导致太平天国最终覆亡的一个主要的，无疑也是最悲惨的因素，是其领导阶层内部的崩坏，以及在1856年秋天随之而引发的一系列事件。这一惨剧造成四王罹难，另外一王出走，自行进行军事扩张，以及对诸王家族及其数以万计的追随者的屠戮。惨剧的导火索便是杨秀清试图篡夺王位。杨秀清的权力欲从一开始就表现得非常明显（见第三章），如果说他篡权夺位的时间由环境机宜所决定，那么可以说多年以来，他一直都在等待着这样的时机，并为之做着准备。
生来便具有领导天赋的杨秀清，很早就引起了当时正在给巨富曾玉珍的孩子们做教书先生的冯云山的注意。杨秀清虽然穷困潦倒，也不识字，但还是依靠地方领袖和曾玉珍叔父的身份加入了拜上帝会，并享有特权。我们有必要回顾一下他从崛起到掌握权力这一过程中的一些重要事件：他机智地利用大众的迷信心理，充当上帝的代言人和伤患的救治者，博取信徒的信任，在某些宗教问题上，他的权威甚至高于洪秀全；他组织并领导了紫荆山的地方势力，使他们成为自己的个人盟友，其中不乏对运动影响巨大的萧朝贵、胡以晄、李开芳和林凤祥等人；他在太平军起事前假装生病，最终导致洪秀全和冯云山很不情愿地将他晋升为全军领袖，成为革命运动的二号人物，等等。占领永安州后，他又有了“东王”的新头衔，与正军师兼受，为五王之首，天王还特别规定，其他诸王须受他节制。杨秀清丝毫不担心遭到其他兄弟诸王的憎怨，开始利用自己的结义兄弟的权力，积攒宗教、军事和政治上的势力。
杨秀清对荣衔的嗜爱众人皆知，甚至还搞起了以获得官阶和典仪为目的的把戏，而天王的反应则是慷慨地满足这位最高指挥官和行政官，给他加封了一系列独特的头衔。因在北线的胜利，杨秀清被封为“劝慰使”（借由马礼逊对“圣灵”这一圣经用语的不准确翻译而来，见第八章）、“赎病主”（杨秀清很早就声称可以仿照基督，救赎罪人），还获封“禾乃师”的特殊头衔（虚衔，为“秀”字拆分组合再添上“师”字而来）。杨秀清在占领南京时起到的决定性作用，使他的地位更加尊崇，获封“圣神风”的称号（也是马礼逊对“圣灵”的不准确翻译，见前文）。这些无上的荣誉最终使他登上了人臣之极，成了“九千岁”，比被称为“万岁”（习惯上只用于帝王）的天王仅低一级。其他诸王的头衔依次序逐级递减一千岁。
东王的诸多头衔给他带来的无上荣誉，显示了他与天王之间特别的关系。而杨秀清狡猾地觊觎着天王的位子，准备依靠自己的功劳，有朝一日建立独裁统治。一开始，洪秀全得到信众的一致效忠，意图攫夺革命运动领导权的杨秀清不得不虚情假意地尽力效忠于洪秀全，在他的心腹之中占据上风。通过逢迎洪秀全以及热诚的宗教宣告，他成功地做到了这一点。而他潜在的影响力在金田庆典时已经变得显而易见。那一次，这位自封的上帝代言人诱使洪秀全宣布，革命的英雄们可以以多娶妻子为上帝的教训，借而许可了一夫多妻的制度。从杨秀清如此轻松地攫取权力便可以看出，天王早已被架空成为傀儡。在并没有引起洪秀全足够警觉的情况下，杨秀清让天王相信，最明智的选择是将所有政务交给自己，而天王则专务宗教、文学和其他事务。而这一计策也因为天王早期罹患精神病症，逐渐不理世事，而变得更为可行。
杨秀清异常傲慢残忍地使用着自己越来越大的权力，对待在他之下的韦昌辉和石达开二王以及其他太平军领袖时肆意谗构，妄加羞辱。燕王秦日纲和石达开的岳父、卫天侯黄玉昆被杨秀清下令鞭笞一百。杨秀清还多次当众指责天王长兄洪仁发，有一次还因点名迟到鞭打洪仁发。天王也不能幸免于杨秀清的非难，天国的出版物上就忠实地记录着这样一件令人发指的事。杨秀清以上帝代言人的身份进宫，跟洪秀全说宫中有四名女官是有功官员的近亲，因此不可以留下来为洪秀全个人服务。“秀全，尔有过错，尔知么？”杨秀清模仿上帝的口吻说。这时洪秀全跪倒在杨秀清面前，开始忏悔：“小子知错，求天父开恩赦宥。”令韦昌辉和其他在场官员错愕的是，杨秀清回答道：“尔知有错，即杖四十。”诸臣立刻请求撤回这条不可思议的命令，但是直到天王自己表示愿意接受杖罚后，杨秀清才高傲地松口免去刑罚，带着提到的四名女官离开宫殿。这一幕在中国可谓史无前例。
调虎离山
按照这个篡位者的构想，到了1856年年中，一切似乎已经准备就绪。由武昌以下至镇江的长江流域已经安稳地处在太平天国治下，长江河道可以完美地胜任往来运送大量部队和补给的任务。虽然前一年发生了北伐军全军覆没的惨剧，但是到了1856年夏天，随着在江西的曾国藩水师和在湖北的胡林翼部队陷入重围，镇江和天京附近又取得大捷，太平军的整体军事实力到达了最高峰。此外，杨秀清权衡了自己的政治地位，他可以依赖的是胡以晄（之前被召回天京）、陈承瑢、杨元清（东王长兄，天王宠臣）、傅学贤等人对他不加疑问的忠诚，以及总数约三万的近卫精兵及其他部队。在各战区忠诚于他的部队，有他的弟弟杨辅清、陈玉成和李秀成诸将的部队。但是，所有的优势和后援，此时都因为韦昌辉、石达开和秦日纲的存在而化作空谈，他们一定会反对，而且将会成为起事无法逾越的障碍。杨秀清发挥了他惯有的机敏才智，决定采用调虎离山的计策。胜利庆典刚刚落下帷幕，他便发令诸军返回前线作战。秦日纲、陈玉成、李秀成和他现在声名远播的这支部队的其他将领一起受命，追击在丹阳的向荣残部。北王韦昌辉受封江西宣慰使，率其全部部队进入江西。石达开接到的新命令是前往襄助仍在胡林翼包围之下的武昌和汉阳。
杨秀清一定对如此轻易地就清除了天京的三只“老虎”而感到满意。在1856年8月9日钦差向荣与丹阳大营并亡后，清军开展行动的可能性降低，这预示着下一步行动的时机已经到来。几天之后，杨秀清又假作上帝代言人，召天王到他府上聆听圣训，并正式要求因自己在对清军的战争中厥功至伟而加封“万岁”。洪秀全对杨秀清要求加封这一通常仅供帝王使用的称号倍感震惊，便问杨秀清天王应该如何称呼。杨秀清随即回答说“万万岁”。事态至此忽然变得明了，天王已经落入了陷阱，不仅他的王位已危急，就连性命也可能不保。值得庆幸的是，天王想到了脱身的计策：杨秀清地位崇高，需要在下个月他的生日上举行特别的庆典，为他加封这一尊号。心满意足的杨秀清就这样慷慨大方地放走了天王。
当天王对这个旧亲信的意外背叛陷入沉思的时候，杨秀清也与其心腹商议下一步的行动。他们决定，杨秀清应当在生日之时正式登基，届时要举行盛大的双重庆典，如天王在金田起义后在生日时举办的庆典一样。杨秀清和他的同谋还决定，如有反抗，在必要的时候应当刺杀天王。就在此时，前豫王、太平天国的第八号人物胡以晄感到良心受到了冲击，又决定重新效忠于革命路线和洪秀全，他秘密地来到天王府，把计划向天王和盘托出。
