教皇们也谨慎地不去干涉他的意愿。查理曼本人不怎么有学问，对宗教也不虔诚，但他并不敌视别人的学问和虔诚。他鼓励文学的复兴，并且向学者们提供庇护和资助，尽管他自己的娱乐缺乏文化色彩。对于纯粹的基督徒行为，他认为这对人民是有益的，但绝不应该过度约束宫廷生活。
在查理曼的继任者统治期间，皇权衰落了，尤其是国土被虔诚的路易的三个儿子瓜分的时候。这些事件所产生的矛盾，最终导致了日耳曼人与法兰西人的对立。当帝国在世俗冲突中丧失力量时，教廷的实力却大大增强了，但另一方面，罗马教廷又必须对主教们实施权威。如前所述，主教们已经在各自的地盘上获得了不同程度的独立，尤其是当他们远离权力中央所在地时。在教皇的任命问题上，教皇尼古拉一世（公元858～公元867年）基本上成功地保住了罗马的权威。但是所有的问题不仅在世俗力量中，而且在教会的内部仍然是有争议的。一位聪明、刚毅的主教很可能对教皇毫不退让，如果后者不怎么刚毅的话。尼古拉死后，教廷的权力终于衰落了。
公元10世纪，教廷为罗马当地的贵族所掌握。由于拜占廷、伦巴底和法兰克军队之间的战争所造成的多次破坏，罗马陷入了野蛮、混乱的状态。在整个西方，由于封建主们无力控制各自为政的诸侯们，这片土地变得动荡不安。无论是罗马皇帝还是法兰西国王，都无法有效地约束那些不守法纪的贵族。匈牙利人突袭了意大利北部，而北欧海盗们的恐怖行为却在整个欧洲的海岸和河岸蔓延。诺曼底人最终在法兰西得到了一块狭长的土地，作为回报，他们改信了基督教。来自南部的萨拉森人的威胁从9世纪起就日益加强，直到公元915年东罗马在那不勒斯附近的嘎里戈里阿诺河击败了入侵者，这一威胁才得以解除。然而帝国的力量大弱，已经不可能再像查士丁尼时期那样试图去控制西方了。在这种普遍的混乱中，教廷被迫服从于为所欲为的罗马贵族，不仅丧失了原本在东正教事务中可能存在的残余影响，而且当西罗马帝国的地方主教们再次宣布独立时，教廷对这些教士的控制能力也在逐渐消失。不过，地方主教们在争取独立方面却并不成功，因为，他们虽然与罗马教廷的联系有所减弱，但是与当地世俗势力之间的联系却加强了。在此期间，圣·彼得宝座下众多教士的品质，也无法阻止道德和社会解体的洪流。
11世纪时，民族大变动已经接近尾声。外来的伊斯兰教威胁也已得到遏制。从此，西方开始转守为攻。当希腊文化在西方的大部分地区已经被人们遗忘的时候，却在爱尔兰这样偏僻的角落幸存了下来。总的说来，当西方经历衰落的时候，爱尔兰文化却出现了一派繁荣景象。后来，由于丹麦人的到来，这一小块文明之地才遭到了破坏。因此当时最有学问的人是一位爱尔兰人也就不奇怪了。他就是约翰·司各脱·厄里根。
这位9世纪的哲学家是一位新柏拉图主义者，也是一位希腊语学者，他在观点上属于裴拉鸠斯派，而在神学上却是泛神论的。尽管持有非正统的观点，但不知为什么，他竟然没有受到迫害。当时爱尔兰文化的活力是由于环境的有趣组合造成的。当高卢开始连续遭到野蛮侵略的时候，大批知识分子纷纷跑到最西部，希望得到保护。然而英格兰却没有那些人的立足之地，因为到处都是盎格鲁-萨克逊和朱特人这些异教徒。而爱尔兰却提供了安全保障，于是许多避难的学者就到了那里。我们也必须对英格兰的“黑暗时代”进行某种不同的评价。在盎格鲁-萨克逊入侵时期，曾经出现过一个文化停顿期，但是阿尔弗莱德大王统治时期又出现了复苏。因此，“黑暗时代”的开始与结束都提前了两百年。九、十世纪丹麦人的入侵，致使英国的发展出现了一次中断，也使爱尔兰的发展出现持续性倒退。这时候，学者们又开始沿着来路往回撤。这一时期，罗马由于相距太远，也无法控制爱尔兰的教会事务。主教的权威并不是至高无上的，修道院的学者们时刻都在为教义争论不休。约翰·司各脱的自由观点如果在别处还有可能产生，在这里却将迅速被纠正。
至于约翰的生平，除了他在法兰西秃头查理的宫廷里生活的这段时间，别的我们就不清楚了。他的生卒年似乎是公元800～公元877年，但并不能确定。公元843年，他应邀到法国宫廷主管宫廷学校。在这里，他陷入了宿命论与自由意志问题的争论。约翰支持自由意志说，认为一个人自身对德行的努力是有价值的。招人不快的并不是他的裴拉鸠斯主义本身（尽管这也很糟糕），而是他用一种纯哲学的方式来处理这一问题。他说，理性和启示是真理的两个独立的源泉，互不重叠和冲突；但是，假如在某个给定的情况下，看起来好像有冲突的话，那么首先应该相信理性，而不是启示。事实上，真正的宗教正好也是真正的哲学，反之亦然。呆板的宫廷教士们并不接受这一观点，约翰关于这些问题的论文也受到了批判。只是靠了他和国王的私交，才免受惩罚。国王查理和这位爱尔兰学者都死于公元877年。
从经院哲学术语的角度看，约翰在哲学上是一位实在论者。搞清“实在论”这一术语的用法是十分重要的。它最早源于柏拉图及苏格拉底对理念论的阐释。实在论认为共相即万物，它们先于个体而存在。它的对立面则建立在亚里士多德的概念论基础之上。这一理论被称做唯名论，它坚持认为共相仅仅是名称，个体要先于共相而存在。在整个中世纪，实在论者和唯名论者在共相问题上吵得不可开交。直到今天，科学和数学之中还存在着这个问题。由于经院派的实在论与理念论有关，所以现代人也称它为唯心主义。我们应该把这一切与它们后来的非经院用法区分开来。在适当时候，我们将对此做出解释。
（1）上帝是创造者，但不被创造。
（2）理念是创造者，但被上帝创造。
（3）时空被创造，但不是创造者。
（4）作为总体目标的上帝，既不创造，也不被创造。
约翰在他的主要哲学著作《论自然的划分》中，约翰清晰地展示了他的实在论。他提出了自然的四重划分法，划分依据是事物创造或不创造；被创造或未被创造。首先，能够创造而又不被创造的显然是上帝。第二，能够创造而又被创造的是柏拉图和苏格拉底意义上的理念，它们创造个体也依附于个体，其本身又为上帝所创造。第三，不能创造，但可以被创造的一类，就是时空中的诸事物。最后是既不创造也不被创造的东西，在这里，我们转了一圈又回到了万物为之奋斗的终点——上帝。从这个意义上看，上帝与其目标同一，因此不创造。
到此为止，虽然涉及的都是存在事物，但也包括了自然中不存在的事物。首先，在这些非存在事物中，按照新柏拉图学派的观点，普通的物理对象就被排斥在可理喻世界之外。同样，罪恶被视为一种缺陷或沦丧，一种缺乏神性模式的堕落，因此它属于不存在的范畴。所有这些最终都回到柏拉图的理论上去了，前面说过，该理论认为善就是知识。
“上帝与其目标同一”的观点直接导致了非正统的泛神论神学的出现。上帝的本质，无论对于人，还是对于他自己，都是不可知的，因为他不是一个可知的对象。其逻辑上的理由（尽管约翰没有明说）就是：上帝就是一切。所以，不可能出现既有知者又有所知对象的情形。约翰的“三位一体”理论与普罗提诺的没有什么不同。上帝的存在正是通过万物的存在来显示的，其智慧体现于万物的秩序，其生命体现于万物的运动。这与圣父、圣子和圣灵相一致。至于在理念的范畴，它们则构成了逻各斯，通过圣灵的作用导致或产生不存在独立物质性的个体，上帝从虚无中创造了万物，其含义就是这种虚无就是上帝本身，因为他超越一切知识，所以就是虚无。于是约翰藉此来反对亚里士多德允许“个体具有物质性存在”的观点。另一方面，根据创造和被创造标准做出的前三种划分，则源自亚里士多德类似的原动和被动划分标准。第四种划分则派生于狄奥尼修斯的新柏拉图学说。狄奥尼修斯这位圣·保罗的雅典弟子，是一篇论文的假定作者，该论文融合了新柏拉图主义与基督教义。约翰曾从希腊文中翻译了该著作，他很可能因此而受到了保护，因为凭着与圣·保罗的关系，这位罗马的假狄奥尼修斯被误以为是正统人士。
11世纪，欧洲终于进入了新生时代。诺曼底人遏制了来自北方和南方的外来威胁。他们征服英格兰后，结束了斯堪的纳维亚人的侵犯，而他们在西西里的战争则使该岛彻底摆脱了萨拉森人的统治。修道院改革进展顺利，教廷选举和教会组织的原则也在重新审议。随着教育状况的改善，文化水平不仅在教士中间开始提高，而且贵族在一定程度上也是如此。
