太平天国九年三月十三日（1859年4月22日，咸丰九年三月二十），洪仁玕步入天京天王府，觐见他的族兄天王洪秀全。这是十年之内，兄弟二人首次相见，而这一天也为这场革命运动的历史掀开了崭新的一页。天王因能为解决天国领导层的危机找到如此合适的人选而倍感欣慰，一个月之内，给洪仁玕加封了各种头衔，并任命他为政府的最高首脑。而在这个关键的时刻忽然再次出现之前，洪仁玕的全部精力可以说都在为革命事业做着准备。他的执政在政治、社会、文化和宗教等方面，都对这场革命运动有着深远的影响。因此，我们有必要专门拿出一节，来介绍他在1859年之前的人生经历。
洪仁玕的早年经历
洪仁玕（原名谦益，号吉甫）于1822年2月18日（道光二年正月二十七）出生在广东花县官禄㘵村，比他的远房族兄洪秀全小九岁。两个人形如亲兄弟，而且洪秀全还有可能在私塾里做过洪仁玕的先生。洪秀全生癔病的时候，当时十六岁的洪仁玕便是拜访洪秀全的人中最虔诚的一个（这解释了为什么多年过去，洪仁玕仍然可以凭借他当时的个人印象，描述族兄的精神状况）。和他的族兄一样，洪仁玕也是屡试不中，随后在乡里私塾教书，同时自修儒家经典、文学、药学和历史。
1843年，二十二岁的洪仁玕与另一名亲戚冯云山一起由洪秀全施洗，皈依了这种新型的基督信仰。洪仁玕热心地追随较他更为年长的两位亲戚，开始狂热地捣毁家中的孔子像以及私塾里的孔子牌位。当然，他也因此受到村人的责罚，还被自己的哥哥在家中毒打。一年后，当洪秀全和冯云山从村中出走时，家族里的长者禁止他追随洪、冯二人（洪仁玕的供状中说，其原因是他尚有年迈老母）。这位年轻的信徒于是便在邻近的清远县教书，并且在那里不断传播新的信仰，在之后的几年内成功地发展了五十多名信徒。洪仁玕所在学塾的孔子牌位并没有被捣毁，据韩山明所说，是因洪仁玕“小心软弱，竟听友人之劝，许其学徒拜奉孔子，惟其自己则不拜而已”。但是在学生宗教信仰的皈依问题上，他从施以高压到耐心劝诱，虽然从一方面而言有其在官禄㘵的经历方面的原因，另一方面也是他作为政治家的优秀才能在革命运动早期的体现。他与生俱来的适应现实环境以达成目标的能力，与他堂兄的那种坚毅固执不同，这种能力也是他作为太平天国的领袖大为成功的原因。
在意识形态方面，洪仁玕是族兄忠诚的信徒，毫不动摇地专心于革命运动，并且完全赞同族兄的宗教理念。他们在认识上的相同点，得益于二人在1845—1846年间常有的促膝长谈，那时洪秀全正从广西回到家乡；也受益于1847年春天，两人一道到广州去见美国浸信会传教士罗孝全。此后，洪仁玕在清远教书，而洪秀全则在广西准备发动起义，一年之后二人方得再见，那时候洪秀全已返回家乡，与冯云山最后商定举事的细节。1849年夏天，洪仁玕仍然囿于教书的义务和家庭的责任，未能参加起义，但是他为洪秀全和冯云山资助了盘缠，并向他们承诺，一旦有机会就会尽快追随他们。
1851年的早些时候，机会来临了。洪秀全派来护送他自己和冯云山的亲属到广西营地的第二位密使江隆昌来到了官禄㘵。洪仁玕这一次做出了回应，带着大约五十多人一起出发，到了桂平县。当其他人发现太平军已然放弃桂平，并因此返回广东的时候，洪仁玕（化名姓侯）和两位随从自行出发追赶太平军，但是他们没走多远，就遇到了清军设卡阻截。与此同时，在花县，接到清朝统治者命令的士兵们正忙着刨开洪氏祖坟（破坏风水以扰乱洪氏一族的好运），在村落里肆意敲诈洪氏族人的钱财，而且大肆抢劫，以此来惩罚起义的领导者。留在村内的冯云山的家人，他的母亲、兄弟、幼子和叔父都被抓了起来，但是从广西折返的洪仁玕却成功地解救了冯的妻子、两个儿子和一个侄子，把他们隐藏在清远的某处秘密所在。洪仁玕又从那里出发，试图逃过清军的巡弋搜索，与冯的长子（名芳）及侄子（名树）一起去广西，但是最终也告失败。到这个时候，包括他的妻子在内的冯云山的大部分族人都已经被捕，他的叔父也已死在狱中。冯云山的长子最终也遭到逮捕，可能和其他族人一起被处决。冯氏一族只有冯云山的次子和侄子侥幸活了下来。
1852年的早些时候，天王的特使江隆昌又一次出现，护送更多的亲属和信徒前往广西。但是由于他热心革命，并未完成护送任务，却在清远县纠集两百余革命者起事。江仅在广西参与过几场战斗，此外便毫无战斗经验，且并不知道愚勇冒进和准备不足的严重后果。在他的部队还没有完全集结投入作战之前，清军便将这场起义镇压，杀掉了江隆昌和在场的五名随从，并追杀了四十多名其他的与事者，最终还抓到了七十多名革命者（都被判处流放）。洪仁玕带着一伙族人赶来时，战斗刚刚结束，他们被当地乡民（可能是乡勇）抓捕，被双手反绑关押在一处屋内。当夜，洪仁玕挣脱束缚，并解开了其他六人的绑缚，带着他们逃进了山中。经过几日艰苦跋涉，他们来到了在另外一县居住的年长又善良的族人家中，然后被老人身为基督徒的孙子带到了一处安全的避难所。