胡以晄的告发扫除了天王对当前严重局势所有的徘徊犹豫，促使天王也采取了行动。所幸的是，当时距离9月23日杨秀清的生日还有一个多月的时间。而所有的希望都寄托在忠于天王的三王手中，洪秀全选择了最为可靠的信使，让他们携带天王手书的密诏，往见在丹阳的秦日纲、在江西的韦昌辉和在湖北的石达开，要求他们尽速率足够的精兵返回，阻止天国颠覆、天王喋血的惨剧发生。如果洪秀全在这种绝境之中回想起和他最初共同起事的冯云山，了解冯云山在金田起义之前就着力培养这三位领袖制衡杨秀清，此时他的感触当是颇为耐人寻味的。
燕王归来
秦日纲是距离最近也是最先返回的。他原本的任务首先是消灭在丹阳的清军余部，此后再东进占领苏州、常州，如有可能便占领上海——这是太平军三年来一直想做的事情。他的部队分两部分东进：南线经溧水到溧阳，来包抄一些零星的敌军部队，北线则经句容县及白兔镇，两路部队分别把溧阳和白兔镇从清军手中抢占过来。7月3日，秦日纲正式开始进攻丹阳。张国梁率清军顽强抵抗两周有余，并最终在附近伏击了秦日纲的部队，击杀六百余人。因为此败，东王杨秀清褫夺了秦日纲的王衔，换了一个“顶天燕”的新爵位（由其原有爵位“顶天侯”及他的王邑“燕”组合而来），这一爵位仅比胡以晄被夺王衔时创制的“豫”高一些。此举简直是火上浇油，使本来就对杨秀清不满的秦日纲进而对他恨之入骨。
秦日纲在丹阳城外保持守势，等待镇江的增援。不久后一万人的援军到来，他又开始重新进攻，但仍旧无果。在此期间，向荣于8月9日病亡，此后和春接替了他钦差大臣的职务，张国梁则为代理钦差大臣。但是，张国梁却越战越勇，迫使秦日纲放弃了包围丹阳的计划，并撤退至白兔镇。至此，燕王两路大军又在白兔镇合为一股，准备进攻金坛，秦日纲的计划是从金坛出发，经另一路攻取常州。但在该处的七百人的小规模守军，在当地乡绅民众的帮助下让太平军无计可施，而8月14日战斗打响后很快就从丹阳赶来的张国梁部，又极大地增强了该处的防守。在这种情况下，太平军的计划也就搁浅了。但另一个原因是，在战斗打响的几日之后，秦日纲便收到天王手书密诏，然后带着贴身亲兵迅速赶回了天京。陈玉成和李秀成留下来继续作战，他们把重点放在城东。但此后的9月4日，在张国梁的巨大军事压力下，他们决定后撤至句容附近一处偏僻的村落，等待秦日纲的下一步指示。（李秀成此后被调往皖北，帮助三河守军击破和春的围攻，陈玉成则被调往皖南，协助宁国抵御邓绍良的进攻。）回到天京的秦日纲很快就掌握了局势的实质，并且意识到轻举妄动会搭上天王的性命。他认为自己势力微小，衔级也低，采取任何行动都是鲁莽轻率的。因此，秦日纲暂时潜伏下来，等待其他“猛虎”的陆续归巢。
北王归来
江西宣慰使韦昌辉入赣之后，发现战场的局势对曾国藩更为有利。石达开带领大部分的部队返回天京，使得太平军对南昌的攻略进展迟滞，给了曾国藩喘息之机。曾国藩重整旗鼓，等待西线派来的援军。1855年7月上旬，由他的弟弟曾国华率领的一支部队赶到南昌西南的瑞州，又有刘长佑（原江忠源的副将）及萧启江率领的由鄂抚骆秉章组建并于当年春天入赣的大军，他们兵分两路，沿途攻城略地，已分别军至万载和袁州。
作为第一步反应，韦昌辉从皖南的据点联合在湖口的黄文金进攻饶州府，击败了防守的赣军和曾国藩的湘军，于7月6日占领了那里。此后，他向西直扑南昌（清军因而收复了饶州），到城西南约五里外扎寨，准备在入秋后发动全面攻势。当年夏天，太平军在各处设立船坞建造战船，建立兵工厂生产火炮，并且开设作坊制备火药。太平军做了这样的物资准备，再加上人数上的优势，如果韦昌辉能够击退曾国藩的援军，对阵南昌便胜算很大。但他的部队没能阻止曾国华部的前进。此后，韦昌辉还亲自率领三万士兵再次阻截，也铩羽而归，而且他在南昌附近的军队数量也因此减少，南昌城内的湘军轻易地就将其驱逐。韦昌辉在入夜后进入饶州，命勇猛超乎常人的石达开军中旧将赖裕新驻防瑞州，而此时瑞州城外最后的太平军部队也已被击溃，曾国华已然开始围攻作战。为了帮助弟弟，曾国藩从南昌派来了四千援军，使瑞州战场上的湘军总数达到了一万人。（与援军的到来相比，更让曾国藩感到高兴的是，在八个月后，他终于再次和湖南、湖北的行动总部恢复了联系。）
直到8月中旬，双方仍然在瑞州继续激战之时，天京的密使到来并见到了韦昌辉。韦立刻任命黄玉昆全面负责江西军务，自己带着三千精兵乘两百余艘战船离开，返回天京。
诛杀东王
9月1日（咸丰六年八月初三）子夜，韦昌辉带着他的部队进入天京城，并立刻和秦日纲、胡以晄、赖汉英（天王妻弟）、罗琼树（丞相，其族人罗大纲战殁后接替指挥他的部队）会晤。他们很快便决定，不等路程尚远的石达开回来，就在当夜立即行动。他们还一致同意，只斩除实力最强的杨秀清、杨元清和杨辅清三兄弟，诛戮不及他人。他们商定之后，这五个忠于天王的人到天王府面见洪秀全，并请他最终批准他们的计划。
他们随即集合了天京城中所有效忠天王的部队，并派驻瞭望岗哨，尤其是在通往东王府的道路上增派哨岗，这一至关重大的事件正式拉开了帷幕。布置妥当之后，韦昌辉和秦日纲带领一小队敢死队冲入东王府。秦日纲首先发现了那个叛徒，不容分说，一跃向前，亲手刺死了杨秀清。他们找不到杨秀清的两个兄弟，加上杨秀清亲兵的反抗，韦昌辉和秦日纲开始带领士兵在府内屠杀，府中男女老少，无论军人与否，官职高低，除了杨秀清的幼子（此后袭承东王）奇迹般地逃脱，其余人等无一幸免。见到已经得胜，包围东王府的士兵也都冲进来，一起屠杀杨秀清的卫队、亲兵以及所有能找到的亲属（根据外国人的通讯，其中之一便是住在王府对面的东王的妻弟）。忠于天王的士兵“诛杀九千岁，赞美，赞美”的喊杀声震怖全城，同时还伴随着嘈杂的枪声、兵械撞击声和民众的喊叫声，直到紧锁的城门之内的每一个角落都陷入那一夜的混乱和恐慌之中。
9月2日拂晓时分，通往东王府的道路上尸积如山，血流成河。王府之内，杨秀清的尸首与其他的被杀者堆在一起，而劫掠的人还在搜刮战利品。更多的人站在庭院里，准备劫夺逃出来的人。他们在王府内外争抢死尸或濒死的人，无论男女，这种情景着实令人震惊。
斩草除根
