北衰南興
清流之盡，北派之衰，但此時翁同龢並無派系觀念，只是客觀上，自然而然造成了南派代之而興的形勢。至翁同龢之被推為南派領袖，則以門弟子的推戴，順理成章而致，決非強求。
翁同龢曾五典鄉試，兩典會試。五典鄉試，頗有其人，但翁同龢於光緒十一年乙酉，十四年戊子，十九年癸巳，俱為順天鄉試考官，北闈集各省「官卷」，非他闈可比，而翁同龢又確能選拔真才，清末論門下之盛，實無逾於翁。
翁同龢兩典會試，皆在辰年，第一次為光緒庚辰，「四總裁」雖以戶尚景廉為首，但由翁同龢主持全局，門生中頗多名士，如山東福山王懿榮，甘肅秦安安維峻，浙江紹興李慈銘、嘉興沈曾植，廣東番禺梁鼎芬，廣西賀縣文廷式，福建侯官郭曾圻，滿洲志銳，蘇州王頌蔚等皆是。
其中最令人矚目的，自然是李慈銘。「越縵堂日記」四月十三日記云：
晨敦夫出闈，知余卷在林編修紹年房，初不知所謂，以問其鄉人陳編修琇瑩，陳君力贊之，猶不信，更質之錢辛伯，辛伯謂通場無此卷也。始請陳君代擬評語。呈荐於翁尚書，尚書大喜，二十五、六日即以次、三藝發刻。本中高魁，後以景尚書取本房一卷作元，乃置第十九名；既翁尚書欲以余卷束榜，始置一百名，而仍刻入闈墨，意別有在也。王益吾在闈中，見余首場及三場，即決為余作，辛伯亦以為然。
「敦夫」為鮑臨之字，是科房官，是李慈銘的小同鄉，為之備言闈中情況。林紹年、陳琇瑩、錢辛伯（桂森）、王益吾（先謙），亦皆房官。林紹年「房運」最佳，狀元黃思永、傳臚戴彬元、會元吳樹棻皆出其房。李慈銘頗輕房師，而於翁同龢的知己之感，溢於言表。
翁同龢得李慈銘作門生，自是得意之事，但對李不以門生看待，禮遇甚至，日記中有時稱為「蒓客先生」，至於平日之周濟，更視為當然。越縵堂光緒十年十二月二十六日記云：
得翁師書，饋歲。余前送節敬，師既不收，而一再饋金，拳拳不已，深可感也。
李慈銘科名雖晚，且未入翰林，但京朝清議，頗見力量。翁同龢雖未必有藉李以添聲價之心，而無形中得其頌揚之力，則為事實。
光緒十一年順天鄉試，潘祖蔭任正主考；北闈副主考向例三人，翁同龢居首，其次為左都御史奎潤、禮部侍郎童華，闈中仍以翁同龢作主時多。這一科的解元為劉若曾，直隸鹽山人，第二名為張謇。北闈解元必應為直隸籍，江南籍雖場作至佳，亦只能居次，故稱為南元。
張謇是翁同龢最看重的一個門生，但科名不利，同治七年十六歲入學後，五赴秋闈皆落第，至乙酉成南元時，已三十三歲。春聞又四試遭黜落，而名動公卿，主會試者皆欲得此人為門生，可是陰錯陽差，每生變故，光緒十八年壬辰會試，翁同龢以戶部尚書，居四總裁之首，入闈之初，即囑房官，細心閱卷，不可誤黜張謇，結果還是不中。張謇之子張孝若輯其父年譜有記：