1852年4月，洪仁玕与老人的孙子一起来到香港，在那里，洪仁玕被引荐给了瑞典巴色会传教士韩山明。他们就洪秀全、冯云山和其他太平军领袖的经历进行了一系列的长谈，后来，洪仁玕还给韩山明写了一份关于他自己和洪秀全生涯的简述。此后，洪仁玕化妆成算命先生，隐藏在东莞一处客家村落里，受到一个姓张的基督徒的庇护和招待。他在那个客家村落化名教书一年多之后，于1853年11月又返回香港，开始热心地跟随韩山明学习基督教教义，并以教外国传教士汉语来营生。他于1854年受洗，加入了韩山明的教会。当年夏天，这位新入教的教徒前往上海，试图找到进入天京的方法。他的旅费由韩山明预先支付，而韩山明打算通过卖掉正在刊印的他与洪仁玕的对话录及洪仁玕手书，来回收这些旅费。很不幸的是，1854年洪仁玕离开后不久，书稿尚未出版之时，韩山明便去世了。
在上海，外国人拒绝洪仁玕搭乘他们的船只，后来，连占领上海的天地会也拒绝为这个陌生人说情，因为他既没有身份文件，也没有任何东西可以证明他所声称的与天王之间的关系。所有从上海进入天京的希望都破灭了。看到自己的计划受挫，洪仁玕便找机会进入了伦敦传道会兴办的墨海书院供职，并在其中学习天文学、数学和其他科学知识，引起了伦敦传道会教士麦都思、艾约瑟(Joseph Edkins)、慕威廉(William Muirhead)、杨格非(Griffith John)以及美国公理会教士裨治文等人的浓厚兴趣，并且与他们交好。所有这些人都对太平天国抱有同情的心态。
当年冬天，洪仁玕返回香港，这一次却是以伦敦传道会会员的身份——先是以教授传教士中文的老师的身份，后来又成了传道员和讲道者。他的文化成就、个人品格、道德素养和作为基督教工的成就，得到了更多人的一致好评，其中便包括理雅各(James Legge)、湛约翰(John Chalmers)、合信（Benjamin Hobson，医生，马礼逊的女婿，天主教来华传教的早期传教士）以及其他许多外国友人和同僚。当时的《传教杂志》这样记录道：
未几，彼（洪仁玕）即博得该会西教士及华教徒之信仰与尊敬。因其文学优良，得人敬重，其性情温良易与可爱，而其头脑与素性则灵敏机警，善于应变，且多才多艺，为在中国人中所罕见者。至于他对于基督教义理之知识，亦随时增进，渐至所学甚丰，而其对于真理之诚心笃信确无可疑。
《陆路记录报》也刊载了另外一篇类似的褒扬他的报道：
他（洪仁玕）与中国基督徒每次之接谈，均可称为具有启迪教化之功能的，大足以提高其清洁与兴起其热诚。对于其他的中国人，他是一个努力的宣教者，具有无畏的精神，不惮指斥（暴露）其谬误，劝勉其悔改而信福音。对于一般青年，他的感力尤为有益。其实，凡人无论老幼，诚如湛先生观察所得云：“你每见有人与洪仁（传教士认为这是他的名字）长谈或常谈，你可确知必有些好处从中发生。”
从1855年到1858年，洪仁玕一边从事教工工作，一边努力提高自己的修养。自然科学、政治管理、实用经济学、军事科学，以及各种西方科技的不同方面，都没有逃过他的注意。而且，这位使用传统中医疗法的业余医生，也没有漏掉医学传教士带来的现代医学知识。但是，他在智力层面最为突出的成就，便是将中国传统经典中的智慧与传教士为他阐释的圣经中的真理巧妙地结合起来，这从他今后精妙的诗文、公告及宗教文献中可见一斑。可以很公平地说，洪仁玕的独特视野抓住了西方与中国的文化精髓，已经成为当时中国最为博学的学者。当然，对于要肩负宗教、政治、文化和军事等多重责任的太平天国政府首脑一职而言，没有人比洪仁玕更为合适。
来到天京
1858年下半年，洪仁玕的母亲病故，阻碍他去天京投靠天王洪秀全的最后一道枷锁也随之消除。徒步穿过粤北与江西，这位孤独的旅行者对他此行的使命与目的不怀丝毫的疑惑，就像他的供认状以及他和香港教会的往来书简中所说的那样，他的目的除了向他的族兄报知亲族的近况，更重要的是要寻找一条向他的国家传播真正的基督教的道路。他的传教士伙伴们从一开始就认准了，太平天国的革命者们作为使中国归信基督的媒介具有得天独厚的条件，但是对他们信仰中那些不纯正的元素感到困扰，因此在洪仁玕动身北行的时候，中国的基督教团体均对他寄予厚望，希望他能够成为太平天国的马丁·路德。在实际行动方面，伦敦传道会的湛约翰牧师还热心地为洪仁玕捐助了一百元的盘缠。