圣职买卖和禁欲问题是当时困扰教会的两大难题。从某种意义上说，两者都和多年发展起来的教士地位有关。由于教士是宗教奇迹与权力的执行人，他们就逐渐对世俗事务产生了很大的影响。这种影响要发挥其作用，必须要人们在总体上不怀疑这些权力的真实性。在整个中世纪，人们的这种信念始终是真诚和广泛的。然而权力总是刺激人的欲望。如果没有强有力的道德传统加以指导，那些地位优越的人很可能就会营私舞弊，中饱私囊。这样一来，靠授予教职来换取金钱，就成了那些掌握了这种权力的人敛财和加强势力的一种手段。这些做法最终腐蚀了教会本身，于是人们又不时地向这种邪恶行为宣战。而在教士禁欲的问题上，效果却不那么明显。这个问题在道德方面从来没有得到最终解决。无论是东正教还是西方后来改良后的宗教，都从未认为禁欲在道德上有多少价值。另外，伊斯兰教甚至对禁欲问题大加抨击。但同时，从政治角度出发，当时的种种变革并不是所有的根据都那么合理。如果教士结了婚，特别是当其中还有保留财产的经济动机时，他们就有可能发展为一个世袭的阶层。另外，教士应该与其他人有所区别，禁欲就宣扬了这种区别。
修道院改革的中心是创建于公元910年的克律尼修道院，一项新的组织原则就是在这里首次得到了实施。修道院只直接对教皇负责，院长又对克律尼所属的机构行使权力。新体制致力于防止走向奢靡和禁欲两个极端。紧随其后的其他改革者建起了新的修士会：卡玛勒多兹修士会创建于1012年，卡尔图斯修士会创建于1084年，而奉行本笃教规的西多修士会则建于1098年。
对于教廷本身，改革主要是皇帝与教皇争夺最高权力的结果。为了改革教廷，格里高利六世从前任本笃九世手中买下了教皇职位。然而皇帝亨利三世（1039～1056）虽然也是一位年轻而充满干劲的改革者，却不赞成这一交易，不管格里高利的动机有多么值得称道。1046年，22岁的亨利突然来到罗马，废黜了格里高利。从此，亨利在任命历届教皇时始终非常小心谨慎，如果他们有负期望，就会被免职。在亨利四世（1056～1106年在位）年幼的时候，教廷再次恢复了某种程度的独立。教皇尼古拉二世通过了一项教令，让红衣主教掌握教廷的实际选举权，而将皇帝排斥出局。同时，尼古拉也加强了对大主教的控制。1059年，他派彼得·达米安（一位卡玛勒多兹学者）前往米兰，以示教廷的权威，并支持当地的改革运动。达米安提出了一种有趣的学说，即上帝不受矛盾律的约束，并且能够做到“从头再来”。这个观点后来遭到了阿奎那的抵制。达米安认为哲学是神学的婢女，他还反对辩证法，认为上帝应该能够推翻矛盾律，其中的暗示就带来了万能概念上的麻烦。例如，如果说上帝是万能的，他就不能造出一块连自己也搬不动的石头；但他又应该能，如果他真是万能的话。因此，他似乎既能，又不能。“万能”最后成了一个不可能的概念，除非人们放弃矛盾律。但放弃矛盾律又会使论证无法进行下去。正是由于这个原因，达米安的理论才必然遭到了反对。
尼古拉二世继承人的选举问题，加剧了教皇与皇帝之间的冲突，形势变得对红衣主教有利起来。1073年，希尔得布兰得被选为新教皇，称格里高利七世。他在任职期间，与皇帝在授职问题上发生了严重的冲突，这个问题后来持续了几百年之久。把戒指和权杖（职位的象征）授与一位新主教，历来都是由世俗统治者来做的，为了巩固教廷权威，格里高利掌握了这项权力。1075年，当皇帝任命一位新的米兰大主教时，矛盾到了白热化的地步。教皇威胁说要将皇帝废黜并开除其教籍，皇帝则宣称自己拥有最高权力，并决定废黜教皇。作为报复，格里高利宣布皇帝和主教已被废黜，并开除了他们的教籍。起初是教皇占了上风，1077年，亨利四世来到卡诺萨以苦行赎罪，但是，这只是他走的一步政治棋。虽然他的教皇已经选出了一个取代他的对手，但亨利及时地战胜了他的反对派，当1080年格里高利最终宣布支持鲁道夫称帝时，为时已晚了。1084年，亨利带着自己挑选的一个伪教皇进入罗马，并举行了加冕大典。格里高利虽然在西西里诺曼底人的帮助下，迫使亨利及其伪教皇仓皇逃离，但他自己也成了其保护者的阶下囚，并于次年死去。
尽管格里高利自己未能成功，但他的策略在后来还是有效的。不久，坎特伯雷大主教安瑟伦（1093～1109）等人和格里高利一样，也和世俗权威发生了争执。安瑟伦因发明了有关上帝存在的本体论，而在哲学史上占有重要地位。作为思维最大的可能对象，上帝不可能不存在，否则他就不会是最大的思维对象。实际上，这里的错误在于“存在是一种品质（属性）”的观点。但许多哲学家却从此抓住这一争论不放。
当西方世界被皈依了基督教的蛮族蹂躏的时候，东罗马帝国逐渐遭到了伊斯兰教徒的践踏。尽管伊斯兰教徒并没有决意改变被征服民族的宗教信仰，但他们却允许对那些加入了伊斯兰教的人免征贡税。这个优惠政策也让绝大多数人从中获益。穆罕默德的纪元要从海格拉算起，公元622年，他从麦加逃到麦地那。
公元632年他去世后，阿拉伯人的扩张在短短一个世纪里就改变了世界。叙利亚、埃及、印度、迦太基、西班牙，分别于公元634～公元636年、公元642年、公元664年、公元697年、公元711～公元712年陷落。公元732年的图尔战役使局势发生了逆转，阿拉伯人退到了西班牙。君士坦丁堡于公元669年和公元716～公元717年两次被围。拜占廷帝国在日益缩水的领土上维持着，直到1453年奥斯曼帝国的土耳其人攻占了该城。帝国在这一时期的普遍衰竭，助长了穆斯林活力的爆发。
另外在许多地方，入侵者还从当地的冲突中找到了可乘之机。尤其是叙利亚和埃及，由于不属于正统而备受磨难。
从某个角度看，先知穆罕默德所宣称的新宗教是对《旧约》中严格的一神论的回归。他摒弃了《新约》中添加的神秘内容，和犹太人一样禁止供奉偶像，所不同的是，他还禁止饮酒。后面这条禁令究竟保持了多大的有效性是值得怀疑的，而前一条则与奈斯脱流斯教徒反对崇拜圣像的态度一致。侵略扩张几乎成了一种宗教职责，尽管《圣经》里的人民不应该受到伤害。禁令也影响了基督教徒、犹太教徒和拜火教徒，他们各自遵守着自己神圣经文里的教义。
一开始，阿拉伯人并没有制定系统的征服计划。他们生活在干旱贫瘠的土地上，习惯了越境掳掠。但由于没有遇到强有力的抵抗，袭击者就成了征服者。在很多情况下，这些新主人并没有触及和改变原有的管理模式。阿拉伯帝国的统治者是哈里发，他们是先知的继任者，也是其权力的继承人。虽然最初的哈里发们由选举产生，但没多久就变成了乌玛亚德统治下的王朝。这一统治家族遵循先知的教谕，反对狂热，这么做并非出于宗教原因，而是出于政治上的考虑。总之，阿拉伯人扩张的宗教因素并不是很多，他们的动机（正如最初一样）只是为了夺取物质。正是由于不狂热，所以他们尽管人数不占优势，却能够统治广大的地区，那里居住着信仰各异、更文明的人们。但是在波斯，先知的教谕却根植于昔日的宗教和思辨传统已有充分发展的土地上。公元661年，穆罕默德的女婿阿利死后，伊斯兰教分裂为逊尼派和什叶派。后者是少数派，忠于阿利，不允许来自乌玛亚德家族的人加入该派。波斯人就属于这个少数派，也许正是通过他们的影响，乌玛亚德王朝才被阿拔西人推翻并取代，首都也从大马士革迁到了巴格达。新王朝的政策给了伊斯兰狂热教派更多的自由。不过他们失去了西班牙，从家族覆没中幸存下来的一个乌玛亚德人在科尔多瓦建立了一个独立的哈里发政权。在阿拔西王朝统治期间，哈伦·阿尔·拉细德使帝国出现了辉煌的局面。拉细德是查理曼的同时代人，因其在《天方夜谭》中出现而闻名于世。由于大量使用土耳其雇佣军，他于公元809年去世后，帝国开始深受其害，就像当初罗马人招募蛮族兵士一样。阿拔西王朝的哈里发政权衰落了，并于1256年随着蒙古人对巴格达的洗劫而覆灭。