在这次行动中已有数千太平“兄弟”被杀，其中很多是身穿黄色和深红色服装的高级官员，但是天京城中仍然有很多杨秀清的亲属、朋友、有紧密联系的同僚、支持者以及同情杨秀清的士兵。为了防止他们报复，韦昌辉、秦日纲和其他参与刺杀行动的将领制定了一个狠毒的诡计，以找出并且一举消灭这些可能的对手，斩草除根。根据这一计划，天王在行动的次日（9月3日）发布训示，谴责韦昌辉和秦日纲在平叛行动中过于残暴。作为惩罚，首犯韦昌辉将被杖责四百，训示还召集所有同情和支持杨秀清的人次日到现场见证。洪秀全可能是受到韦昌辉的蒙骗，以为他对自己的残暴真心反悔，出于团结和安抚杨秀清一党的目的才建议这样做的，这才发布训示。
无论如何，9月4日早晨，大量人员（据说约有五千人）涌向天王府，在上交武器之后，他们被分别安置在正门两侧的大厅之中。聚集在一起的这些男女老少，看到韦昌辉和秦日纲以及其他的参与者被鞭打，还发出惨痛的叫声。当最后一个人进入正门两侧的大厅之后，屠杀的信号随即施放。韦昌辉和秦日纲的追随者从左右两侧快速冲入人群，残忍地杀害了能看见的所有人。有些人试图以拳脚抵抗，但是不久之后，整个大厅就归于沉寂。屠杀的士兵们紧接着冲出大厅，在整个天京城中不断地寻找杨秀清的其他党羽。
此时，韦、秦二人已经有效地控制了整个城市，随着他们继续在城中寻找并屠戮自己的敌人，幸存下来的杨秀清的亲属、同僚和士兵，以及一些被怀疑为杨党的中间人士，开始在城市的一隅集结自卫。以那里为行动基地，数千名士兵在干将傅学贤的带领下勇敢作战，从韦、秦二人在城市另一隅指挥的猛攻中，保护着其他的幸存者使之免遭杀戮。街道上整日整夜进行着血战，双方不时传来“兄弟”们战死的丧钟——胡以晄和陈承瑢也在遇难者之中。城内悲惨的战斗一直持续了数天。
翼王归来
当9月中旬翼王石达开最终返回天京的时候，兄弟相残的血腥景象仍没有一丝减退。人们也许还期待着他的归来可以使局面稳定下来，但其实却对太平天国革命运动造成了更大的灾难。
此前，石达开受命前往击破胡林翼对武昌的长期包围，于7月带领全军三万人，可能是通过水陆并进的方式离开天京。在江西境内时，他还分军给他的岳父黄玉昆，派他领兵先行直扑武昌。8月初，石达开的部队进入湖北，兵分四路进逼武昌城。他们在武昌东南的鲁家港与湘军李续宾部交锋，陷入僵持。李续宾此时正在执行阻击太平军的任务，并在杨载福水师的帮助下，击退了武昌守将、北王韦昌辉的弟弟韦俊派来支援石达开的部队。此后，从8月16日到9月5日，双方在武昌城外水陆交锋二十余场，直到清军从北岸调来四百骑兵之后，胡林翼才稍占上风。太平军伤亡过万，于是交战暂停了几日。在这一段平静期，黄玉昆带着七千新兵从江西赶到前线，而天王的密使到来，见到石达开的时候，他们正准备重新开始战斗（信使和石达开都不知道，这个时候杨秀清已然被杀）。石达开立刻把部队交给岳父黄玉昆指挥（黄随即带着全军退守江西），自己搭乘最快的船只，于9月5日火速向东返回天京，随行只带了他的两名得力干将曾锦谦和张遂谋以及数名随从。
此时石达开所见的天京城，因兄弟内斗而满目疮痍，看到包括他的一些朋友和家人在内的数千忠于革命事业的“兄弟”惨遭屠戮，他已出离愤怒。令他略感欣慰的是，在到天王府报到时，天王洪秀全也对屠杀表现出了同样的悲愤，并急切地希望石达开可以出面调停双方。石达开毫不迟疑地就找到了韦昌辉和秦日纲，平和而且真诚地告诫他们，现在篡位者已然就戮，再继续屠杀普通的“兄弟”对革命事业百害而无一利。石达开还说，清军也有可能趁着他们长时间自相残杀的机会，重新展开对天京的攻势。
令石达开万分沮丧的是，韦昌辉对此非常愤怒，还指责石达开年龄、爵位均低于自己，却胆敢责备冒犯上级，甚至暗示石达开可能同情杨秀清一党。石达开忽然意识到，韦昌辉已经沉浸在自己的新权力中不能自拔，并且随时可以像除掉杨秀清一样，无情地消灭胆敢违抗他的人。石达开感到自己的性命也受到威胁，便迅速地离开了北王府。石达开很快就认定，他手中没有军队，留在城中毫无作用，还有性命之虞。他把曾锦谦留下，带着张遂谋和几名随从趁着夜色翻墙出城，返回皖南。他在天京城中只停留了几个小时。
北王就戮
当石达开在宁国暂休，并找到在那里等待的部队时，噩耗传来。就在他翻墙逃亡的那个夜晚，韦昌辉和秦日纲带着党羽包围了他的王府，想要刺杀他（他担心的事真的发生了），但是韦、秦二人没有找到本欲行刺的对象，便开始转而杀害了他的妻子、儿子、所有亲属以及当时在场的所有官员和支持者，无论男女，一概杀绝。（他的得力干将曾锦谦也极有可能在被害者之中，因为此后再也没有关于他的记录）。这一惨剧让石达开心如刀绞，但也让他对将要采取的行动最终下定决心。这一次的事件证明，韦昌辉已经抛弃了对结义兄弟的最后一丝忠诚。石达开宣誓要“清君侧”，来为他的家人复仇。
他即刻向安徽、江西和湖北发布命令，要求所有归他指挥的精锐部队在芜湖和宁国集结，准备大兵讨伐韦昌辉。与此同时，石达开本人前往安庆，制定相关的军事计划。石达开的动向和其行动的目的，慢慢地也被韦昌辉侦知，他立刻派秦日纲领一支船队，带一万五千人往上游阻截石达开。但是在某处击退了石达开的一小股驻防部队之后，根据玛高温所说，秦日纲的部队停止前进，并开始转向，其原因可能是：
有消息传来，天京城外，太平军全体弟兄皆同情于翼王石达开，而翼王正领一支极强大的军队，远胜于其追击军。燕王闻讯即转目的地，移军攻击太平军两党之公敌（清军），如此冀望讨好翼王。由是，他领一万五千人转向附近的一个城进攻，并被击退。
11月初，石达开麾下已有十万大军，其中可能也包括杨辅清的部队，他们很高兴能和石达开结盟，共同向他们的公敌寻仇。11月8日，随着石达开再次渡过长江，从安庆到芜湖再到宁国（陈玉成此时已从丹阳被调往那里，协助击破邓绍良的围攻），他的部队也开始向天京开进。秦日纲则不断规避翼王锋芒，石达开的部队自然畅行无阻。当部队离天京越来越近的时候，石达开遣使携带给天王的奏折进城。奏折中指出了立刻恢复秩序，铲除屠戮兄弟的恶徒的重要性。石达开还随折附了最后通牒，要么将韦昌辉和秦日纲的人头奉上，不然就要率军攻城，以武力亲自给这两个首恶以应有的惩罚。
