在庆祝天京解围盛典的第六天，“首相”洪仁玕带领诸王及高级将领到天王府觐见天王，洪秀全在接受就太平军大胜举行的朝贺之后，随即与在场的领袖们召开军事会议，商定下一步的战略计划。英王陈玉成建议，派遣一支强大的远征军到安庆，阻止湘军和鄂军即将到来的新攻势，因为这样的攻势会威胁到太平天国对长江上游地区的控制。侍王李世贤主张占领富庶的浙江和福建，此举可能是为了充实太平天国的圣库，为最终一举而定天下做好准备。而洪仁玕的计划则最具野心，他向在场的将军们展示了一个大规模的东征计划，其目的有二：一是占领包括苏州、常州和上海在内的苏东地区其余的城市，然后在上海斥资百万，购置二十艘全副武装的蒸汽船，赴长江上游作战；二是分军两路，同时沿长江南北两岸出击，再占湖北，从而把长江流域重新纳入太平天国的治下。这个计划满足了太平天国长久以来渴望占领上海的意图，因而得到了李秀成的鼎力支持。对洪仁玕此前的作战计划就感到很满意的天王本人，也支持并批准了这个新的作战计划，并且立刻任命李秀成为东征军的统帅，要他在一个月之内占领苏州和常州。
参加这次行动的其他将领也随即确定：（一）除了李秀成本人的部队，东征军还吸收了李世贤、杨辅清、黄文金和刘玱林的部队，由刘玱林为陈玉成的副将掌帅先锋；（二）刘官方的全部部队在第一阶段随军东出，然后折向皖南；（三）陈玉成部也随军向东，然后渡江佯攻扬州，使北岸清军无暇进攻天京，也无法骚扰南岸李秀成的行动；（四）吴如孝和李秀成帐下的吴定彩则受命解救张洛行，他在皖北正遭到接替胜保的袁甲三的围攻。诸路部队均按计划出发，以此为标志，前后耽搁了七年之久的太平军东征计划终于付诸实施。
清军方面，和春、张国梁和王俊在镇江逐渐收罗江南大营被击溃后的散兵。这些士兵再加上由浙江而来的士兵，共有一万三千人，和春亲率其中三千人返回丹阳。一开始，张国梁仍留在镇江，准备指挥城防。但是太平军开始扑向苏州和常州，忠心报效朝廷的张国梁随即带着剩下的一万人以及后来招募的一万三千人的部队，前往丹阳与和春会合。
占领丹阳
太平军的先锋在轻而易举地占领了句容之后，于5月18日到达丹阳，骑兵到时，张国梁的部队也才刚刚进城。而大战将近，清军的内斗和混乱仍未稍歇。和春此前刚刚强硬地拒绝了军士们再次提出的罢免偏将王俊的要求；而当天，虽然士兵们已然明确表态，如果不结清拖欠的军饷便拒绝作战，和春仍然从刚到大营的饷银中贪婪地克扣了每人四两之多。士兵的怨愤由此越发强烈，第二天当太平军攻来时，清军士兵未发一弹，放弃防守。张国梁试图劝说士兵作战，也没有效果。一小时之后，当太平军已经逼近大营东门，张国梁和王俊刚到那里增援熊天喜的部队时，大局已定。他们只能眼睁睁地看着清军的防线在太平军第一轮射击之后即告崩溃，步兵连滚带爬地跟着骑兵一起逃散到了乡野之中。王俊和熊天喜在逃亡时被杀，钦差大臣和春则带着一些随从骑马逃往常州。张国梁身负重伤，也试图骑马逃亡，但在南门外的丹阳河因战马失蹄，落水溺亡。李秀成此后搜寻收敛张国梁尸首，将其礼葬。
在丹阳获胜之后，陈玉成率其部渡过长江，佯攻扬州，留下了他手下最优秀的将军刘玱林指挥东征军的先锋部队。
攻克常州
当5月20日太平军的先锋到达常州城外时（和春也于当日由丹阳撤退到这里），两江总督何桂清宣布要离开常州前往苏州，与巡抚徐有壬商议江苏省的下一步防卫计划。他之前坚持将常州防务交由张玉良的部队负责，现在又有如此动作，其伪饰之下怯懦自保的嘴脸就变得昭然若揭。张玉良孤军难保常州无虞，即便有刚败退至此的和春相助，也于事无补；城中长老、乡绅和其他民间代表害怕总督离去引发士气低落，人心恐慌，当面请愿，哭求何桂清留下来。何不为所动，于次日早晨带着一小伙亲兵由东门离开，而当他发现去路被数千民众堵塞，向他焚香请愿（焚香为请愿的传统习惯）时，居然命他的亲兵向人群开火。（徐有壬在给皇帝的奏折中列有死者十一名，伤者逾百人，但其他报告中的伤亡人数则少得多。）何桂清很快就遭到了批评，说他怯懦和凶暴。在何离开之后，清军就开始在城中劫掠放火，同时张玉良还下令烧毁所有城外的房屋，以免为太平军提供掩护。如此一来，常州烽烟未起，城内外百姓就遭尽苦难。5月22日，当太平军准备对城池发动进攻时，和春逃往浒墅关，张玉良和另一位将军马德昭退至常州府内的无锡县。而此时张玉良的一部士兵想要转投太平军，而常州一些大胆刚毅的居民组织的民兵，却刚刚拒绝了李秀成的劝降，城中人心游移不定。当城池最终于5月26日（咸丰十年四月初六）陷落的时候，许多民兵都战死在城中的街道上，大量的市民听信了太平军是恶人的谣言，而选择自杀。