行至江西饶州时，困顿疲惫的洪仁玕入湘军一营随行，后来到了秋天，杨辅清的太平军进攻这营湘军，并将其击溃，洪仁玕也只能丢弃行李，绕路逃跑至湖北黄梅县。在黄梅，洪仁玕为县令的侄儿治好了慢性头痛，县令对他尤为感激，给他许多报偿，他便用这些钱买了一大批货品，准备乔装成商人，顺流从龙坪直下天京。就在这个时候，1858年12月12日，正由汉口赶往上海的英国全权公使额尔金伯爵来到黄梅，洪仁玕抓住机会，登上了他的战舰，并安排舰员带书信给他在香港的英国友人湛约翰，汇报此行之经历。
洪仁玕最终于1859年4月22日进入天京，他这场可以说起始于十多年前的长途跋涉，在经历了无数困苦与危险之后，终于圆满落幕。当然，他也得到了与之相应的奖赏。在兄弟相见的欢悦之情中，天王立刻封他的堂弟为“干天福”，两周之后就跳过“天安”一级，晋升他为“干天义”，并加主将衔。洪秀全显然仍沉浸在兄弟相会的喜悦之中，再加上又为运动找到了一位这样合格的领袖的喜悦，此后仅过了三天，终于给他晋封王爵，封洪仁玕为“干王精忠军师”，从衔级和实权上都与当初的东王杨秀清相仿。根据某份外国报道，洪仁玕继杨秀清之后，也被称为“九千岁”。
洪仁玕警觉地意识到，他受封王爵还是内讧之后的首例，便谦虚而真诚地屡次婉拒，恐怕后来者未曾为天国效力就骤封王爵，而引来老将官们的嫉妒与非议。洪秀全则更害怕中央政府的权力真空，反而赐给他更多头衔：“僚部领袖”（文武官员的首长，同政府首长）、“文衡正总裁”（国家科考总考官）、“吏部正天僚”（掌管官员任命考核）及“综理外交事务大臣”等；洪秀全还特别命令，“要天下人归其节制”。这些封赏使洪仁玕毫无疑问地成为太平天国的最高职权拥有者，但是，为了增加他作为革命者的威望，洪秀全还亲笔训谕，将洪仁玕对革命事业的执着和忠诚与已故的冯云山相比，历数了洪仁玕为上帝、基督和天王忍辱负重的事迹。
洪仁玕在此后的六年中虽然身居高位，但是他的个人品格、道德素养以及基督信仰都不曾受到污染与侵蚀。他的很多外国友人都多有记录，包括呤唎，他后来这样写道：
我与其密切相交数年之久，可证明其为人不特是一个好基督徒，而且抱有最可敬重的宗旨，具有十分开明的头脑，而兼是透彻开化的。
他的传教助手杨格非在苏州相会之后也这样说道：“我们对于干王均甚喜悦之。他关于基督教真道的知识是奇博大、奇正确的。他十分恳切尽其所能，以传播真纯的基督教于其人民，而改正其现行的错谬。”
唯一对他的声望有所影响的事件，便是外国殖民地流行的一个传言，说洪仁玕变成了一个重婚者。就连他的一些传教士朋友也对此信以为真，而当时的英国副领事，在天京长期访问且与天国高层建立了紧密联系的富礼赐(Robert J. Forrest)对此流言着重进行了否定：
我要说侍奉干王的是女性（依照太平天国的习惯，从天王到诸王，每人的府中都是这样），但我必须否认某种源于别的渠道的捕风捉影，即认为这些女子要么美貌动人，要么是在仆役之余还做些其他的什么事情。也许我比任何别的英国人都更多地见到干王和太平天国的人士，因此我所说的也便有几分可信。
国家建设的计划
在掌权不久之后，洪仁玕便向天王提交了一份长篇奏折，建议推行更为合理的宗教理念，并且详尽系统地阐述了他的政治理念。这份奏折仅做了很小改动之后，便以《资政新篇》为名颁布，作为太平天国国家建设的总纲，在条件合适的前提下逐步推行。其内容可以总结为三个主要类目，即政治、经济和社会，下面详细进行论述。
政治
一、经营国际关系（洪仁玕还递交了一份考察各国情况的报告）；
二、清除政治朋党和小集团；
三、政治权力集中化；
四、消除官僚腐败，如卖官鬻爵、收受贿赂等；
五、建立民主政府（大约和之前的《天朝田亩制度》所规划的相仿，但在组织民兵、清扫街道、在地方保持社会秩序、为伤残者提供支持及埋葬死者等方面，提出了很多细节措施）；
六、施行各级政府的独立会计制度；
七、在民间组织和建立机构和团体，促进慈善和教育活动；
八、建立新闻制度，并设立“暗柜”（意见箱）来听取民众的声音，向民众发布各省及各国新闻（由新设立的新闻馆官员收集），为积极正面的舆论力量（如惩恶扬善等）提供施展的机会；
九、更为保障个人权利，尤其是犯罪者只惩罚其人，不连坐其家人；
十、在全国建立邮政系统，每二十里设立一处邮局；
十一、准备允许外国商人入国经商，但对进入内地意图传播科学知识或基督教的外国人加以限制；
十二、改革牢狱系统，对所有犯人施行人道对待（此处有一旨在弱化牢狱污名的建议，即允许犯人在其他乡县从事苦役，以替代服刑；另一建议是死刑的处刑方式均为吊死，而不再使用其他过于残酷的处刑方式）。
经济
一、以蒸汽船只、铁路和新的高速道路系统为基础，在全国建立一个现代的运输网络，其中每省有一主干道，再向各乡县分出支线；
二、鼓励科学发明与创造，向发明人提供最高十年的专利期；
三、制定分利法规，鼓励矿业发展，发现矿藏者得利20%，运营者得利60%，政府获利20%；