穆斯林文化的源头在叙利亚，但不久其中心就转移到了波斯和西班牙。在叙利亚，阿拉伯人继承了奈斯脱流斯教派所推崇的亚里士多德传统，而当时的新柏拉图主义者则坚持正统的天主教，但是亚里士多德的理论与新柏拉图学说的糅和造成了许多混乱。在波斯，穆斯林逐渐掌握了印度的数学，并且引进了阿拉伯数字（实际上应该称之为印度数字）。尽管有13世纪的蒙古人入侵，波斯文明还是孕育了菲尔杜锡这样的诗人，并且保持了其艺术高水准。阿拉伯人是通过奈斯脱流斯传统，才开始接触希腊知识的。这些传统在更早的时期，公元即481年拜占廷皇帝芝诺关闭埃德撒学院之后，就已经传到脱流斯。穆斯林思想家们从这两个来源中学习了亚里士多德的逻辑学和哲学以及古代的科学遗产。
波斯最伟大的伊斯兰哲学家是阿维森纳（公元980～公元1037年）。他出生在波卡拉省，后来在伊斯巴罕讲授哲学和医学，最后定居于德黑兰。由于持非正统观点，他遭到了神学家们的敌视。他的著作被翻译成拉丁文，在西方世界产生了不小的影响。他主要关心的一个哲学问题就是长期争论不休的共相问题，这一问题后来还成了经院哲学的中心问题。阿维森纳的解决办法就是试图把柏拉图与亚里士多德调和起来。他最早提出“形式”的普遍性产生于思维，阿威罗伊及后来的阿勒贝尔图斯·马革努斯（阿奎那的老师）也提出过这一亚里士多德式的观点。但阿维森纳对其观点作了进一步限定。共相同时存在于万物之前、万物之中和万物之后。当上帝按某种模式创造万物时，它已存在于上帝心中，即万物之前；当万物属于外部世界时，它存在于万物之中；当人们通过经验来辨别模式时，它存在于人的思维之中，即万物之后。
西班牙也孕育出一位杰出的伊斯兰哲学家，他就是阿威罗伊（1126～1198）。他出身于科尔多瓦一个民事法官家庭。除了其他知识，他还学过法律，曾任塞维利亚的民事法官，后来又在科尔多瓦任职。1184年，他当了一名宫廷医生，但最终由于坚持哲学观点、不满足于自己的信仰而被流放到摩洛哥。他的主要贡献就是把亚里士多德研究从新柏拉图主义的扭曲中解放了出来。就像后来的阿奎那一样，他认为只能在理性的基础上去证明上帝的存在。关于灵魂，他坚持亚里士多德的观点，认为灵魂并非不朽，尽管“奴斯（即理性、智慧）”是不朽的。由于这种抽象的理性和智力是一元的，其存在并不意味着个人的不朽，基督教哲学家们自然不肯接受这些观点。通过拉丁文译本，阿威罗伊不仅影响了经院哲学，而且也受到了后来被称为“阿威罗伊派”的自由思想家们的普遍推崇，这些人也反对灵魂不朽的说法。
在格里高利七世去世的时候（1085年），他的政策似乎已经从教廷手中夺回了他在帝国事务中的权力和影响。但结果说明，世俗势力与宗教势力之间的斗争远没有结束。事实上，教廷还没有达到其政治生涯的巅峰。同时，由于有了伦巴底各个新兴城市的支持，教皇在宗教事务方面的权威得到了提高，十字军则最先增强了他的威信。
教皇乌尔班二世（1088～1099）重新挑起了授职问题的争端，因为他再次夺取了这项权力。1093年，康拉德起来反对其父皇亨利四世，他寻求并得到了乌尔班的支持。北方各城倾向于支持教皇，于是整个伦巴底被轻易地征服了。法兰西国王腓力普也于1094年被招了安。这样一来，乌尔班就可以作一次穿越伦巴底和法兰西的胜利巡游了。在第二年的克雷尔蒙会议上，他煽动了第一次十字军东征。乌尔班的继任者巴沙尔二世成功地延续了由教廷授职的政策，一直到亨利四世去世（1106年）。而新皇帝亨利五世至少在日耳曼土地上占有优势。教皇建议皇帝不要干预授职，并以教士们放弃世俗财产权作为交换条件。但是教士们对世俗世界的感情要比这个虚伪提议所设想的坚定得多。因此，建议的条款一公布，日耳曼的教士们便惊呼大祸难临头了。当时亨利五世正在罗马，他威逼教皇屈服，并为自己举行了皇帝加冕大典。但他的胜利是暂时的，11年后，也就是1122年，教皇喀列克斯图斯二世根据沃尔姆斯宗教协定，重新取得了授职权。
在皇帝弗里德里希·巴巴罗撒统治期间，斗争进入了新的阶段。1154年，英格兰人哈德里安四世当选为教皇。最初，教皇和皇帝联合起来对付公然藐视他们的罗马城。罗马人在布累斯齐亚的阿诺德的领导下，开展了独立运动。阿诺德是一位勇敢的异端分子，他激烈地抨击了教士们世俗的荣华富贵。他坚持认为，教会人士如果拥有世俗财富，就不能进天堂。教会的“王侯们”自然不会接受这一观点，阿诺德也因其“异端邪说”而受到了激烈的攻击。其实早在前任教皇时期，这些麻烦就已经开始了，只不过在哈德里安当选教皇后才达到了白热化地步。哈德里安以内乱为由惩罚了罗马人，他下令剥夺了他们的教权。结果，罗马人的独立精神瓦解了，同意流放他们的异端领袖。阿诺德躲了起来，但后来落到了巴巴罗撒军队手中，并被立即烧死。1155年，皇帝加冕登基，自然又对在现场示威的群众进行了一番血腥镇压。但是，两年之后，教皇与皇帝决裂了，接下来就是两股势力长达20年的战争。与其说伦巴底联盟是为教皇而战，不如说是为了反对皇帝。战争局面变化莫测。1162年，米兰被彻底摧毁。同一年晚些时候，巴巴罗撒和他的伪教皇遇到了一场灾难，在他们向罗马进军的途中，军队由于瘟疫而严重减员。1176年，巴巴罗撒在雷格纳诺战役中被打败，他瓦解教皇权力的最后一次企图终于落空了。双方达成了一个并不可靠的和约。皇帝参加了第三次十字军东征，1190年死于安那托利亚。
教会与帝国之间的频繁斗争，最终导致两败俱伤。北部意大利的一些城邦开始发展成新的势力。只要他们的独立受到皇帝的威胁，他们就转而支持教皇；当这种威胁消失了的时候，他们就根据自身的利益发展出一种有别于教会的世俗文化。虽然在名义上还是信仰基督教，但他们却提出了一种十分自由的观点，这一点很像17世纪以后新教组织的倾向。在十字军东征期间，北部意大利的沿海城市作为舰船和给养的供给地，重要性日益明显。宗教狂热也许曾是十字军运动的原动力之一，但在当时起作用的还有强烈的经济动机。东方提供了掠夺财富的希望，而且这种希望还能以道德与神圣的名义去实现。而近在眼前的欧洲犹太人则成了他们发泄宗教义愤的最方便的对象。起初，基督教骑士们并没有明显意识到，自己是在穆斯林世界里，与一种比自身文化更优越的文化发生对抗。
作为一种运动，经院哲学以“结论先于事件”而区别于古典哲学。它必须在正统轨道内发挥作用。经院哲学最高的古代典范是亚里士多德，他的影响逐渐取代了柏拉图。在方法上，经院哲学遵循亚里士多德的分类法，运用了辩证的论证，却忽视了事实。其中最重要的问题之一就是共相问题，这个问题将哲学世界分成了两个对立的阵营。实在论者从柏拉图的观点及其理念论出发，主张共相就是万物；唯名论者正相反，他们借助亚里士多德的权威，坚持认为共相只不过是一些名称。
通常，经院哲学从罗瑟林算起，他是一位法兰西教士，还是阿伯拉尔的老师，其生平不详。他的哲学思想主要记载于安瑟伦和阿伯拉尔的著作中。罗瑟林是一位唯名论者，按照安瑟伦的说法，罗瑟林认为共相仅仅是声音的轻微流动。他不仅否定了共相的实在性，而且还进一步否定了“共相高于个别”的观点，这一观点必然导致一种呆板的逻辑性原子论。该理论与三位一体观点一联系，很自然地产生了异端的观点，1092年，他被迫在莱姆斯宣布放弃这些观点。
阿伯拉尔生于1079年，是一位更重要的思想家。他在巴黎求学和讲学，曾一度研究过神学，但在1113年又重返教坛。在这一时期，他和厄罗伊斯谈起了恋爱，没想到却激怒了女友的叔父坎农·福勒伯特。坎农阉割了这位莽撞的情人，并把两个人分别送进了教士收容所。阿伯拉尔活到了1142年，并继续以教书而获得了巨大的声誉。他是一位唯名论者，但比罗瑟林更为明确地指出，我们判断某个词的属性时，所根据的并不是它的存在，而是它是否具有意义。共相的确产生了事物间的类似性，而类似性本身并不像唯实论者错误设想的那样，也是某一事物。
13世纪，经院哲学运动达到了顶峰，教皇与皇帝之间的斗争也同样达到了顶峰。在很多方面，这一时期都可以算欧洲中世纪的高潮。在后来的世纪里，即从15世纪意大利的文艺复兴到17世纪科学与哲学的再次兴起，各种新势力纷纷登台。
