从石达开在天京的短暂掌权到洪仁玕崛起执政期间，沿长江两岸进行的战斗较为零星，缺乏统一的军事指挥。由于双方均缺乏总体的战略及核心作战计划，在此期间的作战多为独立的战役。为了方便叙述，我们在本章将对这些战役按照简单的时间顺序逐一介绍。
痛失湖北
天京内讧给太平天国带来的第一个军事上的影响，便是他们完全丢掉了湖北。前文已述，1856年夏天，石达开率大军返回被湘抚胡林翼和湘军水师重重包围的武昌，但在采取行动之前，9月他就被紧急地召回天京。此后武昌战事又归于之前的状态，武昌城由韦昌辉的弟弟韦俊守备，而天王的堂兄洪仁政则驻守汉阳。此后一个月，湖南的清军成功地阻截了太平军从江西来的增援部队以及自安庆而来的军粮补给，有效地切断了两城与外界所有的陆路交通，而湘军水师也往来巡逻，控制了江面。此时由于太平军在湖北的领地上已没有一位总指挥官协调调度，被围困的部队也就再没有获得增援的希望。所有被太平军占领的城池都独立行事，被清军攻克只是时间问题。
这对于钦差大臣官文而言是个好消息。作为清军收复湖北作战的最高指挥官，他把大本营移至长江北岸，准备会同李孟群、王国才等部进攻汉阳。与此同时，在长江南岸，胡林翼在湘军陆军与水师的指挥官李续宾及杨载福的紧密配合下，准备向武昌发动攻势。显而易见，面对如此具有优势的兵力，太平军不可能长期固守，更何况听闻韦昌辉与石达开在天京内斗不和后，士气变得更加消沉。韦俊得知这个坏消息后自然尤为震惊，但他仍然勇敢地抵抗着来自长江两岸的攻击。
随着在湖北其他的城池接连被清军攻破，各路得胜的清军（包括南面王鑫的旧湘军以及西面唐训方的湘军部队）逐渐汇集在省府城外，武昌城防的压力陡然上升。1856年12月12日，韦俊进行了人生的最后一场战斗，当时他因之前的一场败绩而感到灰心，加之当时正好信使到来，报知他韦昌辉被处决的消息。韦俊忽然意识到，他已经处于一种无家可归的不安境地，因为作为韦昌辉的弟弟，他也有被政敌报复的危险。不过他显然并没有考虑过投降，而是决定放弃武昌，于12月19日（咸丰六年十一月二十二）率部出走，开始最终使其倾覆的征程。同一天，汉阳也被太平军放弃。清军则在长江两岸同时追击太平军，据说杀死或俘虏了大量的太平军将士。
这是太平军在十二个月内第三次，也是最后一次放弃湖北的省府。到了1857年春天，清军已经在湖北彻底剿平了太平天国的势力。
武昌和汉阳的失守标志着太平天国由盛转衰。传统上认为，控制这个长江上的战略要点是控制下流区域的关键。清军在第三次从太平军手中夺回这种军事优势之后，再也没有失去它。总督官文和湘抚胡林翼紧密合作，在湖北建立了有效的行政统治，把湘鄂建成了未来曾国藩军事行动的大后方。赣、桂、粤、黔、滇、川几省之间的联系，也被有效地延展到了能够供给军资的地区。从此以后，湘军再也没有因为缺乏武器、粮草、弹药、舰船、资金或其他军需而陷入困境。
皖北方面的胜利
到1856年10月底，清军已经收复了除安庆、桐城、潜山（位于西南）三角之外的所有地区。太平军方面，张朝爵驻防安庆，而副丞相李秀成负责桐城的防御，因为那里很快就会出现大规模的战斗。该城当时已经被秦定三围攻，现在钦差大臣和春已经来到长江以南，接替病亡的向荣，而皖抚福济及他的新任提督郑魁士也已开始集结兵力，准备发起最后的总攻。
此前，1856年9月上旬，李秀成正从江苏金坛前往三河，还未赶到便得知三河已经落入清军之手，便转而直接来到了桐城。他到达时，那里的驻防部队因为石达开要他们返回天京的命令，而减少到只有约三千老弱残兵。相对于秦定三的部队和当地的乡勇（总共超过万人）来说，这支部队非常弱小，在城外的几次交锋受挫之后，李秀成意识到他最好的办法便是固守待援。11月初，确实有一支大军（号称三十万人）从安庆赶来，并且包围了秦定三的部队，但是仅十八天之后，他们就被受皖抚福济之命驰援而来的郑魁士部赶走了。此后很长一段时间，桐城双方鲜有交战，战事陷入僵局。
虽然与其他太平军之间相互隔绝，长期婴城固守的结果似乎并不乐观，但是李秀成仍然不愿意放弃皖北这个仅存的能为天京提供补给的地区，最终只能在如此绝境之中独自谋划了一条生存计策。根据这个计策，他同时向北及向南派出两路使者向外求援。北路的使者是李昭寿，他曾经是捻军在皖北英山的领袖。后来他转投了清将何桂珍，但此后又对其倍感失望，在杀掉何之后再次起事。但是，他的捻军部队遭到清军重创，他便独自一人向南逃走，于1856年初夏在金坛投靠了李秀成。因为李昭寿自己就是捻军，于是便成为联络张洛行、龚得树这些曾经与他合作过的皖北其他捻首的最佳使者。据说有百万之众的皖北捻军从此与李秀成结成同盟，他们在几个战略要地合成数股，等待统一的号令，向他们共同的敌人清政府发动进攻。（作为结盟的象征，张洛行和龚得树都获封天国头衔，天王后来还将张洛行晋封为王。）如此大规模部队的忽然加入，使太平军一夜之间在皖北重新取得了优势和主导权。
向南的使者则去了宁国，陈玉成正在帮助那里的守军抵抗邓绍良的围攻（在李秀成被调往北方之后，陈玉成就从金坛被调来此处）。陈、李二将都是广西贵县出身，在加入太平天国运动之前就互相认识，而且从那时开始一直到防御镇江和天京的战役中，都是要好的朋友和同志。陈玉成从使者处听闻李秀成有难，便马上起身北上，一方面是出于好友的求援，另一方面他也与李一样，认为皖北对于天国存续至关重要。（石达开当时在天京负责所有军政事务，他显然也同意了陈玉成的行动，只是在陈动身不久之后的12月底，宁国便被邓绍良攻破。）出于对忠诚战友行动的感激之情，李秀成亲自出城到长江北岸的枞阳与陈玉成会晤，二人于是定下了解桐城之围的计划。首先，李秀成返回桐城，继续婴城固守，与此同时，陈玉成则向东迂回，切断清军的补给线，再向西包抄敌军后路。此后，李秀成再率军正面出击，反包围围攻的清军。
