改革者马哈茂二世德谨慎地等待了整整17年，才开始着手推行他激进的改革方案。他的改革目标是要将奥斯曼帝国从一个构建在伊斯兰教原则上的中世纪帝国，改造为一个基于西方世俗原则的现代立宪国家。按照他的计划，他将组织新的政府机构，并且向不断进步的欧洲学习更灵活的政府理念，与过去的时代作别。
但是，像以往征服者穆罕默德和立法者苏莱曼推行的改革一样，要想实现改革，必须依靠强硬的手段。在马哈茂德看来，最重要的是要恢复苏丹至高无上的权力，让帕迪沙阿的意志无论在国都还是在外省，都成为唯一的绝对权威，不受任何人的挑战。经过多年的努力，马哈茂德二世终于重掌权柄。由于那些曾经帮助过塞利姆三世的谋臣都已经遭到处决或被放逐，马哈茂德做到这一点凭借的完全是他个人的努力。他有着坚定的决心，锲而不舍，深谋远虑；他视野开阔，精力集中，既可以十分现实地面对困难的挑战，又可以系统性地寻求问题的解决方案。更重要的是，他铁骨铮铮，毫不动摇地要制伏那些在国内阻挠前代苏丹推行改革的敌对力量。
首先，为了确保其中央集权政府的权力，他必须消灭那些制约中央政府权力的地方自治势力。在这个因外部蚕食而日渐萎缩的帝国，他必须抑制住内部的破坏性力量，重新为这个缩小了的帝国的剩余部分创造出积极的内部凝聚力。他缓慢而富有耐心地清除了那些心怀不轨的帕夏。接着，他还要对付代雷贝伊们和其他怀有二心的地方显贵。这些人经常自命不凡地制造事端，滥用权力。为了实现中央集权，消除夹在政府和民众之间的其他权威来源，他矢志压制一切通过世袭、传统、惯例或公意取得权力的地方势力。就这样，他在安纳托利亚和鲁米利亚的大片区域内恢复了君主的权威。他在亚尼纳对阿里帕夏的无情镇压就是这一系列努力的登峰造极之举。
现在，马哈茂德二世就可以放开手脚去消灭奥斯曼帝国内部实力最强劲的敌人——近卫军了。他们曾经是奥斯曼帝国可敬的勇士，现在却成了国家的腐烂之源。如果不能彻底清除掉近卫军，任何改革都无从推行。1826年夏天，马哈茂德苏丹决心发起决定性的一击。这个时机选择得恰到好处。当时，易卜拉欣帕夏的部队刚刚从希腊人手中夺回迈索隆吉翁。这支隶属于苏丹的附庸穆罕默德·阿里的现代化军队恰恰为苏丹提供了一个范例。倘若苏丹没有早就意识到这点的话，那么此时这支军队也成了一个刺眼的例子，让他明白他的帝国必须拥有这样一支现代化的军队，而穆罕默德·阿里的这支军队甚至可以作为帝国军队的原型。穆罕默德·阿里清除了埃及的马木留克集团，比任何一位苏丹都更早地证明了穆斯林军队也可以像基督教国家的军队一样达到欧洲式的纪律和训练标准，他对改革政策的追求也为他赢得了西方的尊敬和支持。
为了发动针对近卫军的政变，苏丹提前准备了忠于自己的部队。他预见到可能会发生激烈的巷战，于是扩大了炮兵部队的规模，提升了他们的战斗力，使他们可以独当一面，摧毁近卫军。他把部队的指挥权交给了忠诚可靠的军官，并由一位冷酷无情的将军统领他们。在后来的残酷厮杀中，这位将军为自己赢得了“黑色地狱”的名号。苏丹还在博斯普鲁斯海峡对岸准备了一支实力不凡的亚洲军队，用来在必要时赶来支援。在此之前，马哈茂德苏丹已经逐渐把支持他的治国能臣擢升到了高官的位置上。现在，这些人正式签署了一项费特瓦，宣布将组建一支用欧洲方式训练、装备的新军。
创办这支新军的想法其实源于塞利姆三世的“新秩序”改革，但马哈茂德苏丹没有把它当作一项改革政策的产物，而是十分机智地对成立新军的目的做了另一番解读：为了帮助奥斯曼帝国重拾往日的辉煌，他要复兴苏莱曼时期古老的军事秩序。马哈茂德特意明确地指出，这支部队不会交给基督徒和外国人指导，而是交给受过现代化训练的穆斯林军官。这样一来，他的想法就得到了大穆夫提和乌理玛的支持，而在对付异教徒的圣战中，他必须获得宗教人士的支持。近卫军部队可以保留，但是每个驻扎在首都的营必须为新军提供150名兵员，接受新式训练。
正如苏丹所料，近卫军拒绝了这一要求。他们又一次按照传统的方式把营锅倒扣，以示造反。像1807年的那次兵变一样，他们又一次蜂拥冲进了大竞技场，然后杀气腾腾地向苏丹的宫殿进军，要求得到苏丹手下重臣的人头，重演历次兵变的旧戏码。但这一次，苏丹做好了准备。他的部队和火炮已经蓄势待发，大部分民众也聚集起来支持君主。马哈茂德亲自展开了先知穆罕默德的神圣旌旗，呼吁所有的信徒聚集在大旗周围。就在成群的近卫军沿着狭窄的街巷逼近大萨拉基里奥宫的时候，宫墙上枪炮大作，接连不断的葡萄弹在他们的阵列中撕出一道又一道口子，中弹者纷纷无助倒地。近卫军被炮火赶回了大竞技场。他们在大竞技场进行了一番抵抗，接着又躲进了兵营的院墙背后，布置工事，等待着进攻。