从政治上说，最伟大的教皇是英诺森三世（1198～1216），在他的治理下，教廷的权威达到了后无来者的高度。巴巴罗撒的儿子亨利六世已经征服了西西里，并娶了该岛罗曼王室的后裔康斯坦斯女王为妻。亨利死于1197年，其子弗里德里希继位时才两岁。教皇英诺森三世就职后，小皇帝被母后置于教皇的监护之下。教皇表示尊重弗里德里希的权力。作为回报，皇帝也承认教皇的地位至高无上。教皇获得了大多数欧洲统治者类似的承认。但是在第四次十字军东征中，教皇的计划却毁在了威尼斯人手里，威尼斯人为了实现自己的目的而强迫教皇攻取君士坦丁堡。不过，他对阿勒比占西斯派采取的冒险行动却大获全胜。在这次行动中，法兰西南部的异教被彻底摧毁和清除。在德意志，皇帝奥托被废黜，弗里德里希二世此时已经完全长大成人，于是被选中继位。这样一来，英诺森三世就真正地控制了皇帝和各地王侯。在教会内部，罗马教廷获得了更大的权力。然而从另一个角度看，教廷在世俗方面的成功恰恰预示了它的没落。因为教廷对现世的控制越牢固，它在来世问题上的权威就越小，正是这种情形后来导致了宗教改革。
弗里德里希二世虽然在教廷的支持下被选中继位，但也付出了承认教皇地位至高无上的代价。除非迫不得已，年轻的皇帝是不愿意信守这些承诺的。这位年轻的西西里人有着日耳曼及诺曼血统，在他成长的社会里，正在形成一种新的文化。穆斯林、拜占廷、日耳曼和意大利的影响在此汇聚，并产生了一种现代文明，这一文明为意大利文艺复兴注入了原动力。由于深受这些传统的影响，弗里德里希才能够赢得东西方同样的推崇。他的观点远远超越了他所处的时代，他的政治改革也颇具现代色彩。同时，他还喜欢独立思考，做事雷厉风行。其强有力的建设性政策使他获得了“人间奇才”的盛名。
英诺森三世和日耳曼前皇帝奥托（败给了弗里德里希）在两年内先后去世。霍诺留斯三世继承了教皇一职，年轻的皇帝很快就和他闹僵了。熟悉阿拉伯文化的弗里德里希不同意进行十字军东征。另外，伦巴底也出现了麻烦，因为日耳曼文化在那里普遍不受欢迎，而教皇却得到了伦巴底各个城市的支持，这就进一步加剧了皇帝与教皇的冲突。1227年，霍诺留斯三世去世，格里高利九世继任后立刻开除了弗里德里希的教籍，理由是后者没有进行十字军东征。然而皇帝并没有对此感到惶恐不安，因为他已经娶了耶路撒冷诺曼王的女儿为妻。1228年，他前往巴勒斯坦。他虽然被逐出了教会，但却在那里通过协商，解决了与穆斯林之间的问题。耶路撒冷的战略价值虽然不大，但基督教徒却对它有着很深的宗教依恋感。于是圣城便按条约的规定交了出来，弗里德里希被加冕为耶路撒冷之王。
按照教皇的想法，这种解决纠纷的方式实在太理性了，但是在成功面前，他又不得不于1230年同皇帝讲和。随后就进入了一改革时期，其间西西里王国有了一套现代管理模式和一部新法典。国内所有关税壁垒的取消刺激了商贸的发展，那不勒斯大学的建立推动了教育的进步。1237年，伦巴底再次出现了敌对情绪，于是弗里德里希又忙于和历任教皇进行持久战，直到1250年去世。斗争的残酷性掩盖了他早期开明时代的光辉。
对异教的清除进行得很投入，尽管并不是完全成功。阿勒比占西斯派（法兰西南部的一个摩尼教派）的确在1209年被十字军全部清除了，但其他的异教运动仍然存在着。1233年创立的宗教裁判所从未彻底消灭过西班牙和葡萄牙的犹太教徒。12世纪后期，瓦勒都教派掀起了一场运动，这预示了宗教的改革。该派在彼得·瓦勒都的率领下，从里昂流亡到了阿尔卑斯山的丕德蒙特河谷，该河谷位于都灵的西面。他们在那里作为新教徒和讲法语的社团一直存在到了今天。从这类事件中，人们也许会认为后世的人已经懂得，采取政治迫害的手段是不可能轻易扼杀思想的，但是历史却似乎表明，这类教训并没有被人吸取。
13世纪的宗教尽管处于极有影响的地位，但也不是高不可及的。即使在纯教会领域，如果现有的教会未能与其创立者的宗旨保持基本一致，那么它的内部就会产生两个修士会。刚开始，它们还起到了一些平衡作用，早期的多米尼克修士会和弗兰西斯修士会都遵循创立者圣·多米尼克（1170～1221）和圣·弗兰西斯（阿西西人，1181～1226）的戒律。这些修士会最初都坚持托钵化缘，但安于清贫的誓约却并没有束缚他们多久。多米尼克和弗兰西斯这两个修士会都以处理宗教裁判所的事务而著称，所幸的是，宗教裁判所从来没有传到英格兰和斯堪的纳维亚。也许曾经有人一度认为，尘世间的暂时苦痛能够拯救灵魂，使其免受永恒的诅咒，因此宗教裁判所施加的酷刑正是为受刑者的未来着想。然而毫无疑问，实用方面的考虑往往也增强了法官们的虚伪。于是英格兰人眼睁睁地看着圣女贞德被酷刑处死，却不敢提出任何反对意见。而多米尼克和弗兰西斯修士会却背离了其创立者的初衷，逐渐致力于追求学问。阿勒贝尔图斯·马革努斯及其学生阿奎那属于多米尼克修士会，而罗吉尔·培根、邓斯·司各脱和奥卡姆·威廉则是弗兰西斯修士会的成员。他们对当时的文化所作的真正有价值的贡献是在哲学方面。
如果说教士们主要是从新柏拉图主义的源泉中找到了自己的哲学灵感，那么13世纪他们则目睹了亚里士多德思想的胜利。托马斯·阿奎那（1225～1274）试图在亚里士多德哲学的基础上建立天主教教义。运用纯粹的哲学方法，究竟能使这一事业取得多大程度的成功，这确实是令人怀疑的。首先，亚里士多德的神学与基督教认可的上帝概念是完全不同的。但毫无疑问，作为教会内部的一种哲学影响，托马斯的亚里士多德主义得到了完整而持久的坚持。托马斯主义成了罗马教会的官方教义，并按原样在教会所有的学校里讲授。除了辩证唯物主义（马克思主义的官方学说），今天已经没有任何其他哲学能够享有如此显赫的地位和强大的后盾了。诚然，托马斯的哲学也并不是在他的时代一下子就达到了这种特权地位的。但随着他的权威日益牢固，哲学的主流再一次走进了世俗道路，并恢复了独立精神，这种精神渗透了整个古代哲学。
托马斯来自离蒙特卡西诺不远的阿奎那村的一个伯爵家庭，并在那里开始了他的探索。他在那不勒斯大学呆了六年之后，于1244年加入了多米尼克修士会，并在科隆的阿勒贝尔图斯·马革努斯门下继续研究，马革努斯是当时一流的多米尼克教士会教师和亚里士多德派学者。在科隆和巴黎住了一段时间之后，托马斯于1259年回到了意大利，并在其后的五年里埋头撰写《异教徒驳议辑要》，这是他最重要的著作。
1266年，他开始写作他的另一部主要著作《神学纲要》。在这期间，他还为亚里士多德的许多作品撰写了评注，他的朋友威廉为他提供了直接来自希腊原著的译本。1269年，他再次动身去了巴黎，并在那里住了三年。当时的巴黎大学对多米尼克教士会的亚里士多德学说怀有敌意，因为后者含有与当地阿威罗伊派的某种联系。关于灵魂的不朽，前面说过，阿威罗伊派的观点更接近于亚里士多德派，而不是基督教义。这对亚里士多德派来说是十分危险的，于是托马斯绞尽脑汁把阿威罗伊的观点逐出了自己的领域。他在这一方向上的努力是十分成功的，这一胜利也为基督教神学拯救了亚里士多德，尽管这意味着托马斯要舍弃自己的部分原文。1272年，托马斯回到了意大利，两年后在前往里昂出席会议的途中去世。
托马斯的哲学体系很快就获得了承认。1309年，它被宣布为多米尼克修士会的官方教义，1323年又被确定为经典。也许托马斯体系的哲学意义并不像其历史影响那么重要，基督教义事先就毫不客气地把结论强加给了这一体系，这一事实损害了它的哲学意义。苏格拉底和柏拉图允许论证不受约束地进行，但是在这里，我们却看不到这种公正和超然了。但在另一方面，伟大的《神学纲要》体系却是脑力劳动的丰碑，对立的观点被阐述得清晰而完整。在对亚里士多德著作的评注中，托马斯表现得仿佛是这位斯塔基拉人聪明的学生。这一点是他所有的前辈，包括他的老师，都不可能做到的。他那个时代的人们称他为“天使博士”。对罗马教会而言，他是一位真正的使者和导师。
