泻肝
黄连 大黄 犀角 阿胶 (1) 兔肝 玄参 (2) 决明子 (3) 龙胆草 (4) 菊花 青葙子 沙参 枸杞子 礜石 (5) 秦艽 车前子 蔓荆子 酸枣 竹沥 夏枯草
宣肺
桑白皮 款冬花 麦门冬 升麻 薏苡仁 苦梗 (6) 百合 杏仁 紫菀 苏子 伏龙肝 皂角 沙参 百部 白芍药 木通 白石脂 蛤粉 葶苈 天门冬 贝母 车前子 兜铃 羌活 牛蒡子 地骨皮
凉脏
大黄 黄芩 羌活 独活 朴硝 栀子 知母 茵陈 (7) 白芍药 天花粉
凉心
琥珀 羚羊角 玄胡粉 续断 (8) 丹参 地肤子 □明胡 (9) 干地黄 (10) 滑石 干葛 生地黄 独活 羌活 升麻 麦门 冬犀角 远志 黄连 石菖蒲 丹清 (11) 铁精 淡竹叶 寒水石 石膏 珍珠 黑豆 黄芩 姜黄 连翘 射干 (12) 牡丹 红花藁本 苏木 赤芍药 桔梗 宿麦 (13) 茯神 铁粉 银屑
凉肝
黄柏皮 栀子 柴胡 黑参 (14) 连翘 生地黄 干地黄 独活 白术 射干 通草 三棱 巴豆 厚朴 枳壳 天花粉 五加皮 大枣 陈皮 人参 苍术 砂仁 地骨皮 粉霜 (15) 麦蘖 (16)
平肾
黑牵牛 泽泻 (17) 当归 枸杞子 白牵牛 苦参 (18)
补肝
牛膝 细辛 枸杞子 木贼 山药 附子 白蔹 车前子 柴胡 黄芩 决明子 黄连 石斛 苍术 夏枯草 阿胶 瞿麦 肉苁蓉
补肺
黄精 五味子 人参 蒺藜 白石脂 白术 杏仁 苍术蛤蚧 车前子 旋覆花 玉 (19) 屑
益心
朱砂 茯苓 酸枣仁 槟榔 泽泻 人参 黄精 牛蒡子 玉屑 金箔 沙参 著芋 (20)
补肾
菟丝子 牛膝 茺蔚子 远志 小草 (21) 磁石 石钟乳 (22) 茱萸 山药 杜仲 必蟹 (23) 五味子 楮实子 补骨脂 蛇床子 茜根 肉苁蓉 卷柏 (24) 蓝实 莲肉 泽泻 阳起石 鹿茸 蒺藜 附子 石龙芮 鳖甲 海螵蛸 干膝 (25) 菴 石斛 巴戟
益脏 助脾
丁香 附子 良姜 胡椒 官桂 诃 (26) 子 槟榔 荜拨 (27) 肉豆蔻 黄石脂 (28) 白术 麦蘖 枳壳 黄精 黄芪 陈皮 茯苓 木香 茱萸 厚朴 大黄 朴硝
定痛
防己 白芷 藁本 川芎 抚芎 赤芍药 车前子 栀子石 决明 苦竹叶 蕤仁 空青 曾青 轻粉
消赤肿
连翘 南星 朴硝 石膏 寒水石 黄柏 当归 黄芩 生地黄 干地黄 独活 羌活 白芷 鸡青 硼砂 蒺藜 草决明 泽泻 白矾 (29) 蜂蜜
退翳膜
石蟹 生地黄 干地黄 脑子 (30) 麝香 珊瑚 硼砂 草决明 牛蒡子 蒺藜 连翘 栀子 瞿麦 石斛 蝉蜕 蛇蜕 蔓荆子 白术 夏枯草 木通 木贼 楮实子
止泪
前胡 硼砂 苦竹叶 栀子 黄柏 空青 曾青 石胆 蕤仁 黄连 苍术 木贼 夏枯草 白芷 石龙 (31) 芮 轻粉 麝香 决明子 青盐 香附子 茺蔚子
去风
荆芥 木贼 白芷 苍术 蔓荆子 白术 防风 细辛 地龙 羌活 天花粉 大黄 旋覆花
退热毒
凝水 (32) 石 鲤鱼胆 石膏 石胆 滑石 密蒙花 秦皮 黄芩 独活 天花粉 黄柏 大黄 朴硝 漏芦 柴胡 玄参草 龙胆 (33) 地肤子 天门冬 栀子 茺蔚子 细辛 菖蒲 荆芥 矾石 地黄
散血
当归 赤芍药 干地黄 大黄 生地黄 芒硝 黄柏 独活 朴硝 旋覆花 黄连 白芷 地骨皮 牡丹皮 苏木 红花 川芎 五加皮
利小便
木通 麦门冬 天花粉 朴硝 车前子 赤石脂 长石 (34) 灯心
清头
抚芎 菊花 川芎 防风 荆芥 细辛
通气
沉香 檀香 木香 灵砂 (35) 良姜 茴香 赤箭 (36) 黄葵 三棱 芎䓖 (37) 旋覆花
除昏明目