计划进展得非常顺利。1857年1月11日，陈玉成占领无为州及其东面的两座市镇。在那里与石达开派来增援的陈仕章部会合之后，陈玉成又进占巢县，并于1月31日击败秦定三防守薄弱的庐江。在那里留下一部殿后之后，陈玉成和陈仕章继续出击，扫荡清军补给线。他们在击溃安徽提督郑魁士派来的乡勇之后，占领了桐城东南的大关和孔城二镇。此时又有从芜湖而来的太平军援军（可能也是石达开派来的）加入，陈玉成便带领他的大军向桐城开进。2月24日，李秀成按计划从城内杀出，而当郑魁士和秦定三的部队发现自己已被前后两路太平军同时围攻的时候，清军随即溃败。太平军的这场大胜，毫无疑问首先要归功于陈玉成和李秀成卓越的战术策略。此外，从1856年秋天开始，皖北发生饥荒，清军部队也常不能果腹，甚至有饿死者，因此士气低迷。并且，虽然清军基本上有序地逐渐向北撤退，但有些部队一见太平军便四散逃亡，也有很多乡勇则直接向太平军投降。
陈、李二将率军追击郑魁士部（往庐州）和秦定三部（往六安），同时，陈仕章率部直接北上进攻庐州。而此时，既然郑魁士已彻底逃往庐州，陈、李便合军先占舒城，后下六安，迫使秦定三也退走庐州。
到此时，太平军的行伍，尤其是李秀成的部队，接收了无数身负饥荒之不幸，又因当地清军让人无法忍受的肆意掠夺而心生愤恨的百姓，实力倍增。陈玉成、李秀成和前捻首李昭寿率领着这支扩充后的大军开赴三河尖（霍邱西北的小镇），准备与新近联盟的捻军会合。捻首张洛行（已在河南举事）派遣龚得树和苏天福来迎，与太平军相会，双方正式结盟。此后他们协同进军，两支大军于1857年3月11日直接冲破正阳关，然后分两路向北推进：李秀成、李昭寿和捻军进军霍邱，而陈玉成领太平军向寿州。但是，两军之间数量与战斗力的差距逐渐体现出来。陈玉成没有能够占领寿州，只得退守正阳关。而李秀成虽然拔取了霍邱，但未克颍上，随后留捻军驻守霍邱，自己退至六安。就连张洛行也在河南陷入困境，而钦差大臣胜保恰好派一部豫军增援，张便撤退至太平军驻守的正阳关（胜保此前因未能于1854年在山东击溃太平军北伐部队而被流放，此时刚刚复职）。
而庐州城城防严密，陈仕章一军难以攻克，于是他便在4月初撤回天京。他因在皖北战场取得的胜利，被晋封为“迓天侯”。陈玉成被晋封为“成天豫”（如前文所述，后又被晋封为“成天义”），且被晋升为正丞相，而李秀成因在皖北的战果被加封为“合天侯”。
当年夏天，石达开的出走让他麾下的将军们都要面对忠于哪家的微妙问题。而陈玉成和李秀成便是没有加入翼王远征部队的将军，陈玉成决心收复湖北，而李秀成则在陈的帮助下负责安徽的军政事务。这两位旧友及他们规模庞大的部队成为不可或缺的擎天之柱，在内讧之后又为太平天国支撑了一段时日。
再次收复湖北的努力
当曾国藩留在湖南为亡父办理丧事时，多路湘军部队纷纷进攻江西，收复了一些小城池。与此同时，在武昌新胜的李续宾也顺流而下围攻九江，这个曾国藩与胡林翼战略规划中的第二个战略目标。为了阻止湘军对江西的进攻，同时收复汉阳和武昌，陈玉成满怀信心地于1857年3月领两万部队向西进发，沿途不断接收新员，部队人数很快就增长到了十万（据清军报告）。但是，湖北守备并不空虚，官文和胡林翼从其前任所犯的错误中吸取了教训，在后方已经布置了雄兵强将，以为防备。不仅如此，新近被任命为安徽布政使的李孟群也恰巧率领两千五百人的部队往安徽赴任，途经湖北。因此，当4月陈玉成部和捻军从英山试图杀进湖北时，他们遇到的守军之强出乎意料。陈玉成在对付本地武装时虽取得了一些小胜，但当他的部队分三路靠近广济时，却在都兴阿、多隆阿、王国才和李孟群的手上吃了败仗。此后在进攻黄梅和蕲州时，又在孔广顺、鲍超和舒保的军前受挫。但此时，不计其数的安徽饥民涌入太平军，部队的规模已接近五十万之众。而依靠这股巨大的军力，李秀成在6月底和7月初与清军的二十五次交锋中屡次获胜，并最终在蕲州重建了大本营。但是，新加入的士兵几乎没有战斗经验，对陈玉成而言其助力也并不可靠。
随着8月中旬胡林翼从武昌前来，亲自指挥对太平军的作战，蕲州战事变得更加频繁。双方经过一系列交锋，互有胜负，其间清军勇将王国才阵亡。此后，胡林翼认为需要更大规模的部队才能应对这种情况，便命令李续宾部从九江赶来蕲州。7月至8月间，两军大小战斗五十余场，太平军仅受小挫，但是李续宾在九江大胜陈玉成，使军事上的平衡倾向了清军一方，此后李又返回继续进攻九江。在此之后，李秀成在清军多隆阿、鲍超和胜保的步兵、骑兵以及其他湘军部队的面前接连败退，最终于9月中旬被迫撤回皖北。陈玉成便在皖北西南部邻近省界的地区伺机再度出击，收复湖北。
而在1857年冬天，李秀成一直忙着处理太平军在安徽的军务，而负责江西一省的他的堂弟李世贤则与他通力合作。但是，当陈玉成准备再度进犯湖北时，李秀成则率军南下，当时钦差大臣和春已经对镇江和天京发动了新一轮的攻势。之前驻防武昌的韦俊率部进入江西，加入了陈玉成的队伍。他们的目的一方面是收复武昌（及汉阳），另一方面是招收更多的部队，来击破清军对天京的包围。因此，这两位久经战阵的将军在接近年底时发动了第二次攻略湖北的战役。
他们兵分两路，陈玉成让叶芸来和陈仕荣（他的叔父）领一军由南路到蕲州，而自己与韦俊和一些捻军出发经河南往鄂北。叶、陈一路遭到湘军多隆阿、鲍超和唐训方等部的顽强抵抗，而陈玉成的北路也遇到清军的顽强阻击，他们的行动在三个月之内几乎没有任何进展。