但是，并没有人来进攻。马哈茂德才不想冒险这样使用他的部队。他用重炮猛轰兵营，将里面化为一片火海和废墟，兵营和里面的4 000名叛军很快灰飞烟灭。就这样，在半个小时的时间里，现代化的武器就把这支有着五个世纪历史、曾经给欧洲和日渐式微的奥斯曼帝国苏丹带来恐惧的武装力量的核心部分消灭殆尽了。接着，在帝国的各个行省，又有数以千计的近卫军被杀，让近卫军遭遇了彻底的毁灭。就在同一天，苏丹公开宣布废除近卫军，他们的名号从此以后禁止使用，他们的旗帜也全部被销毁。一个月之后，几个世纪以来一直支持、教唆近卫军的拜克塔什教团被宣布为非法组织。他们的修道院遭摧毁，主要领袖被公开处决，其他追随者则遭流放。改革派人士后来将这一事件称作“吉祥事变”（Auspicious Incident）。至此，马哈茂德苏丹彻底在国境内清除了敌对的武装力量。他宣布将组建一支新的奥斯曼军队，并将其命名为“穆罕默德的胜利战士”。
在多年坚忍而耐心的等待之后，坚强而睿智的苏丹马哈茂德二世用一个小时的无情行动，夺回了他的奥斯曼家族祖先们曾经享有过的专断大权。但他恢复古制的目的是创造一个崭新的未来。马哈茂德并不想做一个独裁暴君，而是想要通过独裁的手段来达到进步的目的。在政变之后，国家迎来了一段开明发展的时期，苏丹在这一时期详细阐明了建设更具弹性、更加自由的社会的具体方案。他开启了一个涵盖范围十分广阔的改革方案，并将其交给他的后代继承人继续推行。按照他的计划，奥斯曼帝国将逐渐演变成一个与西方文明越发趋近的新土耳其。他务实而不无遗憾地接受了奥斯曼帝国古老版图的沦丧，但他现在要为这个缩小了的帝国创造一个全新的政府架构，帮助这个国家遏制颓势，获取新生。
苏丹在欧洲和亚洲的领地将变成一个奥斯曼共同体，强大、团结，对外足以对抗外部威胁，对内则拥有足够的灵活性，保证不同民族和宗教信仰的国民的利益和对国家的忠诚。他对内政策的核心，就是缔造全新的世俗君权原则，逐渐实现政教分离。正是这一原则确保了奥斯曼帝国在19世纪和20世纪的延续。
在解决掉近卫军之后，马哈茂德最紧要的任务就是进行军事改革。他迅速地组建起了新军，重新启用了以往授予军队统帅的“塞拉斯克”（Serasker）称号，用这一官职取代了近卫军的阿迦。塞拉斯克既是军队的总指挥，也是战争大臣，还要特别负责管理新军。他还继承了阿迦维护公共治安的职责，负责管理伊斯坦布尔的警务。维护并扩大警察系统成了塞拉斯克的主要职责之一。根据规定，至少有1.2万名新军将驻扎在首都，另外还会为外省征召更多的部队。所有军人都要服役12年。
为了完成他的军事改革，并将他的新军打造成一支能征善战的可靠队伍，马哈茂德必须争取十年的和平时间。俄国人察觉出马哈茂德与他的前代苏丹们不同，是一位兼具权威和能量的坚定统治者，他们也十分清楚马哈茂德此时急需的是什么。因此，沙皇之所以挑起那场让苏丹蒙受《阿德里安堡和约》之辱的灾难性战争，很大程度上就是为了将马哈茂德的军事改革扼杀在萌芽状态，在他的新军成长为老练的部队之前将其击败。
在签署了《阿德里安堡和约》之后，马哈茂德开始积极地投身于新军的训练和武装之中。他打起了十二分的精神，因为他十分担心那位坐拥堪称新军模范的现代化军队的穆罕默德·阿里会与他算总账。1826年，马哈茂德曾派人去找他的这位附庸，要求他提供12位专家来指导练兵，但遭到了拒绝。于是，他只好把目光投向欧洲。但是，法国人同情希腊叛乱者，后来还支持穆罕默德·阿里，因此土耳其人不想向法国人寻求帮助；英国人也有同情希腊的嫌疑，因此苏丹在1834年拒绝了巴麦尊勋爵（Lord Palmerston）[1]派遣军官帮助他训练部队的提议。不过，一些奥斯曼帝国军校学生后来去了伍利奇（Woolwich）[2]，三名英国军官被派到了伊斯坦布尔协助军队的重组。1838年，英国人又派来了一支海军代表团。不过，部分出于他们对土耳其人的轻蔑态度的厌恶，他们并没有太大作为。