四、设立银行，发行钞票；
五、以政府的调查为基础，疏浚河流；
六、施行房屋建造规范（详细规定了房屋的大小、样式、允许建造的地点、施工方的资质，并严禁规划时进行占卜吉凶等迷信活动）；
七、在各省、乡、县设立公共财政金库，负责民政和军政的支出，对贪污受贿者实施新的惩罚措施；
八、重新梳理海关和税务征收系统，所有收入每周入库，严厉打击并消灭挪用公款的现象；
九、建立对人和财产的保险系统。
社会
一、消除不良的社会习俗和习惯，其中包括酗酒、吸烟（烟草及鸦片）、禁止演戏（通常认为当时最流行的戏剧会导致道德败坏）、斋禁（佛教修行）以及向死人牌位偶像敬拜等；
二、减少在文学作品中使用夸张和华丽的辞藻，因其妨害真诚坦白地交流思想、感情和知识；
三、将庙宇改造为教堂或医院，以进一步反制偶像崇拜和迷信活动；
四、建立政府组织的公共卫生事业，为广大民众提供药品和卫生教育，为穷人建立医院，由政府雇用的医生向病患免费提供治疗服务（此为公立医疗系统之不可思议的先声）；
五、保护儿童，尤其是立法禁止买卖儿童作为奴隶，或淹死婴儿的行为（贫穷家庭如无法找到没有孩子的家庭收养，或无法安排孩子进入政府设立的孤儿院、儿童福利院等设施，便淹死婴儿，这是他们的另外一种选择）。
六、建立关照肢体残疾者、盲人、聋人、智力障碍者等的社会保障机构（强调教育他们，使他们可以从事艺术或贸易等有用的工作）；为鳏寡孤独建立保障机制（强调对他们加以关怀，并在死后进行掩埋）；
七、矫正民众的坏习惯，包括男人留长指甲，女人缠足，大操大办（丧事、喜事及生日宴），豢养飞禽，斗蟋蟀、蝈蝈以及对珠宝和化妆品等个人装饰品的放纵嗜好；
八、鼓励科学进步，对诸如蒸汽船、铁路、手表钟表、电力、气温计、望远镜、航行仪器、机关枪、六分仪、地球仪以及其他科技时代的代表事物公开赞赏，待之如宝。
洪仁玕的构想显然有两个来源：其一是他在上海和香港与外国友人的对话（他不会阅读英文，排除了他直接阅读英文报纸和书籍的可能）；其二是他对两个通商港口行政和经济规程的个人观察。例如，香港就设有英国的银行和保险公司。当然，他亲身经历的对他的思想影响最大的例子，便是他在论述中提到的书信馆。在现在的口语中，人们还是用这个词，而不是准确的“邮政局”。而且，干王构想的整体能效要高于其各条的总和，整体上不让历代行政法典，与其同时的改革和现代化规划之中，也无出其右者。与他同一时代的英杰如曾国藩、李鸿章、左宗棠等人，都未曾对当时的政治思想做出类似的贡献，也使得洪仁玕为太平天国规划的蓝图成为直到孙中山的国民革命胜利的历史进程中独一无二的社会构想。谢兴尧、彭泽益以及萧一山等现代中国史家均认为，如果这一构想在中国得以实施，中国将提前半个世纪完成现代化，甚至在日本之前成为新兴的世界大国。然而，战争时期，四野混乱，革命运动被过早扑杀，导致整个构想无法施行。现今，这个蓝图只是默默地向我们提示着那个激励着太平天国革命运动的伟大理想。
洪仁玕实际的改革措施
洪仁玕这位新就任的政府首脑深知孰事可为，根据太平天国真实的资料以及其他可靠资料的记载，他确实施行了很多改革，在朝中灵活地运用政治手腕，孜孜不倦地努力，为改善国家而工作，聪明睿智地把自己的理想和现实中可达到的目标结合起来。为了更好地理解洪仁玕对太平天国的重要影响，下文将分别讨论洪仁玕改革的七个要点。
信仰实践
洪仁玕把在中国传布正宗的基督教教义，视为自己的重要任务，因此便不难想象，他的改革中有很多设计太平天国宗教实践的内容。在洪仁玕规划对宗教事务的全新管理方案之前，太平天国仅仅尝试着对集体敬拜活动施行最为基础的管理。呤唎写道：
太平天国的神职系统是属于长老会的一种形式。天王既是国王，也是所有人的最高祭司；另外四王在教会里集中居于其下一层，再下还有许多级教务人员，他们都经过特行的极为严格的考试，最终才获得他们的职位。这些考试由其教廷在南京举办，由四位大牧师和四位王主持。
通过考试的牧师由天王任命，在政府或军中任职，其职责与香港基督教会中的同僚相仿，主要是主持宗教服侍、传道训诫、教授教义以及主持洗礼和婚礼等。他们在服饰上也模仿外国教士：太平天国的牧师与其他中国的精神领袖不同，“（他们）都穿黑色的衣服，年老及位高者在头巾上配有珍珠装饰，以作区别”。另一项可以直接追溯到洪仁玕在香港经历的太平天国基督教改革措施，便是向对大人一样，对儿童施洗的制度（尽管浸礼会与其他基督教会不同，不向婴儿施洗）。