常州已然纳入囊中，太平军便分军而行：杨辅清向南去攻占宜兴；刘官方返回皖南；李秀成和其他将军则转而向无锡进军。此间有两件事情值得一提。其一，逃往浒墅关的和春害怕朝廷将他问罪处斩，在常州陷落的前一日吞生鸦片自杀。但是巡抚徐有壬掩饰了其真实死因，在奏折中只说和春重伤呕血而亡，因此这位曾经执掌大权的钦差大臣，最终还受到了朝廷依惯例给功臣的追封荣誉。其二，在常州四散逃亡的清军，虽然已经抢到了很多战利品，却在逃亡后仍然毫不克制地继续向东洗劫沿途村庄，所过之处百姓对清政府的态度纷纷转为憎恨和敌视。
5月29日，前往无锡的太平军被张玉良的部队及从宜兴而来的清军半路阻截，惨遭败绩。但是第二天他们就恢复士气，一锤定音，攻占无锡。清军的守军中很多人都投靠了太平军，其余的人败退至苏州，他们也与之前一样，在逃亡的路上沿途洗劫。在安排好无锡的防务之后，李秀成也率部动身赶往苏州。而太平军此时又控制了两座城池：5月21日，李世贤军一部包围了金坛（虽然直到9月1日李世贤亲来指挥进攻之前，都未占领该城）；而由天京直接被派来渡江作战的天王的堂兄洪仁政和赖文光，则占领了江浦。除此之外，第三路部队受命攻取镇江，但是这支部队在5月22日被击退。即便如此，天王还是把所有江北的太平天国控制区命名为“天浦省”，并且在安排了一些施政的官员之后，就调在江浦获胜的赖文光加入东征部队，随同作战。
攻占苏州
说来有些令人难以置信，江苏最为富庶又位居战略要冲的苏州，1860年6月2日（咸丰十年四月十三）在未流一滴血的情况下便温和地向太平军投降。此事的缘由要从之前的几日开始说起，那时清军马德昭的部队从无锡向西败退至此，在城内进行了劫掠，还烧毁了部分房屋。当6月1日，张玉良率领着大队人马赶来时，还沿途收编此前被太平军击溃的清军，而张玉良并不知道，其间还混入了太平军的间谍。这些间谍就这样进入了苏州城（有一种说法为约有两百七十人），他们很快就找到了在太平军出师之前经过秘密商议，愿意献城投降的官员和士兵。由于张玉良等将是逃亡而来，而所有守军和民兵都疏于防备，因此次日早晨，当城内的太平军间谍在城墙之上互换他们城外的弟兄，然后打开城门迎接他们入城的时候，城内清军几乎没有人进行抵抗。徐有壬和其他五名官员自杀殉城，而李秀成则按照官员葬礼的习俗，为其更换寿衣，收敛入棺，还在其上手书“忠臣徐中丞之棺”，以此表达他对这位生时忠于职守，死时无愧节义的对手的尊重。
其他在苏州被擒的官员，无论汉籍满籍，都被允许离开苏州，太平军不仅保障他们在途中的安全，而且无论其离去的目的地是哪里，太平军还为他们提供盘缠（有些还提供了船只）。如果说清军的官员们愿意相信太平军的这种善意，那么士兵和民兵们对此更是欢迎有加。李秀成接收了五六万人的大规模的投降士兵，并且宽容地将他们编入太平军。这最终被证明是一个失误，这次在人数上的增加所带来的好处，远不及新纳入的这些士兵对太平军士气和威望产生的消极影响之大。这些士兵都曾在向荣、和春、张国梁和其他腐败的清军将领帐下，而这些人则带着他们肆意地奸淫掳掠，简直是无恶不作。他们吸食鸦片，参与赌博，酷爱私斗，毁人财物，抗拒命令，贪得无厌，崇拜邪神，作战怯懦，几乎在任何方面都不符合拜上帝会信徒高标准的道德要求。虽然饱受战争困扰的民众可能无法区分，但是，诸如士人李圭（他本人也曾被太平军俘虏过一小段时间）这样的当时的观察家都已经完全地意识到，原来的太平军和后来招募的太平军之间存在着区别。李圭类似的评论有很多，其中一条写道：
清军降附者，尤为凶残贪暴，绝无人心……但如行此类事者，大抵以湘、鄂、皖（、赣）等籍人，先充官军，或流氓地痞，裹附于贼，或战败而降贼军，积资得为老兄弟者多。其真正粤贼，则反觉慈祥恺悌（，转不若是其残忍也。）
传教士艾约瑟和杨格非在刚结束在扬州的访查之后，也这样说道：“人们对旧匪评价颇高，说旧匪对待百姓非常人道，而所有恶行均为新加入者所为。”李秀成最终也抱怨，很难对这样多的“新弟兄”们施行严格的军纪。但是，太平军经常因为其成员，无论是老兵还是新员所犯的恶行，而遭到不加区分的批评和指责。
关于占领苏州一事，恰巧有大量可信的证据证明，太平军占领苏州之时，没有财物受损，没有房屋被烧毁，双方也都没有人员损失（除去巷战中抵抗和自杀者）。而太平军在这样一座富庶的城市里，的确从官员府邸和富家大户那里征收了大量的钱财细软，上缴天京圣库。但是据中外证人亲眼证实，所有的破坏和毁弃均可追溯至城池易手前一天清军的头上。
占领苏州整整一个月后，洪秀全在天王府主持军事会议，对江北战况非常满意，将苏州一带地区以太平天国新的命名方式改为“苏福省”。苏州投降的李文炳被任命为文将帅，主管政务。李此后被调往昆山供职，李秀成府中的大将逢天安刘肇钧接替了李文炳的职务，不过刘的职衔与李稍有不同，为苏福省民务官，熊万荃为其副手。