丹砂 玄明粉 曾青 空青 苦竹叶 青羊胆 脑子 硼砂 车前子 夜明砂 蒺藜 羌活 草龙胆 (38) 羚羊角 柴胡 款冬花 旋覆花 木通 蛇蜕 人参 青盐 决明子 香附子 菊花 赤石脂 玄母石 玉屑 玉泉石 钟乳石 (39) 灵砂 矾石 菟丝子 茺蔚子 楮实子
【注释】
(1) 阿胶：树本、存本在“丹参”后。
(2) 玄参：《明目良方》各本作“丹参”。
(3) 决明子：郑本在“丹参”后，树本、存本均在“犀角”后。
(4) 龙胆草：树本、存本在阿胶后。
(5) 礜石：《明目良方》各本作“冬花”。
(6) 苦梗：郑本同，树本、存本均作“桔梗”。
(7) 茵陈：原作“ 冻”，据《明目良方》各本改。
(8) 续断：《明目良方》各本无此药。
(9) □明胡：“□”原残毁。树本、存本均作“天明粉”，郑本作“玄明粉”。郑本疑是。
(10) 干地黄：树本、存本均在“玄胡粉”后，郑本在“玄明粉”后。
(11) 丹清：《明目良方》各本作“丹青”，当是。按丹青多指“丹砂”和“青雘”，为画工所用矿石颜料。此处所指不详。
(12) 射（yè夜）干：底本及郑本原作“麝肝”，树本、存本均作“麝香”，据文理改。
(13) 宿麦：树本、存本同，郑本作“瞿麦”，当是。
(14) 黑参：玄参的别称，出《御药院方》“摩挲丸”等方。
(15) 粉霜：即“水银霜”。
(16) 麦蘖（niè聂）：原作“麦蘗（bò柏）”，据树本、存本改。蘖，植物的芽。麦蘖即麦芽。
(17) 泽泻：原作“泻泽”，郑本同，据树本、存本改。
(18) 苦参：《明目良方》各本无此二字。
(19) 玉：原作“王”，据《明目良方》各本改。
(20) 著芋：疑为“薯蓣”的俗写，“著”疑或从“薯”省，“芋”疑或借作“蓣”。郑本、存本均作“蓍芋”，树本作“蓍芊”，“蓍”与“著”、“芊”与“芋”，疑并因形近而误。薯蓣，即山药。
(21) 小草：“远志”的带根全草。《纲目·序例上》：“草木有单使一件者，如羌活之根，木通之茎……有兼用者，远志小草、蜀漆常山之类是也。”
(22) 石钟乳：原作“石中乳”，《明目良方》各本同，据《本经》改。
(23) 必蟹：树本、存本同，郑本作“石蟹”。疑“必蟹”或为“萆薢”同音借字。据《日华本草》，萆薢“补水脏，坚筋骨，益精明目”。《本草经疏》以为“补益下元之要药”。
(24) 卷柏：树本、存本同，郑本作“黄柏”。
(25) 膝：《明目良方》各本同，疑为“漆”字之误。
(26) 诃：原作“呵”，据《证类本草·栀子》所引《本草图经》“夏秋结实如诃子状”句改。
(27) 荜拨：郑本同，树本、存本此药均在“良姜”后。
(28) 黄石脂：树本、存本同，郑本作“赤石脂”。
(29) 矾：原作“凡”，郑本同，据树本、存本改。
(30) 脑子：冰片和樟脑的别称。本书指冰片，又名龙脑。
(31) 龙：原作“胆”，《明目良方》各本同，据前“补肾”类“石龙芮”改。
(32) 水：原作“小”，据《明目良方》各本改。
(33) 草龙胆：郑本作“龙胆草”。底本“胆（膽）”原作“瞻”，据树本、存本改。
(34) 长石：《纲目》称“硬石膏”，一种硫酸盐类硬石膏族矿物，可清热利尿、明目祛翳。
(35) 灵砂：郑本同，存本作“灵砂子”，出《证类本草》。一种人工用水银、硫磺升成的硫化汞，又名“神砂”或“二气砂”。
(36) 赤箭：天麻的地上茎，也泛指天麻。《纲目》卷十二：“天麻，即赤箭之根。……《本经》止有赤箭，后人称为天麻。”
(37) 䓖：原作“穷”，据《本经》“芎䓖”改。
(38) 草龙胆：龙胆草的别称。
(39) 钟乳石：原作“中乳石”，《明目良方》各本同，据《本草崇原》“石钟乳，今倒名钟乳石矣”句改。