年轻的塞利姆三世于1789年继承了苏丹的大位，那一年也是法国大革命爆发的年头。在俄土战争结束后，塞利姆三世以一个积极进取、全心全意的改革者的形象出现在国人面前，决心把半个世纪前的郁金香时期以来浅尝辄止的改革理念推行到实处。法国大革命也为传播这些改革理念起到了巨大的推动作用。起初，法国大革命仅仅被当作一个只会影响到欧洲内部的事件。但是，少数有识之士很快就意识到，法国大革命开启了一场新的思想运动，它不仅会影响西方，也将波及东方。与在基督教欧洲推动了种种进步的文艺复兴运动不同，法国大革命在本质上是一场与基督教分道扬镳、非宗教的乃至带有反基督教色彩的社会剧变。它是一场世俗主义的运动。因此，西方世界从法国大革命中汲取的养分，同样可以适用于伊斯兰世界，而不一定会与伊斯兰世界本身的宗教信仰和传统发生抵触。
塞利姆三世登上宝座的时候，奥斯曼帝国已经处于衰落之中，但是仍然保有它的大部分领土（只丢掉了匈牙利、特兰西瓦尼亚、克里米亚和亚速）。不过，奥斯曼帝国已经长期陷于停滞之中，而且开始由于内部的分裂而出现崩溃的迹象。地方上强势的帕夏们经常藐视苏丹的中央权威，滥用他们生杀予夺和征税的权力；事实上，有一定地位的官员大多都会滥用权力。不仅如此，许多省份都陷入叛乱之中，或有发生叛乱的风险——从阿拉伯沙漠中强大的瓦哈比派（Wahhabites），到叙利亚和巴勒斯坦山区里的德鲁兹派教徒、伊庇鲁斯和希腊北部的苏利奥人（Suliot）[1]，再到一直藐视奥斯曼帝国政府的埃及马木留克贝伊们，以及被激起了独立精神的形形色色的基督徒族群。
在整个奥斯曼帝国内部肆虐的还有另外一些具有破坏性的不稳定因素，这些因素在封建制的基督教欧洲存在已久：在苏莱曼的时代还不存在、后来不停发展壮大的世袭体系，成为一个重要的不稳定因素，世袭封地的所有者数量也在迅速增长。这些地方上的小贵族被称作“代雷贝伊”（derebeys），意为“谷地的领主”。他们手握权力和土地，藐视君主，欺压属民。农民和普通居民的生活普遍贫苦，而中央政府也面临着紧迫而难以化解的财政问题。为了应对这种困境，塞利姆需要在奥斯曼传统体制的框架之内，尽可能地实施效法西方的改革，至少要在中央层面推行改革。至于奥斯曼的传统体制本身何时会变成改革的阻碍因素，需要得到现代化改造，还有待观察。
在完成了与俄罗斯的和谈之后，塞利姆的改革就开始了。他的改革方案被统称为“新秩序”（Nizam-i-Jedid）。这一名称来自大革命之后法国建立的新秩序。法国国王路易十六在写给苏丹的信中提到了这个词语，引起了苏丹的兴趣。在筹备改革方案时，塞利姆前所未有地采取了集体磋商的原则。
1791年，正当远在多瑙河的军队刚刚踏上归途之时，塞利姆就已经向22位政、军、宗教界的要人（包括两名基督徒官员）发布指示，要求他们提交类似1789年法国人提交的“陈情书”（cahiers）[2]的“备忘录”。随后，他前所未有地成立了一系列商讨国事的会议和委员会，自由地讨论这些备忘录的内容。他在接下来的两年中制定了“新秩序”的规划，其涵盖的范围超过了以往的所有改革尝试。它不仅涉及军事改革，还涉及民政改革；他还计划制定一个总体方案，需要经过深思熟虑并取得人们的一致同意；在这个规划中，复兴经济是一个高度优先的目标。
但是，最紧迫的需求还是进行军事改革。在派人去欧洲搜集政府、社会和政治思想方面的信息的同时，苏丹还特别派了两名代表去搜集军事方面的第一手信息。1792年，他收到了一份有关欧洲国家，特别是奥地利帝国的军事体系的详细报告。不过，在为新组建的军队提供训练和指导方面，他主要依赖的是法国人。他把自己需要的军官和技术人员的职位清单发到了巴黎——在早期的职位申请者中，还有年轻的拿破仑·波拿巴。
奥斯曼人在一系列问题上征求法国人的意见：火炮（塞利姆对火炮尤为感兴趣，在登基之前还写过有关火炮的论文）、武器装备，以及改进铸炮厂和兵工厂的方法。早年建成的工程学校得到了大规模扩建。他们还建设了新的军事学校和海军学校，研习炮术、工事修筑、航海和各种辅助科目。教官大部分都是法国军官。为了方便教学，他们在苏丹的支持和鼓励下，兴办了一座大型的图书馆，收藏欧洲书籍。藏书大部分是法文书，包括狄德罗（Diderot）主编的理性主义著作《百科全书》（Encyclopédie）。法语也成了所有学生的必修课。1795年，文化领域的改革更进一步，早年间在伊斯坦布尔创办的法国印刷厂得以恢复，并由法兰西国家印刷所的一位主管负责管理，员工也都是来自巴黎的法国印刷工。因此，在秉承西方文化和文明的导师及读物资料的熏陶下，奥斯曼帝国中出现了一群卓有见地的新一代人才。