苏福省的统治
在占领苏州后的前几周内，李秀成将个人的精力完全用于平抚苏州周边各县，那里的百姓仍未接受太平天国的治理，或者进行武装抵抗。尽管已经采用官方文告和其他的方法，向他们保证太平军恢复和平的初衷，但并没有达到缓和安抚百姓的目的。而且，采取军事手段恢复和平违反了李秀成的原则，于是他大胆地仅带着一小伙亲兵，亲自前往各村访问，安抚百姓。一开始，他所到之处，村民们都会全副武装地把他包围，用尖刀和长矛对准这位入侵者。但是李秀成毫无惧色，也不做反抗，而是用真诚友善的态度逐渐赢得了百姓的信任。百姓们还听李秀成阐释为何反抗满人，以及太平天国革命运动的目标，最终放下了武器；十日之内，周围三个县的主要抵抗据点全都被安全化解。
各县逐渐建立了地方政府，并发布命令，严禁劫掠、抢夺、纵火、谋杀以及其他恶行。李秀成还采取了怀柔乡绅和促进经济等方式，努力恢复苏福省的和平与繁荣。因此，李秀成继续沿用了太平天国善待士人的传统做法，下令设立了一处特殊的机构，专门收容和招待士人。为了帮助恢复稻米的种植生产，他还下令对屠杀水牛（在农业活动中不可或缺）的人处以极刑。而苏福省旨在保护和发展丝绸业的项目也大获成功，此后的年产量均超过清朝统治下的产量。
但是，对于太平天国鼓励商业和贸易的做法，百姓则并未全心支持。当太平军在依照其严格的区分兵民的军事政策，宣布苏州城内太平军居住区的住户必须搬离的时候，民众间出现了恐慌。但当他们纷纷搬出城外后，却发现副民务官熊万荃和其他新被任命的地方官员一起，已经对四野进行了调查，为他们选择了合适的迁居地。他们向每位移民提供稀饭，在定居之后，还为每人发放五斗米（足够食用四五日）。想要做买卖的，他们提供无息的贷款，如果有需要，也可以按照七成由将来利润，三成由人力成本的模式进行偿还。李秀成在其供状中说，占领苏州两年之后，天国政府仍然向百姓发放这种贷款。
和其他被太平天国占领的城市一样，苏州也设立了商业街，而且很快就成为繁荣的市集。因为有传言说太平天国进行公平贸易，购买商品出价较高（有时达到市价的三倍），因此乡民们或徒步或乘船，带着农产品和各式各样的其他商品前往那里进行交易。李秀成积极促进发展商业的政策，使苏州呈现出一股和平稳定的氛围，不仅促使百姓开设了不计其数的小作坊和店铺，而且很快从上海吸引了许多国内外商人。实际上，一些来访者都出乎意料地感叹，太平军治下的苏州比清朝治下的任何时候都要更加繁荣。占领苏州五个月后，天王一方面对当地局势的平稳感到满意，另一方面想要补偿苏福省民众在战争中的损失，下令降低了当地的粮税。
清廷的部署调整
就在苏州陷落的消息传到北京之前，清廷以丢掉常州之罪褫夺了何桂清两江总督的职位，改任曾国藩代理其事，并令他迅速东进，防卫苏州。苏州沦陷之后，在上海代办江苏政务的藩司薛焕被提拔为江苏巡抚。8月10日，曾国藩被正式任命为两江总督、钦差大臣，节制长江两岸所有的清军部队。这正是官文、胡林翼和其他一些曾的亲密同事七年以来一直希望他能够得到的职位。从此以后，曾国藩终于有了和他的责任相匹配的官职，这一职位给他带来了绝对的权威，而最为重要的是，他可以直接通过关税、田赋和厘金来为其军事开销筹措资金。皇帝虽然毫无疑问地仍对他的忠心有所怀疑，但曾国藩是唯一有可能在这场你死我亡的战争中扭转战局的人。清朝统治者不得不冒这个风险。
曾国藩不曾忘记多次惨败于太平军的经历，他并没有从安徽直接扑向江苏，而是决定采用稳妥安全的办法，从长江上游步步为营地向下游推进。与此同时，江苏巡抚薛焕则负责江苏一省的军务。
至于前两江总督何桂清，在其得到最终的审判之前还有一件事情值得一提。此前，他从常州畏战逃到了苏州，江苏巡抚徐乃壬拒绝他入城，他便继续逃跑，途经常熟，最终于6月7日到了上海。两日之后，何桂清幻想着收复失地，于是便在与英国使节卜鲁斯（Frederick W. A. Wright-Bruce，额尔金伯爵之弟）和法国公使蒲步龙的会面中请求外国势力介入。他的幕僚萧盛远这样记录这位仍然用着原来职衔的前总督给人的感觉：
现在苏常继失，兵单饷黜，急图转圜，实多棘手。与署苏松道吴公煦再四熟商，非偕夷船难期得力。遂请英、法各国办事大臣及各执事官到署，经制府（总督）向其告知。答以俟伊等会合商定，即来复命。嗣该大臣等带同各执事官前来，以各国前呈合约五十余条，如均蒙大皇帝悉行照准，倩愿将驶赴天津各轮船刻即调回，先取苏州，次打金陵，以灭贼氛，而还中华疆土。议定后，何制府缕析情形，具折上陈，并另具一片，沥陈欲救目前之急，舍此别无良策。
何桂清在6月26日和浙江巡抚王有龄上呈的第二份奏折中，还公开赞同以接受外国合约为条件，来换取其军事帮助，以对抗太平天国。其中写道：“为今之计，惟有亟为安抚外人，坚其和议，俯如所请……（或可稍挽危急）。”