早期新柏拉图主义神学家把理性与启示的二元论排斥在了体系之外。而托马斯主义则提出了与之对立的学说。在存在领域，新柏拉图主义有一种二元论，如共相与个别。更确切地说，他们可能有一种表示存在级别的等级，这种等级开始于“太一”，并通过理念下达到个别，即最低的存在级别。而逻各斯就是共相与个别之间鸿沟的桥梁。用更现实的话来说，逻各斯完全是一种可以感知的观点，因为语词虽然具有普遍含义，但也可以用来特指个别事物。除了这种存在二元论，我们还有一种认识一元论，即智力或理性具有一种本质上属于辩证的认识方式。托马斯的立场正好相反。在此，按照亚里士多德的方式，存在只有在个体中才能看到，并由此推导出上帝的存在。在个体被看成原材料的限度上，这一观点是经验主义的，它与试图演绎出个体的理性主义形成了对比。另一方面，托马斯主义者虽然坚持存在一元论，却又发明了一种认识领域的二元论。它假设了两种知识来源。首先，正如前面所说，我们有理性，理性从感知经验中，为我们的思维提供食粮。经院哲学有一个著名的原则，就是如果理性在感知经验里不是第一位的，那么这种理性里就一无所有。此外，启示也是知识的一个独立来源。在理性产生理性知识的地方，启示则赋予人信仰。有些东西看上去完全超出了理性的范围，如果它们还能够被掌握的话，那么就必须借助于启示。宗教教义的一些具体观点，如超出理解范围的信仰条款，就属于这一类。比如上帝“三位一体”的本质，复活以及基督教研究死亡、末日审判、天堂、地狱等的“末世学”。上帝的存在虽然可以通过启示为人所接受，但也可以建立在辩证的理性基础之上。为了达到这一目的，人们做出了种种努力，以求证明这一命题。因此，在宗教准则经得起理性论证的范围内，我们就能与非信仰者进行辩论。至于其他方面，启示则是通向大彻大悟的惟一途径。总之，实际上托马斯主义并没有完全站在同一立足点上来论述这两种认识来源。似乎在能够探询理性知识之前，人们就必须先有信仰，也就是说，人们必须先相信，再推理。因为虽然理性真理都是自主的，但要探求它们，则全靠启示（启示赋予人们信仰）。这种说法还是具有某种危险性的，因为通过启示获得的真理具有很大的随意性。尽管托马斯认为理性与启示之间、哲学与神学之间都没有任何对立，但在事实上，其中一方总是在暗中损害和削弱另一方。在理性能够应付的地方，启示就是多余的，反之亦然。
我们必须记住，神学实际上可分为两类。一是所谓的自然神学，它通过分析造物主、第一推动力之类的话题来论述上帝。这也就是亚里士多德所说的神学，它可以归于形而上学。但作为基督徒，托马斯还提出了教条神学，它所涉及的问题只能通过启示来把握。在这个问题上，托马斯求助于早期的基督教作家们，主要是奥古斯丁。总的看来，他似乎认同奥古斯丁的“感恩祷告”及“灵魂获救”观点，这些问题的确是不能以理性的方式来理解的。教条神学与古代哲学精神自然是完全不相容的，在亚里士多德那里，我们看不到一点这样的因素。
托马斯的形而上学正是因为其神学因素，才在某个重要方面超越了亚里士多德。我们可以回顾一下，亚里士多德的上帝是一位超然的建筑师，他并不认为必须把存在赋予个别事物，有些个别事物本来就存在着，其构成原料也是如此，而另一方面，对托马斯来说，上帝是一切存在的根源，他认为一个有限事物只有存在的可能性，并没有逻辑上的必然性，其存在与否直接或间接取决于某个必然存在物，也就是上帝。在经院哲学的语言里，这是用本质和存在的术语来表达的。某物的本质大体上是指它的一种性质，或者说该物是什么；而存在术语则用来表示某物存在的事实，该物正是借助于它而存在的，从两者都不是独立的这个意义上看，本质和存在这两个术语确实都是抽象的。一个具体事物总是同时兼有本质和存在的。但一些语言事实却使人觉得这里面还有某种差异。当弗雷格对含义和所指对象进行区分时，准确地暗示了这一点。一个词的含义是一回事，是否真的有与之适应的对象则是另一回事。因此有限物就具有可以区分的存在和本质，尽管不是什么可以分割的特征。只有在上帝的本质和存在之间才没有客观上的区别，在这里，关于有限存在的存在依赖性的形而上学理论，产生了《神学纲要》中论证上帝存在的五项证明中的第三项。从日常经验的事实中入手，万物的自生自灭说明它们的存在并不是必要的（单就这一意义而言），于是我们就可以进而论证说，这类事物实际上在某个时刻并不存在。但这样一来，又会出现一个不存在任何事物的时间，那么现在就可能什么也没有，因为有限物是不可能把自己的存在授予自己的。所以必须有一些必然存在的东西，即上帝。
也许有必要对这一论证稍加评注。首先，它理所当然地认为，任何事物的存在都必须得到证明或解释。这是托马斯主义者形而上学的一个基点。如果不坚持这一观点（亚里士多德实际上就没有这样做），那么论证就无法进行下去。但如果为了讨论而事先承认前提，那么论证就会由于这一内在缺陷而失去说服力。从有限物有时并不存在的事实中，我们并不能推导出有一个不存在任何事物的时间。
托马斯借助亚里士多德的潜在性及现实性理论，巩固了本质和存在术语。本质完全是潜在的，而存在则是现实的，因此有限物中总是包含了本质和存在的一种混合物。要存在，就必须参与某种活动，对任何有限物来说，这种活动必须来自别的什么东西。
实际上，关于上帝存在的前两项证明是与亚里士多德派相符的。托马斯的论点是，有一种本身不被推动的推动力和一个没有起因的原因。在任何情况下他都认为，推动力和原因的无限循环是不可接受的。但这简直就等于推翻了论证的前提。以第二项论证为例，假如每个原因本身还有一个更深的原因，那我们就不能同时说，有一个没有起因的原因。这完全是矛盾的。然而应该提到的是，托马斯论述的并不是时间上的因果链，而是一个有关原因序列的问题。这里所说的原因序列是指一个原因取决于另一个原因，这很像悬挂在天花板钩子上的一根由链条组成的链环。天花板就是最初的原因，或者说是没有起因的原因，因为它并不是挂在任何别的东西上的一个链环扣。只要循环不导致矛盾，我们就没有充分的理由来否定循环。大于0而小于且等于1的有理数序列是无限的，它没有初始数字。拿运动来说，循环问题甚至都不必产生。相互围绕旋转的两团有重力的粒子，如太阳和行星，将继续这样无限地运动下去。
关于上帝存在的第四项证明，是从承认有限物的种种完善程度开始的，也就是说，事先设定存在着某种十全十美的事物。第五项论证指出，自然界的非生命体似乎要顾及某个目的，即让世界充满某种秩序。这种观点是说一个外在智力的目的要如此来获得满足，因为非生命体不可能具有自己的目的，该论证被称为目的论证或设计论证。它假设必须对秩序加以解释，这样的假设当然是没有逻辑根据的，因为我们同样也可以说，无序也需要解释，那么论证也就走上了歧途。托马斯否定了圣·安瑟伦的本体论，但奇怪的是，他并不是从逻辑上否定，而是从实用角度否定它。既然被创造的（因此也是有限的）心灵不能理解上帝的本质，那么上帝的存在（隐含于本质）实际上就永远也不可能这样推导出来。
新柏拉图主义的上帝似乎与世界一样广阔而悠久，而托马斯的上帝则是一种处于被创造世界之上的无形的天父，并且具有无限多的、一切肯定性质。这一点是从上帝存在的空洞事实中推出来的，尽管我们否定这一问题的答案。托马斯认为，有限的心灵不能做出肯定的定义。
正是由于托马斯的描述和改编，亚里士多德学说才能主导文艺复兴前的哲学界。但是在文艺复兴时期遭到拒绝的也并不全是亚里士多德和托马斯的教导，更多的只是某些愚昧的形而上学思辨习惯。罗吉尔·培根反对的就是这种形而上学思辨，他强调了经验研究的重要性。培根是一位弗兰西斯派学者，由于他们的影响，中世纪的思维方式开始瓦解。培根与托马斯是同时代人，但他从未反对过神学。在为后来的研究路线奠定基础时，他也无意去破坏教会在宗教事务中的权威。事实上，13世纪后期和14世纪初期的弗兰西斯派思想家也大多如此，不过，他们对信仰与理性问题的态度和观点，却加快了中世纪的崩溃。
前面说过，托马斯主义认为理性与启示可以重叠。弗兰西斯派学者们重新研究了这一问题，并寻求两者之间更准确的定义。通过对智慧领域和信仰领域的明确划分，他们试图让纯粹的神学摆脱对古典哲学的依赖。但同时，哲学也由此割断了它对神学目的的从属关系。随着对哲学思辨的自主追求，科学研究开始了。尤其是弗兰西斯派再次强调了鼓励数学研究的新柏拉图主义的作用。理性探索被严格排除在信仰领域之外，这就要求科学与哲学不要再对信仰条款吹毛求疵。同时，信仰也不得随便宣布教义，它必须让理性的科学和哲学能够坚持己见。和以前相比，这种情形导致了更尖锐的冲突。因为，如果信仰的执行者对某件事发号施令，却又发现事实上这是错的，那么接着他们就得收回成命，否则就要在自己没有资格的领域进行论争。启示要想保持自己的独立性，惟一的办法就是不加入辩证法的论争。用这种方式，人们才能在献身于科学研究的同时，还能坚持对上帝的信仰。托马斯主义者试图证明上帝的存在，但这种论证不仅本身没有取得成功，而且还削弱了他们的神学地位。从宗教信仰的角度看，这意味着理性标准根本不适用，在某种意义上，灵魂可以自由、忠诚地对待它所喜爱的一切。