伊斯坦布尔和其他地区的法国人社群持续不断地加强着对奥斯曼帝国的影响力。这一方面是出于一种传教士般的情怀，但主要还是为了确保法国可以在这一关键时期得到奥斯曼帝国的政治支持。奥斯曼帝国境内一群颇有影响力的法国人支持大革命，身上戴着革命的标志，还召开革命者会议，这些行为惹恼了奥地利和普鲁士的外交官。1793年，两艘法国船只在萨拉基里奥角附近鸣放礼炮，公开庆祝法兰西共和国国旗的启用。除了法国国旗之外，这两艘船上还飘扬着奥斯曼帝国的旗帜、美利坚合众国的旗帜，以及“其他一些没有在可耻的暴君同盟中玷污自己的国家的旗帜”。接着，法国人在奥斯曼帝国的土地上还庄严地栽种了一棵“自由之树”[3]。在法国人的不懈努力下，伊斯坦布尔的社会也出现了变化。原本，伊斯坦布尔的穆斯林和西欧人之间泾渭分明，现在则出现了彼此关系十分密切的讲土耳其语的法国人和讲法语的土耳其人。他们会交流当前的需求和思想，一小部分具有影响力的土耳其人受到了法国大革命热情的感染，开始向西方寻求建议和启迪。
有一段时期，奥斯曼帝国里的基督徒群体，尤其是伊斯坦布尔的希腊裔和亚美尼亚裔精英，一直与西方保持着很亲密的关系，并且在政府圈子里把持着具有影响力的职位，同时又对帝国的经济事务很有影响力。随着塞利姆的改革带来了教育方面的开放，他们可以更多地翻译西方书籍，教授西方语言，并且为西方教师充当土耳其语翻译。但是，他们对法国大革命的反应往往是负面的，甚至是充满敌意的，因为法国的现政权如果崩溃，会给比较富有的希腊人带来很大的损失。等到后来，当法国人开始煽动起希腊人和其他基督教少数族群的民族热情时，他们很积极主动；但是在现阶段，他们往往倾向于在贸易和外交两方面为土耳其人充当缓冲层，避免土耳其人与西方产生过于直接的联系。
实际上，奥斯曼帝国即将拥有自己面向西方的新的官方通道。在提交给塞利姆苏丹的各种各样的报告中，有一份报告建议他“派人去欧洲，研究、观察欧洲人做事的方法”。1793年，奥斯曼帝国在五个最重要的欧洲国家建立了常驻的外交使馆。奥斯曼帝国的第一个使馆设在伦敦乔治三世的宫廷里。大使们得到的指示是学习所在国家的制度。陪同他们一同上任的，除了常见的希腊人译员之外，还有年轻的土耳其人秘书。他们的任务是学习所在国的语言，并且研究欧洲社会——尤其是法国。
由于法国大革命和随后的拿破仑战争扰乱了欧洲的外交活动，塞利姆的外交创举在政治上取得的成果其实很有限。而且，在奥斯曼帝国境内，也没有相应地成立一个制定外交政策的正式的外交部门相配合。但是，他的这项举措至少可以让帝国更多的年轻人产生对西方世俗化风尚的了解和欣赏。而他们之中的很多人，比如刚刚进入帝国军队的那些年轻人，可以在奥斯曼帝国政府内部晋升到更高的位置，并且在这些位置上利用自己的新知识造福于帝国。与此同时，也有更多的外国居民来到伊斯坦布尔，让土耳其人在塞利姆的统治时期对欧洲的生活方式产生了进一步的了解。
按照各种报告和备忘录提出的建议，“新秩序”改革开始着手解决种种社会和经济问题。在地方行政层面，“新秩序”改革带来了制约帕夏权力的种种规章，将总督的任期限制在三年，并且将其能否连任与人民对他的满意程度相挂钩。关于地方税收的新规章也被制定出来，规定由帝国财政部来负责政府的税收工作，试图借此废除包税制。在中央政府，大维齐尔的权力也得到了制约，他在做出重大决定之前必须征求迪万的意见。还有一些土地改革方面的尝试，影响到了蒂玛尔和其他种类的封地。以前，一旦封地的主人死亡，空出来的封地就会被出售或出租，这种做法导致一些目无法纪的世袭代雷贝伊日益坐大。现在，这种做法被彻底禁止，无主封地重归君主所有，土地上的收入也归帝国财政部征收。
人们还认真探讨了重振经济的措施。在对俄战争带来的经济压力之下，通货膨胀和货币贬值又一次损害了货币的信誉，因此奥斯曼帝国试图采取改革措施，恢复货币的本来价值。谷物交易也将由政府控制。人们意识到，奥斯曼帝国的经济状况很大程度上取决于能否获得贸易顺差。于是，有人提出由土耳其人出资组建奥斯曼帝国的商船队，以便把商贸活动的掌控权从基督徒手中夺走，交到穆斯林的手中。外国贷款也是缓解财政危机的一种办法，但这种做法遭到了反对，因为没有哪个伊斯兰国家有能力提供贷款，而作为一个伊斯兰国家，向基督教国家借贷又有辱尊严。
土耳其人还计划禁止出口贵金属和石材，鼓励开矿，甚至还计划创办火药厂和造纸厂等国有工业企业。这些想法大多未能变成实际层面的经济改革，但这些通过众人开放思路、自由表达意见而一致达成的方案，让人们开始意识到奥斯曼帝国需要更加现代化的国家经济。
不过，塞利姆的“新秩序”改革的重心还是在军事领域。人们意识到，有效的改革必须以有效的政府为基础，而有效的政府必须依靠一支有战斗力的现代化军队做后盾。有人提出组建一支由军事学校的毕业生组成的新的常备步兵部队，按照西方的战术要求对其进行训练和装备。这支部队耗费的资金由迪万的一位大臣负责，资金的来源是通过罚没或其他方式落入君主手中的封地的收入，以及对酒类、香烟、咖啡和其他一些商品开征的新税。
原本“新秩序”改革指的是整个的改革体系，而现在开始专指这支军队的创建。这是一次大规模的军事改革，在土耳其人中引发了不同的反响。保守派想回归古老的奥斯曼军事传统，以为那样就能重现帝国的赫赫武功；中间派认为应当学习西欧的军事方法，但令人费解地认为这种举措实际上的效果也是在回归奥斯曼传统；而激进派则认为旧的军队已经没有改革的价值，他们要求苏丹完全按照欧洲的方式创办一支新军。