北路部队依照之前的计划，于1858年1月经六安和霍山进入河南，但是在三河尖遇到了清军胜保的部队（这是陈玉成与胜保的首次交锋）。双方不断交战，到了1858年春天，战场已经转移到固始。恰巧此时，李孟群领援军经湖南去皖北路过此地，他的加入迫使陈玉成放弃进攻固始，转而向南撤退。与此同时，捻军部队也被李孟群部追至六安。
陈玉成和韦俊则率部进入了湖北，此后他们并肩协力与湘军舒保、鲍超和其他的部队作战，在4月中旬推进攻占了麻城与黄安。但是，1858年5月19日，李续宾在收复九江之后，便来到了黄安一带，他与舒保的部队从两个方向同时发动进攻，又收复了黄安城，还在6月底把陈玉成和韦俊赶回了霍山。而叶芸来与陈仕荣并不知道他们发动的第二次湖北战役已告失败，仍按照计划北上与北路军在湖北会师，那时才发现陈玉成已然退回皖北。他们与清军在省界附近的几次交锋均告失败，最终撤退至皖北西南区域他们发起战役时的地区。陈玉成和韦俊不久后也最终赶走了李孟群的追兵，返回了那里。
江西战事
此前的1855年春天，曾国藩被困在江西十八个月，彻底与湘军在湖北和河南的行动基地断绝了联系。而救援的部队直到1856年夏天方才赶来。恰在援军赶来的同时，太平军方面因内讧而分军回天京勤王，这使得曾国藩的处境大为改善。到了1856年9月，整个江西的军事形势可以概括如下：（一）刘长佑和萧启江的援军在中路连战连胜，始终保持着对袁州（今宜春）的包围；（二）北路曾国华等将军率领的四千五百人的援军正在围攻瑞州（今高安）；（三）刘拔元和胡兼善率领的最后一支援军刚刚进入江西，正在帮助赣将寿山保卫赣州，抵御太平军、天地会和地方盗匪联军的进攻（前述三路援军先后由湖北与湖南派出）；（四）本来驻扎在江西，由曾国藩直接指挥的李元度部在南昌以南的抚州新遭大败，退至崇仁，太平军仍然占有抚州和建昌；（五）耆龄所率的赣军与湘军毕登科及朱洪章部驻防于南昌东北的饶州（今上饶）；（六）彭玉麟及刘于浔率领的湘军水师仍被困鄱阳湖内南康附近；（七）在北线，湘军尚无实力从太平军手中夺回九江、德安等城市；（八）在南线，吉安一带仍在太平军控制之中；（九）在中部，太平军仍占有临江。
从1856年11月起，新近发生的军事行动将于下文逐城加以介绍：
袁州
太平军方面所有救援袁州守军的行动均以失败告终。袁州守将李能通在长时间被清军围困又孤立无援的情况下最终绝望，于1856年11月29日举城向刘长佑和萧启江投降。这是太平军首例献城投降的事件。
景德
1857年春天，双方在景德以东地区陷入苦战，前途无量的湘军指挥官滇人毕金科战殁。此前，曾国藩令毕来饶州援助江西布政使耆龄。而满人耆龄为官平庸，却嫉妒毕金科这位年仅二十五岁就声名鹊起的将军，便擅自规定，只有毕金科攻取景德（浮梁附近的重镇），才能发放军饷给他的部队。毕金科年轻气盛，一时冲动，就带领手下一千人在春节过后前往景德，而且在不明原因之下脱离部队，直率亲兵先行入城。他们很快被大量的太平军包围，在肉搏战中，这一股人马很快就被消灭。他阵亡的噩耗传来，认为毕金科之勇猛仅稍逊于已故塔齐布的曾国藩悲痛欲绝。毕的参将朱洪章接替指挥他的部队，在饶州又驻扎了两年，此间不时受到耆龄的排挤。
瑞州
从1857年夏天开始，瑞州的太平守军在昔日石达开手下最为得力的干将赖裕新的指挥下，与湘军援军曾国华、普承尧及刘腾鸿部激烈交战。曾国华军中另外一支部队在吴坤久的率领下同时进攻附近的奉新。虽然清军不断猛攻，但很长一段时间内，这两座城池仍然在太平军的手中，直到1857年1月30日奉新被攻陷。曾国藩立即从南昌赶来，亲自视察情况。他命吴坤久往援曾国华，加紧对瑞州的围攻，又命令参加了1856年11月收复袁州作战的萧启江率部东来，阻击靠近这里的太平军韦俊部（从武昌撤退）和朱衣点部。决战准备已然就绪，但是曾氏兄弟忽然于3月16日离开，回湖南为亡父办理丧事，战事于是随之拖延。此后的几个月间，湘军吴坤久、普承尧和刘腾鸿各领其部，均未主动发起进攻，而此时城内粮草已经枯竭。1857年9月2日，太平军在婴城固守十四个月之后，终于弃守瑞州。而此前一日，太平军一发炮弹击中刘腾鸿，湘军又损失了一位勇猛过人的干将。而太平军赖裕新部撤出城外之后，沿途与朱衣点合军，向东进军浙江，加入石达开的远征队伍。韦俊则如前文所述，向北渡过长江，加入了陈玉成的队伍。
临江
湘军对临江的围攻前后持续了整整一年之久，先是刘于浔的水师，后来是刘长佑和萧启江的部队（在攻取袁州之后），再后来，普承尧的援军也来助战（收复瑞州之后）。许多太平军的将领也从各处纷纷来援，但均被击退，石达开也不例外。他在途经江西时，曾经试图保卫这座城池，但是在河道中遭到刘于浔水师的阻击。翼王始终也未能和城中守将程瀛取得联络。于是，石达开转向，直奔吉安，留下守军自谋生路。此后不久，城内驻防的太平军将军之间发生不睦，程瀛被部下所杀。士气低落的守军开始向刘长佑投降，刘于1858年1月22日占据临江，此时据收复瑞州还不到五个月。一部分太平军向西逃窜，最终也被剿灭。所有临江方面的太平军本是翼王部下，现在无一人能够幸存，加入石达开最后的远征。
赣州
从1856年夏天开始，江西的地方部队一直坚守着赣州这座江西南部的城市，抵抗太平军、天地会和地方盗匪的联合进攻。当年冬天，湘军刘拔元和胡兼善率部来援。1857年一年之中，他们逐批击溃了来犯之敌。现在赣州府已然确保无虞，他们便将注意力转向周边的县城，到了1858年4月中旬，这一地区的太平军被彻底扫荡干净。
九江