较为平和但也许更富于其个人色彩的，是洪仁玕对教礼的改革，其中一点便是允许信徒饮用圣坛上供放的三杯茶，而从此以后，这三杯茶就被认为是对上帝真正的贡献。另外，洪仁玕还告诉信徒，不需要在祷告后把写有祷告词的纸烧掉，而太平信徒的这一行为实际上是一种异教的仪式。更有意思的是，他还改变了太平新徒中常用的祷告词。洪仁玕在对此的修改中，展现了他广博的神学知识及超凡的文学技巧，为民众创制了一套新的日常用的祷告词，其文体之典致，精神之纯洁，甚至超过后来在中国基督教会中听到的那些祷告词。仅这一功绩，便可以使洪仁玕在太平天国的历史上保有一席之地。
但是，对于洪仁玕而言，任何实质性改革的前提都是纠正他的族兄洪秀全那些不纯正的信条，而正是这些信条，决定了太平基督信仰的形式和内容。没有人比洪仁玕更清楚洪秀全的固执与强硬，也没有人比洪仁玕更能挑战在年龄、职位和宗教信仰上都高贵优越的洪秀全（须知，洪仁玕和冯云山是洪秀全最初的两个信徒）。洪仁玕为此极尽巧智，小心谨慎地把握平衡，在赢得洪秀全在神学方面的共识的同时，不使他采取保守的反动行为，让一切未来革新的计划功亏一篑。洪仁玕允许洪秀全保持那些并不直接提出核心教义的非正统信条，但在其他方面则勇敢地据理力争，改变洪秀全的错误信仰。因此，洪仁玕默许天王继续称呼耶稣基督为长兄，而自称上帝次子（受命驻在人间），也默许他妄称自己与太阳之间的关系。博学多识的洪仁玕知道，中国历史上历代王朝的创建者都编造过超自然的说法，而现在这位矢志推翻清朝的天王，以这样一个说法来赢得政治道义，是可以允许和接受的。
而且，天王在对正统基督教教义的理解中还有更为严重的错误，而洪仁玕也不断上书加以劝导，这也体现了他在试图纠正洪秀全错误信仰时令人赞叹的智慧和耐心。例如，由于翻译不准（详见第八章），太平基督信仰中一直没出现过耶和华的圣名，这便是洪仁玕不断谋求改变的最常见的内容之一。另一项内容则涉及三位一体。洪秀全一直拒绝承认这一点，因为它与一神论信仰不合，也与中国传统的关于正确的父子关系的原则冲突。（洪仁玕甚至承认圣父与圣子在世间有血缘关系的可能性，想借此来劝导洪秀全接受三位具有同一神格的信条。）
洪仁玕进行如此一场艰难的改革需要相当长的时间，而当时的条件并不允许，因此他全部的宗教改革意图就必须由他自己的宣传册中梳理收集。从中我们看到的是一套近乎完美的新教正统教义，其精神内涵大体与圣保罗的神学相合。他所说明的教义的完备与清晰程度，从下面一段文字中便可见一斑：
尔云欲拜上帝，不知拜之之道。但拜之之道，内则以神以诚，外则言真行实，做事遵依天条十诫。有罪时加悔改，求天父上帝赦之，天兄基督救世主赎之，以望得天堂之福，求得免地狱之祸。此便是拜。
洪仁玕的宣传册还努力地将中国传统的道德原则同化入太平基督信仰之中，他在此时的构想远远超出洪秀全在太平天国革命运动初期的那种幻象式的改造（见第八章）。例如，其中详尽阐述了关于如何净化人心的理论（由对外界表面行为的关注，转而关注内在层面通过自律而实现的精神成长），这与孔孟以及宋明理学，甚至王阳明的新学都完美地相合。这一点及他其他的宗教主张，使得洪仁玕成为欲将基督教本土化至关重要的人物之一。在那个时代，虽然他作为改革家的长远规划远比其真实成就更为伟大，但是他对太平基督信仰的影响已然相当显著，对之大有助益，他也因此赢得了在香港的旧友们的赞许。
调整太平历
在太平天国第十年的太平历的序言里，洪仁玕向冯云山此前的伟大创制致敬，并且从历史、宗教、社会和哲学先例等广泛的角度，阐释了此前一直印行的太平历法的原则（见第五章）。以此为始，他站在权威的角度，全面而理性地讨论了新历法的优越性。但是，洪仁玕也意识到了该历法系统的不足，发现在第九年后，很难将太平历日期与农历或西历日期对应起来。此外，他还认识到并着手纠正这套历法的另一个不足，即对一年长度的误算。太平历法中一年有三百六十六天，而非三百六十五又四分之一天，因此太平历法的一年比一太阳年长出四分之三天，即每四十年多出三十天。而太平历法已经颁行九年，再按年度逐年修订便不甚可行，因此洪仁玕提出了一个名为“斡旋”的系统，即每四十年为一“斡”年，该年有十二个月，每月二十八天。如此便在这一年中减去了三十天，使太平历与太阳历重新契合。另外值得一提的是，洪仁玕以其智慧避免了使用不吉利、寓意不好的“减”字，采用了“斡旋”这个名字。
文学改革
太平天国此前已然在文学作品中率先普遍地使用了标点符号（逗号和句号），而洪仁玕此时提出了三项改革措施，这远远早于五十年后近代中国学者们提出的文学革命。他的改革措施包括提倡口语化，避免引用晦涩的古代经典，以及返璞归真，反对因夸张修辞而变得烦冗，有时令常人难以理解的经典文学。
重整太平天国的民族精神