当何桂清正和外国代表商议之时，清帝又发出了第二道抓捕他的命令，治他丢失江苏大部分地区之罪（而那种向百姓开炮的“小罪过”，都没有被提及）。在机警地躲藏了两年之后，这位前总督终于被迫于1862年夏天现身北京，随即入狱。他经过了很多轮审判，也有很多有影响力的朋友替他求情，但最终仍被判死刑。何桂清于当年冬天被斩首，成为在对太平天国的战争爆发后第一个被斩首的一品大员。
扩大地盘
1860年初夏，太平军从苏州出发，向其他的县推进。李世贤首先于6月13日占领江苏吴江，14日又占平望，6月15日攻陷浙江嘉兴。（吴江和平望此后几经易手，最终，李秀成命其部将陈坤书和陈炳文驻守嘉兴，自己则亲自前来，于7月底彻底占领了这两座城市。）到这个时候，屡战屡败的张玉良已经退到了杭州，而从6月15日至7月1日，江苏之昆山、太仓、嘉定、青浦几县及松江府均被纳入太平军治下。在杨辅清于6月1日攻占宜兴后短暂地在那里驻防的黄文金，也将防务交与别将，自己率部出击，于7月3日占领江阴（杨辅清部则转战进入皖南）。
与此同时，太平军已经从北、西、东三面围困上海，准备进行一场与外国势力紧密相关的大战，而这也将成为太平天国运动史的一个转折点。
上海防务形势
上海是长江南岸距离入海口不远的一座大型港口城市，其向西在黄埔江支流之上有多处船坞码头，而向东则是延伸至海的大平原。从行政上而言，上海县隶属于江苏省松江府。1842年依照鸦片战争后签订的《南京条约》，上海成为向洋人开埠通商的五个城市之一（其他四城为汉口、宁波、厦门和广州），在城外还分别有英国、法国和美国三个缔约国用于商业和居住的租借地。这三个地区被称作“租界”，美国租界在城北，英国租界在城西，法国租界则在城南。（美国和英国的租界于1863年合并，成为公共租界。）每个租界都有其租用国的政府，周围还有密集的中国城镇和市场，为外国居民提供食品和其他商品，同时还有大量内地的船只运送原料产品来到这里，准备出口。巨大的西洋汽船载满了丝绸、茶叶等珍贵货品，慢慢地沿黄浦江向北，经过长江的吴淞口，最终驶入广阔的大洋。此间四处商贸繁荣。负责上海行政的是知县刘郇膏，军事则由代理道台吴煦负责。而且，由于苏州已然陷落，江苏巡抚薛焕也在上海城中。
当太平军在上海城外集结的时候，城内的中国居民都开始感到紧张。此时在上海，英国和法国的海陆军正在待命，准备以武力迫使清廷接受《天津条约》，而上海的官员则打算利用这些兵力，便转而找到外国的使节，要求他们协防。这些开埠的缔约国很难做出决定，因为这意味着要么牺牲在上海的英法居民的性命和财产，而重申其中立的政策，要么就是保护其国人的生命财产，而丢失和清廷面对面谈判的筹码，后者此时尚未确定洋人会不会帮助太平军。最终，保卫利益重镇上海的意见占据了上风，于是在5月26日，卜鲁斯和蒲步龙发表联合声明，宣布协防租界区和上海城。李秀成相信了一些到苏州来的法国传教士的非官方的保证，于8月中旬率军来到上海，却出乎意料地发现，不仅租界区被紧密地防守起来，就连上海的城墙上，也有三百名法国士兵和九百名英国士兵协防。
“美国冒险家”
在李秀成按照计划进攻上海之前，英国和法国正在为防卫上海进行准备时，上海附近的一些被太平军占领的城市，已经和一支不具国籍的外国部队发生了冲突。这支部队的指挥官是华飞烈(Frederick Ward)，人称“美国冒险家”。华飞烈于1831年出生在美国马萨诸塞州的塞勒姆，幼年进入军事学校学习，最终肄业。后来，这个满腹浪漫情怀的年轻人做了雇佣兵，周游世界，先后在美国中部、墨西哥和法国参加战斗，最终在1895年第二次来到上海，准备大干一场。华飞烈先是登上一艘沿长江而行的蒸汽船，希望前往投靠传说中的太平军。在西方流传的那些关于这场伟大的基督教革命的传说，让他幻想着可以通过为太平天国事业创造军功，而最终受封为王，甚至自己组织一支规模壮大的独立军队，创建一个属于自己的国家。但是，当他意识到英国和法国政府，以及在上海居住的大部分外国人的态度都逐渐倾向于对抗太平军后，便改变了想法，想要建立一支独立的军队，帮助清廷镇压太平天国。1860年春天，经美商希尔(Hill)引荐，华飞烈向中国富商杨坊介绍了自己的军事计划，而杨坊在上海的官员中颇有人脉，还与当时的代兵备道吴煦私交甚密。于是，杨坊便带着华飞烈去见吴煦，苦于一直未能说动外国代表协防上海的吴煦见到华飞烈后喜出望外，欣然接受了他的计划。双方因此达成了一个商业性质的协定，根据协定，华飞烈负责招募和训练士兵，并指挥战斗，而吴煦和杨坊负责提供资金、弹药和其他装备。他们的协议还规定，华飞烈每为清廷收复一城，都将得到数万银圆的报偿。