在1856年12月19日收复武昌和汉阳之后，胡林翼立刻派李续宾和杨载福入赣，准备对九江重新发动水陆攻势，完成曾国藩与胡林翼制定的军事大战略中的第二步战略目标。李续宾沿途收复了更多的湖北城市，于1857年1月进入江西，占领赣西北的瑞昌和德安，并于1月4日率一万湘军部队到达九江。此时杨载福已从水路到达且部署就绪，曾国藩也于1月15日亲自从南昌赶来。（这是曾国藩被困南昌以来的第一次战地巡视，见到他亲手创制的实力雄厚的湘军部队现在整装待战，曾国藩喜出望外。）
在随后的几个月中，双方不断爆发大战，但都无法取得决定性的优势。在此期间，曾国藩返回南昌解救他被困在鄱阳湖内的舰队，而李续宾则指挥部队挖掘壕沟，围住九江。8月中旬，李续宾被召回湖北，对付来犯的陈玉成（前文已述），但在陈玉成撤退之后，他又与胡林翼一起即刻赶回了九江。在与杨载福商议之后，他决定改变攻城的策略。新的行动方案是首先攻占附近的湖口和彭泽，以切断九江与外界的联系与供给。胡林翼对这个两步走的新行动方案感到满意，认为可以由此收复九江，便返回了他在武昌的大本营。
太平军的猛将黄文金不仅在湖口布设铁链，封锁河道，还在湖口附近的山上以及对岸的战略要地梅家洲布置重炮，俯瞰江面。李续宾和杨载福于10月25日发动联合进攻。与此同时，早先接到行动命令的彭玉麟带领他在鄱阳湖内的舰队开至湖口，在太平军炮火的猛烈轰击之下，经过苦战，这支久困于湖中的部队终于杀出血路，回到了长江。此战之中，太平军在湖口折损战舰数百艘，而次日，又有两千人战死（湘军损失约九百人），黄文金于是悲伤地命令向南撤军，将作为太平军要塞堡垒七年之久的湖口让于清军之手。这一胜利对湘军有着双重意义，除了孤立九江使其更易攻陷，收复湖口终结了彭玉麟水师与湘军其他舰队为期三年的隔绝状态，湘军水师从此控制了长江水道——这成为太平天国运动一次重大的挫败（黄文金此后加入韦俊的部队）。
彭泽的收复则较为容易。彭玉麟于11月7日占领长江之中的小孤山。次日，李续宾和杨载福的水陆联军开始进攻彭泽，迫使驻防的赖桂芳放弃了这座已被太平军占领了五年的城市。此后，杨载福利用战斗的间歇带舰队顺流而下，远至无为再返回湖口，彻底剿灭了从江西至安徽境内长江之上所有的太平军舰船。
1858年年初，已成为浙江藩台的李续宾开始为攻打九江做最后的准备，他耐心地指挥部队挖掘壕沟，准备炸毁城墙。在两次失败之后，第三次爆炸终于把九江东南城墙的一隅炸毁。湘军士兵由缺口涌入城中，以为一场胜利唾手可得。但是太平军英勇的驻防将军林启荣、副将李兴隆以及一万七千多名守城士兵已在街巷之上准备死战。湘军很快就消灭了驻防的部队，包括李兴隆和林启荣，而林启荣是少数受到曾国藩赞赏的太平天国将领之一。湘军在1858年5月19日（咸丰八年四月初七）占领九江，是湘军长达四年的军事斗争登峰造极的成就，也标志着太平军长期孤军困守的最终落幕，他们勇猛不屈的精神，在太平天国革命运动史上书写了光辉的一页。
李续宾此后从九江转去收复皖北，为克复安庆，完成曾国藩与胡林翼的全局计划的第三步做必要的准备。与此同时，曾国华也回到了江西，此时加入了李续宾讨伐皖北的队伍。
抚州
余子安是石达开旧部中另一位忠诚而杰出的将军，他已经在赣东的抚州驻防有一些时日。1858年年初，他帮助石达开远征军的诸路部队通过抚州前往浙江，此后便留在抚州为翼王殿后。1858年5月，他成功地抵挡了萧启江和刘坤一（刘长佑生病，暂代其职）的进攻，但此后不久，其军内一些广东来的原天地会众出走，一股去了建昌，另一股则投降了清军。余子安于是率剩下的部队前往浙江，投奔他先前的上司石达开。清军于6月1日占领抚州城。到了6月5日，萧启江、刘坤一和张运兰联军又将太平军从建昌赶走。此后，这一区域形势稳定，刘长佑病假归来到达抚州之后，刘坤一也返回湖南休假。
吉安
太平军在江西占领的最后一座城市吉安，是清军在曾国藩的另一个弟弟曾国荃的率领下苦战两年才最终攻取的。曾国荃的这支新军有两千人，由湘抚骆秉章于1856年特别委任组建，是第四批从湖南直接进入江西协助曾国藩的部队。此前的三批分别是：（一）刘长佑和萧启江部；（二）刘拔元和胡兼善部；（三）王鑫和张运兰部（除此前从武昌往援的曾国华部外，为此三批）。曾国藩的特殊使命便是在周凤山的协助下进攻吉安。此前，周凤山在樟树镇惨败于翼王石达开后，便被曾国藩调回湖南，现在他又卷土重来，返回江西。1857年春天，当曾氏兄弟回湖南为亡父吊孝时，曾国荃的部队交由其参将赵焕联指挥，赵不断尝试突破太平军傅忠信（石达开的亲密干将）在吉安紧密的防线。1857年夏天，湘军刘培元（刘长佑部下）、王鑫以及刘拔元等更多的部队前来援助，而杨义清和杨辅清两路英勇奋战，想要靠近吉安，都被清军王鑫部击退。（王鑫追击撤退的太平军援军至乐安，在那里病亡。此后其部先由其兄王勋接管，后来则分军由王运兰和王开化指挥。）但是与此同时，太平军在吉安城外对清军取得大捷，暂时把来犯之敌驱离了这一地区。
1857年11月，曾国荃返回吉安重新指挥部队，他在王开化的帮助下，再次在靠近城池的地方安营，而王运兰和胡兼善（刘拔元部）三次击败从抚州来援、试图挽救其心腹干将的石达开（前文已述）。湘军的正规部队以及湖南地方部队更是不断地赶来帮助曾国荃，虽然城防布置相当周全，但傅忠信已经意识到吉安命运已定。此后的几个月中，太平军一方面牵制清军的活动，另一方面开始悄悄地分小股撤离，去投靠石达开。湘军于1858年9月21日占领吉安城。之后不久，太平军在这一地区所剩的一些乡县也都被克复，江西全境又回到了清朝治下。
吉安胜利的首功当属曾国荃。这一战足以证明他的将帅之才，他也没有辜负兄长对他的信任。实际上，他立刻就成为曾国藩的股肱干将，赶赴建昌去见曾国藩。而曾国藩刚从休假中归来，紧张地为收复安庆，这个他的大战略的下一环做着谋划。
