上清章第一
上清紫霞虚皇前，太上大道玉晨君。
吕祖注曰：夫教主上清居于三十三天之表，紫极巍煌，云霞焕彩，虚皇乃虚无之混沌一炁而合之宝座，教天地未发之渊源，开古今未明之大道。玉阙全班同参宝筏，大道由此而生化也。遂相与稽首虚皇，听太上之指示，以人为心之要，天地浑合之机，从今一言教出矣。
闲居蕊珠作七言，散化五形变万神。
圣人以济人为公，岂曰一言一事可指透哉？每见太上道德真诠传世久矣，而体者稀持者少也，故于闲居蕊珠宫内，以一化十，以百化千，积成七言圣教，以望明士者通传慧悟。大凡内工屡见，世人坐而不能运用，则空费神思，止多增异。故心口气神与五形参合而散化，然后气满丹成，舍利生于三花之顶，正可放之六合，卷之藏密，形神结一，欲意任之，而万神变为一体者也。
是为黄庭曰内篇，琴心三叠舞胎仙。
言此之学，须在著意体之，则无处不到。所云内篇者，欲其地水火风相生运用，以气却火而生火，火引风而却水，借水上之风以助火，则能升能降，为琴心三叠，而三叠者，水火风是也。以风克水，以水克火，以火克风，均生克得宜，而土木不培自旺矣，结成胎即金丹也。能运功深，则胎结为仙，欲动则动，欲静则静，随心所欲，自能性随心舞，不为屈伸，是永坚鼎灶，万劫不坏之本也。
九气映明出霄间，
此乃太极八卦分方，于一腹中周流轮运，贯通则九气映对，相照一气，而满腹皆可应接，霄间者，即天门也。九气既映，光明出射于霄汉间也。
神盖童子生紫烟，是曰玉书可精研，咏之万过升三天。千灾以消百病痊，不惮虎狼之凶残，亦以却老年永延。
天庭其神盖也欤！凡能通达五千玄功八九，则精结为童子，以心至顶，安成宫殿而居，一时心旷神凝，则紫霞庆云聚于天庭，随意无微不到。此玉书之谓奇幻者，俱在化运之功。细加精求，研诘其中趣味，要贵诵，诵在精研而万过，过由心之过，非以目过也。三天其高乎哉！三天在上，则天庭在中，则心田在下，则丹田诵之万过，而三天通慧，何处不升，岂灾病所能入耶？水火不惊，回关不拘，虎狼降伏，龙蛇趋使，岂敢凶残，岂畏凶残乎？夫老何能却？解透黄庭者能却。夫年岂能永延？悟明奥旨者能永延。此篇皆谓读黄庭者，首要用心推详，次要访其路径，勿以大明之章，而再错步，深可惜也。
上有章第二
上有魂灵下关元，左为少阳右太阴。
吕祖注曰：夫魂乃精结而成一体，自生灵灵，居太极，居上宫，能使心动心静，则魂随之。持灵不昧，即开下部之关元。关元者，丹田以下之虚神也。上守定而下安静，所守之功全赖魂聚也。阳在震方，首居也，心之左而安之，结魂为邻，是为少阳。阴在兑方，心之右也，傍魂居之，是为太阴。能使阴气降于阳，则收敛之象能使阳气入于阴，则放荡之象。必也阳接魂而相生，阴接魂而相克，是有化无，是无成有，则道生矣。
后有密户前生门，出日入月呼吸存。
蓝祖注曰：密户乃膀胱之窍也，居于心下，乾艮二方在后，能令风入火，入则生疾也。气运到此，务不可过由生门而上下之可也。生门即乳象，非金非石，而气到精到，镕化结闭，能坚体也。日宫居少阳之上，月宫居太阴之上，能使气血运由日宫而出，至月宫而入，周流呼吸，声若巨雷，先大而后渐如蝇鸣，由进而起，心田火生风，煽火扬欲，即化而结成仙胎矣。