最后，苏丹在普鲁士人那里达到了目的。年轻的陆军中尉赫尔穆特·冯·毛奇给苏丹留下了深刻的印象，被苏丹聘为奥斯曼帝国国防和陆军训练组织方面的顾问。奥斯曼帝国还同普鲁士和奥地利互派了一些军校学生和军官进行交换学习。这就是土耳其武装部队德意志化的开端。尽管过程并非一帆风顺，但这种合作一直延续到了20世纪。不过，毛奇本人对马哈茂德二世却不太感冒，认为他远逊色于彼得大帝；而土耳其军官对外国军事顾问明显缺乏尊重，这也让毛奇感觉受到了冒犯。他写道:“校官们事事让我们优先，其他军官的礼貌程度也可以忍受，但那些普通士兵不肯向我们行持枪礼，女人和孩子则时不时跟在我们后面咒骂。士兵们遵守命令，但从不敬礼。”对各个阶层的土耳其人来说，要消除对异教徒的偏见绝非易事。与此同时，塞拉斯克（总司令）手下的部门渐渐壮大成了战争部。这个部门颇有权力，对奥斯曼帝国的武装力量拥有强有力的管控能力，并将这种管控能力一直保持到了下一个世纪。
马哈茂德接下来要做的是削减乌理玛的权力。正如近卫军曾经是军事体制的捍卫者，乌理玛是宗教体制的捍卫者，两者近年来一直沆瀣一气。因此，乌理玛是对苏丹至高无上的权力的另一个潜在威胁。乌理玛曾经与近卫军联手掌控大权，摧毁了塞利姆三世和他的“新秩序”改革。如果马哈茂德想要创建起新的政府架构，就必须削弱传统体制的第二根支柱——乌理玛，毕竟政教分离是他最基本的改革诉求。此时，在世俗和宗教领域的各级达官显贵之上，有两个人享用着最高权力，他们分别代表着奥斯曼帝国君主的二元身份——苏丹和哈里发——的一个侧面。这两个人，一个是大维齐尔，负责在行政和司法领域的实际执行；另一个是谢赫伊斯兰，或者说大穆夫提，其职责是为君主提供建议，并诠释君主的行为。在奥斯曼帝国衰落的年代里，能够稳固占据这两个权倾朝野的职位的人时常会威胁到苏丹本人的至高权力和威望（这种作用对国家来说时好时坏）。马哈茂德现在想要做的就是稀释他们的权力。他要建立起一个由各司其职的文官团队组成的政府体系，而不把独断的权力交给其中的任何人。
首先，他将大穆夫提从世俗政府体系中移除，让其只作为宗教职务存在。不过在宗教领域，曾经仅仅拥有建议权和解读权的大穆夫提，此时获得了司法方面的权力。大穆夫提从大维齐尔手中拿走了宗教裁判权，从而获得了对苏丹所有的穆斯林臣民的司法权。与此同时，在世俗领域独立发展出了新的民事裁判机构。
在此之前，大穆夫提都从他自己的宅邸提供建议，发布裁决（这些裁决经常有政治意味）。现在，他则负责管理一个政府部门，该部门的办公地点就位于以前近卫军阿迦的官邸。这样一来，他就失去了自治权，他的收入、雇员和机构建设不能再像以前那样独立于朝廷之外了。处于政府管辖之下的乌理玛群体开始整体官僚化，从而削弱了他们的实际权力和阻挠变革的能力。在丧失财务和行政独立之后，乌理玛在君主面前的力量遭到了削弱，而苏丹还将继续逐渐削弱他们的地位和权限。他把学校划归教育部管理，把司法权力交给司法部，甚至还把起草费特瓦的权力交给了一个实际上受苏丹掌控的司法委员会。现在，作为政府官员，大穆夫提的权势不再来源于他的传统权力，而更多地取决于他的个人能力能为他带来多大的影响力。
最后，马哈茂德又把古老的伊斯兰“瓦合甫”体系（慈善基金会）也纳入了国家的掌控之中。“瓦合甫”体系的基石是出于宗教目的而捐献的不可剥夺的土地和其他永久性产业，这些产业大多位于城市之中。以前，这些捐献的财产和它们带来的收入都交给乌理玛的成员负责管理和征收。大穆夫提、其他的穆夫提和卡迪们曾经控制着形形色色的慈善基金会，这些基金会也构成了宗教体系的主要经济来源。
在削弱了旧有的军事和宗教体系之后，马哈茂德创立了他自己的世俗政府体系。从表面上看，这一政府体系颇有欧洲政府体系的模样，因此让西方人对新土耳其的与时俱进大为赞叹。首先，他关闭了位于皇宫大门处、在过去接近两个世纪的时间里实际上扮演了奥斯曼帝国政府角色的大维齐尔官邸。大维齐尔曾经享有的绝对权力，现在被分割交给了两个部门——外交部和民政部（后来改为内政部），而传统的德夫特达（财务官）办公室被重新命名为财政部。大维齐尔被更名为首相，在各个部门之上负责统治者和政府之间的沟通。不过，后来大维齐尔的名称又得以恢复。