涤生复出
1857年春天，曾国藩和他的弟弟曾国华和曾国荃获准三个月的假期，返乡为亡父吊孝，但在假期结束之时，曾国藩请求延长假期。清廷予以拒绝，给他一个兵部侍郎的虚衔，让他立刻返回处理军务。此前咸丰帝身边的大学士们曾对曾国藩颇有妒评，使曾在第一次克复武昌后未能得到升迁。此时皇帝显然仍受着他们的影响，对曾怀有戒心。而且，咸丰帝对官文和胡林翼上奏的赏给曾国藩总督或巡抚之职的请求也不为所动。现在局势平稳，是时候急流勇退了。曾国藩便趁机上奏咸丰帝，陈述在对太平军作战时因官职卑微，各处掣肘的困窘。曾国藩于各省均为客将，粮饷军资不得不仰赖东道主的自觉合作，身兼重任，却无可靠的保障。曾国藩还抱怨自己的木制官印，仅仅是湘抚下令刻制的临时印鉴，对其他官员几无效力，甚至还有人怀疑其真伪。对于这份奏折，清廷只是准其辞职，并未做其他的回应。
此后一年间，虽然两个弟弟都返回了战场（曾国华去皖北李续宾军中，曾国荃经新任赣抚耆龄推荐去吉安掌军），曾国藩则在家赋闲。这一年中，清军在湖北和江西战场的胜利，似乎削弱了曾国藩不可或缺的地位，但是到了1858年夏天，整体的军事行动开始迟缓下来，并且随着石达开进犯浙江，清廷开始需要他返回职守。曾国藩这次没有拒绝，立刻起身从老家赶往江西，随身还带着一枚新刻好的木制大印，上面刻着“钦命办理浙江军务前任兵部侍郎关防”。虽然这个官职比之前的还要模糊不清，他“客将”的身份也没有变化，但是曾国藩以此表明了自己“愿意”返回职守的意思。用他自己的话说，既然事业已然开始，就必须不顾生死地将它胜利完成，并为此“誓不反顾”。曾国藩此举大概是出于维护他之前在剿灭叛匪的战斗中所获“名誉”的目的。
在与长沙的骆秉章和左宗棠以及武汉的官文商议之后，曾国藩在沿长江顺流南下的途中召集所有湘军大将开会。他们商定再次调整湘军的组织结构，并且即刻生效。根据之前的组织结构，每一营都直接向大帅曾国藩汇报，但是现在，湘军人数大为扩充，不同的营常常在相隔数百里的不同区域独自作战，因此有必要在大帅与营官之间设立“统领”一职，来指挥在战区行动的各营，使其形如一军。与此同时，又成立营务处，负责管理全军后勤供给。他们还从既往积累的经验和新的组织形式的角度，重新审视了所有的规章制度和军事纪律。杨载福和胡林翼强大的水师部队没有变化，他们现在已经牢牢地控制了长江。为了给曾国藩组建由他直接指挥的部队，李续宾将他麾下两营（朱品隆营和唐义训营）分给曾作为亲兵。另外，萧启江营、刘长佑营、张运兰营和吴国佐营（此营由胡林翼部分出）也同样调配给曾国藩，这样他的亲兵就达到了约三万人的规模。李元度调管营务处，其所带部队交给了沈葆桢。
就在这个时候，石达开从浙江离开转赴福建，清廷檄令曾国藩追击。曾军至河口时，听闻在江西的湘军部队洗劫乡里，在各地肆意滋扰民众，引发地方百姓报复。已有湘军士兵被暴怒的乡勇所杀。曾国藩马上命令地方乡勇，禁止任何类似的行为，但是百姓继续受到侵扰，因此报复性的杀害湘军士兵的事件仍有发生。曾国藩于1858年10月中旬与其弟曾国荃在镇江会晤（前文已述），此后曾国荃独自返回湖南，为即将到来的安庆战役招募新兵，把自己在9月21日收复吉安后尚未遣散的一千精兵留给了曾国藩。而这时湘军仍有一小难，官兵行伍之间流行病肆虐（可能是疟疾），尤其是刘长佑的部队，他们被迫暂时解散。
到了冬天，形势发生了变化。太平军将领杨辅清在福建从石达开的远征军中出走，再次进入江西，并且在击败几路清军之后，占领了东北部的景德镇。同时，石达开自己的部队也开始了在赣南地区的行军。面对这种两路来犯的局面，曾国藩也将全军分为两路，作为应对。他派萧启江部向南去对付石达开，张运兰部向北对付杨辅清。而就在这时，太平军在皖北取得三河大捷的消息传来，六千湘军全军覆没，他的心腹副将李续宾和弟弟曾国华阵亡（见后文）。曾国藩受到了沉重的打击，此后很多天既不思茶饭，也无法入睡。
重占江北
太平军在皖北的军务由李秀成负责，在恢复湖北的愿景破灭之后，则由陈玉成负责。从1857年夏末开始，李秀成就和捻军同盟一起，与胜保、李孟群、郑魁士和袁甲三等部队战斗。在此期间最大的损失，莫过于寿州团练兵长苗沛霖在招抚之下向清军胜保的部队投降。
秋天，李秀成接到天京的命令，命他向南进入浙江。钦差大臣和春和他的参将张国梁正在那里集结兵力，酝酿一次新的攻势。李秀成于是便把皖北的指挥权交给陈玉成，一路向南冲杀，在高资与张国梁对阵，还救出了吴如孝和镇江守军。吴、李二人一同回到了天京，清军则于1857年12月27日占领镇江。此后镇江一直掌握在清军手中，由冯子材驻守，直至太平天国覆亡。
此后的几个月中，随着和春和张国良继续向西逼近，收紧对天京的包围，李秀成着手积极地召集所有能召集的部队，布置城防。他首先与在皖北芜湖的堂弟李世贤商议。在芜湖的会晤中，李世贤同意负责长江南岸的行动，免除李秀成的后顾之忧，使他可以全力进行江北的战斗。根据这个计划，当年春天，李秀成开始对钦差大臣德兴阿的部队展开猛攻，占领和州、全椒、滁州以及来安，后又在来安遭遇败绩，被迫撤回滁州。李秀成将前捻首李昭寿从南部召来防守滁州，自己在全椒设立临时大营，直到6月初，德兴阿在骑兵协助下的大部队将之扫平。此后，为了应对天京城面临的与日俱增的威胁，李秀成召集长江两岸所有重点城市的驻防将军，到枞阳召开军事会议。
此时在天京，天王洪秀全在征求了接替石达开成为政府首脑的正掌率蒙得恩的意见之后，宣布将太平军重新改组为五个军，这样便又可恢复原有的系统，由五位主将各掌一军：