元气所合列宿分，紫烟上下三素云。
吕祖注曰：元气所合者，乃阴阳配合，炼成鼎灶，以宿为药，烹炼成形。如粟列于心围，应分野而成象，由震方一呼，而诸方即应，放之则无边际，收之止如一芥。此紫烟聚集心之上下，内有青白烟云，云素色者，即心之气，心即精气神，投之炉灶，炼就三色，是以紫烟之上下另有三云为三花者笼盖紫烟，各宿之包藏也。
灌溉五华植灵根，七液洞流冲庐间。
蓝祖注曰：五华即心肝脾肺肾，如花木之根，灌之则生灵，溉之则长旺，人虽培其本而植其根，则万象合乎一统。七液者乃喜怒哀乐爱恶欲七情之说也。由七情能生精液，在不发而存，生则洞流，存则使活，入于丹田，润诸七窍，冲于顶庐之间，使万物不侵，诸毒不伤，坚质而成，上清之象也。
回紫抱黄入丹田，幽室内明照阳门。
吕祖注曰：紫气乃顶象也，能使运回于下至心，即抱心田之气，属土之象，则黄以紫入黄，化成青色，贯入丹田，以补不足之阳。阳足则回青而上，仍分黄紫，是运而非行也。幽室乃脐门，内功成则五府光明照于列宿，而升入于阳脉，则阳旺，入于阴门，则精生。是以内功者先清五脏六腑，然后生气入鼎，由鼎炼成，从阴转阳，由震入兑，运化培火，则生克不必用，而自能保护金丹矣。
口为章第三
口为玉池太和官，漱咽灵液灾不干。
吕祖注曰：口为一身之呼吸出入之要处。玉池者，舌下之精池也。如张则扬波，闭则呼吸，运用以生一体之太和也。如内功已成，则先讲口诀，每逢运气之时不下咽，不上升，则炉火自燃不灭。火到处无论金木土皆相生克也。待火转神回，必潄三次，而液纯合，再咽之则水火相济也，以此则灾障自不相干矣。
体生光华气香兰，却灭百邪玉炼颜，
又注曰：以精液之相通，则体自健，而成鹤发，光华焕彩矣。须将邪火消尽，万虑虚无，则气出心者自香，出于丹田者如兰，如是则体生光华，一呼一吸之出入间，无气不香兰也。百邪如盗淫者为重忌，须以心香之气以镇之，投之炉中以镕之，接为一统，百邪却灭，玉炼为肤，自成童颜矣。
审能修之登广寒。昼夜不寝乃成真，雷鸣电激神泯泯。
张祖注曰：凡习静必先凝神，待诸气平复，一毫私念全无，然后席坐，先审明其中坐功之由，必求精切，而后修之，运往所未消之火，力所未尽之精，待火炼丹全，修成童子，故一意到而心神即出广寒，乃包罗天地，无处不清静也。能成形而飞升，则广寒在目，姮娥在前矣。所以能者在乎功，昼夜不交睫，时刻无外心，成真百日，自闻天庭雷鸣，目光如电，呼吸如闻雷声，举目如飞电激，神则随之，而外人不闻不见也。泯泯犹常常也。如是运用，则参天合地，神常随一呼而应矣。
黄庭章第四
黄庭内人服锦衣，紫华飞裙云气罗，丹青绿条翠灵柯。