其他一些部门也分别获得了大维齐尔以前的一些职责和权力，同时各部门的功能又有了新的分工。首相负责召集各部门召开枢密会议（Privy Council）或内阁会议（Council of Ministers）。各个部门各司其职，负责建言献策，起草方案和报告，并提交最终决定供苏丹发布。在各个部门中，最为重要的当属军事会议（Council of Military Affairs）和最高司法会议（High Council for Judicial Ordinances）。教育部、商务部、农业部和工业部统一由一个名为要务委员会（Board of Useful Affairs）的咨询委员会管辖。不论这套新的官僚体系是否真的有效，它至少打破了旧有的权力结构体系，并且代之以现代形态的新机构。奥斯曼帝国政府中的旧官僚逐渐被有着与前辈迥然不同的教育、社会和文化背景的新一代公务人员取代，新的机构也随之变得越来越有实效。
依靠新的中央政府，马哈茂德在地方上也推行了机构改革。他逐渐消除了那些源于世袭、传统、惯例或公意的地方势力，将权力全部归属于苏丹。为了做到这点，他先着手进行了两项准备工作。首先，他在鲁米利亚和安纳托利亚（除了阿拉伯诸行省）进行了男性人口数量普查；接着，他又进行了一次土地普查，将全部土地所有权情况登记在案。他之所以这样做，一方面是为了协助新军征兵的工作，另一方面是为了建立起一个更加精确有效的税收体制，以供养新军。最后，马哈茂德彻底废除了蒂玛尔制度，在这一制度下分配的封地曾经是西帕希骑兵制度的基石。从16世纪末开始，随着封地骑兵数量的减少和领军饷的常备军数量的增加，蒂玛尔就变成了皇室土地，随后被出租给包税人。不过，在安纳托利亚和鲁米利亚的部分地区，这个古老的制度依然残留着。马哈茂德在取消了近卫军的同时，也取消了封建骑兵制度的残余。现在，他又收回了剩余的蒂玛尔，并把这些封地也作为皇室土地出租出去。就这样，他消除了封建制度的最后一点残余，从而进一步加强了中央政府对奥斯曼帝国各个行省的控制。
在法律领域，马哈茂德苏丹做了重大的革新。在他的帝国里，通行的法律包括效力超过人类法令的神权法“沙里亚法”和由身为哈里发的苏丹颁布的法令。两者都是典型的中世纪法律，为了秩序和稳定规定了每个人的职责。但是，这两种法律都不能给予人现代意义上的平等。马哈茂德又颁布了第三种法律“阿达莱特”（adalet，意为“公正”），并因此获得了“公正的马哈茂德”的称号。“阿达莱特”是一种独立于神权法和君权法的法律体系。马哈茂德在世俗领域组建了一个委员会，负责制定新的、独立于沙里亚法和苏丹法令之外的公共法。这些法律规定了法官的职责和对政府官员的管辖权。他们制定了惩治官员玩忽职守的法律程序，对受贿和其他形式的腐败行为量以重刑。他还有史以来第一次引进了这样一个陌生的理念：官员是公仆，各有法律规定的职责，而不像以前那样唯君主的意志是从。这表明，马哈茂德决心在政府的直接权威之外，为他的行政体系创造一种公共服务的新传统。随着新法典的逐步完善，如何量刑将不再像以往那样完全取决于法官的自由裁量，而要依照法典仔细衡量。新的法典特别强调刑事责任，而且越发清晰地区分了刑事与民事、世俗与宗教以及私法与公法。
不过，对于仍然生活在社会和家庭体系框架内的人们来说，他们的个人生活依然完全受伊斯兰神圣法和习俗的支配。关于结婚与离婚、财产与继承、女性与奴隶地位的法律，没有发生任何变化，宗教依然是法律的基础，苏丹仍然没有能力触及这一领域。在家里，人们还生活在中世纪。
但是，在更广阔的领域里，中世纪的理念已经开始崩塌。在东方世界堪称有着超前意识的马哈茂德为奥斯曼帝国的主权找到了一个新的基石——人民。他所创造的新的中央集权官僚体系代行着人民的种种权力，以实现人类的进步为其运转的目标。苏丹告别了传统的秩序，抛弃了大量的神授权力。他不再是虔信者的保护者，而变成了公民的启蒙者。实行开明专制的马哈茂德更重视赋予他的臣民权利，改进他们的生活境遇，而不是维护自己的绝对权力。