越发恶化的局势逼得韦昌辉狗急跳墙。他部署部队防守城墙，但害怕石达开从城外很近的大报恩寺塔上轰炸城内，便下令将这一举世闻名的建筑彻底炸毁。但这还不是最严重的问题，他最大的错误是鲁莽地篡位夺权。韦昌辉暴虐的独裁统治让杨秀清的专政都显得相形见绌，而天王与韦昌辉之间不断扩大的分歧也最终转为公开的对抗。史家始终无法详知究竟发生了什么，但一个合理的推测是，天王颇为石达开的最后通牒所震慑，申斥韦昌辉是造成危机的元凶，因此在韦昌辉的意识中被归为了石达开的同伙。韦以自己的部队包围了天王府，决心杀死天王，隆登大宝。但是他遭到了禁卫军的顽强抵抗，还有数百名客家妇女参加战斗——这些“老姐妹”曾在金田以及其他的战场上同她们的丈夫与兄弟并肩战斗，现在则是天王府中的女官和随从。为了帮助忠诚的禁卫军，天王下令城内所有同情他的人从后方攻击韦昌辉的部队（许多杨秀清的旧党一直等待着这道命令）。有两位忠于天王的将军正驻扎在城外，分别是石达开和杨秀清的族人，他们也被召唤回来参与作战。秦日纲率大军在外，韦昌辉只有少量部队，很快就在人数上被天王的支持者超过，而且自己的部队也开始叛乱。韦昌辉的士兵长期遵守的纪律要求效忠于最高的领袖天王，因此他们在得到刺杀天王的命令时犹豫不前。就这样，经过两日的战斗，韦昌辉所有的部队被俘，只有两百人被处死，其中多数是他的亲密同僚和家庭成员（他的老父得以幸免）。其余的部队被慷慨地赦免。
在全军投降的混乱中，韦昌辉试图趁机乔装逃出城外，但是在城门处被认出，随即被关进了监狱。天王立即将他枭首。同时，天王还发出圣命，召回秦日纲，而秦一回来也被斩首。天王接着让人将二人的首级（可能与其他的首级一起）浸泡在盐水之中，一并送往宁国的石达开处。
翼王凯旋
根据当时流行的习惯，韦昌辉、秦日纲和其他重要同党的头颅被悬在宁国州大营前面的高杆之上示众，告诉来往的人们这些恶徒的悲惨下场。石达开已经为自己的亲属报仇雪恨，虽然他个人的悲伤仍然难以平复，但天王亲善的圣令到来，对他的品格和功绩大加赞赏，还要他回去主持天京政务，因此他总体的态度有相当程度的缓和。石达开感到万分荣幸，作为回应，他立刻就开始准备从芜湖带领着大部分的部队，乘着规模宏大的船队返回天京。
在那次充满悲伤与恐惧的逃亡之后不到三个月，1856年初冬，石达开回到了天京，这次他成了天京城中上至天王，下至普通士兵心中现世的救世主，受到了他们的热情接待。原因显而易见。天京现在仍然是一座死城，道路上的尸体仍然未被掩埋，那场夺走了三万余双方党羽以及许多中立人士性命的血腥惨剧，仍然历历在目。幸存者的眼中仍然充满了对那些日子的深刻恐惧，他们在街上游荡，悲观地认定天国的末日已然不远。事实上，当时天京无人有能力执掌军务（包括天王在内），而中央政府也几近瘫痪。就在这忧郁阴暗的气氛当中，他们等来了天王的宣告：高贵的翼王、结义兄弟中仅存的一位、军政民政能力皆非凡的执政官石达开将被召回，以与昔日杨秀清相仿的职权，领导政府的工作。民众之中顿时有一种开朗乐观的风气涌现出来，官员们主动热情地为欢迎石达开的归来而做着准备，并一致宣誓支持石达开的新政府。石达开已经享有他麾下规模庞大的军队的效忠，还有陈玉成、李秀成、黄文金、杨辅清、林启荣、陈仕保以及吴如孝等前线大将的支持。天京的官员和民众有绝对的理由，把恢复太平天国的团结安定、最终取得革命胜利的希望寄托在石达开的身上。
为了奖励自己的新任首席执政官，天王宣布将他从翼王晋升为义王。“义”在中国的道德传统中是核心的美德，百官赠予他这样一个非常高的荣誉也是出于真心，但石达开却出人意料地婉拒了此番美意，并且建议把“义”当作一个新的爵位。他的谦逊给许多他的崇拜者留下了深刻的印象。这一举动也同时鼓励了朝廷中那些反对加封天王长兄洪仁发“安王”及次兄洪仁达“福王”的官员。
在朝上因为爵位分封而吵得越发激烈的时候，天王找到了一个令人更容易接受的晋封他的两位兄长以及石达开的办法。他最终决定，起义中七位结义兄弟最后的这位仍然保留“翼王”的头衔，而他两位兄长的王爵则被改为新设立的六级爵位（天义、天安、天福、天燕、天豫、天侯）中“义”之后的第二及第三位次，并在爵位前依个人加上特殊的称谓，例如陈玉成的头衔就变为“承天义”，李秀成的头衔变为“和天安”等。石达开仍然保有之前“电师”的头衔，还被晋封为全军的最高指挥官（通军主将），虽然此位尚不及杨秀清的全军统帅之职（正军师）。
石达开现在统率太平军全军（原有的五军因为其他四帅的死去而兼并融合），便开始着手重新振奋革命斗志这一重要的工作。现在太平军人数太少，无法向湖北（武昌和汉阳）、江西或皖南的远方前线派出增援，却派出了一支由陈仕保率领的部队，帮助李秀成和陈玉成恢复了太平天国在皖北的领地（见第十五章）。而且，天京的部队还成功地击退了从句容而来的清军钦差大臣和春及张国梁部的攻势。
但石达开却在朝廷中遇到了他的政敌。洪秀全的两个哥哥嫉妒石达开的影响力（在他们看来，正是因为石的影响力，他们才没能晋封王爵），出于这种小人心思，他们纠集臭味相投的反对派，暗自结党，决心通过骚扰、阻挠行政甚至暗杀的手段，把石达开排挤离开。这两兄弟主要依靠的是他们天生的狡猾和固执，而非智慧与能力，他们的手段也简单粗糙。因此自然，他们的卑劣伎俩就是暗示他们的弟弟天王洪秀全，如果给石达开过多的权力，他很可能会步杨秀清和韦昌辉的后尘。对于一个两次落在叛徒之手、有性命之虞的人而言，他们的说法相当有说服力。自此，石达开也开始感觉自己越来越受到猜忌。天王现在已经陷入了病态的恐惧之中，认为只有自己的两位亲生兄弟才是可以完全信任的。
暗算者下的套越收越紧，石达开的处境也变得越来越危险。他在民政和军政方面的举措，天王常常只是犹豫踟蹰地勉强同意，在施行上也经常因为影响力颇大的新结党中成员的干预阻挠而失败。此外，兄弟相残的前例既开，谁也无法保证他的敌人不会对他施以毒手。石达开意识到，他的职位无法保全，而且因为自己所坚守的原则和他的秉性，所有解决困境的可能途径也被封死。向这些恶棍无赖屈服，意味着放弃自己的荣誉，这对于一个二十七岁的血气方刚的小将而言是绝不能快然接受的。公开地铲除他的敌人，意味着再一次兄弟相残，这与他的原则背道而驰，何况他内心平和的本性也不允许。而且，石达开还一直真真正正地忠于洪秀全和革命事业：他对天王的忠诚使他无论如何都会尊重洪秀全的血亲，而他对革命事业的忠诚则使他不可能背叛洪秀全。清军（包括曾国藩）不了解这些，因此在知道有人秘密结党反对石达开的时候，还很有信心地准备着石达开过来投诚，但这件事却始终没有发生。就算是石达开想要放弃对他珍爱的部队的领导权而退隐成为一介草民，天下也没有不受太平天国或者满人控制的安身之所。最后，在考虑了所有的可能性之后，石达开艰难地意识到，他唯一的出路就是带着他的军队向西远征。