何祖注曰：黄庭乃心府也。心为鼎，炼出心内之心，即成人形，五色俱聚于四围成锦，衣之出入有形，动静有声，嚅嚅然如痒状。此气与心神并和也。气为紫华，如心之裙，以其能使下体之动摇，胃火受而下，肝火经而上，心能持定，则照盖之，无许上延。云气迷肝，则肝火退，入胃则胃火消。事出自然，此心气之包罗也。丹田乃树木之本，其气黑白，杂结为青，能分受之，可从东震下降，至西兑上升，以黑白之气，专炼纯青栽培之象。凡运转三十六周半，则枝叶茂盛，心窍光明，天门大开任去来矣。绿条，四肢也。翠灵，天门也。能于子午酉运之，则四肢和而天庭阔。柯者，诸气之元首也。火结汗凝，顶发消没，即为翠灵也。凡用之忌辰申亥三时，如不择，则精不能固，而心神狂乱，恐成异类矣。
七蕤玉籥闭两扉，重扉金关密枢机。
钟离祖注曰：七窍生没气之聚散门也。能使七窍全关，纵有玉籥，而不能开，方成化炼之气。玉籥犹欲药也。不为此动，不为此开，此所主者在两扉也。两扉即目神。能令闭息，而不生妄，则邪不生，心自不为所迷。心内重扉即肺关也。此处星枢罗列，八卦分金。两扉闭而重扉关，则枢机不漏，水火相安，密之于内府，运之于七窍，通之于九天，润之于丹田，荧荧火光，通体坚固，此枢机密要，亦为收藏保和之本。
玄泉幽阙高崔巍，三田之中精气微。
李祖注曰：玄泉通周身之脉者，口也，玄泉之所，精液相生之地，气火出入之路，必使幽阙高耸，不容妄出，不令妄吐，由心气之精而上升，由幽阙受之，仍归本，则舌如山而崔巍压定，无许轻呼轻语，自保心神也。三田者，上天田、中心田、下丹田。上庭受精气于下，中庭受精气于上，下庭受精气于中，止一线而分受者三。从丹田运之，过尾尻，走中背，至顶而受，由顶而至心田，由心田润至肺府，由肝经，由此二处再归于本处周流转之，是固根之要也。
娇女窈窕翳霄晖，重堂焕焕明八威。
蓝祖注曰：凡运用至离宫，必平止一刻，如窈窕静专，然后下行，则浮翳去而焰不生，再受以津，是水之济火，和容一气，霄汉澄清，目若朝晖，而光明自著，重堂，肺经也。西白接中黄，相依太极之帏幔，使肺经不劳，则焕然光明，扶心助气，攻火克木。八威者，八卦之象也。使生克得宜，照耀八方，则水火金木相土而安。此八威之相聚而张声势也。
天庭地关列斧斤，灵台盘固永不衰。
韩祖注曰：天庭离位居上宫，地关坎位居下宫，能令离坎相济，水由下而上升，火由上而下降，相聚心下，会而合之，坎入离则成乾，离入坎则成坤，是仍归阴阳男女也。如此相和，则斧斤森列，何物可侵？灵台盘旋，永固无摇，自不衰败矣。
中池章第五
中池内神服赤珠，丹锦云袍带虎符，横津三寸灵所居，隐芝翳郁自相扶。
天孙注曰：中池舌下喉上之地，有神居之，其神即舌也。服赤，按离色而衣，相乾位而形。丹锦云袍者，以口为宫殿也。带虎符者，能令邪味不污，如虎尉也。横津，舌之本也。三寸言微而能治物，令虚灵不昧，常居于此而尉也。隐芝乃运用香兰气息，由此通入心田也。翳郁者，乃心内邪魔趋出，而舌能相助而逐，是扶身之先行也。人无舌本气无底止，所以上行者仍统舌兵也。
天中章第六
天中之岳精谨修，灵宅既清玉帝游，通利道路无终休。
吕帝注曰：天中面门也，又名华峰，亦名岳山，精神相聚之所，吉纹所生之地，人而无行，则生晦暗之纹。是以炼性者必先谨修于此地，使精脉之通流，放光明于宇宙，能透彻通灵，则灵宅居稳无污色。玉帝者，乃五炁朝元之精炼成，而周流贯通，使灵宅既清，而元神过之无阻，犹道路之无荆棘也。炼气运转于此，击天鼓三十六通，通利滌净，虽神常游之处，而无休歇也，是以神聚于面，道纹生焉。