要达到这一目标，就需要新的教育。土耳其人必须通过学习，才能认识到世界上有诸多未知的事情，从而去挑战号称万物皆已知的乌理玛。在传统知识方面，乌理玛的宗教学校实际上处于垄断地位，但宗教学校所传授的知识仅限于神、人对神的义务以及人对其同胞的义务。而且，这些知识的传播主要靠口头传播，结果留下了大量的文盲。1824年，马哈茂德规定初等教育是义务教育，但仍然只能教授宗教知识。因为在把神圣法的整个管理体系交给谢赫伊斯兰的过程中，苏丹不得不将世俗教育排除在义务教育之外。
在马哈茂德看来，为了实现进步还要推行更高等的教育，主要是传授技术技巧的教育。这种教育与打造新军、取代近卫军的军事体系构建也有着密切的联系。在这一阶段，更高等的教育主要就是军事教育。军中急需受过教育、富有才干的军官，而除了少量的西方归顺者、炮手和工程师之外，军中此类人才奇缺。
18世纪末创办的海军工程学校和陆军工程学校于近期恢复了使用，现在又得以正式重建。1827年，苏丹不顾强烈的反对声，大胆地仿效穆罕默德·阿里的做法，派了一小群学生去巴黎学习。这群学生，再加上散布在欧洲各国首都的陆军和海军军校生，成了接连不断地派往欧洲学习的土耳其学生中的先行者。学成回国之后，赴欧学习的这些学生在国家的现代化进程中发挥了重要的作用。与此同时，尽管马哈茂德暂时推迟了军官进修学校的组建，但他遴选出了一批未获委任的军官和士兵组成训练小组，在部队中从事训练工作。在经过训练之后，他们的学生又可以将自己学到的东西教给其他人。就这样，他们为下一代奥斯曼军队培养了一支军官后备力量。
最后，马哈茂德效仿拿破仑的圣西尔军校（St. Cyr），创办了军事科学学校，打破了与近卫军传统的最后一点联系，也割断了宗教与军事体系之间的最后联系。尽管这所学校里的许多教师是法国人和普鲁士人，但它展现出了一种新的土耳其军事传统——它既深深根植于土耳其社会之中，又拥有一套内容先进、同时进行学术、社会和政治教育的教育体系。这种教育体系将造福于后世的土耳其人。与此同时，马哈茂德还创办了一所帝国音乐学校，用来培养军乐团中的鼓手和号手。在这所学校里，有一位教授西方音乐的顾问名叫多尼采蒂帕夏（Donizetti Pasha），他是意大利著名作曲家多尼采蒂的弟弟。[3]
最值得一提的是，他还开办了一家为新军培养医生的国立学校，后来还培养外科医生。而对于平民来说，他们仍然只能在苏莱曼清真寺受宗教机构赞助的宗教学校里学习医术，学习的内容部分源自希腊古典时期，部分来自盖伦（Galen）[4]和阿维森纳（Avicenna）[5]的著述。
马哈茂德开办的医学院是奥斯曼帝国第一所提供初等和中等教育的世俗学校。1838年，在经过重组之后，这所医学院迁到了佩拉的加拉塔萨雷（Galatasaray），启用了以前宫廷侍从学校的校舍。这所学校有部分欧洲教师，土耳其语和法语都是授课语言。在学校的落成典礼上，苏丹本人亲自对学生讲话。他对他们说，在医学领域，阿拉伯语已经成了一门过时的语言，因此，“你们将用法语学习医学科学……我之所以让你们使用法语学习医学，目的并不是让你们学习法语，而是让你们好好学习医学科学，然后再一点一滴地用我们自己的语言阐释医学科学”。在马哈茂德看来，使用法语进行医学教学只是权宜之计。实际上，到了下一代人的时候，随着土耳其的学者将外国医学教材和其他著作翻译成土耳其语，土耳其语逐渐取代了法语，成了主要的教学语言。这标志着土耳其传统医学的终结和现代医学的崛起。加拉塔萨雷的这所医学院违背中世纪的伊斯兰传统，开设了解剖和验尸课程。在乌理玛的坚持下，解剖学研究都只能使用蜡制模型。而现在，学生们获准在人类尸体上学习解剖学——这些尸体通常是死去的努比亚奴隶，获取价格低廉。
随着时间的推移，这所学校的授课内容又扩大到了更广泛的科学、文化和学术研究上。奥斯曼帝国的穆斯林学生们史无前例地开始学习欧洲历史和文学，课堂上使用法语授课；对法国文学的研究逐渐取代了传统的对波斯文学的研究。马哈茂德苏丹对平民教育的关注程度不亚于他对军事教育及其附属学科分支的关注程度。他的新政府体系里急需有能力的公务人员。1838年，要务委员会发布了一份十分进步而反传统的报告，可以体现出在西方的直接影响下，土耳其人对教育的新看法：
宗教知识可以为我们在未来的世界提供救赎，但科学知识可以增进人们在现世的生活。例如，天文学可以推动航海和贸易的发展，数学可以提高我们在战争和军事管理中的表现……在探讨复兴农业、贸易和工业的种种项目的过程中，本委员会发现，没有科学我们将一筹莫展；而要发展科学，改进教育，就必须给学校体系带来新秩序。