6月2日，华飞烈开始正式募兵，一开始仅招募到大约两百人，大部分是水员和鱼龙混杂的外国游民。所幸，华飞烈招到了两个美国人华尔思德(Edward Forrester)和白齐文(Henry A. Burgevine)，两人都是久经战阵的老兵，现在成了华飞烈的副队长。除此之外，华飞烈还找到了几名英军逃兵，作为其部队的军官。在数周之内，这支新组建的小型部队以令人难以置信的速度，用西式弹药装备武装起来，甚至还配备了几挺小型机枪。但是，华飞烈在外国人中的口碑并不算好，也很少有人希望他的这次冒险能有什么好结果。实际上，因为进入他的部队的大多数人都是招人讨厌的恶棍无赖，大部分人都希望他们最好干脆就战死在沙场上。
7月初的一个早晨，华飞烈指挥着他的部队进行了第一次行动，进攻松江。该城于7月1日被太平军占领，现在由李秀成部将陆顺德防守。在靠近城墙的时候，这个佣兵狂人制造的声响过大，警觉的守城士兵发现了他们，并向他们开火，造成了大量的伤亡。华飞烈胆小怯懦地收拾残兵，颜面无光地撤回了上海，这件事成了甚至包括他本国同胞在内的所有外国人之间的笑柄。
但是华飞烈毫不气馁，他立刻遣散了部队里原有的一些无赖恶棍，然后开始着手对部队进行重组。对于华飞烈来说，松江一战的教训固然惨痛，但是它证明了，太平军虽然在人数上占有优势，但在组织和装备上都相当弱，尤其缺乏现代化的火器。因此，他的新部队应该按照最好的军事体制组建，用严格的纪律加以训练，重视在战场上的实战表现，并且装备现代化的步枪和火炮。他还决定，一定要获得政府军的支持。同时，新的募兵工作也在进行，这回他招募到了菲律宾的勇士马加(V. Macanana)，他还劝说两百名马尼拉人一起加入。清廷官员此时也同意配属参将李恒嵩部七千人为其提供支援。万事俱备，华飞烈带着这支正式名称为“洋枪队”，私下被人称作“绿头军”的部队，在李恒嵩部在后翼的支援下，再次向松江发动进攻。第二次攻势于7月16日发动，战事进行得异常惨烈，洋枪队付出了六十二死、一百零一伤的惨重代价，但是最终取得了胜利。获胜的华飞烈得到了十三万元的奖励，并且把自己的大本营设在了松江。
因为这场胜利，华飞烈在上海的华人和洋人之间的声望开始回升，他们赞美他的谋略和勇猛，但是英军和法军的士兵们却对这支战力的突然出现充满了恨意。他们这种恨意的本质核心似乎在于，这些冒险者已经成为他们将要因守卫上海而获得大量战争报偿的竞争者。实际上，双方此后确实因为争夺战利品而兵戈相向（见后文）。还有一个更为严重的后果，那就是很多英军士兵被他们提供的高额军饷以及对劫夺不加限制的政策所诱惑，不惜逃亡而加入洋枪队，这引起了英国军方的警觉，因此甚至要求中方将这支部队解散。对于英国对中方的施压，华飞烈做出的反应就是更为努力地战斗，以此来给他的中国金主留下更好的印象。两周之内，他的部队就扩大到了三百人（其中包括两百名菲律宾人，余下一百人为美国人及欧洲人），并将青浦选为他们的第二个目标。根据他的策略，所有太平军从南面杭州而来的对上海的攻势，都可以在松江进行抵御，而所有从苏州来的攻势，都可以在青浦化解。
华飞烈率全队三百人于8月2日到达青浦城外，开始用两门新式大炮、数门小炮以及当地官员提供的一艘炮船对青浦进行轰炸。和之前一样，这一次，李恒嵩的部队也跟在洋枪队的后面。但是，防卫青浦的是李秀成手下的一万精锐，由其干将周文嘉及同样能力出众的英海军逃兵沙微治(Savage)指挥。洋枪队的雇佣兵们虽然因为强大的火力获得了一定的优势，但是太平军最终击退了他们的进攻，还杀死了约一百名雇佣兵，其中包括大部分的军官。华飞烈在战斗中也身中五弹，其中一枚还穿过了他的面颊。他只得面带怒色地率军后撤一百里，返回松江，把他的大炮、步枪和炮船都丢给了太平军。
此时已经身负重伤的华飞烈即刻离开松江，前往上海，重新招募一百新兵，并获取更多的枪支和弹药。又过了几天，8月8日，他的部队重新整备完毕，从松江出发，第二次进攻青浦。这次，李秀成的部队在前线参与战斗，城防较弱，华飞烈和李恒嵩于第二日就冲至城门之下。就在他们马上要杀入城内的时候，两股太平军一涌而出，吞没了进攻的部队。李恒嵩、华尔思德和代替华飞烈指挥的白齐文侥幸逃脱。这一战，洋枪队的佣兵阵亡约一百人，另有约一百人负伤，而清军的损失更大。在附近一处制高点观察战况的华飞烈被人用轿子抬回了松江，后面跟着他的残兵败将。这是他所经历的最为惨痛的一次失败。