塞利姆苏丹选择了最后一种路线。他清楚，一支纪律严明、忠心耿耿的军队十分重要，一方面可以维护帝国的内部秩序，有助于他推动内部改革，另一方面可以在外部威胁面前维护国家的完整。他尤其倾心于彼得大帝的成功先例：凭借一支用西方方法训练的新军，击败国内和国外的各种敌人。
在上一次对俄战争期间，大维齐尔优素福帕夏（Yussuf Pasha）抓了一位名叫奥马尔阿迦（Omar Agha）的战俘。此人本是土耳其人，却为俄国人效命。优素福帕夏很喜欢同奥马尔阿迦探讨俄土两国的军事体系问题。作为实验，优素福帕夏批准成立了一支主要由外国归顺者组成的小型部队，用欧洲方式进行武装和操练。战争结束后，奥马尔率领这支部队驻扎在距离伊斯坦布尔不远的一个村子。为了看看“异教徒是怎么打仗的”，塞利姆苏丹亲自检阅了这支部队。他立刻就被这支部队远远优于奥斯曼部队的火力吸引了。他深刻地意识到，基督教敌人在武器和纪律上都要优于他的军队。这支军队得以保留，主要从外国归顺者中招募兵员，成员中只有一小部分穷困潦倒的土耳其穆斯林——这些人对采用“异教徒”的训练方法和武器十分犹豫。在苏丹的命令下，迪万开始考虑把这些方法推广到近卫军之中，结果直接导致了一场兵变的发生，迫使苏丹放弃了自己的想法。
1796年，著名的奥贝尔—迪巴耶将军（General Aubert-Dubayet）作为法兰西共和国的大使来到了伊斯坦布尔。他重获法国大使馆的全部使用权，还重新取得了法国先前拥有的各种权利和特权，并且重建了天主教会。作为礼物，他给苏丹带来了现代化的火炮和炮弹。有了这些样品，他让法国的工程师和炮手对土耳其人加以指导，还帮助土耳其人管理兵工厂和铸造厂。在他们的努力下，土耳其人的火炮铸造、装备和使用水平都得到了明显的提高。他还从法国的步兵团、骑兵团中挑选了一些教官，给近卫军和西帕希骑兵授课。一小队骑兵按照欧洲的方式进行了装备和训练。但是，近卫军依然固执地拒绝使用西欧步兵的武器，也不愿意学习他们的操练方法。于是，法国大使带来的教官们就只好去训练奥马尔阿迦那支现在被称作“托皮日斯”（Topijis）的小部队。在大使1797年去世、许多教官离开奥斯曼帝国之后，海军总司令侯赛因把托皮日斯中的一些人调到了他的麾下，并且设法吸引更多的穆斯林加入这支部队。不过，这支部队的规模还是仅仅扩大到了600人。
即便有了上述种种举措，仍然只有一小部分土耳其人能够接受法国大革命的进步思想，并且支持苏丹的“新秩序”改革。对于政府系统里占大多数的保守分子来说，法国大革命不过是野蛮的基督教西方的一件内部事务，跟自己毫无关系，至少没有直接关系。苏丹的私人秘书艾哈迈德·阿凡提在他1792年1月的日记里的评论最能体现他们的态度：“蒙真主庇佑，让法国的动乱如梅毒一般在帝国的敌人那里四处传播吧，让他们卷入持续不断的纷争之中，带来对帝国有利的结果。”塞利姆也希望能够远离欧洲的冲突，因为一旦卷入战争只会影响国内改革的进程。
然而，战争却变得不可避免了。随着拿破仑在法国掌权，塞利姆维持和平的愿望就难以实现了。不论是直接还是间接的影响，奥斯曼帝国已经没有办法再远离波拿巴的帝国野心的影响了。1797年，法国和奥地利帝国签署了《坎波福尔米奥和约》（Treaty of Campo Formio），其中涉及分割、瓜分威尼斯共和国的条款。法国人得到了爱奥尼亚群岛和附近的大陆城市，这就让标榜自由与平等的法国与奥斯曼帝国有了共同的边界。如果法国愿意的话，它还可以在希腊和巴尔干地区煽动叛乱。现在，拿破仑可以随意地把他的枪口转向其他敌人。但是，正如法国革命的督政府文件中所说的那样，拿破仑决心“在东方重塑法国的权威”，因为这是“与英格兰一较高下的决定性因素之一”。
不过，与俄罗斯沙皇亚历山大不同，拿破仑此时并不想加速奥斯曼帝国的崩溃。在他看来，奥斯曼帝国自己就会走向灭亡。他对督政府表示，“我们会亲眼看到奥斯曼帝国的崩溃”。为了最大限度地利用这一点，他一方面努力在奥斯曼帝国版图内部为法国争取更多的商业和宗教方面的权益，另一方面试图从奥斯曼帝国手中夺走一个不听中央政府号令的行省——埃及。他在此事上受到了塔列朗（Talleyrand）[4]的影响。塔列朗认为，夺取新的殖民地会给法国带来优势，而埃及就是潜在的新殖民地之一。此外，在开罗经商的法国商人也向政府陈情，他们希望把埃及变成在东方贸易线路上的重要中转站，以削弱英国人在印度的霸主地位。
于是，拿破仑在土伦集结了规模庞大的舰队和军队。对于这些部队的目的地和目标，人们议论纷纷。一开始，人们以为这支部队将是入侵英国的左路军。直到舰队于1798年4月起航向东进发，人们才意识到它的目标是入侵埃及。督政府颁布给拿破仑的“命令”，实际上毫无疑问是拿破仑本人亲自起草的。命令说：“他要尽可能地夺取英国人在东方的领地，特别是摧毁他们在红海一带的所有据点；直插苏伊士地峡，采取必要手段确保法兰西共和国完全控制红海。”他还要考察在那里开凿运河、连接红海和地中海的可能性。拿破仑一心想要追随亚历山大大帝的足迹，他的终极目标是让法国在印度取代蒸蒸日上的大英帝国的地位。