翁公先得到袁公爽秋所荐的施啟宇的卷子，袁公說：「像是有點像，但是不一定拿得穩。」等到看見內中有「聲氣潛通於宮掖」的句子，更游移起來。後來四川人施某荐劉可毅的卷子，翁公起初也很懷疑，但是既不能確定我父的卷子是那一本，所以施某竭力說：「這確是張季直的卷子。」翁公也有點相信起來，而且看到策問第四篇中間，有「歷箕子之封」的句子，更證實了是到過高麗的人的口氣，就立刻問袁公，袁公覺得文氣跳蕩，恐怕有點不對。填榜的前頭，沈公子封要求看一看卷子，等到看到內中的制藝，及詩秦字韻，就竭力說：「決定不是。」但到了這時候已經來不及了。一到拆封的時候，在紅號內，方才曉得是常州劉可毅的卷子。
袁爽秋即庚子「三忠」之一的袁昶；沈子封名曾桐，為曾植胞弟，亦是翁同龢的門生，此闈皆充房官。
劉可毅字葆真，額有惡紋，每恐不得善終。此科中會元後，琉璃廠賣「紅錄」誤書其名為「劉可殺」，心益厭惡。入翰林後，自念詞臣無罹大辟之理，除非科場案興大獄，因而決心不當考官。但窮翰林舉「京債」，全恃放了考官來完債，倘或不參加考差，連舉債都難；所以每次考差雖照常赴試，卻是草草完卷，聊以敷衍債主。拳匪之亂，倉皇南歸，途次殉難，「可殺」竟成語讖。
光緒二十年甲午，慈禧太后六旬萬壽，詔開恩科，張謇終於大魁天下。殿試讀卷官八員，張之萬、麟書、翁同龢、李鴻藻、薛允升、志銳、汪鳴鑾、唐景崇。其時正翁同龢大紅大紫之時，故其門生志銳、汪鳴鑾，皆派為讀卷官，此科之鼎甲，必為翁同龢所操縱，是可想而知的。翁同龢四月二十三日記：
晨訪高陽，卯初二刻入殿。轉三桌畢，將本桌圈尖點次序先整理一過，遂定前十卷。蘭翁、柳門、伯愚皆以余處一卷為最，惟南皮不謂然。已而仍定余處第一、麟（書）二、張（之萬）三、志（銳）四、李（鴻藻）五、薛（允升）六、唐（景崇）七、汪（鳴鑾）八、麟九、唐十。
柳門即汪鳴鑾，伯愚即志銳，而「晨訪高陽」即李蘭蓀（鴻藻），當然也就是為了「定余處第一」。翁同龢二十四日又記：
晴。寅正八人集景運門外，朝房起下，回到南書房。卯正，上御乾清宮西暖閣，臣等捧卷入，上諦視第一名，問誰所取？張（之萬）公以臣對。麟公以次拆封，一一奏名訖；又奏數語，臣以張謇江南名士，且孝也。上甚喜。退至南齋，寫名單，一面遞上，一面持名單出乾清門宣呼，良久始齊，遂帶引見訖，後至南齋，以硃筆標十本，柳門書之。
南通狀元
翁同龢之刻意欲使張謇掄元，其心境亦如李鴻章之以愛女配張蔭桓，皆有五祖「午夜傳衣」之意。不久，張謇以父憂而去，時為九月十七，正李鴻章以「未能迅赴戎機，日久無功」，命拔去三眼花翎，褫去黃馬褂，交部嚴加議處之日。
殿試的考官──讀卷官對前十名，尤其是三鼎甲的關係極大，因為會試取中，稱為「貢士」，已是兩榜出身，殿試不過區分二甲「賜進士出身」，還是三甲「賜同進士出身」，關係不大，但三鼎甲，特別是大魁天下的狀元，升降得失，所關不細。殿試讀卷，也就是閱卷的程序及制度是：
一、聽宣：四月二十一日殿試；前一日清晨宣派讀卷官，例定八員；由二品以上進士出身的大員中簡派。旨下立即入宮。
二、擬題：讀卷官八員在文華殿的配殿集中後，由領頭的讀卷官主持，擬策問標目八條，隨即進呈，硃筆圈定四條。標目向用四字，如「痛革官弊」、「西北邊防」之類，自光緒十六年起，由翁同龢的建議，改為兩字，以期更為明確。