他们提到的学校指的是初等学校，要务委员会希望可以对其进行世俗化改革。不过，要务委员会的想法遭到了谢赫伊斯兰及其所在部门的坚决反对。因此，一直到20世纪，对平民的初等教育都掌握在宗教势力手中。面对来自乌理玛的反对，要务委员会只好在面向青春期学生的教育[“吕什迪耶”学校（rüshdiye）]中实践其的想法。这类学校可以填补初等的宗教教育与更高等的世俗教育之间的空白。尽管进展缓慢，但在马哈茂德苏丹统治期间，要务委员会还是用公款创办了两所新的分别依附于苏丹艾哈迈德清真寺和苏莱曼清真寺的文法学校。学校的课程主要是语法和文学，以培养未来的公务人员。
不过，马哈茂德的这一切方案还有一个奇怪的障碍——语言障碍。马哈茂德想要给这个穆斯林民族介绍西方的政府和社会体系，但是这个民族对西方语言一窍不通。在塞利姆三世提倡语言研究的时代，有一些年轻人学习了外国语言。但是到了现在，这些人几乎没剩下几个，他们也没有太多的传人。希腊独立战争爆发之后，在政府里任职的希腊人不再受到信任，最后一个希腊人帝国政府译员主管也遭解职，苏丹想要找一名穆斯林接替他的职务。但是，为这个职位找到合适的人选十分困难，最后只好找了一位出身于基督徒家庭的数学学校教师出任此职，后来接替他的也是同一所学校的教师。最终，为了解决语言问题，苏丹在高门之内设置了一些“翻译室”，这些翻译室后来逐渐演变成了一所外国语学校。
从1834年起，马哈茂德开始着手重启塞利姆三世昙花一现、未能完成的计划，在欧洲主要国家的首都开设奥斯曼帝国大使馆。现在，奥斯曼帝国的外交人员大部分都是身为穆斯林的土耳其人，而不再是芬内尔希腊人，非穆斯林也逐渐被隔绝在高级外交职位之外。奥斯曼帝国的外交人员不仅有机会学习西方语言，还可以受到西方文明的一些影响。在接下来的50年里，这些人将成为奥斯曼帝国内部较为开明的领袖人物和政治家的主要来源。
与此同时，马哈茂德也意识到了在一个中央集权的国家里通信的重要性。于是，他在伊斯坦布尔开办了第一家土耳其语报纸，其法文版叫作《奥斯曼箴言报》（Moniteur Ottoman）。他要求官员必须阅读这份报纸，以熟悉他的政策和活动。1834年，他又创立了邮政服务，负责管理邮政的官员自行在帝国内部合适的地点任命下属官员，负责登记管理所有通信。苏丹解释说：“从此之后，再也不会有什么人需要靠自己送信。”他亲自为奥斯曼帝国的第一条邮路[从于斯屈达尔（Üsküdar，即斯库塔里）到阿德里安堡]落成剪彩。在此之后，又有多条邮路修成。
就这样，马哈茂德为一个融合了东西方文明要素的现代土耳其国家的缓慢崛起打下了军事、司法和行政方面的基础。从社会表象上看，土耳其人的生活方式也将逐渐西方化。苏丹本人就起到了表率作用。他不再使用奥斯曼礼节，而改用欧洲礼仪。在接见外宾时，苏丹会逐个走到他们身边与他们交谈，甚至还会对他们的夫人表现出充分的尊重。苏丹不再是一个遥远而冷漠的人物，他会出现在民众面前，亲自参加公开庆典，发表讲话。他接见大臣时，大臣们无须站着，只要坐着就可以。官员们的办公室采用了欧洲的装潢风格，不再像以前那样只有厚靠垫和软垫，办公桌、台子、靠背椅一应俱全，甚至还经常违犯伊斯兰禁律，在墙上挂上了苏丹的画像。
马哈茂德不鼓励留长胡子，还带来了服饰上的明显变化。他为他的新军准备了欧洲风格的紧身上衣、裤子和靴子。20年前，服装的变革直接引发了兵变，导致了塞利姆三世的下台。而现在，军队虽有迟疑，但还是接受了换装。奥斯曼帝国的军人习惯了宽松的拖鞋、肥大的裤子和袍子，尽管这些装备会影响他们的活动。在他们看来，这些贴身的制服是异教徒的象征，因此比较低等。