拿破仑大军先从残存的圣约翰骑士团手中夺取、吞并了马耳他，接着又在没有遭到什么抵抗的情况下在亚历山大港登陆。随后，他又率军前往开罗。这是自十字军时代以来，第一次有基督教军队插入伊斯兰世界的心脏地带。埃及从漫长的睡梦中被唤醒了。拿破仑十分郑重地宣布自己对伊斯兰教的尊重。在他的激励之下（“40个世纪的历史在注视着你们！”），他的军队于1798年的夏天在金字塔战役中击败了马木留克军队。他以“解放者”的姿态出现，从篡位的暴君手中夺取了开罗。他不停地重申自己对法土联盟的尊重，小心翼翼地宣称他真正的敌人是马木留克军队，而不是土耳其人。实际上，他与塔列朗一样有一个错觉。他们相信奥斯曼帝国可能会默许法国镇压马木留克，因为奥斯曼帝国政府在埃及只剩下了象征性的权威，当地的权力早就落入了专横的马木留克集团手中。然而，情况并非如此。就在1787年，埃及行省暂时又开始服从中央政府了。因此，为了帝国的利益和尊严，奥斯曼帝国必须出面主张自己对埃及的主权。
于是，一开始略显犹豫的奥斯曼帝国，还是与俄罗斯和英格兰结盟，对法国宣战。法国大使被送进了七塔监狱，另外一些法国人则被投进了其他监狱；英国舰队协助奥斯曼帝国各级政府在黎凡特地区的港口捉拿法国商人。与此同时，一支俄罗斯舰队从黑海驶入了博斯普鲁斯海峡。他们得到了体面的欢迎，苏丹本人还亲自登舰访问。接着，这支舰队又与奥斯曼帝国海军的一支舰队会合，进入地中海。这是俄罗斯的旗帜第一次、也是最后一次与新月旗一同飘扬。俄罗斯与奥斯曼帝国的联合舰队从法国人手里夺走了爱奥尼亚群岛，并在那里建立一个听命于俄土两国的被保护国。[5]虽然有些奇怪，但它们还联手帮助教皇在意大利沿岸地区对付拿破仑的盟友。
拿破仑的第二个错觉是过于相信其庞大舰队的实力。他对舰队的规模过于自信，高估了其能力和战术素养。纳尔逊勋爵（Lord Nelson）的英国舰队规模虽小，但实力更强。他从那不勒斯出发来拦截法国舰队，但由于遇到了笼罩在克里特岛和非洲大陆之间的浓浓夜雾而未能得手，因此也没能阻止拿破仑在亚历山大港登陆。不过他捉到了停泊在阿布吉尔湾（Aboukir Bay）的法国舰队，并将其歼灭。只有两艘法国船只设法逃走，但很快也被英国人俘获。这样一来，拿破仑的大军就被困在了埃及，没法回国。
拿破仑没有选择回国。1799年，他的大军带着沉没船只上的水手和从马木留克中招募的新兵，通过陆路进入了叙利亚。他希望能够把奥斯曼帝国版图内对中央政府不满的各个阿拉伯省份吸引到他的麾下，还夸下海口，宣称他的军队到仲夏时节就能抵达幼发拉底河，到秋天就能准备好向印度进军。于是，在占领了加沙和雅法（Jaffa）之后，他又沿着十字军的足迹，向重要的要塞阿卡进军。阿卡的总督是声名显赫的艾哈迈德·热扎（“屠夫”）帕夏（Ahmed Djezzar Pasha）。此人有一支由阿尔巴尼亚人和波斯尼亚人组成的私人军队。他一直是对苏丹本人的一个威胁，现在却站出来统率他的叙利亚军队抗击异教徒。
拿破仑对阿卡的围攻持续了两个月，而英国人的制海权再一次妨碍了他的行动。一支为拿破仑运送急需的重炮的法国小船队被英国海军将领西德尼·史密斯爵士（Sir Sidney Smith）的舰队截获。史密斯爵士让自己船上的炮手和陆战队登岸，然后通过海路为土耳其人送来了援军。援军中包括塞利姆苏丹的新军的一部分，他们配备了火枪和刺刀，装备精良。尽管拿破仑击败了从大马士革赶来的一支规模庞大的援军，但他始终无法击败阿卡的守军。他吞下了失败的苦果，说道：“这个不幸的要塞决定了东方的命运。”他被迫穿越沙漠撤回埃及，一路上损失惨重。
在埃及，他又遇到了由西德尼·史密斯爵士的舰队从罗得岛护送来的第二支奥斯曼军队。他在阿布吉尔的陆战中迅速击败了这支敌军。他的军队端着刺刀向土耳其人冲锋，把他们赶进了大海。成千上万的土耳其人溺死，海湾里漂满了他们的头巾。就这样，拿破仑又一次确立了他在马木留克人中的威望。但是，由于英国海军的阻挠，他短暂的东方帝国之梦还是永远破灭了。他把军队的指挥权交给了克莱贝尔将军（General Kléber），自己抛弃了军队，带着他的随员偷偷坐船返回了法国。回到法国之后，他设法把自己包装成了一个胜利的征服者，随后又把自己的精力放在了西方的帝国之梦上。他发动政变推翻了督政府，任命自己为第一执政。
两年后，在拉尔夫·阿伯克龙比爵士（Sir Ralph Abercromby）的率领下，一支英土联合远征军在埃及登陆，迫使士气低落的法军投降，并将他们送回了法国。1802年，英法和法土分别签署了《亚眠条约》（Treaty of Amiens）。条约的内容对法国和奥斯曼帝国都很有利。苏丹对埃及和其他地区的主权得到了认可，奥斯曼帝国政府派出的帕夏们也一度取代了马木留克的执政地位。英国军队则撤出了埃及。
但是，拿破仑的越界行为让英国又一次在红海及更远地区采取了新的进取政策。英国与亚丁当地的苏丹签署了一份和约，这份和约成了日后英国吞并亚丁的序曲。英国很清楚地表示，如果从埃及可以侵略印度，那么从印度也可以侵略埃及。英国在奥斯曼帝国其他属地的沿岸地区也采取了类似的预防措施。在波斯湾，东印度公司把法国人逐出了阿曼，还在巴格达设立了常设机构。它取代了英国在巴士拉的领事馆，成了“驻土属阿拉伯地区的政治代理处”。拿破仑的失败激励了英国人，确保了他们的成功。