標目圈定發下後，推好手擬策問題，以資格較淺者書題，密封進呈。發下時亦仍密封，隨即攜同原件赴內閣大堂，此時監試的御史亦已齊集，讀卷官在御史關防之下，啟密封策題，推定善書法的讀卷官，屏入書寫題紙。傍晚，刻字匠齊集，由護軍領入大堂後，隨即封前後門，將題紙發刻，刻成校對無誤，方始印刷，數目有限制，大致較殿試人數多數張而已。
三、發題：題紙刷就，方始開內閣大堂門，讀卷官朝服捧題，入中左門至保和殿，其時約為寅卯之間。監試王大臣到後，卯初點名，士子畢集，為首的讀卷官請出題紙，交與禮部堂官，跪接置於殿中案上，行三跪九叩大禮，讀卷官與士子亦復如此，行禮時有鴻臚寺官鳴贊，儀節頗為鄭重。
四、讀卷：讀卷官於四月二十日夜，通宵工作；二十一日殿試之日，則蕭閒無事，在文華殿配殿休息。二十二日寅時即起，卯初入文華殿，各就一桌。收掌官分卷，每人大致四十卷左右。
評定試卷高下，共分五等，其符號為「○」、「△」、「、」、「─」、「×」；稱為之「圈、尖、點、直、叉」。卷後即讀卷官姓氏，各人於本人名下加符號。閱畢所分得之卷，即置原處，至另一桌再閱，名為「轉桌」；轉畢八桌，即是閱畢全部試卷。
一本卷子如果有八個圈，當然是狀元，事實上這種情況，極其罕見；因此鼎甲往往經由協商而產生。在傳統上，如果「分數」相同，如同為六圈、一尖、一點，則讀卷官地位較高者所取中的一卷掄元，或由居首的讀卷官評定。當然這也是有例外的；翁同龢對此最重視，每每據理力爭，且亦常能爭得。
五、欽定：殿試卷前十本，例須進呈，欽定後發下，第一、二、三本為三鼎甲；第四本傳臚，以下即為二甲第二名至第七名。發下時，名次並不一定照讀卷官原來的建議，且亦不一定由於寫作好壞，如乾隆二十六年辛巳恩科狀元本為趙翼，因西北軍事結束，為示偃武修文起見，將原列第三的陝西韓城王杰一卷與趙卷互易。光緒二十一年乙未正科狀元本為王龍文，發下後第三改第一，第十改第二，王龍文由狀元被抑為榜眼，復抑為探花；中狀元的四川駱成驤，因策論中有「君憂臣辱、君辱臣死」語，時當甲午新敗之後，故為德宗激黨，拔置第一。
進士系內的考試，除會試及殿試外，在會試以前有舉人覆試，考時文一篇、五言八韻詩一首，取在一二三等者准予會試；四等罰停科；不列等者黜革。會試以後，又有貢士覆試，規制與舉人覆試同，取在四等者，不准殿試。殿試以後有朝考，考論、奏疏、詩各一。此為任用考試，點翰林，還是用為部員，或外放為知縣，均在朝考中決定。
這些考試的閱卷大臣，在理論上與新進士亦構成師生關係。光緒十六年庚寅恩科，翁同龢於貢士覆試、殿試、朝考皆奉派閱卷，得門生一人，郎江西萍鄉文廷式。其日記云：
四月十七日：派閱貢士覆試卷，至六部公所少坐，天明入，諸公陸續來，與徐公分卷。最後至者嵩犢山，至時已閱及半矣。余所分無好卷，見犢山處一本則挺拔有偉氣，辰正三畢，徐公歸，余與伯寅、柳門力贊以犢山所取本為壓卷，遂定。
此本即文廷式所作，取中一等第一名。貢士覆試卷與其他試卷不同，印紅線橫直格，每頁十二行，每行二十字，紙薄易寫。交卷後彌封而不謄錄，與殿試同，故僅憑字跡，即可知為何人之卷。文廷式與梁鼎芬、于式枚為同學至交；光緒六年同赴會試，梁、于成為翁同龢的門生，而文廷式落第，至是亦歸翁門下。