当然，当华飞烈发现是李秀成亲自指挥了青浦的作战之后，他可能会感到一丝宽慰。8月1日，周文嘉紧急向在苏州的李秀成求援，于是李秀成便率军火速来到了战场。青浦防卫战后，李秀成率全军追击华飞烈至松江，并于8月12日占领了那里，然后从那里直接剑指上海。华飞烈、华尔思德和白齐文带着残兵败将仓皇撤退（可能退到了他们最早的营地广富林），此后不久，华飞烈把指挥权交给了华尔思德，由上海前往法国疗伤。
苏州方面的外交努力
在进攻上海的前一周，太平军方面付出了相当多的外交努力，试图和开埠通商的国家达成和平共识。他们都进行了哪些努力，以及为什么这些努力最终都被拒绝，这再次体现了太平天国的领袖们面对当时中国外交局势的复杂性缺乏处理能力，而这也使他们强烈地感到，他们已经被驻在上海的外国代表们出卖了。
一开始，李秀成用中文致信驻在上海的英国全权公使。这封信写于1860年6月下旬，当时李秀成正准备大举进军上海。在信的开头，李秀成先热情洋溢地介绍了太平天国革命运动的目的和意义，谈到为什么必须从清朝统治者手中夺回自己的国家，还介绍了太平军最近在南京和苏州取得的军事胜利。李秀成接着解释了占领松江和上海的必要性，同时向英国人表达友好和善意，表明他的部队不会伤害英国人及其财产。信的最后，他还真挚地邀请英国及其他国家的代表来到苏州，续此前个人“昔日之旧谊”，以“结今日之新盟”。信使可能是被英国领事馆的卫兵吓得不敢进入，于是便将信扔进了美国领事馆，就回来报告。无论如何，这封信确实曾在外国人之间私下传阅，从未得到官方的回应。
李秀成等待了数日未见回音，便决定将大军分为两路进军，一路至青浦（已于6月30日被赖文光和周文嘉占领），另一路至松江（于7月1日被陆顺德占领）。无论有没有洋人的回信，李秀成认为，袭取上海易如反掌。首先，他们已经和小刀会（天地会支派）达成秘密协定，后者在太平军靠近时于城内举事。第二，英、法两国分军北上进攻北京，意味着上海的守备部队减少，为占领上海提供了绝佳的机会。第三，一些到苏州访问的法国人已和李秀成接触，代表其国人转达了对李秀成去上海的亲切邀请，这使李秀成认为，外国人会非常热情地迎接他的部队。李秀成甚至认为，他将会和平地占领上海。
另一个使太平军满怀信心的原因是，此时来到苏州的一些传教士对太平军表达了同情，而李秀成也在幕后参与了和这些从上海来的访客的会谈。不知出于什么原因，李秀成错过了浸信会传教士海雅西(J. B. Hartwell)、高第丕(T. P. Crawford)和花雅各的访问，他们带着一名翻译于6月23日到达，特意向太平军告知上海的城防计划，并劝说他们放弃进攻。几日之后，在和数位官员就宗教问题进行交谈，并大致观察了太平军治下的基本情况之后，他们也离开返回上海。
第二个传教士代表团紧接着前来，由五位伦敦传道会的成员组成（其名不详），他们为李秀成带来了艾约瑟和杨格非的信，信中阐述了基督教的六大基本信仰。李秀成接待了他们，回答了他们提出的所有问题，还非常积极地提出太平天国想与外邦兄弟和平相处，并建立正常交流和贸易关系的愿望。传教士提出了很多在上海流传的有关太平军暴力恶行传闻的问题，李秀成将谣言逐一反驳，令传教士们非常满意。他们了解了太平军的宗教纪律和对外国人的友善态度，因此太平军要进攻上海给他们造成的那种不安稍有缓解。这个代表团于7月初返回上海，向艾约瑟和杨格非报告，他们很快就把这次访问的详细情况发表了出来。
李秀成想到艾约瑟和杨格非是洪仁玕的旧友，于是便告知他接到基督教教义说明信一事，并随即邀请二位传教士到苏州访问，表示洪仁玕也将亲来会晤。与此同时，7月10日，李秀成再次向英国、美国和法国公使发信，重申其第一封信中的邀请，请他们到苏州商讨缔结新盟，还说这一次洪仁玕也将亲临会晤。信中还接着询问了关于有外国舰船向松江水路行船开火及外国部队整编防备上海一事，要求外国军队立刻停止对太平天国控制区的攻击行为，并从上海撤出。这封信和之前一封一样，没有得到任何回音。
7月21日，刚到达苏州的洪仁玕便给艾约瑟和杨格非写了私人信件，确认李秀成向他们发出的会晤邀请。第二天，李秀成也写信给二人，正式告知洪仁玕已经抵达，并表达了对他们前来苏州的热切希望。除此之外，还有第三封公开信，由洪仁玕正式发给英国领事密迪乐，经正在苏州办理商务事项的美国使馆官方翻译曾肯(Jenkins)代为翻译。但是，当卜鲁斯得知太平天国的信件已递送至英国领事馆时，他害怕在与清廷会谈的关键时刻发生任何破坏条约的行为，便叫密迪乐对信件不予理会。天真的太平军刚刚懵懂地认识到外国列强在追求他们的目标时的残酷与无情，在他们看来，英国人的举动充满了自相矛盾之处。