根据短命的《亚眠条约》，法国被迫放弃了爱奥尼亚群岛和邻近的大陆地区。这一地区仍然处于俄罗斯和奥斯曼帝国的共同保护之下，俄罗斯掌管岛屿，奥斯曼帝国则管理大陆上的城镇和要塞。此时，亚尼纳（Janina）[6]的阿里帕夏已经窃取了许多城镇。这个可怕、狡诈而残忍的阿尔巴尼亚人，拥有一支规模庞大的土匪武装。对于奥斯曼帝国来说，他是一个古怪的仆人。他消灭了邻近的大部分部落武装，包括叛乱的基督徒苏利奥人，从而在阿尔巴尼亚南部和伊庇鲁斯的内陆地区建立起了高度自治的统治。
在维护了帝国的尊严之后，奥斯曼帝国政府与法国再度进入和平状态，释放了关押的法国囚徒，恢复了法国人的财产。对法国的让步条约得以续签。在保留了原有条款的基础上，还给予了法国人在黑海经商航行的权利。法国商业活动的迅速复苏引起了俄国人和英国人的担忧。在经过三年的低谷期之后，法国人在伊斯坦布尔的威望也再度恢复了——有意思的是，拿破仑军队的迅速胜利和他在埃及采取的宽容政策都给法国加了分。两国之间的联盟恢复到了以前的水平。法国向奥斯曼帝国新派了一位大使以巩固本国的影响力；而奥斯曼帝国新派到巴黎的大使则难以掩饰自己对法国一切事物的兴趣。
刚刚从外国人带来的麻烦中摆脱出来的苏丹，又在国内遭遇了塞尔维亚的严重动乱。就像埃及的马木留克集团一样，近卫军篡夺了中央政府在贝尔格莱德地区的权力，在当地建立起了暴虐的统治。他们杀害了政府指派的总督，剥夺了其继任者的权力，由他们中的四个头目瓜分了整个地区。他们侵夺了西帕希骑兵的封地，敲诈、压迫拉亚们。当地的镇长们组成了一支代表团，代表这些基督徒农民去伊斯坦布尔寻求苏丹的保护。他们乞求说：“您还是我们的皇帝吗？如果是的话，就快来从那些恶人的手中解救我们吧；如果您不来解救我们，至少也告诉我们一声，我们就可以想想，究竟是选择逃到山区和森林里去呢，还是选择投河结束我们可悲的生命。”
尽管苏丹试图恢复自己的权威，但他没有足够的武装力量去对付近卫军。他威胁了近卫军，结果导致他们对基督徒展开了屠杀。于是，他鼓励当地的塞尔维亚人与失去封地的西帕希骑兵、忠于波斯尼亚帕夏的军队以及一些新招募的土耳其穆斯林士兵合作，一起反抗近卫军。这次农民暴动构成了历史上罕见的奇景：基督徒少数族裔暴动的目标不是推翻他们的穆斯林君主，而是以君主的名义发动暴动。近卫军则得到了有反心的维丁城帕夏和城镇里比较狂热的穆斯林群体的支持。不过，他们最终还是失败了，他们的暴虐统治被终结。塞尔维亚基督徒们在他们的营地里骄傲地展示了那四颗鲜血淋漓的人头。除了贝尔格莱德和几座要塞还在苏丹的军队手中之外，几乎整个塞尔维亚都回到了塞尔维亚人的手中。
苏丹在达到目的之后，现在要求基督徒拉亚们放下武器，回归他们的放牧生活。然而，胜利却在塞尔维亚人中间燃起了无法平息的民族主义热情。20多年前，奥地利皇帝曾经占领了塞尔维亚，这让塞尔维亚人接受了一些军事训练，也经历了战火的洗礼，培养了他们骄傲的斗争精神。在土奥议和之后，被派去接收领土的奥斯曼帝国的官员惊讶地发现了这一点。在此之前，土耳其人一直视塞尔维亚人为“手无寸铁、唯命是从的羊群”，而此时土耳其人却不无担心地去质问奥地利官员：“邻居，你们对我们的拉亚们做了什么？”随后，塞尔维亚的地方部队就立刻被解散了。
现在，塞尔维亚人已经在为苏丹效命的过程中证明了自己的勇气。他们认为，自己理应享有一定程度的自治权。他们选出了一位头领，名叫卡拉·焦尔吉（即“黑焦尔吉”）。此人是一个农民的儿子，自己是个卖猪的生意人。他特别轻视等级标志，总是穿得像个放牧的。他曾经带人进入山区，对近卫军发动猛烈的游击战。在他的启迪之下，塞尔维亚人向同样信奉希腊东正教的俄罗斯人求助。此时已经与土耳其人结盟的俄国沙皇建议他们到奥斯曼帝国政府那里去陈情，并且许诺会在那里支持他们。于是，他们就派了一个代表团到苏丹那里，不仅要求免除拖欠的贡金，还要求政府把贝尔格莱德和附近的要塞交给他们。
基督徒竟然提出这样非分的要求，这激怒了迪万中出身良好的穆斯林。苏丹拒绝了他们的要求，还把代表团投进了监狱。接着，他连续派遣了三支军队前去镇压曾经的塞尔维亚友军。结果，令人敬畏的卡拉·焦尔吉在没有得到外国援助的情况下击败了苏丹的军队，还把土耳其人逐出了贝尔格莱德和其他要塞，并且获得了俄罗斯提供保护的承诺。就这样，他创造了历史，让塞尔维亚人获得了一段实质上的独立时期。在这个民族主义意识觉醒的世纪，塞尔维亚人成了第一个从奥斯曼帝国统治中获得实质性独立的巴尔干基督教族群。
此时的伊斯坦布尔，外交活动十分活跃。1805年，俄罗斯和英格兰联合对法国作战，三方都在争取土耳其人的支持。尽管签署了《亚眠条约》，但拿破仑仍然觊觎着东方。他向黎凡特地区派出了一支以弗朗索瓦·塞巴斯蒂亚尼（François Sebastiani）为首的使团。此人见多识广，曾经做过牧师，还是卓有成就的军人和外交家。表面上，他的使命是恢复法国在该地区的贸易利益，但实际上，他在为法国筹划一场可能的东地中海战争。