让他们接受帽子上的变化尤为困难，因为他们给帽子赋予了太多宗教上的意味。马哈茂德重新启用了塞利姆三世的新军曾经使用过的圆筒形的“苏巴拉”（subara）软帽，以取代头巾。1828年，“苏巴拉”软帽又被更加实用的菲斯帽（fez）取代。这种红色的毛毡软帽来自北非，如果追根溯源的话其实来自欧洲。先知穆罕默德本人曾经公开宣示，头戴之物乃伊斯兰教信仰特殊的象征物。因此，如果菲斯帽要成为标配的军帽，首先必须经过乌理玛的审查、批准。乌理玛经过一番犹豫之后，认可了穆斯林佩戴菲斯帽的做法，随后马哈茂德又采取了有力的措施来强制推行这种帽子的使用。不过，马哈茂德还想给帽子增加一个皮质的帽檐，以保护士兵的眼睛免受阳光直射。但是，乌理玛坚决拒绝了这项提议，因为有了帽檐之后，士兵在祈祷时额头就不能碰到地面，不符合虔诚的穆斯林的规范。1829年，马哈茂德发布了一项法令，规定了各级官员应当穿着怎样的衣服。在此之后，平民和士兵都开始佩戴菲斯帽。中世纪式样的袍子和头巾成了宗教身份的象征，只有乌理玛的神职人员才把袍子和头巾当成“制服”穿戴。欧式的裤子取代了肥大的土耳其裤子，给土耳其人带去了更多现代平民生活的气息。现在，至少在城市里，土耳其人的普遍穿着还包括西式长外衣和黑色皮靴。
在镇压了近卫军之后，矢志在各个领域均有一番作为的马哈茂德二世只有13年的时间，来为他期待已久的彻底改革打下基础，并付诸实施——尽管在有些方面他或许不可避免地只能做一些表面文章。这是一段艰辛的岁月。面对种种问题，马哈茂德展现出了在其祖先身上都罕见的不屈不挠的意志力和不达目的誓不罢休的决心。苏丹不辞辛劳地工作，目标是要尽快用一种新的秩序来替代奥斯曼帝国的旧秩序，同时让其臣民从他们习惯了数个世纪之久的生活方式中摆脱出来，去采纳一种对大多数人来说都未曾尝试、十分陌生的新的生活方式。尽管宗教体系里那些活在过去之中的人已经无力逆转这种趋势，但他们依然不可避免地暗中仇视这种变革。不过，新的官僚体系产生了更具现代意识的人。他们采纳了成本更加高昂的西方生活方式，同时在陌生而仍显无序的政府机构里按照西方的方式进行工作。他们缺乏可以保证他们安全的依靠，也没有过去统治国家的世袭阶层习以为常的那种紧密的个人关系和忠诚体系。作为拥有新的生活方式、生活标准和思维方式的西方化的公务人员，这些管理国家的人与被管理者之间出现了前所未有的鸿沟。不仅如此，由于这些“公仆”还不具备公共道德的约束，他们完全可能像旧官僚一样腐败。
在这一时期的前半段，马哈茂德终于可以不再受到来自国外的威胁了。但是，对苏丹充满威胁的附庸穆罕默德·阿里也在利用这段时间重建他在纳瓦里诺损失掉的舰队，并且扩充他那支大量委任法国军官的陆军。出于对他在摩里亚的军事行动的酬谢，苏丹把克里特帕夏辖区交给了穆罕默德·阿里。但是，他未能如愿得到叙利亚帕夏辖区。在他看来，这是苏丹未能信守诺言的表现。到了1832年，他做好了为此复仇的准备。他以自己与阿卡帕夏（阿卡帕夏的辖区是通往叙利亚的钥匙）的私人恩怨为借口，派他的儿子易卜拉欣率领大军前去强夺叙利亚。
易卜拉欣不费吹灰之力就夺取了加沙和耶路撒冷，接着又在舰队的支援下攻克了阿卡。随后，易卜拉欣开始朝着阿勒颇和大马士革进军。面对久经战阵的敌军，马哈茂德的新军连吃败仗。易卜拉欣接着翻越了托鲁斯山脉，夺取了安纳托利亚中心地带的科尼亚，继而又一直前进到布尔萨。于是，他又把目光投向了伊斯坦布尔。在穆罕默德·阿里看来，奥斯曼帝国势必灭亡，而他一直梦想可以在这个帝国的废墟上建立起属于自己的国家。
恐慌席卷了首都，马哈茂德则派人向英国政府紧急求援。英国大使斯特拉特福德·坎宁强烈支持向苏丹提供援助，但巴麦尊勋爵拒绝了他的请求，因为巴麦尊勋爵此刻一心想要执行裁军的政策。这样一来，马哈茂德别无选择，只好向宿敌俄国人求援。俄军总是做好了出征的准备，于是欣然同意了马哈茂德的请求。1833年年初，一支从塞瓦斯托波尔出发的俄罗斯舰队运来了6 000名俄军。他们在博斯普鲁斯海峡入口附近登陆，前来协助伊斯坦布尔的防御。六个星期之后，一支规模大一倍的俄军又从敖德萨赶来。沙皇的军队占据了斯库塔里的巨人山，从而控制了伊斯坦布尔。在外国人中，此时只有俄国人能见到苏丹；俄国士兵和水手出现在了伊斯坦布尔的街头，俄罗斯军官则被召集进城协助奥斯曼军队的训练和指挥。易卜拉欣本打算朝着博斯普鲁斯海峡进军，但鉴于俄军的存在，他谨慎地选择了以他父亲的名义进行谈判。与此同时，英国和法国政府也终于恍然大悟，意识到了俄国的威胁。