罗吉尔·培根大约生于1214年，死于1294年，不过这两个年份都不很确切。他在牛津和巴黎求学期间，全面地掌握了所有学问分支的渊博知识，这有点像过去的阿拉伯哲学家。他在反对托马斯主义时是直言不讳的。托马斯在不能直接阅读原著的情况下，竟然只根据译本写出了关于亚里士多德的权威评注，这一点似乎令他很吃惊。译文是不可靠也不可信的，更何况，亚里士多德虽然很重要，但还有同样重要的东西，尤其是托马斯主义者不大懂数学。要获得新知识，我们必须依靠实验，而不是权威。培根并没有批判经院辩证法的演绎法本身，但他坚持认为，仅仅推导结论是不够的，要使人信服，则必须经得起实验的验证。
这种新颖的观点自然会引起正统派的反感。1257年，培根被逐出牛津，并流亡到巴黎。1265年，居·德·福勒克（前教廷驻英格兰使节）当上了教皇，即克莱门特四世。教皇对这位英国学者很感兴趣，就请他写一篇自己的哲学纲要。1268年，培根不顾弗兰西斯派的禁令，提交了这份纲要。他的学说得到了教皇的支持，于是获准返回了牛津。但教皇当年就去世了，这时的培根仍然没有学会圆滑的处世之道。1277年，大规模的定罪讨伐运动发生了，培根和别的许多人都被召去解释自己的观点。不知道是根据哪一条来认定他有罪的，总之他坐了十五年的牢，1292年才获释，两年后他就去世了。
邓斯·司各脱（约1270～1308）对哲学的兴趣更大，我们从他的姓氏可以看出，他是苏格兰人，也是弗兰西斯修士会成员。他是在牛津上的学，23岁时成了牛津的一名教师。后来他到巴黎和科隆执教，最后在科隆去世。邓斯·司各脱更为明确地指出了信仰与理性之间的分离。一方面，理性的范围在逐渐缩小，另一方面，上帝恢复了完全的自由和独立。涉及上帝的神学，不再是一种理性学科，而是一种为启示所激发的有用信仰。正是凭着这种精神，邓斯拒绝接受托马斯主义者关于上帝存在的种种论证，因为他们所依赖的是感知经验。同样，他也拒绝接受奥古斯丁的论证，因为它们在某种程度上要借助于神的启发。既然论证与证明属于哲学，而神学又与哲学互相排斥，因而他就不能接受奥古斯丁的证明。另一方面，他并不反对将一种概念性证明建立在第一个无起因存在的观点之上，这多少有点倾向于阿维森纳。这实际上是安瑟伦本体论的一个变种。然而关于上帝的知识是不可能通过被创造的事物来获得的，因为它们的存在只是偶然的，而且取决于上帝的意志，实际上，万物的存在与本质是一致的。不妨回顾一下，托马斯认为这种同一性有助于对上帝进行定义。知识源于本质，所以它们与上帝心中的理念不同，因为我们不能认识上帝。既然本质与存在相一致，那么使个体得以存在的东西就不可能是物质，而必须是形式，这和托马斯的观点是相对立的。尽管邓斯认为形式是实质性的，但也并不赞同彻底的柏拉图实在论。在个体中就可能存在这各种各样的形式，由于它们只是在形式上有所不同，所以它们是不可能独立存在。
正如上帝的意志产生了至高无上的力量一样，邓斯认为在人的灵魂中，正是人的意志左右着人的智力，是意志的力量给了人们自由，而智力则受其所指对象的限制。我们从这一点就可以得出结论，意志只能把握有限的事物，因为无限物的存在是必然的，因此就取消了自由。自由学说是符合奥古斯丁传统的，它通过弗兰西斯派的学者之手，极大地影响了怀疑主义。假如上帝不受世界永恒法则的约束，那么我们可以相信上帝什么，也就令人怀疑了。
一种更为激进的经验主义出现在奥卡姆·威廉的著作中。奥卡姆是弗兰西斯派学者中最伟大的一位，他大约在1290～1300年之间的某个时候，生于苏黎的奥坎姆。他在牛津求过学，也授过课，后来又去了巴黎。由于他的学说不大合乎正统，1324年，他奉命去阿维农晋见教皇。四年后，他再一次与教皇约翰二十二世发生了争执。唯灵派（弗兰西斯修士会的一个极端教派）坚持清贫的苦行生活，曾引起教皇的不快。教皇在形式上拥有修士会产权的协定已经实行了一段时间，现在却被取消了，于是许多修士会成员公然蔑视教廷的权威。由于奥卡姆、巴都阿的马西哥利欧、西塞纳的米凯尔（修士会会长）站在反叛者一边，因此在1328年被教皇开除了教籍，所幸的是，他们逃离了阿维农，并在慕尼黑路易皇帝的宫廷中受到了保护。
在两股力量的斗争中，教皇扶持了另一位伪皇帝，并开除了路易的教籍。路易针锋相对，也在一次全教会议上以异端的罪名指控了教皇。为了报答皇帝的保护，奥卡姆自愿充当了皇帝咄咄逼人的小册子的撰稿人，对教皇口诛笔伐，猛烈抨击其插手世俗事务的行为。1338年，路易去世，而奥卡姆仍然留在慕尼黑，直到1349年去世。
巴都阿的马西哥利欧（1270～1342）是奥卡姆的朋友和难友。他也同样反对教皇，并且对世俗与宗教势力的组织、职能提出了十分现代的观点。在这两方面，最终的统治权都应当属于大多数人民，全教会议也应通过全民选举形成，只有这样的会议才有权开除人的教籍。全教会议可以独立制定正统标准，但教会不得干预国事。虽然奥卡姆的政治思想并不都是如此极端，但也深受马西哥利欧的影响。
在哲学方面，奥卡姆比其他任何一位弗兰西斯派学者都更接近于经验主义。邓斯·司各脱尽管把上帝请出了理性思维的领域，但仍保留着一定程度的传统形而上学，而奥卡姆则全面地反对形而上学。按照奥卡姆的观点，柏拉图、亚里士多德及其追随者所坚持的一般本体论，是根本不能成立的。实在性隶属于个别、单一的东西，只有它们才可能成为经验的对象，并产生直接而明确的知识。这就是说，亚里士多德苦心经营的形而上学体系是完全多余的，它无法解释存在。我们应该在这个意义上来解释奥卡姆的如下论断：“能简则简，繁复无益。”这句话为另一句更有名的格言提供了基础，即“如非必要，勿增实体”。虽然这句格言不在奥卡姆的著作里，却作为“奥卡姆剃刀”闻名遐迩。当然，这里所说的实体是指传统形而上学中的形式和实质之类的东西。然而那些主要对科学方法感兴趣的后世思想家们，却对这一准则作了完全不同的曲解。当他们解释现象时，“奥卡姆剃刀”成了一种通用的节省原则。如果简单的解释说得过去，就不必寻求复杂的解释。当奥卡姆这样坚持存在属于个体时，他也允许在词语的逻辑领域出现字义的普遍知识。这并非一个直接理解的问题（针对个体），而是一个抽象的问题；另外，它也不保证这样得出的东西就会作为某物存在。因此，奥卡姆是一位地地道道的唯名论者。在严格的亚里士多德派意义上，逻辑必须被视为一种语言工具，它涉及的是术语的含义。在这一点上，奥卡姆发展了11世纪早期唯名论者的观点。事实上，鲍依修斯很早就坚决主张亚里士多德的范畴论是关于词语的。
论述和交谈中使用的概念或术语完全是思想的产物。在没有用词语表达它们之前，它们被称为自然的共相或符号，与此形成对照的是约定俗成的符号。为了避免出现可笑的错误，必须仔细地将事物的陈述和词语的陈述区分开来。当我们谈及事物时，所使用的术语就叫第一概念；如果我们谈到的是词语，所用的术语则被称为第二概念，在论证过程中，保证所有使用的术语具有同一的概念是至关重要的。运用这些定义，就可以这样来表达唯名论者的观点：“共相”这个术语属于第二概念。实在论者认为共相具有第一概念是错误的。托马斯主义不仅赞同奥卡姆拒绝把共相概念看做事物的观点，他们还进一步同意允许共相先于事物而存在，犹如上帝心中的理念。前面说过，这一准则的源头要追溯到阿维森纳。然而，托马斯认为这是一个得到了理性支持的形而上学真理，而奥卡姆则把它看做一个神学命题，因此脱离了理性的领域。在奥卡姆眼里，神学是一个纯粹的信仰问题，上帝的存在是不能用逻辑证明来确立的。他在这一点上比邓斯·司各脱走得更远，他不仅拒绝了托马斯，而且拒绝了安瑟伦。他认为，不能通过感知经验来认识上帝，也不能通过理性手段来确立有关他的任何东西，是否相信上帝及上帝的种种属性，完全取决于我们有没有这种信仰。有关三位一体、灵魂不朽、创世纪之类的全部教义体系同样如此。