从8月2日开始与洪仁玕在苏州举行的会谈中（李秀成前往击退华飞烈对青浦的进攻之后一天），艾约瑟和杨格非发现他们的老朋友正因为两件事而倍感烦恼：一是密迪乐对前信未做答复，二是英、法决定帮助清廷防御上海。洪仁玕认为第一件事是对他个人的侮辱，而第二件事则直接违背了中立的原则。洪仁玕的两位来访者表达了对他的理解。在三天之内，艾约瑟、杨格非和访问团中的其他人（麦高文、何尔，另一人不详）与洪仁玕进行了亲切友好的圆桌会谈，了解了许多他们此前并不知道的太平天国的理想，及其在之前各个阶段所取得的成就。
洪仁玕给他的访客们留下的深刻印象，也许可由他们在8月5日返回上海后发表的文章和信件中可见一斑，但更能说明这一点的，则是他们体现出来的对这场革命更为热诚的支持。从那时开始直到太平天国覆亡，艾约瑟和杨格非不懈地恳求外国恪守绝对中立的原则，并想尽一切办法唤起公众对这些矢志建立基督教中国的革命者的同情。悲哀的是，艾约瑟、杨格非及太平天国的领袖们都没有意识到，这场革命失败的命运已定。其中一条判定标准便是，太平天国不像清廷那样善于处理和开埠通商诸国间的关系。如果说接下来太平军在上海的失利是整个运动走向终结的征兆，那当是因为太平天国首次遇到了他们尚无法理解的事物。
上海之役
青浦一路的太平军于8月16日占领了小镇泗泾，次日，另一路太平军弃守松江，过来与他们会合。与此同时，洪仁玕与他的传教士好友作别之后，也赶来青浦，再从那里和李秀成一起开赴上海。显然，洪仁玕此举是为了在攻占上海后和各国代表亲自会商。在上海郊外，太平军在一次与清军巡逻队的遭遇战中意外杀死了四名外国商人。李秀成立刻处决了开枪射杀洋人的士兵，以此来兑现他不伤害外国人以及不损害外国财产的诺言。8月18日，李秀成通过另一封信告知上海的外国代表，说他的部队已经来到上海，将保护所有的教堂，以及依信中之规定，闭门在家并于屋外悬挂黄色旗帜作为太平军士兵不加侵扰之暗号的外国人。不幸的是，直到第二天，这封信才送达，而那时，李秀成已然在法国天主教重镇、法国租界南隅徐家汇附近（著名的徐家汇耶稣会总院）摆开阵仗。李秀成认为这一次并非进攻，而是和平占领，只带了三千仅有简单装备的亲兵和随从（据卜鲁斯的报告）前来，并没有正规的作战士兵。此时担任守卫的二十五名法国士兵也从太平军的视线中消失，他们其实是悄悄地在那里的一座天主教堂里建立了作战指挥部。（一位法国牧师和一名天主教徒因为穿着华人服饰，被误认作敌军，因而被杀。但是，这件事从未得到过确认。）
徐家汇已被占领，一些太平军部队便开始进入上海郊区，并击败了城门外的清军部队，而溃散的清军也混乱不堪地逃到城内。太平军紧随其后，就在他们要冲入西门的时候，守城的英军士兵接到信号，向太平军开火，不久之后，南门的守军也开火接战。刚到达战场的李秀成无法相信眼前所见，城墙之上尽是各国旌旗，而非之前约定的黄色旗帜。李秀成惊慌失措，严令其部队不得反击，并带领他的部队来到西南城外，发现那里也驻防有英军水兵和印度锡克士兵。此后的两个小时，太平军慌乱间不断绕城，等待停战，而英军水兵以及锡克士兵以其步枪不断开火射击，杀死了数百名倒霉的太平军，其中还包括几名为李秀成的部队提供服务的外国人。
不幸的是，对于上海的百姓而言，真正的屠戮才刚刚开始。据一位外国记者报道，太平军刚一撤军，法国士兵便开始劫掠城外，肆意滥杀纵火，抢劫破坏。当天夜里，英国士兵在南郊和西郊到处放火，第二天，法国人也在上海县最为富庶的东郊这么干。大火连续烧了五天五夜。至于计划中的小刀会起事，李秀成到来的那天夜里，数千天地会众及同道的士兵、民兵在郊外发起了小规模的起义，但是很快就被巡抚薛焕镇压。
李秀成虽然对外国军队的行动感到困惑，但仍然坚持为和平占领做出努力。他于次日（即8月19日）向上海城南派出三股部队。和之前一样，城上的守军开火射击，太平军被迫向西撤退，途中与一部清军发生了战斗，并将其击溃。第三天，李秀成约三万人的大部队在途中两度击退薛焕的部队之后，终于到来。太平军试图从西侧接近上海城，然后从那里转向英租界，但是那里的守军枪炮齐射，火力极猛，还有两艘战舰停泊于苏州河上，向太平军开炮。李秀成仍然无法相信所发生的一切，但是现在他更在意部下的生命，而且自己的面颊也被弹片打伤，于是便下令撤回徐家汇。
8月21日，上海之役的第四天，李秀成在徐家汇致信英国、美国和葡萄牙领事馆（故意忽略了法国），表达了对自己被出卖的愤慨。他在信中写道，他们对太平军发起进攻，不仅明显违反了中立的原则，也是对许多外国访客来苏州邀请太平军来沪的前情之背弃，而太平军此来是抱持着与外国友人缔结通商条约之良善目的的。李秀成强压怒火，继续写道，虽然过去几日发生了不幸的事件，他仍然希望具有同样宗教信仰的双方之间的友好关系可以继续维持，但是警告他们，如果继续支持清廷，将会导致国际贸易的中止，太平天国治下地区出产的产品也将停止出口。三日后的8月24日，太平军从徐家汇撤军，最后在天主教堂的门上留下了一张李秀成发布的告示，命令全军不得伤害外国人及其财产、房屋和教堂设施。