毫无疑问，洪仁玕是太平天国中最为优秀的作家，他的论述、诗歌、文告和奏章，由天国政府分别收集刊印成七本小册。从他对宗教、历史、行政管理、军事科学以及文士的论述，到对政府法规、命令的讨论，甚至无具体主题的个人反思，所有这些论述都以民族精神为系。他的雄辩确实令太平天国后期的革命精神为之一振（他对陈玉成的影响见第二十章）。洪仁玕重新唤醒了革命者推翻清朝统治的斗志，并以孔子在《春秋》中区分华夷之别作为依据，从而成为清初王夫之之后第一个、孙中山之前最后一个引用经典，公开唤醒民众意识的学者。下面的诗句是洪仁玕在天京陷落、自己临刑之前所作，最能体现他的精神与意识：
春秋大义别华夷，
时至于今昧不知。
北狄迷伊真本性，
纲常文物倒颠之。
婚姻法规
从现实操作的角度而言，洪仁玕执政最为突出的一个成就，便是制定了一套有关婚配的法规。在这套法规之下，男女由神师证婚，如果没有神师，则由政府或者军伍的官员证婚，并举办极其类似基督教婚礼的仪式。洪仁玕还修订了婚礼上的祷告词，祈求上帝对新人的祝福，另外还删除了原来祷告词中迷信和异教仪式的残余。呤唎本人与一位葡萄牙女子的婚礼，便是在天京依照太平天国的法规举办的，他细致地描述了太平天国的婚礼仪式：“除了没有戒指，它的形式与英国教堂中所举行婚礼的形式，在我们能想见的任何方面，都非常相似。”
至于其他的法规，所有的婚姻均须在政府特别设立的“婚娶官”处注册，婚娶官则发放一对印有龙（给男方）和凤（给女方）的证书，称为“龙凤合挥”。太平天国不允许离婚，而结婚则依旧按照他们之前对婚姻的约定，男女自行选择伴侣。只有在重婚一事上，该法规与基督教的实践有所差别。如前文提到的，洪仁玕本人一直只有一位夫人，而一夫一妻制也是太平天国对一般民众的要求，但是显然，洪仁玕对政治现状的妥协让步，使得资历较老的太平军领袖并未放弃多妻的婚姻行为。
重整考试制度
洪仁玕在《士阶条例》中提出彻底改革政府考试管理制度，这不仅仅是将传统因素和革命因素以他自己的方式重新整合，新的考试制度与之前八年间太平天国所施行的考试制度有了显著的差别。其特征可以简要地归纳如下。
在洪仁玕进入天京之后，洪秀全给他加封了很多官职，主考官（名称已由“天试掌考”改为“文衡总裁”）就是其中之一，太平天国的所有考官都由他节制。新的制度则恢复清制，加设省一级的主考“提考”和府郡一级的主考“提学”。另外，此前太平天国一直执行的是每年一次在天京举行的向全民开放的考试，而新制度与清制相仿，在天京和各省举办考试，三年一次，而府郡的考试则每年一次。除了天京天试的五级功名（状元、榜眼、探花、传胪和会元）之外，其他文武科考的功名均有所变化：
新制包括五级逐级递进的考试：（一）每年在乡镇举办的乡试；（二）每年在县里举办的县试；（三）每年在郡中举办的郡试；（四）三年一次的省试；（五）三年一次在天京举办的天试。各级考试均分文武，共同按照相同的总体章程举办。与这五级考试不同，每三年在天京还有针对想要取得考官资格的官员举办的考试。
如果说太平天国新的考试制度在结构形式上与清制相仿，那么在对考生的关怀和爱护上，太平天国的制度与过往的所有制度都有显著不同（见第八章）。洪仁玕的新制度为每一位前往天京考试的生员提供路费，并为他们提供在天京的住宿和餐食，甚至还包括筷子和每日用的蜡烛。但不幸的是，这一制度除了提供路费和餐食方面，其他并没有得以实现。虽然“秀才”改为“秀士”的制度得以提前实施，而且一些乡下的士子也收到了政府给予的路费，但是彻底实施这一计划的希望，在洪仁玕计划的1864年之前很早已经变得非常渺茫。
重新整备中央军事计划
1859—1865年洪仁玕在天京的日子里，他一直致力于更好地协调和调度各个战场，加强对中央战区的控制，希望改善太平天国的战略环境。但是，他作为一位战略家的杰出能力，就像他作为文士或宗教家的杰出能力一样，并未给太平天国带来多少实际的收益。他的许多军事计划都和他的政治规划一样，因为国际政治暗流和外部环境的恶化而最终失败。洪仁玕所提出的诸多战役计划中，只有第一个得到了诸将必要的配合，并在1860年获得大胜。本章余下的几节，将主要介绍这场至关重要的战役。
天京解围计划
洪仁玕进入天京时，清军对天京的包围正到关键的时刻。捻首李昭寿和薛之元的叛降，使清军有效地控制了长江以北的全部地区，迫使李秀成和陈玉成迅速从安徽赶回，以解天京之围。1859年初夏，清军完成对天京的包围，切断了城内外的联络。虽然李秀成和陈玉成在六合和江浦的两场胜利之后，于当年晚秋短暂地建立起了联系，但是陈玉成刚一向西赶往安庆，张国梁便率江南大军北上，重新占领了江北地区。天京现在被南北两线敌军完全包围，清军开始沿城挖掘壕沟，切断它与其他乡县之间的道路。这条天京郊外的大壕沟约有一百五十里长，清军共设一百三十余座大营，驻防超过四万人。毫无疑问，钦差大臣和春所布设的对天京的包围圈，要比其前任向荣的更加紧密、威胁更大。