在拿破仑称帝之后，塞巴斯蒂亚尼成了法国皇帝在奥斯曼帝国政府的特使。他在这里加紧施压，试图让土耳其人对俄罗斯采取军事行动。法国对奥地利的胜利加强了他的说服力。1805年，法国的影响力随着《普雷斯堡和约》（Treaty of Pressburg）的签署达到了顶峰。[7]根据和约，法国取得了克罗地亚和达尔马提亚，这就让法国的版图与奥斯曼帝国的版图直接接壤。这样一来，拿破仑就可以在边境地区布置一支军队，既可以用来支援奥斯曼帝国，也可以用来入侵奥斯曼帝国，全看形势需要。塞利姆苏丹深受法国在战场上的成功的鼓舞，颁布敕令承认拿破仑的皇帝地位，并且以帕迪沙阿的头衔称呼他，还向他派了一位苏丹特使，“以彰显苏丹对皇帝的信任、敬慕和赞赏”。拿破仑则通过自己的大使答复道：“法兰西将与奥斯曼帝国荣辱与共。”苏丹承认拿破仑的帝位一事，遭到了英俄两国大使的强烈反对。
与法国类似，俄罗斯也要求得到土耳其人的支持，希望与之签署攻守同盟条约。沙皇甚至要求苏丹承认他作为奥斯曼帝国境内所有东正教徒的保护者的地位，且赋予俄罗斯大使出面干预东正教徒事务的权力。这种要求刺痛了塞利姆作为穆斯林的自尊心。在塞巴斯蒂亚尼的建议下，塞利姆废黜了瓦拉几亚和摩尔达维亚这两个多瑙河流域公国的出身芬内尔人的大公。此二人是尽人皆知的亲沙皇分子，而且有可能支持了卡拉·焦尔吉，煽动了塞尔维亚的叛乱。对于这一违反和约条款的行为，俄罗斯愤怒地表示了抗议。英国大使也提出了抗议。他们还暗示奥斯曼帝国政府，俄罗斯的陆军和英国的海军即将“采取新的动作”。
苏丹仍然渴望和平，于是打算妥协。但是，一支俄军未经宣战就开进了摩尔达维亚和瓦拉几亚。他们迅速占领了这两个地区，进占布加勒斯特，还准备渡过多瑙河。奥斯曼帝国只好以暴制暴，对俄宣战。英国大使要求奥斯曼帝国恢复与英国和俄国的联盟，并且驱逐法国大使。面对英国大使的威胁，奥斯曼帝国拒不妥协。
于是，1807年，在海军将领达克沃思（Admiral Duckworth）的率领下，一支英国舰队穿过达达尼尔海峡，进入了马尔马拉海。他向奥斯曼帝国政府递交了最后通牒，要求奥斯曼舰队投降，否则英国舰队会立即将其歼灭，并炮击伊斯坦布尔。土耳其人同意与英国公使和这位海军将领展开谈判，跟他们周旋了十天，十分狡猾地为自己争取了喘息之机。此时，塞巴斯蒂亚尼已经在大萨拉基里奥宫的花园里搭起了帐篷。在他的帮助下，土耳其人趁机布置了火炮，加强了城防。苏丹的舰队驶离了英国舰队的打击范围，而塞巴斯蒂亚尼手下的工程师则修复了达达尼尔海峡的防御设施。
达克沃思坐失良机。他失望地意识到，现在再去炮击伊斯坦布尔会将他的舰队置于莫大的风险之中。于是，他只好起锚，通过达达尼尔海峡返航。由于塞巴斯蒂亚尼迅速地修复了火炮工事，这些历史悠久的巨炮发挥了作用，向英国舰队发射重达数百磅的石弹，击沉了两艘英国舰船。如果不是运气好的话，达克沃思还可能蒙受更大的损失。与此同时，塞利姆又请来了大约500名法国炮手帮助他防御海峡，这等于公开确认了他与法国的联盟关系。
达克沃思出师未捷，英国人接着又发动了一次同样失败的行动——从马耳他入侵埃及。英国政府担心法国再次入侵埃及，于是打算先在亚历山大港占据一个桥头堡。他们很快拿下了亚历山大港，然后又去进攻尼罗河河口的罗塞塔（Rosetta）。在那里，进攻的小股英军被土耳其人击退了。英国人本以为可以得到马木留克集团的支持，推翻在埃及恢复了秩序的一股新势力。这股新势力的头目名叫穆罕默德·阿里，是一名来自马其顿的阿尔巴尼亚人。他与拿破仑同岁，曾经在阿布吉尔抗击拿破仑，随后又在苏丹的阿尔巴尼亚雇佣兵的支持下自封为开罗之主。现在，奥斯曼帝国政府已经正式承认他为埃及的帕夏。
穆罕默德·阿里包围了亚历山大港的英军，然后又精明地摆出和解的姿态，协商准许英军撤退。经过协商，他治下的物产丰富的行省成了英国海陆军在地中海地区的补给供应商，这让他从中大为获益。这是这位令人敬畏的统治者在历史舞台上的第一次亮相。日后，他将把埃及变成属于他自己的独立王国，实际上不再受苏丹的管辖。
对俄战争的多瑙河前线并不活跃。土耳其人和俄罗斯人都关注着拿破仑的动作，因此都没有在这条战线上倾尽全力。趁着近卫军主力远在前线的机会，塞利姆苏丹继续在国内推行“新秩序”军事改革。托皮日斯，这支法式训练打造出来的炮兵部队获得了比近卫军更崇高的地位。奥马尔阿迦最初的那支小部队在阿卡之战中功勋卓著，随后又在保加利亚和鲁米利亚镇压土匪，还击败了反叛的行政总督统率的近卫军。苏丹又为这支部队增加了两个团，武器、装备、训练全部采取法式标准。
1805年，由于缺少能够投入对俄作战的军队，苏丹采取了一个大胆的行动：他改变了这支新军志愿入伍的招募方式，下令征兵扩充其兵员。征兵不仅面向普通人，还要从近卫军里挑选最年轻、优秀的士兵，转入这支部队服役。尽管贝尔格莱德的近卫军被拉亚们粉碎了，但在其他省份，近卫军依然吵吵嚷嚷，甚至还在阿德里安堡武力对抗苏丹的敕令。试图强制执行苏丹命令的官员遭人袭击，随后被绞死。支持苏丹改革的卡拉曼尼亚帕夏率领一支新军从安纳托利亚赶来，结果在多瑙河前线遭到人数众多的近卫军的攻击，被彻底击败。