1857年5月底，在光荣入城不到六个月之后，石达开带着他的二十万大军出走。他的离开让太平天国陷入了无兵将可用的窘境，是太平天国由暗杀杨秀清而起的一系列灾难性事件中最为折损元气的事件。
分道扬镳
石达开的不满与出走，竟然从未被太平天国冠以背叛或谋反的罪名，可谓奇怪至极。首先，有一种可能是石达开出走之前曾征求并且得到了天王的默许，因为没有记录表明二人曾经闹僵，并且在此后的年岁中，石达开的名字一直出现在每一份太平天国官方的文件和发布的命令上。石达开也从未否认天王的权威，亦不曾放弃太平天国的名号、拜上帝会的基督信仰、推翻清朝的原则或者任何太平信仰中的教义规定。石达开用过的王衔，始终是天王正式奉赠给他的，而且直到最后，追随他的人始终按照太平历法日常作息。他对外声称的出征目的，仅仅是遵照天王之命为天国开疆扩土。虽然石达开的部队完全自治，既不接受天京的命令，也未得到天京的增援，但是这支部队从军帅到圣兵的层面上始终都是太平军。唯一的区别是其高阶的军政领导，这些官职由石达开创制，以适应新的形势。但是，如此一支由起义最初的领导人之一所统率的规模庞大的队伍从组织中脱离，实质上是一场相当于叛变的纠纷与不和——这种情形也许真是史无前例的。现在，士兵们迈着步伐出城的雷动之声，让天京城再次陷入风雨飘摇之中。
石达开的总体目标是经湖北进占地域广阔的四川，而短期目标则是召集在各处行动的他麾下的将官。因此石达开首先奔往安庆，那里的陈玉成和李秀成拒绝放弃再度攻占武昌和汉阳的计划，首先从石达开的部队中分军而出。陈、李二将正率军向西，从皖北进入湖北，石达开为了避免和他们相遇的尴尬，也不想和湘军交锋，于是便决定再次渡过长江，取道江西。如此改变进军的路径，还有两个好处：首先，曾国藩已于3月给亡父办完丧事并且返回湖南，这意味着江西的湘军目前没有最高统帅的指挥，取胜较为容易；其次，石达开认为有可能招募很多之前只接受他指挥，现在驻防在江西的将军。而在江西，新的入川路线是经鄂南入湘，从而完全绕开了皖北，这样就完全不会干预陈玉成和李秀成在那里的军政事务。
1857年10月初，石达开率军入赣北，沿途收纳其旧有的零散部队，实力不断壮大。然而，有三位重要的将军对加入石达开的远征部队踟蹰犹豫：彭泽守将赖贵芳、芜湖守将黄文金，二人都是天王的亲属，另一人是九江守将林启荣。但是，当石达开径直向南，通过景德等县来到贵溪的时候，他在讨伐北王韦昌辉时的忠实盟友杨辅清表示愿意加入他的远征军。此后，杨辅清继续在这一地区活动，被湘军李元度部击败。与此同时，石达开的部队与赣军及湘军的零散部队一边交战一边推进，如此到了抚州。此时，临江之上，石达开麾下的得力干将赖裕新正在与从湖南前来围攻抚州的湘军刘长佑部交战，石本欲前往救援，此时消息传来，说他的族弟石镇吉已率援军帮助加强防务。石达开因可以不与湘军正面交锋而放下心来，随即率军南下前往吉安，在那里驻防的他的另一名得力干将傅忠信正遭到从湖南而来的曾国荃和张运兰的进攻。（石达开的岳父黄玉昆也曾率军往援吉安，但在1857年11月初的一场战斗中不幸战殁。）12月，石达开自己的部队也一连三次败在了张运兰的手下（曾国荃此时在湖南为其父办丧事），因此决定暂时退至抚州，准备尝试依照张遂谋（时为丞相）的建议，绕道浙江和福建南下。
1857年冬天，在抚州的石达开接到了天王的命令，新担任副掌帅的李秀成向天王建议，召回石达开主持民政工作。一开始，天王拒绝了这个提议，但是面对此后不久就产生的管理混乱，这一建议又是最为可行的。因此天王便下令重新任命石达开为主政，并把他的头衔“电师”晋升为“圣神电”，与杨秀清的“圣神风”齐平。石达开坚决地拒绝了返回天京的要求。但是从此之后，直至石达开生命的最后一刻，他都以“圣神电通军主帅翼王”作为自己的头衔全称。（天王此后还加封了另一个“公忠军师”的封号，但该称号从未出现在他的公文和信件中，可能是因为石达开并没能接到加封的命令。）
由浙入湘
1858年3月下旬，石达开的大军离开抚州前往浙江，忠心追随石达开的将军余子安为他殿后。在经过贵溪时，他接到李元度的长信，细数了他效忠清朝政权的诸多原因（和曾国藩与其他乡绅的原因大体相同），并且许以高官厚禄，邀他投诚。石达开没有回复。
除了转走南路、前往福建的杨辅清部，石达开的二十五万大军（亦不包含杨军人数）一同进入浙江，主力于4月中旬到达，余下各将也依次从江西赶来。湘军随后占领了所有太平军遗弃的空城。此后，为了扫清穿过浙江的道路，石达开将部队分为两路：石达开亲率一路，进攻衢州，历经三月而无果；另一路由他的族弟石镇吉率领。石镇吉的部队在东路沿途攻城略地，占领了不少城池，但他收到了石达开的命令，叫他马不停蹄地推进至福建浦城，在那里会合，所占城池随即又都被清军收复。
在8月中旬到达浦城之后，石镇吉很快就与此前已进入福建一段时间，并攻占了几座城池的杨辅清吵得不可开交。就连和族弟同时进入福建的石达开，也没法调和双方的矛盾。其结果是杨辅清带着自己的部队返回江西，重新效忠于天王。他也因此被嘉奖晋升为辅王，担任中央军的总指挥。9月上旬，石达开的部队又发生了一次分裂，一位名叫杨在田的将军率其部离开，向西南沿福建边界返回江西，这支部队很可能后来变节归顺了清军。
与分裂相比没有那么引人注意的变化，是石达开两兄弟之间因杨辅清离开的追责而产生的隔阂。当曾国藩开始努力消灭这支独自征战的部队时（曾于1858年7月中旬起复，应对石达开的部队），两人从地理上也开始被隔绝开来。到10月中旬，石达开率领的主力部队已经远至汀州，并从那里转而向西进入赣南，而石镇吉带领其余的部队，由另一路来到江西边界，却被湘军刘长佑部截击并多次击败。当他们最终到达汀州的时候，发现大部队已然离开前往江西，于是石镇吉决定暂时在福建多停留一段时日。从此之后，他的部队便与其兄石达开的部队相互独立，完全依照自己的计划行动。