于是，奥卡姆在这个意义上被说成了一个怀疑论者，但如果我们认为他是个异教徒，那就错了。通过对理性范围的限定，并使逻辑学摆脱形而上学与神学的约束，奥卡姆为促进科学研究的复兴做了大量工作；同时，信仰领域也向所有喜欢自由的人敞开了大门。因此，奥卡姆学说导致了一场在许多方面回归了新柏拉图传统的怀疑主义运动，也就不奇怪了。这一运动最有名的代表人物是爱克哈特大师（1260～1327），他是多米尼克教派成员，其理论完全不考虑正统的要求。在现有的教会看来，一个神秘主义者的危险性，即使不超过一个自由思想家，也会和后者一样。1329年，艾克哈特的学说被教廷宣布为异端。
中世纪最杰出的思想家也许就是但丁（1265～1321），他是中世纪思想的集大成者。的确，他创作《神曲》的时候，中世纪已经开始解体。那么我们就有了一个经历过全盛期的世界概观。我们可以回顾一下托马斯时代伟大的亚里士多德派复兴以及充斥意大利城邦的派系之争（规勒夫派与基伯林派）。但丁显然曾经读过“天使博士”托马斯·阿奎那的著作，同样，他还熟悉当时普遍的文化活动，通晓当时所知的希腊、罗马的古典文化。《神曲》记述了一次经过地狱、炼狱而升入天堂的旅行，但在旅途中，作者实际上通过隐喻向我们提供了一个中世纪思想的概要。1302年，但丁在故乡佛罗伦萨遭到了放逐。当时的对立派系之间出现了长期的内部纷争，最后黑党规勒夫派终于上了台。而但丁家族却是白党规勒夫派的支持者，他本人也坚持帝国职能观点。大量的这类政治斗争和引发这些事件的近期历史，都在《神曲》中有所表现。在本质上，但丁属于基伯林派，他尊崇皇帝弗里德里希二世。皇帝具有广博的见识和阅历，这正是诗人心目中理想皇帝的范例。
但丁这个名字是西方文学史上少数几个最伟大的名字之一，但这并不是使他声名卓著的惟一头衔。首先，他把通俗的大众语言锤炼成了一种普遍的文字工具，从而第一次确立了一种超越各地方言的标准。在此之前，只有拉丁文曾发挥过这种作用，而现在意大利文则成了文字表达工具。作为一种语言，意大利文至今也没有什么变化。皮却·德拉·维格纳也许是最早用意大利文写诗的人，他是弗里德里希二世的大臣。但丁从许多方言中吸纳了自认为最好的部分，并在自己母语（托斯卡语）的基础上创立了现代意大利的文学语言。大约在同一时期，通俗语言也在法兰西、日耳曼和英格兰发展起来。乔叟生活的年代就在但丁之后不久。然而用拉丁文来进行学术研究的习惯仍然保持了很长的时间。首次用母语写作的哲学家是笛卡尔，不过那时也只是偶尔为之。拉丁文逐渐走向了衰落，直到19世纪初，它作为表达思想的工具，才彻底为那些学问家所抛弃。从17世纪到20世纪，法语充当了这种普遍交流的工具，而今天，则是英语正在取代法语。
在政治观念方面，当帝国原有的影响快要丧失殆尽之际，但丁仍是帝国强权的斗士。法兰西和英格兰的民族国家在一天天发展壮大，而世界帝国的观念却不怎么受人欢迎。与但丁的中世纪观念相一致的是，这种政治重心的变化并没有引起他的特别关注。假如他能够看到这种变化的话，那么意大利就完全有可能提早发展为一个现代化的国家，但这并不是说，一个复杂的帝国的古老传统并没有多少可以支持这种发展的内容，只是时机还没有成熟罢了。这一结果使得但丁的政治理论在实际政治领域中始终没有发挥多大的作用。
对我们来说，《神曲》中那些关于古人地位的古怪问题似乎是无关紧要的。我们当然不能仅仅因为他们不信基督教，就认为昔日伟大的古典哲学家们应该受到永远的诅咒，特别是“智慧大师”亚里士多德肯定是值得我们颂扬的；更何况，由于没有受洗，这些思想家当然就不能算基督教徒。于是但丁想出了一个折中的办法。作为非基督徒，古代哲学家们应该下地狱，我们也的确在地狱的章节中发现了他们，不过但丁在地狱中给他们留了一个特殊的角落——凶险环境中的一块天堂飞地。当时教条的约束力是如此的强大，以至于让人觉得如何安置过去那些非基督教的伟大思想家都成了问题。
尽管中世纪的生活存在着恐怖与迷信，但大体上还是有序的。一个人的身份地位取决于其出身，并且要效忠于他的封建领主。政治体制有着恰当的划分，等级十分森严。马西哥利欧和奥卡姆批判了政治理论领域的这一传统。宗教势力曾经是压制人们的恐怖行径的主犯，但是，当人们一旦觉得宗教教义可有可无时，它的影响就开始减弱了。这不会是奥卡姆的意愿，但肯定是奥卡姆学说逐渐对改革派产生作用的结果。马丁·路德认为奥卡姆是经院派最重要的学者。不过但丁的著作没有预示些动荡和变革，他反对教皇并不是出于任何背叛正统的目的，而是认为教会干预了本应属于皇帝权限的事务。然而，在但丁的时代，一位日耳曼皇帝已经不可能在意大利维持其权威了，尽管那时的教廷势力已大为减弱。1309年，教廷移到了阿维农，从此，教皇实际上成了法兰西国王的一件工具，教皇与皇帝之间的斗争也由此成了法兰西与日耳曼的斗争，英格兰站在帝国一边。1308年，当卢森堡的亨利七世成为皇帝时，帝国看起来似乎有可能再次恢复元气，但丁也欣喜地把他当成了救世主。然而亨利的成功并不彻底，而且十分短暂。尽管他突然袭击了意大利，并于1312年在罗马加冕称王，但在征讨那不勒斯和佛罗伦萨时，却未能坚持到底。亨利于次年去世，1321年，但丁在流亡拉文纳时去世。
随着各种通俗语言的兴起，教会在科学与哲学的智力活动中丧失了部分控制权。与此同时，世俗文学得到了很大的发展（起于意大利，并逐渐向北蔓延）。探索范围的扩大，加上某种程度的怀疑主义（源于信仰与理性之间的鸿沟），使得人们不再关注非现世的事物，而是学会了尽力改善（或者多少改变一下）自己的命运。所有这些趋向都始于14世纪上半叶。但丁未能预见到这些情况，他基本上还在缅怀弗里德里希二世的时代。从总体上看，中世纪世界是中央集权的，文艺复兴的种种新生力量试图摧毁中世纪社会牢固的结构。然而在我们这个时代，由于各种不同的原因，似乎还有可能再次出现统治世界的思想。
到14世纪，教廷势力在迅速衰落。尽管在与皇帝的斗争中，教廷证明了自己的强大，然而要想动辄以威胁开除教籍来控制基督徒，已经不再那么容易了。人们开始敢于独立思考关于上帝的问题，教廷已经在道德和宗教方面失去了对思想家及学者的约束力，而国王和民众也同样对教皇的使者征敛巨额钱财十分不满。所有这些因素正在开始形成，尽管在世纪之交尚未发展成公开的冲突。是的，教皇鲍尼法斯八世在“一致神圣”的训令中强调了教廷的至高无上，他的强硬甚至超过了英诺森三世。他宣布1300年为大赦年，所有前往罗马朝圣的教徒都将予以大赦。这不仅可以突出教皇的宗教权威，而且也是聚敛钱财的好机会，同时也能使罗马人富起来，因为他们的生计与为朝圣者提供临时服务紧密相关。大赦年办得如此成功，以至于后来改为50年一次，继而又改为25年一次，以取代原定的100年一次。
无论表面上看来是多么的至高无上，鲍尼法斯八世的权力基础还是脆弱的。作为人，他对金钱的热爱超过了做教会之王；即便是在信仰问题上，他也不能算正统派的榜样。他在任职期间，不是和法兰西主教们，就是和法兰西国王腓力普四世发生冲突。在这场争执中，法兰西国王成了胜利者。1305年当选的下一任教皇是克莱门特五世，他是法兰西人，于1309年在阿维农上任。在他的任期内，在他的纵容和默许下，腓力普四世镇压了圣殿骑士团。这种掠夺性的做法靠的是莫须有的异端罪名。
一般说来，从此以后教廷的争端往往是损害了自身的权威。约翰二十二世与弗兰西斯派的分歧招致了奥卡姆的批驳。由于教皇在阿维农而不是罗马，因此在克拉·第·李恩济的领导下，罗马出现了短暂的分裂。起初，李恩济这位罗马公民只是反对腐败贵族，最后公然蔑视起教皇和皇帝来，并声称罗马应该像过去一样成为宗主国。1352年，李恩济被教皇克莱门特六世抓获，直到两年后教皇去世，他才被释放。虽然他又重新在罗马掌了权，但几个月之后却被暴民杀害了。