在迪万内部和乌理玛的保守势力的支持下，伊斯坦布尔的近卫军趁机掀起了抗议活动。为了避免在对俄作战期间在首都酿成内战，苏丹被迫暂缓了改革，解散了安纳托利亚的部队，遣散了他的一些改革派幕僚，还把大维齐尔的职务交给了近卫军的阿迦。
然而，就在1807年的初夏，也就是英国海军刚刚撤走后不久，在博斯普鲁斯海峡炮台驻防的雅马克（Yamak，一种辅助兵）接到命令，要求他们启用新的欧式制服和装备。他们发动了兵变，跑到伊斯坦布尔的大竞技场集结。在那里，几百名近卫军也加入了他们。他们按照传统的方式，把营地里的大锅倒扣，意思是他们不再接受苏丹分发的食物。在得到以阴险奸诈著称的凯马坎（kaimakam）[8]穆萨帕夏的支持和新近上任的大穆夫提的许可之后，他们设立了特别法庭，审判支持改革的幕僚和大臣，还煽动伊斯坦布尔的民众反对改革派。许多人被抓、被杀，死在自己家中或大竞技场上。那些煽动叛乱的人夸耀般地把17名改革派人士的人头摆成一排。
对塞利姆苏丹十分不利的一点是，他忠实的盟友——上一任大穆夫提在这一年的早些时候去世了，而乌理玛中的大部分人一直以来就反对他的改革。现在，他不得不低头，宣布取消“新秩序”改革。但是，即便如此他也保不住他的皇位了。大穆夫提在会见近卫军军官代表团的时候表示，苏丹的政府“在穆斯林中间宣扬异教徒的方式，还想压制伊斯兰教法和先知信实的保护者近卫军”，因此，为了伊斯兰教和奥斯曼家族的利益，苏丹必须被废黜。大穆夫提发布了一个费特瓦，宣布废黜苏丹，解散“新秩序”改革中组建的军队，叛军的头目还获得了博斯普鲁斯海峡两岸要塞的指挥权。塞利姆返回了“牢笼”，向他年轻的堂弟穆斯塔法称臣。他劝谏新任苏丹说，不要进行重大的变革，祝他的统治比自己顺利。接着，他试图服毒自尽，但穆斯塔法打落了他递到嘴边的杯子，发誓会保全他的性命。于是，塞利姆顺从地进入了自己的囚禁处，新苏丹则从那里走出来，即位成为穆斯塔法四世。
穆斯塔法四世的统治仅仅持续了几个月。塞利姆仍然有朋友和支持者，特别是在多瑙河河畔的鲁什楚克担任帕夏的穆斯塔法·巴伊拉克达尔（Mustafa Bayrakdar，即“掌旗者穆斯塔法”）。他倾心于改革计划，凭借塞利姆的赏识才达到今天的位置上，因此决心发动政变帮助塞利姆复辟。此时，奥斯曼帝国恰好与俄罗斯签署了停战协议，他那支主要由波斯尼亚人和阿尔巴尼亚人组成的大军因此可以腾出手来。他与身在阿德里安堡的忠于塞利姆的大维齐尔麾下部队会师，随后举着先知的旗帜向伊斯坦布尔进军。
他的目标是震慑近卫军，占领皇宫，推翻穆斯塔法四世苏丹，帮助塞利姆复辟。他在宫门口要求面见“真正的苏丹塞利姆”，但遭到了皇宫守卫的拒绝。于是，他率军强行攻进了皇宫。然而，这一短暂的耽搁却招致了致命的后果。听到他的要求之后，穆斯塔法苏丹下令立即勒死塞利姆和自己的亲弟弟马哈茂德。一旦他们二人丧命，他自己就成了奥斯曼家族的最后一位成员。
塞利姆进行了勇敢的抵抗，但还是被行刑者杀害了。当巴伊拉克达尔步入内庭院的大门时，他们把塞利姆的尸体扔到他面前，对他高喊道：“瞧瞧你要找的苏丹！”巴伊拉克达尔率领手下的阿尔巴尼亚人把穆斯塔法拖下了宝座，质问他道：“你坐在这儿干什么？把你的位置让给更配坐它的人！”而刽子手们没能找到马哈茂德，因为一位忠实的奴隶把他藏在了一间浴室的炉子里。控制了局面的阿尔巴尼亚人后来找到了他。在夜幕降临之前，大萨拉基里奥宫里就鸣响了礼炮，宣告穆斯塔法四世下台，马哈茂德二世继位成为奥斯曼帝国的苏丹。
精力充沛的穆斯塔法·巴伊拉克达尔做了马哈茂德二世的大维齐尔。他先处决了杀害塞利姆的刽子手、穆斯塔法的亲信和雅马克叛军的头目。随后，他决心重启塞利姆推行的改革。他恢复了“新秩序”改革下组建的新军，用欧洲的方式训练他们，却用古老的名字“塞门”（Seymens）[9]为这支部队命名。他恢复并增补了一些改革法令，还有史以来第一次从帝国的各个地区召集高官开会议事。议事大会在皇宫里举行。在激动人心的开幕仪式上，他宣布了一项特别的改革方案，其中涉及改组近卫军，以消除近卫军长期以来的种种弊端。与此同时，他承认了有权有势的阿扬（ayans）[10]和代雷贝伊的各种特权。
在经过激烈的辩论后，这些地方豪强（穆斯塔法·巴伊拉克达尔本人就出身于地方豪强）和中央政府之间达成了协议。这项协议具有划时代的意义，在法律和政治层面确认了帝国疆域内的土地有各自不同的所属权。对于这份会侵害到自己的权力的协议，马哈茂德苏丹十分勉强地接受了。一开始，近卫军和乌理玛假装表示满意。巴伊拉克达尔认为自己可以依靠塞门和其他地方部队的支持，于是十分不明智地让他的阿尔巴尼亚和波斯尼亚部队回了家。
机不可失，近卫军立即再度发动了叛乱。他们在巴伊拉克达尔的官邸纵火，然后炸掉了他藏身的一座塔楼，让他被活活烧死。保守派力量最终取得了胜利。运转混乱的旧体系带着它身上的各种痼疾又回来了，而且似乎像过去一样顽固。