不過翁同龢聯絡潘祖蔭、汪鳴鑾力薦文廷式，別有一原因：牽涉及於宮闈。
閭面
原來文廷式曾為禮部侍郎長敘家的西席；珍妃未選入宮前，曾從文廷式讀書。珍妃入宮有寵，言於德宗，轉諭翁同龢，必使文廷式居鼎甲。而翁同龢自知其短，更深知他的「門生天子」之短在德有餘，力不足，須得一英偉挺拔、特立獨行而忠愛之士，為之振作乾綱，而文廷式恰是其人，因而不論從那個觀點看，翁同龢都須出死力助文廷式出人頭地。
貢士覆試，文廷式取為一等第一名，此是翁同龢所設計的先聲奪人法。覆試的貢士，即為殿試的貢士，是則覆試既為第一，殿試當然可以掄元，先已在朝士之間，製造了一個新科狀元可能是文廷式，即不然亦當居鼎甲的印象。至於正途出身的一二品大員，如奉派為讀卷官，誰不願收一個門生是狀元？因此遇到文廷式的卷子，自然就會加圈；而翁同龢不必從中操縱，自然而然地會促使文廷式成為得「八圈」的狀元。
那知如意算盤打得雖好，文廷式自己出了一個不在估計之中的錯誤，在策論中將「閭閻」寫成「閭面」。科場條例對於程式及功令，看得很重。照文廷式的情形來說，即不列為四等，亦必入三等，不獨鼎甲無望，連被點為庶吉士入翰林院，亦不可能。
錯誤的由來是，文廷式先將「閭閻」誤成「閭閭」，殿試卷子稱為「大卷子」用白宣紙七層裱成，以便挖補，但頗費事，且須相當的技術，文廷式為求省事，將第二個「閭」字的上半部，稍稍刮薄，增添筆畫，成了個「面」字。翁同龢既要迴護文廷式，就不得不為之強辯，硬說「閭面」有典，但不記其出處，只記得是與「簷牙」作對。其時的讀卷官為協助大學士戶部尚書宗室福錕、協辦大學士吏部尚書徐桐、吏部尚書麟書、戶部尚書翁同龢、理藩院尚書嵩申、禮部左侍郎徐郙、右侍郎廖壽恆、工部侍郎汪鳴鑾。福錕、徐桐等人素來交好，而且腹笥甚儉，不便駁，亦不能駁翁同龢的說法；徐、廖、汪三人，後輩南士，素為翁同龢的羽翼，當然更無話說。翁同龢四月廿六日記云：
卯初上殿，次第轉四桌畢，諸公亦各轉桌畢，時午初矣。倦臥半刻，未飯。午正集殿上議前十本，各持一、二本交徐相國品定，余卷居第一。余等復加評次，頗有所易，遂定，頃刻間升沉增異，豈非命耶？
這段記載，翁同龢晚年有所刪改，但文字隱晦，卻仍保留著真相，可為傳述的是：
一、徐桐以假道學起家，並無實學，頗得翁同龢的照應，始能維持其翰林前輩的架子。其長子承煜字枬士，更常由翁同龢派為修陵工等優差。徐氏父子皆極勢利，而翁同龢自德宗親政後，真有片言可以迴天之力，而況文廷式為德宗親託關節，故翁同龢必早與徐桐言明，取得充分合作。所謂「各持一、二本交徐相國品定」，此非故事，而其中自有許多文章。又所謂「徐相竟無前十本之本」，率直言之，實為徐桐出賣門生，因向例讀卷官居首者，倘其所閱佳卷，與他卷條件相同者，例可掄元。至於前十本由讀卷八大臣平均分配，更為天經地義之事；徐桐所取卷竟在前十本中亦不爭一席之地，顯而易見地，是拿他應得的一個名次，助翁同龢完成了「交易」，亦即以此名次，補償受屈之讀卷官。而翁同龢贊之為「可謂公道，一破俗例」。