蒙得恩（赞天义）为中军主将，兼总掌率，代理全军统帅
陈玉成（成天义）为前军主将
李秀成（合天义）为后军主将
李世贤（侍天福）为左军主将
韦俊（定天福）为右军主将（据洪仁玕供状，是李秀成推荐了韦俊）
在1858年7月底至8月初枞阳的军事会议上，李秀成、黄文金、李世贤、陈玉成、吴如孝（镇江失守后被派到北线）及其他在场的将军们制订了作战计划。根据这个计划，陈玉成、李世贤和吴如孝合力攻占庐州，然后留下吴如孝防备胜保从南向来犯；同时，李秀成进军全椒，为陈玉成到达庐州后共同向清军展开联合行动做准备。1858年8月23日，陈、李、吴三将（由舒城而来）依照计划占领庐州，迫使新任安徽布政使李孟群逃至六安。李世贤的任务到此已经完成，便转回皖南。此后，陈玉成向全椒进军，吴如孝一军继续出击，把皖抚翁同书赶出梁园，并会同一部捻军进军至定远，确保这一区域内没有清军向南线施援。与此同时，清军改命胜保为钦差大臣，负责皖北军务，命袁甲三督办江北三省剿匪事宜。
陈玉成率军经滁州，与在乌衣的李秀成建立了联系。陈玉成此时先后击败了胜保派来的骑兵德兴阿部和紧随其后由镇江而来的冯子材部，随即追赶德兴阿至浦口，大败清军，击破江北大营。清军损失超过一万五千人，德兴阿登船逃到了扬州。这一天是1858年9月27日，又一个值得太平天国永为纪念的日子，这场胜利意味着长江北岸的封锁被粉碎，天京重又与外界恢复联系。李秀成在其供状中自豪地将这场胜利称为第二次天京解围。
这一天战场上的英雄陈玉成和李秀成，现在又开始分头行动：陈玉成赴六合，而李秀成与原捻首薛之元前往扬州。德兴阿及部将鞠殿华带领他们的小队残部悄悄地继续向北逃窜，李秀成的部队轻易地占领了扬州。但是此后不久，当张国梁从南岸而来伺机反攻的时候，李秀成知道自己人少，不能当敌，便放弃了扬州和仪征。张国梁随即剑指六合，但不知为何有所耽搁，到达时发现陈玉成已然把那里严密地控制了起来。六合英勇的守将是以1853年击溃太平北伐军东路部队一战成名的温绍原，他驻守这里抵抗太平军已有六年，而此役中他自溺殉城，与之共亡。
清廷因这场大败而震怒，褫夺了钦差大臣德兴阿的官职，并撤销了负责江北军务的钦差大臣一职，改命负责江南军务的钦差大臣和春此后负责长江南北所有的军事行动。此令于1859年年初生效后不久，和春便委任老将李若珠为其个人的代表，派驻江北。
三河大捷
李续宾及其湘军部属趁着陈玉成离开江北的时机，率军从湖北经太湖杀来，意图收复皖北。1858年夏天，托明阿和鲍超与杨载福的舰队已经部属就位，准备围攻安庆，而刚刚因在武昌和九江的胜利受朝廷赏封安徽巡抚、负责收复失地的李续宾，正领着八千人的部队沿北线军至庐州。9月27日至10月24日，他的部队先后收复潜山、桐城和舒城。11月3日，李续宾及其五千人的部队（其余留城驻防）来到三河镇外，自信地认为可以发动突袭，轻而易举地先占三河，再克庐州。
三河镇在庐州以南六十里外的巢湖西岸，现在太平军已在这里筑上城墙，作为庐州与天京的粮食及弹药的储备仓库。李秀成把他最得力的干将之一吴定规安排在这里驻守，其对太平军的重要意义可见一斑。而湘军一进犯皖北，就引起了陈玉成的注意（一日之内，他就从江北驻防的部队那里接到五封紧急救援的信），他即刻动身急行军赶往三河，李秀成也紧随其后。于是这回轮到了李续宾大吃一惊，11月7日，他的士兵在与三河守军一场血战之后，向他报告了陈玉成大部队的到来。
李续宾即刻向后方紧急传檄求援，但是为时已晚，陈玉成对此早有准备，已派吴如孝和捻军盟友封锁了去往舒城的道路。决定性的战斗于11月14日正式打响，太平军从各个方向对李续宾的大营发动了总攻。次日，陈玉成趁着天降大雾，包围并消灭了李续宾派往攻占三河镇后方另一城镇的部队，李续宾闻讯悲恸不已，提全营亲兵往援，但为时已晚。李续宾的部队所当之敌已有十万之众，实无取胜之希望，况且他已被陈玉成包围三十余重，而对手还有吴如孝部、捻军、李秀成部和吴定桂看准时机从城内带出的全部三河守军。李续宾和他的部队终日奋战，努力遏制太平军的攻势，但他们的营垒不断被烧毁，七个营的部队先后在惨烈的战斗中被消灭。他的两名部将侥幸把部队带到安全的地方，到了子夜时分，仍然有余力坚守的部队仅剩一营，而此时太平军也找到并杀死了李续宾、曾国藩的弟弟曾国华和其他一些清军将官。三天之后的18日，太平军冲入群龙无首的湘军阵营，大肆屠杀，仅有一小部分人逃亡到了桐城。截止到24日桐城的守军被消灭为止，湘军共损失约六千人。
这支湘军的精英部队全部由曾国藩本乡湘乡县募拔，噩耗传来，湘乡各处纷纷悼念亡者；而曾国藩个人对失去自己的弟弟和勇将李续宾则更感悲伤。从纯军事层面的影响而言，如曾国藩所说，湘军失去了这股精锐的战力，李续宾在仅仅三十七岁的年纪阵亡，使曾国藩在塔齐布和罗泽南（罗死后其所部几乎全部归由李续宾所辖）之后，又失去了一位最为得力的干将。对李续宾寄予厚望的清廷为这位逝去的英雄追赠总督衔，他的两个儿子也被加封高官。
湘军这次惨败显然有三个方面的原因。首先，李续宾没有策应和后援，而孤军深入敌方的阵地，犯下了一个典型的战略错误。其次，他的部队因不断留城驻防而人数减少，最终被太平军超过二十倍之多（同时，太平军在三河的守军中有数千骑兵，而李续宾却没有）。第三，他们进入皖北地区后过度的劫掠，使部队丧失了攻城略地的斗志，削弱了他们的战斗力。因此，从一开始，太平军便注定会取得三河镇战斗的胜利。