在接下来的一段时间里，塞利姆三世的改革运动遭到了废止。在奥斯曼帝国的历代苏丹里，至此只有塞利姆三世一人，全心全意又无比坚决地要在他的帝国里推行激进的改革。250年前，立法者苏莱曼向东方和伊斯兰教的传统学习，推行改革取得了成功；塞利姆也想推行同样成功的改革，而他的学习对象是西方和新兴的世俗主义精神。他在性格上的一些弱点使他未能完成自己的事业，遭遇了失败，并在幻灭和痛苦中死去。他开明、真诚、充满利他精神，但是在他推动奥斯曼帝国努力走上改革进步道路的过程之中，他却看不到他的大多数子民的精神状态；他为了他们的福祉而苦苦求索，却无法像他伟大的先祖那样激励他们与自己并肩战斗，因此也无法获得他们的忠诚和信任。相反，在推行进步理念的过程中，他行事草率，热情过头，结果给了那些反对改革的人机会，使他们可以激发起人民心中根深蒂固的反对变革的偏见，更坚决地反对一切革新。
但从根本上说，塞利姆失败的根源是这样一个无情的事实：他要完成的是一个不可能完成的任务。在奥斯曼帝国的这一历史阶段，他根本没有能力毕其功于一役，改变这个历经了几个世纪、虽然弊病丛生但依然完整坚韧的旧体系。如果激进的苏丹塞利姆想要在他的帝国里成功地推行改革，他就必须重建这个国家现行体制的基础结构，实际上相当于建造一个拥有全新的执行机制和执行动力的新国家。要完成这一目标，最重要的是苏丹必须受人景仰，拥有至高无上的权力，可以独断专行地制约谢赫伊斯兰和他的乌理玛的权力，压制伊斯兰宗教势力。而塞利姆并非这样一位君主，他要完成的任务在他的时代也无法完成。作为一个超前于他的时代的统治者，他所能做的只是尝试在传统的框架之内推行创新，但他并没有能够做到这一点。
塞利姆缺乏能力推行的那些改革政策，反映的是精英阶层里一小部分人对世界的看法。这一小部分人的数量仅仅比早年郁金香时期的改革派人士多了一点点。占大多数的还是拥有强大力量的保守派，其中包括军队、臃肿而日益腐败的官僚体系，以及曾经在苏莱曼改革时期获益、代表伊斯兰教传统声音的乌理玛。他们依然维持着苏莱曼当年确立和加强的内部权力平衡。
但是，在苏莱曼的时代之后，军队和官僚就日渐堕落，为了他们的世俗利益随意使用乃至滥用他们的权力，出卖官职、特权，为他人大行方便，还参与到放高利贷、包税、擅占田产和非法操控慈善基金会等活动中。统治阶层的底层人员也扮演着类似的寄生虫角色，还像近卫军一样，参与到诸多商业活动之中。对这些群体来说，他们中太多人会由于变革而遭受巨大的损失，因此他们团结起来，不惜一切代价维护现有体制，也就相当于维护这种体制给他们带来的影响力和财富。
由于彼此之间没有利益分歧，他们形成了铁板一块的强大势力。在这个工业尚处于萌芽期、商业大部分受控于外国人的国家，既不会产生酿成了法国大革命那样的社会和经济动荡，也不会滋养出在19世纪晚些时候出现于其他欧洲国家的革命精神。因此，缺乏群体支持基础的少数改革派就只能陷于孤立，受制于保守派，听任他们控制统治者，或迫使统治者下台。
由于采取了亲法的政策，塞利姆三世遭遇了如此的下场。尽管他的改革遭到废止，但他还是推动了一场学习西方开明新思想的运动。在他身后，这场运动终将渗透进守旧的堡垒，在19世纪逐渐从一条时断时续的小溪壮大为席卷一切的洪流。法国大革命终究将在这片陌生的土壤中滋养出自由、平等、博爱的理念：自由，在伊斯兰世界里原本只是一种法律概念，但逐渐会发展出政治上的意义；平等，起初在这个社会似乎并无现实意义，因为这个社会根植于伊斯兰教义，有着浓厚的慈善传统，因而没有令人难以忍受的财富和社会权利上的悬殊差距；博爱，则会在拥有基督徒少数族裔的奥斯曼帝国，乃至整个伊斯兰世界演化为民族认同。
与此同时，伊斯兰教依然是整个国家最重要的社会和政治力量。值得玩味的一点是，尽管这个国家在道德层面上正逐渐远离伊斯兰教的原则，但这种背离在短期内对奥斯曼帝国今后的统治更多地起到了积极的作用，而非消极的作用。毕竟，这个陷入停滞的国家还有一种消极的坚韧。正如后世一位能言善辩的奥斯曼外交官开玩笑说的那样：“我们的国家是最强大的国家。你们想从外部搞垮它，我们想从内部搞垮它，可它就是没垮。”
[1] 苏利奥人是伊庇鲁斯的苏利（Souli）地区骁勇善战的东正教族群。
[2] 在法国的三级会议期间，各地区、各等级可以向政府提交陈情书，发表自己对改革的意见或建议。
[3] 栽种“自由之树”是法国在大革命期间形成的一种习俗。村庄、社区通过仪式性地栽种“自由之树”表达对革命的支持，同时“自由之树”也是社区举行革命集会的场所。
[4] 塔列朗是法国政治家、外交家，从路易十六到七月王朝时期的数届法国政府中均担任高官。
[5] 这个短命的国家被称作塞普丁修拉共和国（Septinsular Republic，1800—1807），也可意译为七岛共和国，名义上隶属于奥斯曼帝国，实际受俄国控制。1807年，俄国在与法国签订和约后放弃了对该国的保护，法军卷土重来，塞普丁修拉共和国灭亡。
[6] 今称约阿尼纳（Ioannina），是伊庇鲁斯地区最大的城市。
[7] 《普雷斯堡和约》大体上为神圣罗马帝国画上了句号。和约签署第二年，时任皇帝弗朗茨二世宣布放弃神圣罗马帝国皇帝称号，仅保留奥地利皇帝头衔。
[8] 在19世纪变成军职之前，凯马坎通常由一位维齐尔出任，负责在大维齐尔无法视事时代行职权。
[9] 字面意思为“看狗人”。
[10] 即地方贵族阶层。