眉号华盖覆明珠，九幽日月洞空无，宅中有真常衣丹，审能见之无疾患。
曹祖注曰：目之聚于神焉，人而无性，目闭，闭即损光，而眉晦反也。眉之名华盖者，以其盖覆守目之精神也。止有二珠心气运活，珠明光射，而无瑕疵，则夜不睫，昼不眠，以系太和之元阳，照澈九幽。九幽者，贪妄邪淫杀盗酒财气等也。目神慧明，照九幽而不染，立其中而不污，如日月之被浮云而难常晦其光也。日月者，左目日之，右目月之，必席坐时左目闭而右目微张，随心田之气而下降，运过右则右目如之，往行不断，是定光。视有若无，视无亦有，即空色之象也。宅中炼之久，有神居焉，神名照远，衣赤服。审能见之者，如双目闭时，若此神从目出入，往来悠游，自无疾患相干矣。
赤珠灵裙华蒨灿，舌下玄膺生死岸。出清入玄二气焕，子若遇之升天汉。
吕祖注曰：鼻上为梁，面官之准绳也。是目神之下体，依灵宅之下，宫裙华翠，色能映赤珠之灿烂。蒨者，毫发之谓也。目光运活，毫末之丝丝，皆悉明朗而灿然无黑白矣。鼻窍通中池舌下玄玄也，能膺服其象，虽呼吸之意见闻，而生死之岸可由此而却没。出清气之元，入玄气之微，能于出入相当，清玄相分，由鼻窍而升，气涣光明。人能遇此易精之法，而加诸内工之难明，合而会之，一透贯通矣，天汉自此可升也。
曹祖赞曰：日月光华灿晓天，悬河一线养清莲。须知出入清玄妙，拍手相呼上洞仙。
至道章第七
至道不烦决存真，泥丸百节皆有神。发神苍华字太元，脑神精根字泥丸，眼神明上字英玄，鼻神玉垄字灵坚，耳神空闲字幽田，舌神通命字正伦，齿神锷锋字罗千，一面之神宗泥丸。
吕祖注曰：夫大道不必烦心，而亦不烦习，能识其中运化，定成何难。总归一决，决即如槁木矣，何真不悟？如人一身之中，首重泥丸，乃微地而百节聚焉。所聚之地各有神，一呼一吸之间，无不应节而答。发之神名太元苍华，以其能令苍白，运应得灵，则不苍而即华也。太元一炁之主，万象赖乎守成也。脑之神名泥丸精根者，总精相聚而化生也。凡精固则根坚，固而结实，舍利生光。泥丸如一丸之地，而守一身之总要也。眼之神名英玄明上者，照曜如日月也。勿使浮云遮掩，保定光明，上下通达。英玄乃万节群英会总，欲忘迷萌，玄机顿散也。鼻之神名灵坚玉垄者，能使命运之准绳也。首生鼻而后成身，能令炼成心准，心准则玉垄正焉。灵坚者，聚灵之根，而能守其坚也。耳之神名幽田空闲者，学道之士而闭外邪之污，是有闻而不闻，幽田能使心丹田之幽境守其一身之收检也。舌神名正伦通命者，关通性命之根也。不鼓簧，不妄言正伦，能转不正之语以端伦化也。齿神名罗千崿峰者，形如崿山也。崿山之峰最利，欲决世俗之尘污而去其峰，则道根即深矣，罗千如万神罗列，千峰垄翠，不为外染也。一面七窍皆神，而宗主俱在泥丸。眼有见，耳有听，鼻有嗅，口有言，一举一动，皆泥丸之先知，故首固泥丸，而后炼神归窍，自无俗扰。
泥丸九真皆有房，方圆一寸处此中，同服紫衣飞罗裳。但思一部寿无穷，非各别住俱脑中，列位次坐向外方，所存在心自相当。