对此种情形万分焦虑的李秀成先后三次赶回天京，面会洪仁玕，讨论解围的计策。终于，洪仁玕确定了总体的战役方案：佯攻浙江湖州与杭州，诱使江南大营分军救援，再迅速举全力向分军之后的天京附近的清军发动进攻。洪仁玕知道浙江是为和春提供钱粮的大后方，对方必然会派大量的部队前往援救，这样他就可以抓住对方分兵作战的机会，与清军全面直接地对战，到时太平军将以人数上的优势将其击溃。
李秀成全力支持这一方案，并且由他负责主持施行。江北的防务交由两名副将负责后（虽然他们作战非常勇敢，但是两个月后，江北地区还是落入了更为强大的清军之手），李秀成率领大部队于1860年1月下旬前往芜湖，为战役做准备。他首先召集在皖赣二省的主要将领召开军事会议。在宣读完天王召诸军勤王的诏书并介绍完严峻的战略局势之后，李秀成亲自向诸将解释作战计划，并开始分配各路进军路线及具体的作战任务。将军们也全都支持这一方案，在会后各返驻地，分别执行任务。
佯攻浙江
1860年2月10日，李秀成率其精锐开拔赶赴浙江，他取道清军占领的宁国，占领了距离芜湖三百余里的广德。他留下手下的两员干将陈坤书和陈炳文率部留守广德，自己则率领轻骑突入浙江，依照计划与其堂弟李世贤（刚被晋封为侍王）会师。由于两部太平军都乔装成清军部队行军，因此一直未被发现，他们在经过一系列小规模的战斗之后，占领了长兴。李世贤随后由长兴向北佯攻湖州，为李秀成在南线的活动提供掩护。
另一方面，李秀成雇了当地的一名匪首为向导，引导他和约六千人的部队，通过鲜为人知的小径穿过莫干山区（该地区后来成为外国传教士消夏避暑的胜地）。在连续四天的急行军后，这一小股精锐太平军部队于1860年3月11日到达浙府杭州的城门之下。当他们竖起无数旌旗壮大声势，然后向杭州城的两座城门冲来时，城内官员百姓感到意外和震惊。此后，双方在杭州郊外一连数日均有小战。3月19日，杭州城墙被炸开一处缺口，一支一千二百五十人的太平军先锋队涌入并占领了浙府杭州城。浙江巡抚罗遵殿及其属下官员均死于是役，虽然残余的清军部队退往了邻近的乡县，杭州将军满将瑞昌则率其部退守满城，坚守奋战。至于城中百姓，据报约有六万人伤亡，其中多数为自戮殉难（包括年逾古稀的著名画家、原兵部侍郎戴熙）。幸存的百姓则自行集结成伍，捕杀破城之前趁乱劫夺他们家财的清军士兵。
太平军的计划进展非常顺利。作为对太平军新攻势的反应，刚刚受命兼理浙江军务的钦差大臣和春于3月10日派出一万三千人的部队，一部由张玉良指挥从天京出发，余下由郑魁士指挥从宜兴出发，往援杭州。这次派出了一万三千人的部队，再加上之前因各种任务派出的一万余人，和春在天京所留下的兵力不足平常的一半。而且当第一份情报匆忙传来，李秀成之前误以为来援杭州的是清军最难对付的张国梁部，此时李秀成一营都感到惊喜非常。急速返回天京的时候到了，3月23日，当张玉良部进入战区备战的时候，城内的太平军兴奋地开始忙着在城墙上竖起大旗，假意展示他们的力量和守城的决心。24日拂晓，太平军则又沿另一条天目山区的隐秘山道返回天京。而张玉良的部队进入饱经战火的杭州后，开始忙着搜刮，无心追击。李秀成则日夜兼程，于4月4日返回广德，与等在那里的两名部下会合。此后几日，他又召集诸将召开作战会议，然后一起于4月8日占领建平（今郎溪）。李秀成又在郎溪开会，对即将展开的对围困天京的清军的作战进行最后的部署。
和春溃败
按照计划，太平军将分东、中、西三路进军。忠王李秀成和侍王李世贤分别指挥东路左、右两翼，从溧阳（位于建平西北）向北移动。中路由辅王杨辅清及黄文金为左翼，陈坤书和刘官方为右翼，从高淳（位于建平东北）出发。而此时已在长江对岸整备出发的西路，则是英王陈玉成及吴如孝、刘玱林部，他们此前受精忠军师洪仁玕之命，防备清军从安徽进犯江北，以确保没有清军南下驰援杭州。这一场战役，三路太平军共动员了十二万至十五万人（据和春后来的奏折所说，是多于十万人），十倍于包围天京的清军部队。而且，这些部队都是太平天国最为精锐的部队。太平军可谓胜券在握。
中路部队首先出击。他们途经东坝和溧水，遭遇并且击溃了正从浙江返回的郑魁士部。到了1860年4月29日，中路左、右两翼已经在天京城外部署就位，等待另外两路大军的到来。
在东路，右翼的李世贤绕远路，经溧阳、宜兴、常州及金坛吸引清军注意，为李秀成直扑天京的部队做掩护。李世贤部于4月23日到达句容，李秀成及其左翼也于同日到达。（与此同时，张玉良部几乎已经追上他们，于次日到达常州。但是他的部队被两江总督何桂清截留，因此虽有和春急件求援，却始终未能参加天京方面的战斗。）两日之后，李秀成与李世贤分别向天京出发，又在天京东南的淳化合力进攻驻防壕沟的张国梁部。第二天，他们击溃了张国梁部，占领了淳化，并在那里驻扎，等待其他部队就位。
