禅宗为自己的师承宗脉作传由来已久，这些史传撰述的目的，首先自然是确定传法的正统所在，其次则是为自身的历史“立此存照”。《祖堂集》也不例外，它记述的主要就是“西天二十八祖”“东土六祖”，尤其是惠能以下南宗禅“青原”（行思、希迁）、“南岳”（怀让、道一）两大支脉的历史。
要说起《祖堂集》的“源”，就不免要提到几种比它更早的禅宗史书。现在发现的最古老的禅宗史书中最早的是北宗的两部：
一部是《传法宝纪》，这是二十世纪初在敦煌发现的，它的作者是“京兆杜朏字方明”，据考证，他就是李邕《大照禅师塔铭》、严挺之《大智禅师碑铭》（分见《全唐文》卷二六二、二八〇）所记载的“东都大福先寺朏法师”。杜朏是北宗弟子，这部书大约撰成于开元初年（公元七一三年前后），记载了菩提达磨、慧可、僧璨、道信、弘忍、法如、神秀七人的生平事迹，并以这七人为禅宗正脉，这当然反映了北宗的观点。
另一部是《楞伽师资记》，这也是在敦煌发现的，它的作者净觉就是王维《大唐大安国寺故大德净觉禅师碑铭》（见《全唐文》卷三二七）中记述的这个北宗禅师。《楞伽师资记》成书于先天二年至开元四年之间（公元七一三—七一六年），它以求那跋陀罗、菩提达磨、慧可、僧璨、道信、弘忍、神秀、玄赜、慧安、普寂、敬贤、义福、惠福八代十三人为正脉一一记载，当然也反映了北宗的观点，只是和《传法宝纪》略有不同。
《传法宝纪》和《楞伽师资记》之外，敦煌还发现了一部反映禅宗保唐宗观点的《历代法宝记》。这部书是保唐寺无住禅师圆寂（公元七七四年）后由他弟子编集的，这部书首列迦叶至达磨二十九祖传承次第，然后详细记载了达磨、慧可、僧璨、道信、弘忍、惠能六代祖师，接着再详载保唐宗智诜、处寂、无相、无住等人的行迹。
以上三部敦煌发现的禅宗史书，虽详略不同，脉络差异，分属北宗、保唐宗，但可以看出，以师承为纲，用史传（记生平）、行录（记言行）结合的形式写禅史的书籍已经早具规模了，难怪日本学者干脆就把它们称作“灯史”（见椎名宏雄氏所撰《禅宗灯史的成立与发展》，载《讲座敦煌》八，大东出版社）。
那么，南宗禅在《祖堂集》之前有没有记载禅宗历史的“灯史”呢？有的，虽然它们大多数已经亡佚，但还是保存下来了一部，这就是唐代智炬所撰的《宝林传》。
《宝林传》大约成书于中唐德宗贞元末年（约九世纪初），现存卷一至卷六及卷八分别是二十世纪三十年代在日本及中国山西赵城广胜寺发现的。这部书记载的是释迦牟尼佛、西天二十八祖及东土诸祖的传法谱系，《景德传灯录》卷二十九载僧润《因览宝林传》诗说：
祖月禅风集宝林，二千余载道堪寻。
虽分西国与东国，不隔人心到佛心。
迦叶最初传去盛，惠能末后得来深。
览期顿悟超凡众，嗟彼常迷古与今。
其中“迦叶最初传去盛，惠能末后得来深”两句正好概括《宝林传》的内容，就是说现存的残本虽然缺了七、九、十卷，但可以肯定全书是从佛陀释迦牟尼一直记到南宗禅开创者惠能，并用以证明“二千余载道堪寻”，祖灯不绝到宝林的。
以上四部禅宗史书都成书较早，它们形式体制的逐渐定型成熟，给《祖堂集》的修撰奠定了基础，尤其是《宝林传》——《祖堂集》的撰写者是参考过《宝林传》的，在卷二第二十六祖不如密多尊者传中有“具如《宝林传》也”六字可以为证——《祖堂集》不仅采用了它的文字，袭用了它的体制，也沿用了西天二十八祖、东土六祖的谱系，构筑了《祖堂集》的禅宗早期史。
但是，在《宝林传》之后，还有人续写南宗禅发展的灯史，《宋高僧传》卷十七、《景德传灯录》卷十九，都记载宝闻大师惟劲在梁开平年间（公元九〇七—九一一年）撰有《续宝林传》四卷，“纪贞元之后禅门继踵之源流”，可惜的是它没有流传下来，现存最早的南宗禅灯史，就是《祖堂集》了。当然，它比《续宝林传》晚出，但是它的内容却囊括了《宝林传》与《续宝林传》，从释迦佛祖一直写到了唐末五代的南宗禅，也许它也参考过《续宝林传》，不过没有直接证据，而且关于惠能以后禅宗史迹的记载，似乎另外参考了大量碑志行录，直接钞撮《续宝林传》的可能并不很大。
南唐保大十年（公元九五二年），泉州招庆寺的静、筠二禅师编写了这部《祖堂集》，可是，这部《祖堂集》却并没有发生很大影响。从彼此的差异来看，现存较早的南宗禅灯史似乎并没有参考过《祖堂集》，据日本学者考证，就是在北宋，也只有寥寥几部著作，如佛日契嵩（公元一〇〇七—一〇七二年）《夹注辅教篇》、张方平（公元一〇〇七—一〇九一年）《禅源通录序》以及同时代的四明知礼《十不二门指要钞》卷上、石芝宗晓《四明尊者教行录》卷四引知礼《致天童凝禅师书》等十一世纪的作品提到过它，此后近千年间，它湮没无闻，在中国逐渐失踪了。
二十世纪初，日本佛学界逐渐对佛教新文献发生兴趣，为了重编《大藏经》，他们对朝鲜庆尚南道伽耶山海印寺所藏的《高丽藏经》经版进行了细致的调查。在调查中，小野玄妙意外地发现了这部无论在中国还是在日本都几乎不曾知晓的禅宗史籍。它可能是由在中国留学的高丽禅师携回本国的，高丽禅师也许在其中略做了一些增益（因为其中所记高丽禅师令人惊异地多），此后作为《高丽大藏经》的附录，于高丽高宗三十二年（公元一二四五年），也就是中国南宋淳祐五年刊刻出来，这才得以保存至今，而在日本学者发现并公布于世之后，它才得以为世人所知，千载失传的禅宗古史籍终于重新问世。