从后来出现在中国和印度英文期刊中的大量相关评论和报道中可以发现，公众对英国和法国军队的野蛮行径感到震惊。与外国军队毫无廉耻的胜利相对应，太平军被普遍认为是虽败犹荣。讽刺的是，巡抚薛焕意图窃据功勋，留给自己和部下，在上呈清帝的奏折中，隐去了成功保卫上海时外国人提供的援助。卜鲁斯后来将这一欺瞒行为告诉了恭亲王奕䜣，但是也没有下文。
江浙战场的一些小规模战斗
就在李秀成在常州和苏州指挥东征军的同时，在丹阳从大部队分军而出的陈玉成渡过长江，率领留在六合和天长的太平军，佯攻扬州、瓜州和全椒，来牵制江北清军，使其无法干扰李秀成的行动。在李秀成成功地占领了常州和苏州之后，陈玉成首先返回了天京，然后在6月底到苏州见李秀成，确认配合上海之役的行动计划。其结果便是，当李秀成逐步攻占嘉定、吴江和青浦，大军进逼上海时，陈玉成在其南翼进攻浙江，牵制清军。
和预想的一样，清军迅速扑向陈玉成因前往浙江而离开之后的江北地区，于6月28日收复滁州。收复的首功当属李世忠（原捻首及太平军盟友李昭寿），而他不久也会以另一种方式引起清廷的注意。薛成良（原捻首薛之元，随李世忠一起投降清军）当时叛清，李世忠率部追击他这位昔日的伙伴，最后经过三个月的努力，终于将薛诱捕砍头。清廷以此功赏李世忠江南提督。
与此同时，在浙江，陈玉成则直接向南进军，于7月下旬过长兴，沿途攻占了几座城市之后，从8月6日开始进攻浙府杭州。到目前为止，他的任务都是成功的，但在攻打杭州时，陈玉成不幸染病，被迫经广德最终撤回常州，放弃了此前占领的所有城市，被原和春部遣散的将领刘季三收复。
另一方面，从上海撤回的太平军欲从华尔思德和白齐文的手中重占松江，而此时李秀成接到了数封嘉兴寄来的告急求援的信件。自7月5日以来，嘉兴已接连三次遭到以杭州为大本营的张玉良部的进攻，虽然城池暂时保住，但是守将陈坤书和陈炳文已几无支撑之能力。李秀成立刻解除了对松江的包围，率全军前往浙北，并于9月3日在情况恶化之前及时赶到了嘉兴。第二日，他便发动了对张玉良的反攻。太平军李世贤的援军也在交战的第五日（即9月8日）赶到，并在李秀成的命令下进攻石门，切断张玉良撤退的路线。于是，张玉良军中的潮州籍士兵开始向太平军投降，他手下的其他部队也突然瓦解逃亡，只剩下张玉良只身逃往严州。李秀成把嘉兴府和周围各县的治理交给陈炳文之后，就动身返回了苏州。而陈炳文及他的后任廖发寿在此后三年间，把这一地区治理成为太平天国治下最为和平富足的地区。
上海及其附近的局势也回归了平稳，太平军占据了周围数镇，但是尚未准备好再次进攻，而外国军队则把防守限制在这座港口城市本身。但是，在1860年的夏秋季节，江苏境内也发生过零星的战事。8月28日，清将冯子材及其镇江守军试图收复丹阳未果。十天之后，丹阳的太平军又袭击了镇江附近的清军舰队，也被击退。9月16日，黄文金领江阴和无锡的太平军部队占领了常熟和昭文二县，此后，又进而占领了常熟县长江北岸的重镇福山及太仓。李世贤的一部（可能从金坛而来，李世贤本人及其部队当时正在皖南作战）会同丹阳的驻军，于10月11日包围镇江，但是到了10月16日就被冯子材驱逐。次日，清军收复了江阴。
9月底，李秀成和陈玉成再次在苏州会晤，制定新的战略计划。他们决定，陈玉成集中精力反制曾国藩的部队，而李秀成则暂时留在苏州，理清新成立的苏福省民政。根据这一计划，陈玉成率部前往天京，然后由那里进入皖北；同时，李秀成着手调查太平天国治下百姓的需求和愿望。在其供述状中，李秀成提到过帮助那些因战火失去家园的百姓，分配给他们大量的食物和钱财。他每天为忍受饥饿之苦的家庭提供稀饭，为很多人提供足够的资金，开设新的生意，而无力缴清地税的本省农民也不会被强制收税。通过这样的举措，他赢得了百姓对太平天国事业的支持。例如当有报告说，黄文金对常熟百姓较为残酷时，李秀成立刻就调黄去了皖南的芜湖；他那些最为凶恶的手下也受到了惩罚，并且调来了思虑周详、为人宽厚的钱桂仁接替黄作为常熟守将。就这样，时间不长，苏福省民政恢复了秩序，百姓在太平天国治下日益富足，安居乐业。为了表达对李秀成如此多德政善行的感谢，乡绅和百姓立起了巨大的石牌坊，歌颂忠王。牌坊之下还立了石碑，碑文以优美的书法，引经据典地赞美李秀成，赞扬他对百姓和乡里的莫大恩德。这两件纪念物现在仍然矗立在常熟，直至今日仍然纪念着这位太平天国不朽的领袖。
1860年9月底，李秀成被天王圣谕召回天京，准备一场新的军事行动。他于11月初离开之后，苏福省民政和军政交给了他的部将，刚被提拔为后军主将求天义的陈坤书。