跨过江西边界后，石达开首先于1848年10月18日占领瑞金，接着分兵两路继续向西。1859年1月3日，他的主力攻占南安府，并在那里度过了春节。2月初，萧启江率领的实力雄厚的湘军部队到达赣州，在那里招募了四万乡勇之后，取道南康出击，进攻南安府。2月20日，战斗打响，但是石达开只想率全军西进，而不想接战受损，遂在一胜一负两次接触湘军之后，悄然转向湘南而去。
然而，石达开的一部分部队却在江西迷了路。当石达开的主力部队逃往湖南并于3月2日占领桂阳县之后，萧启江将重点放在信丰县，那里已经被石达开的南路部队围攻了三个月。南路的太平军约有两万人，人数不及萧启江的湘军部队，因此便决定马上解除包围。而与石达开主力部队会合的道路又被封锁，这部分南路军便转向广东。与此同时，石镇吉的部队也从福建进入粤北，并经过嘉应和惠州，最后在连州附近与南路军会合，两支部队共计约有四万人。但是粤军很快出现，在随后的撤退中，石镇吉成功地带领部队向湘南转移，而石达开的南路军则全军覆没。
到了1859年早春时节，石达开已经完全在湖南站稳了脚跟，他的部队可能由于吸纳了足够的沿途地方新兵，来补足阵亡士兵的损失，现在已经有了二十万人的规模。而如此一位杰出的领袖率领这样一支大军的突然来袭，给湘府长沙的官员敲响了最为急迫的警钟。因为不仅湖南告急，而且湖南是曾国藩湘军的大本营，他们剿平太平天国的最大希望也因此陷入危难。湘抚骆秉章在给清帝的奏折中暗示说，保卫湖南不仅仅意味着保留一个供给基地，其家乡如有不测，在他省奋战的湘军将士的士气也会受到严重的影响。但是，由于组建和装备湘军并在其后不断派出援军，湖南府库资源已然耗竭。在这种绝境之下，襄助骆秉章军务的左宗棠立下奇功，他在短短一个月内就征得了四十万人的大军。他采用的方法是招募当时在湖南境内的所有湘军官兵，无论是请假在家者、除籍回乡者、遣散回家者还是退伍返乡者，他用这些老兵按照湘军的规制组成了一支独立的军队。干将刘长佑（他的部队因在抚州兵退过半而被曾国藩解散）受命指挥这支部队，他们迅速南下阻击太平军的袭击。与此同时，作为攻势防御的一部分，湖广总督官文和鄂抚胡林翼把所有湖北的援军力量均派往湖南。
当石达开准备从桂阳发动新一轮攻势的时候，一名天地会领袖何名标突然率部出走。何率部投奔了正从广东经湖南向广西开进的石镇吉的部队，但此后他们在平乐府惨败，这两股部队又返回湖南，分道扬镳。此后，何名标的部队被清军彻底消灭，何本人也自杀而亡。石镇吉则再次进入广西，进攻省府桂林。
图5 石达开的远征（一）
1859年4月，石达开的部队继续向西推进，与刘长佑的新军在永州相遇，虽然惨败，但仍然继续保持向西移动。他的下一个目标是宝庆府，他的战略规划是由此入湘西，然后入蜀。石达开和赖裕新计划两路协同进攻宝庆。5月24日，石达开到达府城郊外，发现自己的一些部队已经开始进攻。这些是由傅忠信和余子安指挥的部队，他们从东安向西而来，除了沿途遭遇并击退了刘长佑的部队，一路上都平安无事，因此较石达开更早地到达宝庆。赖裕新由于路途最远，直到5月底才抵达战场。
虽然有一小股部队被刘长佑部牵制在新宁一月有余，但石达开其余的超过二十万兵强马壮的部队已经就绪，于6月初对宝庆府发动了总攻。太平军从东、西、南三面包围府城，并开始夜以继日地轮流猛攻。但是清军也奋勇战斗，寸土不让。到了6月中旬，太平军已攻至城北，而刘长佑的全部湘军则驻扎在城东的包围圈外。三周之后，随着由李续宾（已于1858年11月中旬在皖北三河的战斗中阵亡）的弟弟李续宜指挥的湖北援军的到来，决战的时刻终于来临。李续宜的部队由三千五百精锐湘军、一小支舰队和一队骑兵组成。他与刘长佑讨论并规划了战略，然后在7月25日，两军从各个方向上向太平军发动猛攻。石达开决心不惜一切代价赢取这场关键的战斗，因此分给他的将军们三日口粮，命他们限时拔除湘军所有大营。血战进行了整整三天，太平军付出了百座大营、万余人的代价，双方不分胜负，进行休战。8月10日恢复接战之后，湘军在战场上再获大胜。石达开最终被迫承认失败，命令全军向南撤退，分多路进入广西，并以此结束了对宝庆府持续三个月的围攻。战斗虽然结束，但宝庆府周边四县民众的厄运却刚刚开始，因为太平军刚一离开，湘军士兵就开始大肆洗劫远近区域。
翼王返乡
石达开进入他的家乡广西，最终却没有进攻桂林，一部分原因是他已从宝庆府的苦战中学到了教训，那时他浪费了大量的时间和许多士兵的生命，试图去攻占一座防守坚固的城市；当然，更主要的原因是他不想与那个他不喜欢的正在率部围攻桂林的族弟石镇吉相遇。石镇吉是在8月从湖南再次进入广西的，在进攻全州未果之后，便转向西南来攻桂林，并于当月月底兵临城下。湘军蒋益澧部之前从湖南追缴盗匪至此，现在则在此顽强抵抗，孤守待援。不久之后，一直追着石达开而来，并且之前战胜过石镇吉的萧启江也率军进入了桂林，并会同蒋益澧部再度击退了围攻的太平军。10月5日，石镇吉解围拔营，选择从南线撤退，避免和其正在广西西线推进的族兄相遇。他先后经永福、永安、武宣及贵县，最终于11月底到达宾州（今宾阳）。他的下一次行军（1860年）便是从上林出击进攻百色，但其间与曾广依产生矛盾，曾率部出走贵州，而石镇吉也放弃了对百色的进攻。他随即又转向庆远府（今宜山），但后来全军覆没，自己被乡勇生擒。他后来被解送到桂林抚衙，于1860年4月被斩首。
与此同时，石达开则占了自己族弟围攻桂林的便宜，当萧启江和蒋益澧结对防守省府的时候，他的军队则趁机通过广西，几乎没有遇到抵抗。唯一的例外便是在刚从宝庆府撤退的时候，在兴安败给了追击的湘军萧启江部，但此后他从东安经全州、兴安、灵川、龙胜、义宁、永福及永宁诸县，并于1859年10月最终占领融县，其间都没有遭遇大的战斗。在短暂地休息之后，石达开继续前进，于10月15日占领庆远府，并决定在那里休整长途奔波的部队。为了安营扎寨，他手下三十万人的部队依编制分置在周围不同的县，其他的一些部队被派往其他的乡县收集粮食。这段时间对石达开而言是难得的闲暇与追思的时间，他在那里度过了1860年的春节，以及3月份他三十岁的生日，还愉快地和他的将军及官员们远足北山白龙洞。石达开在那里作了一首诗，后来和他的其他随从所作的诗一起被刻在了石壁之上。这首诗是唯一一首确定由他所作的诗，其他在民间流行的诗均为后代文人冒用其名，为宣传而伪作的。