又注曰：泥丸九真，即九幽也。九真皆有房，能使九幽不归其房，而使本性九宫居之，则善矣。其所居之位，方圆一寸，自天庭至发际五寸，自左耳上至右耳上四寸皆房，神位设焉。神处其中则灵，灵即应，应即保身。使一房空悬，则诸房不应，非真汞也。同服紫衣，取其太元青气，而合心中之火，聚成紫色，衣之下裳。其罗也，炼五行之精微，结下元，其色不一，而其气一统，故皆裳之。思一部位之不全而精求，使九真满足，则寿无算矣。非各别住，言各神不乱住，俱聚于脑之中，列定位次，坐面总外，如迷萌则背外也。所存，会总之矣。炼神之功俱重于心，心重则无往不合五行周游之要也。
觉了真人赞曰：深渊道法无边际，眼耳鼻舌口声意。百节惟心自主张，化成一统归天地。
心神章第八
心神丹元字守灵，肺神皓华字虚成，肝神龙烟字含明，翳郁导烟主浊清。肾神玄冥字育婴，脾神常在字魂停，胆神龙曜字威明。六府五脏神体精，皆在心内运天经，昼夜存之自长生。
吕祖注曰：学道者先讲六府五脏之精微，而后运合用工无不密密如。心神名守灵丹元者，能含丹田之气以结灵根也。守其灵而固其本，三百六十一神皆成围服矣。肺神名虚成皓华者，以其保心之五华五行之微妙也。使霜雪不凋，浮垢不侵，即能皓颜，光华发表，能成太元虚无之功，收下元虚无之火，结玉清虚无之象也。肝神名含明龙烟者，其性属木龙象也。每气之不和，则生烟，犹龙之威势而下行也。含其明而不放，耐其火而勿扬，自生离火交感矣。翳萌避也，郁不乐也，肝神最怕萌避不乐，如遇此则烟无容处，而易生异。学道者，要除萌避，去不乐，则清静矣。不然其浊也夫！以其肝火之易变也。肾神名育婴玄冥者，以其主玄门之冥冥也。而玄门重于固体，此神即使放之，必使太和满足，勿为冥忌，则育养而成婴孩矣。脾神名魂停常在者，能主一身之清气浑镕也。炼成清，合为一，镕化不变，是常存，是常在也。魂聚而藏于此位，是炼精魂之合真，故停于此。胆神名威明龙曜者，以其光明外著，如龙之精，照曜生辉，乃聚阴成阳之象，故曰威明。六府五脏与于体合，气与精工，皆心主也。心运精微，化于俗染，是天然道德一卷。存心勿分昼夜，倘或忘或废，则身不由主，而轮回难脱矣。
曹祖赞曰：浑含秘密太和宫，六腑还须六欲攻。莫谓道中无反处，扁舟只许顶帆风。
肺部章第九
肺部之宫似华盖，下有童子坐玉阙，七元之子主调气，外应中岳鼻脐位。素锦衣裳黄云带，喘息呼吸体不快，急存白元和六气，神仙久视无灾害，用之不已形不滞。
华阳葛真人注曰：肺气乃心之保障，一时无间于位，是为心之华盖也矣。而其下之童子坐于心上，肺宫之气位名玉阙，即朝元之要门。七元，即七情之谓所不能浸，主于调气之和平，幻曲直之隐范，外应于中岳者，以其似嵩山之尊也。鼻为恒脐，为衡位，居上下而未有如彼之贵也。素锦者，以其气色清也。学者必先化五行气以朝心，由心而发源于肺，故清者上升，浊者下降，其色黄白而结成为衣下之色，亦如肺之中有黄气一缕，聚则成鼎盖，散则为云霓，故名之曰黄带也。能于喘息呼吸以相通脉，而成金丹之本基，结黄云之坚体，而飞身之大路神仙，岂有不快处耶！要在聚散得宜，喘呼相当，则无碍矣。急存者，呼之急而存未到之气，以迎上则结白元之气，调和饱胀闷味寒暑。此六气不能扰，久而视之，保无灾害矣。永坚行之不已，则形自润，体自和，而孰色其敢滞其面耶！