由于流亡法兰西，教廷的威望大打折扣。为了弥补这一损失，格里高利十一世于1377年回到了罗马，但他第二年就去世了。继任者乌尔班六世（意大利人）又和法兰西大主教们发生了争执。大主教们选举日内瓦的罗伯特（法兰西人）为他们的教皇，称之为克莱门特七世，并重新住在阿维农。由此产生的宗教分裂一直持续到了康斯坦斯全教会议。法兰西人拥护他们的阿维农教皇，而帝国只承认在罗马的教皇。由于两个教皇都任命了各自的大主教，而这些主教们又都选举了教皇的接班人，因此裂痕便到了无法弥合的地步。为了打破这一僵局，1409年在比萨召开的全教会议决定废黜两位现有的教皇，并在会上选出了一位新教皇。但是被废黜的教皇都不肯退位，于是就有了三位教皇，而不是过去的两位。1414年召开的康斯坦斯全教会议终于恢复了某些秩序。新当选的教皇被废黜，罗马的教皇被劝退，阿维农的教皇则由于缺乏在法兰西得势的英格兰人的支持，最终解体。1417年，全教会议任命马丁五世为教皇，这才算结束了宗教大分裂。然而教会自身的内部改革并不成功，教皇通过反对会议运动，进一步削弱了教廷原本可以赢得的威信。
在英格兰，约翰·威克利夫（约1320～1384）进一步开展了对罗马的抵制。威克利夫是约克郡人，也是牛津的学者和教师。值得一提的是，英格兰和欧洲大陆相比，长期以来就不大顺从于罗马。征服者威廉早就有规定，在他的疆域内，未经国王同意不得任命主教。威克利夫是一位世俗的教士，他的纯哲学著作不如弗兰西斯派的重要。他放弃了奥卡姆的唯名论，倾向于更接近柏拉图的某种形式的实在论。奥卡姆赋予了上帝绝对的自由和权力，而威克利夫则认为上帝的律法是必需的，而且这种约束对上帝本身也有效。世界不可能超越它存在的样子，这个观点明显受到了新柏拉图学说的启示，并于17世纪在斯宾诺莎的哲学中再次出现。威克利夫晚年渐渐开始反对教会，首先是因为教皇和主教们沉醉于奢靡的世俗生活之中，而广大信众却十分贫困。1376年，他在牛津的一次演说中提出了一种世俗统治的新观点，即只有正直、正义的人才有权获得财产和权威。教士们迄今为止都未能经受住这种考验，这就意味着他们放弃了财产，财产问题应当由国家来决定。无论如何，财产都是弊端的根源：如果基督及其门徒原本一无所有，那么今天的教士们也不应该拥有任何财产。有财产的教士们自然不喜欢这样的观点，但正准备停止向教皇进贡的英国政府却很支持。教皇格里高利十一世发现威克利夫与巴都阿的马西哥利欧有着同样的异端见解，于是就下令审判他，但审判却为伦敦市民们所否定。另外，牛津大学也坚持自己有服从国王的学术自由，而否定了教皇将其教师送上法庭的权力。
宗教大分裂之后，威克利夫甚至声称教皇是反基督分子。他和一些朋友一起出版了《圣经》的英译本，并建立了一个清贫教士的世俗修士会，会员都是为穷人服务的巡回传教士。最后，他还谴责了“化体论”观点，后来的宗教改革领袖们也痛斥了这一观点。威克利夫在1381年的农民起义中采取了中立，尽管他以前曾是起义的同情者。1384年，他在路特渥尔兹去世。他生前逃脱了迫害，死后却被康斯坦斯全教会议鞭尸泄愤，他的英格兰追随者（罗拉德派）也遭到了无情地消灭。而在波希米亚，威克利夫的学说却启发了胡斯运动，该运动一直持续到宗教改革。
如果我们问自己，希腊思想和中世纪思想的主要区别是什么？那我们就完全可以说，希腊思想中缺乏原罪意识。希腊人似乎并不为遗传下来的个人罪孽负担感到苦恼。也许他们的确注意到了现世生活是朝不保夕的，随时可能因为神灵的心血来潮而毁灭。但他们绝不会认为这是对过去罪孽的一种正义的报应。由此可见，希腊人心灵里没有赎罪或灵魂获救这种观念。因此，总体上看，希腊人的伦理思想完全不是形而上学的。在希腊化时代，尤其是随着斯多葛主义的兴起，某种忍受苦难的特性悄然潜入了伦理学，后来又传给了早期的基督教各派。然而说到底，希腊哲学并没有遭遇过神学问题，因而始终是彻底世俗的。
当西方世界为基督教所控制的时候，伦理问题的形势便发生了剧烈的变化。对基督教徒而言，今生是在为更好的来世作准备，一个人的各种苦难是其必须经历的考验，是为了消除其原罪负担。但是，从字面上理解，这似乎是超人才能完成的任务。为了成功地经受住考验，人需要神的帮助，而神则可能愿意，也可能不愿意提供帮助。在希腊人眼里，德行是对自己的奖赏，而基督徒则认为行善是因为上帝有此要求。虽然仅靠遵循严格的德行原则并不能确保灵魂获救，但无论如何这也是一个先决条件，其中的一些信条当然要深信不疑，这正是神的帮助首先介入的地方。由于人必须通过对神的皈依来获得信仰，因而就得尊重信仰的各种条款。那些连第一步都做不到的人就只能无可救药地被诅咒了。
正是上述背景使得哲学逐渐具有了某种宗教功能。虽说信仰超越理性，但信仰者还是可以尽量利用理性来展示其信仰，从而增强自己抵制疑惑的意志，于是，哲学在中世纪就成了神学的婢女。只要这种观点还盛行，基督教哲学家也就必然是教会成员。迄今为止，所有的世俗学问都是教士们和某些大修士会成员所开办的学校（或后来的大学）保留下来的。这些思想家所使用的有效哲学手段可以追溯到柏拉图和亚里士多德，尤其是亚里士多德派还在13世纪占据了主导地位。不难理解为什么亚里士多德比柏拉图更容易被基督教神学采纳。用经院派语言来说，我们可以这样来解释这一点：在对事物的处理上，实在论者的理论没有给神权留下丝毫发挥关键作用的余地，而唯名论却在这方面提供了更广阔的空间。尽管犹太教与基督教的上帝并不等于亚里士多德的神灵，但无论如何，亚里士多德学说也确实比柏拉图学说更适合基督教方案。柏拉图的学说很容易激发出泛神论观点，正如我们下文将介绍的那样，斯宾诺莎就是一个例子，尽管他的泛神论特征完全是逻辑性的。只要承认理性在一定程度上支持信仰，那么哲学与神学之间的这种融洽就会持续下去。自从14世纪的弗兰西斯派学者否定了这种可能性，并坚持认为理性与信仰互不相干后，中世纪观念就逐渐从舞台上消失了，神学领域不再继续使用哲学。奥卡姆使信仰彻底摆脱了与理性探索的联系，从而使哲学回到了现世主义的老路上去。16世纪以后，教会就不再在哲学领域占主导地位了。
这次宗教大分裂，还使人们能够把自己的理性活动与宗教活动严格区分开来。如果认为这是一种虚伪，那就完全错了。无论过去、现在还是将来，总有很多人不愿让自己的实际信仰干预宗教信仰。相反，可以十分肯定地说，只有通过这种方式，宗教才能保持独立性，使自己免遭怀疑的袭击，因为只要神学进入了辩证法领域，就必须遵循理性讨论的规则。
而当人们必须相信某个不符合经验探索结果的命题时，又会走进另一个无法摆脱的困境。拿地球的年龄来说，《旧约》的估计是5750年左右，这是正统派必须相信的数字；而另一方面，地质学家们却拿出了种种证据，认为地球的年龄在40亿年以上。这样一来，其中的一个信念就必须加以纠正，除非具有宗教思想的探索者打算在星期日坚持一个观点，而在其余几天则坚持另一个观点。这里的重要意义在于，在宗教原则与探索结果出现冲突的地方，宗教总是处于防守地位，并且不得不改变其立场，因为从本质上看，信仰绝不应该和理性发生冲突，既然这样的冲突在理性辩证法的领域之内，那么宗教就总是不得不败下阵来。但是在这种情况下退却之后的宗教，却能够维持自己独特而独立的地位。
经院派哲学家们在试图尽量合理地解释宗教教义时，常常显示出他们过人的独创性和巧妙思维，这些实践的长远影响锤炼了后来中世纪思想家们所继承的语言工具。这或许就是经院派所完成的最有价值的工作。它的缺陷在于对经验探索不够重视，这个缺陷一直到了弗兰西斯派学者那里，才引起了重视。在一个关注上帝和来世甚于今生的时代，如此轻视经验探索的结果，也是很自然的。文艺复兴思想家们再次强调了以人为中心，在这个思潮中，人的活动应该以其自身价值而受到重视，由此，科学探索的步伐也开始以惊人的速度向前迈进。
在近三、四百年里，一种重视活动的伦理观不仅改变了西方世界，而且也改变了世界其他地方。由于世界已经为西方的技术所征服，所以其伦理观也随之在一定程度上产生了新的影响。