这种快乐清闲的时光终将结束，内外情境的变化迫使石达开回归现实。在内，他的部队开始解体。1859年冬天，有两股士兵从军中逃亡，一股奔往湖南，另一股奔往江西，最终都回归天京方面的太平军。到1860年晚春，第三股士兵也逃往贵州。造成这些部队离开的因素有两个，即身体上的苦痛与心理上的忧伤。首先，由于庆远府周围大部分地区是山区，粮食产量能支持的人口甚少，因此石达开全军陷入粮荒；此外，游荡的广东天地会和土匪近年在此处横行，妨害稻米种植，还强占了所有的米店。而突然出现的三十万大军，自然给这一地区带来了严重的后果。而军队的指挥所又没有能够解决问题的办法，很多士兵便开始觉得他们要么逃亡，要么饿死。而且随着时间流逝，丝毫没有重新开始进军四川的迹象，军中产生了普遍的怠惰情绪。而被困在这种穷乡僻壤全军等死，使他们的未来看起来更加惨淡。也许有人已经意识到石达开此次远征的真实性质和目的，甚至他们虽然仍然对翼王无限忠诚，却开始怀疑翼王本人对天王的忠诚。无论他们因何种原因离开，颇为讽刺的是，他们确实抛弃了石达开。他们的辛苦与幻灭并没有以公开背叛或者投诚清军的方式爆发出来，而是以不合作的出走作为掩饰，像极了石达开本人从天京的出走。通过用石达开自己曾用过的方式出走，这些逃亡者有意无意地践行了“以彼之道，还施彼身”这句中国古话。
在外，石达开受到清军进攻的威胁在不断加剧。刘长佑刚被任命为广西巡抚，虽然他的湘军部队还忙着肃清东边乡县的盗匪，但是其他乡县的地方官员们已经为他召集了一股数量可观的团练，用于从太平军手中收复失地。终于在5月底，团练民兵由两路来到庆远区域，并准备开始进攻。一听说他们靠近，石达开便于5月29日放弃庆远府，带着最忠于他的部队向南行进。
这次撤退的三个月之后，又有一股由童容海和朱衣点领导的部队也选择离开，他们转而向湖南和江西移动。在出走之前，这两位将军同其他的官员很真诚地试图劝说石达开率军回天京。石达开不为所动，而面对坐在他们面前拒绝自己的请求，却又对未来毫无计划，无精打采又悲观可怜的翼王，官员们对他的失望几近变成了同情。跟随一个胸无大志、对士兵的饥馑视而不见的指挥官，是荒唐且没有前途的，因此童、朱二人带领他们约十万人的部队选择离开——这是最后一支，也是最大的一支出走部队。
现在全军只剩下约两万人，石达开和一直追随他的将军赖裕新带着他们到武缘度过这个冬天。在一些亲善的盗匪的拥护下，石达开被迎进宾州，并在那里度过了1861年的春节。与此同时，赖裕新攻南宁不果。8月，所有支持石达开的前盗匪头目要么阵亡，要么投降了清军，石达开转而去了他的老家贵县，去寻找陈开。如前文所述（第十二章），陈开本是来自广东的天地会头目，1855年事败之后逃到广西，并占领桂平（浔州治所），自号“平浔王”。在石达开和陈开得以相会之前，桂平遭到了湘军蒋益澧部在一部广东水师的帮助下所发动的猛烈进攻。蒋于1861年8月19日大败陈开，陈带着残部败逃贵县。在得知石达开一听说蒋益澧来到附近之后即刻率军离开后，陈开便带着他的部队四处寻找石达开。途中陈开落入地方乡勇的圈套而被捕，随后便被官员判处死刑，但是他手下的大部分部队（超过三万人）最终找到了那位伟大的太平军指挥官，并加入了他的部队。
石达开则往横州去找在那里驻扎的赖裕新，二人仔细研究了他们的处境。就算连陈开的部队也算上，石达开麾下的部队目前仍不到十万，并且多为罪犯和盗匪，而且新兵的战斗力也不可靠。而时间紧迫，清军日益逼近，石达开与赖裕新决定冒险向北长途行军，实现石达开原来定下的占据四川的目标。
由湘鄂入川蜀
1861年秋季，大军再度出发，过昆仑关到庆远，再到融县，在那里遭遇了刘长佑族叔藩台刘坤一的湘军部队。在交战中，石达开负伤，摔落马下，险些被擒，但他们最终还是冲过山隘，于10月26日到达湘西。在清军持续骚扰之下，部队沿着这条省界的行军缓慢且困难。但是，1862年1月31日，石达开饱受创伤的部队在一大伙盗匪的头目李福猷（化名李洪）的迎接下进入湖北，而李福猷则是一路从贵州而来，加入石达开的远征。李福猷于是成了石达开的向导，以及仅次于赖裕新的得力助手。此前的一个月，李福猷消灭了这一地区所有的清军，清理干道，为石达开打开了进入四川的大门。由于李福猷一伙以及其他各处新员的加入，当1862年2月17日石达开进入四川时，他的部队已经有二十万人之众。
当地官员一致地将长江南岸所有的船只移走，防止太平军渡江，石达开只得率军沿长江南岸向西挺进。在首先包围涪州城后，石达开向民众发布训谕，宣布其革命的要旨，表示爱护民众的善意，并劝说他们开城投降。但仅在数日之内，大量清军便集结在那里准备迎战，其中较为强大者为湘军刘岳昭部。（刘受原湘抚骆秉章之命入蜀，而骆新近改任四川总督，专务防备石达开来犯。）石达开被迫放弃围攻涪州，而湘军和川军由各处来援，军事压力日渐增大，他最终决定转而向南，进入贵州。
当年夏季，在先后进攻仁怀、遵义府、黔西州均告失败之后，石达开部于秋天到达大定，又与两年前从石镇吉部出走后一直在贵州活动的曾广依部会合。而此后的一场败绩，使得已经疲惫不堪的军队不得不再次转移，跨过省界于10月初到达云南昭通。但一个月之后，石达开又领全军再度入川，这次他兵分五路，预备在叙州（今宜宾）集结会合。骆秉章则迅速调派所有能够调动的部队前往四川边界区域，经过从1862年11月18日至1863年1月30日的一系列战斗之后，迫使石达开退往昭通。这是石达开第二次从四川撤退，尽管此次他留下李福猷部三万余人，驻防一个位于云南边界的战略位置重要的村庄，准备日后卷土重来。
石达开与回民起义
现在是时候谈一谈中国著名的回族革命领袖杜文秀和他在云南发起的回民起义了。杜文秀是永昌府人，早年考得秀才，因与一些满族官员结有私怨，便集结附近区域大量追随他的回民，于1856年举事起义，并攻占大理府。其他地方的回民也纷起响应，并占领了其他一些城市。各部起义的领袖在大理会晤，商定在中国的西南部建立一个独立的王国“平南国”，并推举杜文秀为大元帅。他们还制定了下一步攻占滇府昆明的计划，并以此为基础，推翻清朝的统治。虽然当时回民对地方上的汉人官吏也多有侮慢，但是杜文秀非常现实地认识到，他们起义的成功仍然要依靠和汉人的亲密联系。显而易见，他在革命道路上最具实力的盟友便是太平天国。但在石达开进入四川之前，他们实际上并没有与太平军建立同盟的可能性。此时，他在与石达开互换信函之后，马上就命令手下两名副将蓝大顺、李永和各领其部前往四川，共同行动。但是由于清军半路阻截，加上翼王入蜀失败，双方未能相遇。而现在石达开退守昭通，离大理不远，杜文秀再次努力地和石达开建立同盟，但这一次，石达开提早离开，双方又未能建立联系。杜文秀坚持斗争，直到1872年冬天，在清军攻破大理之前自尽。