战后，陈玉成和李秀成分别出发追击游荡的湘军残部，二人随后又会合，再度占领桐城，之后又向南经略皖北的西南地区。而由于后方的威胁不断增加，都兴阿、托明阿和鲍超不得不放弃对安庆的包围，向西撤退，而陈玉成则步步紧逼。李秀成从另一路再次攻占了太湖及潜山，然后折返急行军，救援陈玉成。此时陈玉成的先锋军在与都兴阿和托明阿的交锋中两战两败。当陈玉成和李秀成的联军在反击中第三次失败的时候，他们选择了撤退：陈玉成撤往安庆，李秀成退往黄山（巢县境内）。就这样，皖北的战事暂时告一段落。
捻军出走
李秀成趁着战事稍歇，在黄山欢度农历新年，就在这时，他接连听闻旧捻首李昭寿和薛之元叛降的消息，这意味着太平军丢失了天京对岸、长江北岸的全部占领区，清军的紧密包围卷土重来。李秀成于1859年3月中旬紧急返回天京，试图挽回局面，然而此时大局已定。
李昭寿本来于1858年夏天受李秀成之命驻防滁州和全椒，之后李秀成便赶往了三河。当时，清军胜保部正在皖北北部和张洛行率领的捻军作战，机缘之下，胜保截获了李昭寿未随他投靠太平天国的年迈老母、正室妻子和儿子。胜保善待了他的家眷，而这些家眷也成为胜保和李昭寿于8月最终达成约定的渠道。10月，胜保从南部袭扰李秀成的后翼，李昭寿则按照约定，举滁州和全椒献城投降。作为回应，胜保接纳了李昭寿和他一万八千人的部队，将他们编为清军一营，授李昭寿（此时改名为李世忠）参将之衔。
李昭寿的投降对李秀成而言是一记痛击。李秀成纵然坐镇远方，也一直对这位叛将钟爱有加，甚至不惜引起其他将官的嫉妒与不满。而这都是出于李秀成对他深刻的感激之情。李秀成从未忘记，在内讧纷扰、天国几于倾覆的黑暗日子里，是李昭寿劝服了同为捻首的张洛行、龚得树和薛之元等人，共同与太平军结为同盟。这个同盟把李秀成从桐城的绝境之中挽救出来，并最终为太平军重新掌握皖北创造了可能性。但是，李昭寿生性狂野，难以驯服，为人又现实，未受太平天国革命事业中的精忠意识所洗染。他的捻军吵闹散漫，肆意劫掠滋扰百姓，还不断虐罚地方官吏，并通过各种手段勒索钱财。尽管如此，李秀成却并不对李昭寿加以责罚，认为自己对这位桀骜不驯的盟友坚定的善意和宽容，最终能够换来他更为全心全意的合作。然而，李昭寿一直担忧的是有朝一日，李秀成或者众所周知的对捻军加入更为不满的陈玉成会对他们展开清算（李昭寿刻意避免与陈玉成见面）。也许，这正是李昭寿对胜保的诱降真正动心的最主要原因。李秀成很难理解真实的内情，甚至在李昭寿投降之后，还悄悄地把他的二房妻子从天京带还给他，并随行致信，强烈要求他回到己方的阵营来。
李秀成的请求很快就得到了事实上的回应。李昭寿把原来也是捻首，现在受天王之命驻防江浦的薛之元也拉了过去。随着1859年早春薛之元举江浦投降清军，太平军丢失了所有长江以北的城市，天京第三次陷入清军紧密的包围之中。
皖南的零星战事
1856年12月28日邓绍良收复宁国后的两年间（当时陈玉成紧急率军北上支援李秀成，太平军实质上放弃了宁国），安徽南部地区仅有零星的战事发生。当时，整编后的太平军左军主将李世贤负责皖南军务，他于1858年早春进攻宁国，但是并未得手。在更靠南的地区，杨辅清也有过一些军事活动，他那时刚从石达开在福建的远征军中出走。后来，他在与清军一次接战之后，撤退到了江西境内。这时已到了1858年夏天。当年秋天，李世贤率军向东进入江苏，一方面袭扰和春在天京的围城部队，另一方面策应李秀成在皖北的行动。他成功进攻了天京城南的溧水，迫使和春的副将张国梁紧急从扬州驰援。之后，李世贤又返回皖南，准备再度进攻宁国。这一次，邓绍良无法与之争锋。12月15日，李世贤阵前不断取得大胜，击破了邓绍良的大营，还当场击杀了邓绍良本人。清廷任命郑魁士为浙江提督，接管宁国地区的指挥权。郑魁士较邓绍良能力更强，他很快就把李世贤赶回了芜湖。皖南的战事到此也暂告一段落。
重占江北
李秀成准备在他的堂弟李世贤皖南部队的协助下，重新控制长江北岸。但是，当他在浦口和江浦两次败在江南清军将领张国梁和李若珠手下之后，他决定再次向陈玉成求援。陈玉成此前一直以安庆为大本营，在皖北的南部地区作战，并于1859年3月上旬占领了六安。但其实他最大的战果，还是在3月20日击败并且生擒了代理巡抚李孟群（朝廷正式指派的巡抚翁同书尚未到任）。李孟群被关押在庐州，而且得到了优待。陈玉成有一次去看他，很有礼貌地请他共进晚餐，试图劝他投降。这位年仅三十岁，年轻气盛的巡抚傲慢地予以拒绝，还拿碗砸向陈玉成，表示轻蔑。陈玉成被彻底激怒，立刻下令杀死李孟群。后来，当李秀成求援的消息传来，他立即率兵往援，还击败了在途中遇到的胜保的部队。
到了1859年4月中旬，陈玉成和李秀成再一次在江北会师。这时，钦差大臣和春刚刚接替被褫夺官职的德兴阿负责江北军务，他派李若珠作为自己的私人代表驻守六合，现在他的副将张国梁也开始防备陈、李合军后对浦口和江浦的反攻。陈玉成于是便将注意力转移至其他的城市，他和韦俊一起在江北的六合、扬州、天长等地四处出击。6月，陈玉成加封英王，其中军主将的职衔交给了吴如孝。就在这一年的夏天，当陈玉成进攻来安和滁州时，吴如孝也从庐州出兵，在捻首龚得树的协助下进攻定远。新到任的皖抚翁同书兵败，在苗沛霖的团练民兵的保护下撤往寿州，吴、龚则占领了定远。吴如孝此后继续推进，在当年秋天与胜保的部队几次接战，自己也在战斗中负伤。
与此同时，陈玉成和韦俊于8月20日解除了对滁州的包围，转向和州。在和州时，陈、韦二人发生口角，此后韦俊撤退到了长江南岸的池州，而陈玉成则回到庐州，指挥该战区的军事行动（可能是因为吴如孝因伤无法再履行职责）。在庐州，陈玉成再次体现了战术家的谋略技巧，他派龚得树佯攻扬州，自己也随军至三汊河。陈在那里埋伏，直到李若珠领大部队往援扬州。此时，陈玉成从三汊河向李若珠在六合的大本营发动猛攻，打得这支江南派来的清军增援部队四散而逃。此后，到1859年11月1日李若珠亲率部队返回时，李秀成也加入了战斗，和陈玉成一起对李若珠在六合的本阵大营发动进攻，一次胜仗就消灭了清军三千人。李若珠和他的几名亲兵扮作太平军，侥幸逃脱。至于被他无耻抛弃的部队，仅有数千人生还。六合一战，清军损失总计超过五千人。