西路军方面，陈玉成、吴如孝和刘玱林奉洪仁玕之命，开始展开西路军总体战略计划的第二步，于4月29日由江北的梁山渡过长江。从3月中旬开始，陈玉成就不断采取佯攻江北滁州、舒城及全椒等地的办法，迫使李世忠（原来与太平军同盟的捻首李昭寿）无法分军增援天京。现在，当陈玉成知道其他诸路部队均已靠近天京后，他也于4月底解除对全椒的包围，率领着他的精锐步兵及两万骑兵赶往天京。
天京城内，随着各路太平军人马均按照计划在城外集结，洪仁玕和其他官员的心情都越发激动。决定性的大战迫在眉睫。5月1日，数支部队出现在城门之外，总攻的信号终于发出。次日，在接到信号后，李秀成、李世贤、杨辅清、刘官芳和陈玉成每人指挥两路，共十路部队同时向清军发难。
从一开始，太平军便稳操胜券。钦差大臣和春、张国梁和其他江南大营的将领浴血奋战两个日夜，试图阻止太平军由四面八方而来的攻势。第三天和第四天，天降大雨，但是太平军的攻势更为凶猛。到了第五天，太平军消灭了一座大营，清军损伤惨重，折损一名将军及许多官员。对清军的最后一击是在5月6日，战斗的第六天。当日清晨，十路太平军集中进攻清军，后者的防线迅速瓦解，天京城东门外的江南大营逐一被摧毁，和春和其他官员往浙江逃命，而张国梁负责殿后。数千清军士兵殒命此役（据李秀成说有三千至五千人），剩余的大部也四处逃散。在同时击毁了停泊在长江北岸的一些清军水师舰船之后，长期围攻天京的最后一股清军也被消灭。
对第二次天京解围的再分析
为了能够正确地理解太平天国的这次决定性胜利，就必须回顾向荣和和春先后八年对天京的封锁包围所造成的严峻局势。呤唎曾这样写道：
当1860年刚开始的时候，太平天国的前途非常黯淡。因向江西、安徽，以及为解南京供给之缺，而必要地向江北不断地派出援军，南京的驻防士兵已经减至不足两万，而清军还从在城北十数里处汇入长江的秦淮河开始，至城南十五里长江之上的燕子矶，修筑城墙工事，彻底切断了南京与其战地部队的联络。大股清军水师则从南部彻底阻截了河道交通。此时，山间谷内，目之所及，清军各路旗帜漫山遍野。看来，再过几周，要么是清军就鼓足勇气扣城而入，要么这场光荣的、满怀爱国情结的运动就会因为饥荒而自行灭绝。
如果不是由洪仁玕设计、李秀成执行的这个计划取得了伟大的胜利，太平天国运动就将在1860年以失败告终。但是，当时的史家们虽然都把太平天国在战略、指挥、战斗精神及人数上超越清军归结为他们获胜的原因，却也认为他们的胜利也部分得益于江南大营在面对攻势时出人意料地不堪一击。清军的这种脆弱，除了和春中了围魏救赵之计，分军减员造成的数量上的劣势，主要还有士气和其他几方面的问题。首先，江南大营缺乏资金，每四十五天才向士兵发放一次饷银，即实际上减薪三分之一，因此造成营内怨声载道，士兵甚至直接抗命，拒绝战斗。其次，军营之中对和春的参将王俊多有不满，他依靠宠幸得势，滥用职权，收受下级官员的贿赂，克扣饷银，还依裙带关系任命要职。他属下的士兵曾公开要求将他撤换。第三，和春对其副将张国梁的嫉妒。张国梁的指挥技巧远胜于和春，其部久经战阵，在战斗中的勇猛和纪律都强于和春的部队。因此，清军指挥官之间关系紧张，军事行动的效率因而受到影响。第四，钦差大臣和春是出身旧满族家庭的纨绔子弟，在人事任命上随其个人喜好，常常在军务上出差错，其能力无法胜任如此高位，因此在其职权内的事务上说话，也就失去了分量。
然而，从清廷的角度而言，和春和他的前任向荣虽然都没有完成他们在天京战场的任务，但是他们都为最终剿灭太平军做出了被动却实质的贡献。他们在敌人的后方，天京城的脚下对革命军进行了骚扰，不仅破坏了其试图占领苏州和上海的行动，保障了未来成为镇压革命运动基地的富庶的上海及周边各县，而且牵制了太平天国的中央部队，使其没能在紧急时刻支援北伐和西征的部队。
如果这可以算是对双方消耗战的贡献的话，那么他们在天京的骚扰活动，尤其是在和春管理的时期，还在另一个更为积极的方面也对清军的战斗有所帮助。如果没有他们对太平天国运动的牵制，曾国藩在惨败于太平军之后便没有机会重建湘军。江南大营溃灭之时，也正是曾国藩重整旗鼓再上征程之日，在天京解围之后，他还接替何桂清成为两江总督。因此，具有讽刺意味的是，太平天国的这场大胜反而让另一个更可怕的对手得以施展身手。曾国藩和他的将军们或许应该为江南大营的溃败给他们带来的转机而拍手相庆。毫无疑问，在最终收复南京之后，被清廷任以高爵的曾国藩评说自己不信书、只信命的时候，心中所想的应该就是这一次他交到的好运气吧。