新的战略计划
1863年3月上旬，石达开设计了一个新的战略计划，为攻夺四川做最后的努力。按照新的战略，他的部队将分两路北上：李福猷部为东路，从云南至四川，径直北上，来吸引清军注意力，而石达开率领其余的部队绕路渡金沙江，快速穿过西康地区，渡大渡河，再趁清军不备向东入川。于是，赖裕新率两万石达开一路部队作为先锋，于1862年11月中下旬渡过金沙江。但是，四川的官员早就预料到太平军经西康地区来犯的可能，赖裕新部随后发现，大路之上早有湘军防备。勇敢无畏的太平军开始一点一点地向前推进，他们不仅要和清军作战，还要对付地方团练乡勇以及和满人同盟的当地人。由于饱受袭扰，太平军战损严重，4月上旬，赖裕新被乡勇以礌石砸死。此后，赖裕新的两员副将也相继战死，剩下的将领在郑中和的带领下，率残部拼死向北逃窜。他们渡过尚未布置防御的大渡河，且战且进地穿越四川边界，进入陕西，并于1863年5月中旬加入原陈玉成麾下陈德才的第二次远征军（此后郑中和投降清军）。
英雄末路
1863年5月12日，石达开率领三万人的主力部队在昭通附近的米粮坝横渡金沙江，此时他并不知道赖裕新已然战殁，赖的残部也被赶出四川，逃到了陕西。石达开开始依照事先计划，沿赖裕新部所经路线前进，但他很快就发现，这一路线上的清军守备严密。因此，在一些当地民众的带领下，石达开率军向西走小路，盘算着如果他们快速行军，便可以在蜀军赶到之前到达并渡过大渡河。但是，骆秉章此时已经接到线报，并派藩台刘蓉率大军驻防。5月14日，石达开部到达大渡河南岸由当地土司王应元管辖的紫打地渡口，而此时清军已然严阵以待。紫打地地区向东、向西均有小河，当石达开发现各个方向上均有清军部队出现时，才忽然意识到他已经把部队带入了死亡的陷阱。除了刘蓉坐镇雅州指挥包围他们的清军和官府招募的当地人，石达开还发现天气此时也成了他的敌人，他们刚到达的那一天，天气就变得恶劣起来。大量的雨水导致山洪混杂融化的雪水，沿山间河道倾泻而下，而眼前这条河由于接纳大小山涧的水流，一夜之间水位暴涨三米。大渡河如此泛滥，以竹木筏渡河毫无可能，但石达开还是让他的士兵从第二天开始用树干和竹子制造木筏，却发现河北岸已有重庆镇总兵唐友耕和雅州知府蔡步钟严密防守，无法登岸。经历千辛万苦行军至此，太平军现在已陷入绝境，成为当地人从树林内外日夜偷袭的标靶。这种情况让石达开感到难以承受，于是在5月21日，他令数千人乘百余木筏不计损失地同时实施强渡。一拨又一拨木筏在河中倾覆，或者被北岸的清军击退，损伤无数。翼王又尝试撤退，发现后路已被带蜀军向北追击而来的清军参将杨应刚截断。而西面的小河也被土司王应元紧密地把守。
随着粮草逐渐匮乏，翼王全军倾覆的征象越发真实。由于当地已然疏散了居民，太平军绝无可能找到民众购买粮食。最开始，太平军开始杀马果腹，后来一些人靠着吃树根和树叶充饥，其他的人则被饿死。当地人此时则越发大胆，他们占据了面朝大渡河的山，这样石达开本就不断减少的部队便暴露出来，他们可以自上而下发动进攻。盛怒之下，石达开杀死了所有把全军错误地带入圈套的当地向导。此后他又尝试了几次向北、东和西面渡河，均告失败。于是石达开便写信给当地两位土司，许以重诺，要求他们帮助其全军撤退。两位土司都拒绝了他的请求。6月9日，石达开尝试最后一次渡过大渡河，也终告失败。
至此，清军可以肆意地在他的军中放火烧毁大营，当地人也不断地从山上丢下礌石滚木，一万多士兵横尸当场。在这种情况下，石达开带着家眷和七千多剩余的部队，做最后一次搏杀，向东经山路到达老鸦漩。当时，他们的辎重被劫夺，又无法在那里渡过小河，这支可怜的队伍陷入了更加困窘的境地。石达开现在越来越意识到，他这场经十五省、行两万里的长途跋涉将要惨淡地落幕，在命令五个妻子（从天京出走后迎娶）带着两个儿子先跳河之后，他也准备自溺。许多他的部下也都跟着他投河。但石达开在最后一刻开始犹豫，他突然饱受良心的折磨，他想到这七千多忠诚不渝地追随他风餐露宿一路而来的英雄士兵们，几乎肯定会遭到清军的屠杀。石达开考虑，可以通过自己向清军投降而保全他们的性命。
在写给唐友耕的信中，石达开以最真挚的方式表达了自己的愿望和决心。两天之后，仍不见回复，此间时有听说杨应刚发布告说，只要石达开投降便可赦免其罪等诸如此类复杂的细节。石达开无法继续耐心等待，便于6月13日带着他的幼子石定忠及四名高级官僚，徒步前往杨应刚的大营。杨亲切友好地接待了他们，并立即放行，让四千名石达开最近才招募的新兵及老幼病残离开。剩下的两千精壮老兵则被留置在附近一座庙宇中，等待杨应刚的长官处置。
6月16日，杨应刚亲自押解石达开及其随员渡过大渡河，前往唐友耕的大营，唐则安排将他们送往川府成都。三天之后，唐友耕和蔡步钟率兵包围了那座庙宇，一夜之间便屠杀了里面所有的两千余太平军士兵。他们很可能是受藩台刘蓉的命令而行动的。
石达开几人于6月25日到达成都，在骆秉章亲自审问之后，石达开写了自己的供述状（其内容在经官方删改之后公开发布）。此后，石达开和他的部下于1863年8月6日（同治二年六月二十二）依清廷命令被凌迟处死。刘蓉记录了石达开最后的时光，他回忆道：“坚强之气，溢于颜面，而辞气不亢不卑，不作摇尾乞怜之语……临刑之际，形色怡然。”石达开的英勇就义可谓死得其所，尤其是因为他的这一崇高举动挽救了许多他手下士兵的性命。
图6 石达开的远征（二）
尾声
按照大清律，石达开仅有五岁的儿子被暂时赦免，待其到达一定年岁（十六岁）后再按规程处分。有资料说，石定忠此后确实活了下来，改名时雨化，甚至还选中了拔贡，并做了贵州地方县令。
至于李福猷，他之前受命从东路进军四川，部队行至贵州时，得到石达开陷入重围的消息。李福猷随即撤退进入广西，然后又到了粤北，最终于1863年12月2日被清军在连州抓获，此后在广州被斩首。李福忠在广西时带领一小队追随者与其兄分军自立，他后来顽强地杀回了贵州，并袭取了许多乡县。这一股部队直到1871年7月，即接纳了许多太平军残部的北方捻军被剿灭的三年之后，才最终被剿灭。毫无疑问，李福忠的部队是最后一股被消灭的太平军。