二、文廷式之卷，本已定為第一，乃因「閭面」之故，翁同龢不得不定之為第二，因狀元與榜眼一名之差，關係甚大，如元卷而有不典之「閭面」，天下不服，勢將引起絕大風波。「頃刻間升沉增異，豈非命耶」！惋惜文廷式一字自誤，溢於言表。
三、「晚邀諸公飯」，「燈下寫扇七柄」，自是分送七同事，凡此皆為翁同龢之還人情。
四、覆命時，翁同龢奏言：「吳魯本好，第四一卷寫不佳而策翔實。」上一句表示真才難屈；下一句則為蕭大猷進言，因為第四本應在鼎甲之內，由於擠入一文廷式而降為二甲。
翁同龢為文廷式綢繆甚至，不意傳臚次日發生一極不愉快之事。翁同龢四月廿六日記：
已初詣禮部恩榮宴，朝衣敬竣。直至午初二刻，福相始來，可入宴矣，而鼎甲不願行叩拜禮，文廷式力言古者拜非稽首，引說文字義與禮部司員辯。兩協揆皆怒，往後久之。迨余等出，鼎甲三揖，余答一揖，觀者愕然，退易衣歸。徐相欲傳三人至翰林院申斥之，其實何足道？
禮部制定的禮儀，有「策士儀」乃行於殿廷者，鼎甲見讀卷官，準用「國學生見國子師儀」，而赴「恩榮宴」亦可謂之「燕見」，有「揖」有「拜」，若拜非稽首，則何所區別？文廷式顯然是不願行此大禮，而故意找藉口，在他的用意，可能是要表明不領成全「閭面」的情。名士往往有此不情之舉，何況又有「拗相公」之「拗」的傳統。
文廷式此一驚世駭俗的舉動，實在是不智的，因為「閭面」的內幕，反因此而喧騰人口。翁同龢五月初八日記：「外間以文廷式得鼎甲，頗有物論。」至七月間，終於有江南道御史劉綸襄提出彈劾。光緒十六年七月初六上諭：
御史劉綸襄奏，「殿廷考試請嚴除積弊」一摺，廷試為掄才大典，閱卷大臣宜如何秉公校閱，期於無濫無遺，若如所奏，近來殿廷考試，流弊漸多，頗滋物議，亟應嚴行整頓，嗣後派出之閱卷大臣等，務當悉心詳閱，遇有詩賦失音、出韻及引用舛錯、點畫遺落者，一律簽出，不准擬取前列。其分閱未入己手之卷，並不准檢尋移置，致滋弊端。如有校閱草率，應簽不簽者，經朕看出，定當予以懲處。
至呈遞詩片，與科場暗通關節者無異，倘有此等情弊，一經發覺，定行分別嚴懲。讀卷閱卷大臣，均係朝廷特簡，諒不敢有心欺罔，該御史所請欽派王公監試之處，著毋庸議。
其所稱本科殿試一甲二名進士文廷式策內「閭面」，讀卷大臣並未簽出，著派崑岡調取原卷查明，據實覆奏。
原摺並未發抄，但僅據上諭內所引用者而論，已可推想原奏所陳弊端，皆信而有徵。所謂「欽派王公監試」之「監試」，內中大有文章。殿試本有欽派王公監試搜檢的制度，何待劉綸襄奏請？原奏之所謂「監試」，實為「監」督讀卷大臣閱看「試」卷，以防止「分閱未入己手之卷」，「檢尋移置」。至所謂「呈遞詩片，與科場暗通關節無異」，則以殿試糊名而不謄錄，預先向可能派充讀卷的大臣「呈遞詩片」，實為呈遞「字樣」，以便識字跡而知其人，此所以翁同龢主持會試時，大索張謇之卷卻仍誤中劉可毅，而殿試讀卷時，張卷一檢即得。