11月21日，陈玉成和李秀成再次进攻浦口和江浦，这一次他们对江南派来的清军取得了重大胜利，击杀了湖北提督周天培。至此，长江南北两岸的交通再次被打通，李秀成在其供状中称之为第三次天京解围。此后，陈玉成又回到了安庆。李秀成率军驻守江北，这个任务对他的这支孤军而言是相当艰巨的。1859年12月1日，张国梁渡江来战，攻克江浦，但是他的部队次月初便撤回了长江南岸，从此江北战事稍歇。但是这一阶段，天王开始对李秀成的忠诚产生怀疑，这也给李带来了新的困难。李秀成的母亲、妻子和儿子都被监禁作为人质，李秀成也被禁止带领部队返回天京。而这一时期，李秀成在粮草供给渐渐减少，又没有援军的情况下努力困守浦口。就在此时，他的对手李世忠（即原来的捻军盟友李昭寿）也给他寄来措辞亲切的长信，劝他投降。天王听说了关于这封长信的事，考虑到李秀成一旦投降其后果不可想象，便忽然转变了对他严苛的态度。于是，李秀成被晋封忠王，天王还亲自手书“万古忠义”褒奖他。这件事发生在1860年1月，当时洪仁玕刚被加封干王，总理朝政，还是太平军的最高统帅，他正在天京接管朝政。李秀成立刻找到了洪仁玕，两人商定了一个一次性拯救天京危局的大战略。
曾国藩转战赣皖
1858年11月湘军于三河镇惨败之后，本来回乡为母尽孝的胡林翼立刻回到了湖北，接管当地军务。清廷也给在江西潜江的曾国藩一道命令，授命他收复江西和皖北，至于先后顺序则由曾国藩权衡定夺。从局面上看，清理赣东的杨辅清和石达开率领的太平军较为容易，因此曾国藩派张运兰和萧启江前往应对这两股太平军。而曾国藩则着力制定一个收复皖北的详细计划，待江西全省平定后再付诸施行。在他的计划中，大量的陆军和支援水师都将参与，而此时他还增加了一个新的兵种——马队（骑兵）。湘军马勇（尤其是后期的马勇）主要招募自河南，这主要是因为胡林翼曾警告说南方人不善骑马。在计划制定好之后，曾国藩将大本营移至抚州，亲自指挥对杨辅清的作战。
张运兰用了好几个月，试图将杨辅清和他的部队从景德赶走，但即便是在1859年春天在刘于浔一营水师的帮助下也没有成功，战事陷入僵局。到了7月初，曾国藩派了他的弟弟，刚从湖南销假回营的曾国荃率领五千八百名新勇前往景德。7月13日，当张运兰、刘于浔、曾国荃及其所部诸将的联军（包括闲散两年无事的朱洪章）展开全面进攻时，杨辅清认识到他的部队数量远不及清军，便下令撤退至浮梁城。但是湘军步步紧逼，杨辅清只得马不停蹄地逃离了江西，向皖南的祁门移动。是役，太平军损失约万余人。因为这场胜利，曾国荃被擢升道员。
与此同时，萧启江也把石达开逼入了广西。此时，江西全境平定，曾国藩则转向湖北，于8月初从抚州来到南昌，9月底又转到武昌。在武昌，他向湖广总督官文以及湖北巡抚胡林翼介绍了自己的战略计划。按照该计划，他们将分四路东进：（一）曾国藩率其亲兵同曾国荃部（曾国荃在湖南招募）一起沿江北至安庆；（二）多隆阿和鲍超率部由太湖和潜山兵发桐城；（三）胡林翼部由英山和霍山取舒城；（四）李续宜（李续宾之弟）则从北路进入战区，准备进攻庐州。
计划获得了一致同意，于是在当年冬天，四路部队分别进发。但是，1860年1月，陈玉成会同其捻首盟友张洛行和龚得树由桐城西出，试图解救他的手下干将，驻守在太湖的刘玱林。因此前三路清军奉命会合，阻截来犯的大股太平军。多隆阿首先与太平军接战，遭遇惨败。陈玉成的部队随后所向披靡，并且在小池（太湖和潜山之间的一个小镇）包围了鲍超的部队。1月16日，小池之战正式爆发，太平军占有绝对优势，但是曾国藩和胡林翼动用了一切力量救援鲍超，双方激战一个月之后，陈玉成不得不退回安庆。于是，潜山和太湖陷入隔绝，落入了清军的手中。此后，随着陈玉成受天王之命经庐州东去，去支援解救天京危局的战略，皖北被太平天国彻底放弃。
再失池州
1859年7月，杨辅清在江西景德兵败，并撤退到皖南的祁门；到了这一年的秋天，他又率领大军转向池州，并沿途消灭了许多乡县的团练乡勇。这时，之前因与陈玉成不和，自皖北分军而出的韦俊也刚到池州。此前，韦俊的堂兄韦昌辉主导了刺杀杨辅清的哥哥杨秀清的行动，此后经年，痛楚与猜忌始终萦绕在韦俊和杨辅清之间，韦俊害怕杨辅清此次来池州其实是为其兄寻仇，而这种恐惧始终无法打消。除了李秀成（此时远在天京），韦俊并无好友，在级别和权力上，他也比杨辅清低，韦俊所见唯一能保全自己和全军性命的希望便是投降清军，因此他于10月29日举池州一城向杨载福的湘军水师投降。数日之后，韦俊还派出了手下的四名将官刘官芳、古隆贤、赖文鸿和黄文金占领芜湖，献给清军。但是，这四位将军仍然忠于太平天国的革命事业，转而率军闪击在池州的韦俊，让他们之前的指挥官陷入了不得不向湘军求援，从自己旧部将的手中保全性命的尴尬境地。杨辅清此时也赶来，并且得到了四位将军的全力支持。12月，他们合军共两万余人，倾全力进攻池州，在12月24日从彭玉麟和韦俊手中夺回了该城。韦俊及其残部随后被纳入湘军水师，为杨载福麾下之一营；太平天国方面，韦俊右军主将的职位由刘官芳取代，以表彰他此番对天王英勇无畏的忠诚义举。
数月之后，刘官芳和杨辅清与李世贤一起合军进攻宁国，皖南各县也偶有战事。此后，三人都回到天京，准备对和春的包围部队发动总攻，放弃了皖南的很多城市。