在巴麦尊勋爵的主导下，英法两国向苏丹施加了巨大的外交压力，要求他让俄国人撤军。作为交换，他们保证让穆罕默德·阿里撤军，并且担保他不再来犯。于是，苏丹发布了一道诏书，承认穆罕默德·阿里不仅拥有埃及和克里特帕夏辖区，还拥有叙利亚、大马士革、的黎波里、阿勒颇和阿达纳的管辖权。在穆罕默德·阿里的有生之年，他都可以保有这些帕夏辖区，但不保证易卜拉欣或其他继承人在他死后可以继承这些领地。苏丹还与俄罗斯单独签署了《欣卡尔—伊斯凯莱西和约》（Treaty of Hunkiar Iskelessi），与俄国结成了攻守同盟。根据和约，俄军将从伊斯坦布尔撤退。但根据和约里的一项秘密条款，俄国军舰随时可以自由通行海峡。此外，除非俄国同意，其他国家都不能获得自由通行海峡的权利。而且，在俄国认为合适的时候，它还有权派遣其陆军在博斯普鲁斯海峡两岸登陆。
但是，对于马哈茂德来说，他不可能长期忍受自己那么一大片亚洲领土掌握在一个叛臣的手中。而且，穆罕默德·阿里还野心勃勃地想把这片领土变成一块实际上独立于奥斯曼帝国政府的世袭帕夏辖区。1838年，穆罕默德·阿里拒绝继续向奥斯曼帝国政府纳贡，此举实际上相当于宣布独立。马哈茂德下定决心要彻底消灭穆罕默德·阿里，于是在幼发拉底河流域集结了一支军队，准备进军叙利亚，并于1839年向穆罕默德·阿里宣战。由于穆罕默德·阿里的统治比苏丹残暴得多，叙利亚的大部分居民都对穆罕默德·阿里心怀不满。与此同时，马哈茂德还派遣了一支舰队沿着叙利亚海岸推进，与陆军两路并进。结果，陆海两路远征都遭遇了灾难性的失败。他手下的不少部队被埃及人用金子收买，临阵脱逃，导致他的军队被打得大败。舰队的命运更加悲惨——舰队的指挥官背信弃义，把舰队直接带到了亚历山大港，将其献给了穆罕默德·阿里。
看到这种情况，西方国家十分担心俄国会第二次出兵干涉，于是为了保护奥斯曼帝国，它们秘密拟定了条约，力求彻底解决土耳其—埃及问题。法国出于自己的利益，支持穆罕默德·阿里反对苏丹，因此拒绝合作。而意在寻求和解的俄罗斯反而参与了进来，提出可以放弃在达达尼尔海峡航行的垄断权利。巴麦尊勋爵在伦敦召开了一次会议，英国、俄国和奥地利在会上达成了一项协议。根据协议，如果穆罕默德·阿里从叙利亚撤军，并且把奥斯曼舰队归还给苏丹，那么列强将承认他在埃及的世袭帕夏地位以及他在叙利亚的终身帕夏地位。如果穆罕默德·阿里拒绝，那么三国的舰队就会封锁埃及和叙利亚。
穆罕默德·阿里拒绝了最后通牒。于是，一支英国舰队出现在了叙利亚海岸，接连摧毁了贝鲁特和阿卡的要塞。接着，登陆的英军在反对穆罕默德·阿里暴政的阿拉伯起义军的帮助下，击败了当地的埃及占领军。此举激怒了法国，法国甚至一度威胁要与英国开战。但是，时任法国国王的路易·菲利普（Louis Philippe）很快意识到，威胁开战毫无作用，与实际开战之间有着天壤之别。英国舰队在海军上将纳皮尔（Admiral Napier）的指挥下来到亚历山大港，威胁要炮轰港口。穆罕默德·阿里担心亚历山大港会重蹈阿卡的覆辙，只好同意和谈。他归还了苏丹的舰队，恢复向苏丹纳贡，并且同意裁军。作为回报，他在埃及的世袭地位得到了确认。他还从叙利亚撤了出来，让叙利亚和克里特一同回到奥斯曼帝国政府的直接统治之下。
1841年，包括法国在内的列国在伦敦签署协议，正式确认达达尼尔海峡和博斯普鲁斯海峡为奥斯曼帝国领海，和平时期禁止他国战舰驶入。这项协议对奥斯曼帝国来说十分有利，但是与1833年奥斯曼帝国对俄罗斯的承诺相矛盾。12年后的1853年，这一冲突将产生十分重大的影响。
不过，马哈茂德苏丹既没有看到他的军队惨败于他的附庸之手，也没有看到后来让人振奋的结局。他在1839年7月1日去世了。说到最伟大的苏丹，马哈茂德定然可以名列其中。与他那些伟大的先祖不同，他并不是一位军事统帅，对外交也不在行。在他的统治下，奥斯曼帝国的版图不断萎缩。但是，凭借他的统治能力和具有远见的规划，奥斯曼帝国止住了日渐下滑的颓势，在内部打破了顽固反动势力的枷锁，开始朝着一个现代国家的方向缓慢前行。
马哈茂德死后，他16岁的儿子阿卜杜勒·迈吉德（Abdul Mejid）继位成为苏丹。
[1] 英国政治家，时任外交大臣。
[2] 伦敦东南部的一个区，有一些军事院校。
[3] 多米尼科·多尼采蒂是19世纪上半叶著名的歌剧作曲家，他的弟弟朱塞佩·多尼采蒂在奥斯曼帝国为马哈茂德二世服务。
[4] 2世纪时的古罗马医学家。
[5] 10—11世纪时的波斯医学家，也被称作伊本·西那（Ibn Sīnā）。