吕祖赞曰：六气调和万象清，自然心上放光明，黄云围素青霞白，朗固乾坤鼎盖成。
心部章第十
心部之宫莲含华，下有童子丹元家。主适寒热荣卫和，丹锦飞裳披玉罗，金铃朱带坐婆娑。调血理命身不枯，外应口舌吐五华，临绝呼之亦登苏，久久行之飞太霞。
静阳邱真人注曰：心之主命大矣哉！心之宫如莲花之将开而未全放之式，心神居其下焉。丹元者，以其收丹田之气，和朝元之血也。主适者，能遇寒热而不伤，荣木而清，卫保和平，一身之本。丹锦红色也，能聚五色而成锦，是为飞裳。结于肺经，其色白，披盖其上为玉罗衫。金铃者，其式悬似铃。朱带其索，细如丝挂也。坐婆娑，言安心者而心常乐也。其性火，能调和精血，统理一体，保合气和，一身无荣枯也。外应口舌，舌下接通心田。吐五华者，能聚五行之灿烂，上升出于口，其色华丽也。临绝者，生静如绝，心无二用，一呼而百节丁丁由心发也。登苏，其畅然流苏之貌，久久行呼于临绝之妙，则可飞身入太虚矣。
吕祖赞曰：部处离宫火易生，莫将无意可留嗔。此心一指玄天大，万劫依栖孰可侵。
肝部章第十一
肝部之宫翠重里，下有青童神公子，主诸关镜聪明始。青锦披裳佩玉铃，和制魂魄津液平，外应眼目日月清。百疴所钟存无英，同用七日自充盈。垂绝念神死复生，摄魂还魄永无倾。
长生大帝注曰：肝之属木，其火之生也易矣。所居之宫在于五行之首，聚于诸色之总。其色翠而深，光而浊，是为重里。下有童神衣青而呼为公子者，以其不服制而易生火之性也。亦为诸关窍之总主，洞察明悉，聪慧之源。青锦披裳，其悬象也。玉铃，胆也。能和魂而不妄，制魄而不散，使津液之长生以制服其火之上炎，是内服而有节，则外能应。眼目精华日月之朗润也，百疴之所钟爱，亦在肝火之盛而行染。能于六欲不沾，七情不惹，存无中之有，绝有内之无，不但耆年英俊，抑且身列天官同。绝六欲七情之久，即七日精气可保充盈矣。能永绝焉，即疴之至死，何患无复生之道乎？摄其神者助肝火，还其魄者助肾水，以此水而生傍门之火，则鼎灶永无倾覆也。
肾部章第十二
肾部之宫玄关圆，中有童子冥上玄，主诸六府九液源。外应两耳百液津，苍锦云衣舞龙幡，上致明霞日月烟。百病千灾急当存，两部水王对生门，使人长生升九天。
吕祖注曰：肾部一身之总，立丹之要药也。居宫玄色阙合圆，圆三寸，中有童子。冥漠而气上升之色也。主诸六府，即六脏。九液，即九窍。九窍之源流统助于肾，外应两耳，耳属水宫，不保肾，则使闭塞也。又合中池，是以下凝上之象，故百液生。苍锦者，以其能生土，土色黄合玄，故苍也。衣之龙幡，是水而生龙之象也。上能治以肝火旺，使下结而明霞生焉。日月即二目。水能治火，二目致不生烟矣。百病千灾皆由此处，不保而得急，当常存灾病之心，以守无为之任，则坚根合药全赖此基。两部者，肾水精水也。为称王者，能令百窍不闭，津液流通。生门，总论也。使此二水一失，难保其必生，能守其失，恐其虚，使人长生永年而升九天矣。